機動戦士ガンダムSEEDが見れる配信サイトは？【テレビアニメ】

ザフトと連合の開戦から１１ヵ月余りが過ぎた。 Ｌ５に浮かぶ中立国オーブの資源衛星ヘリオポリス。そこの工業カレッジに通う学生キラ・ヤマトは、いつものようにゼミを訪れ、そこでコロニーに侵入したザフト軍によるガンダム奪取作戦に遭遇する。 工場各所で起こる爆発と、プラント内に侵入してくるＭＳジンにより混乱に陥るヘリオポリス。奇襲は成功し、秘密裏に建造されていた連合初のＭＳ・ガンダムは５機のうち３機までがザフトの手に落ちた。 避難場所を探していたキラは、逃げ遅れた一人の少女を追って工場区画に迷い込み、そこで偶然に残る２機のガンダムを目撃する。なぜか、それを見て絶叫する少女。キラは何とか彼女を避難させるが、キラ自身の行く場がない。 　 居合わせていた連合士官マリュー・ラミアスは、彼を残されていたＭＳ・ストライクの中へ案内しようとする。が、そこにザフト兵の襲撃が！…それはかつてのキラの親友、アスラン・ザラだったのだ。

巻き上がる炎の中、アスランは残されたＭＳイージスを奪取し、脱出する。キラとマリューもストライクに乗り込んだ。吹き飛ぶ工場から、からくも脱出するストライク。しかしそこにはザフトのＭＳジンが待ち受けていた！　負傷したうえ、パイロットですらないマリューに、ガンダムを操る事はできない。絶体絶命のピンチに陥った時、キラが操縦を代わった。凄まじい早さでガンダムのＯＳを修正するキラ。潜在能力を解放されたストライクは、圧倒的な力でジンを撃破した。難を逃れたキラと友人たちだが、軍の機密を知ったとして、彼らはマリューに拘束される。反発するも従わざるを得ない。 同じ頃、ジンの破壊を受けラウも行動を起こす。それを察知したムウもヘリオポリスへ。戦場で出会った２機は交戦しながら、コロニー内部に突入した。 　一方、爆破された鉱山区に閉じ込められたナタルたちは、残された数人とアークエンジェルを起動させる。不気味な鳴動を始めたヘリオポリス。その中で、ラウの操るＭＳシグーとストライクガンダムの戦いが始まった。百戦錬磨のラウに翻弄されるキラ。ムウも援護をするが形勢は変わらない。あわや、というその時、岩壁を突き破りアークエンジェルがその威容を現した！

キラたちに襲いかかる、ラウの操るＭＳシグー。その時彼らの前に、アークエンジェルが姿を現す。戦闘の最中ラウを狙ったストライクガンダムは、コロニーに穴を開けてしまう。その威力に呆然とする一同。形勢不利とみたラウは一時離脱していく。 アークエンジェルに着艦したキラたち。ガンダムを動かしたのが子供だという事実に驚く兵士たちだが、ムウはキラがコーディネイターであることを見抜く。　 一方、艦に戻ったラウはガンダムの性能に脅威を感じ、再び攻撃を決断する。出撃を許可されなかったアスランだが、無断でイージスガンダムに乗りキラの元へ向かう。 キラがＯＳを書き換えたガンダムは、彼以外には扱えない。操縦を拒むキラだが、敵の接近に出撃を余儀なくされる。 　再び始まった戦闘は徐々にコロニーを傷つけていく。キラはミゲルのジンを撃墜。そしてイージスガンダムに乗るアスランと再び戦場で相まみえる。敵対するお互いの立場に戸惑う二人の少年。一方、彼らの周囲で続く戦闘は更に激化。損傷が決定的となったヘリオポリスは崩壊を始めた。　

キラは、崩壊したヘリオポリスの宙域から、救命ボートと共にアークエンジェルに帰艦する。そのボートにはフレイも乗船していた。アークエンジェルは、友軍の軍事衛星アルテミスに進路を取る。一度、ア－クエンジェルを見失ったラウではあったが、その行動を予想し、進路の前後を抑える作戦を立てていた。 帰艦後トールたちと避難民居住区にいたキラだが、ムウからガンダムの整備を言われたことに対し、自分はパイロットではないと反発する。 一方、アスランは前回の出撃をラウに問い質された際、友人であるキラを説得したい意向を伝えると共に、無理な場合は自らの手で討つことも誓う。 　ラウの作戦通り、アークエンジェルは前後を挟まれる。戦闘配備が鳴り響く中、キラの負担を気遣うトールたちは、自ら艦の作業に志願する。一人悩むキラだったが、ムウの言葉や友人たちの行動に動かされ、再びガンダムに乗る決意をする。 エンジン始動と共にアークエンジェルの特装砲が轟く。それを合図にしたかのように、敵艦からはＭＳ隊が放たれた。 カタパルトの上でキラは叫ぶ。「キラ・ヤマト。ガンダム行きます！」と。

出撃したストライクの前に立ちはだかる、奪われた４機のガンダム。ザフト軍は、奪取した全てのガンダムを投入してきたのだ！　戦場で再び出会うキラとアスラン。二人の間に割りこむデュエルガンダム。さらにバスター、ブリッツガンダムも合流し、戦闘は混乱を極める。 一方、先行して出撃したムウのメビウス〈ゼロ〉は戦艦ヴェサリウスを奇襲。不意を突かれたヴェサリウスは離脱を余儀なくされる。だが、かさに懸かるイザークとディアッカは、撤退命令を無視してキラに攻撃を続ける。不慣れな戦闘でエネルギーを消費したストライクガンダムは、ついにフェイズシフト装甲を解除してしまう。絶対絶命の危機！　 　その時、ＭＡ形態のイージスガンダムが、キラを連れ去った。ザフトへキラを連れて行こうとするアスラン、抵抗するも身動きの取れないキラ。その時、割って入ったムウの援護によりエネルギーパックを換装したキラは、辛くもイザークたちを退ける。 危機を脱し、無事に地球連合の要塞アルテミスへ到着したアークエンジェル。だが、そこには別の危機が、待ち構えていた…。

辛くもザフトの追撃を振り切ったアークエンジェルは、軍事要塞「アルテミス」に逃げ込んだ。しかし、そこで待ち受けていたのは味方兵士の銃口だった。要塞司令官ガルシアによって軟禁されるアークエンジェルのクルーたち。 同じ地球連合ではあるが、マリューたちが所属するのは「大西洋連邦」。アルテミスは「ユーラシア連邦」の要塞である。決して一枚岩ではない連合の性だった。ガルシアは、あわよくばアークエンジェルとガンダムを手に入れ、それを手土産にユーラシア本土への復帰を企てたのである。ガルシアは友人たちを盾に、ロックされたガンダムの解除をキラに迫る。 同じ頃、アルテミスを遠巻きに見るガモフ艦の中で動きがあった。アルテミスは「全方位光波防御帯」という特殊な防御兵器を擁し、敵の攻撃を悉く退けていたのである。 　だが、ブリッツガンダムの「ミラージュ・コロイド」（機体をステルス化する）はそれを突破する事を可能にした。突如攻撃を受けるアルテミス。光波防御帯に絶対の自信を持っていた兵士たちの規律は緩みきり、予想外の事態に浮き足立ってしまう。その隙に抜け出したキラはストライクに戻り、突入してきたブリッツを迎え撃つ！　さらに外では、デュエルとバスターがアルテミスを攻撃。ストライクとブリッツの戦闘は要塞の破壊で水入りになり、キラは脱出したアークエンジェルと共に、崩壊した無敵要塞を後にする。

ザフトの攻撃を利用し、要塞・アルテミスを脱出したアークエンジェルではあったが、艦内の物資の欠乏が深刻な状況になっていた。募る不安に一計を案じたムウは、遺棄された艦船等から物資を得るためにデブリ帯へ艦を向かわせる。そこには「血のバレンタイン」で壊滅したプラント・ユニウスセブンもあった。プラントに帰還したラウは、最高評議会の査問会で「ヘリオポリス崩壊」の経緯を説明するために出廷していた。その席でラウと、裏で繋がるプラント国防委員長パトリック・ザラは、その場の空気を打倒ナチュラルへと誘導して行く。一方、ユニウスセブンの残骸で物資の搬入作業を続けるトールたちは、漂う大陸の残骸に、戦争の現実をまざまざと見せつけられる。ここで哨戒に当っていたキラは偵察型のジンと遭遇。進路の先には搬入現場が！ キラの願いも空しくジンはトールたちを発見してしまう。 　すんでのところでジンを撃破したストライクではあるが、キラは初めて自らの手で生命を奪うことの重さを知る。そしてその現場で発見した救命ポットの乗員ラクス・クライン。運命の出会いはハロと共に舞い降りた。

デブリ帯で救助した救命ポットの乗員は、少女と小さなロボットだった。ラクス・クラインとハロ…彼女は現プラント最高評議会議長シーゲル・クラインの娘である。「血のバレンタイン」の悲劇追悼一周年式典に出席するために、彼女は慰問団の団長としてここへ来ていたのだった。天真爛漫な彼女は、緊迫していたアークエンジェル内に奇妙な安らぎをもたらす。ただ１人、コーディネイターを生理的に拒絶するフレイ・アルスターを除いて…。 同じ頃、ヴェサリウス改修の間、帰宅していたアスランに召集がかかる。それは許婚でもあるラクス・クラインの捜索命令であった。彼女を救出し、ヒーローとしてプラントへ戻ることを、アスランは義務づけられたのだ。 　一方、ラクスの処遇をめぐって、アークエンジェル内部も紛糾する。そこヘ飛びこんだ通信。待ちに待っていた第８艦隊先遣隊からの救援信号だった。朗報に艦内は明るさ取り戻す。だが、その救援艦隊にもザフト艦・ヴェサリウスが迫りつつあった…。

ついに待望の救援が来る。アークエンジェル艦内に束の間、和んだ空気が流れていた。合流するのは第８艦隊・先遣隊モントゴメリ、バーナード、ローの３艦。モントゴメリにはフレイの父、地球連合外務次官ジョージ・アルスターも乗艦していた。だが、ザフトの牙が艦隊に襲いかかった。急を受け、援護に駆け付けたアークエンジェルが見たのは、イージスガンダムの手により、瞬く間に撃沈させられるバーナードとローであった。ストライクガンダムで出撃したキラの前に、立ち塞がるアスラン。互いに譲らぬ両雄。モントゴメリに迫るザフト艦・ヴェサリウス父の生命が危ない！ 　その光景を目の当りにしたフレイは、軟禁状態にあったプラント評議会議長の息女ラクス・クラインをブリッジに引きずり出し、彼女の生命と引き換えにモントゴメリの安全をザフトに要求しようとする。しかし、その願いも空しく、モントゴメリはフレイの目の前でヴェサリウスの砲火に沈んでしまう。響き渡るフレイの絶叫！　意を決したナタルはラクスを人質に、ヴェサリウスの攻撃を停止させた。

ラクス・クラインを人質に、ザフト艦ヴェサリウスからの攻撃を止めたアークエンジェルではあったが、眼前での救援艦隊全滅のショックは大きかった。特に父を殺されたフレイは半狂乱になり、キラに激情をぶつける。「アンタ、自分もコーディネイターだから本気で戦ってないんでしょう!?」 打ちひしがれるキラ。だが、その悄然とした背に声を掛けたのは、軟禁されているはずのザフトの歌姫ラクスであった。ラクスはキラの親友、アスランを知っていた。それどころか彼女は、彼の許婚であったのだ。在りし日の親友を回顧するキラ。そして今は互いに刃を交している。彼女は優しく静かに言った。「お２人が戦わないで済むようになれば……いいですわね」 　逡巡の末、キラはラクスをアスランのもとに帰すことを決意し、友人たちの手を借りて無断でストライクを発進させる。４度会いまみえるストライクとイージス、キラとアスラン。ラクスはアスランの手に渡り、キラは親友の呼びかけに背を向ける。運命は分かれた。２人の本当の決別であった。

約束通り、キラは艦に戻って来た。ラクスを無断でザフトに帰した問題も、マリューの粋な計らいで不問に処される。 眼の前での先遣隊壊滅にショックを受けたトールたちだったが、それでも間もなく戦争から開放される安堵の方が大きかった…ただ一人、フレイを除いて。追い討をちかけるかのように、父の命を奪ったイージスのパイロットがキラのかっての親友だったことを、話を立ち聞きしていたカズイから、フレイは告げられてしまう。 だが、友人たちの前に現れた彼女は、なぜか謝罪の言葉を告げる。意外な言葉に戸惑うキラ。その時鳴り響く警報。ザフト軍のガンダム３機が、艦隊と合流前に最後のアタックを仕掛けて来たのだ！　「私たちを守って」という難民の少女とフレイの言葉に見送られ、戦場へ向かうキラ。 アークエンジェルの戦闘パターンを読んだザフトの攻撃は熾烈を極め、ついにストライクとメビウス〈ゼロ〉を振り切ったブリッツが、アークエンジェルに肉迫する。絶対絶命の危機！　その時、キラの中で何かが起きた！　鎧袖一触でデュエルを退るストライク。イザークが負傷したため残る2機も後退した。

ついに地球連合第８艦隊と合流を果たしたアークエンジェル。 慌しさの中、名残を惜しむかのようにストライクの整備に勤しむキラに、マリューは今までの礼を告げる。旗艦メネラオスからは艦隊指令ハルバートン提督自らがアークエンジェルへ乗艦して来た。彼こそ「Ｇ」計画の第一の推進者なのだった。彼を交えた会議で、アークエンジェルは連合の地球本部であるアラスカへ向かう事が告げられる。さらに、その席ではキラの処遇についても紛糾する。彼をそのままストライクに留める事を強行に主張するナタル。だがそれはハルバートンの一喝で却下された。 　便宜上軍籍に入れられていたサイたちは、ナタルにより除隊許可証を渡される。だが、その席でフレイが軍に志願してしまう。戦死した父の遺志を継ぎ、戦争を終わらせるために働きたいというのだ。友人たちも、なかば乗せられる形で軍に志願することに。脱出用ランチに乗り込む避難民たちを見送るキラは、友人たちに除隊許可証を渡され、彼らが軍人になったことを知る。その時、なり響く警報。戦力を整えたラウの艦隊が総力戦をしかけて来たのだ。キラの脳裏に浮かぶマリュー、ハルバートン、そして避難民の少女の言葉。ストライクへと走り出すキラの後には、捨てられた許可証があった。

地球軌道上での、第８艦隊とザフト軍の壮絶な会戦は幕を切って落とされた。数で勝る地球連合軍であったが、ジンを擁し、さらに４機のガンダムまで繰り出したクルーゼ隊の前に次々と沈められていく。 激戦の最中、アークエンジェルは地上への緊急降下を申し出る。敵前逃亡ではない、標的であるアークエンジェルがオトリになり、艦隊の全滅を阻止しようと言うのだ。艦を守るため、決意を新たに出撃したキラ。だがその前に、復讐鬼と化したイザークのデュエルガンダムアサルトシュラウドが立ちはだかる。降下へのカウントダウンが続き、突入限界点が迫る中で、ザフト艦ガモフは捨身の猛攻を仕掛ける。その危機に、ハルバートン提督は旗艦メラネオスでガモフと相打ちを敢行、宇宙へと散った。 だがその闘いの間隙を縫って発進した避難民の乗るシャトルが、怒りに燃えるイザークによって撃ち抜かれる！　守り続けた避難民たちはキラの眼前で、命を落としてしまう…。地球への降下に成功したアークエンジェルだが、その代償は第８艦隊を犠牲にするという、あまりに大きなものだった。

第８艦隊との軌道上会戦前夜、戦艦ヴェサリウスの私室でラウは述懐する。ヘリオポリス襲撃から現在までを。そして「血のバレンタイン」の悲劇から、今日までの激動の軌跡を。 穏健派と強硬派の間で大きく揺れていたプラント最高評議会の趨勢も、ヘリオポリスでガンダムを奪取したことにより、大きく強硬派へと傾いている…。 そもそも、すべては一人の男から始まった。ジョージ・グレン。彼こそが遺伝子操作を受けて誕生した人間、即ちファースト・コーディネイターだった。フットボールのスーパースター、オリンピックの金メダリストにして空軍のエースパイロット、そして航空宇宙工学の権威…。天才的な業績を上げた彼は、自ら設計した木星探査船で深宇宙へ旅立ち、その途上で自らがコーディネイターであることを、人類にもたらす至福をメッセージに託し、明らかにした。 やがて彼は、彼自身の手によってもたらされた、コーディネイターとナチュラルとの軋轢の中で生命を落とすのだった。一大決戦を前にラウが想うのは、２つの人類の行く末なのか、あるいは…？

大気圏突入時の、デュエルとの戦闘でストライクを救うために、アークエンジェルは本来の軌道を大きく外れ、ザフト勢力圏であるアフリカに降下してしまった。 救助されたキラではあったが、受けたダメージは大きく、高熱に倒れてしまう。そのキラを献身的に看病したのは、意外にもフレイであった。間もなくコーディネイターである彼は、驚異的な快復を見せ始めた。 しかし、フレイが持ち込んだ小さな折り紙を見たとき、キラは恐慌状態に陥ってしまう。それはシャトルで脱出し、キラの眼前で命を落とした少女が、彼に贈ったものだったのだ。狂乱するキラを、慈母のごとく優しく慰めるフレイ。傷ついた二人の距離が縮まる。だが、彼女には別の思惑があった。キラは戦って、戦って、そして死ぬ…と呟くフレイ。彼女の心の奥底にあったのは、キラへの思慕ではなく、復讐の暗い炎だったのだ。 一方、砂漠に降下したアークエンジェルを見つめる、ゲリラの一団があった。その中にいる一人の少女カガリ・ユラ・アスハ…それはかつて、キラがヘリオポリスの戦火の中で出会った、あの少女だったのだ…。

北アフリカの砂漠に着陸したアークエンジェル。そこへ息をつく暇もなく、ザフト軍が夜襲をかけてきた。「砂漠の虎」の異名をとる猛将アンドリュー・バルトフェルト率いる精鋭地上部隊だった。 もう、誰も死なせない！　戦いにはやる気持ちを抑えなれないキラは、闇の中を出撃する。だが、慣れない砂漠での闘いに足をとられ、姿勢すらまともに制御できない。そこへ４足歩行ＭＳバクゥが襲いかかる。だが、キラのコーディネイターとしての戦闘能力は卓越していた。砂漠の環境に合わせて接地圧を調整し、データを素早く書き換えるキラ。バルトフェルドはその素早さに、舌を巻いた。 「砂漠の虎」の旗艦レセップスから、主砲による砲撃が加わる。バルトフェルドも、本気を出してきたのだ。だがその時、謎の通信がキラのもとへ入った。指示に従い、砂漠の地下洞へバクゥをおびき寄せて、一気に撃退するという奇策は大成功する。 キラたちを救ったのは、カガリ・ユラ・アスハ率いるゲリラたち…「砂漠の虎」に対抗するレジスタンス部隊「明けの砂漠」だった。

レジスタンス「明けの砂漠」の助けを借り、辛くもバルトフェルド率いるバクゥ部隊の猛攻を退けたストライク。 夜明けを待ちアークエンジェルと合流した「明けの砂漠」メンバーの中に、ヘリオポリス襲撃の際に出会った少女、カガリ・ユラ・アスハの姿を認め、互いに驚くキラたち。 レジスタンスのリーダー・サイーブによりアジトに案内されたマリューたちは、そこでアフリカにおける連合の拠点「ビクトリア基地」が陥落したことを知る。これにより、アークエンジェルは紅海を抜け、太平洋からアラスカを目指すルートを取るしかなくなった。だがそのルートには「砂漠の虎」バルトフェルドと地上空母レセップスが立ち塞がる。 　同じ頃、バルトフェルドは「明けの砂漠」に対する報復攻撃の準備を進めていた。再び夜になり、しばしの休息を取るアークエンジェルのクルーたち。対レップス戦に向けストライクの調整をしていたキラは、そこでフレイとサイの口論に巻き込まれてしまう。戸惑うキラだが、フレイはキラと深い関係あることを暴露し、逆上したサイに詰め寄られる。そしてキラはついに、今まで押さえていた感情を爆発させてしまう。そんな中、真っ赤に染まる夜空…レジスタンスたちの家族が住む、タッシルの町が燃えていたのだ。

バルトフェルドの「砂漠の虎」は、レジスタンスの住む町タッシルを襲った。バクゥから発射されたミサイルで、町は紅蓮の炎に包まれる。だが、あらかじめ攻撃予告があったお陰で死傷者は出ず、彼らは町を焼いただけで引き上げる。 一方、タッシル救援に駆けつけたムウとレジスタンスのメンバーは、敵がすでに退却した後の焼け跡を見て、怒りに震える。この程度の報復で済ませただけ、優しいじゃないか…そう口走ったムウに、レジスタンスたちは激しくは食ってかかる。 結局、復讐に燃える数名のレジスタンスは、無謀にもバギーで追撃。だがＭＳバクゥと勝負になるはずもない。蹴散らされるレジスタンス部隊…そこに、駆けつけたストライクが割って入った。戦闘中に熱対流パラメータを書き換え、バクゥを撃つキラ。ストライクの実戦データを収集したバクゥ部隊は、形勢不利と見て退却する。 だが、この戦いでカガリは、戦友のアフメドを失い、泣き崩れる。こんな戦い、何の意味もない…というキラに、激しく反発するカガリ。 だが、次の瞬間、キラの平手がカガリの頬に飛んだ。気持ちだけで何が守れる!?　キラは、そう叫んで…。

欠乏する物資の補給ため、ザフト軍の基地のあるバナディーヤの市場に潜入するキラとカガリ。二人は偶然にも、食事中に「砂漠の虎」アンドリュー・バルトフェルドと知り合う。何とも馴れ馴れしいアンドリューに振り回されるキラたち。そんな彼らを、反コーディネイター主義の過激派・ブルーコスモスのゲリラたちが襲撃する！ キラたちは助けてもらった礼として、バルトフェルドの屋敷に案内され、カガリはそこで彼の恋人アイシャによって、ドレスに着替えさせられる。妙な歓待に、戸惑う二人。 だがバルトフェルドは、とっくに二人の正体を見抜いていた。銃を突き付け、バルトフェルドはキラに問う。この戦いを、どうやって終わらせればいいと思うのか？　敵を全て滅ぼして終わらせるのか、と。だが、不意に彼は銃を納め、キラたちを解放するのだった。話せて楽しかった、という挨拶と共に。 　一方、アークエンジェルでは、格納庫内でサイが勝手にストライクを動かし、騒ぎを引き起こしていた。思うように動かせない自分にうなだれ、嗚咽するサイ。それを見たフレイも薄く涙を滲ませるのであった。

久し振りに訪れた休日に、アスランはラクスの家に向かうべくエレカを走らせていた。プラントの高級住宅街にあるクライン邸にて、仲むつまじく、おしゃべり楽しむ二人。アスランはラクスから、今もキラがプレゼントしたトリィを大切に持っていると聞き、やるせない気持ちになる。 そんな中、彼らの父親たちはプラント最高評議会で、戦争の継続か共存かの激論を戦わせていた。オペレーション・スピットブレイクを発動させようとする強硬派パトリック・ザラに押されながらも、なおも穏健派のシーゲル・クラインは和平の道を求め、苦悩する。 　一方レジスタンス基地にとどまっているアークエンジェルでも「砂漠の虎」突破戦に向けて、ちゃくちゃくと計画が進められていた。仕掛けた地雷原を主戦場として誘い込む作戦に、ムウは予想される犠牲者の多さを気遣うが、レジスタンスたちの決意は固い。 その頃キラは、自分に身を任せようとするフレイを振り切り、部屋を飛び出す。 再び、新たな戦いが始まろうとしていた…。

ジブラルタル基地にいたイザークとディアッカが、レセップスに合流した。アークエンジェル撃破に向け、兵力は多い方がいい、と戦力増強を受け入れる「砂漠の虎」バルトフェルド。一方アークエンジェルとレジスタンスも、レセップスとの決戦に向けて動き出した。その直後、巨大な爆炎が大地を包んだ。レジスタンスが事前に仕掛けていた地雷原が突破されたのだ。「砂漠の虎」が本気で牙を剥いて来たことを知るレジスタンスたち。 アークエンジェルから、ストライクとスカイグラスパーも出撃し、戦闘は本格化した。 バルトフェルドも自らＭＳラゴゥを駆って出撃。アークエンジェルは身動きが取れず「明けの砂漠」たちも苦戦する。 状況を打開するためカガリもスカイグラスパーで出撃し、アークエンジェルも主砲ゴットフリートを発射。戦況は一転して、有利に展開する。 キラのストライクは、バルトフェルドのラゴゥと最後の決戦に。勝負はついた、降伏を…と呼びかけるキラを拒絶するバルトフェルド。とどめを刺し、閃光と共に爆発するラゴゥを前に、キラは絶叫するのだった。

激闘の末にバルトフェルドを倒したストライクとアークエンジェルは、アラスカに向け進路を取る。なぜか「明けの砂漠」のカガリまで、自分は必要だと主張し、強引にアークエンジェルに乗り込んでくることになってしまった。 紅海に入り、これまで緊張を強いられていたアークエンジェルにも、ひとときの休息が訪れていた。潮風を受け、休息を取るクルーたち。 キラをめぐって、カガリとフレイのさや当ても、デッキで繰り広げられる…。 　だが、そんな余裕もつかの間、静寂破るかのように、ザフト軍のモラシム隊が空中戦用ＭＳディンと水中用ＭＳグーンを率い、空と海両面からアークエンジェルに攻撃を仕掛ける！　バズーカを装備し、水中に入るストライク。初の水中戦に苦戦をしいられるストライクだったが、何とか２機のグーンを撃退する。 一方、宇宙に残っていたクルーゼ隊のアスランとニコルも、アークエンジェル追撃作戦の合流するために、地球に向けて出発するのだった。

アスラン、ニコル、そしてクルーゼが合流し、クルーゼ隊は久々に全員が集結した。ラウはオペレーション・スピットブレイク発動のため身動きの取れない自分に代わって、アークエンジェル追撃の隊長としてアスランを任命する。不満ながらお手並み拝見、と開き直るイザークとディアッカ。 一方、辛くも水中戦を制したを退けたアークエンジェルだったが、執拗に追撃戦を仕掛けるモラシム隊の潜水母艦隊に苦戦する。その最中、カガリ自身もスカイグラスパーを駆り戦いに赴く。アークエンジェルの弱点を察知したモラシム隊は、水中ＭＳゾノを駆り、下から執拗に攻撃。マリューは射線を確保するため、なんと艦を３６０度バレルロールさせ、ゴットフリートを発射した。これにより、追撃したＭＳは撃退される。 アスランは、カーペンタリア基地にＭＳ母艦受領のため輸送機で移動中に、被弾したカガリ機と遭遇戦になる。輸送機は墜落し、ＭＳごと輸送機から放出されたアスランと被弾したカガリのスカイグラスパーは、互いに知ることもなく、名もない島に打ち寄せられるのだった。

被弾したカガリのスカイグラスパーは、イージスを空輸中の輸送機を撃墜し、そのまま無人島に不時着した。そこで彼女は、輸送機に乗っていたアスランと砂浜で遭遇する。 その頃アークエンジェルではカガリが戻らないため、キラがストライクで捜索に出る。戦闘中の行方不明…実質的には「戦死」を意味するＭＩＡ認定をナタルは提案するが、マリューは激しく反発し、捜索継続を命じるのだった。また一方、イザークたちも隊長の行方不明に、捜索を開始する。 　島でアスランと遭遇したカガリだったが、挑んで返り討ちにあい、捕らえられてしまう。電波状態が悪く、味方と連絡が取れないまま二人は、一緒に救助を待つことになった。夜になり、お互いの身の上をぎこちなく語りあう二人。だがカガリはアスランが眠った隙を見て、ためらいつつも銃を奪い、構える。だがアスランを撃つに撃てず、銃を暴発させてしまうカガリ。結局彼女は傷ついたアスランに対し、せめてもの償いに手当をするのだった。 やがて明け方、ついに無線は回復、二人はそれぞれの陣営に戻る時が来る。別れ際、初めて二人はお互いの名を名乗るのだった…。

オーブ近海で、熾烈な戦闘を繰り広げるアークエンジェルとザラ隊の４機のガンダム。中立国オーブを目前にして、ザラ隊の絶妙なコンビネーション攻撃の前に、アークエンジェルは次第に追い詰められいく。 だが、オーブ領海に接近した時、ザフト軍とアークエンジェルは、オーブ軍からの連絡を受ける。アークエンジェルに対し、領海から退去せよという警告だ。 カガリはそれを聞き、インカムでオーブに連絡する。自分はオーブ前代表ウズミ・ナラ・アスハの娘カガリ・ユラ・アスハだ、と。だが、オーブ司令官ティリングは動じない。ついにオーブによる砲撃が開始された…だが、それはアークエンジェルを救助するための偽装攻撃。彼らは、島にある秘密ドックへ収容されるのだ。 オーブの狙いは、実はストライクの持つ実戦データだった。技術供与を条件に、彼らはアークエンジェルクルーを収容したのだ。 一方、オーブを前に手が出せないザラ隊メンバーたちは、アークエンジェルの所在を確かめるべく、潜入を敢行するのだった。

ミゲル・アイマン役で好評を得た西川貴教のナレーションで綴る、これまでの物語。キラとアスランの再会と別離、それを取り巻く少女たち......フレイ、ラクス、カガリの想い。出会いと別れ、慕情とすれ違い、様々な想いが絡みもつれあいながら、物語は、戦いは続いてゆく......。

オーブのドックでは、戦闘で傷ついたアークエンジェルの修理が進んでいた。モルゲンレーテ社の技術者エリカ・シモンズ。Ｍ１アストレイの開発責任者でもある彼女は、アークエンジェルから提出されたデータを分析していた。彼女はこれまでのストライクの戦闘データを解析し、キラ・ヤマトの高い能力値に驚嘆する。 やがて、モルゲンレーテの工場に案内されたキラに、エリカは、自社で開発の遅れているオーブ軍のＭＳ、Ｍ１アストレイのサポートＯＳの開発をキラに依頼する。 驚くキラに、同行してきたカガリは言った。これが平和の国オーブの真の姿、他国を侵略せず、侵略を許さず、干渉しない…その意志を守るための軍事力がこれだ、と。だがカガリは、父ウズミがそれを破り、地球連合に協力してしまったのだ、と非難するのだ。 エリカは、それがカガリの誤解なのだとたしなめつつ、Ｍ１アストレイの搭乗員を呼び、訓練風景を見せる。 そのぎこちない動きは、パイロットの未熟さはもとより、ＯＳも開発途上にあることを物語っている。エリカは言う。自分たちのＭＳも、キラの乗るストライクのように、強化したいのだ、と。

マリューらの計らいで、学生クルーたちはオーブ軍本部で、それぞれの両親と面会することになった。久しぶりに再会した親子はお互いの無事を確認し、喜びに浸る。そんな中、父をなくし面会者のいないフレイ。そしてキラもまた、両親との面会を断る。エリカから依頼があった、Ｍ１アストレイのＯＳ開発に忙殺されて…キラはそう言い訳する。 フレイはそれを聞き、溜まっていた思いをキラにぶつけてしまう。自分に同情しているつもりなのか？　哀しいのはキラの方じゃない！　彼女はキラの胸に拳をぶつける。キラはそんなフレイに、応える術がなかった…。 キラの両親は、彼と面会するのを諦め、ウズミに挨拶する。どんな事態になろうと、あの子に真実を明かすことはしない、と謎めいた約束をして。 キラは、ムウに真実を話す。もしいま会ってしまったら、両親に聞いてしまうかも知れない。なぜ、自分をコーディネイターにしたのか、と。その時、ペットのトリィがキラのもとから飛び立った。追いかけたフェンスの向こうには…オーブに潜入していたアスランの姿が。フェンス越しの再会…今の二人には、すれ違うことしかできなかった。

修理と補給が終わったアークエンジェルは、オーブから出航準備に入る。一方、アスランたちザラ隊は、オーブ領海の外で、網を張り待ち構えていた。 カガリはアークエンジェルに同行しようとするが、父ウズミの「戦争の根を学べ」という説得により、断念する。オーブ軍艦隊のカモフラージュにより、出航したアークエンジェルだったが、ザラ隊はその偽装をたやすく見破った。オーブ領海から出た途端に、間髪いれず４機のガンダムが攻撃をたたみかかける。アークエンジェルからもキラ、ムウに続き、新たにスカイグラスパーのパイロットになったトールが出撃した。 敵味方入り乱れる激戦の中、砲撃戦用のランチャーから、空中戦用のエールに換装したキラのストライク。アスランのイージスとの戦いは熾烈を極めた。アスランの援護のため、ミラージュコロイドで偽装していたニコルのブリッツが割って入る。そして…ストライクが一閃したソードは、ニコルのコクピットを直撃！ ブリッツは、ニコルもろとも爆発、四散した…。

ザラ隊のブリッツを討ったキラを待っていたのは、マードックや整備兵の賞賛の声だった。拳を握りながら、やりきれない気持ちで聞くキラ。 一方、大切な仲間ニコルを失ったザラ隊は動揺を隠せない。そんな中、アスランは心のどこかで本気で彼と戦えなかった自らの甘さを悔やみ、責めていた。次こそ必ずその手で、とキラを討つことを決意するアスラン。 再びアークエンジェルを捕捉したザラ隊は、復讐の念に燃えて最後の決戦を挑む。ビーム攻撃でアークエンジェルは致命的ダメージを受け、地上へ着艦を余儀なくされた。この危機に、トールもスカイグラスパーで出撃。 ディアッカのバスターは、ついに機能停止し投降する。一方、イージスはストライクへ一騎打ちを敢行。ニコルを殺したキラへの激しい怒りに燃え、アスランは絶叫する。そして、援護に入ったトールのスカイグラスパーを撃破。トールは散った…。 さらに絶叫するキラに片腕を落とされつつも、アスランのイージスはストライクを捕捉。そしてその姿勢のまま、自爆モードへ！ コクピットにキラを残し、ストライクとイージスは大音響と共に爆発した…。

ストライクとスカイグラスパー２号機の交信が共に途絶し、アークエンジェル艦内は混乱を極めた。しかも、満身創痍のアークエンジェルに、ザフト軍の追撃の手が迫りつつある。一刻も早く、この現場から離脱せねばならない…行方不明の仲間を残して？ マリューはこの危機を、オーブに救援信号を打つという苦肉の策で乗り切った。一方、壊滅的打撃を受けたザフトのザラ隊にも、作戦中止・帰還命令が出てしまう。 オーブの救助隊が現場に到着した時、そこにあるのはストライクの残骸と、無残に破壊されたイージスの破片…。そして彼らは、浜に打ち上げられた赤いパイロットスーツを着たザフト兵、辛うじてイージスから脱出したアスランを収容する。カガリは、意識を取り戻したアスランから戦いの経緯を聞いた。そして彼が、キラを殺したという告白も…。悲しみに我を失い、アスランにむしゃぶりつくカガリ。アスランもまた、自責の念に捕らわれ、カガリに叫ぶしかなかった。敵なんだ…なら、倒すしかないじゃないか、と…。 やがてザフトからアスランの迎えが到着する。カガリはアスランに、大切にしていたハウメアの守り石を渡した。もう誰も死んで欲しくない、という祈りを込めて…。

多くのものを失いながら、アラスカの地球連合本部に辿り着いたアークエンジェル。だが基地への下船許可も下りず、艦内待機を命じられる。命からがらたどり着いた本部での仕打ちに、クルーたちは一抹の不安をよぎらせる。 その頃、ザフト軍カーペンタリア基地では、傷ついたアスランがクルーゼから命令を受けていた。アスランは開発中の新型ＭＳのパイロットとして抜擢され、受領のためにプラント本国へ戻るよう命じられたのだった。 一方、キラはプラントのクライン邸で目を覚ます。アスランとの死闘の末に死んだと思っていた自分は、マルキオと名乗る謎の男に助けられ、プラントへ運ばれたのだった。驚き、震えるキラ。そんなキラに優しく微笑み声をかけるラクス。キラは思いのたけを、ラクスに吐露するのであった。 その頃アークエンジェルの捕虜となったディアッカは、トールを失ったミリアリアに、彼氏を失ったのかと軽口を叩き激高させてしまう。なぜこんなヤツが生きているのか、ナイフを突き立て、ディアッカに迫るミリアリア。そして、割って入ったフレイまでもが、ディアッカに銃を放つ。なぜか身を挺してそれを止めたミリアリアは、ようやく自分自身を取り戻すのだった。

ミリアリアとフレイが引き起こした捕虜ディアッカへの暴行は、アークエンジェルでも大問題となった。ナタルはマリューに、捕虜の扱いや銃の管理をめぐり、責任を問う。 そしていよいよ、アラスカ基地ではマリュー、ムウ、ナタルが呼び出され、サザーランド大佐の査問を受けていた。コーディネイターの少年にストライクを操縦させていたことに対し、マリューを厳しく問うサザーランド。執拗に続く査問の中、サザーランドはついに、コーディネイターが存在するからこの世界は混乱するのだ、とまで言い切る。もはやそれは軍人ではなく、理念に凝り固まった者の台詞だった。 その頃ミリアリアは、再びディアッカの独房を訪れていた。気まずそうに、ミリアリアに殺された彼氏のことを尋ねるディアッカ。ぽつり、ぽつりと答えるミリアリア。殺しに来たのならばやればいいだろう、と居直ったように返答するディアッカに、彼女はうつむくのだった。 そして長い査問会の結果、ムウとナタル、そしてフレイに転属命令が下された…。

３人の転属命令で、アークエンジェルを支えてきたクルーに動揺が走る。追討ちをかけるように、アークエンジェルの所属が第８艦隊から、アラスカ本部の守備隊に移行する、という命令が下された。なぜ宇宙艦が地上に配備されるのか…不審がるクルーたち。 一方、ザフト軍は衛星軌道上、地上基地、海中を行く潜水艦などが、ぞくぞく集結を完了しつつあった。最高評議会議長のザラは、戦争の早期終結のため「オペレーション・スピットブレイク」をついに発動させる。そしてこの作戦の真の目標が、当初予定されていたパナマではなくアラスカの地球軍本部であると示されたのだ。 ところが、迎え撃つアラスカ中枢部は、もぬけの殻と化していた。転属命令を無視し、戻ろうとしたムウは、この無人基地に潜入していたラウと遭遇、激しい銃撃戦となる。だがラウは一方的に逃走。偶然に出くわしたフレイを捕虜に取って、基地を脱出した。 クライン邸で療養を続けてきたキラは、アラスカの仲間を守るため、そして戦う意味を見出すため、地球へ戻ることを決意する。ラクスはそんな彼にあるものを渡す。それは「新たなる剣」ザフトが開発した最新鋭のＭＳ・フリーダムだった！

アラスカでは、アークエンジェルがザフト軍と激戦を繰り広げていた。怒涛のごとく迫り来るＭＳ部隊。主力軍をパナマ防衛に向けていた連合軍は、当然のごとく苦戦を強いられる。その頃、軍上層部の作戦により、意図的にアラスカ基地が放棄されたことを知ったムウは、かろうじて無事だった戦闘機に乗り込みアークエンジェルに向かう。戦いは圧倒的なザフト軍が優位に進んだ。 アークエンジェルに着陸したムウは、マリューにアラスカ放棄の真相を告げた。守備軍をオトリにしてザフトを招き入れ、基地深くに設置された超兵器サイクロプス・システムで敵味方もろとも殲滅する作戦なのだ、と。驚愕するマリューは、悩みながらも戦線離脱を決意。だが周囲をザフト軍に囲まれ、脱出の機会を失っていた。ジンに行く手をふさがれ、万事休すのアークエンジェル。だがその眼前に、見たことのないガンダムが翼を広げ、立っていた…キラの乗るフリーダムが到着したのだ。 キラは敵味方、両軍に呼びかけ、戦闘海域からの離脱を呼びかける。そして間もなく、きらめく閃光、大音響と共に、アラスカ基地は灼熱の大火球に呑み込まれ、消滅した…。

オペレーション・スピットブレイク失敗の報に、混乱するザフト国防委員会。時を同じくして、ザフト軍が極秘開発した最新鋭ＭＳフリーダムガンダムが奪われたことを知ったザラは、その奪取作戦にラクスが荷担していたことを、本国に呼び寄せたアスランに告げる。ラクスは国家反逆罪で指名手配中であり、二人の婚約も破談になったことを知り、愕然とするアスラン。苛立ちを隠せないザラ議長は、ラクスらフリーダムの奪還とそれ関わった人物すべての排除に当たるよう、命令を下すのだった。 一方、サイクロプス・システムを発動したアラスカでは、アークエンジェルの危機を救ったキラがクルーたちと再会を果たし、喜び合う。しかし、キラの心はラクスとの再会から、この戦争での戦う意味を見出そうとしていた。 同じ頃ハロに導かれるように、廃墟の劇場でラクスと再会したアスランは、そこでキラの生存を知らされる。驚愕の彼に、「あなたは何と戦うのか」と謎めいた問いかけを残し、ラクスは去った。 アスランは受領したＭＳジャスティスを駆り、再び地球へ戻る。キラと再び、相まみえるために…。

満身創痍のアークエンジェルは、自爆したアラスカ基地から辛くも脱出。その傷ついた船体を修理するため、オーブに進路を向けオノゴロ島に到着した。キラが生きている姿を確認したカガリは、目に涙を溜めながら、思わず彼に飛びつく。そして彼女は、アスランとのことをキラに語るのだった。 だが、そんなオーブにも危機が訪れようとしていた。アラスカを失った地球連合軍は、この戦争の最終局面に備える一方、オーブに中立国という立場を許さず、地球連合への強制的な協力を求めて圧力をかけてきたのだ。 一方その頃、地球連合軍に残された最後のマスドライバーを落とすために、夜明けと共にパナマの大地を、ザフトのＭＳ部隊が埋め尽くした。アラスカの弔い合戦と息巻くザフト軍の兵士たち。そんな彼らに地球連合軍は、量産型ＭＳストライクダガーの大量投入で対抗、戦局は地球軍有利に推移する。だがここで、ザフトは電子兵器を無力化する新兵器・グングニールを投入。一瞬にして地球軍の兵器は機能停止に陥った。復讐に燃えるザフト軍は条約を無視し、投降する兵士たちに発砲する。それはもう戦争ではなく、一方的な虐殺だった…。

地球軍のパナマ基地陥落により、地球連合軍はマスドライバーを失い、宇宙との連絡路を経たれた。地球上に残されたマスドライバーをめぐり、地球連合内で策謀が張りめぐらされる。地球連合を実質的に主導する大西洋連邦は、ブルーコスモスの盟主アズラエルと共に、次なる策をオーブに向けていた。 地球連合からオーブに対する最後通告がなされた。連合による再三の協力要請に拒否を繰り返すオーブに対し、現政権を解体、武装解除を求める内容であり、意に添えないのであればザフト支援国家とみなし、武力で対峙するというものだった。世界を敵と味方だけに二分し、中立を許さないこの通告は、オーブの首長たちを悩ませ、ウズミを激昂させた。その頃、マリューは全クルーに対し、戦うか退艦か、おのおの自身での判断を促す。 刻々と迫り来る時間の中、市民は都市部、軍関係施設周辺から退去し、戦火に備えて防衛態勢に入っていた。そして、時間と共に戦いの火蓋が切って落とされるのだった。

地球連合軍の最新鋭のガンダム３機と交戦するキラとフリーダム。そんなキラの前に現れたのが、アスランの乗るジャスティスだった。敵か味方か判らぬＭＳの登場に、戦場に緊張が走る。だが、彼はザフトとしてではなく、自らの意思でキラを援護し始めたのだ。そしてフリーダムとジャスティスは、初めてとは思えぬ絶妙なコンビネーションで３機を圧倒していく。パイロットの薬が切れ、不意に退却する連合のガンダム３機。 しかし、その頃オノゴロ島近海では、地球連合軍が大攻勢を開始、すさまじい数の量産型ＭＳストライクダガーを繰り出し、オーブを追い詰めていた。キラ、アスランの奮戦でからくも連合軍を退けるも、オーブ軍は壊滅寸前の損害を受ける。 帰還したキラとアスランを、涙ながらに迎えるカガリ。再会を果たした二人の間には、ようやく素直に話し合える時がやってきた。そして仲間のために戦う、という決意を聞いたアスランは、自らも道を選択せねばならない思いに捕らわれていた…。

オーブは、地球連合に対し幾度となく交渉を試みるが、地球連合のアズラエルは聞く耳を持たない。もはや地球連合側は、武力でオーブを制圧することを決めていた。 再度の総攻撃を前に、キラとアスランはお互いの気持ちをあかし、わだかまりを解く。かつての捕虜ディアッカも、アスランと共に「仲間を守るために」戦うことに同意する。 そしてついに、フォビドゥン、カラミティー、レイダーを筆頭にした地球軍のＭＳ部隊が、オーブの大地に切りこみ、オノゴロ島の海岸線をＭＳ部隊でうめていく。圧倒的戦力の前に、ウズミ・ナラ・アスハはオノゴロ島を放棄し、国民とアークエンジェルを脱出させることを決意、自らは国に残り戦い抜くことを宣言する。 アークエンジェルと戦艦クサナギを宇宙に打ち上げるため、マスドライバー「カグヤ」に次々と射出準備がなされる。今生の別れにウズミは、カガリに衝撃の真実を告げた。おまえは一人ではない、姉弟がいるのだ、と。 追撃する連合のＭＳを振り切り、アークエンジェルとクサナギは、そしてフリーダムとジャスティスは宇宙へと飛び立つ。それを見届けたウズミたちは、マスドライバーやモルゲンレーテ社と共に、自爆して果てるのだった…。

宇宙に飛び立ったクサナギとアークエンジェル。クサナギのドッキングも完了し、クルーたちはまず補給と整備のために、戦乱で廃墟と化したＬ４コロニー群へ進路をとる。 その頃プラントではラクスが全市民に向け、地下放送による抵抗活動を密かに続けていた。その影響力にザラ議長も手を焼き、行方を追うＭＰの捜索は全て空回りに終わっていた。 一方地球では、オーブでのマスドライバー奪取に失敗した地球軍が、ビクトリア基地を奪還。宇宙へ上がる手段を手に入れることに成功していた。ザフトＭＳ部隊を破った地球軍の勢いは宇宙へと向けられ、新型ＭＳ部隊を中核に物資をマスドライバーで次々に打ち上げて大侵攻作戦を始めようとしていた。アズラエルは手駒の３機のガンダムとの戦闘記録から、フリーダムとジャスティスの尋常ではない動力の秘密に気付き、それを手に入れようと画策する。 そしてアークエンジェルにいたアスランは、己の決意を固め父に真意を問うため、単身でプラントへと飛び立とうとしていた…。

ザフト最高評議会議長であり、父であるパトリック・ザラの戦争の真意を確かめるため、プラントへ向かったアスラン。キラはフリーダムでアスランの乗るシャトルの護衛を自ら志願した。アスランは、キラに自らの覚悟を語る。キラはその真意を汲み取り、別れ際に告げた。「君も僕も…まだ死ねないんだ。」と。 アスランは対面を果たした父に、この戦争に対する真意を問う。だが、そこにいたのはかつての父ではなかった。半ば狂気に満ちた目で語るザラの戦争目的に、アスランはおののき愕然とする。ザラは銃口を息子であるアスランに向け、ジャスティス、フリーダムの所在のみをひたすら問う。反逆者の烙印を押され、連行されていくアスラン。 彼を救出したのは、ダゴスタ率いるラクス派のメンバーだった。ついに動き出したラクス。最新鋭戦艦エターナルを奪取し、プラントを脱出！　その艦橋には、かつての「砂漠の虎」バルトフェルドの姿もあった。 Ｌ４でアークエンジェル、クサナギと会合するエターナルのメンバーたち。かつての敵味方を離れ、独立部隊がここに結成される。そしてラクスは父シーゲル・クラインが死んだ悲しみを、キラの胸で埋めるのだった…。

地球軍の月面基地にて、戦闘に備え訓練に明け暮れるアークエンジェル級２番艦ドミニオン。艦長席に座る人物は、ナタル・バジルール少佐だった。レイダー、フォビドゥン、カラミティを搭載したドミニオンは、オブザーバーとしてアズラエルを同乗させ、アークエンジェルを撃つためＬ４のコロニー群へと向かうこととなる。ナタルは、かつての仲間に対し、銃口をむけなければならない現実に衝撃を隠せない。 その頃、廃棄されたコロニー・メンデルに到着したアークエンジェル、クサナギ、エターナルの３艦は今後の行く末を話し合う。アスランが皆の前に姿を見せないことに心配したカガリは、一人考えをめぐらす姿を見つける。「俺は、何もできない…何も判ってなかったと…」と口を開くアスラン。そんなアスランを必死に慰めるカガリ。そのときアスランは、カガリを抱きとめる。アスランとカガリの間に、戸惑いと安らぎ時間が流れた。 だが、ついにメンデル港内にアークエンジェルの艦影を発見したナタルは、ドミニオンから先制の一撃を加える。かつての仲間同士の戦いが、今始まった。

アークエンジェルを討つため、戦闘を仕掛けるドミニオン。３機のガンダムは、キラとアスランの息の合った連携攻撃により押されていく。さらにクサナギが参戦可能になったことを知ったナタルは、戦況不利と判断し戦線からの一時撤退を決意。アークエンジェルは、からくも危機を脱出した。 一方、コロニー内にザフト軍が侵入したことを察知したムウとディアッカは、その迎撃に向かう。新型ＭＳゲイツを駆り現れるラウと、ムウとの因縁の対決が始まる。その戦闘の最中、対峙するバスターを見つけ困惑するイザーク。しかし、搭乗するのがディアッカとは知らないイザークの、怒りに燃えた攻撃はやむことを知らない。シャフトの周囲を飛び回り、懸命に攻撃をかわバスター。デュエルを討つことができないディアッカは、ついにイザークへ呼びかけた。その声に動き止めるイザークのデュエル。ＭＳを降り、対峙する二人に緊張が走る。 その頃、ムウとの死闘の末、援護に駆けつけたフリーダムにゲイツを撃破されたラウは、脱出してひとつの建物に導かれるように消えていく。ラウを追い、その建物へと向かうキラとムウ…その建物の中で、衝撃の事実が明らかになる！

クルーゼを追ってキラとムウは、ある建物へと侵入した。コロニー・メンデルの遺伝子研究所…そこではラウ、ムウ、キラの三人が銃撃戦を繰りひろげていた。そして緊迫を破るように、ラウの口から衝撃的な真実が明かされる。 同じ頃、地球で行方不明になったディアッカと、久々の対面をしたイザークは、お互いに銃を向けあう中、ディアッカにその真意を問いただす。 一方、コロニーの外では、ナタルを強引に説き伏せたアズラエルに率いられるドミニオンが、アークエンジェルと戦闘を再開しようとしていた。 銃撃戦の最中、ラウは語る。かつてこの研究所で行われていた、人工子宮によるコーディネイター誕生の実験を。キラは研究者を本当の両親に持つ、唯一の成功例であることを。そしてラウとムウの因縁…ラウは、ムウの父親の遺伝子を受け継いだ「出来損ないの」クローンなのだ、と自ら告白するのだ。驚愕の事実を知り動揺を隠せない二人。「すべての人類を裁く権利がある！」とラウは叫び、去っていった。 そして旗艦ヴェサイルスに戻ったラウは、捕虜のフレイに１枚のディスクを託し、地球軍のもとへ送り返す。それが戦争を終結させる「最後の扉」だと言いながら…。

アークエンジェルとドミニオンとの戦闘が再開された。その両者の間隙を縫って、ラウはエターナルを攻撃するためヴェサリウスを出撃させる。ラウは両艦隊に対し、ザフト軍で拘束中の捕虜を返還するという通告を一方的に入れる。戦闘空域に射出されるポッド。そのポッドには、事情がわからないまま乗せられたフレイの姿があった。ラウの行為に戸惑いを隠せない両艦隊。その状況に危機を感じ取ったフレイは、必死な思いでポッドを操作しアークエンジェルに助けを求める。「か、鍵を持っているわ、私」と叫ぶフレイの言葉に、だんまりを決め込んでいたアズラエルが動きだす。救助に向かうキラ、しかしアズラエルの邪魔が入り、ポッドはドミニオンに回収されてしまった。 一方、包囲されたエターナルとクサナギは火線をザフトのヴェサリウスに集中し、突破をはかる。撃沈するヴェサリウス。それを見て、地球軍、ザフト軍双方共に撤退する。 帰還したエターナルでは、フレイを助けられなかったキラが、悲しみの嗚咽を漏らしていた。そして同じ頃、フレイからディスクを受け取ったアズラエルは、その内容が「核使用を可能にするＮジャマーキャンセラー」のデータであることを知り、狂喜していた…。

フレイのもたらした1枚のディスクにより、地球連合はＮジャマーキャンセラーの技術を手中にした。アズラエルの主張に踊らされ、核ミサイルは宇宙へ。連合による大攻勢を予想したザフトは絶対防衛ライン、ヤキン・ドゥーエとボアズに戦力を集結させる。 そして……ついに決戦の火ぶたは切って落された。 ザフトの軍事衛星ボアズへ、ピースメーカ隊…核を搭載したメビウス〈ゼロ〉部隊が突入する。次の刹那、閃光が吹きあがる。再び使用された核の炎は、一瞬にして要塞を壊滅させた。崩れ行くボアズを前に、自分が果たしたことを知って無限の悔恨にとらわれるすフレイ。「戦争を終らせるため」というラウの言葉は、虐殺と同じ意味だったのだ。 キラとアスランは核ミサイル部隊「ピースメーカー」再度の攻撃を阻止するために出撃。プラントへ向けて放たれるミサイルを、装備したミーティアで全て撃墜する。 時を同じくして、ナチュラルへの復讐に震えるパトリック・ザラは、ついに巨大レーザー兵器「ジェネシス」の使用を命じる。要塞ヤキン・ドゥーエの陰から出現したジェネシスの閃光が、ついに地球軍艦隊に向け、放たれた！

「ジェネシス」が放ったガンマ線の閃光は、連合の前線艦隊を一瞬で消滅させた。ミラージュコロイドで秘匿されていたそれは、まさにザフトの切り札であった。その照準は、容易に地球へ向けることも可能なのだ。 ヒステリックに地球軍を攻めるアズラエル。だが壊滅状態に陥った連合軍も、なんとか体制を立て直し、悲壮な決意でジェネシス破壊へと挑む。しかし、その前には要塞ヤキン・ドゥーエが立ちはだかる。更にジェネシス自体はPS装甲をも装備しているのだ。 キラたちは両者の殺戮戦を止めるため、最後の戦場へと赴く。キラとラクス、カガリとアスラン。そしてマリューとムウ。今生の別れとなるやも知れぬその時間。それぞれの思いは託された。 そして、もう1人。全ての人類を裁くと決意するラウもまたプロビデンスガンダムと共に出撃する。最終決戦の火ぶたが切って落とされた。プラントへ殺到する地球軍、そして核を絶対に阻止すせんとする独立軍。だが、すでに時は遅かった。最終兵器ジェネシスからは、地球軍の月面基地へ向けて、第２射が放たれてしまったのだ！

ジェネシスの第２射で、地球連合月面基地は壊滅した。次なる目標は地球なのか。連合は壊滅した艦隊を再編成し、ピースメーカー隊を再度出撃させる。核でプラントへの直接攻撃を狙ったのだ。ジェネシスと核の間で奮戦するキラたち。激闘の最中Ｍ１アストレイ隊は戦死。ムウもラウとの闘いで傷ついた。しかしイザークとディアッカは連携により、辛くもカラミティとフォビドゥンを撃破する。 同じ頃、アークエンジェルと戦闘中のドミニオン内でも、アズラエルとナタルが対立していた。暴走したアズラエルは全員退艦を命じたナタルに発砲し、更にローエングリンを発射した。回避が間に合わぬアークエンジェル。あわやの刹那、身を挺してムウのストライクはアークエンジェルを守り、爆散した。ムウを失い、血の叫びを上げるマリュー「ローエングリン発射！」。そしてアズラエルを抑えたナタルも叫ぶ。「撃てっ、マリュー・ラミアス！」愛する男を犠牲にした二人の女性の思いは、戦争の元凶の一つ、ブルーコスモスの盟主を葬り去った…。

多くの犠牲を出しても、戦いはまだ終らない。ドミニオンを退艦したフレイは、キラへの絶ちがたい思いに引きずられるかのようにフリーダムとプロヴィデンスの死闘の場へと紛れこむ。そしてキラの目の前で、襲いかかるラウの非情の刃により、その命を絶たれてしまった。守るべきものをまたも守れなかった悔恨の中に、フレイの姿を幻視するキラ。フレイの魂はようやく、その終焉の時にキラと触れ合えたのだろうか…。 一方、ザラはジェネシスの標的を地球へと向ける。しかし、狂気ともいえる行動を目の当りにしたザフトの中にも、その行為を静止しようとする者が現れる。そして、アスランは父の凶行を阻止すべくカガリと共にヤキン・ドゥーエに突入。しかしそこで見たものは、ジェネシスでの虐殺を止めようとした士官に射たれたザラの姿だった。死の間際にも、ナチュラルへの呪詛の言葉を呟き、ザラは息絶えた。 だが、彼の死をもっても暴走は止められなかった。ヤキン自爆に連動したジェネシスは、発動を開始してしまう。アスランは単身ジェネシスへ。ジャスティスの核エンジンを暴走させ、ジェネシスもろとも破壊しようというのだ。果たして、目論見は成功。アスランは自らの命を絶とうとし、制止されてカガリと共に脱出した。 同じ頃、キラとラウは最後の死闘の末に、相討ちとなってしまう。ザフトではカナーバら旧クライン派により、停戦の呼びかけが行なわれ、ようやく和平への道が開けるかに思われた。無残な戦場跡に絶望をするアスラン。 その時、トリィが宇宙へと飛び出した。その先にあるのは残骸と化したフリーダムの機体、そして、キラの姿…希望は、まだある。

地球連合、ザフトは多大な犠牲を双方に出した第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦の後、ユニウスセブン跡において停戦条約を締結。しかし、ナチュラルとコーディネイターの争いの火種が消えたわけではなかった。 　Ｃ．Ｅ．７３・１０。オーブの代表首長となっていたカガリ・ユラ・アスハはアスラン・ザラ（公には別名「アレックス・ディノ」を名乗っている）を伴ってＬ４に新設されたザフトのプラント「アーモリーワン」を訪れていた。再び燻り始めた両陣営での不穏な動きを懸念し、最高評議会議長ギルバート・デュランダルと極秘会談の場を持つためであった。 その時、突如鳴り響く警報！ 　新造艦「ミネルバ」の進水式を狙った謎のグループが破壊活動を起こしたのだ。さらに彼らは混乱に乗じ、ロールアウト直前の新型ＭＳ「ガンダム」を強奪する。 再び起こってしまった戦いを前に戸惑うカガリ。爆煙の中アスランは彼女を守るため手近のＭＳ「ザクウォーリア」に乗り込み奪われたカオス・ガイア・アビス、３機のガンダムを相手にする。しかし複数の上、スペックで上回る敵に窮地に立たされてしまう！ 絶対絶命のその瞬間、双方の間に割って入ったもう一機の新型ＭＳ。 その機体こそシン・アスカの搭乗するインパルスガンダムであった。

突如、プラント「アーモリーワン」で起こった謎のグループによる「ガンダム」強奪。 ザフトの新議長ギルバート・デュランダルとの会談に臨んでいたオーブ代表首長カガリ・ユラ・アスハは随伴していたアスラン・ザラと共にこの奇禍に見舞われた。 　カガリを守るため、緊急避難的にザクウォ－リア乗り込んだアスランであったが奪われた３機のガンダムとの戦闘により窮地に陥ってしまう。そのあわやの場面に割って入ったのがシン・アスカの搭乗するインパルスガンダムであった。 　 激突するカオス・アビス・ガイア対インパルス！ 　同じ頃、アーモリーワンの外では強奪グループを送り込んだ特殊部隊の母艦「ガーティ・ルー」が司令官ネオ・ロアノークの指揮のもと行動を開始。電撃的にザフト護衛艦隊を撃沈、さらに港湾部を破壊してしまう。 この動きに呼応するかのように強奪グループのスティング・オークレー、アウル・ニーダ、ステラ・ルーシェは撤退を始める。プラント壁面を打ち抜き脱出を試みる３Ｇに対して追いすがるインパルスとレイ・ザ・バレルのザクファントムであったが、宇宙ではネオのＭＡ「エグザス」が待ち受けていた。 　この不測の事態に対しザフト新造艦「ミネルバ」艦長タリア・グラディスは艦の発進を決意した！

強奪された３機のガンダムを追い、シンとレイはアーモリーワンの外へと出る。が、そこで待ち受けていたのは連合特殊部隊司令官ネオ・ロアノークであった。老練なネオは「ＭＡ　エグザス」の全方位攻撃で２機を翻弄する。すんでのところで彼らを救ったのは急遽出撃したミネルバであった。両者の間に割って入ったミネルバはそのまま敵母艦ガーティ・ルーを攻撃。 が、ガーティ・ルーは予備の推進タンクを爆破し追撃を振り切った。 追撃を続けるミネルバの艦内には、３機のガンダムと交戦したアスランとカガリが収容されていた。急を要する事態の為、２人をオーブに戻すことが出来ずその非礼を詫びるデュランダル。彼はプラントとオーブの友好の証にとミネルバ内の案内を申し出た。 ミネルバとインパルスの想像以上の戦力を目の当たりにし、憤りを覚えるカガリ。 「我々は誓った筈だ！　もう悲劇は繰り返さない、互いに手を取って歩む道を選ぶと！」その言葉に過剰に反応し、 彼女に怒りをぶつけるシン！ その時鳴り響く艦内のアラート。再びガーティ・ルーを捕捉し戦闘準備に入ったのだ。デブリ帯を舞台にした戦いが始まろうとしていた。

敵母艦ガーティ・ルーを追い、デブリ帯に突入したシンとルナマリア達。が、レーダー上の敵は迎撃の動きすら見せない。それが囮だとタリアとアスランが気付いた瞬間、シン達は待ち伏せしていたカオス、ガイア、アビスの襲撃を受ける。同時にミネルバ自身も身を潜めていたガーティ・ルーに背後から攻撃を受けた！ ネオの策略に嵌ったのだ。 　 戦力を分断された上、浮遊する岩石に邪魔をされ攻撃もままならないミネルバ。 ネオは更にその岩石をも巧みに使い艦の動きを封じる。その絶体絶命の窮地を救ったのはアスランの助言であった。至近距離での砲撃の爆圧を利用し、一気に回頭したミネルバは即座に反撃、ガーティ・ルーにダメージを与えた。 が、ミネルバにもそれ以上の余力は無く追撃は断念せざるえなかった。ミネルバの初陣は痛み分けという形を持ってここに終結した。 その頃、別の宙域では未曾有の事態が起こり始めていた。安定軌道にあったはずのユニウスセブンが地球に向けて降下し始めたのだ。

ガーティ・ルーとの激闘を切り抜けたばかりのミネルバに入った急報。それは更なる、そしてより深刻な凶報であった。 停戦条約締結の地であり、血のバレンタインの悲劇の舞台、ユニウスセブンが安定軌道を外れ地球に向け落下し始めたのだ。 事態を重く見たプラントはイザーク・ジュールを隊長とした破砕部隊を急行させ、ミネルバも後に続いた。同じ頃、地球でも動きを察知、そしてこの機に乗じてロード・ジブリールを新盟主としたブルーコスモスが再び動き出そうとしていた。 現場に到着したイザーク隊は直ちにメテオブレイカーに因るユニウスセブンの破壊作業を開始。 が、その時謎のジンの一団が工作隊を急襲！異変は人為的なものであったのだ！ ミネルバも工作隊をフォローすべくＭＳ隊を発進させる。 そして、その中には自ら志願したアスラン・ザラの姿があった。

地球へ落下を始めたユニウスセブンを破壊するために、現場に急行したイザーク隊が謎のジンの一団に襲撃された。 異変は人為的なものだったのだ。工作隊を守るためミネルバからシン、レイ、ルナマリア、そしてアスランが発進、同じく自らも出撃したイザークと合流し、テロリストとの戦闘に入った。 が、そこへ逃走したはずのガーティ・ルーが介入。カオス・アビス・ガイアが参戦し、戦局は大混乱に陥る。戦いの最中、敵を圧倒するアスランとイザーク。それを目の当たりにし驚嘆するシン。ヤキン・ドゥーエの勇士は健在であった。 彼等の活躍により工作隊はメテオブレイカーの起動しユニウスセブンは分割された。しかし未だその破片は大きく、ミネルバはそれをさらに砕く為に共に大気圏に突入することを決める。 一方アスランとシンも出来る限り破片を細分化するため、残されていたメテオブレイカーの起動を試みる。だがそれを阻止しようと残るテロリストが玉砕をしかけた。 彼等は血のバレンタインで家族を失い、パトリック・ザラの思想をその拠として生きてきた者達であった。己と同じ境遇を持つ人間に自爆攻撃を受けるシン。 否定され続けた亡き父を、命をかけ肯定する人間に出会ったアスラン。 衝撃と動揺のなか２人は大気圏へと落下していく。

最後までユニウスセブンの破壊を続ける為ミネルバは共に大気圏に突入、そのまま地上に降下した。 　が、その行為を持ってしても惨事は免れることは出来ず、地球各地は甚大な被害を受けてしまった。 そしてこの事件は再びブルーコスモスの息を吹き返す切っ掛けを与えることになった。 新盟主ロード・ジブリールは母体である「ロゴス」の長老連を説き伏せ、大西洋連邦への介入を画策していた。 一方カーペンタリア基地に向かうつもりだったミネルバは宇宙で受けたダメージの修理とカガリを送り届ける為にオーブへと向う。 そのオーブの浜辺では前大戦以来、隠棲しているキラ・ヤマトが激動の運命を予感していた。

オーブに入港したミネルバは修理と補給の為、モルゲンレーテのドックに入った。 代表首長として政務に復帰したカガリはウナト等首脳陣から地球とプラントの関係が抜き差しならない状況になっていることを知らされる、そしてそれに対するオーブの立ち位置の決断を迫られようとしていた。 　一方、つかの間の休暇を楽しむクルー達。 そこでは互いを知らず様々な出会いを果たしていた。 ドックでのマリューとタリア。 複雑な思いのまま、家族の亡くなった地を訪れたシンと彼の地で独り佇んでいたキラ。 アスランもまたキラと会い、再び行くべき道を模索し始める。そして彼はカガリに約束の指輪を渡しデュランダルの元へと向う。

地球連合は、「ユニウスセブン落下事件」をザフトの仕業と決め付け、プラントを敵性国家と見なす共同声明を発表。地球軍の月面基地では、開戦へ向けて着々と準備が進んでいた。プラント政府の最高評議会は紛糾し、開戦派の意見が主流を占めようとしていたが、デュランダルはあくまでも対話による解決を主張。とは言え、当座は降り掛かる火の粉を払わねばならない。目の前に迫った地球軍の攻撃に対して、国防委員会はプラントを守るために軍を動かす。その頃、プラントへ着いたアスランは、和平を訴えるべくデュランダルへの面会を求めていた。 　地球軍はプラントへの開戦を通告し、進軍を開始。イザークやディアッカらのザクが迎え撃つが、その部隊は実は囮だった。別動隊のモビルスーツが、プラント目掛けて核ミサイルを次々と発射する……が、ザフト艦の新兵器・ニュートロンスタンピーダーの一撃が、迫る核ミサイルを全て迎撃。プラントは、最大の危機を脱した。 一方待たされていたアスランは、ラクスそっくりの少女にいきなり抱きつかれる。彼女が去った後も戸惑い続けるアスランの前に、ようやくデュランダルが姿を現した。

アスランは、地球連合がプラントへ核攻撃を仕掛けたとデュランダルに聞かされ、驚愕。彼は偽名を捨ててアスラン・ザラを名乗り、父・パトリックの言葉を否定した上で、デュランダルへ和平を訴える。激昂するアスランに、デュランダルは「負い目に思ってはいけない」と、優しく諭すのだった。 　その頃プラント市内は、連合の核攻撃を知らされ騒然としていた。そこへ、あらゆるモニターから聞き覚えのある声が流れ、気持ちを静めるよう人々へ訴え始める……。ラクスとそっくりの少女ミーア・キャンベルが、彼女を騙って演説していたのだ。 　デュランダルは、ラクスの偽者を用意したことをアスランに白状すると、彼を連れて軍の格納庫へ向かった。そこにあった新型機・セイバーガンダムを前に、デュランダルはこの機体をアスランに預けたいと言い出す。父のことで悩み苦しみ、誰よりも平和を望んでいるアスランだからこそ、いざというときには力のある存在であって欲しいと言うのだ。 考え込むアスランを、ミーアが食事に誘う。プラントのために、ラクスの代わりを喜んで演じている彼女を前に、アスランは思い悩む。

プラントの最高評議会は、ジブラルタルとカーペンタリアを包囲している地球軍への攻撃を決定。 が、デュランダルはこの侵攻を報復ではなく「積極的自衛権の行使」であると明言し、戦火が拡大しないよう配慮する。 　時を同じくして、オーブ議会では大西洋連邦との同盟締結が決定されようとしていた。必死に同盟を拒むカガリであったが、「伝統や正義、正論よりも、国民の安全のことをお考え下さい」と言われると、引き下がるしかない。 　その頃プラントに滞在していたアスランは、イザークやディアッカと再会していた。二人は、アスランの護衛・監視のために派遣されてきたのだ。かつての戦友・ニコルらの墓を訪れたアスランに、イザークはザフト軍へ戻るよう強く勧める。 プラントの降下作戦と、それに呼応したオーブ・大西洋連邦の同盟締結を察知したバルトフェルドは、ミネルバへ匿名の警告を送る。タリアは出航を決断する、ミネルバは翌朝オーブを離れたが……すでに領海外では、地球軍の艦隊がミネルバを待ち受けていた。 　その頃カガリは、己の不甲斐なさに落ち込んでいた。そんな彼女に、ユウナは優しく告げる「僕が君を支える……夫として」と。

退路を断たれたミネルバは、正面突破を余儀なくされる。ルナマリアとレイは艦の守備に就き、シンはウインダムを次々と迎撃していく。……が、地球軍の新型ＭＡ（モビルアーマー）「ザムザザー」が投入されると、戦局は一気に不利に。内蔵するリフレクターでタンホイザーの一撃をも跳ね返したザムザザーが、インパルスを追い詰める。絶体絶命のそのとき……シンのSEEDが弾けた。 ミネルバからのデュートリオン・ビームでエネルギーをチャージしたインパルスは、ザムザザーを一蹴。続いてソードシルエットに換装すると、鬼神のように地球軍の戦艦を切り裂き、次々と沈めていく。その圧倒的な強さに、ミネルバのクルーも含めた全ての人々は、絶句するしかない。 　その頃プラントでは、アスランがザフトの赤服に袖を通していた。デュランダルに特殊部隊・フェイスの徽章を与えられ、平和のために再び戦う決意を固めたアスランは、新たな機体・セイバーガンダムを駆って飛び立つのだった。

シンの活躍によってミネルバは絶体絶命の危機を脱し、カーペンタリアへ進路を取った。 一方、物思いに沈むカガリの前に現れたユウナは、彼女へ結婚を迫っていた。この不安定な情勢下であればこそ、二人の結婚は国を結集するのに役立つだろうし、コーディネイターであるアスランやキラは、今や国の母となる彼女とは住む世界が違うのだ……。ユウナの言葉に、カガリは思い悩む。 　 その頃、キラたちも決断のときを迎えようとしていた。オーブと大西洋連邦との同盟が締結されれば、コーディネイターであるキラたちはオーブに留まれなくなるのだ。 その夜キラの家を、コーディネイターの特殊部隊が強襲した。彼らの目的は、ラクスを暗殺すること――キラらは地下のシェルターへと避難するが、特殊戦使用ＭＳアッシュの火力が、ついにシェルターの外壁を破壊する。 なだれ込む、アッシュの部隊……そのとき、突如現れた白い機体が、アッシュの部隊を瞬く間に一掃した――。 ようやく昇り始めた日の光を浴びながら、封印から解き放たれたフリーダムガンダムが姿を現す。搭乗するキラの瞳には、強い決意の光が宿っていた。

ラクスを暗殺しようとした一団が使っていた機体は、ザフト正規軍の最新鋭機・アッシュだった……。 情勢不安定なオーブからプラントへの移住を考えていたキラたちは、他の選択を余儀なくされる。そこへ訪ねてきたカガリの乳母・マーナは、カガリとユウナの結婚が決まったと伝え、キラへ手紙を手渡した。　カガリからの手紙には、アスランから渡された指輪が同封されていた。彼女はオーブの代表としての責務を果たすため、ユウナと結婚するというのだ。アスランへ返しておいて欲しいと頼まれた指輪を見つめながら、キラはある決意を固める。 　 ついに、婚礼の日がやってきた。が、カガリの顔には花嫁らしい晴れやかさは微塵もない。今の彼女には、アスランとの日々を思い出しながら、諦めの表情を浮かべるしかないのだ。間もなく、結婚式が始まる……。 その頃マリューらは、密かに改修したアークエンジェルを発進させていた。キラの駆るフリーダムは、オーブ市内へ飛び立っていく。 　 突然式場に現れたフリーダムに、唖然とするカガリ。キラはそんな彼女をさらうと、警備していたオーブ軍を尻目に、アークエンジェルと共に海中へ姿を消すのだった……。

ミネルバと合流するため、アスランはセイバーを駆ってオーブへ向かう。が、大西洋連邦と同盟を結んだオーブは彼の入国を拒み、すでにミネルバも出港した後だった。アスランは入国を諦め、ミネルバの後を追う。 　一方アークエンジェルでは、結婚式場から連れ去られたカガリが、キラたちを問い詰めていた。憤るカガリに、キラはアスランの指輪を手渡しながら、優しく語りかける。「僕たちは今度こそ、正しい答えを見つけなきゃなんない」――その言葉に、カガリは泣き崩れる。 　その頃アスランは、カーペンタリアに停泊中のミネルバと合流。カガリが結婚式の最中にさらわれた一件を聞かされ呆然とするが、犯人がキラたちだと知り、ひとまず安堵する。 デュランダル議長からの新たな命令書とFAITH（フェイス）の徽章をアスランから手渡されたタリア艦長は、複雑な表情を浮かべる。ミネルバの新たな任務は、ジブラルタルでスエズ攻略戦を行っているザフト駐留軍への支援だったのだ。 今後ミネルバは、国家間・民族間のデリケートな問題を踏まえつつ、独立の気運が高まる内紛地帯へ介入しなければならないのである。 　新たな戦場へ向かうミネルバ。その艦影を捕捉したネオは、不敵な笑みを浮かべる……。

カーペンタリアを出発したミネルバは、潜水艦・デグチャレフと共にジブラルタルへ向かった。その頃ネオは、そこから程近い半島で密かに地球軍基地建設の任に就いていた部隊から、ウィンダム大部隊を借り受けていた。援軍を得たネオは、スティングと共にミネルバを襲撃する。迎え撃つ、アスランとシン。だが、それはネオの巧みな陽動作戦だった。水中深く潜行していたアビスガンダムが、ミネルバの目前に迫る。 　その頃シンは、突如海岸線から現れたガイアガンダムを追って戦線から離れ、基地建設予定地に辿り着いてしまう。そこでは、基地建設のために借り出された現地の民間人たちが、強制労働させられていた。その光景を見たシンは、逆上する。 慣れない水中戦に戸惑うレイとルナマリアのザクを尻目に、アウルはデグチャレフを一撃のもとに轟沈させてのけた。怒りに燃えるシンは、基地施設や戦闘車両を次々と破壊する……民間人たちを解放するためとはいえ、それはある意味一方的な虐殺であった。 　アスランはシンを平手打ちし、「自分だけで勝手な判断を下すな！　力を持つ者なら、その力自覚しろ！」と怒鳴りつける。シンの瞳には、反抗的な光が宿っていた。

逃亡中のアークエンジェルは、スカンジナビア王国に身を寄せていた。マリューらは今後の身の振り方を話し合うが、情勢を掴み切れていない上にラクスの暗殺未遂や影武者・ミーアの存在もあって、デュランダル議長に懐疑的だった。カガリは、そんなプラントへ向かったまま消息不明の、アスランの身を案じる。 　その頃ミネルバは、スエズ攻略の前線・マハムール基地に到着していた。今回の作戦目標は、地球軍の火力発電プラントを守るように位置する、ガルナハンのローエングリンゲートである。唯一の通り道とも言える渓谷には巨大な陽電子砲が配備され、陽電子リフレクターを装備したモビルアーマーが守りを固めている……ジブラルタルへ向かうよう命令された以上、ミネルバはこの難所を突破しなければならない。そしてここを攻略すれば、孤立したスエズは弱体化するのだ。 ミネルバをここへ差し向けたデュランダル議長の思惑を感じながらも、タリアは作戦に全力を注ごうとする。 　 その頃、シンとアスランは再び衝突していた。インド洋での戦闘後アスランに叱責されたシンだが、未だに納得してはいなかったのだ。自分の判断は間違っていない……。頑ななシンに、アスランはため息をつくしかない。

ミネルバはマハムール基地のラドル指令らと共に、地球軍の戦略上の拠点に打撃を与えるべく、ガルナハンのローエングリンゲートを目指し進攻していた。現地のゲリラ・コニールの支援を得て、渓谷を見渡せる位置に配置された巨大な陽電子砲台を、破壊するためである。 　指揮を執るアスランは、作戦の要とも言える重要な役目に、シンを指名。アスランへの反発心から引き受けるシンだが、以前ザフトの攻撃が失敗した際に街が受けた被害をコニールから聞かされ、気持ちを引き締め直す。 　ついに、作戦が開始された。シンのコアスプレンダーが、コニールの用意したデータだけを頼りに古い坑道の暗闇を突き進み、フライヤーとパーツがそれに続く。ミネルバが敵モビルアーマーをひきつけている内に、狭い坑道を抜けて砲台へと近付く作戦なのだ。 予定地点に着いたシンは、地上へ躍り出ると即座にインパルスへと合体し、避難壕へ逃げようとする砲台へ向かった。行く手を遮るダガーLを仕留めたシンは、避難壕のシャッターが閉まる寸前にその機体を押し込み、その誘爆で砲台と地球軍基地の破壊に成功した。 　歓声を上げて感謝する街の人々の姿に、シンは心地良い充足感を覚えるのだった。

地球軍のガルナハン基地を陥落させたミネルバは、黒海の沿岸都市・ディオキアのザフト基地へ到着する。そこでは、今まさにラクス・クラインの慰問コンサートが始まろうとしていた。割れるような大歓声の中に現れたラクスを演じるミーアの姿を見て、アスランは驚く。その頃、タリアもコンサート会場の裏で、デュランダル議長と突然の再会を果たしていた。 　この時期に地球へ来たデュランダルの意図を、探ろうとするタリア。質問をはぐらかしたデュランダルは、招待したシンたちミネルバのパイロットを迎え、その戦果を労う。会話が進む中、話題は現在の情勢から次第に戦争そのものへと移った。デュランダルは、経済の観点から戦争を望む者がいることを語り始める。ブルーコスモスの母体であるロゴスは戦争を産業と考え、利益のために陰から世界をコントロールしているのだ……。これまで考えもしなかった戦争の側面に、シンらはショックを受ける。 ライブを終えて合流したミーアは、アスランと再会できて大喜び。困惑顔のアスランに、デュランダルはアークエンジェルの行方を聞く。本物のラクスを探していると語る議長は、アスランに「連絡が入るようなことがあったら、私にも報せてくれ」と頼むのだった。

シンがプラントへ渡るまでを描く。 　先の戦争が始まったのは、彼が14歳のときであった。当時シンとその家族は、中立国のオーブに移り住んでおり、そのため戦時下にも関わらず穏やかな日常を過ごしていたのだ。 　が、戦況の変化と共に、オーブにも戦火が近付こうとしていた。旗色の悪くなった地球連合軍は、再三に渡ってオーブに協力を要請していた。しかし、中立を理念とするオーブはこの要求を呑まず、交渉は決裂。地球連合の艦隊は、オーブへの攻撃を開始する。この攻撃で、シンは家族を一瞬で失ってしまった。妹・マユの携帯電話を握り締め、激しく嗚咽するシン。そんな彼に優しく声を掛けたのは、オーブ軍のトダカ一佐であった。 　その後戦争は舞台を宇宙に移し、やがて和平条約が結ばれた。身寄りのないシンは、トダカの計らいでプラントへと移住し、やがてザフトへ入隊する。力を手に入れ、大切なものを二度と奪われないために……。

休暇を与えられたミネルバの一行は、ディオキアのホテルに宿泊していた。翌朝目覚めたアスランは、傍らにミーアが寝ているのに気付き、狼狽。その場を目撃してしまったルナマリアは、アスランと距離を置くようになってしまう。その頃デュランダルは、新たなFAITH（フェイス）・ハイネをミネルバへ配属し、すでにディオキアを発っていた。思い思いに休暇を過ごす、ミネルバのクルーたち。そんな中、シンは一人バイクで遠出していた。己の欲望のため、戦争を望む者もいる……昨夜デュランダルが語った言葉が、彼の胸にはしこりとなって残っていたのだ。 ぼんやりと海岸線を歩いていたシンは、一人の少女が崖から落ちたのに気付く。慌てて海へ飛び込み、必死に彼女を救けたシンだが……その少女こそ、ステラであった。シンが口にした「死」というキーワードに反応し、激しく怯えるステラ。そんな彼女に、シンは「俺が君を守るから」と、優しく語り掛ける。 シンの発した救難信号を受け、アスランが二人を救助に来た。そこに現れたスティングらは、身分を隠しステラを引き取る。シンとの別れを悲しむステラに、シンは「きっとまた会えるから！」と叫ぶのだった。

シンは、ステラから貰った貝殻を妹・マユの携帯と共に、大切にしていた。険悪だったアスランとの関係も、気さくなハイネが潤滑油となり、徐々に変化し始めていく。一方、ステラはシンとの記憶を除去され、シンが傷に巻いてくれたハンカチのこともすでに忘れていた。ステラたち強化人間は、戦闘に邪魔な記憶を定期的に消されていたのだ。 その頃、ユウナを指揮官とするオーブ軍の艦隊が、ネオらと合流すべくスエズへ向かっていた。大西洋連邦からの圧力に屈したオーブ議会は、派兵を承認してしまったのである。 敵の増援として現れたオーブ艦隊に、動揺するアスラン。そんな彼に、ハイネは「割り切れよ。今は戦争で、俺たちは軍人なんだからさ」と優しく声を掛ける。多少気持ちが和らいだアスランは、シンがオーブを嫌う心情をようやく理解するのだった。シンは、平和だった頃のオーブを愛していた。それゆえに、変わり果てた現在のオーブを憎んでいるのだ。 ダーダネルス海峡で、両軍はついに激突。シンとアスランが出撃し、ミネルバの陽電子砲・タンホイザーは、オーブの護衛艦群に照準を合わせるが……発射寸前に突如現れたフリーダムが、タンホイザーを貫いた。

突如戦場へ現れた、フリーダム。続いてアークエンジェルから出撃したストライクルージュには、カガリが乗っていた。彼女は自らオーブ代表の名乗りを挙げると、戦闘の即時停止をオーブ軍に命じる。戦場にいた全員が困惑する中、ネオの圧力に半ば我を失ったユウナは、無理矢理戦闘を再開させた。手負いのミネルバを仕留めるには、このチャンスを逃す訳にはいかないのだ。ファントムペインの三機のガンダムがミネルバを強襲し、ハイネ、ルナマリア、レイも迎撃のために発進する。 　キラは、カガリをアークエンジェルへ送り届けると、ザフト・地球連合双方のモビルスーツの武装のみを次々と破壊していく。アスランは、戦場を混乱させているキラを止めようと必死に呼び掛けるが、通信は繋がらない。 フリーダムの攻撃でステラのガイアは傷付き、ハイネのグフは腕を斬り落とされた。が、逆上していたガイアは、目前にいたグフに襲い掛かった。爆散するハイネ機……。 　直後、撤退信号を合図にファントムペインは退き下がり、フリーダムとアークエンジェルも何処かへと去った。ハイネを失ったアスランとシンは、それぞれ歯噛みするようにその機影を見つめるしかない。

ダーダネルスでの攻防戦において甚大なダメージを受けたミネルバは、マルマラ海の港で修理・補給作業に入っていた。シンが、ハイネの死の原因を作ったフリーダムとアークエンジェルに怒りをあらわにする一方で、アスランはキラたちが戦場へ出てきた真意を直接問い質そうと、決意していた。彼はミネルバから離れることをタリアに告げると、セイバーを駆ってアークエンジェルの行方を追う。 　手掛かりを掴もうと、とある町を訪れるアスラン。そこで彼は、アークエンジェルの元クルーで報道カメラマンのミリアリアと、偶然再会した。彼女は、アスランのためにアークエンジェルとコンタクトを取ってくれると言うが……そんな二人の動向を、ルナマリアが密かに監視していた。 その頃、別命を受けたシンとレイは、破棄された地球連合側の研究施設の調査へ向かっていた。ところが建物の中を調査中に、レイが原因不明の変調を来たしてしまう。 　一方、アスランはついにキラやカガリと再会を果たしていた。が、これまでに見聞きしてたものが全く異なる以上、彼らの想いはすれ違うばかり。キラは、ラクスがコーディネイターの一団に暗殺されかかったことを語り、アスランを動揺させる。

ラクスを暗殺されかけたキラたちから見れば、デュランダルやザフトは確かに疑わしい。しかし、それでもデュランダルを信じるアスランは、キラとカガリにオーブの戦争参入自体を止めさせるよう言い残すと、ミネルバへ帰還した。事情がどうあれ、ハイネの死の原因がキラにある以上、今のアスランにはキラの言う奇麗事が許せなかったのだ。 　一方、シンの緊急連絡を受けたミネルバは、急遽調査中の施設へ向かっていた。失調したレイを収容後、改めて施設内を調査したシンたちは、奇妙な実験機器の数々と、研究員らしき人々や子供たちの死体を発見する。そこは、地球連合が強化人間を極秘開発していたラボだったのだ。子供たちが実験体として扱われていたのを知り、シンは怒りに震える。 その頃、ミネルバがラボを調査しているとの報告が、ネオの元へ届いていた。己の古巣の危機を知ったアウルは、恐行状態に。アウルの発した「死」という言葉をきっかけに暴走したステラは、ガイアを駆って単身ラボへと向かう。シンとアスランは、突然単独で現れたガイアを迎撃。ようやく捕えたパイロットがステラだったと知り、シンは驚愕するのだった。

ガイアのパイロットは、ステラだった。シンはその事実に困惑しながらも、独断で彼女をミネルバ内の医務室へ運んでしまう。タリアはシンの軍規違反を叱責するが、そこへステラの身体を調べた軍医から報告が入った。検査の結果、彼女は地球連合軍の強化人間だと判明したのだ。外傷を処置しようにも体内物質の数値が異常なため、このままでは満足な治療もままならない。その上記憶をコントロールされ、シンとの思い出も失っていたのだ。その事実に、シンは激しく動揺する。アスランは、キラたちとの会談やシンとステラのことを考え、沈み込む。一方ルナマリアも、アスランとキラたちとの会話を録音したデータを前に、やはり思い悩んでいた。 その頃、ステラを損失扱いするよう指示されたネオは、やむなくスティングとアウルの記憶からステラに関する一切を抹消していた。シンは、ステラに貰った貝殻を手に、再び彼女の病室を訪れる。眠りから目覚めたステラは、ようやくシンとの記憶を取り戻した。 一方アークエンジェルでは、ラクスがプラントへ向かう決心を固めていた。彼女はバルトフェルドと共にミーアの帰国用シャトルを奪い、心配するキラを残して宇宙へ旅立つ。

ラクスは、小惑星群に隠されていたエターナルと無事合流。デュランダルは、彼女をあくまで偽者として追跡するよう指示を出す。 　その頃ミネルバでは、アスランとキラたちとの会談を密かに監視していたルナマリアが、その調査データをタリアへ提出していた。が、現在ラクスと思われている人物が実は偽者で、本物は何者かに命を狙われていたという件に関しては、言い出せない。一方ステラは、強化人間ゆえに通常の治療を施せないまま、徐々に弱り始めていた。シンは彼女の様子を見つめながら、ただ歯噛みするしかない。 　ネオは、ミネルバの追跡・破壊をジブリールに改めて厳命され、再度オーブ軍と共闘することに。当初の予定通りジブラルタルへ向けて発進したミネルバを、クレタ島付近で迎え撃つべく網を張り始める。 その動きを察知したアークエンジェル内では、合流したミリアリアを交えて、再び議論が持ち上がっていた。このまま見過ごせばオーブ軍は沈むだろう。しかし、戦場へ赴けばアスランと戦うことになるのだ。苦悩するカガリだが、キラの言葉に突き動かされ、再び戦場へ向かおうと決心する。すでにミネルバは、オーブ軍と激突していた……。

ミネルバは、クレタ沖でオーブ・地球連合の同盟軍と再度交戦する。地理的に不利な状況に追い込まれ苦戦するミネルバだが、アスランとシンはアビス、カオスに邪魔され、援護できない。そのとき、再び現れたキラのフリーダムとアークエンジェルが、ミネルバの窮地を救う。カガリはストライクルージュを駆り、またもオーブ軍へ停戦を命じる。 　が、度重なるアークエンジェルの介入に怒ったシンは、いきなりルージュを攻撃。危うくカガリを救ったキラは、シンへと襲い掛かる。止めようとするアスランだが、カオスとアビスに割り込まれ、混戦状態に。SEEDの弾けたシンはアビスを仕留め、カオスの戦闘力を奪ったキラはアスランと激突。 　一方、ネオに叱責されたユウナは、トダカらにミネルバの追撃を命令。その頃ミネルバでは、タリアがアークエンジェルを敵艦と見なすよう指示を出していた。 ミネルバへ迫る、オーブのモビルスーツ部隊。その行く手を遮るカガリだが、すでに死ぬ覚悟を決めた彼らは説得に応じようとしない。彼らが次々と迎撃されていく様を、カガリは歯噛みしながら見守るしかない。 　その光景を見たオーブ軍のトダカは、ユウナと部下を退艦させると、旗艦を前線へと向かわせた。セイバーを撃墜したキラは旗艦を救おうとするが、時すでに遅し。鬼神の如き形相で敵を屠り続けていたシンは、目の前に現れた旗艦を躊躇なく両断する。そこに、かつての恩人が乗っていたとも知らずに……。

シャトルを奪って地球を離れたラクスは、小惑星に隠されていた戦艦・エターナルと合流していた。この一件の報告を受けたデュランダルは、あくまで彼女を偽者として捜査するよう指示すると、暗い執務室で一人過去へと思いを馳せていた。その目前に現れる、ラウ・ル・クルーゼと幼いレイの幻。 　デュランダルは、幻のラウへ静かに問い掛ける。キラとアスラン、そしてラクスたちの出会いのように、人には定められた運命があるのだとしたら、足掻きながらも生きることに意味はあるのだろうか……？ 若き日のタリアは、子供が欲しいと望みデュランダルの元を去った。それはお互いに納得した上での、止むを得ない決断であった。が、選び得なかった道にこそ、本当に望んだものがあったのではないのだろうか？　思い悩むデュランダルに、ラウの幻が笑いながら答える。「我らは常に、見えぬ未来へと進むしかないのだ」。 「ならば私が変える、全てを。戻れぬというのなら

アークエンジェルには、先の戦闘で生き残ったオーブの有志たちが合流を果たしていた。トダカの今際の言葉をカガリに伝え、この船で改めてオーブの理念のために戦いたいというアマギらを、キラたちは暖かく迎える。 　一方激戦を終えたミネルバは、ジブラルタルを目前にしながら、修理と補給のために足止めされていた。キラに一喝された上にセイバーも大破し、アスランは塞ぎ込む。が、ステラに何もしてやれないことに苛立つシンは、そんな彼に冷たく当たるのだった。 　そんな中、シンは偶然タリアと軍医の会話を聞いてしまい、愕然とする。このままではステラは助からないし、仮に助かったとしても本国に引き渡され、実験体扱いにされてしまうというのだ。ステラを救うには、ネオのいる地球軍へ返すしかない……。レイの協力を得て彼女を連れ出したシンは、ガイアの識別コードを利用して地球軍と連絡を取り、ネオを呼び出す。 　夜明けの海岸で、対峙するシンとネオ。シンは「ステラを二度と戦場に近づけないと約束しろ」と要求し、ネオにステラを預ける。彼女へ貝殻の入った小瓶を手渡し、「俺を忘れないで」と言い残して、シンは立ち去った。あふれ出る涙を拭いながら……。

ステラを逃がしたことで、銃殺刑レベルの軍規違反を犯したシンは、レイと共にミネルバの営倉に拘束された。が、シンは自分の行動を正しいと頑なに信じ、タリアやアスランの言葉にも耳を貸そうとはしない。 　アークエンジェルでは、カガリと元オーブ軍兵たちが、決意を新たにしていた。が、キラはラクスとアスランのことを思い、一人苦悩する。沈み込む彼に、マリューは優しく声を掛け励ますのだった。 　一方、ネオはミネルバ追撃の任を解かれ、新たな命令を受けてロシアへ向かった。ネオは、シンとの約束を守れないことを不甲斐なく思いながらも、回復したステラに巨大な可変モビルスーツ・デストロイガンダムを与え、新たな戦場へと誘う。 その頃ミネルバでは、シンたちの処分が通達されていた。結果は、一切不問……。銃殺刑だけは避けたいと考えていたタリアであったが、この裁定にデュランダルが裏から手を回していたことに気付くと、憤慨。釈放されたシンは増長し、アスランに対してもこれまで以上に不遜な態度を取り始めていた。 　デストロイを先鋒に、ユーラシア西側への侵攻を開始する地球軍。その報を受け、ミネルバとアークエンジェルも行動を開始する。

都市を次々と壊滅させながら、ベルリンへ侵攻を続けるデストロイ。その行く手を、フリーダムとアークエンジェルが遮った。しかし、ただでさえ圧倒的なデストロイの火力にスティングやネオの援護まで加わり、さすがにキラだけでは太刀打ちできない。オーブの猛者・ムラサメ部隊と共に、カガリはキラを援護するため出撃する。 　そこへ、現地のザフト支援のため、ミネルバが到着。猛然とデストロイへ斬り掛かるシンだが、そこへ割って入ったネオは、デストロイに乗っているのがステラだと告げる。動揺を隠せないシンは、攻撃を躊躇してしまう。しかし、フリーダムは容赦なくデストロイに攻撃をくわえ、ネオのウィンダムをも撃墜した。地上に激突し、コクピットから投げ出されるネオ……モニターに映し出された彼の姿に、マリューは愕然とする。 一方、ネオを墜とされショックを受けたステラは、更に暴走。フリーダムを退けたシンは、必死にステラへ語り掛ける。「君は俺が守るから！」……その言葉にステラは我に返り、ようやくデストロイは停止した。シンの言葉に安らぐステラ。 しかし、裂けたコクピットの間からフリーダムの姿を見た彼女は、再び恐怖に怯え、暴走をはじめる。駆け寄ろうとするインパルスへビームを放とうとしたデストロイは、次の瞬間フリーダムの一撃を受け、ついに沈む。 　瀕死のステラに駆け寄り、抱き起こすシン。微笑みながら彼に「好き」と告げると、ステラは眠るように息絶えた。

シンは、ステラの亡骸を一人静かに湖へ葬った。「君を守る」という約束を守れなかった悔しさで、泣き叫び続けるシン。ようやく顔を上げた彼の目には、暗く固い決意の色が宿っていた。 　後日、ミネルバはベルリンの郊外で改修作業を行っていた。ステラの一件を心配してシンの部屋を訪ねたアスランは、フリーダムとの戦闘を想定したシミュレーション中のシンとレイを見て、ショックを受ける。現在最強のモビルスーツ・フリーダムと戦うこともあり得る以上、対策は必要である……。シンとレイの主張は確かに正しく、それゆえにアスランを激しく苛立たせる。 一方アークエンジェルでは、回収されたネオが意識を取り戻していた。艦内に残されていた身体データから彼は前大戦で行方不明になった、ムウ・ラ・フラガ本人であると確認されたが、ネオはムウとしての記憶を全て失くしているようだった。それでも以前と変わらぬ彼の様子に、マリューは複雑な思いで号泣する。 　そんな中、デュランダルが突然全世界へ向けて演説を始めた。世界中のモニターにデストロイの侵攻と現地の惨状が映され、次に軍需産業複合体・ロゴスのメンバーが、顔写真入りで晒された……。続けてロゴスへ宣戦布告するデュランダルの姿に、世界の人々は彼を支持する雄叫びをあげ、そしてシンは心酔していく・・・。

デュランダルの独断で行われた突然の演説放送により、世界は激震する。この一件で、デュランダルはプラント議会を完全に掌握する。一方マリューらは、母国を純粋に心配するカガリやキラの意見を採って、オーブへ向けてアークエンジェルを発進させる。 　そんな中、ミネルバに新たな命令が下った。友軍と共にアークエンジェルを包囲し、これを討てというのだ。早速フリーダムを倒せると喜ぶシンとは対称的に、アスランは突然の命令に納得できない。タリアに対し不服を述べるが、彼女もすでに司令部にへ異議を申し立て、却下されていたのだ。旗色不鮮明な危険分子・アークエンジェルとその一党を撃沈せよ……それが、プラント本国の正式決定なのである。ザフトの猛攻に晒され続ける、アークエンジェル。タリアは独断でアークエンジェルへ降伏を呼び掛けたが、カガリを擁するマリューらはこれを受けるわけには行かない。 一方シンは、キラのフリーダムを圧倒していた。インパルスの特性をフル活用しながら戦いに集中するシンに対して、アークエンジェルを守りつつコクピットを避けて攻撃するしかないキラは、徐々に追い詰められていく。 　海中へ逃れようとするアークエンジェルに対して、ついにミネルバのタンホイザーが火を噴く。同時に、シンの必殺の一撃がフリーダムに突きたてられる…大爆発の後、爆煙の中から現れたのはインパルスだった。

シンの猛攻によってフリーダムは大破したが、キラはカガリによってひとまず無事に救い出された。アークエンジェルも、深刻なダメージを負いながらも何とか逃げおおせ、オーブへと向かった。 　フリーダムを仕留めて帰艦したシンを、ミネルバのクルーたちは絶賛。が、シンの放った「仇は取りましたよ。あなたのもね」という言葉にアスランは逆上し、つかみ合いとなってしまう。二人を引き離したレイは、キラやアークエンジェルに対するアスランの思いを個人的な感傷と断じ、軍人である以上本国の命令は絶対だと主張する。その言葉の正しさに、アスランは引き下がるしかない。 一方、戦争を否定するデュランダルの言葉に感銘を受けた人々が各地でゲリラ行為を開始し、追い詰められたジブリールらは地球連合軍の本拠地「ヘブンズベース」へと逃げ延びていた。それを討つべく、ザフトはジブラルタルへ集結を開始。その中には、ミネルバも含まれていた。 　ジブラルタルへ降り立ったデュランダルは、アスランとシンを呼び出すと、最新鋭のモビルスーツ・デスティニーとレジェンドを与える。目を輝かせて喜ぶシン……対してアスランは、デュランダルへ疑いの眼差しを向ける。

デスティニーを与えられ喜ぶシンとは対照的に、アスランは「なぜアークエンジェルを討つよう命じたのか」と、デュランダルへ食って掛かる。キラたちが戦局を混乱させたのは確かだが、「戦争をなくしたいと考えていた」という意味では、同志には違いないのだ。デュランダルへ疑いの眼差しを向けるアスランに、ミーアは不安を覚える。 　ヘブンズベース攻撃を目前に控えたジブラルタル基地内は、デュランダルの考えに賛同してザフト側に付いた地球軍も迎え入れ、これまで以上に騒然としていた。そんな中アスランを訪ねたミーアは、今すぐデュランダルに従うよう説得を始めた。彼女は、デュランダルとレイの会話を立ち聞きし、アスランに危機が迫っていることを知ったのだ。与えた役割に従わない者は、容赦なく切り捨てる……それがデュランダルの本性だったのである。追っ手の掛かったアスランはミーアを連れて逃げようとしたが、彼女はその手を振り払い、ラクスとして生きることを選んだ。 アスランは、メイリンの機転のおかげで基地保安要員を振り切り、グフのハンガーへ辿りつく。しかし、そこに現れたレイは、メイリンもろともアスランを仕留めようとした。成り行きでメイリンと共にグフへ乗り込んだアスランは、アークエンジェルと合流すべく、ジブラルタルを脱出。レイはすぐさまレジェンドを駆り、アスランの裏切りに驚くシンと共に、その後を追う。

ジブラルタルを脱出したアスランを追跡するシンとレイ。メイリンがアスランと行動を共にしていると知り、デュランダルは機密保持のためレイへ撃墜許可を与えた。その場にいたタリアは抗議するが、デュランダルは耳を貸そうとしない。 　一方シンは、突然のアスラン撃墜命令に戸惑っていた。レイは、そんなシンに檄を飛ばし、アスランとメイリンの乗るグフを追い詰めていく。戦いながらも、必死にシンを説得しようとするアスラン。しかしその言葉はレイに歪められ、シンには届かない。シンは、心の中に生じた迷いを振り払うかのように、今や「敵」となったアスランとメイリンが乗るグフを撃墜する。 真実は闇に葬られ、ミネルバの面々はアスランとメイリンの裏切りと死を同時に知らされた。が、タリアやルナマリアがそれに納得するはずもなく、ミネルバ内は激しく動揺する。号泣するルナマリアを優しく抱きしめながら、シンもまたこの結末に涙するのだった。 　その頃デュランダルは、ジブリールらロゴスメンバーの引渡しと全軍の武装解除を求める最後通告を、ヘブンズゲートへ送っていた。この通信を傍受したアークエンジェルとエターナルには、緊迫した空気が流れる。

心に深い傷を負ったルナマリアは、その怒りをロゴスとの戦いに転化すべく、インパルスの調整に没頭していた。アスランとメイリンの件で負い目を感じるシンは、ルナマリアとひととき心を通わせ合う。 　デュランダルから最後通告を突きつけられていた地球連合軍は、回答もなしに突如戦闘を開始した。先陣を務めるのは、新たに用意されたデストロイ５機……その中には、スティングの姿もあった。その頃アークエンジェルでは、アスランが意識を取り戻していた。彼とメイリンは、キサカによって無事救出されていたのだ。死んだと思っていたキラとの再会に喜ぶアスランだが、体力が回復していないため、今は満足に話すことすらできない。カガリに見守られながら、彼は再び深い眠りについた。 当初は圧倒的優位と思われていた地球連合軍だが、今や戦況は完全に逆転。シンのデスティニーとレイのレジェンド、そしてルナマリアのインパルスが、立ちはだかるデストロイを次々と撃破していたのだ。デスティニーが、残ったスティングのデストロイを爆散させ、ようやくヘブンズゲートに白旗が揚がる。が、すでにジブリールは何処かヘ姿を消した後であった。一方、地球連合の敗北を目の当たりにしたキラは、己の無力さを噛み締める。

ヘブンズゲートは、ザフトによって完全に制圧された。が、ジブリールの行方は未だに不明のまま。デュランダルは、その足取りを追うよう軍に命じる。 　その頃オーブのオノゴロ島では、傷ついたアークエンジェルがドックに入っていた。クルーたちが修理に追われる中、フリーダムという力を失い、一人焦るキラ。マリューは、 そんなキラに優しく声を掛け、励ます。ようやく意識を取り戻したアスランも、久しぶりにカガリと言葉を交わしていた。 一方、ラクスの指示を受けたダコスタは、かつて遺伝子研究所のあったコロニー・メンデルの中を調査していた。全てのデータが廃棄された中、唯一残されていたノート……そ の中に「デスティニープラン」なる記述を目にしたラクスは、思わず息をのむ。と、そのときエターナルの艦内警報が！　ザフトに発見されてしまったラクスたちは、証拠のノートとあるモノをキラたちへ届けるため、決死の強行突破を試みる。エターナルのピンチを知ったキラは、ストライクに急遽ブースターを取り付けると、単身宇宙へ。間一髪救われたラクスは、キラへ新たな力・ストライクフリーダムを手渡すのだった。

デュランダルは、シンとレイにフェイスの徽章と勲章を授与。レイによって巧みに誘導されながら、シンは次第にデュランダルの指し示す未来を盲信し始める。そんな中、ジブリールの行方がついに判明。彼は、オーブのセイラン家へ身を寄せていたのだ。ザフトは オーブへジブリールの身柄引き渡しを要求するが、ユウナは「いない」と返答。当然納得できるはずもなく、ザフトは武力によるオーブ制圧を開始する。 オーブの危機を知ったカガリだが、アークエンジェルは修理が完了しておらずキラも留守、アスランも未だ回復していない。それでも祖国を救おうと、ムラサメ隊と共に決死の 覚悟で出撃しようとするカガリ。そこに現れたキサカとエリカは、カガリの亡き父・ウズミが遺したモビルスーツ・アカツキを、彼女へ与えるのだった。 「力はただ力。多くを望むのも愚かなれど、厭うのも又愚か」……父の遺言を胸に刻んだカガリは、ムラサメ隊と共にオーブ軍の中枢を掌握すると、ユウナを拘束させて全軍を指 揮し、一時はザフト軍を押し戻す。が、そこにシンのデスティニーとミネルバが到着し、形勢は再び逆転。カガリのアカツキとシンのデスティニーが、相反する祖国への思いを胸 に、オーブの空の下で激突する。

アスランとキラそれぞれの視点から、これまでの二人の軌跡を振り返る。 前大戦で戦争のむなしさを思い知ったアスランは、デュランダル議長の言葉に揺り動かされ、オーブを離れてザフトへと復帰する。彼には、フェイスとして新鋭艦・ミネルバと共に戦うことこそが、一日でも早く戦争を終わらせるための唯一の手段だと思えたのだ。ところが、同じように平和を望んでいるはずの友・キラは、戦場に介入しては状況を混乱させ続けていた。デュランダルに対して懐疑的なキラたちと一度は決別したアスランだが、その後はミネルバ内でも孤立してしまい、ついにはデュランダルの計略によってザフトから追われる身となってしまう。デュランダルの言葉の裏に隠された冷酷な真意に気付き、彼の目指す理想と袂を別ったアスランは、メイリンの助力を得て軍を脱走、追っ手からの追撃をうけ傷付きながらもキラたちの元へ辿り着く。そんな彼を、キラは以前と変わらない笑顔で暖かく迎え入れた。二人の進むべき道は、そのときようやく一つに重なったのである。

オーブの危機に、緊急発進するアークエンジェル。マリューは、ネオの拘束を解くとスカイグラスパーを与え、解放。未だ傷の癒えぬままブリッジに陣取ったアスランは、ザフトとの戦闘を前に下船するようメイリンに勧めたが、彼女はアスランと共にいることを選んだ。 その頃オノゴロ沖では、デスティニーを食い止めようとカガリとムラサメ隊が奮戦。が、怒りに燃えるシンの攻撃が、アカツキのコクピットに迫る……！　そのとき、宇宙から帰還したキラのストライクフリーダムが、間一髪でカガリを救った。 　キラはその場を引き受けるとデスティニーと激突、ミネルバと交戦を開始したアークエンジェルには、ネオのスカイグラスパーが加勢に付く。不利と見たレイは、シンに一時撤退を指示。その隙にカガリは国防本部へ到着し、オーブ軍はようやく体勢を立て直すことに成功した。が、ジブリールの行方は未だ掴めない。補給を終えたデスティニーとレジェンドが再び出撃し、いよいよ戦況は混沌としていく……。 一方アスランは、ラクスが用意したインフィニットジャスティスを前に、激しく葛藤していた。そんな彼に、ラクスはキラの言葉を伝える。「何かしたいと思ったとき、何もできなかったら……それが一番辛くない？」 アスランは友の思いを受け止め、自らの意志で戦うことを選ぶのだった。

デスティニーとレジェンドの息の合った連携に、苦戦を強いられるキラ。そこへインフィニットジャスティスを駆ってアスランが乱入、「お前がオーブを攻めてはいけない」とシンを説得する。混乱してジャスティスに襲い掛かるシンだが、手負いながらも気迫に勝るアスランは、彼のデスティニーを圧倒する。 そのとき、ジブリールの乗ったシャトルがオーブを脱出し、まんまと月へ逃げおおせてしまった。沈んだ旗艦に代わってザフト全軍の指揮を執ったタリアは、これ以上の戦闘を不毛と見て撤退を下命。この戦いは、ザフトとオーブ双方に実りのないまま終結することとなった……。 翌朝。正式にオーブの代表に復帰したカガリは、全世界のメディアを通じてデュランダルへのメッセージを送り始める。ところがその主張を遮るかのように、ミーアが声明を発表。その中継を見ながら密かにほくそ笑むデュランダルであったが、再び画面が切り替わった瞬間、その顔色は一変した。「彼女の言葉に踊らされてはなりません……」突如カガリの隣に現れたラクスの言葉に、全世界は激震する。

ラクスは、全世界のメディアを通じて「デュランダルの言動を支持しない」と明言。対するミーアは、本物のラクスが出現したことに激しく動揺する。デュランダルはそんな彼女に優しい言葉を掛けると、ひとまず身を隠すよう指示して送り出した。　衝撃的な放送は、ミネルバ内にも波紋を広げていた。混乱するシンらに対して、レイは「本物が正しいとは限らない」と告げると、フリーダムやアスランのことに話題を移す。それを聞いたルナマリアは、メイリンも無事生存している可能性があると知り、動揺を隠せない。そんな中、艦隊司令部からの通達で、ミネルバは急遽月へと向かうこととなった。 その頃月のダイダロス基地では、ジブリールが逆転の切り札を起動していた。コロニーを利用した巨大な反射衛星砲・レクイエムを使って、月の裏側から直接プラントの首都・アプリリウスを狙うつもりなのだ。地球連合軍の動きにいち早く気付いたイザークたちが善戦し、首都はかろうじて難を逃れたが、その一撃は周辺のプラント群を一瞬で消滅させる。この事態に、デュランダルはザフト全軍へ月の緊急制圧を命じた。一方この一件を知ったアークエンジェルも、宇宙へ上がるべく動き始める。

レクイエムの第一中継地点・フォーレに、決死の攻撃を仕掛けるザフト主力軍。そんな中、ダイダロスに最も近い位置にいたミネルバは、単身でダイダロス基地の砲本体を攻略するよう命じられる。第2射の再チャージが完了するまでにどれだけの時間が残されているのかわからない以上、もはや一刻の猶予もないのだ。　月に到着したミネルバから緊急発進する、デスティニーとレジェンド。ミネルバのタンホイザーが基地を焼き、シンとレイは迎撃に現れたデストロイ機を次々と屠る。その隙に、ルナマリアは砲のコントロール施設を制圧すべく出撃する。 一方、戦況を不利と悟ったジブリールは、チャージ半ばのままレクイエムを発射させようとする。第2射を放ち、その隙に月から脱出するつもりなのだ。が、ルナマリアによって発射は間一髪で阻止され、ダイダロスの司令部もシンのデスティニーによって壊滅。ジブリールの乗った戦艦はレイの手によって爆散し、ついに、ロゴスは滅びた。　リアルタイムで戦況を見守っていたプラントの人々が口々に歓喜の声を上げる中、今や世界最強のリーダーとなったデュランダルが、静かに微笑む。その頃、正式にオーブ宇宙軍艦艇となったアークエンジェルが、宇宙へ向けて発進していた。自由と自立に基づいた、真の平和を勝ち取るために……。

レクイエムの中継コロニーは、全てザフトによって制圧された。が、デュランダルはその処分をひとまず保留し、まずは連戦続きだったミネルバと月艦隊に休息を与える。 　一方、月の自由都市・コペルニクスに身を隠していたミーアは、港にアークエンジェルが停泊していると知り、不安に陥っていた。ラクスの存在を認めることは、今の彼女にとって自己の存在を否定することと同義なのだ。新たな付き人・サラは、そんな彼女をそそのかしてラクスの暗殺に利用しようと画策する。 町へ密かに買い出しへ出ていたキラ、アスラン、ラクス、メイリンの4人は、ミーアからのSOSメッセージを受け取った。罠だと知りつつも一同は指定された場所へと向かい、2人の歌姫は初めて対峙する。 　アスランが生きていたことに喜びながらも、救いの手を差し伸べようとするラクスに怯えるミーア。「あたしがラクスで何が悪いの!?」と叫ぶ彼女に、ラクスは「私たちは誰も、自分以外の者にはなれないのです」と優しく諭す。そのとき、サラがラクスへ向けて発砲。いち早く周囲の異変を察知していたアスランは、間一髪でラクスを救うと、暗殺者たちを次々と打ち倒す。そこへ、緊急連絡を受けたネオがアカツキを駆って到着。が、その手の上へ乗り移ろうとするラクスに、瀕死のサラが再び銃口を向け……銃声が響き、倒れるミーア。ラクスを庇って撃たれた彼女は、詫びながら静かに息を引き取った。

目前でミーアを死なせてしまったことを悔やみながら、アスランたちは彼女の遺体をひとまずアークエンジェルへと運んだ。彼女の持っていたポーチを手にしたラクスは、その中に彼女の日記が記されたディスクを見付ける。そこには、元々歌手志望でラクスの大ファンだった彼女が整形手術を受けてからの充実した日々が、飾らない言葉で綴られていた。ラクスの代役を務める緊張感、アスランと初対面した際の興奮と憧れ、ライブが生み出す一体感と充実感……。そして、自分の存在が大衆に支持され、確実に世界を平和へ導いているという、無上の喜び。「議長は大丈夫って言った。私が、私が……世界を救ったって。そうだよね？　私がやった。だから私は……、私が……」 最後に記された言葉を読みながら、ラクスは彼女の今際の言葉を思い出す。「あたしの歌……命……どうか、忘れ……」たとえ彼女が偽者だったとしても、ラクスと同様「平和のために歌っていた」ことだけは、紛れもない事実である。キラの胸にもたれて泣きながら、ラクスは彼女のことを決して忘れないと誓うのだった。 一方、全世界へ向けてプラント被害者の追悼声明を発表していたデュランダルは、「人類存亡を賭けた最後の防衛策」と銘打ちながら、ついにデスティニー・プランの導入を宣言。その言葉は、シンを困惑させる。

全ての人々のDNA情報を完全に解析し、その適性に合った職業に従事させることで、誰もが幸福に生きられる世界を作る。つまり、個人の自由意志が一切認められない徹底的な管理社会……それこそが、デスティニープランの正体だった。 断固たる態度でこの計画の実行を宣言したデュランダルだが、即座に拒否の姿勢を示したオーブとスカンジナビア王国を除いて、世界はその意外な提案にただ戸惑うばかり。 ミネルバの面々もそれぞれ困惑する中、レイはシンに向かって強く語り始めた。「誰もが幸福に生きられる世界、二度と戦争など起きない世界を守るのは、お前しかいない……」。突如失調し、薬を口にしたレイの様子に不安を感じつつも、シンは議長と世界の ために戦う決意を新たにする。 そんな中、反旗を翻そうとしていた地球軍・アルザッヘル基地の動きに気付いたデュランダルは、密かに改修しておいたレクイエムでこれを一蹴してしまう。その容赦ない所業 に戦慄したアークエンジェルの面々は、デュランダルの暴走を止めるべく、エターナルとの合流を開始。その頃デュランダルは、シンとレイを自らの元メサイアに呼び寄せていた。

アークエンジェルはエターナルと合流し、レクイエムの要とも言える一次中継コロニー・ステーションワンを破壊すべく出撃。ザフト月艦隊の約大多数がそれを迎え撃つべく動き出すが、ラクスはレクイエムを「人の世に不要な大量殺戮兵器」と断言し、堂々とその破壊を宣言。彼女の言葉の正しさと毅然とした態度に、ザフト兵の足並みは乱れる。その頃シンとレイは、デスティニーとレジェンドを駆って機動要塞・メサイヤへ向かっていた。二人と対面したデュランダルは、ラクスたちの行動を「平和への道を閉ざす行為」と責める。その言葉に同調するレイに違和感を覚えながらも、シンは迷いを振り払い、ラクスらと戦う決意を固めていた。憎しみの連鎖を断ち切るために。 戦場に駆けつけたミネルバは、長きに渡る因縁に決着を付けるべくアークエンジェルと激突。一方キラとアスランは、イザークとディアッカの助力を得て、ついにステーションワンの破壊に成功する。 　そのままダイダロス基地を攻撃中のオーブ主力隊と合流しようとする、キラたち。が、その目前に突如姿を現したメサイヤは、ネオジェネシスの一撃で主力隊を殲滅してしまう。前方からデスティニーとレジェンド、後方からはミネルバが迫り来る最悪の状況に、キラたちは活路を開くべく戦う。

メサイヤを攻撃し続ける、アークエンジェルとエターナル。が、シールドが施されたメサイヤにはビーム兵器が一切通じない。しかも、その間にもレクイエムでは着々と発射準備が続けられているのだ。このままではオーブが撃たれると考えたキラとラクスはその場を引き受け、一方アスランとアークエンジェルはレクイエムへと急ぐ。 　混戦を続けるザフトとオーブ残存艦隊の中に斬り込んでいくアスランたち。が、その行く手をミネルバとインパルスが遮った。攻撃して来るルナマリアに、やむなく応戦するアスラン。そこへ駆けつけたシンは、激昂してアスランに襲い掛かる――が、アスランの説得に動揺し錯乱し、間に入って戦いを止めようとしたインパルスを撃とうとする。　間一髪でルナマリアを救ったアスランは、過去に囚われ続けるシンへの怒りを爆発させ、デスティニーを一気に圧倒。次いでアークエンジェルの加勢に回ると、ミネルバをも撃退した。半壊したデスティニーは月面へ墜ち、航行不能となったミネルバも月への不時着を余儀なくされる。意識を取り戻したシンは子供のように泣き始め、そんな彼をルナマリアは優しく抱きしめるのだった。 同じ頃、ラウ・ル・クルーゼを名乗りながらキラに肉薄したレイも、隙を突かれて敗北していた。デスティニーとレジェンドを失ったデュランダルは、レクイエム上空をネオジェネシスで味方ごと一掃し、間髪入れずレクイエムを起動させる……が、ネオとアスランの活躍によってレクイエムは火柱を上げ、最悪の事態は未然に防がれた。　ミーティアを装備したストライクフリーダムが、ついにメサイヤのシールドシステムを破壊。続く一斉攻撃によって、ようやくメサイヤは沈黙する。駆けつけたタリアが見守る中、半壊した司令室で、銃を手に対峙するデュランダルとキラ。そして、密かにキラを狙撃しようとするレイ……。が、キラの言葉に胸打たれたレイは、反射的にデュランダルを撃ってしまう。　瀕死のデュランダルに駆け寄ったタリアは、キラに脱出するよう告げると、レイを傍らに呼び寄せた。親子のように身を寄せ合う3人と共に、燃え尽き消滅するメサイヤ――。その光を見つめながら、生き延びた者たちは混迷の未来へと思いを馳せる。