銀魂が見れる配信サイトは？【テレビアニメ】

侍の国−そう呼ばれていたのは今は昔。かつて侍達が仰ぎ夢をはせた江戸の空には、突如舞い降り台頭した『天人』の船が飛び交い、街には天人達がふんぞり返って歩く。侍は剣も地位も、そして誇りも失った……。 そんな江戸の街で万事屋を営む坂田銀時の元に依頼人・加藤健が現れる。無くした物を取り戻したい。そのためには三千万ほど必要だという。身に続く不幸を語る加藤に、万事屋はやむなく協力することになる。一方そのころ、江戸の片隅では天人カリヤとその一味が、江戸掌握を目論み策謀を交わしていた……。

突然獅子村に襲われる銀時だったが、油断した隙をつき事なきを得る。彼が神楽達に合流したとき、依頼人・加藤は修行に耐えられず、彼らの元を去っていた。銀時はひとり酒をあおる加藤を見つけると、共に酒を飲み、加藤に語りかける。本当に忘れたいことからは逃げても逃げ切れるものではない、と。その銀時の横顔を見つめ、加藤は強くなろうと思ったきっかけを語る。銀時は加藤の大切な物を取り戻すため、力になることを決意。神楽、新八とともに『ドリフト星大使館』へと乗り込む。そこに待ち受けていたのはご馳走の山だった!?

天人が降り立ち、侍たちが剣を捨ててなお、侍の誇りを失わずに剣の道を貫いた新八の父。死ぬ間際、姉弟に託したのは、侍の魂だった。父の遺した道場を守るべく、慣れないバイトに励む新八。しかし、剣の道一筋だった少年に世間は辛く、店長になじられ、天人には嘲笑を浴びせられる。そんな彼の前に一人の男が現れた。天人のちょっかいのせいで台無しになったチョコレートパフェのために店長を殴り倒し、天人たちをなぎ払う姿に、新八はまっすぐな侍を見る。そう、彼こそが万事屋銀ちゃんこと、坂田銀時。天然パーマがチャームポイントの、ラストサムライだった!?

新八が万事屋に身を置いて半月。侍の魂を見たのは幻だったのか、銀時にその輝きを見いだせず、新八は早くも後悔しはじめていた。そんなある日、スクーターに二人乗りをしていた銀時たちの前に少女が飛び出し、勢い余って轢いてしまう。怪我をし、意識を失った少女を連れ、病院へ急ぐ銀時。その彼らの行く手を黒塗りの車が阻み、突然発砲をしてきた。慌てる銀時たちを余所に、意識を取り戻した少女は持っていた傘で銃撃を防ぎ、傘に仕込まれた銃で彼らをなぎ払う。ある理由で少女はヤクザに追われており、彼女を逃がすために新八は行動を開始するが……。

いつもと変わらぬ万事屋の喧噪。そんな中、階下のスナックお登勢に飛脚スクーターが突っ込んだ。息も絶え絶えに、大事な小包を届けてくれるよう万事屋の面々に頼む飛脚。銀時たちは、やむなくそれを届けに宛先である戌威星大使館へと向かう。しかし小包が爆発し、銀時たちはテロリストと間違えられてしまうのだった。とっさに逃げようとするが、今一歩のところで新八が捕らえられ、銀時、神楽を巻き添えにして門番に囲まれてしまう。もうダメか……その時、助けに入ってきたのは銀時の旧友、ヅラこと桂小太郎だった。そして、その様子を密かに見守っていた幕府の警察組織・真選組が動き出す……

桂の爆弾から結果的には皆を守った銀時たちだったが、その後警察の取り調べを受けていた。銀時たちの仕業だろうと疑い続ける警察に、じっと時計を見つめていた新八がついに切れる。その剣幕に、彼らはようやく釈放されるのだった。警察署の前で恨み言を並べる銀時と神楽をおいて、新八は一人足早に去っていく。そして残された銀時と神楽の前に、脱獄囚が警察に追われやってきた。男は神楽を人質にとり、銀時にパトカーを運転させ逃走を図る。なぜ逃げたのかを問う銀時に男は「今日は特別な日だから……」とだけ答えるのだった。

央国星のハタ皇子の下から、ペットのペスが姿を消した。捜索を命じる天人を苦々しく思いつつ、入国管理局は万事屋に捜索を依頼する。天人絡みの依頼と聞いて一度は断る彼らだったが、積まれた大金にあっけなく尻尾を振ることを決めた。さっそく依頼をこなそうと、行動を開始する銀時たち。港のタコ漁師、タコ焼き屋、スナックと手がかりを求めて彷徨うが、ぺスはなかなか見つからない。途方に暮れる銀時は、最終兵器を持ち出すが……。

真選組が江戸の治安を守るために奮闘しているのを他所に、局長の近藤はスナックで働くお妙相手にくだを巻いていた。自分はダメな奴だと落ち込む近藤に、愛する人なら欠点ごと愛することが出来ると微笑むお妙。その彼女に近藤は一目惚れし、結婚を申し込むがグーで殴られる。しかし近藤は諦めきれず、拒絶するお妙にあの手この手で熱烈なアピールを繰り返す。堪忍袋の緒が切れたお妙は、銀時を巻き込んで一芝居打とうとするが、事態は意外な方向へと発展してしまう……。

局長が女を賭けた決闘で負けた。土方から沖田へ、沖田から真選組内へと噂は瞬く間に広がり、隊内に動揺が走る。おまけに近藤の無様な姿がTVで放映されたとあって、土方はどうにかして真選組の威信を取り戻したいと考えていた。それには、近藤を負かしたという銀髪の侍を消すしかない……。隊士達が銀時を探し回るなか、自らも市中に赴く。一方、自分が真選組の殺意を一手に引き受けているとも知らず、銀時は万事屋に手伝いを依頼に来た大工に、半ば強引に連行されていた。悪態をつきながらも仕事を手伝う銀時に、真選組の刃が迫る……。

ハタ皇子が再び江戸を訪れた。ペスを失ったことに心を痛める皇子は、今度こそ可愛いペットを得ようと、江戸市中の動物園を巡る。一方、酢昆布をむさぼる神楽は、万事屋の前におかれた箱に愛らしい姿を見つけ、満面の笑みを浮かべる。それは、ちょっと……いや、かなり大きい犬のような生き物だった。銀時の反対を押し切り、神楽はその生き物を飼いたいという。定春と名付け、力の限り戯れる神楽とは対照的に、ことあるごとに噛みつかれ満身創痍の銀時と新八。定春に手を焼く二人は．．．。

交通事故に遭い、入院している新八のお見舞いに行った銀時と神楽。病院でも相変わらず騒々しい万事屋の面々。そんな銀時たちの話が聞こえたのか、向かいのベッドのじじいからある依頼を引き受けることに。それはじじいの甘酸っぱい想い出の女性を探し出すことだった。手がかりは、かつてじじいがどさくさの中で手にしたかんざしと、その持ち主が団子屋の看板娘だったという情報のみ。捜索を始める万事屋だが、今ではその団子屋を知るものもなく、早くも行き詰まる。一か八かでかんざしを定春に嗅がせ、匂いを辿らせようとする神楽。定春が導いた先は驚くべき場所だった……。

銀時たち万事屋の大家・お登勢はある夜、路地裏で腹を空かせ途方に暮れる猫耳の天人・キャサリンと出会い、彼女をスナックお登勢に迎え入れた。熱心に働き、よく気がつく彼女をお登勢はいたく気に入る。万事屋はといえば、神楽の旺盛な食欲に、財政はますます困窮。銀時たちは常に空腹を抱えているのだった。一方、店の売り上げを何者かに奪われる事件が繁華街に頻発するようになる。そんなある日、警察が事件の捜査への協力を求め、スナックお登勢を訪ねてくるのだった。

万事屋に人捜しの依頼が舞い込んだ。幕府に仕える由緒正しい家の娘が、家に帰らず行方不明だという。この件を穏便に解決したい依頼人の頼みを、しぶしぶ引き受け捜索を始めた銀時たちは、娘がよく遊びに来てたというクラブに聞き込みに行く。手がかりを得られず、人捜しに飽きた神楽は、娘に容姿が似ている男を連れて帰ろうとするが、その男の様子が急変する。駆けつけたウェイターの話では、最近この界隈に怪しげな薬が出回っているらしい。一方、ひとり席を外し、二日酔いでトイレに籠もる銀時は、扉の外から声をかけられた……。

銀時と桂により、宇宙海賊の船が墜とされた。これを契機に、海賊や天人と癒着し違法薬物で利益を上げる幕府高官を誅しようとする攘夷志士の動きが活発化する。これに応じるべく、真選組にも要人警護の命が下った。幕府に拾われてなければ、真選組の今はない……。愚直なまでに幕府に尽くそうとする近藤に対し、不正をはたらく天人や高官たちへの不満をあらわにする隊士たち。そんな中、警護対象であるカエル天人を庇い、攘夷志士の兇弾が近藤の肩を貫く。隊士たちの不満が爆発しかけたそのとき、土方の声が響いた……。 神楽はある日、公園でいじめられていた少女を助けた。何かに悩んでいるようなその少女に、万事屋として相談に乗ると申し出る神楽。すると少女は「一日だけ友達になって」と言うのであった。一方そのころ、真選組隊士たちは炎天下の中、極秘の命により人捜しを続けていた。探しているのは彼らが主と仰ぐ将軍の妹、そよ姫。かぶき町に目撃情報ありとの報告に、道を急ぐ近藤たち。そのかぶき町では、神楽と少女が博打をしたり酢昆布を食べたり、楽しく過ごしていた……。

早くも定春の面倒を押しつけられた銀時は、過剰なコミュニケーションの前に息も絶え絶え。そこへ桂が珍妙な生物を連れて現れた。宇宙商人・坂本によって贈られたそれは、エリザベスという名のペットらしい。宇宙生物嫌いの桂がペットを連れていた事に銀時は驚く。そんな中、銀時たちはTV番組で変な動物を募集しているのを知る。優勝者に進呈される豪華賞品に目がくらみ、銀時たちは番組への出演を決めるのだった。

昼間から公園でたそがれる長谷川に神楽が「何故昼間からこんなところにいるのか」と声をかける。一時の勢いでハタ皇子を殴り、入国管理局を首になった長谷川は、まるでダメなオッさん、略してマダオ街道まっしぐらだった。切腹を命じられ、夜逃げしようと家に戻るとマダオにはついて行けないと妻に逃げられる始末。色々なものを失った彼が唯一得た友人が、パチンコ店で仲良くなった銀時だった。

将軍が姿を見せる祭りを前に、お登勢率いるかぶき町町内会一同は江戸一番の発明家、平賀源外の元に詰めかけていた。昼夜問わず騒音を立て、ガラクタばかりを作り続ける源外に、ついに堪忍袋の緒が切れたのだ。お登勢に動員された万事屋一同は、目には目をとばかりに大音量のカラオケで対抗するが、突如として現れたロボット「三郎」に阻止されてしまう。有無を言わさず源外の工房を河川敷に引っ越しさせた万事屋だったが、三郎をはじめ、源外が作り上げたロボットはみなボロボロに。将軍が列席する祭りにカラクリ芸を披露するために作り上げたという源外だったが．．．。一方、なにやら危険な雰囲気の男が江戸に姿を現すのだった。

姉への贈り物にと、胸の部分に『宇宙怪獣ステファン』と書かれた名札が縫いつけられた、どことなくエリザベスに似た人形を手に帰宅する新八。ところが、家に帰った新八を待ち受けていたのは、狂戦士と化したお妙の長刀の斬撃。慌ててよけるものの、ステファンは長刀に貫かれてしまう。ステファンを握りつぶしながらお妙が語る怒りの原因……それは、昨今江戸市中を騒がせる下着泥棒に下着を盗まれたというものだった。姉の怒りをなだめるべく、新八は銀時に相談を持ちかけるが……。

楽して儲けようとパチンコに運命を委ね、そして散った男たちがいた。拾った小銭で買った棒アイスを咥えながら自らの行いを悔いる銀時と長谷川。そんな二人のもとに、うまい儲けが飛び込む。海に出没する宇宙生物に懸賞金が掛けられたというのだ。エイリアンを一本釣りし懸賞金を掴もうという銀時と長谷川の提案で、海へ向う万事屋一行。しかし、海にたどり着いた彼らを待っていたのは、閑散とした浜辺と海の家で焼きそばを焼くオヤジだった。しかし、実はこの懸賞金は．．．。

蚊の多い夏の夜、真選組の隊士たちは怪談に興じていた。隊士稲山が語るその怪談は、真夜中の寺子屋に赤い着物を着た女の幽霊が現れるというものだったが、その幽霊が真選組屯所にも現れた。隊士の半分以上が倒れ、みな「赤い服を着た女」の事をうわ言の様に口にしていた。隊士たちは本当に幽霊に襲われたのか？見えない影に怯える近藤は、拝み屋を雇ってこの事態を乗り切ろうとする。しかし、やって来た拝み屋は、インチキ臭い集団だった。

うだる暑さの中、クーラーのない万事屋は蒸し風呂と化していた。そんな中、涼を運ぶ唯一の機械「扇風機」を銀時と神楽が奪い合い、ついには壊してしまう。やむなく代わりの扇風機を手に入れるべく外に出る銀時だったが、その行く手には困難が待ち受けていた。いくつもの電器屋を訪ねて回る銀時に対し、時代遅れの扇風機は見当たらず、エアコンを勧められるも予算がそれを許さない。やがて銀時が行き着いたのはリサイクルショップ「地球防衛基地」という店。扇風機を求めて入った銀時を迎えたのは、その店の女主人が守る「せんぷうき」を巡る戦いだった……!?

ある朝のこと。いつも通り万事屋へと出勤した新八は、銀時を叩き起こそうとして信じられないものを見た。銀時の部屋のふすまを開けると、そこには布団の上で絡み合う銀時とくノ一の格好をした女の姿が……！酒を飲んで昨夜の記憶がない銀時に、さっちゃんと名乗る女は納豆をこねながら、ふたりが夫婦の契りを交わしたと告げる。かくして、さっちゃんは押しかけ女房として万事屋に居座ることとなった。銀時の受難の日々が始まったかと思われたが、さっちゃん宛ての一本の電話が事態を急変させる……。

買い物から帰って来た神楽は随分と横柄な態度。それもそのはず、神楽は町内会の福引で宇宙の旅を引き当てていたのだ。さっそく宇宙港に向かう万事屋一行。ところが、ペットの連れ込みは禁止と言われてしまい、定春を連れて入る事が出来ない。どうしても連れて行きたい神楽は係員と押し問答。そんな中、定春は出発ロビーで寝ていたサングラスの男に噛みついてしまう。が、男は定春に気づかず噛み付かれたまま人混みに消えて行く。万事屋一行を乗せ宇宙へ出発する宇宙船。だが、「萌える闘魂」を名乗る組織が現れ、宇宙船をハイジャックする……。

マドマーゼル西郷――かぶき町四天王の一人で、鬼神と呼ばれるオカマだ。その西郷を化け物呼ばわりしたために、女装させられ、彼（彼女？）の営む『かまっ娘倶楽部』で働かされることになる銀時。店へ連れて行かれるとそこには銀時同様、女装させられた桂の姿が。口では逃げ出すチャンスを伺っていると言う桂だが、どう見てもオカマに囲まれた生活に馴染んでいる。そんな折、ふたりは西郷の息子、てる彦がいじめられているところに遭遇する。なにやら訳ありの様子に、てる彦の身を気遣う桂だったが……。

祝放送半年！ということで、寄せ集めの総集編でお茶を濁そうなどと話をしている万事屋一行。しかし本心はそこには無く、久々に食卓へのぼったすき焼きから注意を逸らし、一切れでも多く肉にありつこうと、お互いが牽制しあっていたのだ。激しい腹の探り合いが繰り広げられる中、銀時と新八が神楽を陥れ鍋へと襲い掛かる。が、勢い余って鍋の中身は四散。騙されたと気づいた神楽は銀時と言い争いを始める。殺伐とした空気が流れる中、先程の悲劇を繰り返さぬために、まずは肉の安全を確保することが先決と思案を巡らせる新八。と、そこへ新たな鍋の参加者が……肉争奪戦はますます混迷の一途を辿る。

長谷川に頼み込まれ、彼が務めるコンビニ『大江戸マート』を一日預かることになった万事屋一行。だが、神楽と銀時の中途半端なやる気が災いして、客に迷惑かけ放題。ただひとり真面目に働く新八は、その様子に呆れ顔。そんな時、万引きをはたらこうとしているヤンキーに新八が気付く。捕らえてみると、それは新八の幼なじみタカチンだった。幼き寺子屋時代、新八がタカチンを見捨てたあの日から、タカチンは苛めにあい続けていた。しかし今は『舞流独愚（ぶるどっぐ）』というチームに入り、怖れられているという。道を踏み外しかけている彼を連れ戻すべく、新八は『舞流独愚』の集会に殴り込んだ。

女子プロレスの会場で、闘うアイドルお通に声援を送る新八と興奮して思わず乱入する神楽。呆れつつ眺める銀時の前に沖田が姿を見せる。暇なら付き合ってくれ、という彼の言葉に導かれ、スラム街の奥で彼らが見たものは『煉獄関』と呼ばれる地下闘技場だった。沖田は、巨大な権力を背景に殺し合いを見せ物にすることに、嫌悪感を示す。そして、そこで鬼の面をつけて闘う煉獄関最強の闘士・鬼道丸を指さし、彼を探れば何か出てくるだろうと告げる。万事屋一行は沖田の話に乗り、鬼道丸の屋敷を見張るが……。

乙女座で、あごひげを蓄えていて、今歯を磨いている人は今日死にます……。歯を磨きながら観ていた占いコーナーで結野アナににこやかに断言され、近藤は乾いた笑いを漏らす。そこに怒鳴りながら現れ、いきなり銃を撃ち放つ松平。真選組が煉獄関に手を出したことがバレ、二人は城に呼びつけられたのだ。土方と沖田の暴走に困惑する近藤だが、城にたどり着くまでに消されるかも知れないと脅されパニック状態に。周り全てが殺し屋にしか見えなくなった松平は、殺し屋対策としてさっちゃんを呼ぶ。かくして、城へと向かう危険なドライブが始まった……。

星をも切り裂く妖刀『星砕』。その伝説の刀を求め、夜な夜な刀狩りを繰り返すひとりの男がいた。男の名は岩慶丸。武者修行の傍ら、彼の強さに見合う最強の武器を求めて地球へと来た天人だ。一方、万事屋では神楽が通販番組で勝手に大量の買い物をしていた事がバレ、銀時と新八に返品するように迫られていた。返品のため購入した商品を取り上げられ不機嫌になる神楽だったが、ふと目に止まった銀時の木刀を見てひとつの計画を思いつく。だが、それが全ての騒動の始まりだった……。 神楽の悲鳴ににわかに騒がしくなる万事屋。その元凶はゴキブリ。ゴキブリごときと退治に向う銀時と新八だったが、這う這うの体で退散してくる。なぜならそのゴキブリは巨大ゴキブリだったからだ。同じ頃、テレビでは江戸市中の至る所で巨大ゴキブリが発生している事を伝え、ハタ皇子が宇宙ゴキブリについて解説をしていた。そして、「絶対殺してはいけない」と、殺そうとすると仲間を呼ぶからだ。そんなことは知る由も無い万事屋一行は、巨大ゴキブリを仕留めに掛かる。その時、ゴキブリが悲鳴を上げた……。

新人アイドル寺門通とアイドルグループ「反侍（はんさむ）」リーダーGOEMONの熱愛発覚！このニュースは新八たち親衛隊を失意のどん底へ叩き込んだ。その様子を冷ややかな目で見ていた銀時も憧れのお天気お姉さん・結野アナが結婚していたことが判り茫然。そしてその二人をせせら笑う神楽。そんな万事屋にお通が訪れた。熱愛発覚以来、脅迫の手紙が何通も送られて来るようになり、銀時に助けを求めて来たのだ。だが、犯人の目星がまったく付かない。「ならば張り付いて護るのみ！」新八は全身全霊を賭けてお通を守ることを決意。かくして万事屋一行による、お通の護衛が始まった。

地面に仰向けで倒れている銀時、青空は赤く染まっていく……。銀時はその場で意識を失うと病院へと担ぎ込まれた。ジャンプを買おうとバイクを走らせていた銀時は、携帯電話片手に運転をする車に突っ込まれたのだ。病院に駆けつけた新八たちは意識を取り戻した銀時と対面するが、彼は全ての記憶を失っていた……。それまでとは正反対の誠実な好青年のようになってしまった銀時を、何とか元の死んだ魚のような眼をした銀時に戻そうと、新八と神楽は銀時を連れて万事屋へ戻る。しかし、いっこうに記憶が戻る兆しは見えない。仕方なく、きっかけを求めて江戸市中を彷徨う万事屋一行だが……。

銀時が万事屋の解散を宣言し、江戸の町へ消えてから二週間が経った。宇宙船によって大破し、無残な姿を晒す万事屋で、ひとり籐椅子を揺らしながら酢昆布をむさぼる神楽。迎えに来た新八に対し神楽は、銀時が記憶を取り戻し帰ってくるまで諦めないと告げる。一方その頃、真選組の密偵としてマムシの工場に入り込んだ山崎は、そこで意外な顔を発見した。記憶を失った銀時と近藤だ。生き生きとした表情で勤労に励む銀時は、ジャスタウェイの組み立てスペシャリストとなっていたのだ。しかしジャスタウェイが爆発したことをきっかけに、騒動に巻き込まれてゆく……。

記憶喪失から戻ってきた銀時は、人生のリスタート記念に溜まりに溜まった家賃もリセットしようとお登勢に掛け合うが、無情にも大破した万事屋を１週間以内に修復しないと追い出す、と宣告されてしまう。仕方なく慣れない大工仕事に精を出すが、素人の銀時たちの手に負えるものでもなく、苛立ち暴走した神楽と銀時によって、万事屋は修理どころか更に破壊が進む有様。そんな彼らのもとに坂本からの小包が届けられた。中には手紙とともに、ちっちゃいオッサンが２人詰められていた。彼らは自らをデリバリー大工と名乗り、万事屋の再建を始めるが……。

ネコミミアイドルTAMAの登場により、お通の人気が危ない……電車の中でそんな話題を熱く語る寺門通親衛隊の面々。親衛隊の中にもTAMAに浮気した者がいると知り、鉄拳制裁を加える新八。だが、その一撃は偶然にも、酔った松平に絡まれていた娘を助けることになった。お礼を述べるその娘は、なんとネコミミ。その可愛さに一瞬で虜になる新八だったが、エロメスと名乗るその娘からお礼のデートに誘われてしまう。対策を練るべく、ネットの掲示板で助言を求める新八。だが、これが間違いの始まりだった。そして運命のデートの日を迎える……。

ヤツがついに動く……。「池田屋」に呼ばれた近藤・土方・沖田に、そう告げる松平。一同に緊張が走る中、松平は再び告げた。「決戦だ」と。「ヤツ」が誰だか判らぬまま、近藤たちは松平への助力を誓う。そして彼らは遊園地にいた。彼らが見守る中、松平の娘、栗子に駆け寄る軽薄そうな七兵衛。そう、松平は娘に言い寄る男の抹殺を企てていたのだ。呆れ果て、踵を返そうとする土方だが、お妙に振られ続けの近藤は俄然乗り気。沖田も悪のりしてしまう。こうして、デートを見張りつつ、隙あらば別れさせようとする、漢たちの哀しくも壮絶な戦いが始まった……。

夜の仕事を終え、朝日の中を家路につくお妙とおりょう。客の愚痴などをさわやかに交わしていると、橋にさしかかったところで新人の花子が身投げしようとしているのを目撃する。あわてて止めに入ったお妙は、落ち込む花子をひとまず家へと連れ帰る。大阪からダンサーになるために出てきたという花子は、夢を叶える力を与えてくれるという怪しげな団体「夢幻教」に誘われ、貯えていたお金を彼らのために使い込んでしまったと言うのだ。 花子の手引きで夢幻教に潜入する万事屋一行だったが……。

雪が降りしきる夜。肉まんを買いに出た帰り道、銀時は道ばたで言い争う赤い服を着たじいさんとトナカイに出会う。ソリが大破し、仕事が出来なくなったと嘆くサンタに、困っているなら力になると告げる銀時。物陰から調達してきたリヤカーに、ソリじゃないとイメージが……と、ごねるサンタ。だが、銀時に説き伏せられ、黒ずくめの衣装を着せられて仕事を始めることになる。こうして、泥棒っぽいサンタとトナカイ、そして銀時の、夢を届ける夜が始まった……。

「雪ではしゃぐのは子供だけ」 江戸の街に大雪が降った。一面の銀世界の中、祭りの始まりを告げるお登勢の声。かぶき町雪祭りと題されたその祭りは、雪像を作りグランプリには賞金が出るというものだった。賞金につられて参加する銀時たち万事屋は、ネオアームストロング・サイクロンジェット・アームストロング砲と主張する雪像を作り上げる。新八の冷静なツッコミを他所に、訪れた人々はその完成度に目を見張るばかり。しかし、他の参加者の作品の出来が気になる銀時は、神楽とともに密かに妨害工作を始め……。 「冬に食べるアイスもなかなかオツなもんだ」 花火屋「角屋」の若旦那に呼ばれ、屋敷に出向いた銀時たち万事屋一行。エスカルゴの食べ方が判らず、お手伝いさんに投げつけたり頭に乗せたりとやりたい放題の一行に馴染む老人がいた。すっかり神楽と馴染んだ老人を自分の父だと紹介する若旦那。病に伏せた妻の看病をするため、花火作りから手を引いたものの、奇行が目立つようになりやむなく万事屋に世話を頼んだのだという。愛人に会いに行く、と屋敷を抜け出そうとする老人相手に苦心惨憺万事屋だったが……。

桂は真選組の検問を強行突破しようとして、沖田のバズーカ砲を浴び、足を負傷してしまう。屋根伝いに追手から逃れようとするなか、ラーメン屋「北斗心軒」の女主人・幾松に下着泥棒と間違われ撃退される。翌朝、お詫びに出されたラーメンを啜っていると、騒々しく手下を引き連れた幾松の義弟が店に踏み込んでくる。その険悪な雰囲気と、困惑気味な幾松の様子に、桂は一計を案じ義弟たちを追い出す。その会話の中で幾松が未亡人であること、夫の死には攘夷志士が関わっていることを知る桂。心に傷を抱えた男と女の、奇妙な同居生活が始まる……。

江戸の街が映画「えいりあんVSやくざ」の話題で盛り上がっている頃、宇宙から飛来したえいりあんが江戸の街に潜り込んだ。えいりあんばすたーとして名高い星海坊主の助言で、近藤は真選組に非常線を張らせる。その頃、おなじく江戸の街を騒がせている「拙者拙者詐欺」にまんまと引っかかった神楽は、銀時を騙る電話の相手に命じられるまま、銀行へ走る。だが、運悪くそこにはえいりあんが潜伏していたのだ。神楽を心配して駆けつけた銀時、新八をも巻き添えにして、えいりあんに飲み込まれようとしている神楽。その時、一行の前に星海坊主が現れる。神楽はその姿を見て、驚くのだった……。

銀時に別れの言葉を告げられた神楽は、失意のまま、父・星海坊主とともにターミナルの宇宙船乗り場にいた。神楽を解雇したことを銀時から聞きつけた新八は、神楽が万事屋を、そして銀時をどれだけ大事に思っていたか考えろと食って掛かる。そして自分も辞めると言い放ち、万事屋を去るのだった。一方、発進を控えた宇宙船の貨物室では、ハタ皇子のじいが積み荷の整理を指示していた。気味の悪い積み荷に怯える整備員たちの目の前で、じいがひとつの瓶を割ってしまう。それが、江戸を混乱に陥れる事件の始まりだった……。

えいりあんに混乱するターミナルに定春とともに現れた銀時だったが、突入するや否やその触手に飲み込まれてしまう。一方、この騒ぎの原因であるハタ皇子とじいを助けて傷つき倒れていた、神楽を発見した星海坊主は、ハタ皇子たちに掴みかかる。だが、神楽はそれを止め、人を護ることに力を使ったことを誇るのだった。そこへ襲いかかるえいりあん。触手に捕らわれた神楽が飲み込まれようとしたその時、口を突き破って出てきたのは銀時と定春だった。罵りあいながらもえいりあんに立ち向かう銀時と星海坊主。そして上空には、松平率いる幕府の艦隊が姿を現した……！

星海坊主は旅立ち、神楽は江戸に残った。スナックお登勢でしんみりする仲間たちの姿を見て、イタズラ心をおこし、窓の外から店の様子を伺う神楽。しかし神楽がいない寂しさは、いつの間にか別の話題へと移ってしまう。銀時の股間、美人女医、女性陣のキャラ作り……。そして話はいつしか、万事屋の欠員を埋める新たなヒロイン選定へと移っていく。さっちゃん、お妙、そしてキャサリン。3人が壮絶な争いを繰り広げる中、万事屋男性陣が選んだ次なるヒロインとは……!?

極悪奉行・遠山珍太郎に捕まったエリザベスの救出を、食べ物で釣って万事屋に依頼しようとする桂。案の定依頼を受けてしまった万事屋一行と桂は、忍びの助力を得ようとくの一カフェで働くさっちゃんを訪ねる。仕事を盾に助力を拒む彼女だったが、銀時の罠にはまり店をクビになり、協力させられることになってしまう。一行はさっちゃん指南の元、まずは忍者の心得を会得しようと奮闘する。一方、悪代官遠山も、エリザベス救出のために桂が動き出したことを掴んでいた。そして月明かりの綺麗な夜、奉行所に忍び込む銀時たちゴニンジャーだったが、その前に服部全蔵率いるシノビファイブが立ちはだかる。大晦日のジャンプ争奪を未だに根に持つ全蔵は、銀時に挑みかかり、さっちゃんは忍者学校時代のライバル、薫と陰険な女の戦いを繰り広げる。新八、神楽、桂は下剤入りのカレーで敵を倒すが、うっかりそのカレーをつまんだ神楽もピンチに陥ってしまう。銀時と全蔵がペガサス流星斬の構えについて白熱した議論を交わす中、薫の毒バラの香りの攻撃が炸裂。銀時は身体がしびれてしまうが、さっちゃんの納豆によって復活。全蔵にとどめの一撃を喰らわせるのだった。 鉄柵を遠山に投げつけトイレにダッシュする神楽を横目に、エリザベスに駆け寄る桂だったが、エリザベスはなんと作り物だった。遠山が桂をおびき出すためにうった芝居にまんまと騙されたのだ。そして桂は思い出す。そういえば、蕎麦のお揚げを取り合って喧嘩したままだったことを……。 そして後日。江戸市中にはエリザベスを訪ね歩く桂の姿があった。

ある夜のこと。飲み過ぎた銀時が万事屋に帰宅すると、定春が巨大化していた。イチゴ牛乳を飲ませつつ、巨大化した原因を考える銀時達だが何も思い浮かばない。銀時が居酒屋で貰ってきた犬語翻訳機も当てにならず、途方に暮れる3人を尻目に、更に巨大化する定春。そんな定春がTVで中継されると、江戸の街は騒然とし、野次馬が万事屋に押しかける。彼らから投げられる石が、神楽を傷つけるのを見た定春は…。

定春の暴走による賠償金を払うために、貯金どころか神社まで手放した阿音。スナック「すまいる」で働く彼女は、男を手玉に取る看板娘だ。だが、おなじく「すまいる」の看板娘であるお妙とはソリが合わず、なにかにつけて衝突する仲。阿音ご指名のお得意様、菊屋の旦那をお妙がボコボコにしたことで、店長は遂にある決断を下す。明日の売り上げ集計で負けた方をクビにする、と。こうして仁義なき女の戦いが始まるかに見えた！しかしその夜、お妙は阿音に「勝負を降りる」と告げる。だがそれこそが、お妙の先制攻撃だった……！

例年以上にひどい花粉に悩まされる銀時たち。一説にはどこかの星の植物が原因だと言うが、詳しいことは判らずじまい。あのお登勢が店を休むほどの花粉と言うから、ただ事ではない。そんな折、かぶき町に新たな住人がやってきた。屁怒絽と名乗る凶悪な顔をした天人は、万事屋の隣で花屋を営むという。そして、その花屋こそが、この花粉をまき散らす元凶だったのだ。屁怒絽が花粉で人々を弱らせ、その隙に地球征服を企んでいると考え怯える万事屋の面々。しかし、そんな彼が、屁怒絽のもとへ回覧板を届けることに・・・。

真選組に仲間を捕らえられ、報復のため土方を狙う八虎留三兄弟。オフの日を狙い、定食屋で飯を食う土方の隣に座る三男だが、「土方スペシャル」ことマヨネーズ丼に怯んでしまう。そこへ時を同じくして運ばれてきたのは宇治銀時丼ことあずき大盛り丼。三男の逆隣りには銀時が座っていたのだ。お互いの趣味悪い食べ物を非難し合う土方と銀時。ついにはどちらがまともな食べ物かを判定させようと三男に無理矢理食べさせ、気絶させてしまう。一旦はその場を退く八虎留三兄弟だったが、土方を諦めたわけではなかった。それが銀時と土方の、壮絶な意地の張り合いに巻き込まれるだけとも知らず……。

働かずして大金を手にしようと、カジノへと繰り出す銀時と長谷川。丁半博打で 威勢良く張る二人だが、負けが混み、身ぐるみはがされ気付けばふんどし一丁に なってしまう。勝てないのを悪霊にとりつかれているせいにして嘆く二人だった が、そこに現れた男が着物を取り返してくれる。男の名はツキヨミの勘兵衛。宇 宙に名をとどろかせた名ギャンブラーだった。彼のダンディーさにヒントを得た 銀時たちは、今度はブラックジャックに挑むが再び身ぐるみはがされる始末。だ が、再度救いの手を差し伸べてくれた勘兵衛との会話の後、二人は彼の強さの源 を知ってしまう……。

アニメ銀魂も遂に放送二年目に突入！というかなんとなくうまいことなだれ込んだというか、なにはともあれ二年目なのだが、これで『とりあえず一年は安泰』とは思えない銀時たち万事屋の面々。思い起こせば色々あったこの一年。高視聴率を期待されつつ始まった放送であったはずが、フタを開けてみれば苦難の連続。二年目に突入するこの節目に際し、銀時はやっておく必要がある『やるべきこと』を提案する。

『アナタの子供です』そんな書き置きと共に、万事屋の前に赤ん坊が捨て置かれていた。天然パーマの銀髪に死んだ魚のような目……銀時そっくりの容貌に、銀時以外の誰もが銀時の隠し子だと信じて疑わない。勘七郎の愛嬌にすっかりメロメロな新八、神楽、そしてお登勢たち。本当に自分の子供にされてしまいそうな銀時は、勘七郎を連れて万事屋を飛び出す。誰にも話を聞いて貰えない銀時は、途方に暮れるのだった。その頃、大財閥の当主、橋田賀兵衛が万事屋を訪れていた。孫・勘七郎をさらったお房という女の捜索を依頼する賀兵衛に、お登勢はキナ臭さを感じるが……。

捕らえたお房に対し、赤ん坊・勘七郎の行方を問い詰める賀兵衛。そこに、似蔵に追われた新八と神楽がなだれ込んだ。彼らの姿を見ても尚、お房への追及の手をゆるめない賀兵衛に、神楽が煙幕を張り、その隙にお房を助けて身を潜める新八たち。しかし、盲目の似蔵の前には煙幕も役に立たず、あっさりと追い詰められてしまう。一方銀時は、勘七郎を連れ、橋田屋敷へと乗り込むが、アポがないために社長＝賀兵衛に取り次いで貰えないでいた。エレベーターホールに追い詰められた新八たちに似蔵の刃が迫る中、どうにか受付を突破した銀時と勘七郎もエレベーターに乗り込む......。

かぶき町で連続放火事件が発生した。ゴミに火を付ける手口に警戒してゴミの分別が厳しくなるが、銀時はこっそりと燃えるゴミの日に雑誌を出そうとする。お登勢に見つかり、説教をくらう銀時。お登勢の捨てた煙草の火が起こした小火を消そうとしているところを、火消しのめ組の若い娘、辰巳に見つかり放火魔と間違えられてしまう。め組の詰め所で尋問されている最中に別の場所で放火事件が起こったため、銀時への疑いが晴れるものの、江戸を火から護りたいという辰巳の熱意は空回り気味。ついには父親替わりのめ組の頭に、女には火消しは無理だ、と突き放されてしまう。それでもなお江戸一の火消しになりたいと、放火魔を捕まえようとする辰巳だったが・・・・・・。

突然万事屋に乗り込んできた「おかん」。上京したまま消息を絶った息子・八郎を捜すため、万事屋に勝手に転がり込んでしまったのだ。あれこれ世話を焼いてくれるおかんに戸惑いつつ、写真を手がかりに八郎の捜索を始める銀時たち。何度か整形していることを突き止め、写真にマジックで髪と髭を面白半分に描き足す彼らの前を、その落書きされた写真にそっくりな八郎という名の男が通り過ぎた。その男こそが八郎に間違いないと確信する銀時たちは、おかんと八郎を引きあわせようとするが……。

八郎の気を失わせ、狂志郎に無理難題を押しつける黒駒の勝男に、ホストに成り済まして対抗する銀時たち。要求を頑なに拒む狂志郎に対し、勝男は見せしめに八郎にドスを向けるが、銀時がそれを阻む。そうこうしているうちに、愛犬の子供が生まれたことで引き上げて行く勝男たちだったが、お産と聞いたおかんは彼らについて行ってしまうのだった。

連続婦女子誘拐事件が江戸の街を騒がせる頃、行き過ぎた取り締まりをする真選組のイメージは急落していた。近藤は江戸市民への防犯の呼びかけとイメージアップを図り、アイドル・お通を一日局長として迎える。招かれたからにはきちんと責務を果たしたいと意気込むお通は、局中法度を手始めに真選組のイメージアップに取り掛かる。銀時たちもイメージキャラクター・誠ちゃんの着ぐるみをかぶり協力するものの、テンションが上がらない。やがて彼らが起こした騒動の最中に、お通が何者かに攫われてしまう……。

大切な荷物の運搬を請け負った快援隊。それを受け取り先の青木商会に引き渡そうとした快援隊の陸奥だが、取引場所に現れた黒ずくめの一団に、あろうことか荷物と金を奪われてしまった。困り果てた陸奥が、奪われた荷物と金の回収を依頼したのは！そして、快援隊のリーダー坂本の姿が見えないのであった。

エリザベスが万事屋にやって来た。しかし、いつも一緒にいるはずの桂はいない。何も話さないうえ、元々つかみ所がないエリザベスの応対に困り果てる銀時たち。とりあえずお茶を出す新八だったが、エリザベスは無反応。続けて今度はコーヒーを差し出してみるが様子は全然変わらない。最後の手段として、神楽はついにある飲み物を出すことに決める。差し出されたその飲み物を見てエリザベスは黙って涙を流し始めるのであった！

江戸を騒がせていた辻斬り騒動の裏には、銀時や桂とともに攘夷戦争を戦った高杉晋助の存在があった。彼は攘夷浪士の集団である“鬼兵隊”を組織し、幕府の転覆を企てていたのだ。行方不明の桂を探す神楽は、単身、高杉たちの船に乗り込んだ。迎え撃つ来島また子、武市変平太と浪士たち。必死に抵抗しつつ船の内部へと進む神楽。工場部へ神楽がたどり着いたとき、一発の銃声が鳴り響いた。

桂一派は、人斬り似蔵に襲われた桂の仇を討つため、高杉たちに戦艦で空中戦をしかけた。似蔵は自分の腕と一体になった刀型の兵器・紅桜で応戦する。 一方、武市変平太と来島また子に捕らわれている神楽を救うため、高杉たちの船に潜入していた新八は、砲撃の混乱に乗じて神楽を救出することに成功する。 一方銀時は、紅桜の製作者である鉄也の妹・鉄子とともに、高杉のもとへ向かっていた。

高杉の船の甲板で死闘を繰り広げる銀時と似蔵。対艦兵器・紅桜に意識までも侵食され、暴走を始める似蔵に、鉄子が打った刀で応戦する銀時。圧倒的な力で攻め立てる似蔵だったが、その劣勢を徐々に銀時が挽回し始める。その頃、船内では、紅桜を使って倒幕を企てる高杉とその紅桜の刀匠・鉄也に、妹の鉄子と桂が対峙していた。

桂一派と高杉一派の抗争の報告を、真選組の監察・山崎から受けた土方。その騒動の中に、万事屋らしい人物の目撃情報もあった。以前より、銀時と攘夷派との関わりを疑っていた彼は、山崎に銀時の身辺を調査するように命令する。山崎は、銀時の友人たちに話を聞いて回るのだが、彼らの話ではさっぱり要領を得ない。困り果てた山崎は、直接万事屋を訪ねることに。万事屋は留守だったが、銀時が新八の家で療養しているとの情報をつかむのだった。

忍者、服部全蔵は夜の町を駆け抜ける。時間も正確に依頼主の要望を完璧にこなす彼の職業は宅配ピザ屋。ある夜、着地しようとした彼（の尻）に銀時のバイクが突っ込む。痛む痔を顧みず、全蔵はピザ箱を拾い上げて依頼主の元へと向かうが、彼が拾ったのはピザ箱ではなく、銀時のジャンプだった。ピザの依頼人、阿国はジャンプを受け取り、尻に災厄の相が出ているから気をつけろと告げる。公園の厠の個室で一人、銀時に悪態をつく全蔵。そこへ才蔵が現れ、阿国を攫う計画を持ちかける。聞けば阿国は、「天眼通の阿国」と呼ばれる先見の術師だというのだ。

攘夷志士の頭・桂は、江戸の人々に過激派だと誤解されていることを憂慮し、好感度アップを狙ってテレビ番組の取材を受けることになった。しかし、穏健派とはいえ攘夷志士の桂は常に真選組に追われる身。インタビュアーの結野アナに取材を受けているところへ、真選組隊士の襲撃を受けてしまう。その場を、隠し持っていた煙幕にもなる「ん●い棒」で切り抜けた桂は、銀時にある依頼をするために万事屋を訪れるのだった。

江戸では、カブトムシ相撲大会が流行していた。神楽は可愛がっていた、フンコロガシの定春28号を出場させるが、試合に乱入してきた真選組・沖田の大型カブトムシに負かされてしまう。一方、カブトムシが高値で売れると知った銀時は、森へカブトムシを捕りに行こうと画策していた。そこへ定春28号の仇を取ろうと、神楽がカブトムシを捕りに行きたいと言い出し、森へ出かける一行。しかしそこには、必死でカブトムシを探す真選組がいるのだった…。

寂れた団子屋「魂平糖」で、団子を頬張る銀時。向かいに出来た甘味処「餡泥牝堕」に客を取られても尚、団子一筋にのれんを守り抜こうとする主人と意気投合する銀時だが、「餡泥牝堕」の主人・酔唾（すいーつ）が「魂平糖」の土地を狙い、退店を迫っていることを知る。なかなか首を縦に振らない「魂平糖」の主人に、酔唾は勝負を持ちかけた。「魂平糖」と「餡泥牝堕」が共に団子を振る舞い、より多く食べて貰えた方が勝ち、と。負ければ店をたたまなければならない勝負に二の足を踏む主人だが、銀時には秘策あり!?　そして勝負が始まった……！

銀時は、壊れてしまった自分のバイクをからくり技師の平賀源外に直してもらった。ところが、その修理代を払わずに銀時が店から立ち去ろうとしたところ、源外が修理のついでに改造していた仕掛けを作動させる。コントロール不能になった銀時は、飛脚の天人・魔破のり子が乗るバイクと衝突してしまう。ケガをしてバイクに乗れなくなったのり子だが、彼女は特異体質の持ち主だった。

お祭りの日。賑やかな縁日に背を向け、お寺の境内へ向かう銀時たちの姿があった。自分も祭を楽しみたいとごねる神楽に、持ち回りの役目だからと諭す銀時。彼らが向かう先に現れたのは、頭に矢が刺さった落ち武者に扮する落さん。彼はこの祭りの肝試しの幹事で、銀時たちはこれを手伝いに来たのだ。やる気が出ず、グダグダな演技を繰り広げる銀時たち。しかし、周りから評価されずにリストラされ、妻とも別れ、自分の生き甲斐は肝試しを立派に行うことだけだと語る落さんを見かねて、銀時たちは手を貸そうとするが・・・・・・。

燃えないゴミの日に雑誌を捨てた銀時は、ホラー仕立てのテレビCMに脅されて雑誌を回収しに行くが、ゴミ置き場で女の生首を見て気を失ってしまう。翌朝、自室で目覚めた銀時は、夢かと胸をなで下ろすが、神楽の手元にはその生首が。慌てる銀時に、新八は今人気のからくり家政婦、悦子ちゃんの頭部だと教える。ボディを調達する金もない銀時たちは頭部だけの悦子ちゃんをもてあますが、そこにニュースが飛び込んできた。悦子ちゃんを作った林博士が殺され、その犯人として試作型のからくり家政婦、芙蓉が指名手配された、と。そしてその特徴は、銀時たちの元にある頭部と一致していた……。

突如としてメイドたちに襲われた銀時たちは二手に分かれた。銀時と神楽が囮となって敵のメイドたちを引きつけ、新八がタマを源外の所へ連れて行く。新八に抱えられたタマは新八の生存確率を5％と判断し、自分を放棄して逃げるように勧める。しかし、護ると決めたものは必ず護るのが侍だと宣言する新八に、タマはプログラムにはない不思議な感覚を抱くのだった。

からくりによる江戸の支配を目論む伍丸弐號の元へ急ぐ銀時たちは、源外の戦車でターミナルを目指していた。巨大メイドの襲撃で源外と戦車を失い、神楽と定春と別れた銀時は芙蓉を伴ってさらに奥へと進む。遂に対峙する銀時と芙蓉、そして伍丸。彼は芙蓉を自らの娘の生まれ変わりとして迎えようとするが、芙蓉はそれを拒否。そして「娘に笑顔を」という、かつての林博士の言葉に従って、暴走した伍丸を破壊しようと挑みかかる！

志士たちの集うサロンで、最近の幕府の動向を報告する桂。しかし志士たちは今流行りのドラマの話題に夢中で、桂の話など聞きもしない。桂は怒ってサロンを去り……そのままレンタルビデオ屋に赴いた。ビデオを借りようした桂に、店員は身分証明書として運転免許の提示を求めるが、お尋ね者である桂は免許を持っていない。一方、銀時は免停講習で教習所を訪れた。注意力を養うために、他の生徒との合同教習として助手席に乗り込むことになるが、運転席にはなんと桂の姿が！？

山に松茸狩りに来た万事屋一同。浮かれまくる銀時の前に、摩理之介というハンターが現れ、この山は危険だから早々に去れと警告する......が、聞かずにひたすら松茸を求める銀時たち。そんな彼らの前に、宇宙キノコに操られた大熊・正宗が現れた！　摩理之介のおかげで難を逃れた銀時たちは、報酬目当てに正宗と戦おうと意気込む。しかし銀時の頭には、正宗を操っているのと同じキノコが生えてしまっていた！！

ある日、キャサリンの眉毛が繋がりかけていることに気付いた神楽たち。テレビでは近所でおきたトラックの横転事故が放送される中、戻ってきたキャサリンの眉毛は離れるどころかつながっていた。なぜか凶暴化しているキャサリンはお登勢に襲いかかり、収まったときにはお登勢の眉毛までつながっていた！　異様な事態に逃げ出す銀時たち。見れば街の至る所で眉毛のつながった人々が人を襲っている。江戸市中には緊急警報が発令され、眉毛がつながっている人との接触が禁じられてしまう。大惨事が、江戸の街を静かに覆い始めていた…。

打ち切りの危機にさらされながらも、２年目も折り返しにたどり着いた銀魂。「テコ入れ」のおかげで乗り切れたんだと主張する銀時だが、危うく逆に打ち切りになりかけたと新八が暴露。ぐだぐだな万事屋一行だったが、さらにぐだぐだなことが発覚する。なんと、半年分の制作費を前回までで使い切ってしまったというのだ！　とりあえず今回はこれまでの75話分を振り返ってみることになったのだが……。

ある夜のこと、スナックスマイルに土方が訪れた。騒ぐ女の子たちをよそにお妙を指名し、とある相談を持ちかける――近藤の女房のふりをして彼の縁談をぶちこわしてくれ、と。相手は猩猩星の第三王女、容姿はゴリラそのものだ。お妙に振られ続けて極限状態にある近藤はともするとこの縁談を受けてしまいかねず、そうなったら真選組はゴリラ（のような女）を姐さんと呼んで敬い続けなければならない。真選組隊士も現れて必死に頭を下げるが、懇願むなしくお妙にボコボコにされてしまう。そんな時、お妙を訪ねて一人の侍が颯爽と現れた。彼の名は柳生九兵衛、お妙の幼なじみだった……

お妙を自分の妻として迎える、と宣言した九兵衛。その突然の振る舞いに困惑する新八だったが、別れ際にお妙が見せた涙を思い出し、近藤とともに柳生屋敷へと乗り込んだ！　加勢する銀時、神楽、そして土方と沖田。柳生四天王と九兵衛を相手に、大激闘が始まる！！

先陣を切った沖田と神楽は、四天王随一の巨漢・西野と激突。犬猿の仲である二人の共闘は全く機能せず、同士打ちで神楽は右手を、沖田は右足を負傷してしまう。負けるよりは、と協力しあうことを決めた二人は、肩車で再び西野に挑む！　一方、食卓では土方と北大路の戦いが勃発。土方は鋭すぎる戦いの勘があだになり、フェイントを駆使する北大路に追い詰められてゆく。しかし、戦い慣れした土方は徐々に相手の戦法に適応し、その本領を発揮する！！

沖田に叩きのめされた南戸の失態を見て、四天王筆頭・東城がついに動く！　彼の出陣に伴い、九兵衛も戦場に赴くことに。戦闘が激化する気配が漂う中、近藤と銀時は早くも（トイレで）絶体絶命の危機に陥っていた。用は済んだが、拭く紙がない！　さらに個室の前には東城が現れ、まさに袋のネズミ状態。紙に見放された彼らの運命やいかに！！

近藤と東城に続き、ようやく銀時と敏木斉も戦闘を開始！　柳生家最強・敏木斉の、猿のような俊敏な身のこなしに苦戦する銀時。一方、屋敷に突入した新八はついにお妙を発見する。彼女を想う皆の気持ちを伝えるが、頑なに拒否するお妙。九兵衛との過去に何があったのか？　様々な因縁に決着をつけるべく、いよいよ柳生一門と恒道館一同の最終決戦が始まる！！

九兵衛の壮絶な過去が明らかになり、ようやく銀時たちに本心を打ち明けたお妙。柳生四天王を打ち破り続々と集結する恒道館一同。そしてついに、銀時・新八と九兵衛・敏木斎の最終対決が始まる。一時はメガネを取り戻した新八が勢いで九兵衛を圧倒するも、敏木斎の機転で銀時がピンチに！お互いに一歩も譲らぬ激戦の末、柳生一門と恒道館一同の戦いに決着の時が訪れる！

幕府に仕える由緒正しい家の娘・ハム子が再び仕事の依頼で銀時たちを訪ねてきた。春雨の一件で転生郷からはすっかり足を洗ったというハム子だが、今度は彼氏の太助がヤバイ事になっているらしい。転生郷の売人をしている太助は、ハム子と一緒に真面目に生きようと組織を辞める決意をしていた。しかし転生郷の秘密を知る太助は、辞めるどころか組織の天人たちに狙われてしまい…。

スナックすまいるに風邪が大流行し、ほとんどのホステスが病欠してしまう。大事な接客を明日に控えているというのに、店で元気なのはお妙ただ一人という事態に。どうにかしてホステスの人数を集めなければ…。困り果てた店長は銀時たちに「可愛い子を紹介してほしい」と相談するが、神楽以外は乗り気でない様子。しかしその時、九兵衛がお妙への差し入れを持って店にやって来る。

ハードボイルドを好む刑事・小銭形平次。彼の日常には、次々とハードボイルドな出来事が起こっていく…。ある夜、彼は宿命の敵にして10年間追い続けている大犯罪人・狐火の長五郎を追っていた。しかし追跡の最中、万事屋一同に絡まれて犯人を取り逃してしまう。狐を逃し続けた責任を問われ、ついに謹慎を言い渡された小銭形に対して銀時たちは…。

狐火の長五郎から犯行予告状が届いた！狙いは大江戸美術館に展示されている金の油揚げ像。お奉行の威信にかけて、今度こそ犯行を阻止せんと意気込む同心たち。「ただの凶賊になり下がった狐の野郎は、俺自身の手で捕まえる…」狐を10年間追い続けている小銭形は、謹慎中にもかかわらず万事屋一行と共に現場に駆けつける。厳重警備体制の中、美術館に強行侵入を試みる銀時たち。しかしその時、狐が現場に現れ大混乱に…。

真選組の屯所に、沖田の姉・ミツバが訪ねてくる。かねてからの縁談話がまとまり、その報告に来たらしい。ミツバを前にした沖田の態度の豹変ぶりに、隊士たちは仰天する。久しぶりに姉弟水入らずの時間を過ごす２人だが、幼い頃から弟のことを心配してきたミツバは、沖田が真選組でちゃんとやれているのか不安な様子。そんな姉を安心させるために、沖田は銀時を“親友”としてミツバに紹介するが……。

ミツバの婚約者・蔵場は、不正に手に入れた武器を攘夷浪士に売りさばく悪徳商人だった。姉の幸せを願って蔵場を見逃そうとする沖田、真選組としてあくまで蔵場を摘発しようとする土方。様々な想いが重なって、２人の溝はどんどん深まっていく。そんな中、難病を患って入院していたミツバの様態が急変。沖田、銀時、近藤らは病院に駆けつけるが、土方は武器取引の現場を押さえるために蔵場を見張り続けていた。

恒道館との騒動以来、お妙ともすっかり打ち解けて明るさを取り戻した九兵衛。東城は、そんな九兵衛に女としての幸せをつかんでもらうため、陰でさまざまな努力をしていた。しかし全く効果がない上に、ある日、九兵衛の部屋で恐ろしいものを発見してしまう。東城から相談を受けた銀時たちは、九兵衛を女らしくするために合コンを開催することに。早速メンバー集めに奔走する一同だが……

ある朝、銀時、新八、神楽の3人は目覚めると暗闇の中にいた。「目覚めよ…」頭の中に謎の声が語りかけてくるが、状況がよく分からない3人はとりあえず二度寝することに。「内なる力を解き放て…」謎の声はしつこく語りかけてくるが、銀時たちは完全に無視して熟睡。やがて、失礼な態度に怒った声の主がついに姿を現す。その正体は、何と銀時の木刀に宿った仙人・洞爺湖だった！　強力な必殺技を教えてやると言う仙人に対し、3人の反応は……

キャバレーの客引きの最中、暴走車にはねられたマダオ（※まるでダメなおっさん）こと長谷川は重症を負って入院してしまう。度重なる不幸にやさぐれる彼を癒してくれたのは、献身的に看病してくれるナースの内野さんだった。退院までにどうにかして感謝の気持ちを伝えようとする長谷川だが、ここ数日、内野さんの様子がおかしいことに気づく。どうやら患者の誰かに恋をしているらしい。食中毒で同じ病室に入院してきた銀時たちの協力を得て、長谷川は内野さんの恋愛を成就させようと奮起するが……

ここ最近の堕落生活が原因で、でっぷりと太ってしまった神楽。ダイエットのアドバイスを受けにお妙のもとを訪ねるが、彼女もまた高級アイスの食べすぎで激太りしていた。すっかりデブになってしまった２人を嘲笑うさっちゃん。しかし、そんな彼女もまた…。「このままではいけない」と奮起した３人は、巷で有名な断食道場に入門する。そこにはお登勢とキャサリン、さらには九兵衛の姿までも……。

絶対に油断や過信をせず、あらゆる作戦を練りに練り、己の安全を万全に期したのち、確実にターゲットをしとめる…。自らを臆病者と称する暗殺者、人呼んで殺し屋“亀”が、ある仕事の依頼を受けた。ターゲットは、幕府の警察庁長官・松平片栗虎。半年間もの間彼を見張り続け、ついに計画実行の日を迎える。丹念に手入れした愛銃の引き金に指をかけ、標的を待つ“亀”。しかしそこに現れた人物は、松平ではなく銀時だった。

今年もバレンタインデーがやってきた。江戸の町中で乙女たちがチョコレートを買いまくっている。万事屋には、「バレンタインなんて興味ない」と言いつつも、気合満々のファッションを決めた銀時と新八の姿が。そんな時、突然空から巨大なチョコレートが降ってくる。そのチョコは、宇宙を守る正義のヒーロー・スペースウーマンが落としたものだった。「ヒーローがバレンタイン！？」と不思議がる一同だが、どうやら彼女はある悩みを抱えているようで…。

“マダオ”（まるでダメなオッサン）こと長谷川は、ようやく決めた再就職をきっかけに別居中の妻・ハツと関係を戻そうと考える。ただ、彼にはひとつだけ気がかりなことがあった。ハツとの電話中に、知らない男の声が聞こえてきたのだ。銀時に浮気調査を依頼した長谷川だが、その帰り道に不運が重なり痴漢容疑で誤認逮捕されてしまう。留置所に拘留された長谷川を訪ねた銀時は、調査の結果を報告するが…。

痴漢で誤認逮捕された長谷川の前に現れたのは、ハツの恋人を名乗る男・破牙だった。しかも彼はやり手の検事であり、今回の痴漢事件の裁判で被害者の弁護をするという。その立場を利用し、「おとなしくハツとの離婚届に判を押せば無罪、逆らえば有罪」と持ちかける破牙。すっかり人生に絶望し、打ちひしがれる長谷川だったが、銀時の励ましで最後まで破牙と戦う決意を固める。

無限に広がる宇宙。その中に、外部からの侵略を受けて滅亡する寸前の星があった。ほとんどの住人が抵抗を諦めた中、その星をなんとか救おうとする最後のふたりがいた。そのふたりが助けを求めた相手とは“宇宙の救世主”“宇宙を駆ける伝説の掃除屋”“最強のエイリアンバスター”などの異名を持つ星海坊主！宇宙最強のその男は、しかし…ヅラだった。そしてヅラにまつわる言葉に、ことのほかデリケートなのだった。人々が星海坊主に期待と不信感を寄せる中、その星の真実の歴史が明らかに…。

「昔の武勇伝は三割増で話せ　盛り上がればいいんだよ盛り上がれば」 スナックお登勢のキャサリンは、昔は全銀河のお宝を荒らし回り、どんな厳重な金庫も容易にこじ開け“鍵っこキャサリン”と呼ばれていた。しかし今では、店の金を一度盗んだにも関わらず再雇用してくれたお登勢に深く感謝し、カタギの道を歩んでいる。そんなキャサリンの前に、昔の泥棒仲間クリカンが現れて「お前の力が借りたい」と誘った…。 「花屋とかケーキ屋の娘に男は弱い」 万事屋に浮気調査の依頼が来た。依頼人みち子によれば、彼女の旦那は最近毎晩帰りが遅く、着物から香水の匂いがするという。しかし旦那には意外な秘密が…。

オタクの聖地・秋葉原に、熱きオタクたちが大集結した。なぜから今日、新型ゲーム機、弁天堂ＯＷｅｅが発売されるからだ。しかしＯＷｅｅは先着百名にしか行き届かないらしく長い順番待ちの列ができている。万事屋の銀時たちも依頼を受けて買いに来た。何とか列の前の方に進もうとあざとい策をねる銀時たち。列の中には桂やエリザベス、お妙から依頼された真選組の面々もいて、ゲーム機を手に入れるための熾烈な戦いが始まった…。

ヨドバツカメラの店長の提案で、ＯＷｅｅを手に入れるためのゲーム勝負に挑む２チームの男たち。ひとつは銀時と桂たちのチーム、もうひとつは真選組のチームである。一戦目はギャルゲー対決。「バキボキメモリアル」の主人公になって、ヒロインの女の子を先に落とした方が勝ちだ。しかしヒロインのマグ子は、朝食に食パンじゃなくてカジキマグロをくわえて登校するような女の子。一筋縄ではいかないのだった。そして二戦目のパズルゲーム対決も波乱の末、最終戦へ…。

電車の中で漫画雑誌を読みふけていた銀時は、連載中の漫画「ギンタマン」を酷評。するとそのそばには「ギンタマン」の担当編集者の姿が…。銀時のあまりの暴言に怒り狂った彼は、担当としての怒りと仕事の愚痴を爆発させる。それを聞いた銀時は「ギンタマン」を面白い漫画にするため、自ら担当編集者となって漫画家に会いに行くことに…。

ぼろぼろになった愛刀を預けに鍛冶屋を訪ねた土方は、店長の忠告を無視して妖刀と呼ばれる刀を持ち帰ってしまう。その後、真選組屯所へ向かう道中に浪士の集団にからまれ、早速新しい刀の試し斬りをしようとする土方。しかし刀を手にした途端、妖刀の呪いでなぜか恐ろしいほどに軟弱化してしまう！絶体絶命のピンチに陥った土方を救ったのは、１年ぶりに江戸に戻ってきた真選組参謀・伊東鴨太郎だった。

テレビでオタク100人を集めた討論番組が放送される。出演者の中には、アイドル・寺門通の親衛隊隊長を務める新八の姿も。各々の持論でスタジオ内が白熱する中、1人の男が新八と激しい議論を戦わせる。その男は、妖刀の呪いでオタクと化し、真選組を追われた土方だった。変わり果てた土方と対面した銀時たちは、妖刀に秘められた恐ろしい過去を知る。一方、真選組内では伊東の権力が急激に拡大し、隊士たちに不穏な空気が流れ始めていた。

真選組の乗っ取りを目論む伊東により、隊士たちは完全に分裂。近藤は味方が沖田1人という状況に追い込まれてしまう。計画の最後の仕上げとして、近藤暗殺を実行に移そうとする伊東。敵に囲まれた列車内で、沖田は近藤を守るためにある決断をする。そこに銀時たちが助太刀にやってくるが、土方はいまだに呪われたままだった！

銀時たちの呼びかけで、ようやく妖刀の呪いを打ち破った土方。近藤暗殺に邪魔が入ろうと、なおも牙を剥く伊東。彼らの最終決戦が幕を開ける一方で、銀時は鬼兵隊の河上万斉と対峙していた。激しく刀を交えながら、今回の騒動は真選組を壊滅させるために仕組まれたものだったと話す万斉。裏で糸を引いているのはやはり……！？

真選組の乗っ取りを画策した伊東、それによって大きく揺らぐ真選組。そして、今回の騒動をすべて裏から糸を引いていた人物が明らかに！自分は踊らされていただけという真実、そして土方や近藤の思いを知って、瀕死の重傷を負いながらもようやく自分を見つめ直す伊東。なおも襲い掛かる浪士たちと真選組隊士の激しい戦いが続く中、銀時と河上万斉の死闘も決着を迎えようとしていた！

サッカーチーム・ＦＣ大江戸のエースストライカー、甘羅尾の引退試合が、今まさに行われようとしていた。ひとりモチベーションを高め、チームメイトの待つ控え室へ向かう甘羅尾。しかしドアを開けると、そこにはぐったりと倒れたチームメイトたちの姿が。スタジアムで売り子のアルバイトを始めた万事屋が、スポーツドリンクと間違えて危険なドリンクを飲ませてしまったのだった。責任を取り、急遽チームのメンバーを集めることになった銀時は、桂や長谷川などいつものメンツを連れて試合に出場することに！

暴力団・魔死呂威組組長の下愚蔵から仕事の依頼を受けた万事屋の面々。依頼内容とは、５年間も倉に引きこもっている息子の鬱蔵をどうにかして外に連れ出すことだった。あの手この手で説得を試みる銀時たちだったが、筋金入りの引きこもりである鬱蔵には全く効果がない。打つ手がなくなり、組員たちからのプレッシャーで絶体絶命の銀時たちの前に、鬱蔵が幼い頃から慕っていたという組の若頭・中村京次郎が現れる。中村の口から鬱蔵の過去を聞いた銀時は……

魔死呂威組組長・下愚蔵の息子の引きこもりには、衝撃の事実が隠されていた！　事の顛末を知った銀時は中村に刃を向けるが、組員たちの襲撃を受け行方をくらませてしまう。下愚蔵も病に倒れ、ついに魔死呂威組の襲名披露が行われようとしていた。組の幹部たちが集まり、跡目として中村が正式に認められようとする中、銀時が会場に突然乱入し…。

密偵の命を受け、攘夷志士たちのアジトに潜入を試みる山崎。彼に与えられた任務は志士たちの動向を探り、"狂乱の貴公子"桂小太郎ごと幹部を一網打尽に捕らえることだった。山崎は圧倒的な地味さを生かし、全く怪しまれることなく見事に潜入を果たす。しかし、攘夷志士になるためには桂直々の面接や、さらには筆記の採用試験をクリアしなければならないのだった。

山崎の活躍により、ついに役人に捕らえられた桂。彼を乗せた船は、悪党が最後に流れ着く難攻不落の監獄・獄門島へと向かう。そのころ島の牢屋内では、脱走を企て15年間壁の穴を掘り続けた男・末吉の脱出口が、今まさに完成したところだった。あとは脱走の決行日を決めるのみ...。長年の観察で看守の行動パターンを熟知している末吉は、確実に慎重にその機会を伺っていた。しかし、向かいの牢屋に桂が投獄されたことで末吉の計画が狂い始め......。

梅雨のせいなのか、万事屋に仕事がこない日が続いていた。ジメジメした気候もあって、３人のイライラもつのるばかり。気分転換をしようと考えた新八は、銀時と神楽を誘って雨中の江戸の町へ散歩に出かけるが、女の子らしい花柄模様の傘をさした３人の少女とすれ違った神楽がなぜか機嫌を悪くしてしまう。自分のビニール傘を閉じ、雨に濡れながら歩き出す神楽だが...。

スナックお登勢で働くようになったからくり家政婦のたまは、店の手伝いに銀時たちの家賃回収にと大活躍。休みなく日々まじめに仕事をこなす彼女を労い、お登勢は３日間の休暇を与えることに。しかし家政婦として人のために働くことしか知らないたまは、どうやって休めばいいのか分からなかった。その姿を見かねた銀時は、たまを連れて２人で遊びに出かけるが......。

新真選組屯所の掃除当番で、１週間便所を掃除することになった沖田ら一番隊。ぶつぶつと文句を言いながら仕方なく便器を磨く隊士たちの中に、ひとり不満を漏らさず嬉々として働く男、真新選組内でもキレイ好きで有名な隈無清蔵の姿があった。彼がは隊士たちに便所掃除の大切さを呼びかけるも、一番隊の面々は全く掃除のやる気を起こさない。あまりの便所の汚さに業を煮やした清蔵は、土方に厠の改善"厠革命"を進言する。

娘・栗子がアルバイトの同僚に言い寄られていることを知り、大激怒の松平。娘から彼らを引き離そうと過激な作戦を実行に移そうとする。近藤や沖田もそれに同調し、過激さは増していくばかり、まったく収拾がつかない。見かねた土方は、同僚に栗子を諦めさせる役を買って出るが...。

監視員の仕事で、海水浴客で賑わう浜辺にやってきた万事屋。仕事そっちのけで水着の女の子ばかり眺めている銀時と新八。神楽はというと、さっそく亀の格好をした怪しい人物・亀梨を発見しボコボコにしていた。水着の女の子を盗撮していたことがバレて必死に言い訳する亀梨だが、銀時たちは聞く耳を持たない。すると、亀梨は盗撮を見逃してもらうかわりに３人を竜宮城に招待すると言い出す。

竜宮城に行く途中に海に投げ出され、見知らぬ無人島に漂着してしまった銀時たち。遭難したものとばかり思っていた一同は生き残るために島を探索するが、その最中に亀梨と再会する。なんとこの島こそが竜宮城だったのだ。一方その頃、江戸の街には巨大な亀のロボットが出現。ＴＶのニュースでそれを知った銀時たちだが、亀梨によるとそれは竜宮城の主、乙姫がある計画を実行に移したためだという。

竜宮城に秘められた過去と、乙姫の恐ろしい計画を知った一行。その野望を阻止できるのは、もはや彼らしかいない。亀梨の提案で、一行は複数チームに分かれて乙姫のもとを目指すことにする。しかしチーム分けの途中で見張りに気づかれてしまい、いきなり窮地に立たされてしまうのだった。その頃、乙姫によって捕らわれていたお妙にも危機が迫っていた･･････！

大江戸中を巻き込んだ乙姫の恐るべき計画も、ついに最終段階へ突入する。彼女の野望を阻止するため、奔走する銀時、桂、新八、神楽ほか･･･。彼らの戦いの行方は？　そして、地球の運命やいかに！？

沖田の提案で、真選組屯所が全面禁煙化することが決定。ヘビースモーカーの土方は必死に抵抗するが、隊士たちの意見に押されてしぶしぶ了解することに。せめて街中で一服しようと外回りの最中にタバコに火をつけるが、近ごろはどこもかしこも禁煙、禁煙、禁煙・・・。世の中の風潮か、喫煙者への風当たりは強くなる一方だった。さらに、松平の提案で江戸全域に渡って禁煙令が施工され、いよいよ追い詰められた土方の取った行動とは！？

寿司屋で厳しい修行を重ね、ついに店を任されたという長谷川に招待された銀時たち。食べ放題と聞いてうかれる一同だが、実は長谷川の力量には重大な問題が！　困り果てる彼を見かねて、仕方なく一同は店を手伝うことに。全くの素人の銀時たちは、各々の技術を駆使してなんとか寿司を握ろうと奮闘するが・・・。

ある日の万事屋、いつも通りダラダラと過ごしていた銀時たち。しかし、ふと気がつくと新八の指がプラスドライバーに改造されていた！　どうやら天人の仕業らしいが、突然の理不尽な出来事に怒りが収まらない新八。さらに、何と神楽と銀時までもが改造されていた事が判明。一同はどうにかして犯人の天人を捕まえようとするが、手がかりは「奴らは今人気のネットゲームにハマっているらしい」ということだけ。天人を見つけ出して元の体に戻してもらうため、３人はさっそくゲームをプレイするが･･････

謎の天人によってドライバーに改造された体を元に戻すため、奴らが潜んでいると思われるネットゲームをプレイする銀時たち。開始早々ゲーム内の秩序を乱したあげく強敵に襲われた３人は、大ピンチの所をあるハンターに救われる。歴戦の勇者のような風情をかもし出すそのプレイヤーの正体は、なんと銀時たちと同じくゲーマー星人に改造された、ある人物だった！　さらにその後ドライバー化した知り合いに次々と出会った一行は、天人の情報を得るべくゲーム内を奔走するが･･･。

モンキーハンター内でゲーマー星人の手がかりを失ってしまった銀時たちは、焼肉屋でオフ会を開いていた。今後の対策を練ろうとする一行だが、まともな意見がさっぱり出てこない。その中、桂が皆を諭す。「今の我々に必要なことは、ドライバーとして生きていく覚悟なのだ」と･･････。果たして銀時たちは元の姿に戻ることができるのか！？

過去のスキャンダルを払拭し、今や江戸のトップアイドルにまで上り詰めたお通の新曲リリースがついに決定！その報を知った新八をはじめとするファンたちは待っていましたとばかりに狂気乱舞するが、発売を間近に控えて思わぬトラブルが発生する。お通の音楽プロデューサー・つんぽの事情で楽曲の製作が遅れ、発売が大幅延期になってしまうというのだ。ファンを裏切ることにどうしても納得ができないお通は、ひとりで行動を起こすのだが･･･。

江戸のトップアイドル・寺門通の親衛隊一同は、来るべきコンサートに向けて海辺で振り付けの特訓をしていた。しかし、タカチンは近ごろ隊員たちの熱意が散漫になっていることに気がつく。なんと隊の幹部の一人が、ブログなどを通じて知り合った女の子たちとメール交換をし始めていたのだ。「隊員はみだりに婦女子と密通することなかれ」という隊の規則が乱れていることに怒り、隊長として全員に喝を入れる新八だったが･･････

沖田の写真を使って文通をしていたことが、うららの姉にバレてしまった新八。必死に謝る新八であったが、逆に姉から、うららを口説く事を手伝いたいと言われてしまう。その後、沖田に連れられたうららと合流する銀時たち。なんとかうららの気を引こうとするが、彼女の興味は沖田にいってばかり。そんな状況に追い詰められた姉は、申し訳なさのあまり逃げ出してしまう。心配した新八はその後を追いかけるが・・・。

近ごろめっきり食欲がない定春を心配し、動物病院に連れて行く神楽。すると偶然、桂がそこに居合わせる。最近エリザベスの調子が悪く、手術をするために入院することになったのだという。幸い定春は重大な病気ではなかったものの、大事をとって１日だけ病院に泊まって行くことに。同じころ、その病院に入院中の老犬が今まさに息を引き取ろうとしていた。どうやら飼い主も危篤状態らしく、お互いに死を待つのみの状況だという。その姿を見た神楽は、老犬を飼い主のもとへ連れて行こうと決意する。

死の際の老犬・金太郎を飼い主の老人に一目会わせようと病院を抜け出した神楽と桂は、どういう訳か"星喰（犬）"と"星吐（猫）"による地球の存亡を賭けた争いに巻き込まれてしまう。金太郎を狙う星吐の猛追から必死に逃れながら、老人が入院している病院へと向かうふたり。一方その病院からは、危篤状態であるはずの老人が行方不明になっていた。息子たちからの依頼を受けて、銀時も病院に駆けつけるが･･･。

お登勢のはからいで、冬休みを山奥の温泉宿で過ごすことになった銀時たち。秘湯を楽しみに山道を進む一行だが、たどり着いたのは全く人の気配がしないボロ旅館だった。江戸に戻ろうにも帰りのバスもなく、しかたなくその旅館に泊まることになる。その後、旅館の女将・お岩が出迎えに来てくれるも、彼女の背中にはうっすら半透明の何者かの姿が！この異常な現象に気づいた銀時と新八は･･･。

銀時たちが泊まった旅館は、この世に未練を残したため成仏できないスタンド（=霊）が集まる幽霊宿だった！新八、神楽、お妙がスタンドに取り付かれ、ひとり残されてしまった銀時。女将のお岩は宿の手伝いをさせるため、骨のある人間を探していたのだという。強制的に従業員見習いをさせられることになった銀時は、同僚のレイと一緒に、次々と訪れるスタンド客をもてなすことに･･･。

お岩の横暴に嫌気が差し、レイと組んで旅館を潰そうと考えた銀時。信長、秀吉、光秀（のスタンド）のブリーフトリオを利用して宿の評判を落とそうと画策するも、女将であるお岩に邪魔されてしまう。お岩の操る最強のスタンド・タゴサクのパワーに圧倒される銀時だが、生きながらにしてスタンドとなった新八らの助けも借り、宿の客を次々と成仏させていく。そして自身と宿の運命を賭け、ついにお岩との一騎打ちに突入するが･･･。

タゴサクを自らの肉体に憑依させて閣下と化したお岩。彼女は怒りと悲しみに満ちた怒涛の攻撃で銀時を追い込んでいく。しかし間一髪、銀時もスタンドを憑依させて自らも閣下化することに成功。荒廃した幽霊宿を潰すため、全身全霊を賭してお岩に立ち向かう！

かつて、銀時の適当なアドバイスによってジャンプで絶大な人気を獲得し、アニメ化までされたマンガ「ギンタマン」。ジャンプ編集部の大藤は、そんな人気作の担当を小西から引き継いだ･･･のだが、今やその人気は衰退する一方だった！　絶望的ともいえるそんな状況にテコ入れを試みるべく、再び銀時が力を貸すことに！　大藤と小西、原作者というメンバーに特別ゲストを加えて繰り広げられる、激しいダメ出しと熱い議論。彼らがたどり着いた打開策とはいったい何なのか！？

相変わらずダメな生活を送っているマダオ（まるでダメなオッサン）こと長谷川。別居中の妻･ハツとの電話中、会話の流れで彼女を家に招くことになってしまう。しかし諸々の不幸が重なり、堕ちに堕ちた長谷川の住処は、今や公園のダンボールハウスだった！！　ハツに見栄を張って「結構いい部屋に住んでいる」ということになっている長谷川は、銀時の助けを借りて急遽いい物件を捜すことに･･･。

銀時への熱い想いが全く実らず、長らく放置されていたさっちゃんがついに攻勢に出る。糖分大好きな銀時の気を引こうと、ケーキを利用したアタックを試みるが、当然の如く失敗。そんな彼女の前に偶然近藤が通りかかる。彼もまた、お妙への恋心がいっこうに成就せず、いいようにあしらわれる（どころか使い走りをさせられている）人物だった。お互い「自分の方が相手に想われている！」と罵りあう２人。両者一歩も引かぬ口論の末、どういう訳か、互いに互いの恋のキューピッド役をすることになり･･･。

いつもの万事屋。新八と神楽が大掃除をしている最中、部屋に飾ってある額の裏から一枚の写真が落ちてくる。その写真には、何と銀時と謎の美女のツーショットが写っていた！「昔の女か･･･？」と勘ぐる２人。そこに買い出しから帰ってきた銀時が意外な真実を告げる。一緒に写っている女性は、かつての万事屋の準レギュラー的なポジションだったと言うのだ。新八と神楽がやって来る以前、銀時がまだ万事屋を始めたばかりの頃の昔話が初めて明かされる･･･。

スリなどで生計を立てる少年・晴太は、道ですれちがった銀時から財布をスる。しかし、中身はほとんどすっからかんだった上に、自分の財布をスり返されてしまう。結局あっさり銀時に捕まり、スリの現行犯をゆすられてパフェをおごらされるハメに･･･。その後、スナックお登勢に連行され事情を問い詰められた晴太は「遊女に会うために金が必要だった」と明かし一同を仰天させる。

法の通じぬ地下遊郭都市・吉原桃源郷で最高の地位にいる遊女・日輪に会うためにスリを働いていた晴太。しかしそれは、幼い頃に生き別れた母親に会いたい一心での行為だった。晴太を日輪に会わせるべく吉原桃源郷に乗り込んだ銀時たちは、吉原自警団・百華の頭領である月詠に手荒い歓迎を受ける。

吉原にやって来た神楽の兄、神威。宇宙海賊・春雨の第七師団団長である彼は、元団長であった"夜王"鳳仙と会談を始める。円満に話が進んでいるかに見えたが、次第に不穏な空気が流れ始め･･････。一方、神威とその部下による襲撃から逃れていた銀時たちは、月詠のアジトに身を寄せていた。

鳳仙の元へ向かう途中、神威の部下・阿伏兎と遭遇した銀時たちは、凄まじい戦闘力を持つ夜兎族の力に圧倒される。新八と神楽に促され、ひとり鳳仙のもとへ向かう銀時。残った２人は必死に阿伏兎と戦うも、圧倒的な力の差に追い詰められるばかりだった。激闘の最中、兄・神威への思いと自分が戦う理由をあらためて見据える神楽だったが、新八のピンチを前に、彼女の様子が一変し･･････

激闘の最中に夜兎の本能が目覚め、阿伏兎を退けた神楽。新八の必死の呼びかけで何とか自我を取り戻し、鳳仙の元へと向かう。一方、神威は晴太を連れて日輪が監禁されている部屋に来ていた。ようやく愛しい母の所に辿りついた晴太は声を張り上げて叫ぶ。「母ちゃん、一緒に帰ろう！」しかし日輪の口からは思いもよらぬ言葉が･･････

間一髪のタイミングでようやく鳳仙の元に駆けつけた銀時。常夜の街に引き裂かれた母子の絆をつなぐために決死で刃を振るうが、"夜王"の圧倒的な力の前に為すすべなく崩れ去ってしまう。「母ちゃんと一緒に地上に帰れ･･･」銀時の残した頼みを聞き、日輪を連れ吉原からの脱出を図る晴太だったが･･･。

鳳仙を倒せる唯一の方法、それは常夜に閉ざされた吉原桃源郷に太陽を取り戻すことだった。街を覆う鉄の天井をこじ開けるため、晴太は管理室へと向かう。一方、銀時と月詠率いる百華一団は鳳仙の攻撃に必死で耐えていた。全身全霊を賭して挑んでも全く揺るがぬ"夜王"の猛攻に、銀時たちは――。

常夜の街・吉原桃源郷についに太陽が昇った。激闘の末、最期に日輪への想いを吐き出しながら朽ち果てる鳳仙。そして、戦いの一部始終を傍観していた神威の前に神楽と新八が駆けつける。再会した兄に怒りをぶつける神楽だが、神威は銀時に"宣戦布告"して去っていく。

吉原桃源郷の激闘の少し後･･････かつてない強敵と対峙し、自分の力不足を痛感した新八と神楽は修行に励んでいた。「もっと強くなりたい！」その心を銀時に打ち明ける２人。しかし銀時は「修行なんてめんどくさい」と却下。そんな面々に、お妙や長谷川が修行の極意を進言するが･･････

夜間巡業中に何者かに襲われ、拉致されてしまった土方と沖田。目を覚ますと、お互いが鎖でつながれた状態で殺風景な廃墟の一室に捕らえられていた。最悪な状況を理解した２人に、モニター越しで不気味な男が語りかけてくる。地愚蔵と名乗るその男は、真選組の屯所に爆弾を仕掛けたこと、そして鎖を解いて脱出するには、２人のうちどちらか１人が死ぬしかないことを告げる。

万事屋の三人が、いつものようにしょーもない事をダラダラとダベっているとナゾの眼帯の男が現れ、「ある事」を命令する。

昔気質で閑古鳥が鳴く「髪結床」の留守番をすることになった万事屋一行。向かいに新しくオープンしたカリスマ美容院の様子をのぞいてみると、人だかりの中に入店拒否されている近藤の姿が！　彼は落ち込んでこちらの髪結床に向かってくるが、銀時たちは散髪できないし何より気まずい。カツラをかぶって他人のフリをした上で、近藤を帰らせようとするが、あまりに憔悴した彼をかわいそうに思った新八と神楽が店へ招きいれてしまう。近藤のリクエストは大幅なイメージチェンジ。カッコいい周囲の中で自分だけ人気がないのがどうにもつらくなってきたらしいのだが･･････

松平が連れてきた若侍は将軍様だった！　彼は庶民の暮らしを知るためにここでの散髪を所望。緊張のあまり新八と神楽は思わず嘔吐、すると将軍様の額に未消化のナルトが貼り付いてしまい、どうにも取れない･･････　仕方なくカミソリを当てて外そうとするが、手元が狂って髷を切り落としてしまう！　これは打首獄門どころではすまないと青ざめる一行。なんとかごまかそうとする銀時は、落ちた髷を店の外に投げ捨てて証拠隠滅を図るのだが･･････

昼間にダラダラしていたためか、どうにも眠れず困り果てる神楽。銀時と布団を交換してみたり、眠る時の眼球の置き所や呼吸の仕方などを考察してみたりするが、本人はおろか、彼女に付き合わされる銀時までも目がバッチリ冴えてきてしまう。運動＆満腹が安眠を導くという銀時に従って、夜中のジョギング町内50周、そして一升飯とトライする神楽。しかしいずれも、余計に目がさえるだけ。果たして彼女に安眠は訪れるのか！？

九兵衛の誕生パーティーの招待を受けたお妙と新八は、プレゼントの特注ケーキを手に柳生家の屋敷に向かう。しかし会場に入ってみると、芸能界、政界、あらゆる分野の著名人が！　自分たちは場違いなのではと心配になってくる二人。見ると、向こうのテーブルで銀時、桂、長谷川、亀梨（ただし甲羅のみ）がパーティーそっちのけで大騒ぎ！　このメンバーが揃って会が無事に進行するわけもなく、いつものようにパプニングが起こり始め･･････

負の人生スパイラルから抜け出そうと一大決心したマダオこと長谷川。彼が銀時とやって来たのは…場外馬券売場。徹夜で対策を練ってきた長谷川と、考えるのが面倒でテキトーに張る銀時。過程こそ違えど結果はどちらも惨敗で、帰りの電車賃さえ無くしてしまう。しかし、長谷川にはどうしても手ぶらで帰るわけにはいかない理由があった！　二人は着物を質に入れ、最後の300円を握りしめて起死回生の勝負に挑む！

屋台『ぐちり屋』のルールは、一人で来店して好きなだけグチる、知り合いにあっても知らぬふりをする、ここでの話は他言しない。今宵の客は甘党で気だるそうな侍、次にマヨ侍、最後にゴリさん（仮名）･･････グチろうにも、3人ともどうにも気まずくて仕方ない。しかし店の親父が彼らのいつものグチを代弁してしまい、一同は慌てふためく。そこにもう一人、見知った女性がやってきて、次々に先客達を言葉（と凶器）で攻撃し始める！

今日も大盛況の寺門通ライブ。しかし親衛隊長・新八は怒りに打ち震えていた。親衛隊員がたったの4人しかコンサートに集まっていなかったのだ。しかも大多数の隊員が無断で脱退していたという事実を知り、激昂する新八。脱退理由は新興のファンクラブ「通選隊」への鞍替えだというのだが、何とそのリーダーは妖刀の呪いでカリスマオタクとなった土方（トッシー）だった！　トッシーの猛攻に、新八は唯一？の取り柄を守りきれるのか！？

寺門通公式ファンクラブの座を巡る熾烈な戦いが幕を開けた。妖刀により出現した土方のヘタレオタク人格・トッシーは、いったんは強固な意志によってねじ伏せられたかに見えたが、実は消滅せずに彼の中に生き続けていたのだ。土方は自らオタクの頂点に上り詰め、覇王として君臨することでトッシーの消滅、すなわち成仏を図る。覇道を極めようとするトッシー、お通ちゃんへの愛が原動力の新八･･････勝利は果たしてどちらの手に!?

お通ちゃん公式ファンクラブの座を目指す予選ロードレース。タカチンは重症だし、先頭を走っていたはずの神楽はルートを間違えるしと、新八チームは勝利から遠ざかっていく。一計を案じた銀時がタカチンを病院に担ぎ込み、瞬時に回復＆パワーアップ？させて戦線に復帰させる！　レースはさながら騙し合いの体をなして来たが、それでも必死にゴール目指してひた走る新八。果たして知将・トッシーに勝利できるのか!?

参加者を全て丸め込んで親衛隊チームを妨害し、予選レースを１位でゴールした通選組のトッシー。ところが知謀を巡らせて蹴落としたはずの親衛隊チームがまさかの２位でゴール！　当然、替玉疑惑にツッコむ土方だが、身内にタクシーでの不正疑惑があったりでお互い目をつぶる事に。そこへコースを間違えた近藤と神楽がパトカーに乗せられてゴール。一方、未だレース中の新八は･･････？　それはそれとして、戦いの舞台はいよいよ本戦へ！

寺門通公式ファンクラブ決定戦。本戦２戦目は、チームごとにバーチャルなシチュエーションを設定し、お通を口説き落とせれば勝利となる "魅力対決"。先攻の通選組は夜景の美しいバーを舞台にするも、ナレーションの沖田、アシスト役の近藤＆モヒカン山崎の暴走によりせっかくのムードはブチ壊し。ひとり焦る土方であったが、近藤たちの巧妙な演出によってお通をオトすことに成功する。追い詰められた親衛隊・新八だったが･･････

公式ファンクラブをめぐる戦いも、ついに最後の決着をつける時が来た。リングに上がった新八と土方が対戦するのは、お通チップスのおまけカードによるカードバトル。新八側はカードの存在すら知らず、慌てて売店に走る。一方、準備万端の土方はいきなり超強力カード『開幕五分前の憂鬱』を繰り出す！土方の猛攻撃に対して防戦一方の新八。はたして反撃の糸口をつかむことができるのか!?

激闘の末、リングに倒れ込む新八と土方。ライフポイントは共にゼロ。ところが、ボロボロになりながらも立ち上がり、再び戦い始める二人。命を削るかのような殴り合いに、悲痛な叫び声をあげて制止しようとするお通。しかし、もう誰も彼らを止めることはできない。二人は既に、公式ファンクラブの座の為だけに戦っているのではないのだった――。

[松茸のお吸い物ってアレ　ホンモノよりうまいよね] 万事屋のニセモノが巷で人気を博しているという噂を耳にした銀時たち。調べてみると、万事屋の名を騙りあやしい商売でボロ儲けしていることが発覚。正体を暴こうと乗り込んだ一行が見たものは!? [人は死んだら生き返らない] 新八の前に、青い全身タイツを着たオッさんが突然現れた。戸惑う新八をよそに、自分のペースで話を進めていく『青い人』。なんと彼は、自分が未来からやって来たというのだが……。

冬のとある日。世間ではインフルエンザが大流行し、お妙も寝込んでしまっていた。久しぶりに二人っきりになれたこともあり、かいがいしく看病する新八。そんな中、銀時、神楽が訪ねてくる。なんと彼らも風邪をひいてしまい、面倒を見て欲しいというのだ。いきなり押しかけた上に、わがままばかりの銀時たち。新八のイライラが募る中、今度は別の病人が次々と現れて･･････

早朝アパートのゴミ捨て場付近で張り込みをしている土方。そこへ寝ぼけている銀時がごみを捨てに来た。しつこく絡む銀時を邪魔に思った土方は（公務執行妨害ならびに警官侮辱罪で）現行犯逮捕するが、もみ合ううちに自分にも手錠がかかってしまう。土方は別の場所で張り込んでいた沖田を呼びつけ自分にかかった手錠を外し、銀時を署まで連行するよう命じるが、沖田は自分の手錠を銀時と土方にかけてしまう。二つの手錠でつながれた銀時と土方。そんな中、ターゲットの過激派攘夷浪人が動き始めた。

早朝から良く働くたま。お登勢が休むように話をしている間も、たまは手を休めない。みんなと一緒にいられるだけで幸せだと言うたまだったが、なぜかその姿は一昔前のゲームのようなカクカクしたポリゴンになってしまっていた！　働きすぎで疲れているのだと銀時とお登勢が話をしていると、買い物から帰ってきたたまの姿はポリゴンどころかドット絵まで退化していた！！　なぜこんな姿になってしまったのか、そして元の姿に戻ることが出来るのか！？

源外のからくり堂で、たまが電脳ウイルスに感染していると判り、「一寸法師計画」によりウイルス駆除に向かう銀時たち。たまの体内で倒れている白タイツの男から王への伝言を頼まれる。たどり着いた白血球国には武器屋や宿屋、カジノなどＲＰＧな店がいっぱいで、銀時たちはとりあえず軍資金稼ぎにカジノに入り教会でセーブを･･･とＲＰＧな世界を満喫することに。たまの分身もサポートに加わり、まずは白血球王に会いに行くことにした一行。いよいよ電脳ウイルス駆除のための冒険が始まる！

たまのメインシステムに到着した銀時一行。大魔王の前に勢ぞろいした黒タイツたちを前に、どう戦うか策を練る･･････が、意見が合わずなかなか突入できないでいると、埒が明かないと判断した神楽は一人黒タイツの群れに突入する。その間に城を目指そうと動きだすが、銀時と白血球王がケンカを始め、あっという間に黒タイツに囲まれてしまう。ところが互いの力比べをするドサクサで黒タイツたちは次々と消滅していく。そしてついに大魔王が姿を現した！

ついに獏大魔王と対峙する銀時たち。たまの姿をしている獏大魔王に対して白血球王が手出しできない一方、銀時はまったくお構いナシに攻撃を加えていく。銀時の軽率な行動に腹を立てた白血球王は、彼と内輪もめを始めてしまう。そんな2人を前に、獏大魔王は白血球王の父へとその姿を変える。すると今度は、新八と神楽も獏大魔王に攻撃を始め、ついには玉座から叩き落とすことに成功する。絶好の勝機を前に銀時たちは･･････

[なくなって初めてわかるいとおしさ] 万事屋の建物の上で、見たことがあるような男二人がなにやらたくらんでいる様子。さまざまな来訪者に身を潜めていたが、騒ぎが一番大きくなりそうな男・桂に姿を見られてしまう！ [真似ばかりしていると訴えられる] 目覚まし時計でおきた銀時は、酔い覚ましに一風呂浴びることに。シャワーを浴びる中、とある異変が銀時を襲う！　神楽も新八も被害に巻き込まれたようで、なぜこんなことになったのか……主役3人に、かつてない危機がおとずれた！

土方たちの下に、人斬り古兵衛と呼ばれる人物が厳重な警備と共に護送されてきた。彼は過激攘夷派・暁党の幹部であり、幕府の役人35人を手にかけた凶悪な殺人鬼でもあるらしい。近藤曰く、古兵衛はどんな拷問にも耐え、楽しそうに笑っているという。真選組に与えられた任務は、そんな彼から暁党が計画しているという大規模なテロの詳しい情報を聞き出すというもの。まずは一番手、山崎が古兵衛のいる取調室へ！果たして無事に供述を引き出すことができるのか！？

[大事なのは見た目ではなく中身] 定春の散歩をしている銀時。道で桂に出会うが、横にいるのはエリザベスとは似てもにつかぬ何かの物体。新八と神楽もエリザベスが変わってしまったというか全くの別物になっていることに気付き、桂の目を覚まそうと行動を開始する。 [見た目より中身といっても限度がある] 朝、なぜか押入れで目覚めた銀時。違和感を覚えながらトイレに行き寝室に戻ると、なぜか自分が布団に寝ているではないか。またしても重大な異変に襲われたことに気がついて、試行錯誤を繰り返す。

仕事を終えて、夜の高層ビルでエレベーターを待つ万事屋一行。今回の依頼主は大企業の社長で、めずらしく報酬もガッポリ。久々に大金を手に入れた銀時たちは、奮発して焼肉を食べに行こうと浮かれていた。どの店にしようかなどと、待っている間も期待は膨らむばかり。そうしている内にエレベーターが到着し、さあ帰ろうと乗り込んだところ･･････

右頬をぷっくり腫らしたマヌケ面の銀時。歯医者の待合室で虫歯の治療を待ちながら、プレッシャーに耐え切れずに「早く俺を殺してくれェェェ！！」と叫んだりするほどに緊張している様子。看護師のオバハンに注意されながら順番を待つ銀時だったが、さらにもうひとり頬を腫らした男がやってきて、事態はさらにややこしいことに！

四年目もいよいよ折り返し地点!! 万事屋の三人がいつものようにしょーもないことをダラダラとダベるかと思いきや、重大な発表がなされる。

日輪からの呼び出しで久々に吉原にやってきた銀時たち。鳳仙がいなくなり、吉原は自由になった一方で、今まで鳳仙の力を恐れ吉原に近づいてこなかった者たちが吉原に集まりつつあるという。さまざまな犯罪が増え、とりわけ吉原で今一番問題視されているのが、非合法薬物の売買。その取引一切を仕切っている男を捕まえて欲しいというのが今回の依頼。名前も肩書きも顔もいくつも持っているというその男は、首にある蜘蛛の刺青が唯一の手がかりだという。

首に蜘蛛の刺青が入った男の手がかりを得ようと、銀時と月詠は紅蜘蛛党に潜入する。だが敵に気づかれ、あっという間に取り囲まれてしまう。何とか応戦する二人だったが、いつの間にか現れた「蜘蛛の刺青」の男が銀時の背後に迫る！　月詠を知っているかのような口ぶりのその男は、いったい誰なのか！？

月詠はかつての師匠、地雷亜の手にかかり囚われの身となってしまう。一方、かろうじて全蔵に助け出された銀時は、かつての地雷亜についての話を聞く。彼は前将軍に忠誠を近い、20年前の天人襲来の際、派閥争いを始めたお庭番たちを次々に手にかけていったらしい。やがて彼の方が消される立場となるのだが、しかし瀕死の重傷を負いながらも逃げ延びていたのだった。今、地雷亜の「忠誠」は自らが育て上げた月詠に向いている。そして、彼女が依って立つものすべてを無くそうと――すなわち、吉原を炎に包み、燃やし尽くそうとしていた！！

地雷亜に一撃を与えた銀時は、地雷亜の拘束から月詠を解き放つことに成功。一人で何でも背負い込もうとする月詠を、銀時はたしなめる――自分を捨てて綺麗に死んでいくことより、小汚くても自分らしく生きていくことのほうが上等だ、と。そして、師と名乗っておきながら、弟子を裏切った地雷亜に対して怒りをあらわにするのだった。

吉原の町はだいぶ復興してきたというのに、傷はいえたはずの月詠は部屋でふさぎこんでいるという。そんな彼女をリフレッシュさせてほしいと日輪が銀時に頼んできた。だが彼女は部屋で寝ているという芝居を打っていただけで、実は外へ抜け出してパトロールを行っていたのだという。働きながらでもいいからリフレッシュさせようということで、一同は作戦を考えるのだが･･････

銀魂放送182回を記念して、キャラクター人気投票大発表！前回と全く変わらず8位だった新八は、喫茶店でひとり落ち込んでいた。そこに9位の山崎も現れる。彼は語る。「地味キャラは踏み台No.1になればいい。8位、9位は自分たちにとって、1位と同様ではないだろうか」と。しかし実際は、山崎も諦めきれずにいた。涙を流して走り去る山崎。それを見送るしかない新八。しかしその直後、山崎の悲鳴が響き渡った！

久々に行われた人気投票の結果に不満を抱くキャラたちは、次々に上位キャラたちを襲い始める。下位キャラたちに囲まれた新八は、何とか逃げようと屋根の上を走っていくが、足元が崩れて落下してしまう。逃げ切れない！と思った矢先、何者かに手を取って引っ張り上げられ、キャサリンたち下位キャラの襲撃から逃げ延びた新八。向かうところ敵だらけのこの状況下、救いの手を差し伸べたのはいったい誰なのか！？

避難している新八たちだが、この内部でも争いが勃発する。互いのズボンを、順位もろとも引き摺り下ろそうと画策するが、そんなことでは各自の順位は揺るがない。その矢先、銀時たち男性陣がお妙・九兵衛・月詠･さっちゃんによって襲撃されてしまう！ お妙側が有利と見るや、神楽はあっという間に万事屋からお妙たちの陣営に寝返ってしまう。争いは順位をめぐるものではなく、男性キャラVS女性キャラに変化していく！

「スズメバチが境内に巣を作ってしまったので撤去してほしい」と依頼を受けた万事屋。防護服を着込み、完全武装した一行を待っていたのは、見たこともないほど巨大な蜂の巣だった！話が違うことを理由に銀時が帰ろうとする一方で、神楽が勝手に巣を破壊してしまう。怒って出てきたスズメバチに襲われないように、死んだフリでやり過ごそうとする銀時たちだったが･･････

ケーキ屋で商品を物色する沖田。店の外に出たところで、一人の少女に正面から刺されてしまう！！　沖田を父の仇と呼び、そのような凶行に及んだ理由は、「六角事件」という事件に関係しているらしい。事件と沖田、そして彼女の父親との関係は？　そして何より、冒頭からいきなり刺されてしまった沖田の運命は！？

「六角事件」を改めて調べ始めた銀時たち。沖田の部下・神山から事件の真相を聞いた銀時たちは、沖田たちを助けるべく天堂の元へと向かう。その頃沖田は、霧江を利用した手口によって、天堂蒼達に捕らえられてしまっていた。創界党を壊滅させた沖田に復讐するためによみがえったのだと饒舌に話す天堂は、霧江の父親についても語り始める。

子供たちが夏休みの自由研究を発表しあっている、ある日の寺子屋。子供らしく、よく書けた日記の発表の後、最後に順番が回ってきたのは大五郎という子。夏休み初日、寝坊してラジオ体操に遅れてしまった彼は、そこでマダオに出会い、マダオの観察日記をつけることにしたという。

早朝のかぶき町。外からラジオ体操の始まりを告げるアナウンスが聞こえるやいなや、猛スピードで家を飛び出す神楽。いつもぎりぎりに駆け込んでハンコをもらう神楽だが、この夏は今まで皆勤なのだという。同じく、皆勤の少年がもう一人いた。次第に仲良くなる2人だったが、少年にはとある事情があったのだった。

かぶき町のとある神社。そこは猫の溜まり場だ。野良猫たちがえさを食べている様子を草むらから見ている銀時たち。すると、境内の猫たちがクモの子を散らすように逃げていき、鳥居の方向から一匹の猫がやってきた。ちぎれた両耳、樽のような巨体･･･かぶき町のボス猫、ホウイチである。銀時たちはこのホウイチを捕まえるよう町内会から依頼されていたのだ。新八と神楽が網を持って飛び出すが、一瞬のうちに二人の手を逃れ、悠々とその場を立ち去ろうとしている。神楽と新八は銀時に助けを求めるが、なぜか銀時の姿がこつぜんと消えてしまっていた！

猫になってしまった銀時たちは、ホウイチに連れられてやってきたスナックお登勢の中で、出されたエサを貪る様に食べていた。野良猫狩りの連中に捕まると、この町には二度と戻って来られないと忠告するお登勢。どうやら町の人々をけしかけて野良猫狩りをさせている人物がいるようなのだ。

大量の野良猫が捕えられている木天蓼（またたび）星大使館。猫たちの檻を眺める溝鼠組の前に、木天蓼（またたび）星の国王が姿を現す。しかし、それほどの大人物が江戸を訪問しているという情報は一切出ていない。どうやら国王はお忍びで来ているらしいのだ。彼は野良猫たちを捕まえた真意を語り始めるが、それがとんでもない理由で･･････　国王の陰謀によりピンチに陥る野良猫たち。そこに助けに駆けつけたのは、何と傷だらけのホウイチだった！

万事屋の居間で食事をしている銀時たち。卵かけご飯を猛然と食べているのは神楽一人だけ･･････というのも、神楽が食事当番になってからずっと卵かけご飯が続いているのだ。銀時から文句を言われた神楽が新八の家で毒づいていると、お妙から一緒に料理教室へ行ってみないかと誘われる。やってきた料理教室では女子たちがエプロンをつけ集合しているのだが、中にはチラホラと妙なメンバーが！

深々と雪が降り続くかぶき町。『浪士たちがターミナル武装占拠を決行せんと画策し、旅籠池酢屋に集結、談合を行っている』という情報を受け、一網打尽にしようと真選組が現場に向かっていた。土方に背中を預けたと語る近藤だが、その鼻からひょろりとそよぐものが･･･。呼吸に合わせ小刻みに揺れ、おまけに鼻が笛のように鳴っている。他の隊士に気づかれては士気に影響するのではないかと心配する土方は、何とか周囲に気づかれないうちに処理しようと、様々な手段に挑戦する！

雨のかぶき町。天気予報に反して降り出した雨に悪態をつく銀時に、一人の女性が傘を差し出してきた。悪いから･･･と断る銀時に傘を置いて立ち去ろうとするその女性は、なんと最近天気予報を外しまくっている結野アナ本人！視聴者からの苦情が殺到した結果、おめざめテレビを降板中の結野アナ。彼女はデータ等を参考にせず、占いで天気を予測していたというのだが･･･。

天気予報を外しまくっている結野アナ。実は彼女は古くから伝わる陰陽師一族の一人で、占いなどという甘っちょろいものではなく、陰陽師の力を利用して天気予報をしていたというのだ。陰陽師でありながらお天気お姉さんをやっている彼女が気に入らず、天気予報の邪魔をしている者がいるらしい。陰陽師たちの屋敷に到着した銀時たちは結野アナの兄と対面するのだが･･･。

結野アナのピンチを救うべく、道満から提案された式神タッグ呪法デスマッチを受ける清明。会場に着くなり道満に捕らえられてしまった清明の前に銀時たちが現れ、清明に加勢すると告げる。一回戦、結野衆・巳厘野衆共に失格、引き分けとなる。その戦いぶりを見て、銀時たちの力量を認めた清明は、銀時とともに次の勝負に挑む。

清明は、江戸守護の任を解かれるリスクを負いながら、江戸じゅうに配した式神の呪を解き、それに使っていた力をすべて自分に集結して道満に立ち向かう。すさまじい呪詛のぶつかり合い。清明の圧倒的な術を前に、防御姿勢の道満。勝負あったかに見えたその時、道満は父親から繰り返し聞かされていた結野家との因縁を思い出す。そしてその身には呪印が広がっていく！

負の情念に取り付かれた道満は、巨大な鬼になってしまった。一千年前に結野衆と巳厘野衆が決死の思いで封じた闇天丸をその身に宿したというのだ。もはや清明の声も届かなくなってしまった闇天丸の前に、オーラに包まれた木刀を持った銀時が立ちはだかる！　一千年の時を越えて蘇った大鬼に対し、銀時はどう戦うのか！？

世間はもうすぐクリスマス。プレゼントをもらうために用意周到な準備をしていた神楽だが、銀時は何だかんだとはぐらかすばかり。自分のところには一度もサンタが来たことがないと嘆く神楽を元気付けようと、一同はクリスマスパーティーを催すのだが、忘年会を兼ねた鍋パーティーに小さなケーキが用意されている程度。ちっとも楽しくない神楽だったが、そんな彼女の前に二人のサンタが現れた！？

神楽の前に次々と現れるサンタ候補たち。自らのアイデンティティを賭けて、それぞれに勝手な主張を繰り広げる。

祝放送再開！決意を新たに一年ぶりの万事屋に出社する新八。 しかし、そこには見慣れぬ謎の男とグラマラスな大人な女性･･･まるで別人に変貌した銀時と神楽だった。己の知らぬ間にここでは二年の月日が経っていると知り新八は困惑する。自分だけが変われず皆に置いてかれていることに愕然とし、道場へ戻り落ち込む新八にさらに追い討ちをかけるような事態が起こっていた！

二年の月日が経過した世界。新八は自分以外何もかもが変わってしまった現実を受け止められずにいた。実は他にも二年後に取り残されていた人物が･･･真選組の土方もその一人だ。 新八と土方は現状を、ツッコミというポジションを忘れてこの世界をボケの飽和状態にした自分たちへの罰だとうなだれる。これから何も変わらないであろう世界に絶望を感じる二人の前に、あるニュースが流れ始める･･･

「年賀状は筆ペンでいけ」 毎年、山のような年賀状にウンザリの銀時。 グチる銀時をよそ目に神楽と新八は年一回の仕分けを楽しんでいた。近況報告も兼ねた年賀状の中には馴染みの顔からも･･･ しかし差出人たちは年賀状でやりたい放題！宣伝、宣戦布告、グチ、偽造結婚報告、失踪者たちの行方を聞く者まで。そんな中、ネクロゴンドという妙なところからも年賀状が届いていた。差出人は失踪中の･･･！ 「カカオよりココロ」 バレンタインなんて茶番はやめるべきだ！！と訴える万事屋の男子二名。 そんな彼らの傍らで、お妙に勧められてチョコを渡そうとする神楽がチャンスを伺っていた。 だが、いざとなると恥ずかしくてモジモジしてしまい勘違いされてしまう結果に。 そこで、月詠とさっちゃん二人の力を借りて一緒に渡すことにしたが･･･はたして三人はチョコを渡すことが出来るのか？

「食事はバランスを考えろ」 ある日山崎は街で娘とぶつかりあんぱんを拾ってもらう。 「あの･･･あんぱんお好きなんですか？」と娘から問いかけられる山崎。 その娘は山崎の張り込み対象の居酒屋女主人・楢崎幸だった。 土方は山崎に、幸の弟・鈍兵衛が悪の組織に追われて逃げ込んでくると言う。 鈍兵衛と幸との接触をひたすらあんぱんを食べながら待つ山崎だったが･･････ 「人は皆運命と戦う戦士」 断られると思いつつも妙を野球観戦に誘う近藤。 が、意外にも妙は野球が好きらしく、観戦デートの約束を取り付ける。 浮かれる近藤だったが、デートの待ち合わせ場所までの道中で苦難が次々に立ち塞がり大事な観戦チケットを落としてしまう･･･ そんなチケットを拾ったのはサチ子という少女だった。

どうやらキャサリンに恋人が出来たらしい･･･。全く信じない銀時だったが、恋する乙女の美しすぎる変貌を目の前にして動揺を隠せない。 相手はスナックお登勢の常連客の、末次郎という実業家。キャサリンは彼と一緒に店を出すことを決意しかぶき町を去ることに･･･しかし、お登勢は祝福どころか「そのツラ、もう見ないですむと思うと清々する」と冷たくあしらう。そして別れの日がくるが･･･。

万事屋のテレビが壊れた！と、思ったら中にさっちゃんが潜んでいた。 銀時は定春にテレビごと捨ててくれと頼むが、その拍子にさっちゃんの大事な眼鏡が壊れてしまう。銀時は渋々さっちゃんに新しい眼鏡を買ってあげるものの、それはあきらかに度数が合っていない瓶底眼鏡だった。銀時からのプレゼントに喜ぶさっちゃんだったが、そのせいで始末屋稼業に失敗したため、責務を問われ消される危機に陥る！

万全の護衛体制で滅殺仕置き人たちを迎え撃つ全蔵と万事屋一行。 しかし敵の気配が迫る最悪の事態の中、銀時らは買出しに出かけてしまい、全蔵の計画は台無しに！ 一足先に屋敷に戻り、居眠りをこく神楽と定春の元に第一の刺客、寝込み専門の殺し屋の魔の手が忍び寄る・・・はたして最強の仕置き人ＶＳ必殺万事屋の戦いの行方はいかに！！

「劇場版銀魂　新訳紅桜篇」の大ヒットを受け再開したテレビシリーズも、はや２ヶ月が経とうとしていた。 だが油断することなかれ、「いつまでもあると思うな親とアニメ銀魂」前回のシリーズの反省を決して忘れてはいけない。

ならず者ばかりが集まる町、かぶき町。 ここは四天王と呼ばれる四つの巨大勢力が、互いを牽制し均衡を保っている状態だった。 その四天王の一人、女帝お登勢。 勢力を持たない彼女が四天王に君臨し他の勢力に対抗できる理由・・・それはかぶき町最強の男が側にいるからに他ならない。そんな中、銀時のもとへ万事屋一家の舎弟にしてほしいと一人の女の子が現れる。彼女はもと植木蜂一家、「人斬りピラコ」の異名を持つ椿平子だった。

溝鼠組の構成員に手を出し窮地に立たされた銀時らは、全ては次郎長にかぶき町の天下をとらせるための策略に巻き込まれたことを知る。そして黒駒勝男も属する次郎長一家は、この町を手に入れるために既に動き出していた。 最初に狙われたのは次郎長が最も忌み嫌う人物、お登勢。彼女を救える方法はたった一つ、 銀時が次郎長一家に入ること！要求を呑まなければお登勢が狙われ、自分も命は無いと決断を迫られた銀時が下した決断は・・・。

次郎長をかぶき町に妄執させていたお登勢が消え満足する平子。彼女がいなくなり四天王勢力の均衡が崩れた今、かぶき町では戦争が始まろうとしていた。 一方、お登勢の安否を見守る万事屋一行のもとへ西郷が現れ、自分達の店が四天王勢力によって打ち壊される事を告げられる。居場所を奪われる彼らに、この町を去るように促すが・・・ そしてスナックお登勢の立ち退きの日がやってきた。

ついにかぶき町が戦乱の渦に。 ピラ子と西郷率いるヤクザ、オカマ軍団は圧倒的な戦力でスナックお登勢を潰しにかかるが、銀時ら４人の抵抗に全く歯がたたない。 善戦する彼らだったが、無情にも万事屋に火の手が上がってしまう。燃え広がる炎に成す術の無い銀時たちの前に、消火の水と共に火消しの辰巳が現れる！次々と馴染みの仲間たちが、かぶき町を護ろうと立ち上がった。

それぞれ侠の鎖を護るため、ついに再び対峙する銀時と次郎長。 抗争の裏で糸を引いていた華陀率いる辰羅族の兵を相手に獅子奮迅の戦いをするものの、彼らの体力はすでに限界にきていた。 歯を食いしばり立ち上がる次郎長の脳裏にお登勢と辰五郎、３人で過ごした記憶が蘇る・・・

春雨の宇宙要塞に神威率いる第七師団が召集される。彼らが呼び出された理由・・・それは高杉晋助ら鬼兵隊の処理を命じられたためだった。都合良くお互いを利用しあう関係の彼らだが、春雨内部自体も、鬼兵隊も腹に一物あるような連中ばかり。神威と高杉は、お互いの野望のためにどう動くのか？

万事屋へ寺子屋の子ども達が社会見学へ来ることになった。みんなに万事屋の凄さを自慢したい神楽は銀時にカッコイイ所をみせてほしいとせがむ。しかしいざ子ども達を迎え入れると、万事屋の中はなぜか工房に変貌しており、職人面した銀時が何やら怪しいものを製作中。その名も“パトリオット”。はたして万事屋は子ども達の憧れの職業になれるのか？そもそもパトリオットって一体！？

念願の職を手にした長谷川。今回の仕事は夏休みの大江戸プールでの監視員だ。 自分の役目は子ども達に良い思い出を作らせること！と、熱心な姿勢だったが、・・・同じく監視員の銀時と双眼鏡片手に水着ギャル（彼らがいうところの”デカプリ娘”）の物色を始めてしまう。そしてかぶき町中から、バカが集まってきた！

お登勢からカニを貰い久々の豪華な食卓にテンション高めの万事屋３人。 しかしもらったカニは一杯のみ。ハサミを入れると１０本になる足だが、３人で分けると１本余ってしまう。 それでも仲良く食べようという矢先、食卓が突然停電に！

夜の公園。群がる野次馬の中心でサラリーマンに殴られる一人の男。彼の名は岩松。職業：殴られ屋。人間サンドバックになり客に殴られるのを商売としている元プロボクサーの岩松は、アウトローな街・かぶき町ならイイ稼ぎが出来そうと意気揚々でやってきたが、・・・神楽の一撃を受け後悔する。 自称かぶき町の女王・神楽は、ビビる岩松を殴り屋需要のありそうな場所へ連れ出す。

屁怒絽一家と銭湯ではち合わせしてしまった銀時たち。一家は地球侵略をするに違いない！と恐れ、何としてでも風呂場から脱出したい彼らはちびっこ風呂に逃げこむが、実は荼吉尼族は熱いお湯が苦手！結局一緒の風呂に入ることに。行き場を失った銀時たちは、無事風呂場から脱出できるのか？

将軍からの命により、さるお方を預かることになった柳生家。 教育係に指名された九兵衛は将軍家のお役に立てるならと張り切るが、気づくと頭の上にのる子猿が一匹。こちらが「さるお方」だった。 まずは名前を付けようと、お妙と万事屋に協力を仰ぐ九兵衛。将軍家の名に恥じない立派で縁起のいいものをと皆で考えるが･･･

さるお方改め「寿限無寿限無・・・（中略）ビチグソ丸」と絆を深めていく九兵衛。 しかし楽しい時間はそう長くは続かなかった。 将軍家の命によって柳生家を去ったビチグソ丸だったが、九兵衛に会いたい一心で将軍家から逃げ出してしまう。　 必死の捜索の甲斐もなく未だ捕まらないビチグソ丸を諦めず探し続ける九兵衛たちだが・・・。

江戸の警察組織のトップに君臨する警察庁長官・松平片栗虎。「破壊神」の異名を持つ松平を、桂率いる攘夷浪士たちも最大にして最強の敵と恐れていた。 桂は家政婦エヅラ子として松平のスキャンダルをつかむべく屋敷に潜入したが、そこで見たのは家庭の中で居場所のない父の姿だった。

リサイクルショップで壊れたＶＨＳのビデオデッキの買い取りをせがむ銀時は、幸運にも超今時のブルーレイと交換してもらう。 ただし中にはディスクが入った状態・・・その名も『呪いのブルーレイ』。 恐ろしくなって返品に行こうする銀時だったが、慌てて転んだ拍子にディスクが再生されてしまう。 テレビ画面には砂嵐、井戸、そして中からは女が現れた！

代金を踏み倒している客からツケを回収する依頼を受けた万事屋。 刑務所の看守の制服で来るという、噂の客を捕まえようとする一行。しかし逆に銀時が捕まる結果に。 実は制服姿の彼は本物の看守だったのだ！ 名は米裏葛乃助、不正を働き彼が支配している監獄では法は通じないでいた・・・。

無実の罪で投獄中の銀時は看守に目の敵にされる一方で囚人達のボスに成り上がっていた。 刑務作業中に抜け出し舎弟の鯱を連れ、米裏の不正の証拠を見つけに看守長の部屋に向かう。懲罰房行きでは済まない事態を覚悟の上、バレないようにと銀時は看守が着ていたパジャマで変装するが・・・。

今回は番外編！今まで数々の（一方的な）コラボを成し遂げてきた銀魂。 今度のコラボ相手は少年ジャンプで連載中のコメディ漫画「SKET DANCE」！ 学園で何でも屋3人が活躍するという、泣けて笑える基本一話完結でおまけにアニメ放送は木曜夕方6時・・・と、何かと銀魂と共通点が多すぎるスケット団。自分たちのポジションを狙いにきていると言う銀時に対して、スケット団からの宣戦布告が！

お妙に真剣交際をしている恋人を紹介する新八・・・しかし、彼女の正体は大流行恋愛ゲーム「愛チョリス」のキャラクター、百々（もも）さん。 今、江戸中で新八のようにゲームと現実を区別できない男子たちが急増中なのだった。 お妙から新八を現実世界へ戻してほしいと頼まれた銀時。 唯一の手段は彼と同じ愛チョリスの世界へ入り説得することだが、銀時が選ぶことになった彼女は何だか訳アリの強烈キャラで・・・

恋愛シュミレーションゲーム「愛チョリス」にハマる新八の目を覚ますためプレイヤーたちの祭典「俺の嫁天下一武闘会」に参戦することになった銀時。 勝負はゲーム内のデート。 百々組の予選では新八が持ち前の草食系アプローチの結果、他プレイヤーを圧倒する！

銀時に携帯電話がほしいとねだる神楽だが、万事屋の財布の紐は固く全く相手にしてもらえない。 そんな最中、定春のウンコの中から携帯が3つ発見される！ 早速からくり技師の源外に修理してもらい万事屋メンバーで一つずつ持つことに。 念願の携帯に喜ぶ神楽の一方で、銀時と新八はそんな神楽からのメールの多さにウンザリな様子・・・

馴染みの定食屋の親父の葬儀に参列する万事屋一行。参列者の中には真撰組の姿も。超味覚音痴な銀時と土方は「江戸の宝が消えた」と落胆してる様子・・・しめやかに行われる葬式の最中、突然、死んだはずの親父が起きあがった！！どうやら姿が見えているのは銀時と土方の二人だけ・・・舞い戻ってきた親父の恐怖からすぐにでも逃げ出したい彼らは・・・。

突如、「捜さないで下さい」と書かれたプラカードを残し消えたエリザベス。 万事屋に捜索の依頼をする桂だが、記憶を辿ってみると最後にエリザベスに会ったのは一年以上前。実は、エリザベスが家出していることにも気づいていなかったのだ！ とりあえず一行は桂の家で何か手がかりが無いか捜してみることに。

桂と万事屋一行はエリザベスの元カノ・フミ子から彼が姿を消した真相を知る。 彼の正体は地球に潜伏し、侵略するためにやってきた幻の傭兵部族「蓮蓬（れんほう）」だった。 フミ子は銀時らに蓮蓬から地球を、そしてエリザベスを護ってほしいと頼む。 そんな中、江戸では突然降り出した雨に打たれた人が次々エリザベスのような顔になり、プラカードでしか会話できなくなる症状になりパニック状態！ついに蓮蓬軍による地球侵略が始まってしまったのだった。

万事屋、桂、坂本らはフミ子と共に蓮蓬に扮し、彼らの拠点要塞に潜入した。闇将軍と恐れられる「米堕卿（べいだきょう）」率いる軍の敷地内には対侍用機動兵器「頑侍（がんさむ）」を配備し、雨で混乱している地球に頑侍で奇襲を仕掛けるのが彼らの狙いだ。 地球侵略を阻止する為にも部隊が辿り着く前に頑侍を破壊しなければならない銀時たちだが、緊迫しつつも彼らは蓮蓬軍と打ち解け始める。そこへエリザベスこと、江蓮（えれん）将軍が現れた！

正体を明かした銀時と坂本は、双竜将軍らを相手に乱戦を繰り広げる。 一方、自らの義を貫き頑侍で出撃したエリザベスは米堕卿と死闘を展開していた。 米堕卿の圧倒的な力の前に絶体絶命のエリザベス。そこへ「友（おまえ）の背中は友（おれ）が護る」の言葉と共に桂が助けにやってきた！

「宇宙超商船隊鉄侍（ロボ）カイエーン」を駆り、米堕卿を討つ銀時たち。 蓮蓬の民とも手を取り合うことができた地球人としての誇り、そして侍としての意地をかけて死力を尽くし、蓮蓬の母星と一体となった米堕卿に応戦する。 銀時たちは銀河に平和を取り戻すことができるのか！？

松平のはからいで、半ば強制的に慰安旅行でスキー場へ向かうことになった真選組一行。 思い切り羽を広げて来いと送り出されたはずが、将軍の初スノーボードの護衛にあたることになってしまう。 自分達の首がかかってるため必死に護衛にあたる真選組だったが、ゲレンデに見覚えのある顔が…。

将軍の初スノボの護衛をするはめになった真選組は偶然にも旅行で来ていた万事屋と鉢合わせてしまう。気付けば全員で雪山で遭難のうえ将軍は行方不明に。 土方らは将軍の捜索へ向かいつつ、暖を取ろうと策を考えるが…。

本日は万事屋の忘年会！今年もいろいろあったアニメ銀魂だが、こういう場でもクールに決めるものと神楽と新八に喝を入れる銀時。そこへお馴染みのメンバーもぞくぞくと集まり賑やかな会になるはずだったが…。 次の日の朝、銀時が起こした不祥事の数々が発覚する。 アニメ銀魂5年目にして最大の不祥事を銀さんはどう乗り切る！！？

忘年会で泥酔し、結果的に六股をかけることとなった銀時。 放送終了の危機も招きかねないこの事態を乗り来るため、気がつけば全員と同時に付き合うことに。そしてさらに、どういうわけか全員と同日同時間にデートをするはめに…！

かぶき町ナンバー1ホスト・狂死郎に、彼の経営するホストクラブ「高天原」に呼び出された万事屋一行は、彼がホストを辞めると聞かされる。 突然の廃業の理由…それはマダム夜神（やがみ）と呼ばれる、夜の街を制するという謎の貴婦人が先日高天原へ訪れ、また来ると言い残して去ったからだった。 彼女の再来店は一見光栄に思えるが、過干渉を嫌う彼女が同じ店に二度来るということは災厄をもたらすという意思表示らしい。彼女の脅威から従業員たちも消え、営業もままならない高天原。銀時らは急遽マダムに対抗できるホスト勧誘を始めるが…。

いよいよマダム来店の日。 狂死郎と銀時たちは急きょ街でスカウトしたメンバーで営業を始めたが、集まったのはかなり個性豊かな面々。 さらには、お店を盛り上げるためにお妙の声掛けでかぶき町中からお客が集まったが、そのお客たちの暴走ですでにお店はめちゃくちゃ、狂死郎も瀕死状態！接客どころではなくなってしまう。 そんな最悪の状況下に、ついにマダム夜神が現れた！

ジャンプ編集部五年目の本田・J（ゼリービーンズ）・ヴァンガード。 彼は、歴代の担当編集を廃人に追いやり、避難所という名の牢獄へと送ってしまう有害漫画ギンタマンの現・担当編集だ。避難所生活から逃れるためには有望な新人を見つけてギンタマンの担当を外れるしかない。 ある日漫画の持ち込みにやってきた新人はペンネームN３０１６番。いかにも中二臭い雰囲気だが、その新人とは…

幕臣の中でもエリートばかり輩出している名門佐々木家から、佐々木鉄之助という男を迎えることになった真選組。本来は警察のエリートばかりが集まる「見廻組」に行くのが筋だが、実は手が付けられない問題児で、いろいろとたらい回しにされ真選組へ送られて来たのだ。 近藤の提案により土方の小姓になった鉄之助（自称TETSU）。全てにおいてチャラいTETSUにイラつく土方は理性を抑えるのに必死だが…。

心機一転、意欲的に職務をこなしていく姿勢を見せる鉄之助。 異三郎は鉄之助を目の敵にし、土方に鉄之助を早く始末したほうが良いと助言するが、土方は自分と同じ境遇の彼を見捨てず世話を焼く。 一方、公務執行妨害で見廻組に逮捕されていた銀時は、異三郎から仕事の斡旋を受けるが…。

土方から手紙を届ける命を受けた鉄之助。だが、道中で過激攘夷集団知恵空党（チェケラとう）に囚われてしまう。 彼らは身分を隠し党に出入りしていた鉄之助が警察の縁者だと知り、彼を人質にとり真選組と見廻組を一気に潰そうと企む。 しかし見廻組は人質に構うことなく知恵空党を潰し、さらに鉄之助を預かった真選組に責任を取らせ消し去ろうとしていた。 異三郎の狙いを知り憤慨する土方たち。真選組と見廻組の全面戦争が始まろうしていた。

知恵空党に囚われた鉄之助を救いに向かう真選組の前に、見廻組が立ちはだかる。　 両者一歩も譲らぬ状況の中、見廻組のスパイとして知恵空党に潜入中の銀時の活躍により、乱暴だが鉄之助の身柄を確保することに成功！　 近藤の号令とともに、反撃に出る真選組。ついに形成が逆転する！

まるでダメな男、通称マダオこと長谷川泰三。ひょんなことからクイズ番組に出場することになった彼は賞金の一千万円をかけてクイズに挑戦する。 はたして彼は、プレッシャーに耐えマダオネアの栄冠を掴めるのか！？そして、マダオな彼を奮い立たせる原動力とは一体…？

以前の陰陽師の一件から、テレビに映る結野アナは自分に対して笑顔を向けていると言い張る銀時。今日もまた彼女を見て胸ときめかせていると、突如目の前に式神の外道丸が現れる。　 約２年ぶりの登場の理由は結野アナに関係することらしく、張り切る銀時だが…。

お正月には、子供は大人からお年玉を貰えると聞いた神楽。 早速銀時にせがむが、案の定全く相手にされないでいた。それでも引き下がらない神楽に「お年玉を手にする覚悟があるのか」と問う銀時。そして渡される、驚愕のお年玉の正体とは…！！

日本の寒い冬を乗り切るための必需品といえばコタツ。 もちろん万事屋にもコタツがあるのだが、調子が悪くなりリサイクルショップにて新たに購入することになった。万事屋に出社した新八が見た、ニューコタツの真価とは…？

五年目の放送も終わりにさしかかろうとしているアニメ銀魂。今回は、今まで迷惑をかけてきた関係者、そして視聴者の皆様方へ、とにかく謝り倒すのだ！果たして誠心誠意、謝ることができるのか！？というか、本当に反省しているのかアニメ銀魂！！

半年ぶりの出番とともに万事屋に戻ってきた銀時。しかし、彼を出迎えるのは、新八と神楽、そして見知らぬ金髪ストレートヘアーの男性、坂田金時。 うっかり他人の家に間違ってお邪魔してしまったと思い、その場を後にする銀時・・・が、そこは紛れも無く自分の家。新八と神楽は、銀時のことを覚えていない様子。 一体、銀時不在の間で何が起こったのか！？

誰も自分のことを覚えておらず路頭に迷う銀時は、たまと定春に助けられる。 たまから金時は、銀時の弱点を全て克服した源外の作ったプラモデルという事実を知る。 金時の目的は、かぶき町の住人の持つ銀時の記憶を抹消して、本物の万事屋リーダーになり代わること・・・銀時はたま、定春と一緒に完全超人たる金時を倒すため、仲間を取り戻す事を決意する。

新八達から銀時の記憶を早く呼び起こそうと単独行動に出るたまの目の前に突如金時が現れる。 たまが洗脳されない事実を知る金時は、彼女を追い詰める。間一髪銀時に助けられるが、怪我を負い、静かに目を閉じるたま・・・銀時の表情は一変する。 一方、金時はかぶき町中に、たまが銀時にやられたと知らせまわる・・・今、金時による弔い合戦が始まろうとしていた。

かぶき町中の住人を敵に回したかに思われた銀時。だが、銀時の仲間達は次々に銀時のことを思い出し、形勢が逆転したかに見えた・・・しかし金時から恐るべき計画の全貌を聞かされる。 銀時ＶＳ金時の戦いはついに最終局面に突入する。

月詠の紹介で、伝説の花魁・鈴蘭から逆指名された銀時!! 鈴蘭を迎えるべく入念に準備をするが、そこに現れたのは噂とはほど遠いひとりの老婆だった。 そして銀時は彼女の想い人の話を聞かされる…

神楽のおかげで難なく城に潜り込んだ銀時たち。厳重な警備の目をごまかす為、缶蹴りをすることになるが、銀時の蹴り上げた缶が不運にも将軍の額に命中!! なんとか証拠隠滅を図ろうとする過程で、銀時一同の前に鈴蘭が探し求めていた人物が現れる！？その人物が語る衝撃の事実とは…！？

幕府要人暗殺の濡れ衣を着せられた銀時たちは、真選組の手引きで牢を脱出。そよ姫を人質(!?)に黒幕のいる本丸へと乗り込む。 ついに銀時たちは国を統べる先代将軍・徳川定定の元に参上！傾城鈴蘭の無念を晴らすため、一行が定定に戦いを挑む!!定定の用心棒をしていたのは、暗殺部隊「天照院奈落」最強の男・朧であった。朧は昔の銀時を知っている様子で、2人の因縁とはいったい何なのか…！？

朧との死闘の際、身体の自由を奪われた銀時。定定によって、負傷した六転舞蔵を背負った新八たちも敵の攻撃により窮地に追い込まれるが、間一髪、真選組・見廻り組が助太刀に入る。 いよいよ、銀時と朧との闘いは、最終局面へ…。

朧・定定との闘いは一件落着し、事件は収束に向かい、定定は罪に問われることとなった。 冷たい牢の中、一人の男が彼を訪ねて来る… 一方、銀時たちは、傾城鈴蘭の約束を果たすため、彼女の真の想い人に対して、一芝居打つことに…。

父の墓前で道場復興を宣言するお妙。 すると後ろから聞き憶えのある声が…。 そこには恒道館かつての塾頭・尾美一の姿があった。 ターミナルの転送装置爆発事故以来、消息不明だった尾美の突然の来訪に驚きながらも、喜ぶ新八とお妙。 乗り気ではない銀さんと神楽を巻き込んで、道場再興計画が始まる!?

志村家の道場に戻ってきた尾美。 実は彼は、毘夷夢（びいむ）星人の手により戦争をひき起こすために改造された半身機械（からくり）人間だった！ それを知った銀さんは、お妙や新八に代わって、尾美一と対決する!!

自身で決着をつけるため、銀さんと尾美一の元へ向かう新八！ 天堂無心流の跡取りとして、万事屋の志村新八として、尾美に戦いを挑む。 果たして恩人である尾美一を救うことはできるのか? そして地球を、侍の国を守ることができるのか…!?

万事屋に深刻な食糧難が到来し、ついに定春のドッグフードも銀さんに奪われた！堪忍袋の緒が切れた定春は、家出を決意する。 ふてくされながら街を歩いていると、ゴミ捨て場に子犬が置き去りにされていて…!?

緊急事態！江戸の時間が止まった!! 新シリーズ1話目にして、銀さん、神楽、新八以外の全ての時間が止まってしまった！その原因は、どうやら拾った「三千世界時計」を寝起きの銀さんが破壊したことにあるようで…。壊れた時計を直すべく翻弄する万事屋メンバー。果たして江戸の運命はいかに!?

時間停止の原因は…ただの電池切れ!? 世界の時間が止まった原因は「三千世界時計」の電池切れだと気付いた銀さんたち。電池を交換しようと試みるが、特殊な電池でどうやら地球の物ではないようだ。 予備電池を探すため、銀さんたちは時計を拾った現場へ向かう。そこには電池を握ったまま停止した土方がいた。土方は頑なに手を開いてくれない。万事屋メンバーは電池を無事に手に入れられるのか!?そして止まった時間は一体どうなるのか！!

監察官が監察中に禁断の恋!? 攘夷戦争時代に白夜叉として活躍した銀さんが現在も攘夷志士との繋がりがないか探るため、土方の命令で万事屋を張り込みをする事になった監察官・山崎退。しかし、暇を持て余す銀さんたちを見張る事に無意味さを感じ始めた頃、山崎は偶然、たまと出会う。機械に優しく語りかける姿をかいま見て、山崎は一目ぼれする。それ以来、たまだけを監察するようになってしまって…!?

銀さんが教える歴史の授業・エロ本の隠し方!? 苦手な歴史の勉強を月詠に教わる晴太。しかし、月詠の鍛錬（?）のような勉強法により傷だらけに。月詠の勉強に嫌気がさした晴太は銀さんに家庭教師のバイトをお願いするのだが…。 新八は友人のタカチンからあるものを託された。そのあるものとは『HoLaveる』（少年たちの夢）だった。『HoLaveる』を、少年たちの夢をお妙（PTA）から守るべく銀さんが新八に力を貸す!!

鏡の中から万事屋を盗撮!? ある日の朝、銀さんは万事屋の台所に新品の鏡が設置されている事に気が付く。そこにはお登勢がとりつけたとの置手紙があるが…。実は、さっちゃんが鏡の中から銀さんを覗くためだった!!果たしてさっちゃんはどんな銀さんの○○な姿を目にするのか!? 山崎は真選組屯所内で自身が評価されていないことを耳にし、転職を考える。そんな時、伊賀忍者の服部が忍者の免許を持っている事を目撃し、山崎は忍者免許を取得するため教習所に行くことに。忍者教習所では一体どのような事が行われているのか!?

攘夷時代にいた幻のファイブマン!? 銀さんは攘夷同窓会なるもに呼ばれた。その場にいたのは、攘夷戦争時代に共に戦いを生き延びた桂と坂本が思い出話に花を咲かしていた。OPやEDで散々見ている二人にウンザリして踵返しかけた銀さんだったが、この同窓会を主催者が桂、坂本ではなく幻のファイブマン『黒子野太助』と聞き驚愕する。だが、一行は黒子野とのまともな思い出が思い出せない。黒子野が来る前に思い出すことが出来、無事に同窓会を乗り切れるのか!?

黒子野のことを思い出せないのは銀さん達のせい!? 前回、高杉からの手紙をきっかけに黒子野を思い出しはじめる。時は攘夷戦争時代まで遡る。幕軍との戦いで疲弊した仲間と共に銀さんたちは廃寺でしばしの休息をとっていた。戦場のピリピリとした空気を変えようと黒子野が銀さん達4人に缶蹴りを提案する。そして、自らが鬼となり本堂へと向かうことに。缶蹴りに興じている最中、敵の奇襲に遭ってしまうが、銀さん高杉の本堂を爆破させる機転により形勢逆転はするが…。果たして、黒子野とは一体にものなのか!?

3億円手にしたら町中がモヒカンだらけ!? 土方は行きつけのタバコ屋のお婆さんに宝くじを薦められる。全く興味がなかった土方ではあったが、「世の中が違って見えるから」と無理やり落し物の宝くじを渡される。くだらないとやぶろうとした瞬間、偶然にも手にしている宝くじが3億円当選してることを知る。換金しようと町にくりだしたが、辺り一面世紀末のように荒廃し、人々はモヒカンの姿で土方の宝くじを狙って襲ってきた。土方の身に何がおきたのか!?

新規顧客を求めて万事屋の宣伝ポスター制作!! かぶき町にゆるキャラ登場!? 万事屋にめっきり依頼が来ない原因は宣伝不足だと思い立った銀さん。宣伝ポスターを作るため、神楽、新八と一緒に、万事屋のキャッチコピーを考えるのだが…。出てくるアイディアはどこかで見たようなものばかりで一体どんなポスターが出来るのか!? かぶき町の町内会に集められた四天王代理のメンバー達。そこに突如現れた新・かぶき町の四天王がかぶき町のイメージアップのために、かぶき町のゆるキャラを作る事を提案する。かぶき町のゆるキャラとは一体…!?

銀さんが♀に!?九兵衛が♂に!? ある日、九兵衛が通りを歩いていると占い師に声をかけられる。占い師は九兵衛が抱えている悩みに対して“一度身も心も男になればいい”と提案する。馬鹿げた提案に憤慨する九兵衛であったが、その瞬間かぶき町はなぞの光に包まれた。辺りが騒然とする中、九兵衛は自身の体に違和感を感じ目の前のガラスに映った姿に愕然とする!!一体九兵衛に身に何が起きたのか!?

かぶき町全体で男女逆転!? 謎のイケメン2組登場!! かぶき町を包んだ謎の光は男女の性別を替えてしまう光だった!!その犯人は宇宙で広域指名手配されている“デコボッコ教”なる宗教集団。かぶき町は彼らの監視によって占拠されてしまう。現状を打開すべく行動する銀子たちであったが、なかなか上手くはいかない。そんな女子メンバー（?）を見かねたのか、謎のイケメン2組が颯爽とあらわれる!!あの眼鏡と煙管はまさか…!?

柳生○兵衛!?どちらで生きていくのか!! 銀魂イケメン男子(?)メンバーの大活躍により事件は解決した…かに見えたが、デコボッコ教のアジトにいた銀子達のみ性別が戻る事はなかった。元に戻る手立てを失った銀子たちは、それぞれが新しい人生を歩む事になる。十兵衛は、自分が望んでいた世界になった喜びと仲間を巻き込んだ罪悪感にさいなまれていた。そんな中、元に戻れる情報をある人物から入手する。果たして十兵衛は、どうするのか!?

弁当箱の大きさは母の愛に比例!? 寺子屋に通い始めた晴太。しかし、なかなか他の子供たちと馴染めていない様子。どうやら母・日輪が作る重箱に入った豪華なお弁当が理由なようだが、当の本人の日輪は全くそのことが理解出来ていない。そこで、日輪は月詠にお弁当を作らせるのだが…。月詠の他にも銀魂ヒロインメンバーが代わる代わるお弁当を作るが、果たして食べられるものはいくつあるかな。

死神からの介錯依頼!? 酔っ払いを狙った辻斬リが相次ぐかぶき町。死体の首の皮一枚だけを残して斬る手口から”死神の仕業だ”という噂がかぶき町に流れていた。人通りが無くなった夜道を一人歩く銀さんは、死神から切腹の介錯を頼まれる。この死神が、公にできない深刻な事情を抱えており、銀さん達は事件に巻き込まれていく。一方、真選組は辻斬リの下手人を追って捜査を進める中、協力者として公義御試御用人の池田夜右衛門に依頼。辻斬リと死神の関係とは!?

銀時の隠された過去が明らかに!? 死神の正体は首切役人の一族、池田朝右衛門という少女だった。彼女は、謀反による先代殺しという大罪を犯していた。そしてまた、銀さんはかつて池田家によって首を斬られるはずの罪人だった。銀さん達は当主の池田夜右衛門から朝右衛門の保護を依頼される。池田家が用意した船は順調に進んでいるように見えたが、沖田と土方の登場により一転する。そして、沖田の口から今回の事件について語られ始める・・・。

死神の運命は!? 自らの意志で夜右衛門に刀を向けた朝右衛門であったが、夜右衛門の圧倒的な力に苦戦する。銀時も戦いに加わるが、一橋家の家臣による夜右衛門の援護によって、傷を負うことになる。銀時・朝右衛門ともに劣勢の状況が続く中、夜右衛門から、銀時によって朝右衛門の実の父が死んだことを語られる。そのことにより朝右衛門の刀に添えた手が止まった。果たして、朝右衛門は夜右衛門と銀時どちらを斬るのか!?

マダオついに仕事見つかる!? とある静かな夏の夜。人気のない公園を二人の少女は夏休みの話題で盛り上がっていた。不意に少女の一人が『このまま夏休みが終わらなければいいのに』と呟いた。その瞬間、二人の少女は背後に不穏な気配を背後に感じた。少女たちはおそるおそる振り返ると“永遠の夏休み”の恐怖を語るマダオの姿が…。 そんな恐怖体験が巷で広まってマダオは“怪談おじさん”になった。銀さんたちに怪談話を教えて貰おうとするのだがどんな身の毛もよだつお話がきけるのやら…。

貴方の過ち悔い改めませんか!? いつもよりお客でごった返すスナックお登勢。お客のお目当ては看板娘のたま。どうやら愚痴話が発展し、たまに悩み相談する場になっているようだ。それを見ていた銀さんは、“ロボッ娘懺悔室”なるものを作りお金儲けを試みる。 開店早々上司に対する懺悔をしに来た男性、旦那に対する懺悔をしに来た女性、と次々にお客が来店。どちらの過ちも銀さんに全く関係ないものに思えたが、見慣れた風貌のペットの出現によって事態が繋がり始める。果たして彼らはどんな過ちを犯したのか!?

攘夷志士の大将“大将（しょう）ちゃん”誕生!? 銀さんは将軍殺しの大罪で逮捕される事になった!!しかし、そんな将軍は万事屋メンバーが起こした騒動に巻き込まれて記憶を失うことに…。そんな将軍を助けたのが桂であった。桂は将軍と気がつかず、行くところもない将軍をとりあえず国崩しでもどうかと誘う。桂は将軍から漂う風格に攘夷志士の大将になると考え大将（しょう）ちゃんと名づけて仲間の攘夷志士に紹介する。騒然とする攘夷志士をよそに桂は将軍にリーダーとはなんたるかを叩きこもうとするが、将軍の方が何枚も上手でその様子を見守っていた攘夷志士達の気持ちにも徐々に変化が生まれる…。 将軍様は本当に攘夷志士となって幕府を叩きつぶすのか!?

地球を台所の影から護るダーティーヒーロー現る!? 多くの人で賑わう夏祭りの夜を見廻りにあたる真選組の土方と沖田。カップルに刀を突きつける男が出現。急ぎ駆けつける二人であったが、そこにいた男は近藤であった。近藤は、好意を寄せるお妙を夏祭りに誘ったもののことごとくことわられ酷くご乱心の様子。見かねた土方と沖田は近藤に仮面ゴキブリーダーRXのお面を被せてその場から逃走する。 ふと我に返った近藤は自身の惨めさを痛感。そこへ偶然、神楽とお妙に遭遇する。二人は近藤に全く気が付いていない様子。神楽が迷子になってしまったため、近藤はお妙と探すことに。束の間デート気分を味わう近藤であったが、銀時と鉢合わせるごとに事態は一変していき・・・。

真夏の二大イベント!!スイカ割りと終わらない宿題…。 真夏の強い日差しが照りつける中、スイカを頬張る神楽とそよ姫。『もっと美味しい食べ方はないものかしら』と悩む二人に対し銀さんは工夫して食べることを提案する。しかし、スイカを食べるはずがなぜかそよ姫が誘拐されてしまう!!万事屋メンバーは無事そよ姫を救出しスイカを美味しく食べられるのか!? 夏休みも残すところ後わずかとなったある日、夏の終わりに物思いに耽っている万事屋に神妙な表情で訪れる晴太。手にはやり終えていない大量の宿題を抱え、銀さんたちに宿題の手伝いを依頼する。ところでみなさんは夏休みの宿題は終わりましたか？

交通事故に遭い、五体は無傷ながらも魂がミンチになってしまった銀時と土方は、中身だけが入れ替わってしまった。元に戻る方法が分からないまま、銀時は土方として、土方は銀時として暮らすことになる。厳格な規律を重んじる銀時と、自由を好む土方。ふたりのリーダーの変化が、万事屋と真選組をまったく別の組織に生まれ変わらせてしまう。

魂の入れ替わりは、源外の発明した「全自動卵かけ御飯製造機」によるものであることを知った銀時たち。 銀時と土方は元に戻るため、事故によってちぎれた銀時の魂の半身を捜すも、すでに魂は猫の死骸に乗り移り、恐るべき戦闘マシーン・どざえもんへと変貌していた。 リーダーの中身が入れ替わり、統率の取れない万事屋と真選組は、どざえもんにこっぴどくやられてしまう。

お妙からどざえもんを引きはがそうと手を尽くす銀時と土方。 そこに魂と肉体が入れ替わった万事屋と真選組、桂や長谷川たちが駆けつける。 ふたりのリーダーが入れ替わったことによって教えられた「自由」と「規律」。 そのふたつが、バラバラになってしまったみんなの心をひとつに結ぶ。 果たして銀時たちは、どざえもんを倒し、己の肉体を取り戻すことができるのかーー

宇宙で商いを続ける快援隊の坂本と陸奥。今度の商品に坂本が選んだものが『5千万入るバッグ』であったが、商売は散々な結果に。愛想つかした陸奥は坂本を海へと捨てる。 銀時は陸奥に、坂本との経緯を尋ねる。そこで陸奥は、奴隷船での出会いを話し始める。一方、坂本は、何もない大海原を一人漂っていた。そこへ一隻の家族船が現れ坂本を攫ってしまう。 はたして、坂本の運命は!?

坂本が過去に捕まったのはなんと陸奥が副団長を務める千鳥海賊だった。 陸奥は奴隷として囚えた坂本達に興味を示す。そんな中、奴隷たちの処刑が決定し陸奥は一人反旗を翻すことを決める。 一方、現代の坂本が捕まった船も過去同様に千鳥海賊だった。彼らは過去の仕返しに坂本と陸奥の前にあらわれたのであった。助けに向かう銀時と陸奥。 過去と現代が交差し、快援隊創設の歴史が明かされる!!

「オシャレとはオシャレと言葉にした時点でかき消えるものなり」 新しい着物を買い、イメチェンしたいお年頃な新八。だが、その一歩がなかなか踏み出せないでいる。万事屋３人まとめてイメチェンすれば恥ずかしくないだろうと、お妙が気を回すが、どんどんおかしな方向に発展してしまう…。 「世の中には二種類の人間がいる　それは必殺技を叫ぶ人間と叫ばない人間だ」 マカダミアンナッツチョコをエサに弟子を呼び込む日々に疑問を持った新八。 弟子達に必殺技を教授すべく、父の残した奥義をマスターしようとするが、奥義書に書かれていたのは格ゲーのコマンドだった。

泥棒・猿吉小僧に見込まれ、弟子入りすることになった近藤。 盗人の心得を学び、二代目として跡を継ぐことを期待されるようになる。 猿吉小僧から頼まれ、神社に供え物に行くと、そこには土方の姿が。 猿吉小僧と近藤の尻尾を、すでに掴んでいたのだ。 そこに居合わせた老婆から昔話を聞かされる土方と近藤。 その話をきっかけに、近藤は、子供の頃にこの神社の宮司に世話になっていたことを思い出す。

桂は真選組を内部から瓦解せしめるため、採用試験を受けた。 見事試験を通過した桂は、三番隊の特別副官として採用される。 そこは斉藤終のみが所属する「沈黙の部隊」と恐れられる隊。 桂は斉藤と何とかコミュニケーションを取ろうとするが、まったく噛み合わないらしい。 そんな与太話をする銀時たちの所に斉藤が現れる。 桂の正体はバレていたのか？桂、銀時たちの顔に緊張が走るが……

桂の罠によって処刑されそうになる斉藤終。 斉藤の秘めた思いを知った銀時は、極度に無口な斉藤に代わり、マイクを使って申し開きをすることに。 あの手この手の絡め手で、何とか罪を晴らそうとするが、桂は断固粛清を主張。 事態を見かねた土方は、ふたりに「裏切り者」を粛清するよう命じる。 剣に生きる者は剣で語るべき。 桂と斉藤は剣を交えることになってしまうのだが――

銀さんの思わぬ行動が取り返しのつかない展開に!? ギラギラと日差しが照りつける中、ターゲットの尾行を続ける万事屋一行。あまりの日差しの強さに少しダウン気味。そんな中、暑さに耐えきれなくなった銀さんは、身勝手にも神楽の日傘を奪取してしまう。日傘を失った神楽は日光にさらされてしまい日射病で倒れ、入院してしまう。 病院に連れて行ったものの、改善の手立ては見つからず仕舞い。どうやらただの日射病ではないようで、原因は神楽の設定を銀さん達が軽んじたことにあるようで…。果たして、神楽の容体は？

仮病のつもりがなぜか国をあげてのお見送り!? 神楽は銀さんの愛情を確かめるべく仮病を使っていた。だが仮病とは言い出せないまま、単なる日射病がとんでもない展開に。神楽の容体は様々な偶然が重なり、どういう訳か医師から手の打ちようがない危篤状態だと宣告されてしまう。そこへ、神楽と会えばいつも憎まれ口を叩き合う沖田と、神楽の親友であるそよ姫が見舞いにやってくる。沖田の仕業で、意識を失った神楽。次に目を覚ましたときには、棺桶の中にいて盛大な国葬が始まっていた!!

こっそりと保健室で漫画を描き続ける鯱であったが、眠気に襲われてしまう。寝てる間に保健室の先生に漫画を読まれる。それをきっかけに鯱は先生に恋をするのであった。銀さんに恐る恐る相談してみると、意外にも協力してくれることに！しかし、その協力方法が一風変わっているようで…。 そして急遽、鯱の漫画がジャンプデビューすることに。喜ぶ鯱であったが、与えられたスケジュールが翌日の朝までだと知る。戸惑う鯱に対し銀さんは、不適な笑みを浮かべながら強力な助っ人集団『悪路木組』の存在を伝える。 果たして 悪路木組とは一体!?

鉄子に鍛冶屋の店番を頼まれた万事屋メンバー。 そこに、銀河の平和を取り戻そうとする勇者が伝説の神剣を、銀河を支配しようとする魔王が伝説の魔剣を、鍛え直して欲しいと持ち込んできて…。 買い物の帰り道、とある自販機・タバ子と出会ったたま。 タバ子と心を通わせたたまは雨宿りをしながら、タバコ屋の主人が帰ってくるのを待ち続けるのだが…。

何者かが将軍・茂茂の茶に毒を忍ばせ、殺害しようとする暗殺未遂事件が発生した。 将軍の命を案じた者たちは、京の帝に庇護をあおぐことを決める。 護衛を任された松平は、影武者を使い、敵を撹乱しつつ、将軍を安全に送り届ける計画を立てる。 ずらりと勢揃いした御庭番の影武者たち。 しかしなぜかその中には、銀時たち万事屋の姿もあって…。

海路を進む一行は、宇宙海賊・春雨の待ち伏せを受けてしまう。 鬼兵隊と夜兎を中心とした部隊を相手に、一行は壊滅寸前だ。 その危機的な状況を打ち破ったのは、土方の指示を受け、ひとり真選組を離れていた沖田だった。 その前に立ち塞がる春雨・第７師団長の神威。 交わる得物、血煙があがる。 はたして沖田はその死線を越えられるか!?

忍の里へと下った銀時たちは、全蔵が密かに将軍・茂茂の身柄を伊賀衆に託していたことを知った。 しかしその伊賀の地に、春雨の船団が姿を現す。 高杉たちは伊賀衆を将軍暗殺の謀反人に仕立て上げようと画策していたのだ。 その春雨の船に、再び姿をあらわした全蔵。 すべては友である茂茂を護るためだ。 春雨船団相手にたったひとり、決死の戦いを挑む。

全蔵の思いを知った御庭番衆は、自分たちの頭目を救うため、春雨の艦隊に飛び込む。 一方、銀時、新八、神楽は阿伏兎率いる敵部隊から茂々を護るため、必死の抵抗を試みる。 近藤・土方も合流し逃走を図るが、敵の追撃は止むことがない。 百地たち伊賀衆の手助けもあり、里の抜け道へと続く吊り橋まで辿り着いた。 そこで近藤・土方は万事屋に、最初で最後の依頼を切り出すのだった。

抜け道のある摩利支天像の前には、高杉、神威たちが待ち受けていた。神楽は神威を止めるため、盛大な兄妹喧嘩をはじめる。 いっぽう銀時と高杉は、因縁の刃を交える。その刀に、ふたりの思いが重なる。それは、攘夷戦争のときに交わした約束、そして何者でもなかった、本当の武士になりたいと願っていた幼い頃の思い。 その死闘の果てに、ふたりが見るものとは…。

力つき、倒れる銀時と高杉。高杉は松陽の教えに従い、自分の武士道を胸に掲げ、侍になることを決意した少年時代を思い出す。気づくと目の前には松陽が立っている。あの頃のように自分を叱りに来てくれたのかと、懐かしい思いにとらわれるのだった。 だが松陽に見えたのは、ふたたび立ち上がった銀時だった。銀時は高杉を殴りつける。 先生はもうここにはいない、俺たちを止められるのは俺たちだけだと、銀時の悲痛な叫びがこだまする。

死地を抜けた新八たちを待っていたのは、天導衆であった。彼らが連れていたのは、正気を失った喜々。天導衆はかつて茂茂が提出した解官詔書を利用し、喜々を新たな将軍に仕立て上げていた。 天導衆は将軍の命令として、茂茂の身柄を明け渡すよう要求。将軍の命令は絶対であり、拒めば逆賊として追われることになる。 その絶体絶命の窮地に、ひとりの男が立ち上がる。

決意した茂茂は自らが将軍であることを言い、同時に自身が目指す将軍の姿を天導衆らに伝えた。一方、戦いを終えた近藤・土方は真選組隊士らに救護され、激戦を繰り広げた銀時・高杉はぼろぼろになりながらもそれぞれの仲間の元に帰るのであった。 時が経ち江戸に戻った銀時たちに、そよ姫からの一通の手紙が届く。そこには、復権を目指す茂茂の姿が綴られていた…。

前将軍の茂茂の死の悲しみが癒え切らぬうちに、新たに将軍となった喜々が茂茂派だったもの達への粛清を開始する。そのことにより真選組は解散となり、局長である近藤勲と警察のトップである松平片栗虎には斬首が宣告される。 近藤は銀時を密かに呼び出し思いを託した。いっぽう土方は、近藤の思いを汲み、隊士たちへあることを伝える。

真選組の解散、近藤の死罪が決まり、土方は心を塞いでいた。 小銭形は部下である土方の憂さを晴らすため、銀時を伴ってお妙のいる店へと繰り出す。 だがそこに将軍・喜々が現れ、場は滅茶苦茶にされてしまう。 お妙は民を傷つける暴虐無人な将軍の振る舞いを責めるが、もちろんそれを喜々が許すはずもなかった。

収監された独房で、近藤は桂と会う。 桂は真選組と攘夷志士とで手を組み、この国を変えるつもりであるという、自らの計画を話す。だが今の国を守るため、斬首される覚悟であった近藤は煮え切らない。 同じ頃、近藤の思いを知る土方は、決断を下せないでいた。局長不在の場合、全権は副長に託される。それは真選組が魂に誓った鉄の掟、局中法度に定められたことであった。

土方率いる真選組と攘夷志士たちは、近藤たちが捕らえられている絶海の孤島、黒縄島へと向かった。 土方たちは囚人に化けて島への上陸を目指すが、その動きはすでに読まれており、逆に奈落の奇襲を受けてしまう。 一瞬の虚を突かれ、背後を取られる土方。しかしその危機を救ったのは、小銭形。 さらには銀時たち万事屋一行であった。

土方たちは、断崖絶壁が行軍を阻む、島の裏手に上陸した。 そこから奇襲をかけて虚を突けば、敵地は簡単に落とせるというわけだ。 だが烏をつかってその動きを察知した朧は、島の裏手に守りを配していた。 ついに真選組・攘夷志士・万事屋vs見廻組・奈落、決戦の火蓋が切っておとされる。 一方、佐々木異三郎は脱獄した近藤たちを追っていた。 その胸中には、ある思いが去来していて…。

ならず者の寄せ集めでしかなかった浪士組が正式な警察組織・真選組になった頃―― 真選組は一橋公の護衛という大任を仰せつかり、やる気に満ちていた。 だが、その任務は幕府のめぐらした陰謀であり、真選組は知らぬまま、その片棒を担がされようとしていた。 事情に通じていた佐々木は、生まれてくる娘のため、胸を張れる正しい侍であろうと一計を案じる。 しかしその行いが、思わぬ不幸を呼び込んでしまう。

神楽を庇った信女の身体を、凶刃が貫く。 それを放ったのは、謎の男であった。 男は信女、神楽、沖田を、次々と打ち破る。 男の名は虚（うつろ）――天照院奈落の先代首領にして、天導衆までのぼりつめた男であった。 いっぽう倒幕を目指し天を覆そうとした佐々木は、自分の計画が失敗に終わったことを認め、最後の力を振り絞り、信女の元へと向かっていた。

森の中でふたたび相まみえることになった近藤と佐々木。 近藤は傷ついた真選組と見廻組の隊士たちを助けながら、退却を続けていた。 佐々木はその近藤の目に、かつて信じた、あるべき侍の姿を見るのだった。 いっぽう銀時、土方たちは近藤の救出に向かっていた。 しかし時すでに遅く、土方たちが見たものは、奈落に追われ深い傷を負った佐々木、そして額を割られ息絶えた近藤の、無惨な姿であった。

戦いは終わった。 信女たち見廻組と、近藤たち真選組は、自らの強い信念に命を捧げた佐々木異三郎の生き様に敬意を評し、その死を悼む。 銀時たちは江戸に戻ったが、街の様子はすっかり変わってしまっていた。 警察組織は崩壊し、多くの侍たちが出奔し、倒幕の気運が高まりつつあった。 そしてその変化に呼応するように、真選組は新たな一歩を踏み出そうとする…。

道場に鳴り響く乾いた音―。 そこには、稽古に励む幼い銀時と、それを笑顔でいなす松陽の姿あった。 松陽はこれからの銀時に対して、“あること”を楽しみにしていると告げる。 時が経ち、銀時は松陽に瓜二つの『虚』と対峙することになる。 そして―。 先の黒縄島からの真選組局長の近藤勲の奪還の件により、以前にも増してかぶき町には居づらくなった万事屋一行。そんな中、桂の計らい(?)により地下都市アキバに潜伏しアキバで支店を開くことになる。 そこに訪れた意外な来客により、『虚』の正体について語られることに―。

今井信女の口から語られたのは、『虚』がアルタナによって生まれ、不老不死の存在であり、“宇宙で最も危険な生物”であると。 そして、吉田松陽という人物は、虚と同じ存在であることも―。 信女の話を受け銀時、桂は戸惑う。しかし、桂は銀時に「お前に二度も師を斬らせるわけにはいかないからな」と告げて立ち去る。 一方、虚は元老院を失った春雨を手なずけようとしていた。勢力の拡大を目論む虚の前に一人の男が現れ、事態は思わぬ方向へと進展する。 そして、誰も居なくなった万事屋銀ちゃんの机の上には見知らぬ封筒が置かれてあった―。

神楽の後を追い、快援隊や鬼兵隊の残党らと合流をした万事屋一同。地球を出発した銀時達を待ち受けていたのは、喜々の軍勢であった。それをあっさりと撃退した銀時達の姿を見た万斉は、自ら “秘密の場所”を教える。 その場所とは、捨てられた惑星『烙陽』。奇しくもそこは、神楽の故郷でもあった。 時を同じくして消息不明の神威をさがして、星海坊主も烙陽の地に辿り着く。そして決意を決めた神楽は、ある人物の墓標の前に立ち――。

神楽の故郷である烙陽に降り立った銀時たちを待っていたのは、虚に率いられる春雨の猛攻であった。 銀時、桂、坂本の奇襲により辛くも窮地は脱したが、圧倒的な兵力差に変わりはない。散り散りになった三人の前に立ちふさがるのは、『三凶星』と呼ばれる猛者たちである。 桂の前には、海王星の猩覚。猩覚のすさまじいパワーに押される桂であったが、決意を固める。一匹の侍（えてこう）になることを――。 そして、今まで語られなかった桂の過去が明らかになる。

范堺に掌握されてしまった快援隊船団。坂本と陸奥は、范堺を見つけ出し操られた船員達を助けるべく、自ら快臨丸内を詮索することを決めた。そうしてふたりは、操られた船員に襲われた喜々を助ける。 なぜ助けたとのかと問う喜々に対し、坂本は「一度国を背負った君主が簡単に死ねると思うな」と言い放つ。そんな中、喜々に異変が――。

かつて攘夷戦争時代に銀時と馬董は、一度だけ戦場で刀を交えていた――。 馬董は、侍である銀時との戦いが忘れられず再び闘うことを待ちわびていた。しかし覚えていた容姿は、銀時とは似ても似つかない姿である。それは“パクヤサ”といい、銀時に憧れ舎弟になった者の姿だった。コケにされたと激高する馬董に対し、銀時は坂本の仇である馬董に密かな闘志を燃やしていた。 白熱した銀時と馬董の戦いがはじまる!!

銀時、高杉、桂、坂本、かつて攘夷戦争をともに闘った四人がふたたび戦場に集った。劇的な再会……と思いきや、顔を合わせるなり罵声を飛ばし合うことに。そんな再会を遮る様に、虚率いる奈落・春雨の軍勢が襲いかかる!! その頃、星海坊主は春雨の追撃を圧倒的な力で捻じ伏せていた。しかし、星海坊主の眼前にはさらなる春雨の増援と、第一師団長の獅嶺が立ち塞がる。 そこには、消息不明になっていたあの人物の姿が――。

神威は自らの父親である星海坊主に対し、殺意を込めた拳を振り上げた。“宇宙最強の親子喧嘩”へと発展したふたりの激闘は、もはや誰にも止められないかに見えた。だが彼らの家族である神楽だけは違っていた。神楽は、身をもって闘いをいさめようとするのだった。 しかし次の瞬間、閃光の如く現れた虚により戦況が一気に変貌した。星海坊主は義手の左腕を一瞬にして斬られてしまった。闘いの中で、星海坊主は虚がアルタナにより力を得ていることに気づく。 そして星海坊主にとっては、アルタナの力を持つ人物に出会うのは初めてではなかった。 それはいったい誰なのか!?

神威は神楽に、母である江華が『アルタナの暴走を受けて生まれた変異体』であったことを告げる。そして二人の母親を殺したのが、父親である“星海坊主”であるということも――。 星海坊主と江華の間には神威と神楽が生まれ、家族4人はひっそりと生活していた。ある日、神威は、江華が徨安の星では生きていけない身体であることを知ってしまい、母親を苦しめているのは自分たち家族であると感じはじめる。 神威は意を決し江華を連れ出そうとするが、そこに星海坊主が現われて事態が急変する。 星海坊主、神威、神楽、江華それぞれの家族の想いとは。 そして、星海坊主対虚の戦いの行方は!?

満身創痍で倒れた星海坊主に襲いかかる神威―。その前に立ちはだかったのは、他でもない銀時であった。 銀時は、神威に対し『本当の名前』を思い出せと語り木刀を抜く。神威の圧倒的な力に押される銀時ではあったが、神威自身は違和感を持ちながら闘っていた。その違和感とは、銀時は護るものために闘い、そして自分と戦い続けて限界を越えていく戦う姿であった。 神威は、戦いに割って入った神楽の存在により、ためらってしまう。その隙に銀時は、渾身の一撃をうけてしまうのだった。 そんな戦いの最中、夜兎の血に飲まれた神威は不敵な笑みをこぼすのであった――。

妹・神楽の拳の前に倒れた神威は、銀時らとの闘いで知った己の弱さ、その先に見えた本当の「最強(つよさ)」を求め、再び海賊へと戻っていく。そして父・星海坊主もまた、自分たちはどこまで行っても家族なのだと、思い知るのであった。 一方そのころ、同じく戦線を離脱していた高杉らは、朧と対峙していた。そこで繰り広げられる闘いの中で、朧と虚の深い関係性が語られる。そしてそれは吉田松陽の弟子である、銀時たちが育った「松下村塾」にも繋がっていて・・・。

銀時たちと松陽が出会う少し前のこと。朧は松陽によってその命を救われ、「松下村塾」創設をともにした一番弟子だった。銀時たちと同じ道を歩むことのできなかった朧の悲しみや憎悪もまた、松陽の死に繋がっていた。 高杉との死闘で散った朧は、吉田松陽の過去、そして虚の恐るべき計画が進んでいることを明かす。その事実を知った銀時、桂、坂本、そして高杉は、それぞれが新たな決意をするのであった。 「虚」の目的とは何なのか。「吉田松陽」は銀時に何を託したのか。 舞台は全ての始まり「侍の国」へ―。

神楽にカレシができた！その知らせを聞いた父親の星海坊主と銀時は大慌て。神楽が大人になっていくことを中々受け入れられずにいた2人。だが、神楽が彼氏を家に連れてくることになり、「大人」として対応することを誓う。だけど、彼氏のダイちゃんには秘密があって――。

神楽の彼氏・ダイちゃんは、なんと巨人族の皇子だった！普段はヒップホップを聞かせておけばおとなしい巨人族だが、彼らには恐ろしい伝統があった―それは、皇族の花嫁に迎えられた種がいる星の遺伝子を根絶やしにし、遺伝子情報の独占を図るというもの。花嫁・神楽がいる地球を滅ぼそうとするダイちゃんと巨人族の前に、「誰にも娘を渡したくない！」という気色の悪いお父さんたちが立ちはだかる！！

幾松の夫がまだ存命だった頃、大晦日が来るたび店にやって来るみすぼらしい男がいた。なけなしの金をはたき一杯のラーメンを頼むが、「こんなにたくさん食えねーな」と言うと、お椀にラーメンをとりわけ、幾松と夫にふるまう。毎年の恒例行事だったが、夫が亡くなるとその男もぱったり姿を見せなくなり、店を継いでもその仕事を引き継げなかったことが心残りだとこぼす幾松。その話を聞いた桂は「幾松が夫と約束した一杯のラーメンを、もう一度その男に食わせてやりたい」と銀時に持ち掛け、その男を探すことにする。

男の情報を得るため、公園でホームレスたちの仲間になる桂と銀時。そこで出会ったのはなんと、桂と幾松に復讐の機会を狙っていた幾松の義弟だった！義弟から、死んだと思われていた幾松の父親を連れてこいと脅される一同。一方、新八と神楽の捜索で、かつて男が北斗心軒に忘れていった頭巾が幾松の父・松五郎のものだったと判明する。松五郎は一体誰なのか！？幾松と松五郎を守る為、万事屋と桂が立ち上がる！

自殺をするためビルの屋上で佇む長谷川の前に、グラサンの殺し屋・一星（イーシン）が現れる。一星は、標的である宇宙商・猪九戒がパーティを開いている高層タワーから飛び降りれば、自分が標的と一緒に長谷川もあの世に送ってやると提案する。一星の指示通り、高層タワーの屋上に向かった長谷川だが、そこにはもう一人の殺し屋・一龍（イーロン）がいた！実はこの2人にはある因縁があって――。巻き込まれた長谷川は無事死ぬことができるのか！？ 特別講習を受ける江戸の警察官一同。その中にはもちろん、真選組・見廻組もいた！仲の悪い両組は、講習中にも関わらず喧嘩になってしまう。実演講習として、最新の技術を用いたバーチャル空間で起こった殺人事件の謎を、張り合いながら推理していく一行。桃太郎っぽい被害者を殺した犯人は果たして誰なのか。暴かれる驚愕の真実とは！？

銀時、新八、神楽は、お登勢の旦那の形見刀を研ぎ直す為、鍛冶屋・鉄子の元を訪れていた。そこで、抜き身のまま床に落ちている刀を見つけた銀時。「鍛冶屋が商売道具をぞんざいに扱っていいのか」と文句を言うが、鉄子は預かった記憶はない刀だと言う。実はこの刀、妻である鞘―「鞘子」を探し出す為、鉄子の鍛冶屋へ現れた吸血妖刀エクスカリバー星人、「クサナギ」であった。居合わせた銀時の尻を一時の鞘にしたクサナギと共に、町で鞘子を探す鉄子と万事屋の前に現れたのは―。

万事屋がクサナギと共に探していた鞘子は、真選組・沖田の刀の鞘になっている事が判明！だが沖田の鞘は、自分は「鞘子」ではなく「サーヤ」で、クサナギのことなど知らないと言う…。尻に刺さったクサナギを早く抜きたい銀時は、その鞘に相応しい刀はどちらか、真剣勝負の決闘で決めることを沖田に持ち掛ける。そんな決闘前夜、沖田の前に現れたのは、市中で頻繁に発生している辻斬りの犯人、人斬り千兵衛。彼が手にしていたのは、人の体を乗っ取り刀を共食いする妖刀「マガナギ」だった！！

沖田は、伝説の魔剣・エクスカリバー「マガナギ」によって身体を乗っ取られてしまう！鉄子の打ち直した「クサナギ」と共に戦う銀時だが、今までの戦闘の経験値だけでなく、沖田の身体能力も手に入れたマガナギに苦戦を強いられる。そして、マガナギの口から残酷な真実が語られる。実は、サーヤはクサナギと鞘子の元に生まれた娘であり、鞘子はすでにマガナギによって壊されていた…。鞘子だけでなくサーヤをも己の鞘にしようと迫るマガナギ。銀時とクサナギは、マガナギを止めることが出来るのか！？

グループ売りアイドル全盛期到来！時の流れに乗り遅れない為、寺門通の期間限定アイドルユニット『お前の相棒〇人？プロジェクト』が始動した！お通ちゃんの相棒を探していたエージェントがスカウトしてきたのは、なんと神楽だった！！金（カネ）の匂いを嗅ぎつけた銀時プロデュースの元、お通と神楽はデビューを目指しレッスンに励む。果たして2人は、ユニットアイドルとして成功できるのか！？

お通と神楽が組んだ新ユニット、「HDZ(ハナクソダイヤモンズ)48」の前に現れたのは、宇宙一のアイドル、ビチエがセンターを務める銀河系アイドル特殊部隊「GKB(ギャラクシーキングダムビッチ)48」だった。銀河中のトップアイドルが集まったGKB48の、手段を選ばない「本物の握手会」で、男たちは骨抜きにされていく。ファンを奪われ、愕然と立ち尽くすお通。さらにビチエはお通と江戸のトップアイドルの座をかけた勝負をしかけてきて！？

お通不在の中、トップアイドルの座をかけた握手会「天下一アイドル決定戦」が始まった！「GKB(ギャラクシーキングダムビッチ)48」に対抗すべく、「HDZ(ハナクソダイヤモンズ)48」の隠し玉、お妙率いる銀河系最強武闘派バックバンド「ダイヤモンドバキューム」が参戦！汚い手を使いGKB48からファンを奪っていくが、メンバー同士のファンの取り合いで逆に大ピンチに。遂に寺門通親衛隊隊長、志村新八自らがGKB48センターのビチエに挑む！そんな新八をテレビで見るお通は…。

「神ゲーと糞ゲーは紙一重」 発売目前の銀魂ゲームを、自分たちの力でもっと売れる商品にしよう！と決意した万事屋３人。たまを連れてゲーム制作会社に潜入し、開発室でハッキングを試みる。大ヒットを狙う為にと、ゲームのタイトルを勝手に改名してファンタジーRPGへ路線変更。余計なことはしゃべらない主人公を出してみたり、ゾンビと戦うゲームにしてみたり、好き勝手にされた銀魂ゲームの末路は！？ 「メガネは魂の一部」 新しいメガネを買うため、メガネ屋を訪れた新八は、どんな真実もありのままに見えるという「ノロワ・レター・メガネ」を店主に勧められる。それを掛けた新八は、他人の守護霊がハッキリクッキリと見えるようになってしまった！外そうとしても外れないメガネを掛けたまま万事屋に戻った新八が見たものは？

呪われたメガネのせいで見えちゃいけない色々なものが見えるようになってしまった新八。そんな中、町内親睦のために企画された「かぶき町大運動会」に強制参加することとなった。紅白に分かれ、優勝賞金50万円をめぐって競争するかぶき町の面々。その背後では、見えない守護霊たちも宿主を勝たせるために死闘を繰り広げる！血で血を洗う「魔界大戦争」の開幕だ――！

アルタナを奪還するため宇宙の星々で活動してきたアルタナ解放軍が、ついに地球へ侵攻。ターミナルが破壊され、解放軍が暴虐の限りを尽くし、江戸は混乱を極めていた。しかしそこでも諦めずに戦い、希望をつなぎ続ける人たちがいる。自動販売機の下をあさって依頼料の小銭を貯める長谷川泰三、侍の国を取り戻すため皆から依頼書を集めるお妙、銀時たち万事屋の帰りを待ち望むたくさんの人たち。そしてついに解放軍の蛮行は「万事屋銀ちゃん」の建物にも向けられて――。

虚の引き起こした戦争を止めるため、アルタナ解放軍との交渉に自分の名前を利用せよという将軍・徳川喜々。桂と坂本はその提案に乗り、喜々を連れて解放軍の戦艦に行く。一方、地球では江戸の人々が蜂起。かぶき町四天王を中心とした民衆、柳生一門、御庭番衆や吉原の百華たちが解放軍に対抗していた。そんな地球の様子を伝え、地球から手を引くよう伝える喜々たちの前に、解放軍中心人物の一人、艦隊提督の紫雀が現れる。強気の姿勢を崩さない喜々と紫雀、一対一の緊迫した交渉は――。

喜々と紫雀の交渉により、アルタナ解放軍は一時的に態度を軟化させたが、それは地球に駐屯する軍を引かせるまでには至らなかった。迫る決戦の時。天導衆の行方を探っていた銀時たちを、突如町民の集団が襲う。彼らを町民ではない別物だと見抜き、窮地を救ったのは今井信女だった。集団は解放軍も急襲する。戦いを一時停戦した責を問われる紫雀の前に現れたのは、自国を天導衆に滅ぼされた、硝煙の皇子と呼ばれる男だった。

姿を現した虚に、剣を向ける銀時。しかしその前に、奈落三羽の一人、柩が立ちはだかる。柩と戦う銀時たちの上空に現れたアルタナ解放軍の艦隊は、一斉掃射をしかけ周囲は火の海と化した。江戸城では、亡き徳川茂茂の妹・そよ姫が、逃げろという服部全蔵の忠告を聞かず、一人で城を預かる覚悟を決める。すべてを焼き払えとの圓翔の命令で、おびただしい数の戦艦が江戸の上空を埋め尽くす。艦隊が江戸城に迫り、逃げる万事屋も四方を囲まれる。その絶体絶命のピンチに――！

万事屋の危機を救ったのは、江戸に戻ってきた真選組だった。今度こそ江戸を護り抜いてみせると、新・真選組の力を見せつける。戻ってきた旧幕府軍は勢力を増し、空では松平率いる艦隊がアルタナ解放軍に対峙していた。地上では市民を避難させた御庭番衆が全蔵のもとに集結し、全てを護る戦いのため戦場に踊り出る。そんな中、解放軍を率いる圓翔は上空から無情に江戸を狙い、地上でも荼吉尼・辰羅・夜兎の三大傭兵部族が加勢する。ついに地球人と解放軍の総力戦が始まった――。

かぶき町に突如現れた巨大な大砲は、源外の作ったカラクリ「ネオアームストロングサイクロンジェットアームストロング源外砲」だった。ウイルスを搭載したナノマシンを放出し、敵味方問わずあらゆる機械を停止させてしまう切り札だ。金時とたまは、機械である自らも破壊される覚悟で、起動のために砲に入った。源外砲の威力で、空を覆っていたアルタナ解放軍の艦隊はすべて墜落。地上での白兵戦が始まった。お登勢の号令で門をかたく閉じたかぶき町、そこを進軍目標として荼吉尼・辰羅・夜兎の軍勢が迫り――！

アルタナ解放軍の大群がかぶき町を目指し、万事屋もかぶき町へ急行している頃、宇宙では、解放軍に捕らえられた坂本と喜々たちが、紫雀提督と接触していた。解放軍を止められなかったと謝罪する紫雀に、倒すべき真の敵がまだ生きていると坂本が告げる。別働隊として動いていた桂に通信をつなぐと、ハタ皇子たち央国星の船に捕まっていた。スキを見て皇子を人質にとり、地球の同盟国になれと迫る桂。首を絞められた皇子の脳裏に浮かんだのは、生き別れた兄弟のことだった。別の檻に捕まっていた長谷川も加勢したところに、銃撃が――。

九龍公子ドラゴニアが地球との同盟を央国星の面々に説く一方、地球では、かぶき町へ押し寄せてくるアルタナ解放軍と傭兵の大軍勢を、御庭番衆と真選組が前後から攻めていた。 万事屋の３人がようやく到着したかぶき町は、民衆の手によって鼠一匹入れない要塞と化していた。しかし荼吉尼の王蓋がたった一撃で、かたく閉ざされていたかぶき町の巨大な門を破壊。大軍が町内に押し寄せてくる。小手先の罠も奇策も通じない強大な敵の前に、心折れそうになるお妙。そしてついに解放軍の兵に追いつかれ、頭をつかまれた窮地に――。

傭兵に襲われたお妙の危機を救ったのは九兵衛だった。荼吉尼の軍勢に対抗するかぶき町の民衆に、柳生一門や九兵衛が集めた義勇兵も加勢。九兵衛の一撃で王蓋は急所をやられ、百華が投げるクナイの集中砲火でついに倒れた。そこに蒼達率いる辰羅の傭兵部隊が姿を見せ、ウイルスを撒き散らした大砲の開発者は名乗り出よ、と脅す。しかしお登勢を先頭に、かぶき町の民衆は怯えも見せず、我も我もと手を上げる。覚悟を決めたかぶき町の民衆に、辰羅が襲いかかり――！

危機一髪、蒼達たち辰羅兵の攻撃から皆を救ったのは旅から帰った泥水平子、次郎長親子だった。得意の集団戦術で襲い掛かる辰羅に対し、黒駒勝男を先頭とした溝鼠組も参戦し混戦状態となる。かつての死闘の経験から辰羅との戦い方を知っている次郎長と銀時は連携攻撃で応戦する。一方、銀時に2本目の角を折られた満身創痍の王蓋は、かぶき町勢力が傭兵部隊を圧倒していく光景を見て、かつて自らの1本目の角を折った男のことを思い出していた……。

崩れかかる傭兵部隊を再び立て直した王蓋を、荼吉尼最強にして「神の角」と呼ばれた男――屁怒絽が一蹴。一瞬にして解放軍を恐怖の底に陥れた。さらに陰陽師たちが加勢、結野晴明と巳厘野道満の幻惑の術によりかぶき町を襲う解放軍の撃退に成功した。たくさんの負傷者を出しながらも、かぶき町に訪れた平和と再会を喜ぶ一同。しかし、かぶき町四天王、真選組、公儀御庭番衆、柳生陳陰流一門、百華、結野衆・巳厘野衆、そして万事屋が一堂に会す様子を遠くから見つめる影があり――。

三大傭兵部族最後の一つ、夜兎に拉致された源外を万事屋たちが捜していた頃。宇宙では紫雀提督一派と央国星を味方につけた喜々と坂本、桂がアルタナ解放軍本部・天鳥船制圧という強硬策を計画していた。しかしそれはすでに圓翔が地球を丸ごと破壊する為の破壊兵器を起動させてしまった後だった。地球滅亡の危機が迫る中、喜々は地球にいるそよに語りかける……。果たして、坂本は、桂は、そして喜々は地球を狙う破壊兵器を止めることができるのか！？

宇宙では、ハタ皇子の乗る央国星戦艦からの発射を合図に、央国星艦隊とアルタナ解放軍艦隊の交戦が始まった。桂のステルス艦が奇襲を狙うも被弾、失敗に終わるかと思われたその時、姿を見せたのは高杉だった。 かつて攘夷戦争で親を失った一人の少女が、 無実の罪で磔にされた。少女を救った攘夷志士と人斬りは投獄されてしまうが、思うところあった幕吏の協力により脱出。それが高杉とまた子、万斉、武市の出会いだった。 世界を壊すと宣言した高杉は、鬼兵隊を率いて突撃の号令を発する――！

高杉率いる鬼兵隊を加え、反撃を開始した桂、坂本たち。覚悟を決めた喜々の言葉で奮起し、高杉たちは地球を狙う破壊兵器「火之迦具土神」を止めるべく、桂・坂本たちはアルタナ解放軍を率いる圓翔を討つため、それぞれ走り出す。 一方地球では銀時たちが、敵に拉致された源外を探していた。同胞の気配を感じ取り、源外のもとにいち早くたどり着いた神楽。同じ夜兎族の軍勢を相手に一人戦い始めるも、不意を突かれ窮地に立った神楽に――！

すんでのところで神楽を救ったのは、春雨第七師団を率いた神威だった。 神楽と神威は同族同士の夜兎対決を繰り広げ、協力して老師を倒す。そこに駆け付けた銀時、新八。沖田たちも到着し、万事屋、真選組、第七師団が残りの夜兎と対峙するさなか、突如姿を現した虚。不気味な笑みとともに、暴走したアルタナが地表から噴出する。 宇宙では、春雨の援軍を受けた高杉たちだったが、火之迦具土神発射までわずか15分しかないことが判明。窮地に陥った鬼兵隊のため、武市は決死の作戦を断行する――。

火之迦具土神の制御装置まで高杉たちをたどりつかせるため、一人その場に残った万斉。思惑通り兵力を集中させたところで、自らの腰に巻いた手榴弾を使い、わが身もろとも敵を一掃する。小型艇で体当たりしてわずかな時間を稼ごうとする武市。身を投げ打って戦う鬼兵隊。一度も振り返ることなく走り続けた高杉の剣が、ついに制御装置を切り裂き大爆発を起こす。 制御装置を破壊され、沈む運命となった天鳥船の指令部に、坂本・桂・喜々がたどりつく。降伏を求める坂本に、復讐を誓う圓翔は船ごと地球に落とすと告げ――。

天鳥船を地球に落とす前に脱出しようと急ぐ解放軍。そこに春雨の軍勢を率いた高杉が現れ、最後の攻防が始まった。高杉、桂、坂本たちは多くの犠牲を払いつつも、ついに圓翔に致命傷を与える。とどめをさせという圓翔に、戦を終わらせることを持ち掛ける喜々。喜々の説得により、和睦に応じようとした圓翔であったが、それに激怒した解放軍に撃たれてしまう。その流れ弾に喜々も倒れ、解放軍と地球軍の間に再び緊張が走る。 薄れゆく意識の中、憎しみの連鎖を終わらせようと語りかける喜々の脳裏には、先代将軍茂茂の姿が浮かんでいた――。

地上では、巫女姉妹の阿音・百音が狛神の力を使い、アルタナの暴走を止めようとしていた。アルタナを操れるのは、古来より龍穴を守り続けてきた巫女一族の姉妹と狛神しかいない。験力を使い果たしかけていた姉妹に、力を貸そうともう一匹の狛神、定春が姿を見せる。 アルタナの暴走に巻き込まれた銀時たちの前に秘密兵器を持って現れたのは、神楽と神威の父、星海坊主だった。虚を倒す切り札として異星のアルタナの結晶石で作った結晶刀を「持ってけ」と銀時に渡す。 いなくなった定春を探す万事屋。虚は龍脈を制御する門を開放して、いよいよ地球に終焉を迎えさせようとする――！

コントロールを失った天鳥船の上の紫雀は、地球を護るため、弟・ハタ皇子に自分たちごと船を撃ち破壊せよと告げる。ハタは葛藤の末に、発射命令を出しかかっていたところを、長谷川泰三に殴り飛ばされる。元入国管理局局長・現無職のプライドで、船も地球もまるごと救うしかないと断言する長谷川。その宣言に共鳴した解放軍も力を貸す。 負傷した阿音・百音を残し、たった一匹で虚に立ち向かう定春。なんとか駆け付けた万事屋だったが、大地が割れ、噴き出すアルタナに定春が飲み込まれるのを止められない。強大なアルタナを背後にした虚に、切り札だった結晶刀もバラバラに壊されてしまう――。

アルタナの奔流に飲み込まれてもなお力を振り絞る定春が、龍脈を封じることに成功する。さらに銀時が投げた結晶刀の破片が虚の身体を蝕む。うまく身体再生ができなくなった虚に、ここぞとばかりに総攻撃を仕掛ける万事屋。しかしあと一歩のところで龍脈が甦り、虚は再生してしまう。もはやここまでかと思われたその時、半霊体となってなおアルタナを止めようとする定春の姿が空に浮かぶ。阿音・百音が江戸中の人々の生命力を験力に還元し、定春に与えて、再びアルタナの暴走を止めようとするのだ。いくら終わらせようとしても立ち上がる、人間という生き物に恐れを抱きながら、虚は銀時と斬り結ぶ。

江戸の人々が一丸となって、虚を追い詰める。何度倒されても立ち上がる銀時たちがついに虚を討ち果たす。敗北を悟った虚は、自らアルタナの穴へと落ちていった。 虚との激闘から二年の月日が経った。空には再び異郷の宇宙船が飛び交い、通りでは天人たちがふんぞり返り歩き、かつての江戸が戻ってきた。 二年前、宇宙から落ちてきた天鳥船はぎりぎりのところで激突を免れ、地球は救われた。ぼろぼろの廃墟と化した江戸も、復興の甲斐あって以前の姿を取り戻しつつある。 「万事屋銀ちゃん」の屋号を残し、ひとり万事屋を続ける新八。そこへ「パパ」と呼びかける子どもの声が！？

江戸を守り、新時代を切り開いた真選組は、樹立した新政府によって散り散りにさせられていた。新政府を仕切るのは、かつての攘夷志士、今やドナルド・ヅランプとして初代総理大臣に上り詰めた桂だ。 そんな元テロリストに国を任せられるかと、元警察庁長官の松平は桂の暗殺を企てる。新八を脅し、桂暗殺のための兵器を闇商人から受け取り、殺し屋と落ち合うように指示する。 埠頭についた新八を待っていたのは、海賊マークのマントに身を包む陸奥だった。最強の武器だと運んできた荷物の中から出てきたのは――！？

二年の間、江戸を離れ姿を見せなかった銀時が、松下村塾の跡地に立っていた。因縁の地で高杉と再会したところへ警察が現れ、高杉は逃亡する。捕らえられた銀時の前に現れたのは、この地に左遷されていた土方だった。 土方の事情聴取から逃げ、町へ出た銀時は何者かから襲撃を受ける。足を滑らせ川へ落ちたところへ、高杉が船に乗って再び現れる。 一方江戸では、神楽をマミーと呼ぶ少女・神流の登場に新八は驚きを隠せない。そこに現れた殺し屋は、マフィア然とした沖田が率いる元真選組の隊士たちだった。二年の成長を試すように新八に斬りかかる沖田。戦いのさなか、神流に異変が――！？

神流と名乗った少女は、定春を元に戻すため地球を飛び出し、肉体を変化させる術を得た神楽自身だった。自分のせいで万事屋がバラバラになってしまったと、責任を感じる神楽に新八が優しく諭す。 一方、奈落を振り切った銀時と高杉は船に乗り込む。銀時は懐から虚の心臓を取り出し、これを手にした経緯を思い返す。生を繰り返す虚が、またどこかで生まれているはずだと龍穴を探し回った。そして狙い通り生まれていた赤子の虚を見つけ、育てたのだ。 成長した虚から心臓を託されている銀時に、高杉は虚の肉体がまだ生かされていることを告げると、急に激しく咳き込む。その手には吐血の跡が――。

二年前、堕ちゆく天鳥船の中で、高杉は朧の遺骨を体内に取り込み、虚の持つ再生能力を手にしていた。 戦いの後、虚の不死の力は崇められるようになっていて、その信徒たちがアルタナを狙って各地でテロを起こしていた。 高杉はかつての師を呪われた因果から救い出そうと銀時を誘い、二人は江戸の町へ降り立った。そんな二人を尾行してついてきた土方と山崎。銀時に尾行がばれそうになり、二人はとっさに衣料店のマネキンになりすます。運悪くそこへお妙が買い物にやってきて、マネキンもどきに銀時も加わり――！

江戸の町に戻ってきたことを悟られたくない銀時は、マネキンに扮して何とか難を逃れることに成功する。高杉風のカツラと着物で、再び町に出ようとしたその瞬間、銀時の頭上からクナイが降り注ぐ。銀時の帰りを待つ、さっちゃんの仕業だった。 変装に気づかず、銀時の居場所を教えろと脅すさっちゃん。高杉風の気迫で押し切ろうとするも逆に気圧され、捕まってしまう銀時もとい、偽杉。連れていかれた先には、月詠、お妙、九兵衛ら江戸の女性たちが待っていた。彼女たちもまた、黙って去ってしまった銀時の帰りを待ち続けていたのだ。皆の思いを知って銀時が取る行動は――！？