名探偵コナンが見れる配信サイトは？【テレビアニメ】

数々の難事件を解決する高校生探偵・工藤新一は、ガールフレンドの毛利蘭と遊園地でデート中、ジェットコースターで殺人事件にまき込まれた。 ズバ抜けた推理力で事件を解決したが乗客の中にいた怪しげな黒服の男たちが現金受け渡しする犯罪現場に遭遇。現場の証拠を押さえようとするが背後から襲われ気を失ってしまい･･･。

黒服の男に殴られ意識を失った新一が目覚めると、飲まされた毒薬のせいで身体が小学生くらいまでに縮んでしまっていた。新一は小学生・江戸川コナンと名乗り、黒服の男たちの情報を得るため私立探偵の父を持つガールフレンドの毛利蘭の家に居候することに。すると金持ちの娘が黒ずくめの男たちに誘拐されたという話が入る。

毛利小五郎の事務所に、アイドル・沖野ヨーコが訪ねてきた。何者かに後をつけられたり、部屋に侵入されているというのだ。調査のためコナンたちがヨーコの部屋に入ると、そこには男の刺殺死体があった…。コナンは小五郎を気絶させ、阿笠博士が発明した蝶ネクタイ型変声機を使って小五郎の声で事件の謎解きを始める。

偶然謎の図形と「ORO」という文字が書かれた紙を手に入れたコナンと同級生三人組。宝の地図に違いないと、早速捜索を開始したが、実はその暗号は、現在逃走中のイタリアの強盗団が隠したという金貨のありかを示したものだった。暗号を解読し、忍び寄る強盗団をかいくぐり、見事お宝にたどり着くことができるのか！？

京都に向かう新幹線でコナンに毒薬を飲ませた黒服の男たちそっくりな二人組に出会う。様子を探るため、盗聴器を仕かけたところ、アタッシュ・ケースに爆弾をセットし、新幹線ごとあと40分で爆破するという声が…。

蘭がバレンタインパーティーに招かれた。主催者の医大生・克彦に夢中な同級生の園子にむりやり付き合わされたらしいが、コナンは気が気ではない。テニス仲間が集まるパーティーで、仲間の一人・好美が贈ったチョコレートを食べた克彦が、苦しみ出し死亡する。駆けつけた目暮警部と小五郎は、好美が犯人だとにらむが…。

毛利探偵事務所に小川という依頼人がやってきた。二年前から毎月、送り主の名前も住所もデタラメなオモチャと現金が送られてきていて、今日送られてきた現金には、「2500万円払い終わりました。引き替えに、いただきに参ります」という意味不明の手紙が添えられていた。小五郎は手のこんだイタズラだと断定するが…。

夜な夜な甲冑の騎士が歩き回るというウワサの美術館。興味津々の蘭は、コナンと小五郎を連れ見学に行く。 だが最後の「地獄の間」でコナンたちが見たのは、ホテルに転業するため美術館を閉館すると決めた新オーナー・真中が、「天罰」と題された絵画の後ろで、絵と同じように喉を剣で串刺しにされて絶命している姿だった。

天下一春祭りの夜、ホテルの居室で人気作家・今竹智が殺害された。友人の笹井の犯行ではないかと疑われたが、笹井は祭りの会場にいたと主張し、証拠に蘭がシャッターを押したインスタントカメラを差し出した。完壁なアリバイに笹井は自信満々だが、コナンは笹井が犯人だと確信し、笹井のアリバイを崩す糸口を探し始める。

毛利探偵事務所に赤木量子と名乗る女子高生が、新一を探してほしいと訪ねてきた。量子と会ったこともないコナンは戸惑うばかりだが、蘭のほうは新一への怒りで我を忘れてしまっている。新一をとっちめようと、蘭はコナンを連れて量子の家に押しかけるが、その依頼が、あるプロサッカー選手の脅迫事件と関係する事を知り…。

謎の依頼人に伊豆の小島・月影島に呼び出されたコナンたち。依頼人は12年前にピアノソナタ「月光」を弾きながら死亡した有名なピアニストだったことを知る。謎の依頼主のことを調べるため訪れた公民館で営まれていた前村長の法要の最中、「月光」の第一楽章と共に村の資産家が殺され、これを機に次々と殺人事件が…。

公園でかくれんぼをするコナンたち。二時間たってもみつからない歩美にコナンがトランシーバーで連絡を取ると、歩美はなんと車のトランクの中。しかも、それは少女連続誘拐殺人事件の犯人の車だった！ スケボーの動力ソーラー・エンジンも日没が迫り、時間がたてば歩美の命も危ない。コナンは絶体絶命のピンチに陥る。

毛利探偵事務所に広田雅美と名乗る娘が、1か月前から行方不明になっている父を捜してほしいと依頼に来た。蘭は広田の飼っていた猫の名前が人気の競争馬の名前から付けられたことに気づき、競馬場であっという間に観客の中から広田を見つけ出す。 雅美との感激の再会となったが、その翌日、広田がアパートで絞殺された。

コナンたちが川原で遊んでいると銃声のような音とともに風船が破裂した。コナンが双限鏡で川の対岸を見ると、土手の向こうのビルの屋上で二人の男に拳銃を向けられライフルを構えている男を目撃。その現場に駆けつけると、謎の十桁の数字を表示した電卓が置かれていた。これは男がコナンに残したメッセージだろうか。

猫を探す依頼を受けたコナンたちは、猫が出てきた家の浴室で男の死体を発見した。コナンたちの通報で駆けつけた目暮警部は、その家を捜索するが、死体のあった浴室には一滴の血痕すら残っていない。コナンたちに見られずに死体を運び出すのは不可能だと判断した目暮警部は、コナンの通報がウソだと判断するが…。

コナンたちが、資産家の丸伝次郎の屋敷に妻の浮気調査報告のために訪れていた時、伝次郎自身が何者かによって惨殺された。残された伝次郎の手帳に名前が書き込まれていたのは、小五郎、伝次郎の主治医・波多野、彫刻家の阿久津、そして居合の道場主・諏訪の4人。はたして、この中に犯人がいるのか？

「仮面ヤイバーショー」を見にデパートを訪れたコナンたちは、元太が大事なヤイバーのサインを忘れ閉店間際のデパートにとりに戻るが、出入口が閉まり閉店後のデパートに取り残されてしまう。警備室に行ったコナンたちは、そこでヤイバーとジョッカー軍団の着ぐるみ姿で閉店後のデパートを狙う強盗団に遭遇してしまう。

今日は新一と蘭の中学の恩師・松本小百合先生の結婚式。式の時間が迫り、小百合は控室に一人で残った。妙な物音がして、コナンたちが控室に戻ってみると、純白のウェディングドレスに身を包んだ小百合が苛性ソーダの混入されたレモンティーを飲み吐血して倒れていた。容疑者は新婦の控室に出入りしたものに絞られる･･･。

トップデザイナーの芦屋映子に街でファッションモデルにスカウトされた蘭。衣装合わせのためビルに行くと、秘書の美香がエレベーターの中で殺害されているのに出くわした。暎子は床に残った靴跡を見つけビル荒らしに殺されたのだと断定するが、コナンは映子がエレベーターのボタンをハンカチで拭いたのを見逃さなかった。

歩美が幽霊屋敷を見つけてきた。コナンたち少年探偵団は、さっそく幽霊退治に乗り出すことになった。そこは5年前に殺人事件があった家で、現在は空き家のはずだ。一人でトイレに行った光彦の悲鳴に続き、元太の悲鳴が聞こえた。本当に幽霊なのか？コナンは床の隠し扉に気づき開けると、扉の向こうは地下への階段だった。

人気アイドル沖野ヨーコ主演のサスペンスドラマのロケが米花神社で行われた。そのドラマの推理監修として協力することになった小五郎はゴキゲンだ。しかしその日の夜、コナンたちが神社の前を通りかかると、撮影助手の安西が狛犬の前で血まみれで倒れていた。手掛かりは血で書かれた「コマイヌ」の文字だけ。

旗本島に旅行に来たコナンたち。偶然、旗本島の旧家・旗本一族が貸切りにした豪華客船に便乗させてもらうことになった。一族の当主・豪蔵は今日の結婚式の途中から機嫌が悪く、自室に引き上げて行った。夕食に姿を見せない豪蔵を迎えに行くと、自室で殺害されていた。遺産分配をめぐっての争いだろうと推察されるのだが…。

旗本一族のチャーターした豪華客船内で、当主の豪蔵が刺殺され、孫娘の夏江と結婚式を挙げたばかりの花婿・武が犯人と疑われ、倉庫に監禁された。これで一件落着かと思われたが、惨劇の幕はまだ下りていなかった。第二の殺人が起き、武が監禁されていた倉庫の扉が開いていて、武の姿が消えていた。真犯人は一体誰なのか？

二か月前にコナンの推理で逮捕された保険金殺人犯・湯田が、刑務所を脱走した。いつものようにコナンが小五郎の声を使って事件を解決したのだが、そうとは知らない湯田は、小五郎を恨んでいた。逮捕された時に「この礼は必ずしてやる」と言った湯田の言葉を思い出し、蘭は小五郎の身を案じる。小五郎に魔の手がしのびよる。

蘭の同級生・直子が誘拐され身代金の受渡しが埠頭で行なわれたが、誘拐犯の車は逃走途中、直子を乗せたまま海中に転落してしまった。しかし引き上げられた車には、直子も犯人の姿もなかった。その後事件当日、埠頭の対岸で不審なクルーザーがいた事を知り、コナンは直子たちが生きていると確信し、推理をはじめる…。

コナンたちは、学校帰りに坂口家の愛犬ジョンと遊ぶのを楽しみにしていた。ある夜、コナンが小五郎と蘭と共に坂口家の前を通りかかると、犬の鳴き声と悲鳴が聞こえ、若い女性が飛び出してきた。家の中では倒れた男性と唸っているジョンの姿が。コナンや蘭には人懐っこいジョンが訳もなく人を襲うとは考えられないのだが…。

小五郎の大学の柔道部の同窓会が開かれることになった。昔のアルバムを眺め、思い出話に花が咲く。中道が皆を卓球に誘うと、かつて恋人だった由美は疲れたから休むと言って部屋に戻ってしまう。由美を除いた全員で卓球を楽しんだ後、一同は花火大会に。しかし部屋に戻ってみると、側頭部を銃で撃ち抜かれた由美の姿が。

小五郎の大学の柔道部の同窓会で柔道部のマドンナだった堀田由美が死んだ。旅館の自室で頭を銃で撃ち抜いていたのだが、数々の証拠から自殺に見せかけた他殺とわかった。犯人は同窓会に集まった小五郎の親友の四人の内の誰か。だが、この時間は全員が卓球をしていたというアリバイがある。小五郎のつらい謎ときが始まる。

コンピューター・ソフト会社の社長・大木田が死亡した。遺体に外傷はなく、毒物を飲んだ形跡もないことから、突然死だと思われた。しかしコナンは家中がコンピューターで快適な温度に管理されているはずなのに、遺体が多量の汗をかいている事に気づく。急激に温度が上昇しただけで心臓発作を起こすとは考えにくいのだが。

小五郎に高名な弁護士・巽から妻の浮気調査の依頼があった。しかし、その日、自宅で縛り上げられて空の浴槽に押し込まれていた巽の妻の遺体が発見された。死亡推定時刻に小五郎と一緒にいた巽には完璧なアリバイがあるはずだが、コナンは、何か釈然としないものを感じる。全ての推理の出発点は、あのホテルだ。

小五郎がゲスト出演した人気番組の生放送終了直後、プロデューサー・諏訪が、ミーティングルームで殺された。諏訪はここで番組終了後に司会の松尾と打合せをすることになっていた。番組降板の噂もあった松尾に目暮警部が問い正すが、生番組の司会をやっている自分に犯行は不可能だと自分のアリバイに自信たっぷりだ。

蘭が新一とデートだと言って、うれしそうに出かけて行った。「新一はオレなのに」とコナンは気が気でない。不安になったコナンは無理やり待ち合わせの喫茶店までついていく。客の観察をしているその時、トイレから男の絶叫が響きわたった。トイレの個室の中で心臓をナイフで一突きされた女性が血まみれで倒れていた。

川原にキャンプにやってきたコナンと少年探偵団の四人は、阿笠博士から宝物の在りかだという古い絵地図をもらいはりきって宝探しを始める。地図に従って森の中の目印をたどっていくと、途中で怪しげな二人組の男にでくわすが、男たちは四人を見てあわてて立ち去った。その後地図に書かれた暗号の謎を解いていくのだが…。

蘭とコナンは同級生・園子の別荘に招待された。そこには園子の姉と姉の大学時代の映画研究会の仲間も集まっていた。蘭が森の中で顔に包帯を巻いた男に斧で襲われた。そして山荘の電話線は切断され、吊り橋が落とされていた。その夜、コナンたちは森の中で、バラバラに切断された脚本家の知佳子の惨殺死体を発見する。

包帯男に蘭が再び襲われたことで、全員が食堂で夜明かしすることになった。知佳子が連れ去られた時に首に付けていたチョーカーを綾子が玄関で見つけ、知佳子殺しの謎が新たに浮上する。内部の犯行だとすると、蘭がなぜ二度までも襲われるのか。コナンは山荘に到着した時の出来事を思い出す。

歩美が歯科医・沢木葉子に歯を抜いてもらった夜、あるマンションで殺人事件が起こった。第一発見者は隣室に住む葉子。葉子には、歯科医院で歩美と一緒にテレビを見ていたというアリバイがあった。が、歩美は眠ってしまって番組の最初と最後しか見ていないという。コナンはどこかにトリックが隠されているとにらむが…。

小五郎に人捜しの依頼が来た。手掛かりは赤いスポーツカーのナンバーと、依頼人・典子が描いた似顔絵だ。信州でその男と知り合ったという典子の話に、小五郎は勝手に恋の相手だと決めつけるが、コナンは似顔絵の表情が陰険なのが気になった。コナンは小五郎にこのことを指摘するが、相手にされず一人で調査を開始した。

赤鬼村の火祭会場で、燃えさかる櫓の中から焼死体が発見された。殺人事件として捜査が始まったが、被害者の根岸は小五郎が阿部という男の依頼で3日間尾行をしていた相手で、しかも二人は互いに五億円の生命保険をかけていた。状況から、犯人は阿部に違いない。が、小五郎によって阿部のアリバイは完璧に証明されていた。

資産家の一人娘・四井麗花の誕生パーティーに招かれた小五郎と蘭、コナン。わがままな麗花の一言で、麗花の花婿候補と目されているヨットクラブのメンバー四人が家政婦の米、コナンたちと共に別荘に残ることになった。そんな中で麗花が行方不明になり、捜している最中に、二階堂が庭の噴水で溺死しているのが発見された。

人里離れた別荘で資産家令嬢・麗花の花婿候補の一人・二階堂が不審な溺死を遂げ、蘭までもが同様の手口で襲われた。行方不明だった麗花も浴室で溺死体となっていた。三件の犯行はこの夜別荘にいた同一人物によるものに違いない。全身ずぶ濡れの麗花の死体の状況から、コナンはシャワーを利用したトリックを見破る。

コナンと小五郎、蘭は米花高校野球部の遠征試合を応援に行った。相手は昨年の地区大会優勝校で、今年も優勝候補ナンバーワンの修好学園。試合は思わぬ展開で米花が逆転勝利したが、試合直後、修好学園の理事長室で昨年の優勝旗がズタズタに引き裂かれているのが発見され、校長は、野球部の大会出場を辞退すると宣言した…。

園子に誘われ、人気バンド「レックス」の打ち上げパーティーに参加した蘭とコナン。しかし、ボーカルの達也が、ヒット曲を熱唱した直後に吐血して倒れ、死亡した。死因は青酸カリ中毒。警察は昔のバンド仲間だったカラオケボックスの店長を疑うが…。コナンはカラオケボックスに全員を集め、店内放送を使って推理を始める。

毛利探偵事務所にコナンの母親だという女が現れた。蘭や小五郎の手前、ウソだとも言えず、コナンは女の車に乗り込んだが、コナンに母親などいるわけがない。案の定、女はコナンの正体が工藤新一だと知っていて誘拐したのだ。謎のベールに包まれていた世界的推理作家と元美人女優の新一の両親がついに登場する特別編。

小五郎と蘭、コナンは、山道で車が故障して困っていた、堀田重工の会長・堀田耕作を別荘まで送っていった。別荘では堀田の誕生パーティーが開かれるところだったが、息子たちがケンカを始めて険悪な雰囲気になった。その夜、堀田の寝室が爆破され、堀田が死亡。小五郎は行方不明になった次男を疑うが…。

高級住宅街で会社社長・児島郁子が顔にパックしたまま、ガウン姿で絞殺された。防犯カメラの映像とガードマンの証言から、死亡時刻が夜の9時すぎの18分間と推定される。容疑者は専務の吉岡、娘の千尋、証券マンの泉の三人。来客の予定があったのに、ガウン姿でパックをしているのは不自然だと気づいたコナンだが…。

雪山にスキーに来たコナンと蘭、小五郎は、貸別荘の鍵を無くして医大教授・大山将の別荘で電話を借りることにした。別荘には大山の弟子の助教授や助手たちが集まり、コナンたちも鍋パーティーに招待される。食後、一人別室でテレビを見ていた大山の惨殺死体が発見された。コナンは大山のダイイングメッセージに気付く。

元高飛び込み女子選手がオーナーであるスポーツクラブが新装オープンすることになった。その前日に招待されたコナン、蘭、小五郎だが、高飛び込みの代表選手の西条と他のインストラクターたちが対立しているところを目撃してしまう。その夜、西条の死体がプールに浮いているのが発見された。西条の死は事故か殺人か。

新一に会うために、蘭のところへ“西の高校生探偵・服部平次”と名乗る少年が押しかけてきた。風邪気味のコナンは服部に飲まされた中国酒でフラフラになる。蘭が服部をにらみつけているところへ小五郎の依頼人が訪れる。小五郎と蘭、コナン、服部の四人で依頼人の外交官宅へ出向くと、外交官は何者かに毒殺されていた。

服部に飲まされた中国酒のせいで気分が悪くなったコナンは、外交官・辻村勲の殺害現場で倒れてしまう。辻村を毒殺したトリックを暴いた服部は、辻村の父・利光を犯人だと決めつける。そこへ、突然、新一が現れ、服部の推理の間違いを指摘する。新一は、真犯人を突き止め、辻村夫婦の過去を掘り起こす。

図書館で逆向きにケースに入れられて包装された変な洋書を見つけたコナンは、ここの図書館の職員が行方不明になっていることを知る。警察は手掛かりを見つけられずに帰っていったが、コナンは少年探偵団の3人と一緒に閉館した図書館の内部を捜索する。そして児童図書の書棚で背表紙のない本に隠された麻薬を発見した。

お気に入りのアイドル・沖野ヨーコの推薦でチャリティーゴルフ大会に出場することになった小五郎は、早朝のゴルフ練習場にやってきた。ド下手な小五郎の練習にコナンが見飽きた時、サラリ－マンの4人連れが入ってきた。部長の橘がドライバーに持ち替え、振り下ろした瞬聞、激しい爆発音と共にもうもうと黒煙が上がった。

コナン、蘭、小五郎が一泊することになった山寺には、若い女をさらって高い木に登り、そこに死体を吊してその肉を食うという霧天狗の伝説が伝わっていた。修行僧たちは小五郎に、2年前に若い修行僧が伝説と同じような死に方をした事件を話そうとするが、和尚に一喝される。翌朝、和尚が高い梁から吊されて息絶えていた。

マンションのベランダで会社社長・井本が、日課にしていた太極拳の最中に何かで後頭部を一撃されて死亡した。マンションには、井本の妻・貴子、井本夫妻の仲人・土橋、マンションの住人で釣具店主の寺沢がいて、それぞれに殺害の動機がある。コナンはベランダの手すりについた傷から、釣り竿を使ったトリックを見破るが…。

小五郎が監修したゲームソフトの発表パーティーで、コナンは自分を小さい体にした黒ずくめの男たちの仲間らしい大男を見かける。手掛かりをつかもうと、尾行を始めると、大男はトイレで爆死した。爆発は大男がクロークでアタッシュケースを受け取った直後だったことから、コナンは大男の取引相手を捜し出そうと知恵を絞る。

温泉旅行から帰る途中、コナン、蘭、小五郎は乗換えの駅で殺人事件に遭遇する。殺されたのは、コナンたちと同じ列車に乗り合わせた医師会のメンバーで、並行して走っている別の路線の車内で毒物を注射されて死亡していた。コナンは、医師会のメンバー・伊達をあやしいとにらむが、別の列車の中にいては、犯行は不可能だ。

おじゃマンボウ清掃会社の専務が、落ちてきた鉄材で頭を打って死亡した。現場は会社近くの細い路地。日曜日の今日は社長の中山と秘書の麻木だけが出社していた。偶然現場に居合わせたコナンは、事故に見せかけた殺人事件のトリックに挑戦する。

小五郎と蘭と一緒に「シャーロックホームズ・フリーク歓迎ツアー」に参加したコナンだが、ツアーの主催者・金谷が車に乗ったまま崖から転落、炎上してしまった。孤立した参加者たちは一室に閉じこもるが、第2の事故が起こってしまう。ツアーに参加していた服部平次と共にコナンは犯人との知恵くらべをすることになった。

ツアーの主催者・金谷に続いて綾子が爆死。さらに、藤沢がアイスピックで襲われるに及んで、ツアーの参加者たちは戦々恐々としていた。犯人は残ったメンバーの中にいるのか、それとも、死んだはずの金谷なのか？服部平次と共に犯人のトリックを推理していくが、平次はコナンの正体に疑いを持ちはじめる。

商店街のイベント“初めてのおつかい大会”に記録係として参加した少年探偵団の面々とコナンは、参加者のひろしの突飛な行動にてんてこ舞。一度は姿を見失ったひろしをやっと見つけたかと思えば、今度はそのひろしに危険が迫る。本人が何も気付かないまま間一髪で難を逃れたものの、ついに何者かに連れ去られてしまう。

コナンと小五郎たちの目の前で女性イラストレーターがマンションのベランダから転落、死亡した。直前に師匠の花岡に予告電話をかけていたことから、投身自殺かと思われたが、コナンは転落前に女性が死んでいたと見抜く。一番怪しいのは、離れたデザイン事務所にいた花岡だ。自殺に見せかけるトリックの方法は一体何だ！

水軍伝説の伝わる瀬戸内海の小島・敷島では、7年前に金塊を積んで沈没したはずの小型船・竜神丸が浜に打ち上げられた。講演会を依頼されて島にやって来た小五郎は10億円の金塊探しも依頼される。が、小五郎の代わりにくす玉の紐を引いた村役場の職員がガソリンを浴びて火だるまになった。何者かが小五郎の命を狙ったのだ。

竜神丸のキャビンから灯台守・浜田の惨殺死体が発見され、現場で気絶していた小五郎に殺人容疑がかかった。島民たちの怒りに小五郎と蘭共々八つ裂きにされかねない不穏な雰囲気に、コナンは小五郎を麻酔銃で眠らせ、小五郎の声で小五郎がはめられた罠を暴き出す。小五郎を罠にはめた真犯人は金塊を狙っているに違いない。

映画「大怪獣ゴメラ」の撮影所を見学に行ったコナンと少年探偵団の子供たちは、ゴメラ役の俳優・松井の案内でセットや怪獣の着ぐるみを見て大喜び。が、松井がゴメラに刺され、逃げたゴメラを追うコナンたちは、スタジオでゴメラがシリーズの中止を決定したプロデューサーを刺殺するところを目撃する。

小五郎の刑事時代の先輩で暴力団担当の警部・寺岡からバーベキューパーティーに招待された小五郎、蘭、コナン。寺岡は暴力団の幹部から呼び出され、一人で会いに行くと言う。心配した小五郎は寺岡に付き添っていくが、寺岡が入っていったコンテナ置場から銃声が聞こえ、暴力団幹部・松山が喉を撃たれて死亡した。

ビアガーデンで誘拐事件に気づいたコナンは、小五郎、蘭と共に、脅迫されているらしい歯科医・遠藤を家まで尾行する。急患のふりをして入り込んだ3人は、4歳の息子・圭太が誘拐され、身代金を要求されていることを知る。圭太の監禁場所の手掛かりは「カニ」と「クジラ」。コナンたちは水族館やカニ料理店を調べまくるが…。

街灯の壊れている夜道で大学生が側頭部を鈍器で一撃されて死亡した。現場付近で凶器は発見されなかった。真っ暗闇の中で誰が、どうやって殺害したのか？直前まで前のマンションで一緒に酒を飲んでいた仲間と現場にいた友人、それぞれ動機はある。コナンは向かいのビルの屋上を利用した密室からのトリックに挑戦する。

公演を目前に控えた有名劇団に脅迫状が送られてきた。調査を依頼された小五郎たちの目の前で主演女優の大手祥子がリハーサル中に死亡する。服毒自殺を演じる心中シーンで青酸化合物を飲まされたようだ。衆人監視の中、祥子だけに確実に毒を飲ませる方法はあるのか？祥子殺しの動機を持つ容疑者が次々と浮上するが…。

コナンたちは阿笠博士の申し込んだ「伊豆ミステリーツアー」に博士の代わりに参加した。ツアーの中に紛れ込んでいる主催者を見つけ出すと、極秘のプログラムのフロッピーがもらえるという。謎の主催者はコナンの父・工藤優作の書いたミステリーの主人公・闇の男爵（ナイトバロン）に扮してツアー中に事件を起こすらしい。

ツアーに参加した7人はナイトバロンという名の幻のコンピューターウィルスのフロッピー目当てに参加したことが判った。そんな中、プログラマーの江原が転落死した。江原がナイトバロンの衣装を身に着けていたことから、ツアーの主催者は江原で、酒に酔った上の事故と見られた。が、衣装は何者かに着せられたことが判明。

ナイトバロンに襲われた警官は空手の達人だった。ナイトバロンは蘭のキックもかわしている。こんなことができるのは、空手の日本チャンピオンだった前田しかいない。コナンは死んだ江原の部屋の防犯ロックを外からかける方法を横溝刑事と小五郎に教え、小五郎たちは改めてツアーのメンバーのアリバイを確認する。

早朝からハイキングに出かけていたコナンたちは、若い男が変死した現場に遭遇する。男が飲んだと思われる毒入りの清涼飲料水は、小五郎が自動販売機から2本出てきたと喜んだ清涼飲料水と同じ商品だった。事件は自動販売機を利用した無差別殺人と考えられたが、死んだ男にはストーカーで警察に通報された前歴があった。

園子の別荘に招かれた蘭とコナンは、園子の姉の婚約者・富沢雄三を紹介される。雄三の父・哲治は隣の別荘の持ち主で、富沢財閥の会長だ。その夜、哲治が惨殺され、停電中の暗闇でコナンたちは偶然、殺害の場面を見てしまう。犯人の顔は、紛れもなく雄三のものだった。が、雄三にはそっくりな顔をした三つ子の兄弟がいた。

少年探偵団のメンバーたちと海に遊びにきたコナンは、春日財閥の御曹司・輝彦と恋人の忍と知り合い、モーターボートに乗せてもらって大はしゃぎ。夕方になって、コナンたちは先に帰ったはずの忍の名前と「SOS」とメッセージの入ったペットボトルを拾う。メッセージが本物だと考えた4人は、忍を捜して海辺の洞窟に入り込む。

映画「死神陣内」の主役・死神陣内を演じる俳優・南条隼人の元に死神陣内の名で殺人予告状が届けられた。警護が南条の事務所を取り巻く中、映画と同じ死神陣内の扮装をした人物が現れたが、コナンのキックも小五郎のタックルもかわして逃走する。その直後に銃声が響きわたり、南条が事務所で射殺死体となって発見される。

金融会社の社長・肥田が毒殺された。肥田は一人で残高の確認をしていた。被害者の親指と数枚の札から毒物反応が検出され、札を数える際に親指をなめる被害者のクセを知っている者の犯行と思われる。が、肥田の親指、札、ドアノブ以外から毒物反応は出てこない。密室の中で、誰がどうやって肥田の指だけに毒を塗ったのか？

園子の家に怪盗キッドからの犯行予告状が届けられた。鈴木家の家宝の黒真珠“ブラックスター”を狙ったものだ。園子は小五郎に捜査を依頼する。予告状の暗号を解いたコナンがホテルの屋上で待機すると、目の前にキッドが現れるが、姿を見せただけで捜査を指揮する警部の手に再度の予告状を残して忽然と消えてしまう。

名家・長門家の当主・長門道三の誕生パーティーに呼ばれた小五郎は、道三の初恋の人を捜してほしいと依頼された。その夜、道三の次女・康江の夫、光明が何者かにベランダから突き落とされて死亡。その直前に包丁を口にくわえた長男・秀臣が目撃されている。コナンは服部平次と二人で事件の真相を探り始める。

池の底から秀臣の死体が発見され、事件をほのめかすかのような遺書も見つかった。鑑識の結果から、光明を殺害した直後に入水自殺したものと思われたが、コナンと平次は遺書の文面に不自然な箇所を見つける。秀臣の部屋で事件前日に録音された留守番電話のメッセージを聞いた二人は、推理を裏付ける遺留品を発見する。

閉店間際の銀行で、コナンは蘭、園子と銀行強盗に遭遇する。拳銃を持った犯人は、背後から殴りかかろうとした行員を射殺。銀行内がパニックに陥った隙をつき、別の行員が飛びかかって犯人を射殺してしまう。犯人を倒した行員の勇気ある行動で解決したと思われる事件だが、コナンは何か不自然なものを感じて調査を始める。

コナンが捕り損ねた野球の打球が絵を描いている男のキャンバスに当たった。男はコナンが見覚えのある画家で、記憶喪失のようだ。突然苦しみだした男を、病院に運ぶが、男は病院を抜け出し、翌日、絞殺死体となって発見される。遺体の鞄の中に銀杏の葉が入っているのを見たコナンは、少年探偵団の仲間たちと調査を開始する。

武道館でのコンサートの開幕直前に、人気デュオ・TWO－MIXの二人が誘拐された。事件を目撃したコナンと少年探偵団の子供たちは、犯人から連絡役に指名され、大はりきりで事件解決を目指すが……。コナンの声を担当する高山みなみが参加し、ヒットチャートをにぎわせているTWO－MIXが劇中に登場。

誘拐されたTWO－MIXを救出するため、歩美になりすまして犯人に新曲のデモテープを届ける役目を買って出たコナン。だが、コナンに手柄を独り占めされたくない元太たちは目暮警部にコナンの行方をたどる追跡メガネを渡さなかった。自分たちだけで事件を解決しようと、TWO－MIXが監禁されている倉庫までたどりつくのだが…。

ある夜、ケガで入院中の小五郎が病室の窓ごしに殺人を目撃した。あわてて警察を呼び、現場と思われる病室に急行するが、そこには死体はおろか、事件の痕跡は何もなかった。精神科の医師・白井はストレスによる幻覚だと決めつけるが、コナンは小五郎が見たのは窓ガラスを利用したトリックだったことに気づく。

スキー場で小学校時代の恩師・米原と出会ったコナン、蘭、園子は、米原が現在の教師仲間と借りた貸別荘に招侍される。吹雪で別荘に足止めされたコナンたちは、押しかけてきた新聞記者から3年前に米原の学校で何か事件があったことを聞く。険悪な雰囲気になる教師たち。その夜、米原と園子が何者かに襲われる。

猛吹雪に閉じ込められた山荘で、蘭たちの恩師・米原の同僚・杉山が死体となって発見され、自室に閉じこもっていた下田も殺された。下田の首には縄で絞められた跡がくっきりと残っているが、どこからも縄は出てこない。犯人は下田の部屋のそばにいた3人の中にいる。コナンは手掛かりを求めて山荘の周辺を再調査するが…。

ワイドバンドレシーバーで誘拐犯の脅迫電話を聞いてしまったコナンと少年探偵団の子供たちは、レシーバーから聞こえてくる情報だけを頼りにどこの誰とも判らない被害者と犯人の居場所を突き止めようとする。犯人は川田という男に娘を殺されたくなかったら言うことをきけと、無茶な要求を次々に突きつける。

北海道でツルを観察していたコナンと蘭、小五郎は、ツルの世話をする老人と出会う。老人の家に招待されたコナンたちは、老人が引退した実業家で、全財産をツルのために村に寄付するという遺言書を作成中だということを知る。老人の弟と子供たちは猛反対。手続きが終了する直前に老人はボウガンの矢で射抜かれ、死亡する。

吸血鬼の小説で有名なホラー作家･虎倉大介の依頼でドラキュラ荘と呼ばれる彼の山荘を訪れた小五郎と蘭、コナンは、豪雨のために山荘に一泊することになった。その夜、一人で書斎にこもっていた虎倉は、ドラキュラの衣装を身に着け、十字架上で白木の杭を胸に打ち込まれていた凄惨な死体となって発見される。

ホラー作家･虎倉大介を惨殺した犯人を特定するためには、殺害現場である書斎が完全な密室状態にあったという謎を解かなくてはならない。この夜、山荘にいた虎倉の妻たちの前で、小五郎は謎解きをしてみせると豪語する。案の定、小五郎の推理は的外れだったが、全員に殺害の動機と機会があったことが判明する。

生け花アーティスト・岡野利香に殺人を予告する脅迫状が届いた。脅迫状には、利香の世界芸術大賞受賞パーティー会場となる紅花ベイサイド・ホテルに｢死の花が咲く｣とある。パーティー当日、会場を訪れた小五郎、蘭、コナンの3人はホテルの支配人の死体を発見する。小五郎と目暮警部は遺体の状況から絞殺と断定するが…。

骨折で入院した小五郎の病室に銀行強盗の容疑者が入院していた。被害にあった銀行の行員の父親も同室で、強盗の仲間たちは行員の娘を人質に、仲間の口封じをするよう脅迫していた。容疑者を監視する警官の中にも仲間が紛れ込んでいて、行員は通報することもできずにいる。動揺する行員の姿に事件を見抜いたコナンだが……。

小五郎のもとに奇妙な依頼が舞い込んだ。半年前、見事な手際で殺人を実行し、姿を消した名うての殺し屋･狐(フォックス)に間違って自分の殺しを依頼してしまったというのだ。殺人を阻止し、狐を捕らえるために、依頼者の不動産会社社長が実行を指定した山の縦走にコナンたちも同行することになる。

殺し屋･狐の標的ではないはずの大学生･平井が殺され、山小屋で恭子の死体が発見された。恭子も背中にナイフを突き立てられていて、狐の第2の殺人かと思われた。小五郎は自分の正体を明かし、犯人捜しを始める。コナンが恭子の正体に勘づいた時、恭子の連れの河辺と依頼人の潮、山小屋の管理人の老婆の姿が消えていた。

スキーに来たコナンたちは、古びた民宿に泊まることになる。他の宿泊客はドラマで雪女を演じた女優・木下明子と専属のスタント･ウーマン浅沼洋子だけだ。蘭が露天風呂で雪女の幽霊を見た夜、明子が遺書を残して姿を消した。翌朝、雪女の衣装を着た明子の凍死体が発見され、睡眠薬を飲んだ上での自殺と思われるが…。

酔って帰宅中の小五郎は、中学校の裏手で知り合いの佐知子と出会う。あわてた様子で車に乗り込もうとしていたが、なぜか小五郎をドライブに誘う。大喜びの小五郎だが、ドライブから戻ると佐知子のルームメイトが自宅のマンションで殺されていた。小五郎の証言で佐知子のアリバイは成立。事件は強盗殺人事件かと思われた。

変死した世界的なマジシャン･九十九元康の妻が、蘭の母・妃英理の紹介で小五郎を訪れた。夫の死の真相を調査してほしいというのだ。巧妙なトリックと痛ましい犯行の動機を見事推理したコナン。だが、蘭はそんなコナンの様子を見て、コナンの正体が新一だという確信を強める。蘭に詰め寄られたコナンは…。

市川産業の会長･市川孝太郎に呼ばれた小五郎は、二人の娘の行動を監視してほしいと依頼される。親族会で小五郎は、性格の悪そうな長女と次女の様子をうかがう。コナンは長女･一重が地下室でワインに毒を注入するのを目撃するが、何者かに襲われ意識を失う。が、その間に孝太郎は一重が勧めたワインを飲んで急死してしまう。

小五郎は人間国宝の陶芸家･菊右衛門に招待され、コナン、蘭と共に東京郊外の家を訪れた。小五郎のファンだという菊右衛門老人は高価な作品を惜しげもなく小五郎に与え、歓待する。小五郎に見せようとした新作の壺「風水丸」が割れてしまい、落胆する菊右衛門。翌朝、とんでもない事件が小五郎とコナンを待ち構えていた。

人間国宝の陶芸家･菊右衛門の息子の嫁･益子の死は、新作の壺「風水丸」を壊したことを苦にしての自殺かと思われた。が、素足で首を吊っていた益子の足が汚れていないことに気づいたコナンは、一人で殺人事件の証拠探しを始める。益子をワナにかけ、自殺に見せかけて殺した犯人をコナンは追い詰めていく。

蘭たちの中学の先輩だった内田麻美が新一の留守宅を訪ねてきた。新一を誕生パーティーに招待したいのだという。新一の代わりに園子、小五郎、コナンがそのパーティーに参加することに。麻美の誕生パーティーは、盛り上がったが、寝込んでしまった麻美を残して全員でカラオケに行っている間に別荘が火事になってしまう。

蘭のおかげで麻美は一命をとりとめた。ケーキのローソクの火が何かに引火したのが火事の原因らしい。消し忘れの事故か、それとも麻美自身が火をつけたのか？コナンは火事の前後で別荘の家具の配置が変わっていることに気づき、焼け跡を調べ始める。そして、燃え残ったファックス用紙から仕組まれた火事のトリックを見破る。

探偵の心得を教えてほしいという時代劇俳優の土方幸三郎の自宅マンションに招かれた小五郎とコナン、蘭は、離婚騒動の渦中にある土方の妻・永倉勇美が隣の沖田一の部屋のベランダで変死するのを目撃する。沖田は勇美の不倫の相手と噂される俳優だ。一人で部屋にいたと言い張る沖田は、身の潔白を主張するが…。

時代劇俳優の土方幸三郎の妻・永倉勇美が隣の沖田一の部屋のベランダで絞殺され、現場の状況から沖田が犯人と思われた。だが、真犯人は巧妙なトリックを使って沖田の犯行に見せかけていた。コナンは詰めかけた取材記者たちの前で小五郎に麻酔銃を撃ち込み、事件の全貌を解き明かす。

小五郎はミステリー作家の中村操という人物から、死んだ祖父から譲り受けた洋館で不思議な出来事が続いているという手紙を受け取り洋館を訪れた。有名な時計職人・出淵紋時郎の家だったという洋館の内部は、動物の絵や飾りのついた食器と家具、様々な時計が所狭しと並べられていた。

時計職人・出淵紋時郎が住んでいたという洋館は、やはり妙な家だった。1時10分に鳩時計から3匹の鬼が飛び出して鳴き始める。屋根裏部屋で人の気配がしたり、書斎にファイルしてあった犯罪記事も気にかかる。コナンも小五郎も謎の意味がつかみきれないでいると、蘭が家の中にライオンだけが飾られてないことに気づく。

有名な賞を受賞した報道写真家・柳瀬隆一と授賞式で知り合ったコナンたちは、柳瀬に付きまとうルポライター中井の姿を見かける。その夜、中井が｢命を狙われている｣と小五郎に電話をかけてきた。コナンが中井のマンションに行くと、火ダルマの中井が転落してくる。向かいの高速道路では、柳瀬がこの光景を写真に収めていた。

洋館の庭に野球のボールを入れてしまったコナンたちは、ボールを取らせてもらおうと頼みに行くが、洋館の主･綿貫義一に追い返されてしまう。しかたなく毛利探偵事務所に戻ると、テレビの「仮面ヤイバー」に出てくるモグラ星人そっくりの幸田という男が小五郎を訪れ、綿貫に殺された妹が庭に埋められていると言いだした。

謎の洋館の主･綿貫が妹を殺して庭に埋めたと言い張っていた幸田が、宝石店に強盗に入った。逃走中の幸田はマンホールを利用して綿貫邸に入り込み、庭のあちこちを棒で突き刺している。コナンは張り込み中の歩美たちと合流し、幸田に自首を促す。幸田は駆けつけた目暮警部に、盗んだ宝石は分散して庭に埋めたと告白する。

歩美をひいて逃げた黒塗りの車を追いかけたコナンと元太、光彦は、休業中の工場の前で車を見失ってしまう。が、2、3分後にまた現れた車はコナンたちの目の前で交番に乗り付け、運転していた宍戸という男が自首をした。そのころ、車を見失った工場内で社長の刺殺体が発見され、宍戸が工場の元従業員だったことが判明する。

蘭は園子の代わりに1日だけフランス料理の教室に習いに行くことになった。有名な料理研究家･上森美智が自宅で開いている教室には、蘭の他に三人の生徒が集まっていた。コナンと小五郎も試食につられてついて行ったが、美智は気難しく、生徒たちや助手を怒鳴り散らしている。突然家の明かりが消え、美智が苦しみ始める。

有名な料理研究家・上森美智は、細い針のような凶器で何者かに背中を刺されて死亡した。授業に参加していた蘭以外の3人の生徒と助手の祐子の4人全てが、殺人の直前に家の明りが消えるように氷を使って配電盤に細工をすることは可能だった。しかも、それぞれに美智に恨みを抱いているようで、全員に動機がある。

元太と光彦が｢この学校は呪われている｣と言い出した。夜になると不思議なことが起きるようになったというのだ。歩美も夜の教室で不審な人影を見たが、相談した教頭先生が学校に出てこなくなったとおびえている。コナンと少年探偵団は謎を解明しようと夜の学校に入り込み、真相を突き止めることにする。

道に迷って偶然訪れた海辺の町で、コナンと蘭は若い女性の水死体を発見する。足首に重りの石を結びつけ、外傷も見当たらないことから、検死を担当する医師の田中は自殺だとほのめかす。水死した女性・光子の親友・智子は、その田中が殺したのだと主張するが、光子の死亡推定時刻の田中のアリバイは小五郎の証言で成立する。

蘭は父・小五郎と別居中の母・英理を別々に伊豆のホテルに誘い、久々に家族そろっての夏のバカンスを計画した。計画通りに進んで大喜びの蘭だが、知らずに鉢合わせした小五郎と英理は大あわて。さっそく、夫婦ゲンカを始めてしまう。そんな時、小五郎が知り合ったダイビングサークルの女子大生が海で溺れ、仲間が救助する。

蘭が計画した父・小五郎と別居中の母・英理と家族そろっての夏のバカンスは散々なことになってしまった。小五郎と英理は険悪なムードだし、海で溺れたダイビングサークルの女子大生は、ウミヘビに咬まれて意識不明の重体のままだ。計画的な殺人だと見抜いたコナンは、被害者の貴和子の仲間4人の中に犯人がいるとにらむ。

ある夜、毛利探偵事務所に人気推理小説家の新名任太朗の娘が訪ねてきた。彼女によると新名夫妻は2ヶ月前から行方不明となり、原稿だけが毎週同じ時間に編集部にファックスで送られてくるという。編集部へ向かったコナンは、作品の中の本人が登場するシーンを見て、それが作者からのメッセージだという事に気付く。

行方不明のミステリー作家・新名任太朗夫妻はどこかに監禁されているのか？コナンは新名の原稿に登場する新名本人のセリフが暗号になっていることに気づく。最初のセリフから読み取れるのは｢助けてくれ…｣。だが、その後のセリフの解読ができない。犯人が新名夫妻を監禁している目的は何なのか？コナンはあせる。

服部平次の招待で大阪見物を楽しむはずだったコナンと蘭、小五郎の3人は連続殺人事件に巻き込まれてしまう。コナンたちの乗ったパトカーの上に死体が落ちてきて、同じ手口の殺人事件がこれで3件目だということを知る。平次はコナンが犯人に刺される夢を見たと言うが、コナンは4件目の殺人事件にもかかわってしまう。

コナンは小五郎・蘭・歩美・元太、光彦と一緒に食事に行く途中で人気テレビ番組｢仮面ヤイバー｣の登場人物の格好をした若者と出会う。若者に番組のファンクラブの仮装パーティーに招待された小五郎と子供たちだが、メンバーの一人が拳銃を持って乱入し、レンジャーポリス姿の本田を撃ち、自分も自殺するのを目撃してしまう。

小五郎は以前の依頼人、山崎開発の女性社長の招待でコナンと蘭を連れて岩美渓谷沿いの社長の別荘を訪れた。山崎社長は岩美町の町長と提携してスパリゾートの建設を計画している。が、前祝いの酒宴の最中に二階の自室で山崎社長がスズメバチに襲われ、ベランダから崖下に転落、死亡してしまう。

沖野ヨーコのコンサートのチケットを落としてしまった小五郎は、コンサートに行けなくなったと嘆いている若い女性・青島全代を見つける。全代はチケットを譲る代わり自分と妹を車で会場まで送ってほしいという。自宅まで妹を迎えに行った小五郎たちは、ガムテープで目張りされバスルームで死んでいる妹・美菜を発見する。

ガムテープで目張りされ、密室状態になった浴室で発見された青島美菜の死を、目暮警部と小五郎は自殺と断定した。が、コナンは自殺に見せかけた殺人事件だと確信していた。犯人を追い詰めるためには、犯行後に密閉された浴室から脱出する方法を突き止め、犯行の決定的な証拠を発見しなくてはならない。

大人気のお天気お姉さん・浅野亜紀のメッセージを聞いた元太たちは、亜紀に会いにテレビ局を訪れる。亜紀はコナンのポケベルの番号を控えて｢仕事を頼む時は連絡する｣と約束。が、亜紀は電話に呼び出されたきり行方不明になり、代役を立てて番組が始まってしまう。そして、コナンのポケベルに謎の数字が次々と表示される。

会社社長・石本は何者かに｢殺してやる｣と脅迫されていた。犯人を捜してほしいと依頼された小五郎の目の前で石本が銃で撃たれ、石本の後側にいた来賓の代議士・高田の胸に弾丸が当たり、高田代議士は死亡した。コナンはパーティー会場で挙動不審だった男が照明用の足場に立っているのを目撃するが…。

パーティー会場で小五郎が調査を依頼された会社社長･石本に向かって発射された銃弾は、高田代議士の胸を貫いて死亡させた。犯人と思われる挙動不審の恐喝屋･平岡の転落死体が翌日発見され、事件は解決したと思われた。石本は平岡に脱税をネタに脅迫されていたと告白するが、コナンは事件の真相は別のところにあるとにらむ。

蘭のクラスに旅回り一座の二代目座長･玉之助という美少年が転校してきた。一座の通し稽古に招待された蘭は園子とコナン、歩美や元太、光彦を誘って見に行くが、玉之助と座員たちの間が何かギクシャクしている。公演を5日後に控え大急ぎで新作の台本を執筆中だった玉之助一座の座付き作家･近石が何者かに殺害されてしまう。

旅回り一座の座付き作家が殺されたのに続き、女性座員の一人が殺され、二代目座長・玉之助も何者かに襲われて負傷してしまった。警察は一座の経理係も兼ねていた被害者の糸江が不正経理が発覚するのを恐れて玉之助を襲ったと考えているらしい。コナンは、玉之助と糸江のほかにもう一人の人物が現場にいたと推理する。

銀行の裏口で現金輸送車の襲撃事件に出くわしたコナンは、ターボエンジン付きスケボーで犯人を追跡するが見失う。単なる強盗事件として捜査が開始されたが、犯人の一味と思われるガードマンと元レーサーが殺され、遺留品の口紅から銀行窓口のお姉さんに容疑がかかる。この事件にはもっと裏があると見抜いたコナンだが…。

コナンのクラスに灰原哀という名の奇妙な少女が転校してきた。クールな態度で歩美たちをあしらう哀だが、コナンだけには興味を示す。少年探偵団に依頼された事件の調査に哀を誘い、コナンと一緒に同級生の俊也の兄を救い出し、事件を解決する。その復路、哀を家まで送る途中でコナンは思いもかけない言葉を哀の口から聞く。

元日の国立競技場にサッカーの天皇杯決勝を観戦に行ったコナンたちの目の前でサッカーボールに銃弾が撃ち込まれた。この銃弾は身代金を要求する脅迫電話の犯人が、脅迫が本物だと見せつけるためのものだった。犯人の指示通り、現金が入ったバッグが用意され、駆けつけた刑事たちが競技場内で張り込みをするが…。

五千万円の身代金入りのバッグを持ち去ろうとした犯人は刑事たちに取り押さえられたが、床に転がっていた携帯電話からもう一人の犯人が仲間の解放と、さらに10億円の現金を要求してきた。試合終了までに金を用意しなければ観客を殺すという。目暮警部は捕らえた男を解放し、大観衆の中に潜むもう一人の犯人の姿を捜すが…。

園子がインターネットでアクセスしている「奇術愛好家連盟」の集まりが雪の山中にあるロッジで開催された。蘭も園子と一緒に参加することになり、小五郎とコナンは車で二人を送っていく。その帰り道、カーラジオのニュースで蘭が参加している集まりのリーダーが自宅で殺されたことを知り、あわててロッジに引き返すが…。

園子と蘭が参加した『奇術愛好家連盟』の集まりは連続殺人事件の様相を呈してきた。ボードリーダーの西山が自宅で殺されたのに続き、雪の山中で孤立したロッジでは浜野の死体が雪の降り積もる裏庭に放置されていた。疑心暗鬼に陥るメンバーから西山と影法師との口論のいきさつを聞いたコナンは第三の事件に身構えるが…。

園子と蘭が参加した『奇術愛好家連盟』の集まりで二人が殺され、蘭と園子までがボーガンの矢で狙われた。林の中に落ちていたボーガンと、木の幹に空けられた穴、矢が撃ち込まれた風呂場の外に落ちていたホチキスの針。犯人の正体とトリックを見破ったコナンはひもやホチキスなどの小道具を集め、謎解きの準備を始める。

歩美は「緑美容室」の美容師・美香から自宅でカットしてあげるという申し出を受け、コナンたちと一緒に美香のマンションに行く。が、美香は何者かに殺されていた。美香の首の前方にだけ索条痕があり、美容室の店長・緑の態度に不振を抱いたコナンは、緑が気にしていた不燃ゴミ置き場を捜索するが…。

阿笠博士とキャンプに来たコナンたちは、森の中にそびえ立つ西洋風の城に迷い込み、城の主人・間宮満の招きで城に一泊することになる。間宮家の長女で満の妻が焼死したという不気味な塔、チェス盤をかたどった庭など、いわくあり気な事件や事柄が続いている城らしい。コナンは怪しげな雰囲気漂う城の内部を捜索するが…。

キャンプの途中で見つけた古城に一泊することになったコナンたちは、いわくあり気な住人たちから、宝の在り処を示すらしい城の謎を聞かされ、興味を持つ。が、早々にコナンが行方不明になり、阿笠博士までもが姿を消してしまう。残された哀、歩美、光彦、元太の子供たち四人は自分たちだけで二人を捜し出そうとするが…。

小学校の創立記念日にコナンと、哀、歩美、元太、光彦の5人は、リバイバルの映画「大怪獣ゴメラ」を見に行く。この映画館は不動産屋の張田の嫌がらせで閉館に追い込まれ、今日が最後の上映だという。コナンも昔に戻って映画を楽しもうとするが、映画の上映中に首を吊った張田のシルエットがスクリーンに映し出される。

コナンたちが見に行った映画館で、上映中に首を吊った男のシルエットが映し出され、自殺、他殺両面での捜査が始まった。遺体で発見された不動産屋の張田は、この映画館を閉館に追い込んだ張本人だ。多額の借金を苦に自殺したと考える目暮警部たちだが、コナンは光彦の証言から、何者かがトリックを使って殺害したとにらむ。

風邪で学校を休んだ歩美が、一人で留守番をしていると、何者かがマンションに侵入してきた。逃走中の強盗殺人犯だと思い込んだ歩美は押し入れに隠れ、コナンたちに少年探偵団バッジでメッセージを送る。声の出ない歩美はおもちゃのピアノの音と目覚まし時計の音声を組み合わせてSOSを伝えようとするのだが…。

コナンのライバル、服部平次が結婚式に出席するため上京した。ガールフレンドの和葉と一緒に東京見物がしたいと、小五郎、コナン、蘭を呼び出す。結婚式で花嫁になる楓と、森園家の執事・重松に出会い、コナンたちと平次、和葉は森園家に招待される。豪華な食事を振る舞われた5人は、帰り際、殺人事件に遭遇する。

森園家の執事･重松は密室で殺害された。容疑者は犯行時刻に屋敷にいた森園家の当主･幹雄、息子の菊人、娘の百合江、そして菊人の婚約者･楓、重松を父のように慕う使用人の桜庭の五人に絞られた。コナンと平次は、凶器を発見したことを伏せたまま、関係者全員の前でトリックを再現して犯人を告げる…。

園子に付き合って、蘭とコナンは星美山保養所に星を見るためにやってきた。やはり天体観測に来ていた宇宙科学専攻の大学院生3人と知り合うが、大きな賞を受賞したばかりの野中が天体写真を撮影中にテレビ中継塔から転落死。コナンたちは望遠鏡のレンズごしに転落の瞬間を目撃するが…。

北海道に招待されたコナン、蘭、小五郎の三人は“北斗星3号”のA寝台で優雅な列車の旅を楽しむはずだった。食堂車で出会った宝石店オーナーは強盗を撃退した事件で話題の人物だったが、乗客の一人に射殺される。コナンは宝石強盗とこの殺人事件が幼い時に読んだ父・優作の未発表小説と同じ筋書きだということに気づく。

車内で出雲を射殺し、逃亡した犯人と思われる男・浅間の死体もトンネル内で発見された。コナンの父・優作の未発表小説の筋書き通りに進む事件に疑問を抱いたコナンは、列車に潜入していた母・有希子と協力して調査を始める。問題の原稿は銀行強盗事件に巻き込まれた編集者が浅間たち強盗団に奪われたものだった。

コナンたちは事件の証言をするため警視庁に行った。応対してくれた高木刑事は先輩の佐藤刑事に片思いをしているらしい。そんな時、強盗の被害にあった銀行の支店長が二人の刑事を訪ねてくる。支店長が自宅に電話すると妻の悲鳴が聞こえ、支店長宅に駆けつけると、エアロバイクの横に支店長夫人の遺体が横たわっていた。

銀行の支店長の増尾が警視庁に事情聴取に来ている時に、彼の妻が自宅で殺害された事件は、銀行の襲撃犯の犯行という線で捜査が続けられている。コナンは増尾が犯人だと確信し、本棚とエアロバイクに残されたわずかな痕跡から増尾の完璧なアリバイを崩し、十数キロ離れた自宅にいる妻を殺害するためのトリックに挑む。

遊園地の絶叫マシーンに一番乗りしようと、コナンと少年探偵団の子供たちは早朝の市電に乗り込んだ。他に乗客は鉄道研究会の大学生３人だけ。途中下車して線路脇で市電の写真を撮り始めた大学生の一人が乗っていた脚立が倒れ、市電は急停止する。その学生は無事だったが、車内では、もう一人の学生が血まみれで倒れていた。

小五郎は蘭とコナンを遊園地に連れてきた。が、蘭は違う遊園地に行きたかった上に、小五郎の目的が近くの競艇場だったと知って大憤慨。罰として小五郎にバンジージャンプを命じる。クレーンの上で小五郎が躊躇していると、アトラクションの「仮面ヤイバー・ショー」の俳優が先に飛び降りた。見物の子供たちは大喜びだが…。

小五郎はコナンと蘭を連れて、学生時代に家庭教師をしていた教え子の崎原恵に会いに行った。再会できた喜びも束の間、小五郎たちの目の前で車が爆発、恵の妹・寛美が死亡する。車は恵のもので、ガレージから出すのを手伝った寛美が犠牲になった。小五郎は恵のためにも、必ず真犯人を捕まえると決意するが…。

小五郎の教え子だった恵の夫･崎原は、高橋という男と互いの妻を殺す交換殺人を計画し、実行した。が、高橋が仕掛けた爆弾で死亡したのは恵の妹･寛美だった。崎原と高橋は犯行を認め、事件は解決したかに見えた。コナンは恵が高度な運転技術を持つことを知り、事件にはまだ裏があると睨む。

蘭がバスで知り合った老人が突然いなくなった。心配した蘭は老人を捜すが、その足取りは全くつかめない。同じバスで居眠りをしていた園子は最初からそんな老人はいなかった、蘭が寝ぼけたのだと決めつける。が、帰宅した蘭のポーチの中に見覚えのないMOが入っていた。コナンはMOの調査を阿笠博士に依頼するが…。

蘭とコナンを誘って伊豆の海岸にやってきた園子の目的は、言わずと知れた男探し。今回はわざと古びた旅館に泊まって、お嬢様のイメージを払拭しようと涙ぐましい努力を重ねる。そんな園子にキザな大学生・道脇が言い寄ってきた。道脇は園子たちをレストランに誘い、1年前の女性刺殺事件を話して聞かせる。

せっかくのバカンスだというのに、殺人事件に遭遇するわ、旅館で襲われるわで、園子は散々な目にあった。道脇に誘われて呪いのレストランに出かけた園子にまたしても危険が迫る。駐車中の道脇の車が、眠っている園子を乗せたまま動き出したのだ。車が崖下に転落する間際に、蘭が窓ガラスを蹴破り園子を救出するが…。

小五郎は学生時代に住んでいたアパートの大家・光江に相談があると呼び出され、コナンと蘭を連れてきれいなマンションに改築されたかつてのボロアパートを訪れる。光江は同じフロアの別室に住む孫の真がふさぎ込んでいる理由を聞き出してほしいという。光江と共に真の部屋に入った小五郎たちは、浴室で真の遺体を発見する。

コナンたちが学芸会の練習をしているところへ佐藤刑事に追われた殺人事件の容疑者・東田が逃げ込んできた。歩美を人質にして逃走する東田を追い詰めて逮捕した佐藤刑事だったが、手違いから杯戸美術館のトイレに東田と共に手錠でつながれてしまう。身動きの取れない佐藤刑事は、高木刑事とコナンたちに真犯人探しを頼む。

佐藤刑事に逮捕された被疑者の東田の無実の訴えを証明するため、再調査を始めた高木刑事とコナンたちは、被害者の村西真美の部屋と、同じマンションの東田の部屋を調べた。そこで4つの疑問浮かび上がった。手錠でつながれたまま身動きの取れない佐藤刑事と東田がいる杯戸美術館は、阿笠博士が解体ショーで爆破する予定だ。

環状線に乗ったコナンと小五郎、蘭の3人は乗客の女性が遺体で発見されたところに居合わせる。遺体を発見したのは女性の同僚3人で、死亡した橋本清美は先に帰宅したはずだった。清美は車内で死亡し、環状線を一周してしまったらしい。清美の耳に毒物を注入されたような痕があり、小五郎は殺人事件の可能性があるとにらむ。

蘭とコナン、小五郎は懸賞で伊豆の旅行が当たり、新規オープンのホテルにやってきた。ホテルは立派な五重塔のある幻塊寺という古い寺のある丘の麓に建っている。この寺には戒律を破ると五重塔の祟りがあるという言い伝えがあるという。翌朝、五重塔からつり下げられた観光会社のオーナーの遺体が発見される。

観光会社のオーナー・小田の死は、祟りを恐れる幻塊寺の関係者をパニックに陥れた。地元警察は自殺の線で捜査を進めるが、境内の草むらに落ちていた小田のネクタイピンと、服に付いていた草の種から、コナンは小田が草むらで殺害されたと確信する。だが、遺体を塔の先端まで吊り上げたトリックが分からない。

コナンたちは料理が船に載せられ店内の水路を通って部屋に運ばれるという趣向で評判の料亭・流水亭にやってきた。コナンは料理を運ぶ船の動きに興味津々。そんな時、隣の部屋の三人連れの一人が別の客室で刺殺される。死んだのは大学の助教授で、この日は彼の昇進祝いだったという。コナンは船を使ったトリックを疑う。

沖縄旅行を楽しむために少年探偵団の子供たちとコナン、蘭、小五郎は羽田空港からジャンボジェット機に乗り込んだ。コナンの寝顔を見て、蘭は１年前の新一との旅行を思い出す。新一の両親に招待されて二人でロスに向かったその機内で起こった殺人事件は、高校生探偵・工藤新一のデビューを飾った記念すべき事件でもあった。

阿笠博士は伯父が残した別荘にコナンと少年探偵団の子供たちを招待し、隠されている宝を探してほしいと頼む。コナンは50年間誰も足を踏みいれていないはずの別荘に何者かが住み着いていた形跡に気づく。だが、このことは不思議な記号が書かれた食器のかけらと共に博士が仕組んだ宝探しゲームの筋書きにはないものだった。

別荘から不思議な記号のついた品物が10個も発見され、同じ模様のついたハガキが伯母に送られてきたことを阿笠博士が思い出したことから、コナンは暗号を解く手掛かりを見つける。暗号を解き、屋根裏に通じる隠し階段を発見。屋根裏部屋を探索するコナンたちの背後に、おもちゃを壊した犯人の影が忍び寄る。

町内の子供会で人形劇をやることになったコナンたちは、他の子供たちと高原のペンションで合宿することになった。演出をする青年と知り合いの光彦は大はりきりで練習に口を出し、子供たちの反感を買う。休憩後、練習を再開する時間になっても三丁目の子供たちと演出の青年が姿を見せず、人数分の人形も消えてしまった。

事件を依頼された小五郎と、コナン、蘭は絡繰峠の蜘蛛屋敷と呼ばれる鳥取県の旧家・武田家に向かう途中、服部平次と和葉、米人カメラマンのロバートを拾う。武田家当主の信一は、先日納屋で首を吊った出入り業者の根岸を殺した犯人を見つけてほしいと言う。その夜、信一が人形倉の梁から首を吊った無残な姿で発見される。

人形倉の梁に吊された絡繰人形の匠で武田家当主の信一の死は、蜘蛛御前の祟りに見せかけた殺人事件だとコナンと平次は推測する。二人が信一の事件に気を取られている間に、和葉が何者かに襲われる。体を糸でグルグル巻きにされて首を吊られそうになった和葉を間一髪のところで救出したコナンたちだったが…。

蜘蛛御前の祟りに見せかけた武田家当主・信一殺しのトリックを解明し、真犯人を割り出したコナンと平次は、関係者を人形倉の二階に集め、謎解きショーを始める。倉の外から信一の首を絞めた方法を説明したコナンは、犯人の狙いと一連の事件の関係を説明するため、武田家の人々に辛い事実を告げなければならなかった。

水族館の水中ショーに招待されたコナンたちは、ショーの主役・大沢美智子がショーの最中に溺死体で発見されるところを目撃する。美智子の足に湿布が張られていたことから、肉離れを起こしたための事故と思われた。が、コナンは美智子のプロ意識の高さと素潜りの実力を考えると、不自然なことが多過ぎると考える。

体調を崩して病院に行った小五郎は、検査結果を家族と一緒に聞きに来るようにと言われ、動揺する。診察をした医師・新出から酒を控えるようにと忠告され、重病ではないと知り小五郎は一安心。その夜、小五郎とコナン、蘭は新出家の夕食に招待され、新出家の家族と食卓を囲むが、肝心の新出が入浴中で待たされることに。

新出医院の院長の入浴中の感電死は、不幸な事故と思えた。が、不審な点が多いことに気づいた目暮警部は、停電中の全員の行動を再現してもらうことにする。事件の停電時間は一分間。だが、再現した暗闇の中ではお手伝いのひかるがブレーカーを上げるのに34秒しかかからなかった。コナンはこの空白を埋める証拠を発見する。

コナンと蘭、園子の三人は遊園地にあるスケートリンクで冬の夜のイベントである花火大会を待っていた。寒さに我慢できずにトイレに駆け込んだ園子は、若い女性の射殺死体を発見する。遺体の近くには血で書かれた文字のようなものがある。これが被害者のダイイング・メッセージなのだろうか？

トイレの壁に残された血文字から、小五郎は千尋殺しの犯人は佐野泉だと決めつける。だが、被害者は即死状態だったと思われ、自分で文字を書き残すのは不可能だ。千尋の携帯電話に残された「KIX」の文字が事件の謎を解くカギだとにらんだコナンは、千尋の仲間たちの会話から、千尋の残した暗号を解くヒントを得る。

クイズに応募したコナンたちは、見事豪華クルーザーの旅をゲットする。乗客は他に8人。服部平次と小五郎の先輩の元警視　鮫崎もいた。鮫崎は二十年前の現金強奪事件の主犯・叶才三と同じ名の乗客がいると知り色めき立つ。が、その時、非常用縄ばしごの箱の中から乗客の一人・蟹江らしい焼死体が発見される。

横溝刑事に内密の捜査を依頼された小五郎は、コナンと蘭を連れて静岡に向かう。横溝刑事を悩ませている事件は、有名なベテラン俳優が楽屋で死亡し、３人の共演者がそれぞれ犯行を自供したというものだ。静岡に到着早々、県警の課長に真犯人は誰なのか名推理を聞かせてほしいと迫られ、小五郎は窮地に追い込まれる。

黒の組織に発見される夢を見た哀はコナンに心の動揺を見抜かれ、子供を演じ続けろと忠告される。その直後、哀は組織のメンバー・ジンの車を発見。コナンは車に発信器と盗聴器を仕掛け、追跡をする途中で組織の暗殺計画を知る。計画を阻止するため、コナンは暗殺が予定されているホテルに一人で乗り込む決心をする。

黒の組織の暗殺計画を知り、ホテルに駆けつけたコナンと哀の目の前で呑口議員が死亡する。犯人のピスコは議員の周辺にいた７人の中にいる。混乱した人込みの中で、哀はピスコの手でホテルの酒蔵に閉じ込められてしまう。メガネ型携帯電話で連絡を取ったコナンは哀にパイカル（白乾児）という酒を見つけて飲めと指示する。

ホテルの酒蔵に監禁されてしまった哀は、コナンの指示でパイカル酒を飲み、古い暖炉の中に隠れる。その直後に酒蔵に入ってきたジンとウォッカは、仲間のピスコと哀を見つけられずに立ち去る。暖炉の中で哀は元のシェリーの姿に戻り、煙突から脱出を試みる。が、ホテルの屋上に出たシェリーを一発の銃弾が襲う…

阿笠博士と坂の途中にある喫茶店に行ったコナンたち少年探偵団の面々は大はしゃぎ。子供たちはアイスクリームやパフェを注文してゴキゲンだったが、坂の上に停車中の宅配便のトラックが店に飛び込み、客の一人が死亡する。不幸な事故だと誰もが思った。が、コナンは死亡した男の連れの不審な行動に疑問を抱く。

音楽産業グループの会長の妻に不気味な脅迫状が送られてくるという。脅迫状には、極秘に進めている日本人シャンソン歌手・ジェラール天馬の日本デビューの契約をかねて開く内輪のパーティーで事件が起こることが暗示されている。小五郎と蘭、コナンは会長の知り合いの家族と偽ってパーティーに潜入することになるが…。

ジェラール天馬は青銅のアーサー王の剣が背中に突き刺さり息絶えていた。死の直前まで、天馬と口論をしていた義則に容疑が掛かるが、義則は頑に犯行を否認する。グランドピアノの蓋が開いていたことを不審に思ったコナンは、遺体の下の床についた傷跡とピアノの内部にあった紫色のシミから事件のトリックを追う。

下校途中にS字フックのついた指輪が落ちてきた。コナンと少年探偵団の子供たちは二つのS字フックに繋がれた結婚指輪を『ＳＯＳ』のサインだと考え、女の人がどこかに監禁されていると思い込む。指輪に彫られたイニシャルを頼りに、子供たちは道路に面した窓のある九つの部屋の大捜索に取りかかる。

拾ったスーパーのレシートでその家の献立を推理して遊んでいたコナンと少年探偵団の子供たちは、6枚まとめて捨てられていたレシートを拾う。そこには食料品と日用品などのほかに「クロニン」という薬品の名前が印刷されている。毒性の強いクロニンを何に使うのか？コナンたちはレシートを捨てた人物を探そうと決意する。

大物歌手・蘇方紅子が主催するチャリティーショーにゲスト出演することになった小五郎は、他のゲストと共に世界各国のおびただしい数の仮面が飾られた蘇方邸に招かれる。深夜、「呪いの仮面の使者」と名乗る人物の電話で起こされた小五郎、コナン、蘭の3人は、鍵のかかった寝室で惨殺された蘇方紅子の遺体を発見する。

伊豆・天城山中の山荘に遊びに来たコナンと小五郎、蘭の3人は人気テレビ番組「アーバンハンター」のスタッフたちと知り合う。番組の親睦会ということだったが、主演俳優の砂岡とスタッフとの間はギクシャクした雰囲気。その夜、小五郎たちとの酒宴で悪酔いした砂岡が自室に引き上げた後、ライフルで射殺されてしまう。

伊豆の山荘で知り合った人気テレビ番組「アーバンハンター」の主演俳優・砂岡を射殺した犯人は山荘内にいるとコナンは確信する。が、誰もが物理的に犯行は不可能と思われた。谷向かいの岩場から狙撃したように見えるのは犯人の偽装工作に違いない。コナンは弾丸の小さな傷から複雑なトリックを崩す突破口を発見する。

小五郎はドラマ制作会社の社長から母親の身辺警護を依頼された。依頼人の古川悦子の母・勝江は、三日前に襲われてケガをしたという。古川邸を訪れた小五郎とコナン、蘭の3人は、古川家の家族仲の悪さに呆れ、メイドの梓も勝江にひどい仕打ちを受けているらしいことを知る。その直後、勝江の部屋から銃声が響く。

コナンと少年探偵団の子供たちは阿笠博士の車で山にキャンプに出かけた。薪拾いの途中で鍾乳洞を見つけた光彦と元太、歩美は、コナンの制止を振り切って中に入る。だが、洞窟の奥で男の射殺死体を発見し、コナンが犯人の一人に銃で撃たれて重傷を負う。子供たちはコナンを背負って鍾乳洞の中を逃げ回ることに…。

鍾乳洞で仲間を殺した強盗一味と遭遇してしまった少年探偵団の子供たちは、銃弾を受けて負傷したコナンを背負って出口を捜す。石碑の謎を解き、出口に通じる『龍の道』を見つけた子供たちだったが、脱出直前に強盗一味に捕らえられてしまう。万事休すと思った瞬間、警官隊に救出され、コナンは病院に担ぎ込まれるが…。

蘭に全てを打ち明ける決心をしたコナンに銃口を向けた哀は、打ち明ければ蘭も組織に狙われると諭し、コナンに三つの選択肢を示す。コナンの退院と前後して蘭の学園祭が始まった。蘭が主役を演じる芝居を見るため、客席にはコナン、小五郎、和葉が座っていた。その客席で、高校のOBの一人が死亡、芝居は悲鳴で中断される。

蘭の芝居の上演中に起こった殺人事件の容疑者は4人。小五郎は容疑者の１人である蜷川彩子が一方的に婚約を破棄したと知ると、失恋のショックと、あてつけのための自殺と決め込む。が、蘭と舞台で演技をしていた黒衣の騎士が異議を唱え、仮面の下の素顔を見せる。その顔は紛れもなく工藤新一のものだった。

哀の作った解毒剤で元の体を取り戻した新一だったが、薬を飲んだ目的は蘭に安心させることにあった。蘭に大事な話があると言ったきりその機会を失ってしまった新一は、蘭を高層ビルの展望レストランに誘う。新一の姿に安心しきっている蘭に新一が話を切り出そうとした時、またしても殺人事件が発生。

父と母の思い出の展望レストランで遭遇した殺人事件。専用エレベーターの中で社長を射殺したのは、社長令嬢の恋人・大場だとにらむ新一だったが、肝心なところで解毒剤が切れ始める。大場のトリックを突き崩し、自供に持ち込む。コナンの姿に戻る前に、新一には蘭に伝えたい言葉があった。待ち続ける蘭の元へ急ぐ新一。

再び小学生・江戸川コナンとして蘭の家での居候生活が始まった。毛利探偵事務所を若い女性・春菜が訪れ、連絡の取れなくなったポケベル友達にもらったオルゴールを返したいと依頼してきた。ベル友の緒方秋悟の家を訪ねた春菜とコナンたちは秋悟が死亡していることを聞かされ、遺族から妙な質問を浴びせられる。

春菜のベル友・緒方秋悟の家で、蘭が老人の影を見た直後に秋悟の孫・稔が襲われたにも係わらず、緒方家に何者かが侵入した形跡は見つからない。秋悟の遺品の中で時価2億円もする切手が見当たらず、家族で探していたことが判明。コナンは、事件の犯人と切手の行方の両方を追う。

蘭と園子はホテルの入り口近くで車に轢かれそうになる。車を運転していたのは、フラワーデザイン講師の吉野千恵という女性で、最近めまいや頭痛がひどいので運転を誤ったと二人にわびる。蘭は千恵の夫･昭夫の様子が不自然なことが気になり、千恵のめまいや頭痛の原因を調べてみようと決心する。

福引きで当てた無料招待券で小五郎とコナン、蘭は、伊豆高原の霧ヶ峰ホテルに泊まる。バス便もない不便な山中のホテルだが、カーマニアの社長･寺泉のコレクションを集めたスーパーカーの展示場が明日オープンするという。小五郎が探偵と知った寺泉は、届いた脅迫状を見せ、警備を依頼する。

コナンたちの泊まった霧ヶ峰ホテルの社長・寺泉はスーパーカーの展示場のオープン直前に死体で発見された。運転席で排気ガスによる一酸化中毒死ということから、小五郎は不幸な事故と決めつける。が、コナンは発見された時の車の状況が不自然なこと、寺泉に恨みを抱く容疑者が多いことなどから殺人事件の可能性を疑う。

軽井沢のホテルにやって来た小五郎と蘭、コナンは、偶然、蘭の母・英理と出会う。英理の後輩弁護士・碓氷律子と酒の席で盛り上がった小五郎は、夜遅くなっても部屋に戻らない。英理と蘭、コナンは小五郎を捜している最中に密室状態の自室で殺されている碓氷を発見。碓氷のベッドの中では小五郎が眠りこけていた。

小五郎は別居中の妻・英理の後輩弁護士・碓氷律子の殺害容疑で警察に連行されてしまった。英理はコナンと蘭の手を借りて小五郎の無実を証明するため、行動を開始する。英理は律子の部屋のドアに貼ってあったメモとドアチェーンの細工から密室のトリックを見抜き、犯人に罠を仕掛ける。

コナンと蘭、小五郎はハイキングを楽しむつもりで昔懐かしいボンネットバスに揺られていた。が、その車中で地元・影鍬村の観光開発反対派のリーダーで、村の助役・奥村が毒殺される。バスに乗っていた賛成派の青年団長・矢部に容疑がかかり、小五郎は賛成派の村長から事件の解決を依頼される。

コナンたちがハイキングにやって来た影鍬村で、観光開発の反対派と賛成派のリーダーが相次いで殺され、蘭も負傷してしまった。蘭の肩についた痣から、蘭に体当たりをして逃げたのは矢部と判明。しかし、コナンは犯人を矢部と決めつけるには疑問が多すぎると感じ、阿笠博士に頼んで7年前のバス事故を調べ直す。

山奥の古風なホテルを訪れたコナンと蘭、小五郎の3人は実業家の城元と女優の備前千鶴夫妻と知り合う。映画の主役を降ろされて機嫌の悪い千鶴は夫の城元やホテルの従業員らに当たり散らし、わがままで横柄なその態度に、コナンたちもあっけに取られる。翌日、コナンたちは山頂の高原に遊びに出るが…。

女優の備前千鶴は自室で首を吊って死亡していた。死亡推定時刻は小五郎と千鶴以外の全員が外出していた午後２時。ドアに施された細工と千鶴が素足で踏み台にしたはずの電話帳に足の指紋がないことが判明し、殺人事件としての捜査が始まる。コナンは犯人の侵入経路を考え、ホテルの屋上であるものを発見する。

歩美が放火犯人を目撃した。歩美とコナンたち少年探偵団の子供たちは連続放火事件を捜査する警視庁で証言をし、佐藤刑事、高木刑事、白鳥刑事と現場検証に同行することになる。現場に行く途中で、佐藤刑事は交差点で花を供え、合掌した。この日は18年前に強盗殺人犯を追跡中に殉職した佐藤刑事の父の命日だった。

高木刑事は電話で「１８年前の事件の犯人がわかった」と佐藤刑事に伝えている最中に何者かに襲われ、消息が途絶えた。高木の身を案じる一方で、父を殺した犯人が父の友人の中にいるという高木の指摘に佐藤刑事は動揺する。佐藤刑事が聞き込みをしている間に、歩美たちは連続放火犯人を見かけ、勝手に追跡を始める。

コナンたちが酔った小五郎を家に連れ帰る途中、激しく言い争う声と物音を聞いた。翌日、そのアパートで男の刺殺体が発見され、小五郎はショックを受ける。そんな小五郎のところに事件の容疑者が現れ、ケンカはアリバイ工作のための偽装で自分は無実だと訴える。名誉挽回のため真犯人探しに乗り出す小五郎だが…。

小五郎、コナン、蘭の３人は天部山ロープウェイの開通式に招待された。ロープウェイは昔から住民に信仰されてきた巨大な天女像の下にトンネルを掘って開通させたため、地元住民の反対運動が起こり新聞に書き立てられていた。堂本観光社長・堂本栄造は地元の声を無視して開通式を強行したが…。

阿笠博士の車で九十九折峠を登っていたコナンたち少年探偵団の子供たちは、頂上付近から転落する乗用車を目撃。コナンたちが救助に掛けつけるが、運転手は死亡。ただの事故ではないと見抜いたコナンが事故現場を再調査に出かけている間に、手掛かりを隠し持っていた光彦、歩美、元太の３人は暗号の解読を始める。

茶会の招待状をもらった小五郎とコナン、蘭は、「五彩の水御殿」と呼ばれる水面が五色に変化する池の中央に建てられた茶道の家元・青野木亮蔵の屋敷を訪れた。魔物が棲むという伝説もある池の中の茶室に亮蔵は一人でこもり準備をする。客間で待つコナンたちは、池が赤く染まり始めた午後２時、茶室の異変を知る。

魔物伝説が伝わる水面が五色に変化する池に建てられた「五彩の水御殿」と呼ばれる茶室で茶道の家元・青野木亮蔵が伝説と同じように首吊り死体で発見された。現場は密室状態の茶室の中。関係者全員にアリバイがあることから、捜査は自殺の方向に傾く。が、他殺だと確信するコナンは、一人で証拠探しを始める。

コナンは阿笠博士と少年探偵団の子供たちと一緒に紅葉の山に松茸狩りにやってきた。松茸探しに夢中になった元太が、狩猟区域に迷い込み、コナンたちは元太を捜すため二手に別れて狩猟区域に入る。哀と光彦はそこでハンターの射殺死体と一匹の子熊を発見するが、その直後に二人を狙って銃弾が撃ち込まれる。

松茸狩りに来て射殺死体を発見した哀と光彦は殺人犯に追われ、熊が出るという狩猟区域を逃げまどう。二人は自分たちを捜すコナンたちに気づくが、一緒にいる３人のハンターの中に犯人がいた。旅館からの連絡で事件を知ったコナンが二人の残した暗号を解いた時、一行の前に巨大な熊「十兵衛」が立ちはだかる。

「ドルフィンランド」に行く途中のモノレール乗り場でコナンと蘭、小五郎は3人の美女と出会う。彼女たちが待ち合わせているもう一人の美女に興味津々の小五郎は、ドルフィンランドに隣接するホテルまでついていく。が、もう一人の美女・直美は密室で殺されていた。一見、強盗殺人のような現場の様子にコナンは疑問を抱く。

小五郎と蘭、コナンは海辺の道を走行中に車が故障、近くの家に助けを求める。そこは有名な弁護士・橘の別荘で、3人は勧められるまま一泊する。翌日、コナンと蘭は海釣りに出た橘のボートが沖合で転覆するのを目撃。水死体で発見された橘の遺体から睡眠薬が検出され、自殺、他殺両面からの捜査が始まる。

弁護士の橘殺害の容疑者・熊田は、同じ町のアパートの自室で首を吊っていた。小五郎は熊田が橘を殺して自殺したと考えるが、コナンは熊田が橘に弁護を依頼して無罪を勝ち取った2年前の事件にカギがあるとにらみ独自に調査を始める。被害者の実家を訪れたコナンは、そこである物を発見する。

コナンたちは園子に付き合って杯戸百貨店にやってきた。コナンと一緒に蘭と園子を待っていた小五郎は目暮警部たちに連続婦女殴打事件の犯人に間違われる。事件の被害者は若い女性ばかりの３人。襲われた当時、派手な格好をしていたという以外に共通点がないため、佐藤刑事が変装してオトリ捜査をしていたのだ。

連続婦女殴打事件は、蘭が杯戸百貨店の地下駐車場で４人目の犠牲者の遺体を発見したことで殺人事件になった。コナンは遺体から靴が脱げ落ちたのを見て、犯人は車を運転する厚底ブーツの女性を狙ったことを見抜く。コナンが犯人の目星をつけたころ、厚底ブーツでトイレを探していた園子に犯人の金属バットが振り下ろされる。

『黄昏の館』の晩餐会に招待された小五郎、蘭、コナンは、小五郎の他に５人の名探偵が招待されていたことを知る。探偵が次々と殺されていく中で、コナンは館の謎と怪盗キッドを暗示させる招待主を突き止めようとする。新一と怪盗キッドの攻防の過去と、キッドの哀しい素顔の一部を明らかにするスペシャル編。

毛利探偵事務所を中年の和服の美女が訪れ、中学の同級生捜しを依頼した。依頼人・静華に一目惚れの小五郎は大張り切りで調査を開始。尋ね人の柴田四朗の剣道大会の写真からすぐさま行方を突き止め、静岡の柴田のマンションを訪ねるが、そこには依頼人・静華の写真を握り締めて絶命した柴田の遺体があった。

静華の依頼で捜し当てた柴田四朗は、自宅マンションで撲殺されていた。静岡県警の横溝刑事は静華に容疑をかける。が、静華は堂々とした態度で事情聴取を拒否。コナンは四朗の手に写真とは別の物が握られていた痕跡を発見し、真犯人を追い詰めていく。

奇妙な手紙を受けとった服部平次とコナンたちは人魚伝説の伝えられる若狭湾の美国島に渡った。が、手紙の差出人・沙織は行方不明になっていた。この日は年に一度の奇祭『儒艮（ジュゴン）祭り』の日で、不老不死のお守りとされる儒艮の矢を授かろうと人々が集まっていた。島の人々は沙織が人魚の祟りを恐れていたと話す。

人魚伝説の伝えられる若狭湾の美国島で年に一度の奇祭『儒艮（ジュコン）祭り』の夜、コナンたちに助けを求めた沙織の幼なじみ・寿美が人魚のような姿で滝の中から首吊り状態で発見され、その通夜の席でまた、新たな事件が起きる。依頼人・沙織の行方も分からぬまま、平次とコナンは連続殺人事件の謎に挑む。

人魚伝説の伝えられる若狭湾の美国島で起きた三つの連続殺人事件。被害者の３人は平次とコナンに助けを求め、行方不明になっている沙織の幼なじみだ。県警は沙織の父・弁蔵を事件の犯人と決めつける。だが、コナンは神社に集まった島民たちに、“眠りの小五郎”のポーズを取らせた小五郎の声で意外な真相を語り始める。

コナンたちの同級生・倫太郎が「家に怪しいおじさんがいる」と、少年探偵団に相談にきた。食堂をやっている倫太郎の家にやってきて、亡き祖父への恩返しだと店に住み込み無給で働いているという。男が店の改装費を出してくれたお蔭で店は大繁盛だが、「絶対おかしい」と倫太郎は言い、男の企みを暴いてほしいと依頼する。

ゲームセンターでプリクラを撮っていたコナンと蘭、園子は、帝丹高校の英語教師ジョディと会う。ジョディの勧めでファイティングゲームに挑んだ蘭は、凄腕のゲーマー・尾藤賢吾に打ち負かされしまう。尾藤は挑戦者の志水と壮絶なゲームファイトを始めるが、一方的に優勢だった尾藤はゲーム終了後に座ったまま死亡していた。

ゲームセンターで死亡した尾藤賢吾の死因は毒殺とコナンはにらんだ。容疑者は対戦相手の志水、店員の出島、客のタクシー運転手・江守、そして英語教師・ジョディ。鑑識の結果、尾藤はフグ毒を針のような物で注入されたことが判るが、凶器は発見されない。コナンは容疑者たちが移動する度に妙な音がすることに気づく。

蘭が園子と一緒に陶芸教室に通い始めた。コナンが様子を見に行くと、教室では陶芸家・美濃宗之の婿養子・素夫が帰宅して教室を手伝うと言ったまま姿を現さないと皆が心配していた。美濃の屋敷内を捜したコナンたちは、物置の戸棚の中で変わり果てた素夫の遺体を発見する。

蘭と園子が通う陶芸教室で、陶芸家･美濃宗之の婿養子･素夫が絞殺された。コナンは犯人に目星を付けていた、そのトリックも見抜いていた。残るは決定的な証拠だ。だが、目暮警部は、宗之の弟子･菊代に多額の借金があり、素夫の生命保険の受取人になっていたことから菊代を容疑者として署に連行しようとする。

コナンと阿笠博士、少年探偵団の子供たちはスキー旅行に行くため、路線バスに乗っていた。途中で新出先生と帝丹高校のジョディ先生が乗り込んできた時、なぜか哀はおびえ出し、身を隠そうとする。哀は黒の組織のメンバーの強烈なオーラを感じていたのだ。だが、コナンたちを乗せたバスは二人組に乗っ取られる…。

強盗犯２人組に乗っ取られた路線バス。コナンは乗客の中に紛れている第３の犯人を割り出し、乗客もろともバスを爆破する犯人の計画を阻止する策を考える。警察が２人組の要求に応じて、既に逮捕されている主犯の男を開放し、乗っ取り犯たちが小仏トンネル内で脱出の準備を始めた時、コナンたちの反撃も始まる。

小五郎は医大講師の上田という男から、嫌がらせを受けて困っている同僚・吉村のために調査を依頼された。事件の当事者から話を聞くため、小五郎は上田、コナンと一緒にマンションに向かうが、３人はマンションの脇の路地で吉村の転落死体を発見する。警察は脅迫におびえた吉村が誤って自室から転落した事故と推定するが…。

コナンたちは阿笠博士の友人で愛犬家の加納照也の家に招かれた。引っ越しをするので不用品を譲りたいというのだ。コナンたちの他に加納の愛犬家仲間３人も来ていた。正午に柱時計が鳴り、この音を聞くと青い座布団に座っておやつを食べる習慣のある加納の愛犬・パピヨンのドイルが走り出し、そのまま姿を消してしまう。

コナンたちが招かれた加納家の愛犬・パピヨンのドイルが姿を消してしまった。何者かがドイルをさらい、逃亡したかに見えたが、首輪が見つかった焼却炉の中から、焼け残ったグラスウールを発見したコナンは、ドイルの居場所を突き止め、少年探偵団の子供たちの手助けで情況を再現し、謎解きをしながら犯人を追い詰めていく。

小五郎、コナン、蘭は、ワイン収集家の日下の自宅パーティに招かれた。ソムリエの外村とワインの利き酒勝負を始めた日下は、ワインセラーに改造した地下室に自慢の逸品を取りに行く。が、日下は４０分たっても戻らない。探しに行った小五郎は、電子錠でロックされたワインセラーの中で絞殺されていた日下を発見する。

福引の１等賞が当たり、南紀白浜１泊旅行にやってきたコナン、小五郎、蘭の３人は５人の医大生グループと知り合う。写生旅行だという５人には、女王然とした金持ち令嬢の真紀を中心にした複雑な人間関係があるようだ。翌日、真紀に教えられたルートで観光を楽しんでいたコナンたちは、真紀が刺殺されたという知らせを聞く。

南紀白浜でコナンたちが知り合った医大生・真紀が刺殺されたのは、顔見知りの犯行だとコナンは考えた。だが、真紀の５人の仲間たちには、それぞれアリバイがあった。藤が自分のアリバイを証明するために見せたデジカメの写真に疑問を抱いたコナンは、藤がいたと主張するアドベンチャーワールドで調査を始める。

服部平次に誘われて、コナンと蘭、小五郎は有名な３人のスポーツ選手がオーナーの大阪のレストラン、「Ｋ３」の開店記念パーティに参加した。蘭に、３人のオーナーたちはビルの窓を利用したパフォーマンスの手助けを頼む。夜空に窓の灯で作った「Ｋ」の文字が浮かび上がった時、一発の銃声が響きわたった。

銃声がした部屋にかけつけたコナンと服部平次は、そこで新聞記者のエドが殺害されているのを発見した。コナンと平次はエド殺害のトリックと犯人を解明するため捜査を開始する。３人のオーナーには殺害は不可能と判断するコナンだが、捜査が進むにつれ、一番認めたくない真実がそこにはあった。

東京に帰る新幹線内でコナンたちは、麻薬密売人の小倉千造を護送中の佐藤刑事と高木刑事に偶然遭遇した。佐藤刑事が出払ってしまっている最中、トイレに行きたいと席を立つ小倉に一人付き添う高木刑事。小倉をトイレの外で待っていると、突然うめき声が聞こえ慌ててドアを開ける。そこには自殺を図る小倉の姿があった。

新幹線で護送中に被疑者の麻薬密売人・小倉が死亡したのは、自殺に見せかけた殺人事件だと佐藤刑事は断定した。爆弾騒ぎを起こして、その隙に被疑者を前の車輌のトイレに行かせ、自殺の偽装をさせる。その指示を出せた可能性のある乗客は３人。コナンは３人が手に持っていたという新聞に着目する。

いつも元気な元太の様子がおかしい。給食は残すし、コナンたちを避けるように一人で学校から帰ってしまう。コナンたちが問い詰めると、元太はひったくりの犯人を目撃して命を狙われていると訴える。初めは本気にしなかったコナンたちも、元太の頭上めがけてデパートの看板が落下してきたのを見て真実だと悟り対策を考える。

事件の調査のため依頼された葵屋旅館の主人に会う群馬県警の山村刑事、コナン、蘭、小五郎。その事件には４年前に死亡した赤いジャケットの男と、その男が主人にあずけたアタッシュケースが関係しているという。しかし、すでにアタッシュケースは毛利小五郎を名乗る別の男が持ち去っていた。

首を吊って死亡していた毛利小五郎のニセモノ。そばにあったアタッシュケースの中に入っていた５年前のスポーツ新聞と長い毛髪を見て、コナンは殺人事件だと断定した。捜査するにつれ、スポーツ新聞が何かの隠し場所を示す暗号だと気付いたコナンは、４年前に死亡した赤いジャケットの男の持ち物から犯人を追い詰める。

ストーカー調査のために依頼人の建築家・金沢柳一郎のもとに来たコナン、蘭、小五郎。3ヶ月前から毎週のように写真が送られてくるが、全く心当たりがないという。その日の夜、金沢の庭内で夕食の最中に一発の銃声が鳴り響く。12時間で一周するヒマワリ館と呼ばれる屋敷の部屋の中で金沢は銃で撃たれ死亡していた。

伊豆の海に遊びに来た阿笠博士とコナンたちは漁師の吉澤と下条と知り合う。2人は海のルールを無視し手荒な漁をする荒巻と話し合いをするため、ホテルのレストランで待ち合わせをする。約束の時間になっても荒巻が現れないので、もう一人の漁師根津が電話をかけるが、電話越しに聞こえたのは波の音だけだった…。

漁師の吉澤と下条・根津の3人と話し合いのためホテルのレストランで待ち合わせをしていた荒巻が海で遺体で発見された。園子がトンチンカンな推理をするが、コナンはそれをヒントに殺害方法と犯人を突き止める。荒巻の携帯に残された着信履歴から犯人を追い詰めるが…。

ペンションオーナーの村上紫郎と弟の立柴金次とともに癒しの森にあるペンションにやってきた、コナン、蘭、小五郎。村上と立柴が夕食用の山菜採りから戻ると、２人の父であり村長である村上竜蔵が自宅で殺害されたとの知らせが届く。村長宅からペンションまでは１時間の距離があり、兄弟２人に犯行は不可能に思えたが…。

小五郎のもとに沖野ヨーコから友人で女優の草野薫の婚約パーティの招待状が届いた。同じく招待された、元アースレディースの岳野ユキと星野輝美とともに、薫が風呂から出た時にアースレディースの衣装で出迎えてビックリさせようという計画だが、薫は一向に出てこない。心配になり見に行くと、そこには無残な薫の姿が…。

婚約パーティの最中に襲われた沖野ヨーコの友人で女優の草野薫。その場にいた全員の身体検査をしたが薫を襲った凶器は見つからなかった。最近ストーカーに付きまとわれていると言っていた薫の証言と部屋の中から見つかった盗聴器により、外部の人間による犯行と思われたが…。

オークス牧場にやってきた、コナン、蘭、小五郎は、従業員の竹内早苗に牧場を案内してもらっていた。その時、突然暴れ、逃げ出す牧場主・大楠友之の愛馬マダムリープ。引き止めるマダムリープの蹄に血がついているのに気づいたコナンは、馬小屋で頭から血を流した装蹄師・杉山の遺体を発見する。

学校帰りに公園で遊んでいたコナンたち少年探偵団は、不信な行動をとる燕（つばくろ）財閥会頭秘書の堺に出会う。話を聞くと、燕財閥会頭・燕健三の孫・秋夫が誘拐されたというのだ。健三は孫の安全を考え警察の捜査も断るが、コナンは絵を描くことが大好きな秋夫の絵の中から監禁場所のヒントを見つけ出す。

佐藤刑事に見合いを勧める佐藤刑事の母。仕方なく了承し顔も見ず適当に決めた見合い相手はなんと白鳥警部だった。同じときコンビニ強盗を追う高木刑事。よそよそしい佐藤刑事を見て白鳥警部はある賭けをもちかける。その賭けとは日没までに高木刑事が迎えに来なければ、佐藤刑事は白鳥警部の妻となることだった。

母に進められ、佐藤刑事が顔も見ず適当に決めた見合い相手はなんと白鳥警部だった。日没までに高木刑事が迎えに来なければ、佐藤刑事は白鳥警部の妻となってしまう。だが肝心の高木刑事は目撃者たちのバラバラの証言から、犯人を絞れないでいた。果たして、高木刑事は日没までに佐藤刑事を迎えにいくことができるのか？

島根県・松江に旅行にやってきたコナン、蘭、小五郎は、ホテルのロビーで大阪から連句旅行に来ていた短大国文科助教授・安藤礼子たち５名の連句の会の仲間と知り合う。翌日、八重垣神社に来ていた蘭とコナンのもとに連句仲間の1人・牛窪が亡くなったとの知らせが届く…。

島根県・松江の旅行先で安藤礼子たち連句の会のメンバーと知り合ったコナンたち。しかし、仲間の１人牛窪が翌日何者かによって殺害された。牛窪の供養の為にもと、連句の会のメンバーは句会を開き、コナンたちもそれに参加した。そしてその連句の会の中でコナンは犯人を追い詰めていく…。

午前2時15分に発生した大地震。翌朝、帝丹神社の境内で落ちてきた鈴で頭を強打し倒れていたさい銭泥棒・浦沢が逮捕された。帝丹神社からの帰り道、コナンたち少年探偵団は、空き巣に入られ、その際に頭を強打し気絶したという被害者の竹中と出会う。コナンたちは浦沢の不可解な行動を紐解いていく…。

アニマルショーにやってきた阿笠博士とコナンたち少年探偵団。その時、アニマルショーのスポンサー、ランディ・ホークと間違われてインタビューを受けていた外国人のジェイムズ・ブラックを助ける。ジェイムズは助けてくれたお礼にランチに招待したいと言い車を取りにいくが、駐車場で誘拐されてしまった。

アニマルショーの帰り、ショーのスポンサー、ランディ・ホークと間違われて困っていた外国人のジェイムズ・ブラックを助けた阿笠博士とコナンたち少年探偵団。しかしジェイムズは駐車場で誘拐されてしまう。ジェイムズがストラップに残した手がかりを元にコナンたちは犯人を追い詰めていく…。

小五郎はコナンと蘭をつれてレストラン・花乱亭に食事をしにきた。閉店後、小五郎が店の前を通ると、隣の工事現場からでてきたコックの和田実が花乱亭の主人の妻・礼子の車に乗る所を偶然見かけた。そして翌朝、主人の花岡茂が頭部強打により死亡していた。一見、隣の工事の揺れで花瓶が落ち、頭を強打したかに見えたが…。

雪で旅館までの道が封鎖されて困っていたコナン、蘭、小五郎は、大門工業の社長の息子・大門良郎のはからいで大門家に宿泊させてもらえることとなった。しかし翌朝、大門家の当主・大門源一郎が自室の離れで遺体となって発見される。源一郎の部屋からは沖滑秀友の鎧と刀が忽然と消えていた…。

大門家に宿泊した翌朝、コナンたちは離れで大門家の当主・大門源一郎の遺体を、更にオーディオルームで沖滑秀友の鎧を着た長男・一樹の遺体を発見した。一樹が死亡した部屋についていた不可解な傷から、コナンは一樹が自殺ではなく秀友伝説を利用して殺された殺人事件であると確信する。

平次と和葉の二人が訪れた浪花中央体育館で開催された、近畿剣道大会で殺人事件がおこる。平次の活躍により事件はその日のうちに解決となった。平次の自宅で念願のてっちり料理を堪能したコナンたちだが、翌日大阪城で、またしても巧妙な殺人計画に遭遇することになった。大阪を舞台にした２大殺人事件のスペシャル編。

蘭の母・妃英理に対抗する、検察のマドンナ・九条玲子。その彼女の担当する事件の被告人弁護を引き受けることとなった妃は、今回弁護する宇佐美真治という男のアリバイを証明するため調査を開始。妃は、宇佐美の別れた妻に会うために訪れた居酒屋で、小五郎と再会。アリバイの鍵を握っているのは、なんと毛利小五郎だった。

蘭の母・妃英理が弁護する宇佐美真治のアリバイの鍵を握っているのは、なんと小五郎だった。しかし、公判当日、小五郎は九条により検察側の証人として呼び出されてしまう。宇佐美のアリバイを証明するために訪れた宇佐美のマンション内で見つけた居酒屋“美枡”のマッチを見て、コナンは事件解決の糸口を見つける。

バレンタインデーを目前にして、コナンたちは山奥の吹渡山荘というロッジに行くことになる。ロッジには、二垣というルポライターと恋人の亜子、亜子の友だちの実果、銃を背負った二人連れの中年男性がいた。夕方から吹雪になり、ニホンオオカミの取材の為ロッジを出た二垣を心配する亜子と実果は森の中を捜しに行くが…。

コナンたちは、山奥の吹渡山荘というロッジでまたしても殺人事件に遭遇してしまった。宿泊客の酒見が言う通り、雪崩でトンネルが埋まってしまったため、警察の到着はいつになるか分からない。二垣が所持していた遺品の中で手掛かりになりそうなは、カメラの中のフィルムだけ。そのフィルムの最後に写っていたものは…。

吹渡山荘というロッジでおこった殺人事件。チョコレートが事件の謎を解く重要なカギになるとはコナンにも予想できなかった。事件のトリックと犯人に思い当たるコナン。しかし証拠がない。その時、蘭と園子、実果と亜子が昼間チョコレート作りをしていたキッチンの中で、吹雪と共に動かぬ証拠がロッジの中に入ってくる。

死んだ妻の形見の時計を探してほしいと毛利探偵事務所にやってきた護田。小五郎に追い返され、ため息をつく護田に、コナンは時計探しを買って出る。コナンたちは護田の家中を探し回るが、時計は中々見つからない。そして、亡くなった奥さんでないと操作が難しく、護田は使っていないという洗濯機の中を探し始める…。

護田のマンションで時計探しの真っ最中に、オーディオルームで映画を鑑賞していた出月映子という中年女性が花瓶で頭を殴られて殺害された。そんな時コナンは、事件の他にもうひとつ気になる情報を聞き、蘭の身を案じるが、目の前の事件の謎を解決するため、戸棚の中で証拠を確認し、オーディオルームに急ぐ。

蘭は黒いニット帽の男が気になって仕方がなかった。バスジャック事件の以前にも会ったはずだが、思い出せない。このことを考えると新一が姿を消した時と同じ不吉な胸騒ぎがする。その帰り道、喫茶店に寄ったコナンたちは、封筒を抱えてうずくまっている男を発見する。その封筒には、『○×△』と血で書かれていた。

下校途中コナンたちは、喫茶店前のエスカレーターで殺人事件に遭遇する。刺殺された中条は抱えている封筒に血で書いた『○×△』というダイイングメッセージを残していた。暗号が何を表すのか、コナンたちにも、目暮警部にも分からなかった。その時コナンはジョディの言葉から、血文字の暗号を解くヒントを得る…。

コナンたちは、歩美と大森静というお婆さんと一緒に公園で猫の世話を手伝っていた。翌日、約束の時間になっても現れない静を心配したコナンたちは静のアパートに行ってみる。が、静は応答しない。コナンたちは、何の情報も得られなくて困り果てていた。そこへ静が特に可愛がっていたブルースという名の野良猫が現れた…。

風邪で寝込んだ蘭は、見舞いに来た園子に「誰かに覗かれているようで怖い」と訴える。「今時、お化けなんて…」と笑い飛ばす小五郎に背後から老人が声をかけた。音無芳一というその老人は、コナンに「亡霊を見に来るか？」と誘う。幽霊話に興味を持ったコナンと小五郎は、嫌がる蘭を連れて老人のアパートについていく。

新出医院で出会った老人の「亡霊が出る」という言葉に惹かれてアパートについて行ったコナンたちは、老人の言葉通りの怪現象を体験する。コナンは謎ばかりのアパートに興味津々。窓から覗く不気味な人影と、老人が見たという人魂の仕組みが理解できない。コナンは小五郎にばかり蛾がとまるのを見て、あることに思い当たる。

歩美が何かを必死で探し回る高木刑事を見かけたというので、コナン、元太、光彦も歩美と共に公園に駆けつける。高木刑事はこの公園でケンカの仲裁をした後、警察手帳が紛失していることに気づいたと打ち明ける。ケンカをしていたのは半崎という売れない歌手とそのマネージャーの杉山という男だというが…。

コナンは阿笠博士に小五郎の事件調書の情報が警視庁から盗まれていたことを明かした。黒の組織が関係していると察した阿笠博士は、親友の服部平次を呼び寄せていた。コナンは２人に、杯戸シティホテルの事件の中に犯人のピスコの仲間がいたはずだと話す。コナンと平次は、蘭の高校の英語教師・ジョディを調べ始める…。

コナンと服部平次は、蘭の高校の英語教師・ジョディが黒の組織のメンバーかもしれないと疑い、ジョディの住むマンションを訪れる。だが、連れ立って食事に出ようとした３人の目の前で隣室の住人・高井が墜落死した。高井はどのようにして窓から落下するように仕向けられたのか。密室殺人事件の謎を解くカギとは…。

コナンたち少年探偵団と阿笠博士は、東都競技場で行われた東京スピリッツ対ノワール東京のサッカーの試合を観戦した。負けたノワール東京の戦力が落ちた原因の一つに、主力ＦＷだった比護選手の移籍があげられる。そんな話をしながら乗った帰りの電車内で、コナンたちはノワール東京の熱狂的サポーター・赤野の悲鳴を聞く。

コナンたち少年探偵団と阿笠博士が観戦したサッカーの試合の帰りの電車内で、悪名高いフーリガンの赤野が何者かに刺殺された。容疑者と睨んだノワール東京サポーターの吉良蓮絵と大葉悦敏、東京スピリッツサポーターの船戸三昭の３人はそれぞれアリバイを主張し、証明できたのは車輛に乗っていたということだけだった…。

歩美、元太、光彦の３人は廃ビルの中で探偵ごっこをしている最中、本物の殺人事件現場を目撃する。歩美は探偵バッジでコナンに連絡を取るが、軽トラックの荷台に飛び乗った元太と光彦を追うはずみでバッジを落としてしまう。軽トラックの荷台で段ボール箱に隠れた３人は死体と一緒にどこかへ運ばれていく。

山道で車がガス欠し困っていたコナンと蘭、小五郎は、通りかかった木山家具社長の馬島に助けられ、晩餐会に招待された。馬島の勧めで別棟の洋館のサロンに案内されたコナンたちは、そこで社長秘書の橋本、木山インテリア社長の遠藤、フリーライターの木山智則と知り合う。どうやら３人とも馬島に恨みを抱いているらしい…。

木山家具社長の馬島宅に一泊したコナンたちは、翌朝馬島の絞殺死体を発見する。容疑者４人の証言から、事件のトリックを考え続けるコナン。犯人はどうやって足跡もつけずに遺体を庭の真ん中まで運んだのだろうか？その時、ごみ箱に捨てられていた脅迫状が発見される。それは馬島を洋館の屋上に呼び出すものだった。

福引で当てた食事券を使うため、コナンたちは横浜・中華街へとやってきた。が、目的の店で食事券を使うことができず途方に暮れていると、川端という映画プロデューサーが蘭をスカウトしたいと声をかけてきた。と、突然、川端が喉元を押さえて苦しみだし死亡した。捜査に当たった横溝警部の弟は小五郎が怪しいと決めつける。

川端の死因となった毒物が入っていたと思われる容器がトイレで発見された。小五郎は店に入ってからトイレに行っていないが、それでも横溝警部は小五郎を疑い続ける。コナンは食卓を囲んでいたメンバーと横溝警部に事件を再現しながら、食事中に何が起こったのか、その真相と真犯人について、謎を一つ一つ解き明かしていく。

横浜・中華街で事件が解決した直後、蘭は高熱で倒れてしまう。朦朧とする意識の中で蘭は新一と二人でアメリカに住む新一の両親に会いに行ったときのことを思い出していた。新一の母・有希子に連れられ、ニューヨークに来た15歳の蘭と新一は、ブロードウェイで評判のミュージカル「ゴールデンアップル」の楽屋を訪れた…。

新一の母・有希子に連れられ、ニューヨークに来た15歳の蘭と新一は、ミュージカル「ゴールデンアップル」の楽屋を訪れた。舞台はギリシャ神話の「金の林檎」を題材とし、男優・ヒースが演じる主人公が３人の美女の中から一人を選ぶというものだ。クライマックス、天使に変身したヒースが舞台中央から空中を舞うはずが…。

新一の母・有希子に連れられて観たミュージカルの上演中に、主演男優・ヒースが何者かに射殺された。犯人は舞台上にいた４人の女優の中にいると考えた新一だが、見知らぬ日本人の少年に秘密を打ち明けるはずがない。スタッフの口を開かせたのは、"ナイトバロニス"としてアメリカの人気者になっていた有希子だった。

夏休み恒例のラジオ体操に姿を見せない光彦を心配した阿笠博士とコナンたちは光彦の家を訪れる。光彦の部屋に残されていたラジオ体操の出席カードからコナンは、光彦が以前から計画してどこか遠くへ行ったと考える。真面目で協調性を重んじる光彦が、コナンたちに背を向けて単独行動を取る理由は何なのか？

内緒でどこかへ出かけてしまった光彦を探すため、群馬県のある森の中までやって来たコナンたちは、群馬県警の山村刑事と出会い、連続殺人犯・沼淵が森の中に逃亡したことを知る。コナンたちは光彦を捜す3つの手掛かりを元に捜索を開始。光彦の身を案じ、探偵バッジで呼びかけるが…光彦はすでに沼淵に捕まっていた。

小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で、コナンたちは沖縄にやって来た。二人が推理するのは、１年前、『鬼亀島』と呼ばれる無人島で奇妙な文字を背にして餓死した男の遺体が発見されたという事件だった。小五郎にどうしても負けたくない平次は、コナン、蘭と和葉、スタッフ６人とともにクルーザーに乗り込む。

小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で沖縄にやって来た平次とコナンたちは、スタッフとともにクルーザーで無人島に渡る。が、スタッフの１人・伊江が絞殺死体で発見され、乗ってきたクルーザーも消えていた。廃墟のような金城家の別荘で救助船を待つ間、コナンたちは金城家に起きたという不幸な事件の話を聞く。

小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で、コナンたちは沖縄にやって来た。島の町長・金城の周辺で起きた事件の数々は、今回の事件と関わりがあるのか？コナンと平次は伊江と下地の殺害方法の違い、別荘の椅子に書かれた名前の不自然さ、そして蘭と和葉との会話から、伊江を殺した犯人のトリックに気づく。

コナンと少年探偵団、蘭、園子、小五郎は飛行機で熊本にやって来た。観光している道中、園子が携帯電話を拾いメール画面を示す。そこには「その子…会いたい！明日11時に待っている」とある。園子は自分と同名のその子の恋の手助けをしようと、直接待ち合わせ場所に行き、メールの差出人に携帯電話を渡そうと考える。

汚職疑惑の渦中にある国会議員・成増健三の主催するテニス大会に参加するため熊本にやって来たコナンたち。試合会場を抜け出して携帯電話を届けに行く最中、蘭が何者かに誘拐された。あせるコナン。蘭が伝えてきた"殺人計画"は進行しているに違いない。計画の全容をつかむためにも、蘭の居場所を早く突き止めねば…。

小五郎とコナン、蘭は、工務店社長・河井に招待され、河井の知り合いの金融業者・山崎と共に屋形船に乗りこんだ。米花湾の中程で、コナンたちは対岸の夜景と花火を楽しみながら料理をごちそうになり、河井と山崎は舳先で釣りをしていた。その時、河井たちにビールを届けに行った船長の娘・サオリの悲鳴が聞こえる。

蘭の母で弁護士の英理は、検察のマドンナ・九条玲子検事の担当する事件の被告の当番弁護士を引き受けた。事件は不動産業の事務所で社長の他殺死体が発見され、事務所荒らしの常習犯の井上隆志が逮捕されたというもの。井上は空き巣の現場を社長に見つかり、争いになり社長の頭をガラスの灰皿で殴ったと自供したが…。

蘭の母・英理が当番弁護士を引き受けた事件の公判が始まり、九条は井上に大津を殺害する動機があることを明かし、英理を窮地に追い込む。コナンは小五郎と共に殺害現場に行き、大津殺害の瞬間にトリックが存在したことに気づく。事件現場の社長室を調べるのに立ち合った有馬の証言から、コナンは事件の真相に思い当たる。

観光のため山口県下関市にやってきたコナンたちは、そこで、秋田谷徹、野島栄子、大坪圭介、井坂茜と知り合う。４人は自殺したもう一人の仲間、本堂和行の13回忌と、大坪と茜の婚約を祝うために集まったのだという。その夜、４人に案内された先で、本堂を自殺に追い込んだ張本人だという針尾という男が現れた。

コナンたちは針尾の殺害現場に遭遇し、小五郎は前日に知り合った4人を事情聴取することを提案する。下関警察署に集められた4人は、それぞれアリバイを主張。針尾に変装して犯行時刻を偽装することが犯人の狙いだ。それが事実ならば、誰にでも針尾の殺害は可能。謎を解く突破口を見つけたコナンは、聞き込みを始める。

コナンたち少年探偵団の子供たちは、阿笠博士と一緒に東京スピリッツの優勝パレードを見にやってきた。スター選手のヒデやナオキを生で見ようと大群衆が沿道に押しかけている中、コナンたちは捜査のために変装した佐藤刑事・白鳥警部と遭遇する。本庁に妙なファックスが届き、それが以前に関わった事件と似ているのだ。

コナンたち少年探偵団の子供たちは、阿笠博士と一緒に東京スピリッツの優勝パレードを見にやってきた。だが、このパレードを妨害するというファックスが送られ、コナンたちの目の前で高木刑事の車が爆発。コナンは、爆発の直前に撮影していたテープの中を見て、ビデオに映っていないものに事件のカギがあるとにらむ。

最近、曙町で連続している空き巣事件の犯人を捕まえようと、コナン、歩美、元太、光彦は曙町にやってきた。人通りのない住宅街で手がかりを探していると、傍らのマンションから女性の悲鳴が聞こえてきた。コナンたちが駆けつけると、部屋の主・細野早苗がソファを指さしている。そこでコナンは、老女の他殺死体を発見する。

コナンと少年探偵団の子供たちを連れて強盗事件の実況検分をしながら、佐藤刑事は３年前の連続爆破事件を思い出していた。犯人の罠にかかり、殉職していった松田刑事。その時、またしても爆弾予告の電話が鳴る。1,200 万人の東京都民を人質に警察への恨みを晴らそうとする犯人にコナンも刑事たちも怒りを燃やす。

ミステリー番組の出演を依頼された小五郎は、コナンと蘭を連れてロケ現場の洋館にやってきた。そこで出会った出演者の雨城瑠璃は小五郎と英理の中学の同級生だった。撮影が始まると、主役の風見良輝はなぜか機嫌を悪くして現場から立ち去ってしまう。その後、瑠璃の悲鳴とともに二階の一室に血まみれの風見の遺体があった。

ミステリー番組の出演を依頼された小五郎が訪れた洋館で起こった殺人事件。捜査のために殺害現場を訪れたコナンは、床に貼ってあるガムテープに付着していた綿を見て、凶器と犯人に気づく。早速小五郎に麻酔針を打ち込もうとするコナンだが、なぜか麻酔針が出ない。仕方なくコナンは小五郎に事件のヒントを与えることに。

毛利探偵事務所に３人の依頼人が訪れた。行方不明の有名なシステムエンジニア・板倉を捜してほしいという。コナンが追い続けている黒の組織のメンバー・テキーラと似た風貌の男を見かけたと聞き、この事件に関係しているのではないかと考える。コナンたちは３人の依頼人とともに板倉が潜伏していた部屋を訪れるが…。

コナンの指摘で事件は心臓発作に見せかけた殺人事件と断定された。板倉の持ち物のＭＯディスクに直接関係のありそうな書き込みはなかった。だがコナンには、黒の組織の手がかりがつかめるかもしれない貴重な資料だ。眠りの小五郎の推理ショーを始めたコナンは、パソコンの操作を説明するふりをしてＭＯのコピーを作成する。

板倉の死の真相を解明し、殺人事件を解決したコナンだったが、板倉が黒の組織と関わっていたと思われる以上、そちらの追求をしなければならない。ポケットには、板倉の日記が記されたＭＯのコピーが入っている。一刻も早くＭＯの中身を見たいと意気込むコナンは、阿笠博士の家に行き、パソコンでＭＯを開く。

変声器で板倉の声を再現しウォッカと交渉した結果、賢橋駅のコインロッカー前で板倉のソフトの受け渡しをすることになったコナン。今のところ、ニュースは宝石強盗犯逃亡の情報だけしか扱っていない。東京に戻る途中、阿笠博士の車のタイヤがパンクし、コナンと阿笠博士は通りかかった車に乗せてもらうことになるが…。

黒の組織のメンバー・ウォッカとの取引場所である賢橋駅に近づいたコナンは、車に乗せてくれたカップルが宝石強盗犯だということを暴いた。宝石強盗犯の処理を阿笠博士に任せ、コナンは一人で取引現場へと向かう。ウォッカが指定したコインロッカーに先回りし物陰で見守るコナン。そこへ拳銃を手にしたジンが現れた。

コナンたち少年探偵団は歩美の誘いで、七段飾りの雛人形を並べられれば、その人形がもらえるという観野宅を訪れた。しかし、コナンたちが買い物へ出かけている間に、高額な掛け軸「雷神」が空き巣に盗まれてしまう。警察は犯人はベランダから侵入したと断定するが、コナンはファックスの送信時刻からあることに気づき…。

コナンたちは歩美の誘いで、七段飾りの雛人形を並べられれば、その人形がもらえるという観野宅を訪れた。しかし、コナンたちが出かけている間に、高額な掛け軸「雷神」が空き巣に盗まれてしまう。コナンは歩美の「階段…」という言葉でついに事件の謎を解き明かすが、階段の踊り場で夕陽を見る歩美はなぜか落ち着きがない。

コナン、蘭、小五郎は小天狗山にハイキングにやってきた。頂上に近付いたコナンたちは、作業着姿の男性が突風にあおられて崖から落下するのを目撃する。警察は事故として処理しようとするが、コナンは納得が出来ない。そして、遺体の脇に蜘蛛の糸が付着していたことを知ったコナンは、ついに事件のトリックに気づき…。

小五郎はコナンと蘭を連れ、飲み仲間の日本画家・早河静山の別荘を訪れた。スランプから指が震えるようになり、自殺未遂を図った静山を励ましてほしいと弟子の黒木次郎に頼まれたのだ。しかし翌日、竹林の中で首を吊った静山の遺体が発見される。コナンは周囲の状況や踏み台の位置がずれていることから、自殺に疑問を抱く。

小五郎に連れられて、プロレス観戦に訪れたコナンと蘭。その日のメインイベントは覆面レスラーのウルフェイスと若手エース、永瀬豹太のタイトルマッチ。しかし、その試合直前に控室で永瀬の刺殺死体が発見された。控室に仕掛けられたカメラには犯行の瞬間と犯人が映っていたが、犯人はウルフェイスの覆面を被っていた。

小五郎に連れられてプロレス観戦するため東都国技館を訪れたコナンたちは、またも殺人事件に遭遇する。犯行現場に仕掛けられたビデオを見たコナンは、ウルフェイスのマスクの紐を見ているうちに、あることに気づく。いつものように小五郎を眠らせたコナンは、４人の容疑者を呼び戻し、全員にマスクを被らせある指示を出す。

伊豆からの帰り道、峠道で小五郎の車が止まってしまい、コナンたちは「ＫＵＲＯＮ（クーロン）」という健康器具会社の山荘に助けを求める。山荘では中野、笠原、平松が開発した新製品マッサージシートの社内コンペ中だった。平松の製品が採用されるが、平松は梅谷社長をナイフで刺し、車で逃走中に崖から落下して死亡した。

「ＫＵＲＯＮ」という健康器具会社の山荘で社長の梅宮がナイフで刺された。加害者の平松は車で逃走中に崖から落下して死亡した。警察はハンドルミスによる事故と断定するが、コナンはだれかが仕掛けた殺人事件だと気づく。テストルームに設置されていたビデオを見たコナンは、平松が梅宮を刺すシーンから真実を見いだす。

米花町にある住宅街の公園で男の絞殺死体が発見された。被害者は時代劇小説家・月形龍太郎の弟子、久坂雄一。久坂と弟子の座を争っていたもう１人の弟子・猿橋勝が怪しいと思われたが、猿橋にはアリバイがあった。懸命に考え込むコナンは、本屋で月形の著書を目にする。本の帯には「逆転に次ぐ逆転」という文字が…。

コナンと少年探偵団は入院したクラスメートの片岡純の見舞いに米花総合病院を訪れた。そこで会社社長である純の父親・片岡茂と彼の運転手・北山吾郎、そして新進デザイナーの江崎幸子と出会う。純がゲームセンターに行きたいと言い出し、コナンが身代わりになることに。だが、純と間違われたコナンは誘拐されてしまう。

病院でクラスメートの片岡純と間違われ、誘拐されてしまったコナンは、廃ビルからの脱出に成功する。一方、蜜蜂便のマークをつけた逃走車は警察が追跡する中、高速道路のトンネルの中で忽然と姿を消してしまう…。そんな中、駐車場に止めてあった軽四輪の中で男の絞殺死体が発見される。その被害者は誘拐犯の吉沢正だった。

平次と和葉は何者かに監禁され、数字とアルファベットで構成された暗号を解くことを強要されていた。一方、コナン、蘭、小五郎は時間になっても現れない平次たちを捜して探偵の楠川のアパートを訪れた。間もなく、コナンたちは弁護士・伊藤美沙里の家にたどり着くが、彼女から平次たちのことは全く知らないと聞かされる。

暗号文の解読を強要され、弁護士・伊藤美沙里の家の屋根裏部屋に監禁されている平次と和葉。そのころ、待ち合わせていた平次たちが現れないことを心配していたコナンたちの携帯に平次から電話が入る。これからメールで送る暗号文を解いてくれと言うのだ。平次の送ってきたメールを解読したコナンは、あることに気づく。

都内では現場に赤い馬が残されている連続放火事件が発生していた。探偵の楠川からの依頼でコナン、平次、小五郎は調査で諸角邸を訪れるが、主婦の亮子に気のせいだったと追い返されてしまう。コナンたちが諸角邸を後にした直後、諸角邸から出火し、逃げ遅れた亮子の焼死死体が発見される。さらに赤い馬の人形も見つかり…。

都内で発生している連続放火事件で、主婦の諸角亮子が焼死した火災を調査していたコナンと平次。諸角邸を訪れた風水アドバイザーの曾我操夫、亮子の妹・権藤系子、そして亮子の夫・諸角明らそれぞれに殺害動機があることが明らかになる。そんな中、骨董品店店長の玄田隆徳が犯人は自分だと自供。一件落着かと思われたが…。

都内で発生している連続放火事件を調査していたコナンと平次。そんな中、骨董品店店長の玄田隆徳が犯人は自分だと自供するが、納得できないコナンたちは玄田宅を捜査。そして、ついに事件の確信に迫る物証を発見する。その夜、玄田宅に忍び寄る３人の影。最後の１人が電気スタンドに何かを仕掛けようとしたその瞬間…。

コナン、蘭、小五郎は蘭の先輩である大学生の小島由貴に、友人である沢口圭子の誕生日と留学祝いを兼ねたパーティーに誘われる。パーティーが始まり、ワインを一口飲んだ圭子は突然苦しみだし、絶命してしまう…。警察は圭子の隣に座っていた野中に疑いを持つが、コナンは、真犯人の正体とトリックを見破るのだった。

阿笠博士の車でキャンプに出かけたコナンと少年探偵団の子供たちは、アウトドア同好会に所属する福浦玲治、白藤泰美、天堂晴華、飯合拓人の４人と知り合う。その夜、コナンたちは道の真ん中に倒れた泰美を発見する。しかも、もう息はない。間もなく目暮警部たちが到着し、現場検証をした捜査陣は事故と判断するのだが…。

阿笠博士の車でキャンプに出かけたコナンたちは事件に遭遇。目暮警部は、アウトドア同好会の福浦玲治、飯合拓人、天堂晴華を事情聴取し、キャンピングカーを運転していた玲治を怪しいとにらむ。一方、キャンピングカーのサンルーフに付着した血痕と血のついたビニールシートを発見したコナンは、トリックを解明するが…。

コナン、蘭、小五郎は園子に誘われ軽井沢の別荘に遊びに来た。だが、増水した川に荷物ごと車を流されてしまい、山奥にある明石巌夫の家にたどり着く。そこで昼間に会ったテニスインストラクターの明石寛人と再会。ところが、その夜、寛人の義理の父親である巌夫が首を吊って死んでいるところをコナンと蘭が発見する。

余儀なく泊まることになった明石家で、コナンと蘭は首を吊って死んでいる明石巌夫を発見。群馬県警の山村刑事の捜査と小五郎の推理の結果、巌夫は自殺と推定されるが、コナンは息子の寛人に疑いを抱くようになる。そして、ついに首吊りトリックの謎を見破り、推理ショーを繰り広げようとしたコナンに思わぬ事態が起こる。

妃英理は蘭に頼まれ、小五郎の代わりに藤枝幹雄の命を狙っているという人物を突き止めるため、依頼主の家を訪れた。そこに、偶然コナンの母親・工藤有希子も現れる。帝丹高校の同級生だった2人は久々の再会を喜び合う。ところが、英理たちが監視カメラで見ている中、藤枝幹雄が密室のオーディオルームで殺されてしまう。

小五郎の代わりに訪れた依頼人宅で英理は偶然有希子と再会する。ところが、依頼人の夫・幹雄が密室のオーディオルームで銃殺されてしまう。コナンは、一発目と二発目の間が３分近くあいていたことを不審に思う。さらに、有希子から電話で事件の経緯を聞いた工藤優作は"間違った道しるべ"というヒントをコナンに言づける。

工藤有希子に連れられ、新作映画の試写を見るために東都現像所を訪れたコナンと少年探偵団は、予定していた試写の時間が遅くなったため、営業の古村、現像マンの根上と一緒に焼き付けの穂島のマンションを訪れ、そこで仮眠を取ることに。ところが、一緒に仮眠をとっていた古村がソファの上で刺殺されてしまう。

東都現像所を訪れたコナンと少年探偵団。しかし、一緒に仮眠をとっていた営業の古村が刺殺されてしまう。警察が到着し、穂島、タイミングマンの唐田、根上の事情聴取が始まると、３人には殺害動機があったことが判明。コナンは、遺体のシャツの第３ボタンが取れていたことなどから、ついに犯人を見破るが、証拠がない…。

コナンと蘭は小五郎に連れられ、フランスレストランで食事をした。その帰り道、西須三田駅でケンカを目撃する。もみ合う２人は工事中の柵を押し倒し、さらにバランスを崩した中年男性がホームの外へ落下してしまう。警察や小五郎は、被害者の古田が窃盗の常習犯だったことから起こるべくして起こった事故だと納得するが…。

熱を出して寝込んだ哀を医者に見せるため、東都デパート内の病院に向かったコナンと阿笠博士は、地下駐車場でポルシェオーナー・暮木、布袋、泰山、伴場と知り合う。具合の悪い哀を車に残してレストラン街へ向かったコナンが地下駐車場へ戻ると、暮木の悲鳴が駐車場内に響き渡り、ポルシェの中で伴場が絞殺されていた…。

東都デパートの地下駐車場でポルシェオーナーの伴場が絞殺された。間もなく、警察が到着し現場検証が始まる。監視カメラの映像を確認したところ、ポルシェ仲間である暮木、布袋、泰山の３人のアリバイが成立した。そこで鑑識課員が撮った３人のポルシェの車内写真を見たコナンは、ついに犯人が使ったトリックに気づく。

コナンと哀、阿笠博士は哀の両親のことを聞くために、哀の父・宮野博士の幼なじみである出島のデザイン事務所を訪れた。そこでコナンたちは哀の姉である明美が最近、トイレを借りに現れ、どうやら何かを隠したらしいことを知る。ところが、昼食のとき、ハンバーガーを食べていた出島が突然、苦しみだし絶命してしまう。

哀の両親のことを聞くために出島のデザイン事務所を訪れたコナンたち。だが、昼食のときに出島が毒殺されてしまう。哀は黒の組織の犯行ではないかと疑うが、コナンはこれを否定。犯人はデザイン事務所で働くデザイナーの今井、財津、夏掘の中の１人であると明かした。さらに、明美が隠した物もまだトイレの内にあるという。

コナンと蘭は園子の誘いを受け、大賀財閥の跡継ぎとなる大賀真哉の結婚式に出席するためハウステンボスへ向かった。その途中、高橋純一という青年と知り合う。現地で待っていた真哉と婚約者の香取あかねと共に、大賀一族に挨拶をする。だが、園子の話によると一族のだれもが真哉とあかねの結婚を快く思っていないという。

英語教師のジョディが学校を辞めることになり、お別れパーティーを開こうとした蘭と園子は、ジョディの家へ行く前にコンビニに寄る。すると、そこでバイトをしていた中学時代の友達の絢が店長に泥棒扱いされていた。絢の濡れ衣を晴らそうと蘭たちが絢に怪しい客はいないか訪ねると、怪しい客が３人いることが発覚する。

ジョディのお別れパーティーを開こうと蘭たちが立ち寄ったコンビニで、バイトをしていた友達の絢が店長に泥棒扱いされていた。絢の濡れ衣を晴らそうとした蘭は、ある１つの推理を導き出すが、自分の推理に自信が持てない。そこへ偶然にも新一（コナン）から蘭の携帯電話に連絡が入る。新一の話を聞いて思い立った蘭は…。

ある日、小五郎のもとに殺人予告をほのめかした"季節外れのハロウィンパーティー"への招待状が届く。自分への挑戦状と受け取った小五郎は早速、園子と２人だけで会場に向かった。いっぽう、新一の家にも同じ招待状が届いていた。しかも新一とコナンが同一人物であることに差出人は気づいているようなのだ。

雨の中、学校から帰る途中の歩美は雨ガッパの男と激突してしまう。その男は慌てて何かを拾うと逃げ去ってしまった。なんとその男は女性を刺し、逃げる途中の通り魔だったのだ。歩美は顔を見ることはできなかったが、通り魔の持ち物と思われる数字の"５"に似たマークが手に残っていた。そして元太の尻にも同じマークが…。

まもなく"５"に似たマークは車のエンブレムだと判明。歩美の前で通り魔が落としたのは血のついた車のキーだったのだ。警察の手配により、アリバイがなくマスターキーをなくした３台の車の持ち主が米花警察署に集まった。歩美は車の中からスモークガラス越しに容疑者たちを見るが、通り魔かどうか確認することはできず…。

コナンと少年探偵団は小五郎と蘭に連れられ、鬼沢郷という小さな村に観光に来ていた。ここでは、半年ほど前から子供の幽霊を見たという噂が広まっていた。コナンは元太たちに誘われ、幽霊を確かめるために散歩に出かけた。そのとき、歩美は近くの路地に同じ年くらいの少女が立っているのを見つけ、ついていってしまう。

鬼沢郷という集落へ来ていたコナンたちは、その日の夜、殺傷事件に遭遇。暴力団風の男・川治が重要参考人として警察に連行されていった。だが、コナンは川治が犯人だとはどうしても思えない。そこで永倉の家が10日前に家ごと場所を移動させたと聞いたコナンは、以前に永倉の家が建っていた廃屋から、ある物を見つけ…。

遅い朝食を取りに喫茶店、ポアロにやってきたコナンと小五郎。そこで、ウエイトレスの梓に客が忘れていった携帯電話の持ち主を捜してほしいと頼まれる。そこへ警視庁交通課の婦警、由美が現れ、携帯の持ち主はすでに交通事故で死んでいたことが発覚する。しかも、男の身元は不明で手掛かりは暗号を残した携帯電話だけ…。

喫茶店ポアロで携帯電話の持ち主捜しを頼まれた小五郎。コナンは携帯に入っていたメモリーの数字の暗号を解き、さらに、携帯を忘れた男は、わざと携帯を忘れ、電話をかけてきた男に携帯を渡そうとしていたのかもしれないと推理。だが、携帯を忘れた男は場所を間違えてしまったのだ。喫茶店ポアロと間違えた店というのは…。

園子の誘いでバス釣り大会に参加することになったコナンと少年探偵団は、優勝候補の鮎川沙織・鱒渕拓也と知り合いになる。その日の夜、フリーライターの船木敏彦と鱒渕が大きな声で何か言い争いをしていた現場に偶然遭遇したコナンは、慌ててその場を離れる。しかし、次の日その湖で殺人事件に遭遇。船木が殺されたのだ。

警察は昨夜、船木と言い争っていたという鱒渕を事情聴取する。いっぽう、船木の遺体があった場所を調べにきたコナンは、光彦が湖上で拾ったあるものを見て、犯人と殺害方法にたどりつく。バス釣り大会で優勝した鱒渕、準優勝した沙織。拍手に迎えられ２人が壇上に上がると、コナンは園子を眠らせ推理ショーを始める。

自分を捨てた母親を捜してほしいという人気子役、絹川和輝の依頼で、熱海の旅館を訪れたコナン、蘭、小五郎。まもなく、フリーライターの鴨下保比呂の絞殺死体が客室の浴槽で発見される。鴨下はなぜか和輝が母親を捜していることを知っていた。しかも鴨下の携帯電話には、犯人とみられる顔のない女性の写真が映っていた。

犯人と思われる女性の写真には、右の胸にホクロが映っていた。アリバイのない従業員は仲居の三枝朝香、別所登志子、草野美津の３人。だが、３人とも胸にホクロはなかった。コナンは、部屋にあった和輝が出演している映画のビデオをセットし、タイムカウンターから殺人のトリックを解明するが、まだホクロの謎がつかめない。

鈴木財閥の相談役、鈴木次郎吉が怪盗キッドに挑戦状を叩きつけた。「怪盗キッドに告ぐ。貴殿が所望するビッグジュエル『大海の奇跡』を潮留に在する我が大博物館の屋上に設置した。手中に収めたくば、取りにこられたし」という見出しを新聞の一面を使って載せたのだ。なんとメールで怪盗キッドから返事が届く。

蘭とコナンが商店街で買い物をしていると、そこで偶然、会社帰りの西村佐知子と出会う。彼女は以前、蘭が生徒手帳を落としたとき拾って届けてくれた女性だ。ところがその翌日、蘭が佐知子のマンションの前で事件現場に遭遇。被害者の遺体が警察車両に乗せられる寸前、一瞬めくれあがったシートの下には佐知子の顔があった。

トロピカルマリンランドでデートをする佐藤刑事と高木刑事。高木刑事はバッグに指輪を忍ばせ、佐藤刑事に告白するつもりでいた。そんな中、２人は偶然にもコナンたち少年探偵団と会う。デートが台無しになり、うなだれていた高木刑事は思い切って彼女に指輪入りのバッグを渡した。しかし、バッグの中に入っていたのは…。

マリンランドでのデートが麻薬取引捜査に一変してしまった。すでに時計も５時半を回っている中、ついにコナンたちは運び屋を発見。佐藤刑事は高木刑事にコナンたちを任せ、麻薬密売人・矢倉麻吉を捕まえようと近付く。すると、矢倉は素早く拳銃を抜き、佐藤刑事に銃口を向けた。そして、一発の銃声が響きわたり…。

見せたいものがあるという元太に誘われコナン、歩美、光彦はペットショップを訪れた。しかし、店のシャッターは閉まっている。そこへ二宮という若い男性が現れ、シャッターを上げて中へ入っていった。後に続いて入っていくコナンたちの前に、カブトムシが一匹はい出してくる。その部屋でコナンたちは男の遺体を発見する。

蘭に頼まれ帝丹高校の幽霊騒動をコナンたちが調査していると、中庭に突如として２年前に死んだ保坂英彰の机が現れる。しかも、机の上には恨みのメモが置いてあり、ぬかるんだ地面には机を運んだ人間の足跡がない。すると突然、聞き耳を立てていた美術部員の物部雅生が保坂の呪いだ！と叫び、恐怖に打ち震えていた…。

蘭に頼まれ帝丹高校の幽霊騒動をコナンたちが調査していると、中庭に突如として２年前に死んだ保坂英彰の机が現れる。出口から校門までの校庭には誰の足跡もないことから、幽霊騒ぎの犯人は、まだ学校にいることが予想された。ついに犯人を特定したコナンは、麻酔銃で園子を眠らせると、犯人の使ったトリックを暴き出す。

市営団地の構内で老女の遺体が発見された。「市役所に連絡済み」の紙が貼られた大型冷蔵庫の下に片手を突っ込んだ姿勢のまま死んでいたのだ。傍らには砕けた鉢植えがひとつ。上空ではカラスたちが不気味に飛び交っていた。 警察は、家の窓に置いてあった鉢植えが、カラスのいたずらにより落ちてきたというのだが…。

小五郎が依頼を受け、尾行していた人見松一郎が南里薫という女性を襲おうとして、逃げる途中、米花のホテルから墜落死した。その同時刻、松一郎の双子の弟、竹彦も自宅のマンションで遺体となって発見された。竹彦は物取り目的の犯人によって殺されたと警察は判断するが、コナンはあまりの偶然に作為的なものを感じ…。

小五郎が依頼を受け、尾行していた人見松一郎が、米花のホテルから墜落死した。その同時刻、松一郎の双子の弟、竹彦も自宅で何者かに殺害された。あまりの偶然に作為的なものを感じるコナン。いっぽう、事件にもう一人、タニザキという男がからんでいると知ったコナンは、今までの経過を振り返るうち、ついに真相に気づく。

防波堤釣りにきたコナンたち少年探偵団は、釣り船で白根桐子、金谷峯人、江尻太志と知り合う。防波堤に到着すると、船を操縦する井田巌は３時間後に迎えにくると言って戻っていった。 昼過ぎになって釣り船が迎えにきたとき、江尻の竿に当たりがあり、海の中に引き込まれていく。慌てて井田が江尻の側に駆け寄ると…。

防波堤釣りにきたコナンたち少年探偵団は、そこで３人の釣り客と知り合う。だが、そのうちの1人、江尻が倒れてしまい病院に運ばれる。まもなく、病院の阿笠博士から連絡が入る。江尻の左手首に引っかかれた傷跡のようなものがあり、さらに服の袖口にノリのようなものがついていたと聞いたコナンは犯人の手口に気づき…。

コナンと蘭は園子に連れられ"お菓子の家フェアー"へやってきた。目当ては前田剛、藤野泰男、森本友美ら"お菓子の鉄人３人組"がいる洋菓子店『エクリール』。コナンは偶然、森本と店長の橋垣幸子が言い争っているのを聞いてしまう。午後の部に入ったとき、厨房で頭部を強打された橋垣の遺体が発見される。

商店街の福引会場で三等のデジカメを当てている男性がいた。米花中央病院の医師、大和田誠だ。しかしその後、大和田の当選はインチキだったということが分かった。まもなく、大和田の家の庭から小判が出てきたり、１億円を拾ったという噂話が街中に広まり始める。コナンたちはついに噂を広めている女性を発見するのだが…。

人気ゲームソフト『ギャドリン２』の発売が迫っていた。 発売元であるシャイニング社の社長の道場が最終チェックのため、『ギャドリン２』のディスクをゲーム機の中に入れると、そこには一昨日の社長室の様子が映し出されていた。何とギャドリンのシナリオは小林という男が学生時代に書いたもので盗作だったというのだ。

プロ野球チーム・ジャガーズの守護神、能勢利三とスポーツタレントの本山正治と対談することになった小五郎はコナンと蘭を連れて沖縄を訪れた。しばらくして本山の乗る飛行機が到着し、車で移動するコナンたち。すると、行く手の路上に倒れている人影を見つける。コナンが人影に駆け寄り抱き抱えると、何と能勢選手だった。

テレビの企画で訪れた沖縄でプロ野球選手の能勢利三が刺殺された。コナンは一緒に車に乗っていたスポーツタレントの本山を疑うが、彼には完璧なアリバイがあった。ところが、なぜか蘭のバッグからテニスボール缶を盗み出そうとする本山。いっぽう、コナンは蘭の持っていた時刻表からついに本山のアリバイトリックを解く。

コナンたち少年探偵団は、廃屋の庭に怪しい３人の人影を発見する。彼らは生物雑誌に載せる"毒蜘蛛"特集のための撮影をしていたのだ。しばらくして次に取材する大学教授の新野豊に会うため、クモマニアの浦崎が電話をかけると、電話口から新野の悲鳴が聞こえてきた。クロゴケグモに刺されてしまったというのだ。

天体観測をするため山奥のペンションにやってきたコナンたち少年探偵団は、そこで１年前に失踪した河埜麻雄から招待状をもらったという野之宮悦子、御上平八、二川肇と出合う。間もなく、近くの丘へ星を見にいったコナンたちは白骨化した遺体を発見。コナンは遺体の周りに石灰がまいてあったことから殺人事件だと断定する。

天体観測をするため山奥のペンションにやってきたコナンたちは、そこで１年前に失踪した河埜麻雄の白骨化した遺体を発見する。近くにはダイイング・メッセージとなる６本のタバコが残されていた。その後、河埜から招待状が届きペンションに来ていた二川の遺体が発見される。しかも、手に７本のタバコを握っていた…。

阿笠博士に連れられてキャンプにやってきたコナン、蘭と少年探偵団。しかし、サングラスで顔を隠した男が蘭の眠るテントの中に侵入し、蘭を連れ去ってしまう。その頃、近くの山道で崖から転落した事故車が発見され、蘭を誘拐した犯人であることが判明。だが、車の中に蘭の姿はない。しかも男の持っていた携帯電話には…。

倉敷・吉備路をめぐる歴史の勉強を兼ねた週末旅行に来ていたコナンたち少年探偵団は、倉敷川沿いに観光していると、桃の形をしたケースを見つける。中には暗号が書かれた紙が入っていた。鬼ケ島のお宝が見つかるかもしれない…と盛り上がる元太、光彦、歩美たち。あきれるコナンを尻目に元太たちは宝探しを開始した。

コナンたち少年探偵団は、暗号に書かれた場所を探すうち、女性の他殺死体を発見する。地面に残されたダイイング・メッセージからコナンは、犯人は被害者と一緒にいた４人の中の一人だと推理する。だが、それを特定するためには残りの２つの暗号を解き、埋められたタイムカプセルを掘り返さなくてはならない…。

雪が降り積もる琴屋旅館へ静養にきたコナン、蘭、小五郎。すると恋愛小説家の明智恵理が取材の打ち合わせをしていた。取材対象者はシンガーソングライターの深津はるみ、ファッションモデルの柴崎明日香、新進油絵画家の安西絵麻の３人だ。しかしその夜、コナンたちは胸を一突きされた明日香と絵麻の他殺死体を発見し…。

コナンたちが静養にきた琴屋旅館でモデルの柴崎明日香と油絵画家の安西絵麻が相次いで殺された。しかも現場は村に伝わる振袖般若の伝説とそっくりであった。２つの殺人とも密室で行われたが、警察はその謎を解くことはできない。そんな中、ソリ大会の模様が映っているテレビを何気なく見たコナンは、ある推理に思い至る。

コナンが探偵事務所へ行くと、そこに平次と和葉が待っていた。２人はコナンたちを"甲子園"と"宝塚"、どちらへ誘うかでもめてしまう。そこで小五郎が依頼されていた殺人事件の推理勝負で決着をつけることに。被害者は辻谷玩具製作所の社長・辻谷賢仁。現場にはダイイング・メッセージと思われる積み木が残されていた。

平次と和葉は、小五郎が依頼されていた殺人事件の推理勝負をすることになった。コナンと平次はお互いに、殺された辻谷玩具製作所の社長・辻谷賢仁の部屋で違和感を感じると明かすが、なぜそう思うのか、まだはっきりとしない。いっぽう、和葉が平次のヒントを基にして、ついにダイイング・メッセージの謎を解く。

甲子園に高校野球決勝戦を見に来た平次とコナンたち。試合が始まると足下で携帯電話が鳴った。電話に出ると、楽しいゲームをしないかと男の声がささやく。男は「３回、６回、９回が終了した時点で、この球場のどこかに置いた電話を鳴らす」という。そのとき電話を取らなければ、誰かを道連れにして自分が死ぬというのだ。

ある夜、酔っぱらった小五郎が事務所へ帰る途中、小五郎の頭上へ数本の鉄パイプが落ちてきた。偶然にも直撃をまぬがれた小五郎だったが、事務所へ戻ると携帯電話に「次は失敗しない、今度こそお前を殺す…」というメールが送られてくる。小五郎には全く心当たりがない。その時、蘭が小五郎の携帯と上着が違うことに気づく。

小五郎はコナンと蘭を連れて音楽一家の当主・調一朗の孫娘である設楽蓮希の依頼を聞く為に設楽家の屋敷を訪れた。この日は調一朗の誕生日。だが、この誕生日に２年連続で人が死んでいるというのだ。どうやら弟の弾二朗が30年前に兄の調一朗に贈ったバイオリンが関係しているようだ。そして今年は蓮希が弾くことになった。

音楽一家の当主・調一朗の孫娘である設楽蓮希の依頼で訪れた屋敷の別館で火災が起こり、調一郎の弟（三男）で指揮者の弦三朗が焼死した。コナンは、30年前に殺された弾二朗（次男）、２年続けて亡くなった弦三朗の妻・詠美、調一朗の息子・降人のイニシャルを続けて読むとアルファベットの順になっていることに気づく。

設楽家で起こった一連の死亡事件。一見事故に見えるが、コナンは巧みに仕組まれた殺人事件だと推理。しかも２年前死亡した詠美と、昨年死亡した降人から続く連続殺人事件だと…。コナンはいつものように小五郎に麻酔針を発射し、関係者を集めさせた。そこでコナンはストラディバリウスを小五郎に弾かせようとする。

小五郎に連れられて鹿児島にきたコナンと蘭は、幻の焼酎"高隈"を造っている蔵元・高隈酒造を訪れた。迎えてくれたのは当主の白石覚志と妻の扶美子だ。翌日、扶美子の案内で鹿児島観光をしたコナンたちは専務の辰村慎介の家を訪れる。だが、家の中は血で染まり、同じく真っ赤な血がついたブロンズ象が転がっていた…。

蔵元・高隈酒造を訪れたコナンたち。翌日、専務の辰村慎介の家を訪れると、居間で血痕のついた置物を発見。その２日後、辰村の遺体が他殺死体で見つかる。コナンはなぜ犯人が辰村を殺した後、わざわざ家の中から運び出したのか。また、どうして２日たってから、遺体を発見させたのか。この２つの謎に推理をめぐらす。

目暮警部は松本管理官から、鳥取県警からの要請で全国を中心に荒し回っている窃盗団の合同捜査に誰かを派遣してくれと頼まれる。そこで松本管理官が高木を推薦。高木刑事もこれを聞き、ぼう然となる。佐藤刑事と別れたくないからだ。まもなく高層マンションの23階で男性の刺殺死体が発見されたとの通報を受ける。

高層マンションの23階で会社員の仲本広俊が刺殺された。コナンたちが目撃した不審な男は、被害者の同僚・加藤彰だと判明。しかし、加藤は千葉刑事のマンションに居候しており、犯行時刻に千葉と一緒にテレビを観ていたという。しかし、寝室、台所、そして玄関の掛け時計を見たコナンは、やはり犯人は加藤だと確信する。

コナンは町工場で捜査中の高木刑事と遭遇。どうやら殺人事件のようで、被害者はこの工場の社長、北村勝五郎。被疑者と目される人物はすでに逮捕されていた。しかし、ひとつ問題があった。北村の胸に刺さっていたナイフの角度は斜め下。北村より20cmも背が高い被疑者・南田の犯行ではあり得ないのだ。

金属加工会社の経営者の堂本正三郎が誘拐された。彼は腎臓に疾患があり、6時間ごとに薬を投与しなければ命にかかわるという。しかも犯人は事故死したことを知る。正三郎が最後に薬を投与したのは朝の9時。すぐ容態が急変するわけではないが、8時間以上間をあけると絶望的だという。タイムリミットまであと1時間30分。

コナンは少年探偵団と哀、阿笠博士とキャンプにやってきた。テント脇でコナンと阿笠が黒の組織のボスのメールアドレスを分析していると、薪を拾っていた歩美たちが現れ、森の辺りで文字が刻んである四角い石の箱を見つけたという。早速、皆で石の箱を見つけた場所へ行ってみると、そこには朽ち果てた屋敷が建っていた。

阿笠博士が警察を呼んで戻るまで、からくり屋敷で宝探しをすることになったコナンたち。コナンは灯籠の暗号を解読しようとするが、元太は我慢できずに屋敷内へ入り、罠に引っ掛かってしまう。そんな元太を救う人物がいた。トレジャーハンターの須藤雲造だ。コナンたちは警戒しつつも仕掛けに詳しい須藤と行動を共にする。

文字の刻まれた勾玉、石鏡を手に入れたコナンたちと須藤雲造、推沙利奈、千住りえ。三種の神器の残り１つ、草薙の剣を見つければ宝の場所がわかると推理し、地下から脱出を図る。そんな折、哀は絞殺され沼に沈められた玉井照尚の手帳が乾いて読めるようになった事に気付く。手帳を読むと玉井は相棒に殺された事が判明する。

コナンと小五郎は、散歩中に警官の木下と和菓子屋「夕月」の相川悦子、検死官の辻村が揉み合う場面に遭遇し、３人から事情を聞く事に。話によると、2時間前の午前９時、悦子はマンションの105号室から出てくる怪しい男を目撃。通報を受けた木下らが部屋に入ると女性の遺体を発見したという。女性は自殺と思われたが…。

「家族連れで」という条件付きの仕事依頼を受けた小五郎は、コナンと蘭とともに依頼人の家へ向かう。依頼人の狩谷伴子は携帯電話を探してほしいと依頼。その後、伴子に携帯が見つかったといわれ調査は終了するが…。帰り道、阿笠博士の家に立ち寄ったコナンは、伴子の遺体が発見されたというニュースを目にする。

小五郎の依頼人、狩谷伴子が殺害され、コナン、目暮警部らは狩谷家の人に話を聞き、犯人は伴子の携帯のロックを解除した人物と推理する。１万通りの暗証番号を試せるのは部屋にこもる大策、滋英、嗣貴と考える。それぞれに動機があると判断した目暮たちは、３人に犯行時刻となる午後７時半のアリバイを再度確認する。

最近、蘭はコナンの正体は新一だと疑っている。動かぬ証拠を得るため、蘭はコナンが落とした携帯電話のロックを解除しようと、１万通りある暗証番号を順番に入力するも途中で諦める。その後、外で車のクラクションが鳴り、蘭は車を確認。「46-49」（ヨロシク）という車のナンバーを見て蘭は半年前の事を思い出す…。

下校中、宝石店に入る高木刑事を見かけたコナンらは、そこで強盗犯に遭遇。男は宝石を入れたバッグを持って逃亡。しかし高木らにビル屋上へ追い詰められた男はフェンスを越え、トラックの屋根に落下する。コナンは男が飛び降りたこと、ヘルメットを被っていたのに頭から大量の血が流れたことなど、不可解な点に疑問を抱く。

佐藤刑事らは後村が飛び降り自殺したと考え、署に戻ろうとする。高木は自分が刑事という事や子供も事件に関わっている事を事前に知っていた猫田を宝石強盗犯と疑い始める。猫田は動揺するが、自分が犯人なら飛び降りた後、どこに消えたのかと反論。コナンはロープを使い、犯人が投身後に消えたトリックを暴く…。

少年探偵団に隣のクラスの松中ユリコが協力を依頼する。聞くと、曾祖父で荒ぶる牛と畏れられた相場師、伊勢川剛三が亡くなる前に秘書の時計に遺言を残したという。それは謎を解いた者に宝を与えるというもの。謎解きの猶予は24時間。相続権の高い者から挑戦でき、ユリコに17番目の挑戦者として順番が回ってきたらしい。

少年探偵団と灰原は、ユリコの曾祖父、伊勢川剛三が残した財宝を見つけるため、「天使の館」へ。秘書兼遺言執行人の時計から聞いた剛三の言葉をヒントに一行は謎解きを進める。そしてコナンは北の天使の塔で黒水晶を発見。次の手掛かりは南の天使の塔にあると推理する。一行は南の天使の塔の扉を開ける方法を思案するが…。

午前５時、ジョギング中の広松広は頭から血を流して倒れている男性を発見し、119番通報する。しかし救急車が遅い為、広松は消防署へ迎えに行く。しばらく後、現場で桜田警部補が姿を消した第一発見者を捜していると、救急車に乗って広松が現れる。桜田は被害者が即死の状態にもかかわらず救急車を呼んだ広松を疑うが…。

コナンは蘭、平次、和葉と一緒に「星河童吾超奇術ショー」を観に行く。閉演後、楽屋にマジシャンの範田力、姫宮展子が現れる。星河、範田、姫宮は10年前に姿を消した謎のマジシャン、Mr.正影の弟子で、姫宮は誰が正統な後継者かをはっきりさせようと言い出す。そして、範田に誘われてコナンらも正影の家へ行くことに。

星河、蘭、和葉は２階の廊下で姫宮の遺体を発見。星河は正影の部屋から警察に電話を入れ、コナンはその部屋の窓が開いている事に気付く。そして遺体の横の資料倉庫が何者かに荒らされていた。資料庫には正影のネタ帳、正影ノートがあるという。犯人はネタ帳を盗んだ後、姿を見られたため姫宮を殺害した、と平次は推理する。

コナンと平次は、若い頃の範田、星河、姫宮が一緒に写る写真を見て、何かに気付く。この後、蘭と和葉は停電の前と後で花瓶の影が違っていた事を思い出す。そして目暮は千葉刑事に聞き込み捜査の指示を出す。その直後、コナンと平次は窓ガラスに映った自分たちの顔を見てハッとした表情になり、しばらく窓ガラスを見つめる。

伊東玉之助が座長を務める旅芝居の一座の公演に出演することになったコナンと少年探偵団。稽古中にかぐや姫役を演じる片岡れんげの父親、片岡半四郎が現れ、れんげを連れ帰ってしまう。公演初日を迎え、れんげを迎えに片岡邸へ。そこには目暮警部や小五郎らが待機していた。昨夜かられんげの消息がつかめないという。

コナンは、れんげの誘拐が狂言と気付くが監禁場所に姿はない。れんげは本当に誘拐されてしまったのだ。舞台のクライマックスまでに主役のれんげを見つけ出そうとするコナンらと玉之助。玉之助は、狂言を手伝った人物が本物の誘拐犯になったと推理し、コナンも同意する。そしてコナンは窓から外を眺め、ある事に気付く…。

コナン、少年探偵団、哀は阿笠博士と森へ昆虫採集に出掛ける。阿笠はお宝を用意していると言って「マルムシニテント」という暗号が書かれた紙を取り出す。コナンが暗号を解こうと考え込んでいると、コナンの携帯に蘭から連絡が入り、同じホテルに宿泊する見山という男性が殺害され、自分たちも襲われたと助けを求めてくる。

コナンは歩美の言葉からヒントを得て、阿笠の暗号を解読。その後、ついに元太らは自分たちの力で暗号の答えに辿り着き、早速、お宝のある神社の鳥居へ向かう。阿笠は暗号を考えた時の状況を回想。阿笠の話を聞いていたコナンは、見山の宿泊した部屋に残された暗号の本当の意味に気付き、蘭の携帯に連絡を入れるが…。

小五郎は自らの体験を「名探偵マグレ」の脚本家３人に話す事になり、コナンと共に日売テレビへ。そこで脚本家の八神譲二が毒殺されてしまう。コーヒーを入れた新人脚本家の香田杜夫が八神を憎んでいたことから、警察は香田に疑いの眼を向ける。コナンは香田が八神に毒入りコーヒーを選ばせたトリックを解こうとするが…。

コナン、少年探偵団、灰原はC組の紺野由香の家へインコを見に行く事に。だが、誰もいないはずの自宅から由香の母親の友人、坂口慎也が出てくる。由香は、インコが小さくなっている上、何も言葉を発さないという。坂口が薬品の研究をしていると聞き、歩美、元太、光彦は３人で真相を解明しようと研究所を訪れるが…。

小五郎は国友家の執事、赤塚賢造から悪霊の呪いを解いて欲しいと依頼され、コナン、蘭と屋敷へ。謎のカードが届いた後、何度か奇妙な事があり、全て4日に起きているという。夜、コナンらはこれまで起きた５つの事件について話し合い、4日は全て仏滅だった事に気付く。しかも明日の10月4日は仏滅だった。

13年前、国友淳大の船が沈む海難事故で、屋敷で働く全員が家族を亡くしていた事が明らかになる。犯人に怯える淳大は4日が終わるまで誰にも会わないと部屋に籠ってしまう。その直後に淳大の苦しむ声が聞こえる。部屋の中には左手を伸ばしたまま息絶えている淳大の姿。足元には薬の瓶と薬を踏み潰した後が残っていた。

13年前の9月26日に関口が働く会社の社長が失踪した事が明らかに。それを機に関口は社長の後釜に入ったという。そして、その3日後の29日に淳大の船が沈んだ事実に驚く一同。捜査が一段落すると、蘭はペアルックのパジャマを購入した事をコナンに告げる。蘭の言葉にコナンはハッとした表情になり犯人の目星をつける。

コナンらは歩美が見つけたかわいい新築の家を見に行った。2日後、家が売れた事を聞かされ、再び家に足を運ぶと、おばあさんが家にあがるように促す。夜、コナンが小五郎、蘭と共に事務所の3階で夕食をとる様子を望遠カメラで撮影する人物がいた。それはグルニエ（屋根裏部屋）の家に住むおばあさんとおじいさんだった…。

小五郎、コナン、蘭は出雲大社を参拝中に旅館の娘、江角栄子と知り合う。栄子は自分に縁談話があると告白し、相手は鰐淵耕司という男性で、好きではないが、断れない事情があるという。翌日、小五郎らがパトカーの後を追うと、八雲滝の脇には、背中に短刀の突き刺さった男性の遺体が転がっていた。被害者は、鰐淵だった。

警察は鰐淵を殺害した容疑者として、石飛一也、藤江竹彦、江角栄子、福間良介の４人をリストアップ。犯人は石飛と藤江の２人に絞られた。コナンは栄子に石飛か藤江に会ったか訊ねると、数日前に藤江が旅館に来た事を思い出す。だが、藤江には松江城にいたアリバイがあった。そして、コナンは芳名簿を見てある事に気付き…。

コナンら少年探偵団は、阿笠博士の自宅で子供が書いた葉書を見つける。それは阿笠が40年前に女の子からもらった手紙だった。葉書には10年後の11月24日、思い出の場所で会おうという内容が書かれていた。会えなかった時は10年毎に、その場所で待っているという。そして、偶然にも今日は40年後の約束の日だった。

阿笠博士の初恋の女性を探すため葉書に書かれた暗号に挑む。皆が２人の再会を諦めかけた時、阿笠は40年前のある事を思い出す。コナンは彼女が動物を飼っていたかと訊ねる。阿笠は小さい頃に犬を飼っていたが、噛まれてからは何も飼っていないと説明。それを聞いたコナンは暗号を解読し、思い出の場所を確信する。

コナンらはパトカーが集まっていると聞き、現場へ向かう。犯行時刻に現場を通りかかったタクシー運転手は、犯人らしき男の前で尻餅をついた少年に気を取られ、男の顔を覚えていなかった。その少年は白い野球帽を被っていたという。歩美らは、隣のクラスの三井圭一のことを教えるが、圭一は犯人を見ていないと全面否定する。

小五郎はコナンを連れて貸衣装の店へ行くと、モデルの中村洋子たちが仮装して出てきた。この時、洋子にパーティを主催する編集者、梅田香からメールが届く。しかし、梅田の部屋で事件が起きていた。その後、梅田の宝石を持った白川が確保される。だが、白川は殺害を否認。そして、コナンはキッチンの不可解な点に気付き…。

小五郎らはアナウンサーの水無怜奈を紹介される。怜奈はピンポンダッシュに困っていると小五郎に相談。怜奈の自宅マンションへ向かう。コナンはチャイムが鳴った時の音を拾うため、玄関に盗聴器を仕掛ける。コナンが盗聴器の回収に向かう途中、集音器から黒の組織のボスが使う「七つの子」のメロディーが聞こえてくる。

放課後、蘭と園子は下校中のコナンに出会う。この後、コナンたちは遠野ゆり子の相談に乗る事に。留守中に誰かが家の中に侵入した形跡があったという。ゆり子は高校時代にラブレターを貰った事も告白。卒業アルバムを見せてもらった蘭と園子は、ラブレターを送った相手を見て驚く。その男は体育館の入口で目撃した男だった。

光彦が小さい頃に遊んでいた雨宮祥子という4年の女の子が蒸発したという。祥子は元々休む予定だったと同時に、一昨日から平山という新しい担任になったと小林先生から教えられる。鍵の隠し場所を知っている光彦はコナンらと共に祥子の家に入るが誰もいない。その時、玄関のチャイムが鳴る。やってきたのは平山先生だった。

光彦の知り合いの4年生、雨宮祥子が登校途中に行方不明になった。コナンは祥子の居場所がわかったと明かし、宮本由美に古い倉庫へ案内してもらう。だが、祥子はどこにもいない。コナンらは道路の電柱付近に散らばる車のウィンカーの破片を発見する。そして、電柱から倉庫に続く地面に点々と血の跡がついていた…。

三角篤が、いなくなった恋人の安美を捜して欲しいと小五郎に依頼。コナンらは2人が出会った場所へ向かう。一行は雪に被われた三角の車を発見し、運転席には安美の姿。だが、窓ガラスはガムテープで目張りされ、助手席の下には七輪が置かれていた。三角はドアを開けて安美を助け出すが、すでに彼女は息をしていなかった…。

三角の恋人、安美は密閉された車内で一酸化炭素中毒死していた。山村刑事は安美の死を自殺と考える。車内にあったバッグの中身は、車に付属するシガーライターと本日発売の小説。安美は三角にタバコを吸わせないようにシガーライターをよく隠したというのだ。タバコと聞いて何かを閃いたコナンは三角の車の灰皿を確認する。

小五郎、コナン、蘭はレストランへ行き、千葉刑事、高木刑事と偶然会う。千葉と高木は合コンに参加するらしく、主催者の江本将史と合流する。この後、合コンに参加している江本の姉、彩が家で待つ5歳の従弟、浩太が心配なので帰ると言い出す。彩が心配するには理由があった。コナンらは急いで彩と将史の自宅へ向かうが…。

浩太が誘拐され、犯人は100万円を要求。コナンは合コンを欠席した六田卓児、引屋門成、佐塚良兼の誰かが犯人と推理する。警察は誘拐事件として捜査を開始。その後、浩太が帰ってきた。将史は浩太が無事に帰ってきたため、誘拐事件をイタズラで片付けようとする。高木は帰宅した浩太の靴下が濡れている事に気付く…。

小五郎とコナンはサインを貰うため、小説家、梅津修のマンションを訪ねると、修の息子、隆が金をせびりに来て揉めていた。帰り道、秘書の三上透が一方から急ぎ足でやってくる。隆が心配でマンションに戻るという。そして、小五郎らが管理人のスペアキーで部屋に入ると、仰向けの隆が笏を上下逆に持って死んでいた…。

コナンと蘭はドッグランができたと聞いて米花公園へ。そこでムサシの飼い主、堤英輔、美里夫妻とクールを飼う八木沢浩、まなみ夫妻と仲良くなる。コナンらが帰宅すると中谷頼子が隣の家の犬が怖いと小五郎に相談していた。数日後、堤と美里が帰宅すると、庭からムサシが狂ったように吠える声と頼子の叫び声が聞こえてくる。

小林先生はフリーライターの杉森政人から少年探偵団を取材したいと申し込まれるが、間違って杉森のアパートへコナンらを連れて行ってしまう。元太が勝手にドアを開けると、部屋の中では杉森が殺されていた。犯人を推理する目暮警部らに対し、コナンは怪しいのは4人と伝える。電話機の留守電には4つの用件が残されていた。

コナンらは取材を受けるために訪れた杉森政人の自室で杉森の遺体を発見。目暮警部らは留守電に録音された4件の用件を確認する。そして、高木はメッセージを入れた3人に連絡を入れる。高木らは3人にアリバイがあると考えるが、一応のため、3人を呼んで話を聞く事に。だが、コナンはアリバイがあるのは2人だけと考える。

コナン、蘭と工藤邸の書庫を掃除する園子は、優作と有希子、新一と蘭、そして上戸彩の姿が写った写真に気付く。この後、若い女性が工藤邸にやってくる。サングラスをかけ、帽子を被ったその女性は、なんと上戸彩だった。彩は幸田文江というおばあちゃんを追って米花町へ。その時、新一の事を思い出して訪ねたのだ。

小五郎、コナン、蘭は喫茶店「ポアロ」で、店のウェイトレス、榎本梓から相談を受ける。梓の悩みは、長部満という5歳からのメール。コナンは満が釣りに出掛けたと推理。父親がその場を離れてしまい、満は長時間、車の中で待っているのだ。すると、満から新しいメールが届く。コナンはそのメールを見て何かに気付き…。

笹本安太郎の前に大きなコンクリートブロックが落下。砕けたブロックに書かれた文字を見た笹本は神尾俊之と合流して小五郎の事務所へ。2人は殺されかけたと小五郎に相談し、犯人は大学時代のミステリー研究会の仲間、日影呈一だと説明。半月前に日影から神尾の元に昔の仲間を次々に殺す殺人予告の小説が届いたという。

コナン、少年探偵団は「仮面ヤイバー」のロケを見学。スタントマンの力石健吾とディレクターの深町真二が口論を始める。すると突然、力石が車に乗って急発進。そして、車は落下。潰れた車内には即死状態の力石がそのまま乗っていた。モニターで映像を確認したコナンは何かに気付き、コナンは事故ではなく殺人だと伝える。

小五郎、コナンは鈴木由美と新田秀子に案内され、とあるマンションの一室へ。中では山本信男が絶命していた。2人は山本の部屋から中西三郎が出てくる姿を目撃。目暮警部は遺体の近くにあった遺書を確認。小五郎は自殺に見せかけた中西の犯行だと疑う。この後、コナンらは由美の部屋へ。そこでコナンは微かな疑問を持つ…。

建設現場から鉄骨が落下する事故が起きる。真下にいた男は咄嗟に鉄骨をかわすが、地面に頭を打って気絶。近くにいたコナンら少年探偵団は救急車を手配する。高木刑事が身元を調べると、男のバッグの中からロープや軍手、遺書が見つかる。男は真中大二郎。この後、真中から事情を聞く事に。だが真中は記憶喪失になっていた。

コナン、少年探偵団たちは潮干狩りに来ている。牛込嗣夫は浮かない顔で、右手の人差し指を口にくわえて考え事をしていた。元太らは牛込に声をかける。そんな折、サークル仲間の三瀬隆、八島光枝、久津梢子が牛込の元にやってくる。突然、八島は帰ろうと提案。元太らは4人の後を追いかけると牛込は車の座席で死んでいた…。

牛込の死因は青酸カリによる毒死だった。参悟の弟で神奈川県警の横溝警部は自殺と断定する。だが、コナンは捜査結果に疑問を持つ。3人の中の1人が言った一言が引っ掛かっているのだ。コナンは砂浜の4人がいた場所へ向かい、歩美が熊手を使って緑茶のフタを発見する。それを見たコナンは誰が牛込を殺したのかに気付き…。

コナンと蘭がゴロという妃英理の猫を世話していた。蘭が小五郎にゴロの世話を頼んだ後、桐下という男性が事務所にやってくる。桐下の依頼は娘が間違えて携帯電話に送ってきたメールの解読。だが、小五郎はなかなか暗号を解く事ができない。その後、小五郎はゴロのイタズラからヒントを得て、メールの文を解読していくが…。

コナンは蘭、園子、本堂瑛祐と山道を登り園子の別荘に向かうが、別荘の手前にある吊り橋は崩れ落ちていた。近くの別荘で電話を借りて迎えを呼ぶ事に。コナンらは開かずの窓を見せてもらう。窓には無数の釘が打たれていた。コナンが裏庭の巣箱の中を覗いていると、瑛祐が驚きの声を上げる。窓から誰かが覗いていたという。

バンド「ドルクス」のメンバー、保波倫子が密室で亡くなっていた。山村刑事は自殺に見せかけた密室殺人として捜査し、事情聴取を始める。コナンは裏庭へ行き、ハシゴを登りきって屋敷を見るが、木の枝が邪魔になって2階の窓しか見る事ができない。さらにコナンは巣箱を調べ、倫子を殺害した犯人が誰かに気付き…。

小五郎は素人演芸大会に出場する事になり、コナン、目暮警部と会場へ向かう。途中、防犯グッズ店から上島長郎が出てくる。今度は定食屋「目黒」の前に大会のゲスト、落語家の満楽亭市松の姿。大会の閉幕後、目暮の携帯電話に市松が刺されたという連絡が入る。市松は「メグロノ」というダイイングメッセージを残していた…。

小五郎、コナン、蘭は東都迎賓館で挙げられた結婚式に出席した後、式場の廊下で花婿姿の高木刑事とバッタリ会う。高木の後ろには花嫁姿の婦警、由美もいる。状況が掴めない蘭たち。実は、ある花嫁、花婿から強盗犯に命を狙われていると警察に通報があり、高木と由美は本物の2人の代わりに立てられた替え玉だという。

小五郎らはマジシャンの冬城幻陽から連絡を受け米花ホールへ向かう。冬城は団員の誰かが自分を殺そうとしていると告白。団員は上原美佐と中川千明、石田一馬、庄司真吾、長谷川実の5人。マジックショーが始まりコナンらは客席から見学する。そして冬城は「水中脱出」に挑戦。しかし、頭から水槽に入れられた冬城は…。

水中脱出のマジックに挑戦した冬城幻陽は、水槽で逆さまになったままグッタリしてしまう。小五郎、コナンは目暮警部らと事件当時のビデオ映像を確認する。ビデオには肝心な所が映っていなかった。コナンは1人、会場に戻って事件当時の状況を振り返る。犯人の目星をつけたコナンは再び映像を確認し、証拠も見つけ出す…。

小五郎、コナン、蘭、園子は伊東玉之助一座の芝居を見るため金丸座へ。一座が上演するのは「こんぴら座の怪人」という時代劇。玉之助が怪人、女優の軽部ロミがヒロインの歌姫を演じる。稽古が再開されると、その直後にロミの頭上の大提灯が落下。玉之助は実在の怪人からヒロインを替えろと要求されている事を告白する。

コナンら少年探偵団はSF映画「スターブレイドVI」の試写会へ。開場前、フリーカメラマンの建井文吾という男性が声をかけてくる。そして昨夜、スターブレイド仲間の鴨川から試写会のチケットをよこせとしつこく電話された事を明かす。その直後、鴨川に呼び出された建井はバッグを置いて待ち合わせ場所へ向かうが…。

小説家の萬田年久は原稿執筆のため、猫のノベルと共に部屋にカンヅメにされていた。萬田はホテルを抜け出し、弟子の原本高平の家に急ぐ。原本は原稿が入ったディスクを差し出す。萬田は編集者の島木に原稿を渡し、萬田の家に帰宅すると、ガラスが割れる音が響く。コナンたちの野球の球が原本の家の中に入ってしまったのだ。

コナンらは原本高平が家の中で殺害されているのを発見。哀はもう1つの部屋に不可解な点があると目暮らに伝え、その部屋へと移動。部屋では、ミニカーなどのコレクションが逆さまにひっくり返っていた。ハウスキーパーの市村の話に萬田は動揺し、話題を変える。コナンは誰が犯人かに気付き、物がひっくり返った謎も解く。

小五郎とコナンは目暮警部が乗るパトカーに同乗し、殺人現場へ向かう。マンションの一室には小説家、斉川村子の遺体。第一発見者は迷宮出版の担当編集、遠野舜一とマンション管理人の村田啓三。手がかりを捜す中、コナンは流しの三角コーナーでガリを発見。遠野は昨夜、寿司を出前した事を明かすが、コナンは違和感を持つ。

コナンと蘭は園子に誘われ、森へ紅葉狩りに出掛ける。この森はドラマのロケ地で、ＡＤを名乗るホヅミが現れる。話が一段落すると、ホヅミは園子らに言伝を頼む。コナンらは言われた通り、旅館の伝言ノートに言伝を書き込み、食事をとる。再び森へ入ると、胸にナイフが突き刺さったまま絶命したホヅミを発見する…。

森の中でホヅミの遺体が発見され、山村刑事が捜査を行う。山村は血の跡が残るホヅミの手帳に目をつける。その頃、別の刑事は森の中で無人のテントを発見する。コナンはドラマの制作会社の名簿を見て何かに気付き、森へと戻る。そしてある木を見つけ、根本の土を掘り起こすと、そこから白骨化した頭蓋骨が現れ、コナンは…。

コナンら少年探偵団は同級生の千春からアパートにゴミの出し方に物凄く厳しい岩田巌という人がいると教えられ、彼を見学する事に。元太は岩田が周りに恨まれないかと心配する。そして、3日後に殺人事件が起きてしまう。岩田が以前住んでいたマンションの管理人の話を聞いたコナンは、偶発的な事件ではないと推理し…。

担任の小林澄子は昼休みに人と会うので教室を空けて欲しいとお願いする。コナンらは、小林が何かを企んでいると推測する。教室に戻ると、黒板に一枚の貼り紙。これは小林が生徒に仕掛けた推理ゲームだと判断したコナンが皆に暗号の謎を語ろうとした時、職員室に呼ばれてしまう。残された元太らは暗号を解こうとするが…。

少年探偵団は読書感想文を書くため、本を図書室で選ぶ。歩美が選んだ本は最後のページが破られていた。図書カードを確認し、最後に借りた内藤司に話を聞く事に。コナンと歩美は司の家へ向かう。そこでコナンらは司の母親の遺影を発見する。遺影の横の写真立てには司と母親の写真。コナンはこの写真を見て全ての謎を解く…。

コナンが読んでいた漫画誌の話から、ミュージシャン、板垣ロクの話題に。すると、事務所に柱谷と息子の巧が現れる。巧はロクが橋から落とされるところを目撃し、ロクを落とした男の腕には釘の絵が描かれていたと証言。小五郎は巧の言っている事を疑ってかかる。その時、堤無津川からロクの遺体が発見されたと報じられ…。

堤無津川からミュージシャン、板垣ロクの遺体が発見される。ロクを川に落とした男の腕に描かれた釘の絵は、ロクがインディーズ時代のバンドのマークのタトゥーだったのだ。コナンらはタトゥーショップへ。ショップのマークを見た巧は、自分が見た絵ではないと証言。すると、コナンはマークが別のものに替わったと推理する。

遊びに来た本堂瑛祐はインターネットで面白い事件を見つけたと報告する。その事件はホームズの小説「赤毛連盟」に似ているという。事件を見つけたのは、とあるHPの日記コーナー。日記には高い報酬のバイトについて書かれているという。「赤毛連盟」と似ているのは報酬が高い点。しかし、そのバイトには不審な点も…。

ゴミ置き場付近で銃殺事件が起こり、目暮警部と高木刑事が捜査をしていた。被害者は船本兼世。貴金属が盗まれ、物盗り目的の犯行と判断される。だが、息子の透司は交通事故の事を母親に話したため口封じに殺されたと訴える。透司は水無怜奈の事故の目撃者だった。だが、コナンは事故の事を知られないように話をすり替える。

阿笠博士に連れられ、群馬のスキー場にやってきたコナン達。コナンはスノーボードを楽しみ、歩美達は雪ダルマ作りに夢中になる。そして、滑り終えたコナンに哀、阿笠は黒の組織、水無怜奈が関わる一連の事件について質問。コナンは怜奈の交通事故を目撃した透司との再会は偶然ではなく、本堂瑛祐の仕業だと告げる。

コナンらは崖下にある池で溺死した小倉朔子を発見。遺体の足にはスノーボードのブーツ、池にはスノーボードが浮いていた。群馬県警の山村刑事は事件と事故、両方の可能性を探りながら捜査を進める。そして、ロッジ前にある雪ダルマに気付く。板橋一八は崖の近くで雪ダルマを作っていたが、朔子の悲鳴は聞いていないという。

コナンらが公園に行くと、米花署員たちが池に潜むパックリガメを捕獲しようと悪戦苦闘していた。元太は無責任に捨てた飼い主を捜し出そうと提案。その矢先、見物人の中に不審な人物、木俣泉を見つける。声をかけると、泉はカメが邪魔になり、昨日の朝捨てたと告白。だが、自分が飼い主だと主張する二本松二郎が現れる。

画家、及川武頼の別荘に怪盗キッドから犯行の予告状が届く。狙われているのは及川の新作「青嵐」で、予告された犯行時刻は明日20時。及川の義父、神原晴仁は「青嵐」の事を心配するが、及川は警察に通報し、小五郎にも仕事を依頼して万全の備えをしていた。翌日、及川の別荘にたくさんの報道陣が集まる。

画家、及川武頼の新作「青嵐」が盗まれ、同時に及川の義父、神原晴仁がナイフで刺殺される。捜査にあたる目暮警部は怪盗キッドの犯行の可能性が高いと判断。及川は「青嵐」を描く事は永遠にないと発言。コナンは怪盗キッドが目暮、佐藤刑事、高木刑事、千葉刑事の中の１人に変装していると気付き、報道陣に聞き込みを行う。

コナン達はレンタカーで温泉へ向かう。そこに目暮警部から携帯に連絡が入る。目暮は車に爆弾が仕掛けられている事を明かす。車は時速20キロ以下になると同時に爆破する装置がセットされているという。窓もドアも仕掛けが施され、開ける事ができない。コナンは車を時速20キロ以上で走らせながら停める方法を考えるが…。

コナンは歩美らと図書室で読書をする。元太は椅子の上に重ねた本の上に乗りバランスを崩し落下。散乱した本を元の場所に戻そうとして古い革の財布を発見する。コナンはこの財布に見覚えがあり、紙に記された文章を見る前に言い当てる。コナンは10年前に起きた財布にまつわる不思議な思い出を光彦、歩美らに話し始める…。

コナンは図書館にあった財布にまつわる思い出話を続ける。10年前、謎の男の挑戦を受けた新一は蘭、阿笠に協力してもらいながら第１、第２の暗号を解読し、第３の暗号を手に入れる。新一は郵便局に向かってほしいと車を運転する阿笠に頼む。赤い物に次の暗号が隠されていたため、新一は赤いポストに何かあると推理する。

妃英理が法律事務所で仕事をしていると、花束を持った蘭とコナンの姿。蘭は記念日を祝福しようとするが、英理は何の記念日か忘れている。事務所の電話が鳴り、英理は急いで出掛けてしまう。蘭が誰に呼び出されたか気にしていると、猫のゴロが本棚横の花瓶をひっくり返し、中から英理と男性が写った１枚の写真が出てくる。

夕方、米花公園裏で立松新三郎と小此木清隆が車に跳ねられ、近くにいた小五郎とコナンが救急車を手配する。コナンは立松に見覚えがあった。半月前、立松が日本一運の悪い人として紹介される番組が放送されたのだ。小五郎は立松らが運悪く事故に遭ったと考えるが、目撃者は車が２人を狙って突っ込んだと証言する。

元太が蹴ったサッカーボールは駐車中の車の屋根に落下。車の主、児島に怒られてしまう。この後、ボールで車にキズと泥がついたというルトガーが現れる。元太はふて腐れて駐車場に残ってボールを蹴って練習。元太は頭から血を流して倒れるルトガーを発見する。すると、ルトガーは「はんにん」と言って元太の方を指さし…。

地下駐車場でルトガーが殴打される。元太は自分が蹴ったボールでケガしたと思い込んで呆然とする。ルトガーは元太を指さして「犯人」と呟き、気絶する前に「エル」と言い残したため、元太と何らかの共通点を持ちエルという言葉に関係する人物と推理する。コナンはそれを足掛かりに変声機を使って推理した事を語り始める…。

時間内に５人を捕まえると賞金が貰える30分番組の生放送がスタート。コナンと蘭はこの番組が流れる家電店のＴＶの前を過ぎて商店街にある30分計れる砂時計の前に。小五郎は8時に砂時計の前に集合と告げる。8時まで30分あるため、時間を潰す事に。コナンが階段を登り始めた時、２階から女性の悲鳴が聞こえてくる。

コナンは小五郎が運転するレンタカーで、蘭、服部平次、遠山和葉と共に桜の名所に来ていた。コナンが水無怜奈の事を探る本堂瑛祐について平次に説明していると、傅久（でんきゅう）という若い修行僧が声をかけてくる。 傅久は謎を解いて欲しいと小五郎に依頼。小五郎らは近くにある寺に行って和尚からも話を聞く事に。

マンションの一室で強盗殺人が起き、血相を変えた小五郎とコナンがやってくる。被害者は井上弘子。遺体の前では同居中だった恋人の高岡明がうな垂れている。小五郎は弘子が営むバー「ヒマワリ」の常連。高岡の才能を信じて生活を支えていた弘子の苦労が報われた時に起きた事件。小五郎は犯人への怒りを露わにする。

コナン達は阿笠の車でキャンプ場に向かうが、途中の森の中でタイヤがパンクしてしまう。運良く近くに茅葺き屋根の農家を発見。コナンらは一晩泊めてもらう事に。深夜、光彦は１階のトイレに行った後、物音に気付いて台所へ向かう。そこで驚きの光景を目撃し、２階の部屋に戻ってコナンに台所で見た事を伝えようとする。

金融会社の社長令嬢、茜が何者かに殺害され山村刑事らが捜査を開始する。続いて、山村は部屋の中に泥の足跡が残っている理由をコナンらに訊ねる。コナンは茜を部屋に運んだ時についたと答える。しかし、コナンは何かが引っかかり、状況を回想。そして、コナンは茜を発見した時、１人靴を履いていた人物がいた事を思い出す。

元太は警官が登場するドラマが米花公園で撮影されたと気付き、コナンらを現場へ案内する。帰り道、秋本靖代と偶然会う。靖代はお巡りさんにお菓子を届けに行くところだという。２人は深夜に路上であいさつを交わすだけの間柄。コナンらは靖代と交番を訪ねるが、そんな巡査はいないと主張。つまり、その巡査はニセ者なのだ。

平次は小さい頃の本堂瑛祐を知る人物を見つけたとコナンに報告。その人物とはお好み焼き屋の店長。本堂は父親に連れられ、よくお店に来ていたという。父親と仲が良かった前の店長はすでに他界。だが、店長がかわいがっていた孫なら他の情報も知っているかもしれないという。阿笠とコナン、哀は孫のマンションを訪ねる。

孫の西郡宗兵の部屋に何者かが侵入し、本堂の父親と思われる男性の写真が消えてしまう。犯人の可能性が高いのは、元彼女の早織、モデラー仲間の多湖と古庄。３人は部屋の合鍵を持っているのだ。西郡は怪しい人物はいなかったと証言。コナンは３人の体型を西郡に確認。話を聞いたコナンは３人の中に犯人がいると断言する…。

コナンと哀は木の上から助けた子猫の飼い主を捜す。そこに喫茶「チャチャ」の石上保が現れ、飼い主だと名乗り出る。子猫を捜していたという石上は、お礼をすると言って２人を店内に案内。その時、向かいのビルから血相を変えた今岡文枝が石上を呼びに来る。コナンらが事務室に行くと、男性が頭から血を流して倒れていた。

高木刑事は、白鳥警部に佐藤刑事がはめた指輪の事を質問される。高木は電話中の佐藤に視線を向け、左手薬指にはめられた指輪に初めて気付く。高木は左手薬指の指輪に動揺。佐藤の電話の相手は蘭。蘭は人が死んでいると連絡してきたのだ。佐藤は高木に声をかけて現場へ向かう。だが、高木は指輪の事が気になって仕方がない。

コナンらは阿笠博士と共に日売テレビにやってくる。沖野ヨーコに招待され、仮面ヤイバーの撮影を見学するのだ。だが、撮影の遅れで見学は中止になり、コナンらは代わりにテレビ局の中を見て回る事に。皆で話していると、今度は奇抜な扮装とメイクをしたサタン鬼塚が通り掛かり、元太は仮面ヤイバーの怪人だと騒ぎ出す。

東京拘置所の接見室で、妃英理は竹内浩明と面会する。竹内は酒を飲んだ後、車で被害者を跳ね、逃走したのだ。担当検事の九条は竹内を10日も拘留。妃は釈放を請求するが、九条はそれを断る。小五郎、コナン、蘭は妃を手助けするため警察署にある事故車両を調べる。保釈後、竹内が死んだという信じられない連絡が入る。

工藤新一としてコナンは服部平次と携帯電話で会話をする。互いに今月解決した事件の数を報告しあい、解決数の多いコナンは１番だと勝ち誇る。すると、平次は２番だと発言し、新一よりも頭が切れる探偵がいた事を明かす。平次は３年前の山形県のスキー場での事件を回想する。こうして平次と新一の推理合戦は始まったのだ…。

コナンは子供の頃の本堂瑛祐と父親が写っている写真を入手したと平次に電話で報告する。さらに西郡宗兵の友人から聞いた本堂の父親らの会話の内容も伝え、本堂の父親が黒の組織と何らかの関わりがあると睨む。平次は深入りしようとするコナンを心配する。電話後、お見舞いに行くという蘭と園子と共に西米花病院へ向かう。

コナンと蘭、園子、本堂は庵野に本堂の姉の写真を見せる。すると、庵野は怜奈の若い頃にしか見えないと断言。庵野が所有する古いビデオも確認する事に。そのビデオは怜奈が工場の爆発事故を報じる報道番組。そこには輸血のため、AB型の人を探す看護師にAB型だと申し出る怜奈の姿が映っていた。

小五郎への依頼は丁度１年前に息子の鍛吾が亡くなった事件を調べ直す事。父親の奥平角蔵は家の誰かが犯人と考えていた。事件当日、角蔵と妻の詠子、家政婦の田端菊代、執事の瀬川旗郎は夜７時から12時まで居間でビデオを観賞。鍛吾はその最中に家のプールで溺死。話を聞いた小五郎は家の者の犯行は不可能と考える。

角蔵の首吊り死体が発見され、目暮警部、高木刑事が捜査にあたる。足元には「黄泉からの殺人者」という本が置かれていた。表紙の「黄泉」という文字にはかなりの血が付着し、その下には平仮名の「こ」のような文字が血を垂らして書かれていた。これをダイイングメッセージと判断し、殺害した犯人は家にいる誰かと推理する。

コナンは本堂瑛祐の姉と水無怜奈が別人だった事を灰原に報告するが、本堂と怜奈が兄姉ではないという確信を持てずにいた。帰宅後、コナンは冬休みに入ってから本堂と連絡が取れなくなった事を蘭に教えてもらう。冬休み前、本堂は杯戸中央病院で手掛かりを見つけたと話していたらしく、怜奈の入院先が本堂にバレたと考える。

杯戸中央病院の看護師、塩田まさ江の話から黒の組織の仲間が患者として病院に潜伏している事が判明。さらに、まさ江は本堂瑛祐を別の病院で手術した事を思い出してコナンに教える。本堂は白血病だったらしく、大阪に引っ越す前に手術したという。話を聞いたコナンは本堂の胸の丸い傷跡を思い出す。

楠田はナースステーションに侵入し、怜奈の事を探るために写真撮影を行う。その時、拳銃を持ったジョディと捜査官が姿を現す。ジョディらは、楠田を捕まえようとする。だが、楠田は小型プラスチック爆弾を取り出し、爆破すると脅しながら逃走。楠田は駐車場の車に乗って逃げ去るが、それに気付いた赤井が車で追跡する。

赤井は捜査のために組織に潜り込んだ過去があり灰原の姉の宮野明美と恋人同士だった事が判明。病院の近辺では、ほぼ同時刻にファミレスの集団食中毒、駅の異臭騒ぎ、映画館の火事という３つの事件が起きる。その頃、病院にジェイムズ宛の荷物が届く。中身はコロンバインという花。黒の組織はFBIに宣戦布告してきたのだ。

杯戸中央病院の患者たちに見舞い品を装った爆弾が送られてくる。爆発時刻まではあと４時間。爆薬本体に刺さった信管を取り外せば爆発は解除できる。黒の組織が病院を人で溢れさせたのは、パニックに紛れて複数の宅配業者に大量の荷物を届けさせるためだったのだ。ジェイムズらは捜査官を総動員して爆弾の回収を行う。

FBIは赤井が思いついた作戦を実行。組織に怜奈を奪還させたのも作戦の内。赤井はコナンと相談して組織がFBIを出し抜いたと錯覚させる作戦を考えたのだ。赤井は怜奈とある契約を結んだ事を告白。昨夜、コナンと赤井は病院に隠れていた本堂を怜奈の病室に誘い出していた。本堂が呼びかけると、怜奈は目を覚まして…。

コナンらはニュー米花ホテルのバイキングに向かう。コナンらがホテルに到着後、高木刑事がパトカーでやってくる。殺害されたのは外国人タレントプロダクションの社長、須内廉治。社長はタレントの卵と会う約束をしていたようだが、秘書は相手の顔も名前もわからないという。コナンは犯人がまだホテルの中にいると推理する。

ニュー米花ホテルで外国人タレントプロダクションの社長、須内が殺害される。容疑者はモデルのトビー・ケインズ、英語教師のハル・バックナー、そして階段を降りていたFBIのキャメルの３人に絞られる。この後、コナンから連絡を受けたジョディが到着。ジョディは任務の事が明かせないため、ウソをつき、誤魔化す。

キールはジンに脅され、赤井に２人きりで会おうという連絡を入れる。赤井はキールと会う覚悟を決める。その頃、須内の殺害事件でコナンは犯人がメモを持ち去った理由に気付き、コナンは新一に聞いた呪文と言い訳しながら、犯人を見抜く方法を目暮に説明。容疑者の人数分イスを用意し、ある呪文を言えば犯人がわかるという。

コナン、少年探偵団らと別れた後、ジョディは、不吉な予感を抱く。病院に戻ったジョディは赤井がキールに会いに行った事をジェイムズから教えられる。この後、来葉峠で車が炎上し、遺体が発見されたニュースがテレビで流れる。事実を受け入れられないジョディは、遺体が赤井なのかを確認するため、警視庁へ向かうが…。

蘭はお母さんを迎えに行こうと小五郎に声をかける。蘭と小五郎は午後10時に妃英理と食事する約束をしているのだ。英理は美容室にいるという。小五郎らが美容室付近の坂道を登った時、ガツン、ドサッという音が鳴り響く。外に出たコナンはガードレール越しに崖下を覗き込み、ゴミ置き場に倒れている男性を発見する。

格闘家、永作司朗の遺体がゴミ置き場で発見され、元恋人の美容師、葉坂皆代に疑惑の目が向けられる。だが、妃英理が皆代のアリバイを証言。それでもコナンは皆代が犯人だと疑い、コナンは急ブレーキした時の事を思い出して何かに気付く。するとコナンはガードレールを調べ、永作の遺体を移動させたトリックを見破る…。

書店へ寄り道した少年探偵団は、病み上がりの本堂瑛祐、参考書を見に来た蘭、園子と偶然会う。店を出たコナンらを謎の男が尾行。コナンは本堂を監視するFBI捜査官が男の正体と推理する。この後、本堂の復帰祝いをカラオケBOXで行う事に。カラオケBOXの３号室に入ると、謎の男も後を追うように同じ店へ入店する。

カラオケBOXの５号室で絶命した茂庭が発見される。被害者が入店後、誰も退店していないため、目暮警部、高木刑事は客の部屋を回り、事情聴取しながら凶器を探す。１号室の玉井は釣り竿を流してしまい、クーラーBOXの魚はスーパーで購入。早く帰ると家族に怪しまれるため、カラオケで時間を潰していたという。

コナンが少年探偵団、灰原と学校の下駄箱の所にいると、ジョディから携帯に連絡が入る。ジョディは水無怜奈から連絡があったとコナンに報告。組織のバーボンという切れ者がシェリー（灰原）の事を探っているという。この後、光彦は元太の下駄箱に仕事依頼の手紙を入れる少年に気付く。

杉浦開人の父親が大家をしている木馬荘が全焼し、放火の容疑者は住人の細井竜平、沖矢昴、真壁吟也に絞られる。そんな中、コナンは開人の日記を解読。アパートの植物にホースで水をまいていた人物は消防車を連想して赤い人、よくケガをしてバンソウコウを携帯している人物は救急車を連想して白い人とあだ名をつけていた。

新一と沖矢の推理対決が始まり、２人とも紙飛行機はSOSを意味すると解読する。紙飛行機にはモールス信号の符号でSOSと書かれていたのだ。コナンは新一として、他の紙飛行機の画像が欲しいというメールを蘭に返信。蘭は自分の事は話すなと頼まれ、沖矢にメールの相手は金一というクラスメイトだとウソをつく。

小五郎は雑誌の企画で人気占い師、紫條麗華と対談。場所は麗華の屋敷で行われ、編集者の田村雅生、星空出版社長の葛城健輔も対談に立ち会う。コナンと蘭もその様子を見学する。途中、家政婦兼内弟子の白石優華はテレビ局から電話がかかってきた事を伝えるが、麗華は仕事中だと電話に出ない。

番組制作会社社長、染井彰吾と社員の久住舞子は小五郎に番組出演を依頼。後日、東都TVのプロデューサー、中目頼策の自宅で打ち合わせをする事に。染井は呼び鈴を鳴らすが返事はなし。テーブルには倒れたコーヒーカップと手付かずのケーキ、床にはこぼれたコーヒーの染みができていた。中目は絶命しているのだ。

東都TVのプロデューサー、中目が密室の自宅で毒殺される。目暮警部は染井を犯人と疑い、話を聞くため、染井の制作会社に連絡する。社員によれば、ここ２、３日体調が悪かった染井は仕事を休んでいたらしく、さらにその社員はこの日の夕方６時半に会社近くの薬局で染井を目撃。その時刻は中目が殺害された時刻だった。

園子の叔父で鈴木財閥相談役の次郎吉は伝説のミュール、紫紅の爪（パープルネイル）を餌にキッドを捕まえようと考えていた。上空にはヘリコプター２機が上昇し、交差点の真ん中にはミュールを置いた展示台と警備員４人の姿。その周囲を大観衆が取り巻いている。この日、次郎吉は朝刊にキッドへの挑戦状を掲載していた…。

小五郎らは長野県にある虎田家の屋敷を訪ね、当主の虎田直信から転落死した跡取り息子の義郎の話を聞く。遺体写真には死んだムカデの姿。ムカデは血が乾く前に置かれたらしく、誰かが瀕死の義郎を見殺しにしたというのだ。犯人の心当たりを聞くと直信の妻、達栄は虎田家と長年いがみ合う龍尾家の中に犯人はいると訴える。

「火」をイメージさせる繁次の感電死により、「風林火山」になぞらえた連続殺人事件は完成。この後、線路脇で埋蔵金探しの経過を記した手帳が見つかる。６年前に甲斐を誤って殺害したという記述があった。敢助は６年前の事件を闇に葬るため、関与した仲間３人を殺害し、最後に自ら命を絶った繁次が犯人だと推理するが…。

祖父が遺した日記帳が狙われているという小早川公子は、理由を調べて欲しいと小五郎に依頼する。コナンは日記帳に隠された「11月30日、夕暮れにのみ宝の真実は照らし出される。狐の謎を解け」という暗号を見つける。偶然にも11月30日は翌日。コナンらは暗号解読のため、公子の実家がある島根の津和野へ向かうが…。

公子の祖父が遺した日記帳の暗号を解読し、宝探しをするコナン一行。公子と光彦、哀が覆面男たちに誘拐され、一刻も早く宝を探し出せと圧力をかけられる。コナンは宝が入っていると思われる木箱に辿り着く。その時、光彦らを人質にした覆面男たちが現れ、木箱を渡せと要求。コナンは麻酔銃を放ち、推理ショーが始まる…。

コナンは小五郎らと日本ワイン協会会長、広瀬の古稀をお祝いするため、会社社長、本城の山荘へ。コナンは外で本城と翻訳家の赤丸が言い争う姿を見かける。そしてコナンは山頂へ向かうゴンドラから本城が赤丸の頭にブロックを振り下ろす瞬間を目撃。この後、コナンは山荘と周辺を調べるが遺体を発見できず…。

服部平次に屋田誠人という人物から手紙が届く。１年前に工藤新一が解いた殺人事件の推理ミスについて会って話したいという。真相を暴くと意気込む平次は、小五郎の車に乗り事件が起きた東奥穂村へ向かう。風邪を引いて咳き込むコナンを皆は心配するが、阿笠博士にもらった風邪薬を飲んだので心配ないと伝える。

記憶喪失の新一のために森に入った蘭は、死羅神を見つけた直後崖下に滑り落ちて意識を失う。平次らは行方がわからなくなった蘭を山小屋で発見。カツラ用の白髪を見つけ、小屋の主が死羅神だと睨む。さらにズタズタに切り裂かれた新一の写真と散乱した鏡の破片を見つけた平次は真相に辿り着き、皆を家に集めるように伝える。

高速道路で運転中の古城郡平が絞殺される。容疑者は溝端理子、忠田篤男、下鳥太志の３人。理子は古城の彼女で、忠田は古城率いる走り屋チームに対抗する別チームのリーダー。下鳥は交通事故死した古城のチームのメンバー、彰の父親だった。新一は平次と共に犯人とトリックを見破るが、戻る前兆である発作に襲われ…。

コナンは歩美、光彦、元太、灰原と共に阿笠博士が運転する車でキャンプ場へ向かうが、途中でガス欠になってしまう。その時、クラシックカーが通りかかり、その車を停車させる。事情を説明してガソリンスタンドまで乗せて欲しいと頼むが、運転する男性は「一生、ここで待ってなよ。クソジジイ」と毒づいて走り去ってしまう。

弓長警部は別荘にいた恵奈らに事情聴取を行い、豪貴が別荘に来た時、何をしていたかを確認。皆は王様ゲームをしていたと口を揃え、部屋に全員集まっていたと証言する。話を聞いた弓長は仮に発火装置があったとしても誰も操作できなかったと考える。続いて弓長はガソリン入りのポリタンクが運悪く倒れた理由を質問する。

蘭は喫茶店のポアロに変装した高木がいる事に気付く。証券マンの鳥平貴文がこの付近の自宅で殺害され、高木はウェイトレスの榎本梓の兄、杉人に容疑がかかっている事を明かす。杉人が行方をくらませたため、梓は監視されていたのだ。鳥平は杉人の上司で、凶器の狩猟用ライフルから杉人の指紋が検出されたという。

コナンは小五郎、蘭と仮面劇のゲネプロ（最後のリハーサル）を観る。劇団マネージャーの志水絹子は本物のレイピア（片手剣）を借りて練習した事を明かす。舞台では王子が大臣に刺され、大臣も落雷によってベランダから奈落へ転落。王は邪魔者２人が死んで祝杯をあげるが、大臣が酒に毒を盛っていたために毒殺されてしまう。

英理は柔道の元全日本王者、有沢悠子から相談を受けている事を蘭とコナンに明かす。悠子の夫、嗣郎はストーカーに狙われているとビクついているという。だが、嗣郎の勘違いの可能性が高く、英理が家へ行って盗聴器や隠しカメラの有無を調べる事に。英理は悠子、コナン、蘭とホテルで食事した後、悠子の自宅へ。到着して間もなく、コナンは納戸で絶命した嗣郎を発見する…。

柔道の元全日本王者、有沢悠子の夫、嗣郎が絞殺される。英理は悠子が嗣郎にかけた電話の事が引っ掛かり、悠子が犯人と推理する。だが、死亡推定時刻の午後９時前後は一緒にホテルで食事をしていた。悠子が席を立ったのはトイレに行った10分のみ。英理、そしてコナンはどのような方法で嗣郎を殺害したか、推理を巡らせる。

米花公園で女性がハンマーで殴られる事件が発生。身長180センチ以上もあるという犯人はハンマー男と呼ばれ、髪の長い女性ばかり４人が被害者に。蘭と園子がハンマー男の話題を話していると、一緒にいたコナンが高木刑事と佐藤刑事を発見。２人はマンション３階の一室にいると思われるハンマー男を張り込み中だった。

証拠を掴むため、ハンマー男の部屋を調べる事に。ハンマー男が180センチ以上あるという噂を聞いていた蘭は実際の身長が低かった事に驚くと、高木は噂が一人歩きした都市伝説だと説明。コナンは都市伝説という言葉が引っ掛かり、部屋の状況を思い出す。コナンは園子に麻酔銃を発射。園子の声を借りた推理劇が始まる…。

蘭は名家のお嬢様が宝くじで1億円当選したTVニュースの事を話す。お嬢様は子供の頃に旅先で事故の時、庇って大ケガした少年にお礼として宝くじをあげたいと話していて、少年には傷跡があるらしい。その時、噂のお嬢様が現れる。その少年だという２人が名乗り出てきたため、小五郎にどちらが本物か見極めて欲しいという。

コナンは少年に関する情報を整理する。少年は海や魚に詳しく、真っ正直な性格。好きな物はジンジャーエールと寿司、焼きそば。あだ名はガリ。そして、子供の頃の楠本は痩せていて、伴場は勉強の虫だったという。情報を整理したコナンは誰が思い出の少年だったかに気付く。そして、コナンは庄堂にある相談を持ちかける。

連続殺人犯の時効まで後３日。TVに生出演した犯罪心理学者の平棟堂次は時効まで身を潜める犯人に対し、自分の所に来いと挑発する。平棟は歩美と同じマンションの住人で、歩美と哀がマンション入口で口笛を吹く男を目撃。コナンはその事を高木刑事に電話で伝えた後、平棟の部屋を訪ね、絶命した平棟を発見する。

コナンは被害者３人の遺族の話を聞き、共通するのは麻雀用語と土曜の夜に外出していた事と気付く。平棟がTV出演した時のコメントにも麻雀用語が使われていたため、コナンは土曜の夜に４人がどこかの麻雀荘で一緒に麻雀をしていたと推理。コナンは高木刑事、少年探偵団、哀と共に４人が立ち寄りそうな麻雀荘を探しに行く。

元太は荒れ放題の洋館に変なおじさんが住み始めたとコナン、光彦、歩美に報告。偵察に行く事に。コナンらは住人の和田六郎と不動産屋の獅子倉安夫が言い争いながら屋敷から出てくる場面に遭遇する。翌日、元太は和田が亡くなった事をコナンらに伝える。コナンらは和田が屋敷に越してきた理由が気になり、屋敷を訪ねる。

怪盗キッドが鈴木次郎吉に予告状を送りつける。キッドの狙いはカラクリ師、三水吉右衛門の鉄狸と呼ばれる大金庫。だが、予告状の絵がいつもと違うため、次郎吉はキッドの偽者と考え、中森警部にも協力を強く求めない。園子は次郎吉が落ち着いている事に違和感を覚える。コナンもこの事件の裏には何かあると確信する…。

コナンは次郎吉の一連の不可解な行動を振り返り、予告状の行の最後に書かれた７つの文字から何かに気付く。そこへやってきた瑞紀は部屋のクローゼットに眠った次郎吉が縛られていると報告。中森は部下と共に次郎吉に変装したと思われるキッドを追って外へ。そして皆がいなくなった金庫室前。そこにキッドが姿を現して…。

鎌倉へと旅行に来ていたコナンと蘭、小五郎はお寺を探して坂を上ると、そこにはお屋敷が。地図を見ていると、銃声が轟き、屋敷の裏手から男が逃走。コナンは屋敷の書斎で絶命した老人を発見する。被害者の資産家、矢口久衛門は猟銃で至近距離から胸を撃たれ、部屋にある金庫のダイヤルには無数の傷跡が残されていた。

古美術商の衣笠栄が殺害された事件の犯人として警察に疑われる消費者金融オーナーの蒲生良造。蒲生は曙町でのアリバイ証人探しを小五郎に依頼する。だが捜査は難航し、小五郎は催促の電話を毎晩もらう。小五郎は蒲生に進展がないと報告。蒲生は「絶望だ」と落胆して電話を切る。翌朝、郊外で蒲生の首吊り死体が発見される。

小五郎は衣笠殺害事件で無実の新井を犯人と疑い、自殺に追い込んだ責任を取り、看板を下ろす事に。蒲生が自殺した日、隣の住人が新井の声を聞いたのは午後８時頃。コナンはその時間が８時半以降なら新井の犯行が可能だと訴える。自分自身で事件を解決すれば小五郎が立ち直ると考えるコナンは事件を振り返り何かに気付く。

神奈川の島の防波堤で江尻太志と海釣りを楽しんだ少年探偵団。沖矢昴が漁師、井田の漁船に乗ってコナンらを迎えに来る。船上から夕日を眺めている時、歩美が一角岩に気付く。すると井田は一角岩の伝説について語る。コナンらは漁船から降りて一角岩に立ち寄る事に。そして脱水死したウエットスーツ姿の女性を見つけ出す。

ダイビング中に行方不明になった赤峰光里が一角岩で脱水死した状態で発見される。光里は岩壁にダイイングメッセージを残していた。一緒にダイビングをしたのは大戸、青里、開田の３人。大戸によれば、光里は海の中は１人になりたいとワガママを言い、半年前にもそれが原因で光里が潮に流されるトラブルがあったという。

特設ステージでバンドが演奏するデパート屋上のビアガーデンにやってきた小五郎、コナン、蘭。ライブ後、ドラムの中村悠介は地下１階の警備室で鍵を借り、先に楽屋に入って毛布にくるまれた何かを発見。悠介は毛布から出た手の指にはめられた指輪からヴォーカルの渡辺友紀子と気付き、小五郎を呼んで欲しいと蘭に頼む。

小五郎、コナン、蘭が冬名山を車で通りかかると、群馬県警の山村警部らが検問を行っていた。山村は４年ほど前、走り屋の聖地である冬名峠に白いFDに乗った銀白の魔女と呼ばれる伝説の女性ドライバーがいた事を明かす。最近、銀白の魔女が再び峠に現れ、勝負を挑んで事故を起こす走り屋たちが続出しているという。

銀白の魔女の事を相談した宮本由美から連絡をもらった蘭は検問にひっかかった白いFD３台の事を報告。助手席にいた間船、半藤、遠田の腕はいずれも魔女の腕とはほど遠く、３組とも帰してしまった事を由美に伝える。由美は車に同乗している佐藤刑事に魔女の話題をふる。数年前、佐藤は冬名峠に通っていた時期があったのだ。

蘭、園子とショッピングモールにやってきたコナンは事件に遭遇。拳銃を持った犯人が５歳の結城佳代子を誘拐したのだ。コナンは佳代子を救出するが、犯人の大嶺は代わりにコナンを車に乗せて逃走。コナンはラジオのニュースで大嶺が殺人犯である事を知る。ビルの機械室へと連れてこられたコナンは隙を突いて逃げ出す。

コナンと大嶺は身を隠すため、阿笠博士の自宅へ。コナンは大嶺が犯人ではないと考えていた。コナンが拳銃の入手方法を訊ねると、大嶺はインターネットで改造モデルガンと空砲３発を購入したと告白。だが、撃ったら弾丸は本物で、拳銃はビルの敷地内に投げ捨てたという。コナンは大嶺が捨てた拳銃を捜そうと提案する。

阿笠博士と回転寿司にやってきたコナン、少年探偵団、哀。元太らが落とした皿を拾っていると、客の我妻留造が言い掛かりをつける。騒ぎに気付いた店長の並木段児がやんわり注意すると、我妻は店を潰すと脅す。コナンらは店を出ようとしたその時、我妻が突然苦しみだして絶命。コナンは青酸系の毒で殺害されたと推理する。

皆が毒の皿を我妻に取らせた方法を推理していると、元太はお腹が空いたと言い出す。元太は鮮度が落ちた寿司を捨てるのは勿体ないと言って寿司を眺める。この後、コナンは入口に置かれた使い捨てのお手拭きが自由に取れる事から犯人が使ったトリックを見破る。そしてコナンは変声機を使い、阿笠の声を借りて解決劇を始める。

元太は父親が全国コジマさん選手権に出場する事をコナンらに報告。優勝者は賞金１千万と猪の掛け軸が貰えるという。選手権は腕立て、のど自慢、漢字の書き取りを行い、勝ち上がった５人がスタジオで優勝を争う段取り。この後コナンらは落選者たちに遭遇。元太に父親から連絡が入る。元太の父親は最後の３人に残ったという。

全国コジマさん選手権を企画した小嶋グループ会長、小嶋権作が殺害される事件が発生。それぞれ控え室にいた３人の容疑者、文太、元次、岩吉に事情聴取を行うが３人の証言に怪しい点は見つからない。この時、高木刑事は選手権の成績を確認。３人が平凡な成績だった事から選手権は成績優秀者を選んでいなかった事が判明する。

富樫文孝と袴田恒夫は刑務所を出所。小五郎は刑事時代に逮捕した殺人犯、富樫を出迎えるが、すぐに姿を消してしまう。その日の夜、保護司の桜庭武彦が殺害され、富樫が容疑者として逮捕される。模範囚だった富樫が仮出所の日に殺人を犯した事が信じられずにいた小五郎は、送検する午後４時まで富樫を取り調べする事に。

コナンは療養のため、小五郎らと共に兵庫県の城崎温泉にやってくる。蘭は温泉に向かう途中で歩美、哀とはぐれ、その直後に歩美のBDバッジを拾う。この後、蘭は歩美、哀の後を追い、路地から飛び出してきた少女とぶつかってしまう。蘭は少女を家まで送っていくとコナンに連絡するが、そのまま行方不明になってしまう。

コナンがホテルで推理する中、平次らは夏穂から陽菜宛に届いた手紙を頼りに３年前に家族旅行で訪れた城崎温泉駅を捜索する。その頃、ロープウエイ山頂駅にやってきた蘭と陽菜はマスク、サングラス姿の何者かに襲われる。陽菜は何とか逃げ出すが、その人物は蘭を連れ去っていく。平次らは山頂駅で気を失った陽菜を発見する。

小五郎が運転するレンタカーで温泉に行ったコナンと蘭。午後２時過ぎ、前方の交差点で事故が発生。コナンは少し前にコンビニで見かけた２台の車と気付き、赤い外車のワイパーが動いている事を不審に思う。蘭は緑の車から自動車整備士の車谷整司を救出する。この後、赤い外車からフリーター、速水隼の遺体が運び出される。

コナンが留守番していると阿笠博士から連絡が入る。発明品の新作発表会の帰り道に車がエンスト。業者はレッカー移動した後、阿笠は財布をどこかに落としてしまったという。小五郎に迎えに来てもらうつもりだった阿笠に対し、コナンは小五郎が浮気調査に出ていると伝える。その時、女が運転する車が阿笠と哀の前に現れる。

長野県警の大和敢助警部と上原由衣刑事に捜査協力を求められた小五郎はコナン、蘭と共に長野の森の中にある希望の館へ。最初、館には若者６人が住んでいたが、５、６年前からは館で知り合って結婚した夫婦しか住んでいなかったという。敢助は遺体が発見された部屋に小五郎らを案内。当時、中の人間は餓死していたという。

部屋の内側のドアノブと赤いスプレー缶に付いていた指紋が高明の部下のモノと判明。高明は倉庫に花を添えるために新米刑事と館を訪れ、明石周作の遺体を発見したと告白。部屋に閉じ込められればノブに手をかけるのが普通だが、明石の指紋は付いておらず、壁を塗った赤いスプレー缶からも明石の指紋は出てこなかったという。

コナンは敢助らが高明を監視している事に気付く。すると敢助は高明も容疑者の１人だと明かす。直木司郎の死亡推定時刻である昨夜10時から11時のアリバイを確認。３人の証言により、司郎が明石に金をせびっていた事、司郎がイタリアに行くと話していた事が明らかに。その頃、高明は死亡の館の赤い部屋を訪ねる。

ダイイングメッセージの謎を解いたコナンと敢助。だが証拠は何もなく、犯人を逮捕できない。するとコナンは直木司郎がイタリアのレッチェに行くと話していた話題を出し、司郎が証拠を隠した場所に気付く。敢助らはそれとなく司郎が証拠を隠した場所を容疑者３人に伝える。すると夜、犯人は司郎のアパートに現れて…。

小五郎に調査を依頼した仁地村正平が誘拐される。犯人の手紙には身代金を入れたバッグを沙希に持たせ、指定した駅で下車しろと書かれていた。新たな指示が出され、指示に従って身代金のバッグを川の上流に落とす。すぐにコナンらは下流を調べるが、すでに身代金は犯人が回収した後。翌日、殺害された正平も発見され…。

ジョディは死んだ赤井に似た男を見かけた後にお金を下ろすため、ていと銀行へ。行内に銃声が響き渡る。銀行強盗が威嚇して発砲したのだ。トイレに来ていたコナンらの耳にも銃声が届く。強盗はシャッターを閉めろと行員に命令、客は一ヵ所に集められる。ジョディは横の客を見て驚く。それは先ほど見た赤井に似た男だった…。

コナンは強盗に成り済まして強盗の１人の携帯に連絡を入れる。そして光彦らと協力し誘き出した強盗を退治。次にコナンは推理のため、ジョディから聞いた強盗たちの行動を整理する。倒した強盗が目出し帽を脱いでいた事から強盗たちの狙いに気付いたコナンは光彦らに指示を出し、強盗たちの計画を阻止しようとするが…。

理髪店の椅子に座る小五郎。隣りの先客は顔にタオルを載せていた。店主が小五郎の顔にシャボンを塗ってタオルを載せた直後に物音が響く。先客は床に倒れた店主の海老原に声をかけるがすでに絶命。胸にはダーツの矢が刺さっていた。小五郎は窓の外から矢が飛んできたと推理するが、コナンは現場を見て違和感を抱き…。

何者かに背後から突き飛ばされた石川茂子をコナンと小五郎が目撃し、小五郎はその護衛を買って出、コナンはサンタという茂子の子供のお守りをすることに。この後、茂子が拉致され、犯行に使われた盗難車も発見される。小五郎は茂子に想いを寄せる人物の犯行と推理するが、コナンは犯人に別の目的があったと考え…。

温泉パークに立ち寄る小五郎、コナン、蘭。崖下の露天風呂から何かが水に落ちる音。そこでは、不動産会社社長の梅津が絶命していた。梅津は温泉パークの買収を迫っていたという。湯船には大きな石があり、崖の上の誰かが石を引き抜いた跡から、小五郎は事故に見せかけた殺人事件と推理。その推理に対して、コナンは…？

白鳥警部は間違ってチケットを購入し、コナン、少年探偵団、哀と同じ特撮映画を観る事に。白鳥は笠倉那海とぶつかりジュースをこぼす。那海の席は白鳥の左隣りだった。上映後、那海は白鳥が刑事だとわかるとストーカー被害を告白。白鳥はコナンたちと那海のマンションへ。そこでは彼氏の染井芳郎が絶命していた…。

白鳥警部は紙の桜が巻かれた紙コップの指紋と飲み物の成分を調べて欲しいと高木刑事に頼む。この後、白鳥は別の指示も出そうとして言葉を飲み込む。コナンが捜査に私情は禁物だと言うと、白鳥は過ちを認め、真っさらなストローの包み紙と自分の紙コップに巻かれた包み紙の桜の長さを高木に調べてもらうが…。

高畑の自宅で妹、栞の夫である副島逸郎が絶命していた。逸郎は千葉刑事の大学時代の友人だった。酒を飲んだ逸郎は猟銃を持ち出し、それが暴発した事故と考えられる。栞が病死すると逸郎の酒癖は特に酷くなり、半年間で飲酒による事故、事件を９回も起こしていた事が判明。コナンの脳裏に未必の故意という言葉が過ぎる…。

コナンと少年探偵団、哀はクラスメイトの琢馬の話題を話す。親戚の家に行った琢馬は倉の窓から大量に置かれた骨董品や美術品、人影を見たという。だが倉は空っぽだった。その倉はもののけ倉と呼ばれ、大切な物を置くと消えてしまうというのだ。倉を調べてもお宝はなかったが、コナンが木に登って窓から倉を覗くと…。

お宝を消し去る倉の仕掛けを探すコナンたち。哀は壁のソロバンが何かのスイッチで、間違うとリセットされると推理する。再び木に登り窓から倉を見たコナンは床が少し遠くなったと感じる。この後、コナンは何かに気付きカラクリ師の三水吉右衛門が倉を建てたのかと家主に確認。家主が認めるとコナンは…。

国末を捜して上京した平次と和葉。国末は和葉にお守りを作って欲しいと頼み受け取りに来るも、平次が間違って和葉のものの方を国末に渡してしまった。国末は数日前から行方不明で、友人とスポーツカフェで落ち合う事を突き止める。コナンらはカフェに向かうが、国末はトイレで何者かに襲われ、意識不明の重体だった…。

国末と犯人はスポーツ観戦中にトラブルになった可能性が高く、平次らは国末がどの試合を観戦したかを考える。その時、店内のテレビにゴルフの優勝が決まった時の映像が流れ、ハッとするコナンと平次。さぁ、真相に気付けるか？そして、絶対に見られたくない和葉の恥ずかしい秘密が隠されたお守りを無事取り戻せるか！？

買い物前に新宿の喫茶店に立ち寄ったコナン、小五郎、蘭、園子。その時、ゴスロリの服を着た女性とすれ違う。途中、服を汚してしまった蘭と園子は公園のトイレで買った服に着替える事に。女子トイレの個室から30分以上出てこない人がいると聞いた園子が中を確認すると、喫茶店にいたゴスロリ嬢が絶命していた…。

目暮警部は喫茶店に来たゴスロリ嬢が本当に未紘だったかを確かめるため、未紘のコップの指紋を調べる。昨日未紘が１人で服を買いに来たと店員が証言。未紘の服は店のオリジナルで、福岡にいた唯佳に同じ服を買う事は不可能だった。この後、コップから未紘の指紋が出て、唯佳の無実の証拠が出るが、コナンは…。

コナン、少年探偵団、哀、阿笠博士が川のほとりでホタル狩りの開始を待っていると、中嶺と垂水が乗ったトラックが到着。幌を開くとホタルの群れが飛び立っていく。道武は垂水に中嶺の居場所を訊ねる。垂水が中嶺の携帯に連絡すると、中嶺は「エボシ岩だ、助けて」と言ってきたという。コナンらがエボシ岩に駆け付けると…。

明日への希望に満ち溢れた中年男、代田と偶然出会ったコナン、少年探偵団、哀。この後、コナンはひったくり犯に奪われた代田のバッグを取り返し、お礼にデザートをご馳走になる。この時、代田の言動に違和感を覚えるコナン。コナンは代田が本当は明日に全く関心がないと感じて…。

体に爆弾を巻き付けた福西。トイレで気絶させられ、気付いたら覆面男に爆弾を付けられていたという。爆弾犯の要求はカバンに入っている13着の赤いシャツの送り主を突き止める事。送り主はこのフロアにいるらしく、フロアの客が１人でも逃げたら爆弾を爆発させるという。コナンと小五郎は手掛かりを見つけようとするが…。

小五郎は毎週日曜の12時29分に同じシャツを購入する客の事を店員に訊ねるが、店員はその客の事を覚えていないという。コナンはシャツについた折り目に注目。何かの暗号になっていると気付く。この後、コナンは店員から販売の流れを聞き、レジ係の瀬田がいる奥の部屋へ。コナンは送り主の狙いに気付くが…。

コナンは福西自身が爆弾犯と推理する。福西は予め体に巻いていた爆弾とフロアに置いた爆弾で送り主を炙り出そうとしたのだ。続けてコナンはシャツを扱っていた売場のレジ係、瀬田が送り主と推理する。すると瀬田は13年前に福西に殺害された丸岡の娘、麻衣だと告白。瀬田は殺害していないと無実を主張するが、コナンは…。

小五郎は誕生日の食事に招待され、依頼主のマンションへ向かう。依頼主はお笑いコンビ、ストローベリーの藤森朝子。朝子はベランダから侵入してきた男を刺したと告白。絶命したゾンビのマスクを被った男の手には拳銃が握られていた。目暮警部らが現場に駆け付け、マスクの下から現れたのは相方の今岡次郎だった。

コナンたちは小林先生を置いて花火大会へ向かう。小林は慌てて後を追って裏通りへ。その時、路地の暗がりから男女の言い争う声が聞こえてくる。小林は血を流して倒れた男性を発見する。この後、小林は人の気配を感じて振り返り、花火の光に照らし出された犯人を目撃。犯人として被害者を恨む３人の容疑者が浮上するが…。

小林先生が男性と証言した被害者は女性と判明。目暮警部は容疑者の取り調べを行う。犯行時刻、３人はそれぞれ自宅にいたと証言。小林は録音した容疑者の声を確認し、鍵谷と滝本の声に聞き覚えがないと白鳥警部に伝える。だが、コナンは小林が聞いたのは犯人ではなく、被害者の声だった可能性があると推理して…。

小林先生を背後から襲う犯人。だが小林が犯人を投げ飛ばして事件は解決。実は、小林は直前に白鳥警部に保護され、佐藤刑事にすり替わっていたのだ。後日、怪盗キッドから予告状が届く。狙いは鈴木次郎吉が所有する麒麟の角というビックジュエル。次郎吉はコナンと共に少年探偵団に応援を要請。そして予告日の満月の夜…。

４つの台座の鍵を同時に回さなければ出現しない麒麟の角。犯行予告時間の直前、次郎吉はキッドが手を出せないように４つの鍵を柱に釘で打ち付ける。その直後に堂内が停電。コナンが何者かにスタンガンで襲われる。照明が点くと次郎吉は鍵を確認。４つの鍵は壁に打ち付けられたままだったが、麒麟の角は盗まれていて…。

コナンが気絶した状態の中、停電した時の映像と音を確認するが、不審な音も光も見つける事ができない。しばらくして意識を取り戻したコナン。皆に目を覚ました事がバレないように少年探偵団に取り囲んでもらう。コナンは光彦らにキッドが台座に貼ったカードの位置を確認した後、キッドが誰に変装したかも見破って…。

目白に招かれ、雑居ビルにある屋上農園を見学するコナン、小五郎、蘭。その時、奥の畑で中村と田口が言い争いに。中村は迷惑じいさんと呼ばれる厄介者。田口は防虫ネットを壊されたという。すると今度はオーガニック野菜に農薬をかけられた井上が中村に激怒。週末、コナンたちは再び農園を訪れ、絶命した中村を発見する…。

10月10日の誕生日、英理が宿泊する部屋に依頼人の国分秋穂が現れる。夫の健彦とケンカしたという。秋穂はストーカー被害に遭い、明日は相手の親と示談交渉の予定だった。英理は秋穂を迎えに来て欲しいと健彦に連絡した後、レストランで小五郎たちとディナーを食べる。英理が部屋に戻ると、すでに秋穂の姿はなかった。

夫の健彦、ストーカーの成治、その母親の緑という容疑者３人の話を聞いた後、コナンたちは部屋に戻って就寝。コナンは小五郎の寝言を聞き、犯人がベッドを１人で移動させた方法に気付く。翌朝、コナンは真剣に推理を巡らせる小五郎の姿を見て、小五郎に華を持たせる事に。小五郎郎本人による解決ショーが始まるのだが…。

コナンと少年探偵団は阿笠博士に連れられ、アクアリウムデザイナー、西田の自宅を訪ねるが、呼び鈴を押しても反応がない。西田のアシスタントの井村が合鍵を使って玄関の鍵を開け、歩美たちはリビングの水槽が埋め込まれた円柱を見て大喜びする。この後、バスルームに手を洗いに行った光彦と元太は浴槽を見て悲鳴を上げる。

二の酉にやってきたコナン、小五郎、蘭、園子。この時、園子はバックを奪われてしまう。このひったくり犯はトリ男と呼ばれ、一の酉でも犯行に及んだという。そして三の酉に行くと、再びトリ男が現れる。トリ男は浪人生の益子を刺した後、公園のトイレに逃げ込んだところで包囲される。だが、出てきた容疑者は３人もいた…。

益子がトリ男に刺される事件が発生。容疑者の火野、猿川、水江にはアリバイがあり、一の酉、二の酉、三の酉とも犯行が可能な人物はいないと判明。３件とも同一犯と考えられるため、目暮は３人が帰る事を許可する。この後、コナンは他にもトリ男がいると推理する。そしてコナンは蘭、小五郎との会話から事件の謎を解くが…。

広島にやってきた小五郎、コナン、蘭。撮影の合間、スタッフの八川、浜田、三宅が立て続けに何者かにイタズラをされる騒動が起きる。コナンは一連のイタズラがこの地に残る弥山七不思議という伝説になぞらえている事に気付く。そして撮影終了直後、スタッフの越路の悲鳴が聞こえてくる。コナンたちが現場に駆け付けると…。

小五郎らは紳六が越路を襲い、弥山屋に放火したと疑う。コナンは越路が言い残した「かじ…」が火事の事ではないと気付く。この後、小五郎は犯人が弥山七不思議の最後の１つ、龍燈の杉に見立てて事件を起こすと推理。そんな中、上諏訪が何者かにナイフで背中を刺される事件が発生。コナンは上諏訪の携帯を見て…。

小五郎はコナンと蘭を連れオリオン企画を訪ねる。東山と通話中、小五郎は窓の外を落下する人影を目撃。落下した高幡は絶命していた。高幡の背広には涙滴型のゴム板が引っ掛かっていた。これは怪人の着ぐるみのウロコで、赤外線が当たると空気が抜ける仕掛けに。小五郎はこれを利用し、何者かが高幡を転落させたと推理する。

湯本温泉にやってきたコナンと少年探偵団。コナンらが宿泊する旅館には深汐、純作、厳治、雲平が宿泊していた。翌日の午前４時50分、コナンたちは湖上露天風呂へ向かう。そして女湯の浴場に入った直後に大きな悲鳴を上げる哀と歩美。女湯では絶命した厳治が倒れていた。これは事故死に見せかけた密室殺人だった…。

脚本家の鉄山厳治が殺害される密室殺人事件が発生。容疑者は女優の名取深汐、そのマネージャーの丹沢純作、俳優の寺堂雲平の３人。深汐は厳治と電話で話し、朝一番で女湯に来たら一緒に入ってあげるとウソをついた事を告白。３人には厳治を殺害する動機があった。コナンはある言葉をヒントに事件の真相に辿り着いて…。

コナンと蘭が乗車した電車の中でスリが発生。逮捕に協力した徳馬は去ってしまう。事情聴取後、巣亀駅で別の事件が起きていた。詐欺グループの１人、兼村が高架下で殺害されたのだ。徳馬が事件を目撃、警察に通報したという。この後、詐欺グループの主犯格、桐谷が発見されて容疑者に。だがコナンは徳馬を犯人と疑って…。

小五郎は11年前にかけられた殺人の罪の無実を証明して欲しいという手紙をもらい、コナン、蘭と共に群馬県朽橋村の光羅旅館へ。11年前に殺人事件はなかったが、沼山辰彦という子供が川で溺死した事故があった事が判明。河童が犯人という話もあるらしい。翌朝、辰彦の父、伴蔵の遺体が旅館の屋根裏部屋で発見され…。

犯人が沼山を溺死させた水は溜め池の水と一致。蘭は昨晩、河童を見た事を山村警部に報告し、目撃談をもとに河童の絵を描く事に。コナンは犯人が溜め池の水を運んだ容器が見つからない事に頭を悩ませる。この後、河童の絵が完成。コナンはひょんな事から誰が犯人なのかに気付き、麻酔銃を発射。山村として解決劇を始める…。

コナン、蘭、園子は北軽井沢へ。園子にテニスを教えるサークルの後藤はケガした部長の吾妻に代わって大会に出場するという。休憩中、土田は蜂蜜レモン水、大竹はタオル、園子はグリップテープをそれぞれ後藤に差し入れする。休憩後、後藤が倒れて悶絶。後藤は毒物の中毒で、差し入れした３人が疑われて…。

小五郎らは山道で迷い、比良坂零輝の屋敷に助けを求める。比良坂たちは１年前に事故死した雅原煌を呼び戻す降霊会を催すという。降霊会が始まると怪奇現象が起き、「この中に私を殺した者がいる。今宵、私は蘇る！この手で怨み、晴らすために」という煌の声が聞こえてくる。この後、参加者の歌倉晶子が殺害されて…。

晶子に続き、比良坂の遺体が発見される。２人は別々に密室で絶命していた。比良坂の部屋から瞑想の間の南京錠の鍵、晶子の殺害に使われたロープなどが見つかり、小五郎は比良坂が晶子を殺害し、自分の部屋で自殺したと推理する。だが、コナンは澤南が書き残した文字を見て別の犯人に気付き…。

澤南が殺害前に書き残したキラという文字を見て犯人に気付いたコナン。だが、小五郎の推理が間違いである事を証明するためには２つの密室トリックを暴かなければならなかった。この後、コナンは比良坂の部屋、瞑想の間を調べ、２つの密室の謎を解く。そして、小五郎に麻酔銃を発射。眠りの小五郎として解決劇を始める…。

コナンの担任、小林澄子が殺人事件の裁判員に選ばれる。被害者は不動産会社社長の石垣で、被告の岩松を弁護するのは妃英理だった。コナンは蘭、小五郎と傍聴席から裁判を見守る。遺体が発見された書斎の写真を見た小林は壁の絵が逆さまだと気付く。コナンはこの絵に事件の真相を解く鍵があると睨み…。

被告の岩松は書斎に花瓶があったと語り、妃は誰かが花瓶を持ち去ったと考える。この後、凶器のナイフが公園のプールの底から発見される。コナンは原に探りを入れ、花瓶の行方を知っていると確信する。裁判２日目、被告側に不利な証拠が揃うが、妃は原の再喚問を裁判長に要求。そして、ここから裁判は急展開を迎えて…。

小五郎はコナン、蘭と共にウライ製菓のパーティーに出席。社長の浦井垂人は毎回出し物を披露する事で有名。小五郎は指名を受け、壇上でスピーチを行う。スピーチ中、垂人の妻で副社長の星江は蘭に声をかけて手相を占っていると、垂人が苦しみ出して倒れてしまう。ミステリーの寸劇かと思われたが、垂人は絶命していて…。

パーティー中に絶命したウライ製菓の社長、浦井垂人。コナンは妻の星江が犯人だと確信し、星江の不可解な言葉について考える。そして、星江が飲み物のテーブルに倒れた理由を見破ったコナンは小五郎に麻酔銃を発射。コナンは眠りの小五郎として解決劇を始め、星江が使ったトリックの全貌を明らかにする…。

５年前に犬伏恒弟が他界した後、血の繋がった子供だと名乗る人が８人も現れ、妻の裟臣は養子として全員引き取ったという。裟臣が病気で倒れると遺産相続を巡る事件が起き、養子の２人が奇妙な死を遂げた。養子の１人は呪いだと怖がって犬伏家を出て行ったという。コナンと服部平次はその人に話を聞きに行くが…。

犬伏家を訪れたコナンたち。遺産相続権を放棄した伸壱が殺害されたため、小五郎は犬伏家に恨みを持った犯人の犯行と睨む。コナンたちは犬伏家の養子、幸姫、考子、知晃、禅也と会い、犬伏家に伝わる魔犬の謂われを聞く。コナンたちはその犬の墓を見に行く。その時、崖の上からもう１人の養子、佐記が落下してきて…。

犬伏家の庭で炎に包まれた魔犬に迫られ、屋敷に逃げ込んだ蘭と和葉。平次が屋敷近くで誰かが魔犬を飼っていると推理すると、知晃は犬の鳴き声がする小屋が森にある沼の傍に建っていると証言する。コナンたちが小屋の中を調べていると、外から知晃の悲鳴が聞こえてくる。外では知晃が炎の魔犬に襲われていて…。

コナンと平次は養子たちの名前にまつわる秘密を聞き、名前が今回の事件と関係していると睨む。この後、TV番組のセットを見て、魔犬のトリックを見破り、誰が犯人なのかにも気付く。小五郎は小説「南総里見八犬伝」をヒントに幸姫が犯人と推理。だが、幸姫は罪を認める置き手紙を残して姿を消してしまい…。

タケノコ堀りの帰りに阿笠博士の車が故障し、コナンと少年探偵団は山の中で待つ事に。１軒の別荘からピアノの音が聞こえてくるが、その別荘の呼び鈴を鳴らしても応答はない。この後、コナンたちは室内に入り、日記が書かれた手帳を発見する。日記の内容から、誘拐された男の子がこの別荘で監禁され、殺害されたと考える…。

コナンは事件を解く鍵が日記にあると考え、手帳をもう一度調べる事に。コナンは次々と手帳の不可解な点に気付き、事件の真相へと近づく。この後、コナンはピアノの部屋を調べ、事件の真相へとたどり着く。コナンの指示に従い、歩美たちが歌い始めると、何者かが部屋の中を覗き込む。なんとコナンたちの前に現れたのは…。

コナンと小五郎、蘭はダイアナと知り合い、ロンドンの自宅に招待される。ロンドンに降り立ったコナンはアポロという少年と出会う。アポロは知らない男に声をかけられたという。男は紙切れを渡してきたらしく、コナンが確認すると、それは謎の暗号文だった。コナンは大量殺人が計画されていると推理して…。

暗号文が示している場所を探してロンドン中を駆け巡るコナンと阿笠博士。蘭は新一の携帯に電話をかけ暗号の事を相談すると新一（コナン）はコナンから聞いていると説明。その時、ビッグベンの時計の鐘が鳴り、新一（コナン）は暗号文はビッグベンの事だと気付く。だが、同時にロンドンにいることが蘭にバレてしまい…。

蘭と小五郎は暗号解読のため、ロンドン市街へ向かう。そんな中、検出された指紋から容疑者が判明。容疑者はハーデス・サバラという逃走中の連続殺人犯だった。蘭は最初に新一（コナン）が解いた暗号を参考に次々と暗号を解読。蘭は暗号の場所に文字が隠されている事に気付く。そして発見した文字をつなぎ合わせると…。

コナンは変声機を使い、新一として蘭を電話越しにサポート。蘭は残り２つの暗号文も解読して文字が全て揃う。文字を並べ替えSATURN（土星）というキーワードを導き出し、新一は犯人が土曜日に事件を起こすと推理する。そして翌日の土曜日。コナンは暗号文から犯人のハーデスが狙っている場所と特定しようとするが…。

コナンはミネルバがサーブを落とした位置で点字を示している事に気付き、「HELP」というメッセージに読み取る。さらに点字を読み取り、ハーデスが試合終了と同時にミネルバの母親を殺害しようとしている事を知る。この後、コナンは観客席にいる母親が抱えているぬいぐるみの中に爆弾が仕掛けられている事を見破るが…。

コナンは観客席にいるハーデスを見つける方法に気付き、「粘って絶対勝って！」とミネルバにメッセージを送る。このセットを落とすと同時に母親が殺害される後がない状況だった。必死にラリーを続けて時間を稼ぐが相手にセットポイントを奪われてしまう。審判は試合終了を告げ、ハーデスは爆弾のスイッチに手をかけるが…。

金持ちの老人を誘拐した２人組に捕まり、部屋の壁際に縛られたコナンと哀。コナンは光彦たちが同じ部屋のロッカーに隠れていると推理。コナンは探偵団バッジで床を叩き、光彦たちにメッセージを送る。それは東京消防庁の通話コードだった。コナンは通話コードを使って光彦に指示を出し、この状況を打開しようと試みるが…。

視聴覚室で帝丹小の卒業生でもある千葉刑事と遭遇したコナンと少年探偵団。千葉は13年前、三池苗子にラブレターを渡したという。返事の手紙には自分の気持ちを視聴覚室の倉庫に保管したと書かれていたという。千葉によれば苗子が残したのはビデオレターで、コナンたちは当時見つからなかったビデオレターを探すが…。

大学の学祭で講演する小五郎。芸術学科の辻栄は蘭、園子、コナンをお化け屋敷に案内し、ゾンビの出来栄えを評価して欲しいと頼む。お化け屋敷に入ると、手術台に横たわるゾンビ役の安菜が体を激しく揺らした後に絶命。目暮警部は毒薬を飲んで自殺したと判断するが、コナンは自殺に見せかけた殺人事件と推理して…。

コナンは安菜の頬に抵抗した傷がある事に気付き、安菜は誰かに毒のカプセルを口に突っ込まれ、飲み込むまで口を塞がれたと推理する。目暮は安菜が生きているように偽装できた睦、蜂谷、辻栄の３人を容疑者と考える。コナンはベッドの布とベッドの下の状況から犯人のトリックを見破って…。

鈴木次郎吉の博物館で龍馬展が開催され、次郎吉のもとに怪盗キッドから予告状が届く。キッドの目的は20年前に樽見が開催した龍馬展で盗まれた品を返しに来る事だった。コナンは予告状に書かれた「今一度、洗濯いたし申し候」という龍馬の言葉に注目。コナンはキッドが雨になるのを待って予告日時を決めたと推理するが…。

コナンはトイレの個室で龍馬のピストルを持ったキッドに声をかけられる。キッドは盗まれた品を返しに来ただけだから邪魔するなとコナンに言い放って姿を消す。この後、蘭は園子の右の袖の部分に文字が書かれている事に気付く。それを聞いたコナンはキッドが本当に雨を降らせる気だと見抜いて…。

休暇を利用して南海の孤島にやってきたコナンたち。島ではイケメン俳優、宮坂のプロモーションビデオの撮影が行われていた。落ち目になった宮坂はテレビから姿を消していた。コナンたちは撮影スタッフに酷い仕打ちをする宮坂を目の当たりにする。そして撮影後、宮坂はペンションの一室で遺体となって発見されて…。

コナンは遺体を見た時の違和感が気になり、宮坂の部屋を再度確認。だが、最初に見た時の違和感は何故かなくなっていた。この後、美紀は鷹山が嵐の中を走っていく姿を目撃。皆は鷹山が犯人で、警察が来る前に逃げ出したと推理する。鷹山が逃げた方角には崖があり、転落した鷹山の遺体を発見する…。

早朝、公園の花時計の前でバトンを練習する歩美。ストーカーが現れるらしく、コナンたちは様子を見に行く事に。その男は花時計の盤面の６の白石付近で酒瓶を持ったまま絶命していた。小五郎は男が酔っ払って足を踏み外し、展望台から落ちたと推理する。コナンは事故ではなく、誰かに殺害されたと推理して…。

２年前から保科瑠華子の誕生日が近づくと送られてくる脅迫文。執事の青梅は時の番人と名乗る送り主を突き止めて欲しいと小五郎に依頼する。小五郎はコナン、蘭と共に館を訪れる。招待客が見守る中、瑠華子は誕生日ケーキのロウソクを吹き消す。その直後、瑠華子の悲鳴。急いで電気を点けると、瑠華子は絶命していた…。

暗闇の中で保科瑠華子が刺殺され、軽辺は犯人がドレスを着ていたかもしれないと証言。コナンはベランダの手すりや窓枠に付着した血に注目。その時、午前０時になって大時計の鐘がなる。コナンは大時計を見て何かを閃き、時の番人と名乗る犯人のトリックを見破って…。

ゴールデン横丁の小料理屋「さつき」。一番奥に座る扇が店外のトイレに行くと言い、小五郎と篠原、中村は扇を通すために店の外に出る。中村はタバコ屋へ、篠原はお金を下ろしてくると人混みの中へ。小五郎はタバコを吸ってから店に戻る事に。３分後、小五郎たちが店に戻ると、女将の三島さつきは何者かに殺害されていて…。

コナン、蘭、園子は合宿所でヨガ・ダイエットに励む。参加者の出川アツ子はクレームをつけ、オーナー兼インストラクターの里山月子、シェフの飯盛薫、友人の猪俣保子にも酷い態度を取る。夕食前にヨガが行われるが、アツ子は部屋に戻ってしまう。この後、遺書を残して絶命したアツ子が発見されて…。

小五郎は人気番組「世界一受けたい授業」に出演する事になり、コナン、蘭と日売TVにやってくる。出演者がスタジオに集まり、リハーサルが行われる。２時間目の講師、山崎哲史はポン菓子機の実演を披露する。その直後、出演者である演歌の大御所、君島伸郎が所有する時価数億円と目される清朝の壺が盗まれてしまう…。

「世界一受けたい授業」のリハーサル中、清朝の壺が盗まれ、小五郎は山崎が犯行に及んだと推理。山崎はヨーコのハンカチを盗んだ事を白状するが、壺を盗んだ犯人ではなかった。この後、本間が大きなバッグを持ってスタジオを出て行こうとする。小五郎は本間が清朝の壺をバッグに入れて持ち去ろうとしていると判断するが…。

ひょんな事から中北楓と運転手の須坂衛子と知り合い、紅葉御殿と呼ばれる片寄王三郎の屋敷に案内されたコナン、小五郎、蘭。楓は交通事故で両親を失い、王三郎に最近引き取られたという。午後３時に人と会う約束をしていた王三郎が部屋で毒殺される事件が発生。コナンは状況を見て犯人が近くにいると推理するが…。

自分の部屋で変死した王三郎。庭にコナン、廊下に蘭がいた中での密室犯罪だった。小五郎は王三郎が残した暗号文の解読に取りかかる。コナンは暗号文の一部を解読。その直後、野笛の悲鳴が聞こえてくる。そしてコナンらは背中に矢が刺さって絶命した野笛を発見。さらに小五郎が犯人と疑う荻人が崖から転落して…。

コナンは蘭、タウン誌記者の梨田と岡山を観光中、記憶喪失になった女性と知り合う。コナンたちは彼女が描いた８枚のスケッチを手掛かりに彼女の記憶を辿る事に。途中、彼女の友人という香苗が現れ、彼女は吉瀬万由子と判明。万由子は事件の目撃者で、香苗は容疑者になった兄、圭吾の無実を証言して欲しいと考えていた…。

万由子は何者かに拉致されそうになるがコナンが何とか撃退する。コナンたちは残る５枚のスケッチを再度確認し、１枚の絵が吉備津神社の鳴釜神事を描いている事に気付く。神社に行った後、目撃談を頼りに倉敷へ。万由子の記憶も少しずつ蘇っていく。そんな折、万由子は何者かに再び連れ去られそうになって…。

正月早々、風邪を引いたコナンにカルタ取りの約束をしていた光彦、歩美、元太、哀がテレビ電話をかけてくる。その時、同い年位の浦船正男が訪ねてくる。正男は知らない奴らが家に来たと助けを求めるが、その直後に父親と母親が現れ連れて行かれてしまう。やりとりを見ていたコナンは２人が正男の親ではない事に気付いて…。

カルタを中断して母親とトイレに行く正男。哀は正男がトイレに行ったのは暗号を解く時間を与えるためと判断。「る」「こ」「に」「て」という正男が取ったカルタ４枚の暗号解読に取りかかる。同時にコナンにもメールで暗号などの情報を送信する。この後、哀は暗号を解読し、正男が本当の事を言っていたと気付くが…。

死ぬほど美味いがうたい文句のラーメン店にやってきた小五郎とコナン。店長の小倉とバイトの彩代は来店した不動産会社社長の西津を追い返そうとする。この後、西津が立ち寄ったばかりという隣りの理髪店の店主、谷中も来店する。西津は散々悪態をついた後、ラーメンを食べて苦しみ出し、本当に絶命してしまう…。

地上げ屋の西津はラーメンを食べた直後に苦しみ出して絶命。容疑者は店長の小倉、アルバイトの彩代、隣りの理髪店店長の谷中。毒は西津の左手の親指と人差し指、西津が使っていた箸、及び座った席のテーブルの上から検出され、コナンは容疑者３人の所持品に注目する。３人は毒を入れるような容器を持っていなかったが…。

杯戸ホテルにやってきたコナン、蘭、園子。お目当てのカフェを見つけた直後、駐車場から大きな音が聞こえてくる。コナンが駐車場へ駆け付けると、振り込め詐欺の首謀者、上住が頭から血を流して倒れていた。行きのバスでコナンたちと一緒だった世良が現れ、これは殺人だと指摘。世良はコナンと同じ探偵だった…。

振り込め詐欺の首謀者、上住がホテルから飛び降りて自殺。だが、コナンと探偵の世良は何者かに殺害されたと推理する。コナンは上住が使っていた車イスについた傷に注目。さらに現場の状況から犯人が上住を殺害したトリックを見破る。ほぼ同時に犯人に気付いた世良は皆の前で自身の推理を披露する。それを聞いたコナンは…。

探偵事務所に女流作家の光井、湯地、二瓶がやってくる。その直後、沢栗勲が拳銃を持って現れる。沢栗の妹、未紅は３人のSNS仲間だった。先月、未紅は温泉旅館で手首を切って自殺。沢栗は３人の誰かが殺害したと考えていた。阿笠の家にいたコナンは電話を通して事務所の状況を知り、事件を解決しようと考える。

沢栗に蘭の携帯が通話中だった事がバレるが、コナンは変声機を使って工藤新一を演じ、事件を解決すると沢栗に約束する。証言や資料から事件の真相に近づいたコナンは未紅が付けるあだ名の法則にも気付いて犯人を見破る。事務所の外には特殊捜査班のSITが待機。特殊急襲部隊のSATも犯人狙撃のチャンスを窺っていた…。

光井を殺害しようとする沢栗。コナン（新一）は電話口から沢栗を止め、光井が犯人ではないと伝える。未紅のデビュー作は死神の幻覚を見た連続殺人犯が自殺するという結末で、沢栗は死神の幻覚を見た未紅が自殺したと察して動揺。その隙を突いて沢栗は逮捕されるが、これは沢栗の犯行を阻止するためのニセの推理だった…。

平次と和葉が東京にやってくる。和葉はファミレスに立ち寄り、平次は先に探偵事務所へ。この後、和葉から電話がかかってくる。トイレで男性が亡くなり、大騒ぎになっているという。世良はこの事件で工藤と平次、どっちが名探偵か勝負して決めようと提案。平次はコナンより先に毒殺された事に気付いて一歩リードする…。

軽井沢の別荘で殺害されたデザイン会社の社長、若松耕平の事件の真相を突き止めるために東京にやってきた平次と和葉。コナンは平次たちと共に耕平の本宅を訪ね、妻の芹香から事件当日の話を聞く。次期社長を狙う育郎は椎名と藤波が持ってきたバームクーヘンを食べた直後、苦しみ出して絶命してしまう…。

米原は耕平のダイイングメッセージがSという字だったと証言。この後、本宅の風呂場のタイルが別荘、大阪の家のタイルと同じ事がわかり、コナンと平次はそのタイルを見て犯人のトリックを見破る。その頃、別荘を検証中の大和警部たちも同じ事に気付き、耕平のダイイングメッセージを発見するが、それは意外な言葉だった…。

コナンと平次は佐竹たちの会話をヒントに犯人が育郎を毒殺したトリックを見破る。コナンたちの予想通り、育郎の部屋のドアノブから犯人がかけたと思われる粉末状の毒物が検出される。コナンは犯人のスリッパに毒が付いていると推理。芹香が怪しいと考えるコナンたちだったが、芹香は書斎で毒を飲んで絶命していた…。

育郎はバームクーヘンを食べる前に手を洗っていた事がわかり、育郎の手に毒が付いていたという推理は間違いだったと気付くコナンと平次。育郎の部屋のドアノブに付着した毒はフェイクだったのだ。コナンたちは犯人、そして芹那を殺害したトリックも見破るが、証拠だけ見つける事ができずにいた…。

コナンは元太たちと阿笠博士の家でカレーを作る。その時、阿笠が数年前に購入した壺の話題になる。阿笠は壺の価値が気になり、動画サイトに鑑定を求める映像をアップしていた。そしてコナンたちが買い物中に自宅にいた阿笠が何者かに襲われ、歩美が誘拐される事件が発生。歩美の携帯に犯人からメールが届く…。

コナンは壺の動画を見て阿笠の自宅にやってきた若い姉妹、中年夫婦、失礼な親子という３組の中に犯人がいると考える。この後、コナンは犯人が探していた猫と動画サイトにアップされた妃英理の猫が驚く程そっくりな事に気付く。そして、歩美が連れ去られた時の状況を聞いたコナンは犯人の本当の狙いを見抜いて…。

コナンと蘭、園子は世界大会で優勝したショコラティエ、辻元のお店のオープニング・セレモニーに招待される。セレモニー中にテーブルクロスに火が燃え移り、辻元は全身を炎に包まれて絶命してしまう。弓長警部は不幸な事故と考えるが、コナンは事故に見せかけて辻元を殺害した犯人の巧妙な科学トリックを見破る。

コナンたちは映画の帰りに車上荒らしをされた車を発見する。車内の天井には赤いスプレーで「死ね」と書かれていて、被害に遭ったのは千葉刑事の車だった。交通課の由美によれば、同じ手口の車上荒らしは３件起きていて、千葉は４人目の被害者だった。容疑者は駐車場にいた名和、徳子、福地という３人に絞られる…。

車上荒らしの容疑者は名和、徳子、福地の３人に絞られる。コナンは被害者の車を色々な角度から撮った写真を確認。コナンの推理通り、先月、高校の先生のワゴン車が事故を起こしていた。由美から事故の詳細を聞いたコナンは車上荒らしが狙う車の共通点に気付き、容疑者３人の中の誰が犯人かを見破ってトラップを仕掛ける…。

コナンと蘭は小五郎を知っているというアパート大家の桐谷と偶然会う。この後、小五郎が来る予定らしく、コナンたちは桐谷の自宅を訪ねる。だが、そこに現れたのは小五郎を真似た大学生の恩田だった。この後、隣のアパートで住人の傳川の遺体が発見される。コナンは住人の坂内、石亀、兵頭の中に犯人がいると考えて…。

コナンは坂内、石亀、兵頭の中に犯人がいると確信。コナンはチャンネルがザッピングされた時の状況を桐谷から聞いて傳川を殺害した犯人のトリックを見破る。坂内たちは推理を披露しろと恩田に迫る。コナンは本物の小五郎から事件の真相を聞いたと恩田に説明。恩田はコナンの指示を聞きながら、たどたどしく推理を始める。

コナンたちは阿笠博士の旧友、龍太郎がいる山梨にやってくる。龍太郎と合流後、コナン一行は道の駅に立ち寄り、龍太郎と揉めている池田、借金をした過去を持つ慶と遭遇する。夜、コナンたちが昆虫採りをしている間に龍太郎は何者かに襲われ、鎌倉時代の仏像が盗まれる。池田と慶が容疑者として浮上するが、コナンは…。

コナンたちは図書館へ向かい、途中で光彦が手書きの地図を拾う。地図には４軒の家が描かれ、各家には藤木、香月、大賀、江口と名字も書かれていた。コナンたちは香月家を訪ね、昨晩、香月栄太郎が地下横断歩道で亡くなっていた事を知る。この後、何者かに地図が盗まれ、コナンは訪ねた３軒の中に犯人がいると睨む。

コナン、小五郎、蘭は近くの住民と立ち話をする立野寿巳男巡査に偶然会う。その時、近くの家から国分貴和子が出てきて、コナンは貴和子の手に血が付いている事に気付く。貴和子が出てきた家では大岡善吉が殺害されていて、現場には血でKというダイイングメッセージが残されていた…。

喫茶店でよく会う美緒から命を狙われていると相談された千葉刑事。コナンたちと一緒に美緒の自宅を捜す事に。この後、コナンたちはサイレンを聞いて美緒の部屋に駆け付ける。そこではナイフを持った男性が仰向けに倒れて絶命。美緒はこの事件の加害者だった。目暮警部は正当防衛の可能性が高いと考えるが、コナンは…。

伴場と初音の結婚式の前夜祭が行われ、小五郎はコナン、蘭と共に２人を祝福する。途中、初音はネイルサロンへ向かう。伴場が初音に電話をかけると、初音は「サヨナラ」と自殺をほのめかす。その直後、駐車場の車が炎上して初音の遺体が発見される。初音の付け爪に付着した皮膚のDNA鑑定から伴場が容疑者として浮上する。

初音が爆発した車から焼死体となって発見され、婚約者の伴場が容疑者として浮上する。捜査中、過去に初音が自分と伴場の境遇を聞いて表情を曇らせた事が判明。赤ちゃんだった２人は同じホテル火災で助け出され、身元不明のまま同じ教会で育てられていた。コナンはこの話を聞いて事件の悲しい真相に気付いてしまう…。

コナンたちはひょんな事から蘭の空手部の先輩、鏡堂ナナミの屋敷にあると言われる宝を探す事に。鏡堂家の庭に立つくらやみの塔。この塔には入口も窓もなく、宝が隠されていると都市伝説になっていた。コナンたちは兄の透から話を聞く。この後、絶命した美佐子が発見される。美佐子は塔から落ちたように倒れていた。

コナンたちはくらやみの塔へ続く入口を見つけ、鏡の世界になったトンネルへと入っていく。外では目暮警部たちが透や望を事情聴取。長瀬はいつの間にか姿を消していた。コナンは１人で塔の内部に入り、赤、青、緑のボタンが並んだ操作盤を発見。コナンは青いボタンに張り付いた美佐子のつけ爪を見て事件の真相に辿り着く…。

樫塚圭は先日他界した兄の遺品からロッカーの鍵を見つけ、そのロッカーを探し出してほしいと小五郎に依頼する。待ち合わせの日、小五郎は圭を装った男からメールをもらって外出。その間に男は事務所の人間として圭に会い、縛り上げた上に鍵の事をしつこく聞いてきたという。コナンは圭の証言を聞いてウソを見破るが…。

トイレを借りるため、圭の部屋に上がったコナンたち。この時、安室は部屋に盗聴器が仕掛けられている事に気付き、設置場所を突き止める事に。この後、小五郎は一室から男の遺体を見つけ、安室は圭が発覚を恐れて逃げたと推理。その頃、コナンは圭からもらったジュースを飲んで眠りに落ちていた…。

圭の本当の名前は浦川芹奈。銀行強盗犯に殺害された賢也の妹ではなく、同じ銀行に勤めていた彼女だった。芹奈は強盗犯３人に復讐しようと計画。事務所のトイレで発見された本物の圭は強盗犯の１人だった。強盗犯を倫子、栄絵、隆代という３人の女性に絞り込んだ芹奈。コナンは芹奈と３人の自宅を訪ねるが…。

倫子、栄絵、隆代の自宅を訪ねたコナンは誰が痩せた強盗犯かわかったが、教える事はできないと芹奈に伝える。コナンは芹奈が強盗犯を殺害して自殺すると考えていた。この後、コナンは自首すると約束した芹奈に誰が強盗犯か教える。そんなコナンの話を盗み聞きする人物がいた。それは拳銃を手にした痩せた強盗犯だった…。

キャンプ場で知り合った紺野宅司、純夏夫婦に自宅へ招待されるコナンたち。宅司と純夏は携帯を紛失した事に気付き、探しに行く。中庭で携帯を発見した歩美がリビングを覗き込むと、純夏が宅司にナイフを振り下ろそうとしていた。コナンたちがリビングに駆けつけると、そこには胸にナイフが刺さった純夏が倒れていた…。

携帯を届けに行った歩美の動画を偶然撮影していた哀。コナンはその動画を確認し、携帯に留守電が入っている事に気付く。コナンは留守電の最後に純夏が「止まった？」とおどけたように言った音声を聞き、今回の事故の真相に辿り着く。この後、手術は無事に終わり、純夏は数週間で退院できるとわかるが、宅司は姿を消して…。

小五郎、コナン、蘭は大浜海岸に出掛け、インストラクターの今岡汀からサーフィンを教わる。海から出たコナンたちは汀の夫、今岡海四郎と話をする。この後、低気圧の影響で海が荒れてサーフィンは中止に。翌朝、コナンたちは砂浜へ散歩に行き、汀の遺体を発見。小五郎は荒れた海で起きた不幸な事故と判断するが…。

長崎旅行に来た小五郎、コナン、蘭。そこでは探偵の坂本龍馬が殺人事件に挑むドラマの撮影が行われていた。だが脚本は未完成で、犯人不明のまま撮影を始めたという。脚本家の巽耕作はホテルから失踪してしまうが、翌日に脚本の続きを送ってくる。この後、スタッフの１人が殴られる事件が発生し、撮影現場に緊張が走る…。

コナンは蝶々夫人をオペラ歌手の三浦環さんと喜波貞子さんが演じた事を知り、蘭の役、みうら屋のお貞と何か関係があると確信する。警察はこの付近で目撃された巽耕作を犯人と疑う。そんな中、漣兆次郎が展望台近くで巽に殴られる事件が起きてしまう。翌日、コナンは撮影シーンを足掛かりに事件の真相に近づき…。

コナン、蘭は園子の知人の砂田善三の洋館を訪ね、温室にある金鯱サボテンを見せてもらう。そこに長男の康之と次男の尚樹が現れる。息子たちに遺産を渡さないと遺言状を書き直した善三。この後、コナンたちが温室の前に向かうと、そこには遺言状を手にした康之の姿。温室の中では善三が絶命していた…。

光彦たちは笛本隆策から高木の贈り物という小包を佐藤刑事に渡してほしいと頼まれる。中にはタブレット端末が入っており、そこには口にテープを貼られ、首にロープを巻かれた高木が映っていた。地上から数メートルの所にある板の上に縛られた高木は眠っていて、寝返りを打って下に落ちたら首が吊られる危険な状況だった…。

光彦は笛本の変な言葉遣いを思い出して佐藤に報告。コナンは北海道の方言と気付き、自殺者の１人、北海道出身の英語教師、ナタリー来間の関係者が高木を拉致したと判断する。そして、松本管理官はナタリーの遺体を引き取った英会話教室の上司、笛本隆策を被疑者に特定。佐藤たちは笛本が潜伏するマンションを訪ねるが…。

高木の足元の板の裏にセットされた時限爆弾。コナンたちは映像から高木がいるのは北海道と判断し、目暮と佐藤はヘリコプターに乗って北海道へ向かう。だが、映像を頼りに探しても高木を見つける事ができない。翌日、コナンは犯人が場所を特定されないように仕掛けたトリックを見破る。爆破の時間は刻一刻と迫っていた…。

コナンと哀、沖矢、高木刑事は出版社社長で編集長の勝本がマンションから落ちる現場に遭遇する。勝本は「俺を殺せるもんなら殺してみろ、部屋の扉を開けて待ってるぞ、返り討ちにしてやる」というメールを荻野、香、袖崎に一斉送信していた。３人は勝本を恨んでいて、３人の誰かが勝本を突き落した可能性が高かった。

目暮警部はコナンに促され、泡と湯気と煙の実験を行う。この実験によって３人に10分以上かかる犯行は不可能と判明。だが、コナンは３人が部屋を出た時の話を聞いて何かに気付く。そしてコナンは小五郎が貧乏学生の頃にやっていた事を思い出し、誰が犯人かを見破る。コナンは再度実験を行い、犯人を追い込んでいくが…。

爆発物が配達され、ケガ人が出る事件が２件発生。警察は犯人を逮捕し、残り１つの爆弾を配達中の配送車も特定するが、予期せぬトラブルが起きる。金融会社から金を強奪して逃走中の強盗犯が何も知らずに爆弾を積んだ配送車を盗んだのだ。コナンは少年探偵団と共に配送車を追跡するが…。爆発の時間は刻一刻と迫っていた。

コナンたちは阿笠と共に準備中のアイスフェスティバルの会場を見学する。氷彫刻家の塩田が作業中のメイン広場に村長の山口と秘書の小木が現れる。お祭りに否定的な山口はこの場所にレジャー施設を建設しようと計画していた。翌朝、氷でできたアイスホテルに泊まっていた山口が遺体となって発見される。

早朝、高木刑事はジョギング中の秀子を追い抜いた時にボストンバッグを拾う。中には３千万円が入っていた。間もなく、平沼という落とし主が現れる。だが、コナンは平沼のウソに気付いて現場を調べ、平沼がバッグを落とし、秀子に拾わせようとした事を見破る。２人は15年前に起きたある事件に関係していた…。

小五郎に彼氏の浮気調査を依頼した後、石段から落ちて他界した笹森薫。兄の隆司は薫の恋人だった柘植を疑っていた。　３ヵ月後、柘植から犯人を教えると連絡があり、小五郎はコナン、蘭と共に山中にある柘植のアトリエへ向かう。到着後、コナンたちはアトリエで頭から血を流して絶命した柘植を発見する。

蘭、園子、世良は路地で絶命している高市勲に気付く。高市は肝硬変による静脈瘤破裂で他界した可能性が高かったが、世良は地面の「死」という血文字を見て猟奇殺人と推理する。この現場は優作が唯一サジを投げた10年前の事件の現場と酷似。優作は「死」という文字を残す殺人犯は今後現れないと断言していたが…。

世良は新一に電話をして推理を聞こうと提案する。蘭は電話の最後に昴から頼まれた一言を新一に伝える。新一はその一言をヒントに事件の真相に辿り着き、今朝の事件の現場へ行ってくれと蘭に伝えて電話を切る。この後、コナンは新一から聞いたと前置きして、今回と10年前の事件の真相について語り始める…

アメ車を専門に扱う会社の社員が立て続けに襲われる事件が発生。小五郎は犯人の指示に従い、現金を入れたアタッシュケースを持って花見クルーズ舟に乗り込む。コナンは舟の行方を追う。犯人はケースを舟の屋根に載せろと小五郎に指示。この後、コナンが舟を見失った短時間の間に屋根の上にあったケースは消えてしまう…。

コナンと蘭は西澤のアパートを訪ね、バスタブの中で溺死した西澤を発見。パソコンからは遺書が発見され、目暮警部は自殺の可能性が高いと判断する。だが、奪われた現金が見つかるまで事件は解決していないと捜査を続ける小五郎。コナンは漁師に協力してもらい、犯人の逃走経路を推理。事件の真相へと辿り着く…。

京都にやってきたコナン、小五郎たち。この日から発売される梅はらの銘菓「京のとり」チョコ味200個が５店舗の土産物屋から全て消えてしまった。この日は先代社長の命日で、職人の１人は先代の祟りと考える。元々、小倉味だけだった「京のとり」。先代の社長は今の社長が発売した抹茶味を気に入ってなかったという。

コナン、小五郎、蘭は百合香の夫の健吾、友人の水町と共同経営する諏訪山ワイナリーへやってくる。施設にはレストラン経営の山口も契約を結ぶために訪れていた。健吾はワインの質を落とす事になると契約に反対しているという。この後、コナンたちは樽蔵で健吾の遺体を発見。警察は水町を犯人と疑うが…。

地区センターの花壇が荒らされる事件が発生。歩美たちが職員の岡村、山崎と花壇を修復していると、フラワーショップ経営の奥田が配達に来る。センターを逆恨みする奥田は岡村と山崎に絡んで揉め事に。午後10時、コナンたちは夜回りに来て頭から血を流した山崎の遺体を発見する。コナンは現場の不可解な点に気付いて…。

小五郎は、矢内みさきから姉のなぎさの自殺を調べ直してほしいと依頼される。高校、大学がある矢内清美学園。そこの大学生だったなぎさの首を吊った現場を目撃したのは演劇部顧問の児玉春恵とみさき自身。それでも、みさきは自殺ではないと信じていた。コナンは現場を見れば何かわかると考えて事件当時の状況を再現して…。

コナンたちは郊外の河原でUFOが墜落したという事件に遭遇。そしてUFOの下敷きになって圧死した岩淵の遺体が発見される。UFOは物理学博士の小沼が開発中のもの。コナンたちは小沼の研究所を調べ、徐々に衝撃の事実が明らかに。このUFO騒動は大蔵という金貸しの隠し資産が絡んだ複雑な事件だった…。

コナン、元太、光彦、歩美、哀は阿笠博士の車で群馬のキャンプ場にやってくる。元太と光彦、歩美、哀は焚き木を拾いに行く。その時、元太たちは男が女性の遺体を埋めている現場を目撃。元太たちは犯人に気付かれ、慌てて近くの山小屋へと逃げ込む。警察は女性の遺体を発見し、コナンは元太たちが事件に巻き込まれたと知る。

山村警部は宇佐木、米住、岩隈から事情を聞くが、誰が犯人か突き止める事ができない。この後、コナンと世良は阿笠の言葉をヒントに遺体の女性が指で何を示していたかに気付き、誰が犯人かを見破る。その頃、山小屋のドアの所にフードを被り、斧を持った謎の女性が現れる。謎の女性は斧を持ちながら元太たちに迫ってきて…。

コナンたちは行き先が謎のベルツリー急行に乗車。この列車には推理クイズが用意されているという。そして列車が東京駅を発車後、コナンは探偵役に選ばれたというカードに気付く。カードには７号車Ｂ室で起きる事件を捜査しろと書かれていた。コナンたちが７号車Ｂ室を覗き込むと、フードを被った男が銃を乗客の室橋に発砲する。この後、推理クイズはまだ発表前と判明。コナンは現実の事件と判断して７号車Ｂ室へ戻るが…。

８号車Ｂ室で絶命していた室橋。コナンは犯人がニセの指示カードで室橋を８号車に移動させた理由を考え、８号車でしかできないトリックを使ったと推理する。８号車は次郎吉の友人の資産家が家族でゆったり乗りたいとリクエストして作った車両。だが初運行の１ヶ月前、資産家のパーティーで火事が起き、一家はほとんど他界。生き残ったのは小蓑と住友と客人４人だけだった。小五郎は今回の事件は火事に絡んだ復讐劇と推理するが…

小五郎は今回の殺人事件は火事に絡んだ復讐劇と推理する。小五郎の推理通り、８号車Ａ室の能登、Ｃ室の安東、Ｄ室の小蓑、住友、Ｅ室の出波は火事の生存者だった。コナンはＥ室を訪ねた時に何かに気付いて事件の真相に近づく。その頃、６号車では火傷の男と世良が遭遇。世良は火傷の男を見て赤井と思い込むが…。この後、コナンは８号車の通路に皆を集め、小五郎に麻酔銃を発射。眠りの小五郎の推理ショーが幕を開ける…。

コナンが犯人を追い詰めている頃、６号車Ｅ室では工藤有希子とシャロン（ベルモット）が対峙していた。シャロンは哀を炙り出すため、８号車Ｂ室に発煙筒を用意。間もなく８号車Ｂ室から煙が立ち昇り、コナンたちは火災と勘違いして前の車両へと避難する。そして誰もいない８号車にシェリーの姿に戻った哀が現れる。シャロンは哀なら裏をかいて８号車へ向かうと考えていたのだ。そんな哀の前にバーボンが現れる。

園子の別荘にやってきたコナン、小五郎、蘭はひょんな事から知り合った大学生、桃園琴音の別荘へ。この後、石栗は自分の部屋に戻り、コナンも石栗の部屋で休む事に。しばらくすると石栗の部屋で大きな物音。その音で目覚めたコナンは絶命した石栗を発見する。ドアと窓は鍵がかかっていて、コナンは密室殺人と判断するが…。

横溝警部は事情聴取をして皆の行動を確認。桃園、梅島、高梨は昼食の前後に石栗の部屋に行っていた。高梨は石栗とケンカしたと告白。小五郎は３人には石栗を殺害する動機があると判断し、安室は皆に犯行の機会はあったと考える。コナンは新たに判明した現場の状況、蘭の証言から犯人のトリックを見破って…。

刑事時代の小五郎に逮捕された元銀行強盗犯、氷室は「今からアンタのせいで人が死ぬ」と電話で小五郎に予告する。その頃、氷室の手下だった沼尾が廃ビルから落下して即死。氷室は沼尾の裏切りによって逮捕され、小五郎は氷室が沼尾を恨んで殺害したと推理する。この後、小五郎は氷室の罠によって窮地に追い込まれて…。

路線バスに乗るコナン、阿笠博士、元太、歩美、光彦、哀。元太はビルの屋上で掴み合う男性２人に気付く。元太は１人が相手を屋上から突き落とす瞬間も目撃。元太がその瞬間を見たのは２時、緒方が落下してきてすぐに薫が119番通報したのは２時10分頃で、不思議な事に緒方が地面まで落ちるのに10分もかかっていた…。

工事現場の鉄パイプの下から絶命した猪俣が発見される。パイプを固定するバンドには人為的に切られた跡があり、小五郎は殺人事件と考える。高木刑事は関係者の金田、村瀬、野島から話を聞く。この後、ナイフが現場から発見され、小五郎はナイフの持ち主の金田を犯人と疑う。だが、コナンはもう一度現場の状況を調べて…。

コナン、平次らは自殺の可能性もある密室殺人事件を再調査する。そしてコナンたちは事件を解決。この事件には同じマンションに住む株ブローカーの布浦が絡んでいた。この後、コナンたちはエレベーター内で布浦が拳銃で自らのこめかみを撃ち抜く場面を目撃。高木刑事は自殺と判断するが、平次は他殺と断定する。

コナンと平次は容疑者の陸奥、余田、井筒の部屋を訪ね、誰が犯人かを見破る。そして小五郎の言葉をヒントにトリックの謎に気付くコナンと平次。この後、コナンと平次は高木に協力してもらい、布浦がエレベーター内で自らのこめかみを拳銃で撃ち抜く瞬間を再現。平次は皆の前でトリックを暴き、犯人を追いこんでいく…。

大滝警部は平蔵から頼まれ、家族が遺産相続で争う洋館へ向かう。コナンと平次は、小五郎、蘭、和葉と共に大滝を追う。洋館の一室に遺産相続で争う家族が集まり、蘭と和葉は自室で寝ている迫弥を呼びに行く。そして蘭たちは棺桶のフタを開けて絶叫。中には胸に杭が突き刺さり、血まみれの迫弥が横たわっていた。

依然として迫弥の行方はわからない。その時、実那、岸治、瑠莉、条平の携帯電話に迫弥から「食堂に集まれ」という一斉メールが届く。コナンと平次は迫弥の部屋を調べ、床下にある隠し通路を見つけ、心霊写真のトリックも見破る。そして、コナンと平次は古賀から意外な事実を聞き、ある人物が容疑者として浮かび上がる。

コナンと平次は岸治、瑠莉、実那、条平、古賀を集め、トリックの謎解きをする。コナンたちは迫弥を犯人の１人と考え、何時間も姿を見せない守与が共犯者と推理。その時、門番から森で人が亡くなっているという連絡が入る。森で縛り付けられ、絞殺されていたのは守与だった。この後、コナンたちは犯人の目星をつけるが…。

平次は群馬県警に連絡し、新たに殺人事件が起きたと報告。電話中、コナンは自分の膝に何かが付着している事に気付く。それは森で遺体を調べた時についた泥で、なぜか泥には塩が混ざっていた。コナンと平次は電話のやりとりから理由に気付き、犯人のトリックを見破るが…。犯人は新たなターゲットに襲い掛かって…。

能面美術館館長の命が狙われていると匿名の手紙を受け、小五郎、コナン、蘭は美術館を訪ねる。手紙の通り、モヨノ、清閑寺、誠之助は事故に見せかけて館長を殺害しようと試みるが、コナンたちが阻止する。そして赤座が毒殺される事件が発生。コナンはモヨノを犯人と疑い、共犯と知らず清閑寺にその事を話してしまい…。

古井戸付近で治三郎を殺害する次の仕掛けを確認していた誠之助は鬼女の面をつけた人物に殺害される。誠之助が井戸へ転落した拍子に仕掛けの滑車が回転し、囲炉裏の間の能人形が炭火に向かって倒れる。コナン、蘭、小五郎は炎に包まれる囲炉裏の間から逃げようとするが、出入り口は塞がれていて…。

静岡にある別荘にやってきた小五郎、コナン、蘭は別荘の持ち主のミステリー作家、海堂千賀、夫の海堂悠一、弟子の志村幸子に迎えられる。翌朝、別棟に宿泊したコナンたちは皆がいる母屋へ行き、別々の部屋で絶命した幸子、悠一、千賀を発見する。３人の死因は服毒死。使われた毒は全て異なり、それを聞いたコナンは…。

コーヒーショップで遥が持っていたプラチナチケットが盗まれ、その場に居合わせた園子と蘭が疑われる。翌日、濡れ衣を晴らした蘭と園子がコナンと共に店へ行くと、そこに遥が現れる。遥はこの店の従業員を犯人と疑っていた。コナンたちはバイトを休んだ雅子のアパートを訪ね、頭から血を流して息絶えた雅子を発見する…。

２日前、熊紋食品から、くまモンのぬいぐるみと機密データが入ったUSBメモリが盗まれる事件が発生。犯人はUSBメモリを入れたぬいぐるみと１千万円を交換すると取引場所を指定してくる。取引は中止になり、その時、ひょんな事から犯人とハーフの少年、高森ジャスティンのぬいぐるみがすり替わってしまう。

USBメモリが入ったぬいぐるみごとジャスティンを連れ去った犯人は１千万円を要求。取引場所は追って連絡するという。この後、ジェシカの夫、高森直人の会社が判明。直人は熊紋食品と同じ業界の大手、ヒゴフーズの社員だった。コナンと少年探偵団、井上はジャスティンを探し、徐々に犯人を追い込んでいくが…。

野良猫の大尉が冷蔵車のコンテナに乗り込んでしまう。コナンと光彦、元太、歩美、哀は助けようとコンテナに乗り込む。宅配業者AとBはコナンたちに気付かず車を出発させてしまう。コナンはコンテナ内に男性の遺体を発見していた。犯人はAとBの可能性が高く、コナンは外部に連絡して助けを求めようと考えるが…。

野良猫の大尉は喫茶店ポアロに餌をねだりに行くため、コナンは暗号を残したレシートを首輪に挟んでおけば、梓の目に留まると考える。大尉はコンテナの扉が開いた時に道路へと逃げていく。コナンは残った配達の荷物を調べ、阿笠博士の家に届けるケーキを見つける。コナンはこのケーキにもメッセージを仕込むが…。

宝石、赤面の人魚を奪うと怪盗キッドから犯行予告が届く。博物館の展示室には大きな水槽があり、赤面の人魚は水槽の中を泳ぐ亀の背中に貼り付けられていた。予告時間になると、突然、床のカーペットがテグス（糸）で捲り上がって水槽をすっかり覆い隠す。テグスが切れてカーペットが落下。水槽から亀と宝石は消えていた。

キッドの犯行予告時間に消えた宝石、赤面の人魚。コナンはカーペットが捲れ上がる直前に携帯の画面が真っ暗になったと蘭から聞いて何かに気付く。ある人物に変装して現場に残っているキッドは１つ大きな勘違いをしていた。コナンは事件の全貌を暴くため、小五郎に向けて麻酔銃を発射するが…。

コナン、小五郎、蘭は公園で絶命した広瀬ナナを発見。地面に「ナ」というダイイングメッセージが残されていた。ナナと会う約束をしていた婚約者の左門治は事件前にナナから元恋人の右田利彦と会うというメールが届いたと証言。ナナのメッセージは漢字の「右」か「左」を書く途中だった可能性が高く、右田と左門が容疑者に。

コナンたちは「どちらのスイーツでSHOW」の収録の観覧に行く。お題のフルーツでスイーツを作って対決する内容。フルーツは宝箱に詰められ、収録まで秘密にされていた。審査員の武木は誰かがチャンピオンの栗村にお題を事前に教えていると疑う。司会の剣崎が宝箱の鍵を開けると、武木の遺体が埋まっていた…。

コナンたちは倉庫前の防犯カメラの映像を確認する。前日の夜に倉庫にやってきたのはプロデューサーの樽岡、ADの降谷、フードコーディネーターの春日の３人。目暮警部は容疑者をこの３人に絞り込む。この後、コナンと世良は小五郎の何気ない会話をヒントに鍵を開けたトリックを見破り、誰が犯人なのかにも気付いて…。

小五郎、コナン、蘭は往年の大女優、白川美鈴の屋敷に招かれる。買い物から戻ったメイドの中西優香は家の前で事故を起こし、美鈴は優香に激怒する。この後、コナンは２階が火事になっている事に気付く。コナンたちは助けに向かうが美鈴は煙によって窒息死していた。皆は事故と考えるが、コナンは殺人事件と疑って…。

コナンは阿笠博士らとフィギュアフェスティバルにやってくる。そこに天才モデラー北島と恋人の麗香が現れる。隣ではモデラーの森下が展示をしていた。この後、会場控室で絶命した北島が発見される。控室にいたモデラー雑誌記者の広戸は取材に来たら絶命していたと証言。麗香、森下、広戸が容疑者に浮上するが…。

交通課の苗子の携帯に桜子から家政婦をしている家で人が死んでいると連絡が入る。コナンたちは伊丹永信の自宅へ。寝室で妻が首を吊って絶命、遺書が置かれていた。伊丹は妻と喧嘩した後、外出。帰宅後に遺体を発見したという。交通課の由美は自殺と考えるが、不審点に気付くコナン。そして現場の隣人は由美の元カレだった。

永信と桜子が出掛けた後、マンションに顔を隠した不審者が現れた事が判明。この後、遺書の筆跡鑑定の結果が出る。遺書を書いたのは間違いなく知代子本人だった。目暮は自殺したと判断。コナンは自殺ではなく、知代子は殺害されたと反論。この事件を解決する上で重要なのは乱れた字で書かれた遺書だった…。

コナン、蘭、園子は畠山財閥当主の畠山優と伊藤美帆の結婚式に出席する。美帆の弟、伊藤善文は幸せそうな美帆を見て感極まっていた。疲れた美帆が先に宿泊するコテージに戻った後、別荘の駐車場で胸を撃たれて息絶えた優が発見される。その時、川の向こう側からも銃声が…。そこでは美帆も胸を撃たれて絶命していた。

コナンと少年探偵団、阿笠博士は花見客で賑わう神社にやってくる。神社にはジョディも花見に来ていた。コナンたちはひょんな事から坂巻重守、弁崎桐平、段野頼子と知り合う。弁崎は２、３日前に赤井を見かけたという。この後、コナンの携帯に阿笠から電話がかかってくる。阿笠は殺人事件を目撃したとコナンに助けを求める。

探偵事務所に上南大学推理研究会OGの香織がやってくる。この日、同じ研究会のOB、OGの結婚を祝うパーティーが開かれるが、招待状に書かれた案内図の判じ絵が解けずに会場がわからないという。コナンは香織の不可解な１つの行動が気になっていた。そしてコナンは香織が何のために結婚パーティーに行くかに気付いて…。

探偵好きの英介の自宅に招待された小五郎、コナン、蘭。英介は小五郎の銅像を作る程、小五郎がお気に入りだった。怪盗Kに扮した英介は私を捕まえてみろと小五郎を挑発、鬼ごっこが始まる。そして、鬼ごっこ中に英介が息絶えた状態で発見され、目暮は事故死と判断。だが、コナンは事故に見せかけて殺害されたと疑って…。

コナンたちは浅川信平と一緒にいる時に信平の祖母、香奈恵と知り合う。香奈恵は犬と散歩していた。数日後、コナンたちは香奈恵の自宅を訪ね、殺害された香奈恵を発見する。香奈恵に借金していた信平が容疑者として浮上。現場の不審な点に気付いたコナンは香奈恵と犬の散歩コースで聞き込みを行い、事件の真相へと近づく…。

小五郎はバーテンダーの柚嬉から仕事中にポンという音がして、その直後に柚子の香りが漂うという奇妙な謎を解いて欲しいと依頼される。そして客の薄田が首を刺され窒息死する事件が発生。疑惑の目は会社の部下の実夏、初村、小暮に向けられる。コナンは3人が薄田の誕生日プレゼントとして持ってきた所持品に注目して…。

実夏、初村、小暮は凶器や毒物を所持しておらず、目暮たちは凶器や毒物を見つけるため、店内をもう一度調べ直す事に。コナンはふと天井を見上げて何かに気付く。そして小五郎の靴底にはガムのような事件の証拠品が付いていた。コナンはこの証拠品を足がかかりに犯人が薄田を殺害したトリックを見破って…。

大学生の留海から彼氏の摂津の浮気調査を依頼された世良。留海は摂津が元カノの和香と切れていないと疑っていた。蘭は世良に潜入捜査を頼まれ、留海たちとランチを食べる事に。だが、和香は集合場所に現れず、和香の部屋へ様子を見に行く。そして蘭はバスルームで倒れた和香を発見。和香は何者かに殺害されていた…。

コナンは写真を足掛かりに事件の真相に近づく。世良は自分と一緒にいた留海に犯行は不可能と訴えるが、蘭が見つけた遺体が和香じゃなかったら話は別と付け加える。世良は留海が和香の遺体に成りすましていたと仮定し、留海がどうやって和香を殺害したのか、そのトリックを暴いていくが…。その推理を聞いたコナンは…。

コナンと歩美、元太、光彦、哀はサッカー試合を観戦する。コナンはビッグ大阪FWの真田が左足ばかりシュートを打つ事を不思議に思う。真田は小4年の幸に向かって右手を立てる。幸の隣りにいる深沢は2人の様子を見て表情が強張る。コナンはこの3人に何かあったと察し、それが真田のプレーに影響していると考えるが…。

美月が女性を襲ってバッグを奪う連続強盗犯フード男に襲われる事件が発生。近くにいたコナン、小五郎、蘭はフード男を捕まえ、美月を助けるが…。この後、現場周辺で美月のルームメイト、陽子の遺体が発見される。コナンは他の被害者たちが財布ごと奪われたのに陽子だけ財布から現金のみ奪われた事に違和感を抱いて…。

コナン、小五郎、蘭、園子、世良が軽井沢のボウリング場で京極真と合流した直後、数学教師の道子が現れる。道子は連れの体育教師、丹波が酔って絡んだ事を京極に謝罪する。この後、駐車場の簡易トイレで丹波の遺体が発見される。山村警部は丹波に絡まれ、アリバイもない京極を犯人と決め付けて手錠をかけるが…。

道子は自分の妹と丹波が結婚の約束をしていた事を打ち明ける。だが、丹波の親が結婚を反対し、道子の妹は海に身を投げて入水自殺。すなみは道子の妹と同級生で親友だったという。コナンはゴミ箱からある物が発見されると、トイレの中を調べる。そして焦げた天井を見たコナンは丹波殺害の巧妙なトリックと犯人を見破って…。

次郎吉のもとにキッドから宝石グリーン・エンペラーを奪うという予告状が届く。次郎吉は400戦無敗の空手の達人、京極に警備を任せる事に。予告日、博物館の展示室では京極が首からグリーン・エンペラーをかけて1人で警護。キッドからは京極宛てに手紙が届き、コナンはこの手紙の意図するものを考えるが…。

博物館にキッドから大量の炙り出しの手紙が届き、コナンは目的を推理する。京極は展示室から皆を退去させ、入った者は敵と見なして制圧すると忠告。廊下に出たコナンは手紙を調べて何かに気付く。予告時間に館内の電気が消える。廊下には麻酔ガスが充満。機動隊員たちは次々に倒れ、コナンは防毒マスクに手を伸ばすが…。

コナンたちは隣のクラスの則也と知り合い、則也が泊まっている大学院生、敏成のアパートへ遊びに行く事に。アパート到着後、駐車場から戻ってきた敏成の叫び声が廊下から聞こえてくる。駆け付けると、隣の4号室ではフリーターの安富が胸と腹を刺されて事切れていた。コナンは3、4号室の状況から敏成を犯人と疑うが…。

高木はコンビニに聞き込みに行き、半年前の交通事故の時、現場から安富が走り去っていた事が明らかに。事故を起こした運転手は一命を取り留め、轢かれて他界したのが敏成の姉の美伽だった。コナンは敏成が犯人と改めて確信。コナンは則也の足のつねったような跡を突破口に敏成のアリバイトリックを見破って…。

海に来たコナン、元太、光彦、歩美、哀は滝口幸太郎、奈央夫妻と知り合い、停泊するクルーザーで食事をご馳走になる。幸太郎は自宅のプールで特訓して泳げるようになったという。幸太郎は海辺にいるコナンたちに手を振った後、海面へと飛び込むが溺れて他界。コナンは本当に幸太郎が泳げるようになったのか疑問を抱いて…。

喫茶ポアロが雑誌の取材を受け、店員の梓と三毛猫の大尉が雑誌に掲載される。すると雑誌を見て自分が大尉の飼い主という人物が現れる。コナンは3人も飼い主が現れたのは大尉が特別な三毛猫だからと気付いていた。そして、本物の飼い主は無事見つかるが…。後日、その飼い主が事件に巻き込まれてしまう…。

コナンたちは大尉に会いに行き、寝室で頭から血を流して倒れている会社社長の益子を発見。部屋は密室状態だった。佐藤刑事、高木刑事は現場の状況から事故と判断。この後、スナックママの露口、元社員の麻生、小説家の漆屋が部屋を訪ねていた事が判明。コナンは3人の話を聞いて犯人を見抜くと、密室トリックも見破って…。

蘭は空手部の先輩、弥生が住んでいるシェアハウスに遊びに行く。弥生は靖子、鈴木、克子とハウスをシェアしていた。この後、小五郎とコナンが蘭を迎えに来た時に2階の自分の部屋で首から血を流して絶命した克子が発見される。目暮警部は第一発見者で、克子を恨んでいる鈴木を犯人と疑うが、コナンは…。

世良はコナン、蘭、園子を連れて依頼人がいる貸し別荘へ。別荘には高校時代のアウトドア部の仲間が集まっていた。15年前、近くの別荘で妻が夫を刺殺する事件が発生。返り血を浴び、赤女と呼ばれる妻は今も逃走中だった。依頼は赤女にまつわるイタズラの犯人捜し。だがコナンと世良が森を調べている間に事件が起きて…。

薄谷の遺体が見つかり、長野県警の上原刑事は蘭たちが風呂場の湯気に気付いた後、風呂に入るまでの犯行と推理する。任田は薄谷を殺害したのは赤女しかいないと訴えるが…。捜査が進む中、コナンと世良はトマトと塩を使った実験をして犯人の見当をつける。この後、この世にいるはずのない赤女が貸し別荘に現れて…。

コナンたちは奇妙な事件の写真を確認し、上原は12年前に聡子が行方不明になった日の写真に注目。大和警部は赤女事件の現場にいた元警察官から新事実を聞き出す。大和から新事実を聞いたコナンと世良は自分たちの推理が正しいと確信し、薄谷を殺害した犯人とトリックを暴くが…。その時、窓の外から赤女が再び現れて…。

お笑い芸人のドドンパ六助は所属する天藤芸能社の社長、天藤英樹を殺害したと交番に自首してくる。だが、捜査を進めていくと、供述内容の矛盾が次々と発覚。そして本当の殺害時刻のアリバイも成立し、ドドンパの犯行は不可能とわかる。ドドンパは犯人になろうとした理由を打ち明けるが、コナンはある事が気になって…。

コナンは都合が良すぎるアリバイに違和感を抱き、ドドンパへの疑いを強める。そんな折、警視庁に犯人を名乗る女性らしき人物から電話がかかってくる。コナンはコンビニ店長、絵描きの泉から話を聞き、巧妙なアリバイトリックを見破る。コナンは関係者を集め小五郎に麻酔銃を発射。眠りの小五郎の推理ショーが幕を開ける…。

コナン、蘭、園子はホテル暮しをしている世良の部屋を見せてもらう事に。世良の部屋がある30階の廊下では編集者A、B、Cがホテルに缶詰めの小説家、火浦京伍の原稿を待っていた。この後、火浦の部屋の真下に部屋をとっていた助手の水無月千秋が殺害される事件が発生。火浦のアリバイは完璧だったが、コナンと世良は…。

水無月千秋がホテルで絞殺される。水無月のトランクからは消印が20年前のハガキが見つかる。差出人は火浦で、宛先は水無月ではなく、大田純という名前だった。それは火浦が連載する小説「電話と海と私」のヒロインの名前だった。この後、コナンと世良は高木の何気ない一言から火浦のアリバイトリックを見破って…。

町おこしイベントに協力するため、金沢にやってきた小五郎、コナン、蘭。コナンたちは観光連盟の谷本、宮澤、イベント会社の田所、倉西、秋山と共にツアー本番さながらに暗号を解きながらチェックポイントの観光地を巡るが…。そしてツアーが終盤に差し掛かった時、秋山が何者かに襲われる事件が起きてしまう…。

金沢21世紀美術館に到着後、コナンは秋山のカバンから落ちた4枚の暗号カードを確認。そして、コナンは秋山が新たに別の暗号を書き直した理由を推理する。コナンは秋山がカードに込めた本当のメッセージを読み取る。この後、コナンは秋山を襲った犯人を追い詰めるため、“逆ドッキリ”を仕掛けるが…。

公園に向かうコナンと元太、歩美、光彦、哀。その時、刑事たちに追われる怪しい男と衝突する。男が落とした手帳には「E2」と「麻」の文字。コナンは麻薬取引の日時、場所と推理。だが、完全に暗号が解けた訳ではなかった。光彦が暗号解読を協力して欲しいと平次に電話をかけ、協力して取引場所、目印を考えるが…。

麻薬の密売人の手帳を拾ったコナンたちは、大阪の平次と電話で連絡を取り、協力して暗号を解読。白いバラが待ち合わせの目印だったが、そこには強面の男、髪飾りの女、金髪に鼻ピアスのチャラ男の3人がいた。チャラ男は楽しそうに遠山和葉と話をしており、平次は不機嫌になる。そして取引時間から1分が経過して…。

コナンは元太、歩美、光彦、哀、阿笠博士と堤無津川凧揚げ大会に参加する。チーム少年探偵団とチームカフェ廉野が凧を揚げる順番になったが、凧を持って後退りしていた廉野は足を滑らせ、後ろ向きのまま堤無津川に。泳げない廉野は溺れ、救出されるが意識不明の重体。コナンは、これは事故ではなく事件だと睨む。

コナンは犯人とトリックを見破るが、それを裏付ける証拠がなかった。その時、哀と歩美が声をかける。哀は盗聴しようとした事を聞いたと伝え、歩美は携帯を紛失した事を告白。コナンは携帯に犯人の証拠が残っている事に期待する。容疑者に聞こえる声で、落とした携帯は録音中だったから拾った人の声が録れていると語って…。

コナンは阿笠博士、元太、歩美、光彦、哀とペンションを訪れ、経営する三姉妹に迎えられる。食事を終えた三女の樹里は薬がない事に気付き、恋人の雅彦が町の病院まで取りに行くが、病院から雅彦が来ていないという連絡がくる。コナンたちは行方不明になった雅彦を探しに行く事に。そして崖下で絶命した雅彦を発見する。

買い物帰りに姿を消した哀。哀は、仲良くなったミツルの自宅を訪ね、強盗に監禁されていた。猿ぐつわを噛まされた哀。口をガムテープで塞がれたミツル。付けっ放しのテレビで流れるニュースはミツルの元夫、檜垣直志が何者かに殺害されたという事件を報じていた。コナンは哀からの話を聞いてアリバイトリックを見破って…。

下校中のコナン、歩美、元太、光彦、哀の前に警官に追われる男が現れる。男は歩美を抱き上げて盾にし、何かを囁いた後、意識を失って昏倒。男の財布を調べると、政財界スキャンダルの記事が入っていた。千葉たちは男がこの事件絡みで生命を狙われている可能性もあると判断。コナンたち少年探偵団も事件を調べる事に…。

英理が入院し、コナンと蘭、小五郎がお見舞いに行く。病院には安室も来ていた。安室が訪ねた楠田陸道と同じ病院の個室には高坂樹理が入院していて、高校時代の同級生がお見舞いにやってくる。この後、廊下に樹理たちの悲鳴が聞こえ、病室では伶菜が絶命していた。コナンは犯人の目星をつけ、推理を巡らせる…。

杯戸中央病院で見舞い客の須東伶菜が殺害される事件が発生。死因は青酸系の毒物による窒息死だった。目暮警部たちは一緒に紅茶を飲んでいた同級生4人の中に犯人がいると睨む。蘭の何気ない一言を聞いて犯人が仕掛けたトリックの謎を解くコナン。伶菜がハーブティーに浮かべたレモンこそがトリックの肝だった。

コナン、蘭、歩美、光彦、元太、哀、阿笠博士は米花水族館にやってくる。ここは蘭にとって思い出の水族館で、新一の姿を思い出す…。新一が何かの匂いに気付いて辺りを見渡すと、ガソリンスタンドでバイトする朱本が絶命していた。朱本の携帯から電話やメールをしていた新一はその時に無視した3人から話を聞くが…。

新一と目暮警部は被害者、朱本が連絡していた尾城那穂、中桐鹿子、仁部浩大から話を聞く事に。3人はアリバイの証拠となる動画を見せ、目暮は人が撮った映像と判断。新一は犯人が明るい水中回廊で犯行に及んだ理由が気になる。この後、新一は何気ない蘭とのやりとりから理由に気付き、徐々に犯人を追い込んでいく…。

鈴木美術館でムンク展が開催される。学芸員、沼尻は「叫び」は確認を終え、運送しているという。しばらく後、沼尻は「叫び」を載せた車が突然消えたと報告。館長は国際問題になりかねない大事件と心配する。その直後、「叫び」を載せた車が遅れて到着。「叫び」は無事だった。新一は電話越しに事件の謎を解明する…。

小五郎は目暮警部に協力を要請され、強盗団を潜入捜査する事に。金庫破りの名人に変装した小五郎はボスのMr.ヘッドと対話。ヘッドは小五郎の正体に気付いていた。部下の中に息子を殺害した犯人がいるらしく、ヘッドはその犯人を特定しろと要求。タイムリミットまでに特定できなければ、殺し屋が蘭を殺害するという。

コナンと正体がバレた小五郎はアイズ、ノウズ、マウス、リップと共に、強盗団ボスのヘッドが待つ倉庫へ。ヘッドは息子を殺害した犯人を小五郎に暴いてもらうと伝える。1年前、息子のピンプルはカジノに潜入。そこで殺害されたのだ。防犯カメラの映像を見て不可解な点に気付いたコナンは小五郎にヒントを与えて…。

コナンたちは盗まれた自転車を見つけ出したシルバー探偵団の老人4人に出会う。翌日、黒田という若者が殺害される事件が発生。第一発見者はシルバー探偵団だった。光彦たちはお手柄が続いている事に違和感を抱き、シルバー探偵団を調べる。結成されたのはひと月前でメンバーを募集した頃に老女、城戸が事故死したという。

小五郎は失踪した画家の青木悟を探して欲しいと妻の碧から依頼される。コナンは最後に届いた、仄暗い海、浜辺に青白く輝く波が打ち寄せている幻想的な絵を見て、青木が富山湾にいると推理。水死体を発見する。民宿の主人の林の証言から犯人は青木の民宿の部屋を知っている人物と判断。3人が容疑者として浮上して…。

コナンはジョディと会い、楠田陸道の事を外部に漏らさないで欲しいと頼む。その時、ジョディは高木刑事から連絡を受け、知り合いで杯戸小学校教師の夏子が階段から突き落とされ、意識不明の重体になった事を知る。コナンは夏子が襲われたのは学校と推理。同僚の菅本、保護者の植野、神立から話を聞く事にするが…。

ジョディの知り合いの杯戸小学校教師、夏子が階段から突き落とされて意識不明の重体になる事件が発生。コナンたちは同僚の菅本、保護者の植野、神立からもう一度話を聞く。安室とコナンは夏子が採点した答案用紙の写真を確認し、誰が犯人かに気付いていた。この後、コナンと安室は写真を見せながら犯人の犯行を暴いて…。

ジョディとコナンは夏子の容態が悪化したと聞き病院へ。その頃、安室はキャメルに楠田の事を訊ねていた。キャメルが知らないと答えた直後にジョディがやってくる。キャメルは楠田が自殺した事は話してないと答えるが、そのジョディは変装したベルモットだった。ベルモットと合流した安室は赤井が生きていると推理して…。

安室は赤井が生きていると確信し、工藤邸にいる沖矢を訪ねる。来葉峠で頭を拳銃で撃たれ、車ごと焼かれた男性。安室は来葉峠の遺体は楠田と睨んでいた。その頃、ジョディもキャメルが運転する車で安室と同じ事を考えていた。間違いなく沖矢が赤井だと考えていた安室は、マスクを取ってくれと沖矢に要求して…。

来葉峠でジョディはキャメルが運転する車に乗り、公安から逃げていた。その時、赤井秀一が現れ、公安の車に発砲。ジョディたちは公安を振り切る事に成功するが、赤井はすぐに戻れと指示。その頃、工藤邸にいる安室に部下から連絡が入りタイヤを撃たれたと報告。赤井は公安から携帯を受け取り、安室と話し始める…。

コナンたちは園子の知り合いの近田詠美に会うため、彼女の高校にやってくる。詠美が同級生と開設した恋の相談窓口 織り姫クラブが設置した箱に事件予告の手紙が入れられていたという。詠美は「本日日没とともに、TBに死を！」という手紙が残っていた事を打ち明け、コナンたちは手分けして該当する生徒を探すが…。

羽田秀吉と勝又力の名人戦が開催される。2日目の対局直前、秀吉は女性スタッフから、妙な男から渡してくれと頼まれたという封筒を受け取る。手紙は恋人の宮本由美を誘拐したという脅迫状だった。秀吉は第一局の暗号文を解読してやってきた明治神宮でコナンたちと会う。コナンは第二局の暗号を解読して…。

名人戦中の羽田秀吉のもとに恋人の宮本由美を誘拐したという脅迫文が届く。コナンは第二局の暗号を解読し、幽霊坂にある墓地にやってくる。暗号が示しているのは福島正則の供養塔で、供養塔の裏の将棋盤には駒が接着剤で貼り付けられていた。コナンは哀たちの会話からこの暗号を解読。由美が杯戸町にいると確信して…。

コナンは蘭、園子とホテルのプールに遊びに行く。ホテルのオーナーの社長令嬢、永美はフィアンセの左巻が異母妹の浜香とデキていると疑っていた。この後、浜香は永美が首につけていたネックレスがない事に気付く。永美が1人で捜すと言って、皆にプールから上がるよう命じた後、ホテルのボーイが溺死した永美を発見して…。

ホテルのプールで大磯ファイナンス社長令嬢、永美の遺体が発見される。目暮はフィアンセの左巻、異母妹の浜香、ホテル支配人、豊島の行動を調べる事に。プールの受付スタッフは最初に戻ってきたのは豊島、次は左巻、最後は浜香だったと明かす。コナンと世良はプールの排水口と壁を見て誰が犯人かに気付く。

小五郎は気象予報士の関根康美と対談する。コナンたちが帰ろうとした時、パンという音が響き、続けてシューッという音。さらに康美の叫び声と落下音が聞こえてくる。駆けつけると、康美が絶命していた。小五郎は事故だと推理するが、コナンはADの浩子のイタズラを利用して康美を殺害した犯人がいると見破って…。

電話で2回殺害予告されたスーパー米花堂の店員、神崎。小五郎は神崎を恨んでいる人物はいないと判断するが、日曜、目出し帽の男が米花堂のマスコットキャラクター、ベカポンの着ぐるみに包丁を刺して逃げていく。刺されたのは神崎の代役で着ぐるみを着ていた下村だった。コナンは殺害予告時の話を聞いて真相に近づく…。

小五郎たちがファミレスで食事をしていると、ウエイターの染谷と同僚の梨元が激しい揉み合いになる。近くに座る小中千絵は何かに怯えたようにうつむいていた。3日後、高木刑事は染谷を警視庁まで連行するが、染谷が車内で暴れ、パトカーは大破。コナンたちは高木と染谷の事をニュースで知り、梨元に話を訊く事にする。

サッカーの帰り道、歩美は路地からアパートを眺める少年に気付く。声をかけると、少年はおばちゃんが殺害されたと泣き出す。部屋の中ではシナリオライターの駒井保江が首を括って絶命していた。コナンは足元に踏み台がない事から自殺に見せかけた殺害事件と推理。目暮は部屋に来た柴苅、阪場、幅中から話を聞いて…。

シナリオライターの駒井保江が自宅アパートで絶命していた。保江は3人の男が順番に来るが、帰った後、自分が出てこなかったら殺害されていると思うから警察に電話してと少年に頼んでいた。部屋に来た3人はそれぞれ自分が行った時には保江は絶命していたと証言。話を聞いたコナンはある事件を調べ、事件の真相に辿り着く。

何度も命を狙われ、身の危険を感じている女優の羽根木りょうから、依頼を受けた小五郎。任務はりょうを守る事、犯人を突き止める事だった。りょうと後輩のレイナが出演する番組のロケの翌日、2人が湖畔を散策する撮影が行われる。小五郎と民間SPチーフの土橋は警護を続けるが、一連の事件は狂言の可能性が出てきて…。

下校中、歩美が真壁邸を見ると、住人の真壁純が毛布に包んだ何かを運んでいた。真壁の顔や服には血が付着し、包まれていたのは生気のない妻の百合だった。歩美は真壁が百合を殺害したと疑い、元太たちと真壁邸へ。コナンは殺害されたとは限らないと指摘するが、若い女性と真壁の会話から事件の可能性もあると考え直して…。

ミステリー作家の上林長作が雑居ビルAと雑居ビルBの間の路地に転落死。目暮警部は窓が開いているビルAの廊下から落ちたと考える。そこに小五郎とコナンが偶然通りかかる。目暮は何か作業中に足を滑らせた事故死と判断するが、コナンは窓から外を見て、向かいのビルBの同じ位置にも窓がある事に気付いて…。

小五郎は女子大生の中居芙奈子からフリーターの彦根一真を捜して欲しいと依頼される。だが、芙奈子は彦根と知り合いではなく、小五郎はストーカーの手伝いはできないと断る。コナンが気になって跡を尾けると、芙奈子は彦根のアパートを訪ねていた。この後、コナンは彦根が残した犯罪計画書というノートを確認して…。

コナンはビル屋上から会社員の袋小路が落下する現場を目撃する。真下には会社員の小松が佇んでおり、直撃すれば危険な状態。コナンはボールを袋小路に向かって蹴り、袋小路はゴミの山に落ちて助かる。翌朝、目暮警部たちが捜査をしていた。目暮は、誰かが袋小路を屋上まで運んで落とした殺人未遂事件と考えていた。

放課後、コナンたちがサッカーの練習をするため、阿笠博士の知り合いの屋敷の跡地へ向かうと、警察が捜査をしていた。跡地にあるプールで男性の遺体が発見されたという。跡地に入るには門を通らなければならず、最後に開けられたのは3日前。だが、死亡推定時刻は昨夜の日付が変わる前。事件は屋根のない密室で起きていた。

闇金会社社長、佐伯建造と妻、弘子の5歳になる娘の礼奈が誘拐された。犯人は警察に知らせたら娘の命はないと警告し、身代金1億円を米花中央公園に持ってこいと要求。運搬役として指名したのは家政婦の鈴子だった。目暮は身代金を入れたバッグ、車の下、鈴子のブローチに発信機を付けたが、誘拐犯はそれを見越していて…。

小五郎はコナンと蘭を連れて鳥取にやってくる。砂の美術館へ行った後、倉吉へと移動し、鳥取県警の山根と共に地元の名家、熊堂家に行ってみる事に。家の居間では長男の妻、修子が両手両足を縛られていた。翌朝、コナンたちは当主の熊堂巌、長女の万亀江、長男の惣一、次男の淳二のアリバイを調べるが…。

鳥取の名家、熊堂家から家宝の香炉が盗まれた。小五郎は巌、万亀江、惣一、淳二という熊堂家の誰かが犯人と推理。コナンは直美のわざとらしいアリバイが引っかかり、直美の伯父、足立が働くなしっこ館を訪ねる。コナンは足立から修子が弱みを握られている状況を知り、修子が縛られていた訳に気付く。

4日前、2日前と2日に1回、異なる児童公園で放火事件が発生していた。コナンたちは、放火魔を捕まえようと去年と同じ現場を張り込んでいたフリーター、釜石と共に調査を行う。事件を洗い直すため現場となった公園へ向かうと、看板や広告の文字が赤く囲まれていた。コナンは一連の印が何を意味しているかに気付いて…。

コナンはブレーキが効かずに暴走した車の事故を防ぐ。何者かがブレーキホースに穴を開けていて、警察は殺人未遂事件として捜査を進める。運転していた細尾は所有する二表の面を市川海老蔵に渡しに行く途中だった。海老蔵は来月上演する「七つ面」でこの面を使うという。頭取の松原は預かった面をロッカーに保管するが…。

金子に会いに行く途中で拉致されたコナンが目覚めると、そこは取り壊し作業真っ只中のビルの中だった。コナンは携帯がない事に気付き、DBバッジのスイッチを入れるが無反応。自力で脱出を図ろうとする。蘭たちはコナンと連絡が取れないため、GPSを使ってコナンの携帯の位置を確認。路地に落ちている携帯を発見する。

小五郎、コナン、蘭は人気腹話術師の天願リイチのライブにやってくる。小五郎は天願から仕事を依頼されたのだ。ライブの演目は相棒の人形に魂を乗っ取られた腹話術師が妻を殺害するという内容だった。ライブ後、小五郎たちが楽屋に向かうと、天願の弟子、登川春臣と天願の妻、天願和子の会話が聞こえてくる。

人気腹話術師の天願の妻、和子がトロフィーで殴られて殺害される。天願は多重人格に陥り、和子を殺害しろと命じる人形の人格が出現していた。天願は意識がない時に殺害したかもしれないと自白する。だが、目暮警部は現場の状況から和子と浮気した天願の弟子の登川を容疑者と疑う。

コナンは蘭、小五郎、平次、和葉と長野の旅館を訪れる。平次は名物の葛湯を飲んだ後、写真を小五郎に見せる。それは鎌を背負った人物が露天風呂の湯の上を走っている写真だった。平次は人を切りつける妖怪の鎌イタチに似ていると指摘。その時、この写真を雑誌に掲載したライターの中間、ライバル誌ライターの小柳が現れる。

コナン、蘭、小五郎、平次、和葉は妖怪、鎌イタチの写真が撮影された旅館を訪れる。旅館にはライターの中間、小柳も取材に来ていた。そして、暗闇の蔵の中で平次、小五郎、小柳が肌を切られ、皆の脳裏に鎌イタチの事がよぎる。この後、女将の高美の義父、盆蔵が離れで殺害される。盆蔵の胸には鎌が刺さっていた。

長野観光に来た小五郎、コナン、蘭は川中島古戦場跡を見学。そこに事件の聞き込みをしていた大和警部、上原刑事、諸伏警部が現れ、その直後に三枝警部、鹿野警部補、秋山巡査部長もやってくる。これから強盗犯の潜伏先に行くという三枝、鹿野、秋山。待ち合わせた班長の竹田警部が来ないらしく、3人は現場に踏み込む事に。

長野観光に来た小五郎、コナン、蘭は長野県警の竹田警部が殺害される事件に遭遇。そして、自宅で首を吊った鹿野警部補も発見される。大和警部の携帯には鹿野から「我は毘沙門天 啄木鳥を滅ぼす 軍神なり」というメールが届いていた。大和は鹿野を床に降ろすが、すでに鹿野は絶命。鹿野の額にもXの印がつけられていた。

長野県警の竹田警部、鹿野警部補、秋山巡査部長が次々と殺害される事件が起きる。黒田捜査一課長は現場の状況から3人を殺害した容疑で大和警部を指名手配する。予告通りなら、犯人はあと2人の命を狙おうとしていた。コナンは手がかりを探すため、半年前の銀行立てこもり事件の話を由衣刑事から聞く。

朝、コナンは小五郎、蘭と一緒に喫茶ポアロに行ってモーニングセットを食べる。安室透がサンドイッチを作り終えると、店員の榎本梓はそのサンドイッチを男性客に運ぶ。男性客はハムサンドを食べた後、すぐにカウンターにいる安室を見る。コナンはこの不審な行動をとる男性客の事が気になっていた。

コナン、元太、光彦、歩美、灰原は阿笠博士と一緒にホテルベイカーウエストのケーキバイキングにやってくる。コナンたちがケーキを食べていると、プチファルコン（小さな玩具のヘリコプター）が飛んでくる。元太のケーキの上に落ちたプチファルコンは女優の北見沙弥のものだった。

コナンたちはホテルでブログ人気ランキングを争う女優の北見沙弥、庄野杏奈と知り合う。そして、沙弥の秘密をブログに載せている杏奈が密室で殺害される事件が発生。コナンは現場の状況、行動から沙弥が犯人と睨む。コナンは504号室で沙弥から話を聞き、杏奈の部屋に入った方法と凶器の目星をつける。

夜、OLの中島亜里紗とトリュンペルマン・スーザンが米妙寺へ続く石段を歩いていると、全身を青白く光らせた異形の生物が出現。その生物は宇宙人と名乗り、亜里紗は笑いながら宇宙人とスーザンが並ぶ動画を撮影する。その時、石段の上の方から「宇宙人だ」と驚く男性の声が聞こえてくる。

小五郎は鳥海コンツェルンの御曹司、鳥海から失踪した婚約者、元子の捜索を依頼される。小五郎とコナンが捜査をすると、3日前の夜に元子は大家に引っ越しする事、会社の上司に仕事を辞める事を電話で伝えていた。聞き込みは順調に進み、コナンたちは最後の接触者と思われる老人のしげみに会って話を聞く。

小五郎が人気アイドル歌手リサのボディガードを頼まれ、コナンと蘭はライブを鑑賞する。そしてライブ開始直後、仮面を被った2人組がリサを誘拐しようとする事件が発生。混乱の中、同じコスプレ姿の蘭がリサに間違われて誘拐される。小五郎とコナンは犯人を追うが途中で見失って…。

蘭が人気アイドル歌手リサに間違われて誘拐される。犯人の竹山と伊原のアジトにはリサとグルになって誘拐を仕組んだSNSのやりとりが残っていた。だが、コナンはリサになりすました別の共犯者がいると睨む。竹山は蘭を閉じ込めた冷蔵庫を山中に不法投棄する。冷蔵庫が密閉されていれば、酸素がなくなる危険な状況で…。

小五郎、コナン、蘭は温泉帰りに台風に遭遇し、セールスマンの穂刈、工場経営者の武上、バックパッカーのカール、議員秘書の紀子、近所に住む老人のふね、駅長の稲垣、駅員の雅子という7人と駅で一晩過ごす事に。小五郎は駅の温泉から出た後、上着のポケットに紙切れが入っている事に気付く。

米花金融から3千万円を強奪した宍戸は2時間後に事故死。宍戸は事故前に3千万円をどこかに隠していた。小五郎は曇柄寺の住職、了全から建て替え工事を中止しろと脅迫電話をかけてきた犯人を捜してほしいと依頼される。小五郎は脅迫電話と消えた3千万円に接点があると睨み、様々な推理を展開するが…。

米花金融から3千万円を強奪した宍戸は2時間後に事故死。宍戸は事故前に3千万円をどこかに隠していた。小五郎は曇柄寺の住職、了全から建て替え工事を中止しろと脅迫電話をかけてきた犯人を捜してほしいと依頼される。小五郎は脅迫電話と消えた3千万円に接点があると睨み、様々な推理を展開するが…。

レストランの倉庫でオーナーの飛鳥の遺体が発見され、コナンはソムリエ山田、ウエイター鴻江、ウエイトレス嶺子の中に犯人がいると睨む。目暮警部は第1発見者の比護とヨーコへの疑いを強める。コナンは飛鳥が寝ていた時にかけていた毛布の不審な点に気付き、嶺子たちの証言を思い出して事件の真相に近づく…。

豪雨の中、コナンら少年探偵団はトイレを借りるため、森にある洋館を訪ねる。コナンは館にいたアニキとノッポと話して2人が住人ではなく強盗だと気付く。探偵団はナイフを持った強盗2人から逃げながら縛られた住人の雨宮真樹を救出。コナンたちは真樹と一緒に家の中を逃げ回る。夫の雨宮翔はどこにいるかわからなかった。

小五郎、コナン、蘭は海と池が繋がり、潮の満ち引きで景色が変わる公園にやってくる。コナンは潮が引いて現れた沈下橋に倒れている男性を発見。遺体の首には絞められた痕があり、小五郎は事件と事故、両方の可能性を探る。公園管理人の丹波は朝の引き潮の時、遺体はなかったと証言して…。

小五郎、コナン、蘭は事故の現場に遭遇する。八木沼が立体駐車場の非常階段から転落して絶命したのだ。階段の上にいた美咲は八木沼が襲ってきたと証言。1週間前、美咲の自宅に侵入した八木沼は美咲の夫、滝沢彰を殺害し、金庫から1億円相当の宝石を強奪。小五郎は八木沼が口封じで美咲を襲ったと推理するが…。

コナン、蘭、園子は世良が行きつけのラーメン店に案内される。その店は移転前に毒殺事件があった「ラーメン小倉」だった。店内では常連客の荘野由奈、水科宗輔、仲西修が食事をしていた。コナンは調味料をたくさん使う3人の行動を不思議に思う。3人が帰った後、店員の彩代は先日、近くで強盗殺人事件があったと明かす。

1週間前、頓田を殺害後、「ラーメン小倉」に逃げ込んだ犯人。容疑者はその時、店にいた常連客の荘野、水科、仲西に絞られる。事件後、犯人とすれ違った由美の元カレ、羽田は犯人が走る度に奇妙な音がしたと証言。コナンは羽田の話を聞いて何かを閃く。そして、コナンと世良は店にあるトイレの給水タンクを調べ…。

米戸橋近くの河原でUFOの目撃情報があり、コナンたちは河原にUFO観測に行く。その頃、「おもちゃのながい」店主の長井は借金取り立て屋の大城を米戸橋へ連れていく。この後、河原にいたコナンたちはブーメラン型の玩具と大城の遺体を発見。コナンはUFO騒動の真相に気付いて…。

小五郎、コナン、蘭がゾンビ映画のロケ地の貸し別荘を見に行くと、そこに平次、和葉が現れる。あるカップルがこの別荘付近で首の骨が折れたゾンビを轢いたらしく、平次は真相を確かめにきたのだ。この後、ゾンビ映画の続編の予告を撮るために映画スタッフたちもやってくる。撮影中、プロデューサーの原脇がいなくなり…。

コナンたちはゾンビ映画のロケ地の貸し別荘で絶命したプロデューサーの原脇を発見。スマホには原脇が青酸カリを飲む動画が残っていた。車を運転できるのは亡くなった原脇のみ。携帯の電波も圏外のため、コナンたちは警察を呼ぶ事ができない。夜、腹痛で寝込む小五郎は別荘の周りにゾンビがいると蘭と和葉に伝える。

ゾンビ映画のロケ地の別荘で原脇の遺体に続き、絶命した恭子が発見される。スマホには恭子がゾンビのような原脇に首を噛まれる動画が残っていて、部屋からは原脇の遺体が消えていた。コナンと平次は今回の事件と8年前の事件は関係があると考える。そして、洋服ダンスの仕掛けからトリック、犯人を見破って…。

小五郎は拳銃を持った強盗犯を追って建物の屋上へ。結局、警察が強盗犯を逮捕するが、強盗犯は逃走中に拳銃を捨てた事が判明する。高い所がダメな小五郎は発砲された恐怖も重なり、軽いショック状態に。2日後、詐欺容疑の先物取引グループ代表の榊が保釈直後に肩と足を撃たれる。この拳銃は強盗犯が捨てたものだった。

小五郎とコナンは秘書の深海が金融業経営者の宝田に包丁を突き刺している現場を目撃する。だが、すでに遺体は絞殺されて2時間が経過。小五郎は深海が息絶えていると気付かずに刺したと考える。宝田は殺人予告が届いたと小五郎を呼んでいたのだ。目暮警部は金融の被害者が宝田に復讐したと推理して…。

小五郎、コナンは深海が宝田に包丁を突き刺す現場を目撃するが、すでに遺体は絞殺されて2時間が経過。深海は息絶えていると気付かずに刺したのだ。妻の美香はアリバイがなく、物証も見つかって絞殺した容疑者に浮上。これで宝田の遺産は鮫二が相続する事に。コナンは鮫二が美香をハメたと疑い、鮫二にカマをかける。

蘭、園子、世良は女子高生バンド結成に向け、コナン、安室と共に貸しスタジオへ練習に行く。ここでコナンたちはガールズバンドのギターの染花、ベース&ボーカルの唯子、キーボードの留海、ドラムの萩江を見かける。この後、スタジオで仮眠していた萩江が絞殺される事件が発生。メンバー3人が容疑者として疑われるが…。

スタジオでガールズバンドの萩江が絞殺される事件が発生。バンドメンバーの染花、唯子、留海が犯人と疑われる。目暮は萩江が他のバンドとよく揉めていたと知り、外部の犯行もあると考える。コナンは3人から話を聞いた後、スタジオでの練習風景の動画を確認。コナン、世良、安室は映像を見て事件の真相に近づく。

コナン、蘭、園子は国内最大の熱気球大会にやってくる。レース中、チャンピオンの水口慎吾の気球に奥田晃宏の気球が激突し、水口の気球はどんどん落下していく。その時、妻の水口有紗が気球から墜落して絶命。レース前、水口と奥田がケンカしていたため、警察は奥田が故意に水口の気球にぶつかったと疑う。

小五郎、コナン、蘭は山をハイキング中、唸り声のような天狗の声を耳にする。麓の民宿に宿泊したコナンたちは翌朝、町の指定史跡、天狗の洞窟を見学する事に。この時、コナンは天狗のお面をつけ、天狗の祠の下で首を吊っている遺体を発見。それは町長の真山だった。小五郎は洞窟に誰もいない状況から自殺と判断するが…。

OLの純子は頓比町の殺人事件の容疑者として逮捕される。純子は被害者の勝井から金銭をタカられ、耐えられずに犯行に及んだという。だが、小五郎は犯行時刻に米花町で純子を目撃。頓比町と米花町は車で1時間の距離にあり、小五郎は純子の犯行は不可能と目暮警部に伝える。アリバイは成立し、純子は釈放されるが…。

雨の中、裏通りから鈍い音が響く。小五郎とコナンが駆け付けると、交差点付近に停まる車の運転席で菊池が気絶。前方では血を流した堤が絶命していた。目を覚ました菊池は堤の遺体を見て愕然となる。菊池と堤は会社の元同僚だった。この後、堤の上着から遺書が発見され、小五郎は飛び出し事故ではなく、自殺と判断するが…。

小五郎はコナン、恵を車に乗せて海沿いの国道を走る。半年前、礼美が自宅アパートで首を吊って自殺。隣に住んでいた恵は礼美の自殺を阻止できなかった自分を責めていた。偽名を使って借金取りから逃げ回っていた礼美。コナンは最後だけ本名で部屋を借りた事に疑問を抱く。コナンは他にも不可解な点に気付いて…。

コナン、歩美、光彦、元太、哀は阿笠博士と共に米花デパートへ行く。この時、最上階にある高級レストランの料理長、細越が階段の所でクレーマーに腹部を刺される事件が発生。コナンは犯人が階段を使って逃走したと別々の階にいた元太、光彦、歩美に連絡。逃走する犯人を見た元太、光彦、歩美だが目撃情報は三者三様で…。

米花デパートでレストラン料理長の細越がクレーマーに刺される事件が発生。容疑者はフリーターの鎌屋、主婦の充子、シェフの宮台の3人に絞られる。犯人を見た元太、光彦、歩美だったが証言はバラバラ。コナンは改めて元太たちと話し、目撃した時の状況を詳しく聞く。そして証言が食い違った理由、誰が犯人なのかを見破る。

暗闇の中、コナンはふいに目覚める。歩美たちと買い物に行く途中、ビルの一室で金庫をこじ開ける人影を目撃したコナン。この時、コナンは犯人に襲われ、長方形の箱に閉じ込められたのだ。その頃、小五郎は依頼を受け、唐橋グループ会長、唐橋剛太郎の遺言状を盗んだ犯人を捜していた。

コナンは金庫破りの犯人に襲われ、棺桶に閉じ込められる。小五郎は剛太郎の遺言状を盗んだ犯人を捜し、容疑者を3人の子供たちに絞る。光彦は蘭から小五郎が依頼された事件の話を聞き、コナンが目撃した盗難事件と関係があると推理。哀たちは剛太郎の棺桶にコナンがいる事に気付くが、すでに霊柩車は火葬場に向かっていて…

千葉刑事は3ヶ月前に起きた不可思議な事件を捜査していた。杯戸高校の敷地内で顔をコンクリにめり込ませて窒息死していた雑誌編集者の中津。遺体と一緒にコンクリで倒れていたUFOマニアの朽木に容疑がかけられる。朽木は容疑を否認し、UFOから降りて来た宇宙人が浮いたまま中津を殺害したと証言する。

顔をコンクリにめり込ませて窒息死した中津。一緒に倒れていた朽木は容疑を否認し、UFOから降りて来た宇宙人が中津を殺害したと証言。防犯カメラにもUFOのような影が映っていた。コナンは千葉刑事らと朽木の家を訪ね、朽木から話を聞く。この時、コナンは部屋であるモノを見つけ、朽木の不可解な行動の理由に気付く。

由美は将棋の王将戦のニュースを見て、羽田が棋士だった事を初めて知る。数年前に羽田から封筒を渡され、7つ揃うまで開けないで欲しいと言われた由美。一緒にいた佐藤刑事は封筒の中身を婚姻届と推測。今朝、由美は封筒を挟んだ雑誌をゴミ捨て場に出していた。由美たちはすぐにゴミ捨て場に行くが、雑誌はなくなっていた。

管理人の八塚は封筒に入った婚姻届を隠し、パソコンに8ケタの数字のパスワードを仕掛ける。部屋にあった暗号を解いて8ケタの数字を入力すれば封筒の在処を知る事ができるのだ。コナンは1枚では成立しない暗号かもしれないと考え、皆ともう1枚の暗号を探す事に。途中、由美は暗号の紙が直書ではなくコピーだと気付く。

小五郎はコナン、蘭を連れて大分の別府温泉にやってくる。小五郎の本当の目的は旅行ではなく、失踪した仲代電気の社長令嬢、仲代麻奈美を見つけ出す事。麻奈美は別府にいる元恋人の早見裕之に会いに来ている可能性が高かった。同じ頃、佐藤刑事たちは大分で拳銃強盗の犯人を追っていた…。

仲代電気の社長令嬢、麻奈美が誘拐され、身代金1億円入りのバッグは誘拐犯の荻久保竜次がドローンで持ち去る。佐藤刑事たちも拳銃強盗犯として荻久保を追っていた。荻久保は共犯の裕之と落ち合い、身代金を山分けするという。佐藤たちは裕之と落ち合う前に荻久保を逮捕するが、バッグの1億円はいつの間にか消えていた。

蘭は桜を見て工藤新一と出会った時の事を思い出す。13年前、蘭は保育園で同じ組の男子にいじめられる。そんな蘭に声をかけてきたのが入園したばかりの新一だった。歌の時間、新一は保育士の江舟が蘭をずっと見ている事に気付いて訝しむ。この後も新一は蘭をひいきする江舟の行動をあやしいと感じる。

13年前、保育園で出会った新一と蘭。新一は蘭をひいきする保育士、江舟の不審な行動を優作と有希子に教える。優作は江舟の不可解な行動の理由に思考を巡らせる。翌日、変装した優作は園児たちの様子を見に行き、停車中のバンの中で運転手が園児の写真を撮り、ニタリと笑う姿を目撃する。

コナンと園子は京極が稽古をする大阪の道場にやってくる。館長の高見は京極の恩人だった。コナンたちが少年部の稽古を見学していると、梶芳が契約書のサインをもらいにやってくる。この後、道場の展示コーナーに置かれた大切な黒帯が盗まれる。犯人と疑われた京極は高見に試合を申し込み…。

小五郎、コナンはマンション4階の部屋の前にいる早紀の友人の舞子、管理人の吉江、宅配員の松田から助けを求められて部屋を調べる。そして住人の前原と妻の早紀の遺体を発見。目暮警部は現場の状況や皆の証言から強盗を装った早紀が前原を殺害後、被害者のフリをしようとした時に過って窒息死したと推理する。

高級住宅街にある公園で迷惑男の天城の遺体が発見される。遺体の傍らには血痕が付着した町内会長、番藤の診察カードが落ちていて、目暮たちは番藤の自宅に話を聞きに行くが…。番藤は酒に混ぜた農薬を飲んで服毒死していた。高木刑事と千葉刑事は番藤が天城を刺殺後、観念して自決したと推理するが…。

刺殺された迷惑男の天城の遺体が発見され、容疑者の町内会長、番藤も農薬を飲んで自決。番藤が天城を刺殺後、観念して自決したと思われたが…。今度は番藤の自宅で発見された遺留品から大学講師の千野が2人を殺害した容疑者に浮上する。だが、コナンは不可解な点に気付き、真犯人が千野をハメたと睨む。

雲丸山を登山するコナンたちは宿泊する山小屋で栄子、芦塚、林田、岳美と知り合う。4人は3年前に事故で転落死した登山サークルの仲間、元木の命日で集まっていた。翌朝、1人だけ崖下のテントで寝ていた岳美が殺害された状態で発見される。夜中に近くの山にデータを取りに行った気象観測所員の林田が犯人と疑われるが…

小五郎は空き巣の犯人を捕まえてほしいと純子に依頼される。その時、マンション裏の駐車場で純子の隣りに住む北上の遺体が発見される。小五郎は北上が自宅の704号室から泥酔して転落死した事故と推理。目暮警部たちは704号室を調べ、コナンは防犯対策が万全だった北上が玄関の鍵をかけていなかった事に疑問を持つ。

不動産社長の樋山は阿笠が開発したハサミを持ったまま殺害され、コナンと沖矢は阿笠に同行して現場にやってくる。第一発見者は元駄菓子屋の仙波。この事件は被害者がハサミを持っていた点、現場の蛇口が開きっ放しだった点など、17年前の未解決事件に酷似していた。

不動産社長の樋山がハサミを持ったまま殺害される。この事件は現場の状況が17年前の未解決事件に酷似していた。コナンと沖矢は第一発見者の元駄菓子屋の仙波が犯人で間違いないと考えるものの、凶器とそれを現場の離れに持ち込んだ方法まではわからずにいた。この後、コナンたちは玄関のボディーガード2人から話を聞き…

小五郎は霊魂探偵の堀田と対談する事になり、打ち合わせのためにコナンとホテルに向かう。小五郎たちは東都テレビの古栗と合流後、堀田の部屋を訪ねるが応答はなし。午前9時頃、小五郎たちはホテルボーイに鍵を開けてもらって部屋に入る。小五郎はベランダから何者かが逃げる人影を目撃。ベッドでは堀田が絶命していた…。

小五郎とコナン、東都テレビの古栗は霊魂探偵の堀田が宿泊するホテルの402号室を訪ね、逃げる犯人と殺害された堀田を発見する。コナンは402号室のドアを開けた時の事を思い出しながら部屋の気になる所を調べる。コナンと世良はすでに犯人の目星をつけていた。

小久保衛は伯母の小久保直子の自宅を訪ね、殺害された直子を発見する。直子はメイドの恵美と2人暮らし。犯行時刻、恵美は買い物していて家にいなかった。珍しい古書を集めていた直子は古書店主人の狭山から贋物を買っていた事が判明する。目暮警部は衛、恵美、狭山の中の誰かが犯人と考えるが、3人にはアリバイがあった。

コナン、蘭、園子、沖矢はミュージシャン、波土のライブのリハーサルの見学に。波土は１７年前に作った曲「ＡＳＡＣＡ」を新曲としてライブでお披露目するらしく、コナンと沖矢の脳裏にＲＵＭの事がよぎる。波土は作詞中のため、コナンたちは会場に入れず、マネージャーの佳苗、レコード会社社長の布施、雑誌記者の梶谷と話していると、安室と梓もやってくる。この後、消防員たちがステージ上で首を吊って絶命した波土を発見して…

ライブ会場のステージ上で絶命した状態で発見されたミュージシャンの波土。目暮警部は佳苗、布施、梶谷を容疑者と考える。コナンは波土の免許証、蘭の足元に並ぶ証拠品のロープを見てハッとなる。この後、コナンは梶谷が撮影した会場に入る波土の顔を見て、ある事に気付く。コナンは現場からなくなった物を確認した後、安室、沖矢とステージ上を調べて事件の真相、犯人が被害者を釣りあげたトリックを見破って…

コナンたちは玉木古書店店主、玉木裕次郎と息子の一朗が言い争う現場に偶然立ち会う。店は老朽化し、一朗は裕次郎に早く店を畳んでほしいと思っていた。後日、コナンたちは古書店の横にある公園にやってくる。この後、コナンたちは古書店の本棚が将棋倒しになっている事に気付く。裕次郎は本棚の下敷きになって倒れていた…

コナン、灰原、歩美、元太、光彦は阿笠博士の知り合いの別荘に遊びに行き、ケガをした凄腕ハッカーの伊勢原を発見。伊勢原はゾロと呼ばれる強盗犯、溝呂木の仲間だったが、裏切り者として命を狙われていた。コナンはそんな伊勢原を助け、追ってくる溝呂木と仲間から必死に逃げるが、断崖絶壁に追いつめられる。

コナンは伊勢原と一緒に逃げるが2人とも断崖絶壁から落下する。伊勢原と断崖から落下中、コナンはベルトからサッカーボールを噴出。コナンはこのボールを使い、伊勢原と断崖の真下にある洞窟へ転がり込んでいた。コナンは伊勢原に協力してもらい、溝呂木の新たな犯行を阻止しようとするが…。

今年は織田信長が岐阜に入城して450年目。コナン、歩美、元太、光彦、灰原、阿笠博士は岐阜市の記念イベントを見に来ていた。夜、コナンたちは5人組の折り紙戦隊、ノブナ・ガイザーのショーを見学。宿に戻った後、光彦は１人でノブナ・ガイザーにサインをもらいに行って行方不明になる。

コナンと蘭は平次、和葉に誘われ、静岡の宿里村にやってくる。村長の殿輔は徳川埋蔵金の発掘を手伝ってもらうため、平次の他に考古学者の道貴、歴史学者の康克、小説家の史絵、ルポライターの肇を村に呼んでいた。ここは鵺伝説が残る村だった。夜、皆は村の朽ちたホテルに宿泊するが…。

コナン、蘭、平次、和葉は徳川埋蔵金の発掘を手伝うため、静岡の宿里村にやってくる。夜、康克が殺害される事件が発生。康克の背中には獣に襲われたような爪跡が残っていて、肇は鵺にやられたと騒ぐ。この後、再び不気味な鳴き声が響き渡り、コナンたちがいる草むらのあちこちから炎が燃え上がる。

徳川埋蔵金の発掘を手伝うため、静岡の宿里村にやってきたコナンたち。夜、化け物の鵺に襲われたような傷跡を残して康克、道貴が殺害される。コナンと平次は事件の真相に辿り着き、犯人のトリックを再現してみる事に。朝4時、平次は鵺の正体がわかったと言って皆をホテル前に集める。

小五郎は不思議な仏像の謎を解くため、コナン、蘭と方斗寺にやってくる。本堂の十一面観音は勝手に横や後ろを向く事があり、そうなった後は必ず悪い事が起きるという。この日も仏像は後ろを向いていて、住職の福原栄鏡の妻、昌子と娘の由佳はまた悪い事が起きるかもしれないと不安になる。

小五郎はコナン、蘭を連れ、ロボットを作る久須美工機の工場にやってくる。社員の谷崎、堀内、一色の中の誰かが明星テクニクスにパーツを横流ししていて、小五郎は社長の久須美から犯人の特定を依頼されていた。夜、小五郎、コナン、蘭は情報漏洩犯を現行犯逮捕するため、工場内に身を潜めるが…。

鳥丸は奥米花にある由の家に強盗に入って逃走。鳥丸は山道の前方にいた元太を払い倒して逃げる。この後、鳥丸は角を曲がった所で権野に激突。2人は崖を転げ落ちる。鳥丸は気絶した権野の服に着替え、代わりに権野に自分の服を着させる。鳥丸は権野を犯人に仕立て上げようと企んだのだ。頭を打って記憶を失った権野は…。

コナンは蘭、園子、世良とデパートの水着売場にやってくる。コナンはその場を離れ、婦人服売場「シムサ」の前を通りかかり、店員の南部、客の二塚、客の指原とその部下の八卷の4人が揉めている現場を目撃する。この後、コナンと蘭たちが「シムサ」の様子を見に行くと、悲鳴が聞こえてくる。

コナンたちが訪れたデパートの婦人服売場の更衣室で女社長の指原が何者かに絞殺される。指原は左手と右手にダイイングメッセージを残していた。目暮警部は店員の南部、客の二塚、指原の部下の八卷から話を聞く事に。犯人の目星をつけたコナンと世良は園子たちとの会話をヒントにトリックを見破って…。

コナン、元太、光彦、歩美は土砂降りに見舞われ、洋館で雨宿りさせてもらう。家主の太田黒の妻、智恵子は車椅子の生活をしていたが2カ月前に崖下に落ちて事故死。太田黒は半月前から智恵子が霊になって現れると話していて、コナンたちも屋敷で黄色い光の幽霊や勝手に動く車椅子を目撃する。

１０年前、幼い工藤新一はひょんな事から海水浴に来ていた赤井秀一の家族と知り合う。この後、車が崖から海に落ちる事故が発生。秀一はこの車が事件に絡んでいると睨み…

１０年前、強盗犯の車が崖から海に落ちる事故が発生。強盗犯の１人は沈む車から逃げ、海水浴客に紛れ込む。赤井秀一は幼い新一に協力し、容疑者を３人に絞り込むが…。

毛利探偵事務所に立体絵本とピンクのスマホが届く。この絵本は連続爆弾事件の予告状になっていた。犯人は病死した絵本の作者の腹違いの兄で、爆弾製造の前科がある蛭川卓司だった。爆弾を仕掛けた場所はなぞなぞになっていて、コナンは小五郎、目暮警部、出版社編集長の朝永博之らと協力して仕掛けられた爆弾を捜索するが…

毛利探偵事務所に立体絵本とピンクのスマホが届く。この絵本は連続爆弾事件の予告状だった。3つ目の爆弾を仕掛けた場所のなぞなぞは「7のまんなか」。コナンたちは7で表すものとその真ん中とは何かを考える。警察官は総動員で木、緑、ファがつく場所、会社、学校などの捜索に取り掛かるが…。

コナン、蘭は大阪から来た平次、和葉と錦座のイルミネーションを見に行く事に。蘭と和葉が夕飯の仕度をしている間、コナンと平次は喫茶ポアロで時間をつぶす。コナンたちの隣の席にやってきたのは米花大学の大積、唯、安斉、永塚。4人は唯の誕生日会をやるという。この後、ブレーカーが落ちて店内が暗くなる。

喫茶ポアロでブレーカーが落ちて店内が暗くなった間に安斉が包丁で背中を刺される事件が発生。目暮は唯、大積、永塚、和田の中に犯人がいると睨む。コナンと平次は犯人が返り血を浴びないトリックを見破るが、そのトリックを使える人物に犯行は不可能だった。この後、和田は唐突に百人一首の歌を詠みあげて…。

次郎吉は幕末の絡繰師が作った絡繰箱を開けてほしいと公華から頼まれる。絡繰箱には他界した夫の遺品である世界最大の月長石、月の記憶（ルナ・メモリア）が入っていた。次郎吉は怪盗キッドをおびき出すため、月の記憶が入った絡繰箱を展示。コナンたちは箱を開ける方法に思案を巡らせて…。

次郎吉は怪盗キッドをおびき出すため、世界最大の月長石、月の記憶が入った絡繰箱を展示。コナンはキッドが傍にいる気配を感じて警戒する。皆は公華が寄贈した本1万冊の中にある箱の開け方が書かれた紙を見つける事に。この後、コナンは紙の在処、箱の本当の中身に気付くが、キッドが動き出して…。

コナンたちは副担任の若狭と学校にある古い倉庫の地下室で白骨遺体を発見する。遺体は10年くらい前に亡くなったものだった。コナンたちは遺体が握っていたハチマキに書かれた暗号の解読に取り掛かる。そして、コナンは歩美が倉庫で拾った古い時間割表が暗号の解読表だと気付いて…。

コナンたちは副担任の若狭と学校の古い倉庫の地下室で死後10年くらい経った白骨遺体を発見。コナンたちは遺体が握っていたハチマキに書かれた暗号の解読に取り掛かる。歩美が倉庫で拾った古い時間割表が暗号の解読表だった。暗号は4人組の強盗が資産家の家から2億円相当の金塊を奪った10年前の事件と関係していた。

小五郎は倉田屋駒吉という謎の人物から家宝を譲り渡したいという手紙をもらい、コナン、蘭と共に山口県にやってくるが、強盗の仲間に間違われて取り調べを受ける。駒吉は1年前に時価数億円の慶長小判千両を盗んだ強盗犯だった。小五郎はコナンたちと強盗事件を調査するために萩を訪れるが、犯人に命を狙われて…。

1年前に、宝田の腕に発砲し、時価数億円の慶長小判千両を盗んだ強盗犯の倉田屋駒吉。小五郎はニュースサイト記者の明日香に頼まれ、コナン、蘭と共に事件を調査する事に。そんな折、明日香が何者かにさらわれ、小五郎とコナンは二手に分かれて明日香を捜す。小五郎は不審な行動をとる鷹丈警部を駒吉と疑う。

小五郎、コナン、蘭は湖畔にある人気レストランにやってくる。テーブルには始まったばかりの5人分のディナーが供されていたが、肝心の客の姿はなかった。この後、コナンたちは頭から血を流したオーナーシェフの口石を発見。コナンは現場の状況に違和感を抱き、謎めいた事件の真相に迫るが…。

小五郎は100万円の万馬券を拾い、コナン、蘭を連れて米花いろは寿司に行く。ミステリーファンの板前、脇田は小五郎の来店を喜ぶ。客の原島、宗近、芦野が別々に来店後、聖沢が店にやってくる。聖沢はこの中の誰かにポーチを盗まれたと激怒。ポーチの中のスマホのGPSで犯人がこの店にいると突き止めたという。

電車で100万円の万馬券が入った聖沢のポーチを盗んだ犯人は米花いろは寿司に来た客の原島、宗近、芦野の3人に絞られる。手の指をケガした聖沢はポーチを奪われた時、犯人のシャツの袖を掴んで血を付けたが、3人のシャツに血の痕はなかった。ミステリー好きの板前、脇田は犯人がわかったと推理を繰り広げるが…。

早朝、プロゴルファーの伴野は彼女の来美に別れ話を切り出し、来美は慰謝料1億円を要求。2人は夜に改めて話し合う事に。夜、コナンたちが若狭先生の部屋にいると、隣の伴野の部屋から大音量の音楽が聞こえてくる。コナンたちは文句を言うため、伴野の部屋に行き、倒れた伴野と来美を発見する。

若狭先生の隣に住むプロゴルファーの伴野の部屋で、伴野の恋人の来美が殺害される。伴野は妙な女に襲われたと証言するが、コナンは来美を殺害したのは伴野だと確信する。数人のマンション住人は妙な女を目撃。エレベーターの防犯カメラにも女は映っていた。目暮たちは伴野の熱狂的ファンの犯行として捜査を進める。

朝、コナンと小五郎、蘭が喫茶ポアロに行くと、小型冷蔵庫に入れていた安室透の特製ケーキの形が崩れるという事件が起きる。同じ事は何度もあったが原因は不明だという。梓は冷蔵庫の修理を業者に頼むが、冷蔵庫は壊れていなかった。コナンは店の外にカメラを設置して閉店後の店内を撮影する。

綾乃は美冬の自宅マンションを訪ね、胸から血を流した美冬を発見。美冬は「田端さんが…。早く逃げて」と言って絶命する。綾乃はマンション前を通りかかった小五郎、コナンに事情を説明。コナンたちは部屋に向かうが、すでに遺体は消えていた。この後、コナンたちは話を聞くため、田端の自宅を訪ねるが…。

廃研究所に小五郎、コナン、不動産屋社長の東、秘書の河西、事務員の末子が集まる。東は殺害予告をされ、犯人を見つけて欲しいと小五郎に依頼。廃研究所には東に恨みを持つ会社員の山南、自動車修理工の北尾、ウエイトレスの加奈も呼び出されていた。小五郎は調査内容を東に報告し、東を襲った犯人を特定する。

蘭のスマホに妃英理からメッセージアプリで連絡がくる。内容は「悪い奴らに捕まっている」というものだった。2時間前、英理は男3人組に拉致されて廃ビルに連れていかれる。英理は男の1人からスマホを奪って逃げ、ロッカーの中から蘭に助けを求めたのだ。コナンたちは英理を探し出そうとするが…。

恨みを持つ男3人に拉致された妃英理。小五郎、蘭、コナンは英理がいる場所を探すため、事務所から1キロ先の東都タワーが見える増上寺にやってくる。コナンはスマホと鐘の音を利用し、英理がいる場所を分禄町と須単町に絞り込む。英理は自分のメッセージが男たちに筒抜けと知り、暗号のようなメッセージを蘭に送る。

コナンたちはレストランで日売スポーツ記者の橋爪と同僚の加賀爪が言い争う現場に遭遇。2人は仲が悪いのに何から何までソックリだった。夜、川原で加賀爪の遺体が発見される。死因はタンブラーのコーヒーに混入された青酸化合物による中毒死。タンブラーから指紋が検出された橋爪は重要参考人として取り調べを受ける。

コナンたちは絶命した不動産会社社長の河合信蔵と元従業員の柴田健介を発見する。現場は信蔵の自宅だった。会社のお金を着服してクビになった柴田。信蔵はお金を返せばクビはなかった事にすると柴田に約束。だが、信蔵は再び雇うつもりはなかったという。目暮警部は2人が言い争って相討ちになったと判断するが…。

小五郎、コナン、蘭はペンション鳩笛荘にやってくる。鳩笛荘にはタレントのオー太郎、ウェブデザイナーの井出、文具メーカーOLの藤吉、タウン誌ライターの城ヶ根も宿泊する。そんな折、オー太郎の元相方、キュー次郎の遺体が発見される。キュー次郎は7年前に放送していた特撮番組ビューンのカードを所持していた。

キュー次郎の遺体が見つかった後、鳩笛荘の密室状態の客室で絶命したオー太郎も発見される。オー太郎は7年前に強盗殺人事件を起こしたビューンのお面を被った2人組の犯人の1人と判明。支配人、友里朝子の娘の未央奈は7年前の事件の目撃者だった事も明らかに。コナンはオー太郎の客室を調べて事件の真相に近づいて…。

小五郎は東京スピリッツVSガンバ大阪の始球式を務める事になり、コナンたちを連れて東都スタジアムにやってくる。だが、小五郎は体調を崩して始球式で観客に笑われる事に。始球式後、医師に下痢と診断された小五郎。コナンは小五郎が飲んだ公式スポーツ飲料が下痢の原因と考える。

小五郎、コナン、蘭は川を渡るように座敷が設けられた川床料理店に来て、帝都大学の樹璃、麻里亜、夕子と知り合う。写真部の仲間という3人は出版社主催のフォトコンテストに参加するため、色々な写真を撮影していた。この後、川に沈んだ夕子の遺体が発見される。目暮警部は撮影の時に誤って転落した事故死と推理するが…。

コナンたちはクラス副担任の若狭とキャンプ場に来て、白網大学バスケ部の芦沢、漆原、段野、美鳥と知り合う。この後、漆原は段野、芦沢と揉めて険悪な雰囲気になる。不貞腐れた漆原は酒を飲んで寝ると言って自分のテントに入っていく。そして、元太が漆原のテントが燃えている事に気付いて…。

燃えるテントから白網大バスケ部の漆原の遺体が発見される。コナンはテント内を見て、溶けたロウソクの中に竹ヒゴが1本混ざっている事に注目。コナンは何かの仕掛けと推理し、仲間の美鳥、芦沢、段野の中に犯人がいると睨む。弓長警部は漆原のテントに行った3人から話を聞き、最後にテントに行った段野の犯行を疑う。

目暮警部は国文学者、霊岸が四葉台の自宅で刺殺された事件解決のために力を貸してほしいと小五郎に頼む。起訴目前に逮捕された霊岸の甥の舞浜は霊岸が殺害された頃、笹五町で強盗に入っていたと供述。笹五町から四葉台までは車で1時間近くかかり、舞浜に霊岸を殺害する事は不可能だった。

洋画家の北園が自宅で殺害される事件が起きる。この日、弟子2人が屋敷に訪ねてくる事になっていて、第1発見者は弟子の東尾だった。もう1人の弟子の西山は奥穂湖で絵を描いていて、遅れて屋敷に現れる。目暮警部たちは東尾、西山と北園の妻の絹子、家政婦のシズの犯行時刻のアリバイを調べる事に。

目暮警部たちは倉庫にいた強盗犯の鷹取の身柄を確保する。昨夜、覆面姿の2人組が米花町の宝石店から3億円相当の宝石を奪ったのだ。眠りの小五郎が推理を始めると、鷹取は拳銃を発砲。眠りの小五郎の推理が初めて強制的に中断されてしまう。鷹取はコナンを人質にとって車で逃走する。

覆面姿の2人組が宝石店から3億円相当の宝石を奪う事件が発生。強盗犯の鷹取はコナンを人質にとって逃走する。鷹取を裏切った共犯の内海は廃工場で絶命していた。鷹取はコナンが邪魔になると、走っている車からコナンを蹴り落とす。コナンは病院を抜け出し、黒幕に報復しようとしている鷹取の行方を追う。

児童公園で星を観測していた園子は双眼鏡を町に向け、何者かが花壇の陰から遺体の腕を持ち上げる様子を目撃する。園子はコナン、蘭と現場を見に行く。花壇は佐々木スタジオ前にあり、園子たちはスタジオ所長の博人、アシスタントの利香に事情を説明。園子たちは屋上に同じ花壇がある隣りの吉村ビルも調べる事に。

全国高等学校春季剣道大会が東都体育館で開催され、平次は準決勝まで勝ち進む。準決勝、決勝前の昼食休憩中に審判員の抜谷が喉元を斬られて殺害される事件が発生。トイレにいた稔司、恒之、朱音が容疑者として浮上する。大会は中止になりそうだったが、平次は優勝して和葉に伝えたい事があると大慌てになって…。

平次が出場する全国高等学校春季剣道大会の昼食休憩中に審判員の抜谷が喉元を斬られて殺害される。佐藤刑事は容疑者3人の持ち物を調べるが、凶器のカッターナイフは見つからなかった。平次は容疑者の所持品、現場にいた盲目の老人、克成の新たな証言、犯人が着ていた剣道着などから3人の中の誰が犯人かを見破って…。

コナンたちとデパートに来た元太が2人組に連れ去られる事件が起きる。2人組はワンボックスカーに乗って逃走。コナン、光彦、歩美は交通課の由美と苗子を見つけ、ミニパトで追跡してほしいと頼む。コナンは元太が持っているDBバッジを通して車内の2人組の会話を聞く。光彦はその会話から2人組が宝石泥棒だと推理する。

コナンと小五郎が妙にウキウキしている蘭の跡をつけると、蘭はカフェで園子、世良と合流。蘭たちは女子だけで京都旅行を計画していた。この後、カフェの更衣室でウエイターの更家が大きな花瓶で撲殺される。客の本巣、ウエイトレスの伊鈴、店長の珠央には更家を殺害する動機があったが、凶器を振り回せる怪力は誰もおらず…

蘭、園子、世良がカフェで京都旅行を計画していると、更衣室でウエイターの更家が大きな花瓶で撲殺される事件が発生。客の本巣、ウエイトレスの伊鈴、店長の珠央には殺害する動機があったが、花瓶を振り回し、ロッカーの南京錠を破壊する程の怪力はいなかった。世良は怪力じゃなくても犯行が可能なトリックを見破るが…

小五郎、コナン、蘭が乗るレンタカーはガス欠になり、大学生の佐伯が運転するワゴン車でスーパーまで牽引してもらう。佐伯とゼミ仲間の春香、駒田は後部座席で酔っ払って寝ている教授の後藤を残して買い物に行く。この後、佐伯たちは車で絶命した後藤を発見。目暮警部は事故と判断するが、コナンは何かが引っかかって…。

コナン、光彦、元太、歩美、灰原は公園でニセ1万円札とスマホを発見する。コナンが目暮警部に通報している間に灰原、光彦、元太、歩美はスマホとニセ札の回収に来たニセ札犯のベラ・曳舟を尾行する。だが、灰原たちはベラに気付かれて捕まってしまう。灰原は同じコンテナに監禁された辰巳から話を聞くが…。

光彦、元太、歩美、灰原は建設工事現場で強請りの常習犯、雲母の遺体を発見する。その頃、コナンは小五郎と温泉に来ていて、光彦から連絡を受けて事件の事を知る。高木刑事たちは雲母が強請っていた男性10人、女性1人の中に犯人がいると考える。だが、その11人にはアリバイがあり、捜査は行き詰まる。

コナン、蘭、園子は山地にあるみかん園までみかん狩りにやってくる。収穫後、コナンたちはみかん園経営者の寺内哲二の妻、信子にみかんを使った料理をご馳走になる。夕方、コナンたちは山頂まで沈む夕日を観に行く。この時、コナンたちを迎えに来た哲二が農業用モノレールから落下して絶命する。

ビッグ大阪VSスピリッツ東京の試合を観戦後、コナン、歩美、元太、光彦、灰原は阿笠博士の自宅に戻る。この時、灰原は購入したばかりの比護選手のぬいぐるみストラップが無くなっている事に気付く。コナンたちはショックから立ち直れない灰原の代わりにストラップを見つけ出しに行くが…。

灰原は大好きな比護選手のぬいぐるみストラップを電車の中で紛失する。息子のストラップと勘違いして拾った男性は潮干狩りに向かった可能性が高く、コナン、歩美、元太、光彦、安室は立ち直れない灰原の代わりに海水浴場までこの親子を探しに行く。安室の協力もあり、親子を海の家に呼び出して会う事に成功するが…

灰原から解毒薬をもらったコナンは一時的に工藤新一の姿に戻り、蘭たちと一緒に京都へ修学旅行にやってくる。新一は清水寺で出会った母、有希子の友人である女優の鞍知景子から暗号を解読してほしいと依頼される。夜、新一たちが景子の部屋を訪ねると、そこには映画「紅の修羅天狗」の関係者たちが集まっていた。

新一は蘭たちと修学旅行で京都を訪れ、映画「紅の修羅天狗」の関係者が次々に殺害される怪事件に巻き込まれる。世良は井隼が殺害された時の状況を聞き、景子、阿賀田、馬山の誰でも殺害する事は可能だったと考える。この後、新一たちは暗号が京都の地名を表しているという紅葉の言葉をヒントに暗号の解読方法に近づく。

歩美はひょんな事から紗希と仲良くなる。コナンたちは紗希を忌々しそうに見ている多津子、立花、美千代の存在を知る。そして、紗希のアパートの窓からは3人が住むマンションが見える事が判明。多津子の部屋は死角だったが、コナンたちはいつも窓辺にいる紗希が立花、美千代の部屋の秘密を目撃した可能性があると考える。

多津子、立花、美千代から恨まれている可能性のある紗希がマンションから落ちて絶命する。コナンはこの墜落死は自殺ではなく、他殺だと確信。コナンは紗希が何か目撃した事で3人の誰かを強請り、口封じに殺害されたと推理する。コナンは3人の事を高木刑事に伝え、高木はアリバイがある多津子以外の2人から話を聞く。

小五郎はコナン、蘭と福岡の小倉にやってくる。小五郎の警視庁時代の先輩である会社社長、深町は転倒事故を起こし、意識不明で入院していた。専務の桐山は会社に落書きした犯人を捕まえてほしいと小五郎に依頼。落書き犯の捜査を進める小五郎だったが、桐山が深町を突き飛ばした可能性が浮上して…。

小五郎たちは小倉にやってくる。小五郎の先輩である会社社長、深町は転倒事故を起こして意識不明だった。小五郎は専務の桐山に頼まれ、会社に落書きした犯人を調査する。そんな中、蘭は落書き犯と疑われる深町の息子の虎彦と出会う。虎彦は自分が犯人ではないと断言。虎彦は深町を突き飛ばした犯人を独自に捜していた。

小五郎は3人の依頼人から別々に同じ事を依頼される。それは競走馬のホワイトスピリッツを守ってくれという内容だった。この後、小五郎はこの馬の馬主で会社社長の徳吉に会って事情を説明。話を聞いた徳吉も同じ事を小五郎に依頼する。翌日、ホワイトスピリッツはレース出走のため、馬運車で競馬場に移送されるが…。

人気競走馬ホワイトスピリッツが誘拐され、馬主の徳吉が用意した身代金1億円もいつの間にか犯人に奪われる。翌日、血が付着したたてがみが絡みつくホワイトスピリッツのホースラグが見つかり、目暮警部はこの馬がすでに殺害されている可能性もあると考える。コナンはすでに誰が犯人かに気付いていて…。

古い洋館で絞殺された占い師、バーバラ貞子の遺体が発見される。そして、貞子の占いのせいで悲惨な目に遭った元土木作業員の金輪芯介、OLの遠藤深美、元ラーメン店主の漣諒一が容疑者として浮上。3人の共犯と思わせる証拠が次々と見つかるが、コナンはそれらの証拠が都合よく発見された事に違和感を抱いて…。

光彦、元太、歩美は米花町ファーマーズマーケットにやってくる。コナンは急用ができて不参加だった。光彦たちは門倉、山脇、佳織の会話を偶然聞いてしまう。佳織たちは「派手にドカーンといきましょう」と話していて、光彦たちは目暮警部を狙って爆弾を仕掛けるつもりだと推理。目暮はこのイベントで講演する予定だった。

コナン、元太、光彦、歩美、灰原は阿笠博士、蘭と共に大型フィギュアを制作するカガミスタジオにやってくる。社長の加賀見の娘で秘書のしのぶがスタジオ内を案内する。このスタジオは経営が苦しく、身売り先を探している状況だった。そして、コナンたちが帰ろうとした時に事件が起きて…。

カガミスタジオのドーム棟で後頭部を強打された羽生。それはまるで巨人タロスに打ちのめされたようだった。元太が通用口に置いた彫刻は動かされた形跡がなく、犯人はまだ中にいる可能性が高かった。コナンはドームの電源を操作するリモコンが事件を解くカギと睨む。この後、コナンはドームの天井の異変に気付いて…。

コナンたちは化石発掘を体験するため、群馬のロッジ化石館にやってくる。そこにジャーナリストの宮下海果が現れる。海果はこの村で珍しい化石、月のおさがりが発掘されたと知って取材に来たのだ。この後、海果に何か話そうとしていた化石館オーナーの大神がトイレで遺体となって発見されて…

成瀬は恋人の果帆が突然姿を消してしまったと小五郎に捜索を依頼する。この後、橋の上で果帆のスニーカー、写真入りマイナンバーカードが発見され、小五郎は川に飛び降りて自殺したと推理する。コナンは果帆の自殺と3ヵ月前に公園の階段から転落死した女子大生の事故の接点を探るが…。

工藤邸の前にたくさんの報道陣が集まる。新一が紅の修羅天狗殺人事件を解決したと話題になっているのだ。コナンは騒動が鎮まるまで阿笠の自宅に身を潜める事に。放課後、灰原、元太、歩美、光彦は担任の小林に頼まれ、学校を休んだ東尾マリアの自宅を訪ねる。マリアは他界した祖母が遺した宝物を探している可能性が高く…。

灰原、元太、歩美、光彦は東尾マリアを見つけ出すため、マリアの祖母の自宅を訪ね、宝物探しのヒントが書かれたメモの解読に挑む。その頃、工藤優作と工藤有希子は新一の騒動を収束させるために動き始める。この後、優作と有希子はコナンに会いに行き、黒ずくめの組織のボスの正体がわかったと伝えて…。

小五郎は豊子という女性ファンに招待され、コナンを連れて豊子が営むもんじゃ焼きの店を訪れる。もんじゃを食べている時、豊子はもんじゃを喉に詰まらせ、苦しみながらキャベツの芯を吐き出す。豊子は何者かが命を奪おうとして芯を入れたと怯える。豊子が犯人と疑っているのは幼馴染みの英子、京子、友子だった。

銀行に爆弾を仕掛けたというウソの電話があり、銀行前を通りかかった元太や大坪と神楽は騒ぎに巻き込まれてケガをする。半月前にも不発弾の爆発に巻き込まれた神楽。友人の河内山は運の悪い神楽をネタにした写真をSNSにアップして、たくさんの“いいね”を稼いでいた。コナンたちは誰が電話をしたのか調査を開始するが…

コナンたちは爆弾騒動を起こした犯人を捜す。翌朝、大坪の遺体が発見され、光彦は神楽が犯人と気付かれ、口封じのために殺害したと推理。コナンたちは神楽に直撃するが決定的な証拠は掴めない。そして、コナンたちが調査を進めていくと、仲良し3人組の神楽、河内山、遥が三角関係かもしれないという疑惑が浮上して…。

ダム湖で車に乗った由利の遺体が40年ぶりに発見される。40年前に消えた呪いの宝石、ボルジアの涙。当時は由利が持ち逃げしたと噂されたが、車内から宝石は発見されなかった。コナンと蘭は祖母の無実を証明したいという孫の菫に協力し、40年前に制作されたドラマ「私が殺しました」の関係者たちから話を聞くが…。

梅木と共に由利の遺体を発見した水沢は原因不明の火事によって命を落とし、巻き込まれた小五郎も病院に搬送される。コナンは火事の現場の状況から犯人が仕掛けたトリックを見破る。コナンはドラマ「私が殺しました」のラストの映像を見た後、ロケ現場を訪れ、40年前にボルジアの涙が消えた事件の真相にも辿り着く。

米花恐竜館にやってきたコナンたちは恐竜ショーを楽しむ。ショーが終わった直後、突然大きな音が鳴り響く。第二展示ルームでは、巨大な恐竜の化石像の下敷きになって館長の志田が絶命していた。化石像のワイヤーは何者かに切られていたと判明。容疑者はショーの司会者の内藤、事務員の結愛、学芸員の朽木に絞られる。

小五郎はラジオ番組にゲスト出演し、マンションの真上の部屋に住む女性が非常識だという相談に乗る。数時間後、都内マンションに住む公美は真下の十和子の部屋に怒鳴り込む。公美はラジオで笑い者にしたと憤怒し、十和子も言い返して口論になる。翌朝、十和子の遺体が発見され、目暮警部たちは公美を犯人と疑う。

ラジオプロデューサーの万田と別居中の妻、十和子が殺害される。目暮警部たちは万田を犯人と疑うが、コナンは万田を嫌う犬山、鯨井を怪しいと疑う。だが、楓は2人が万田を陥れるために十和子を殺害する事はないと考える。コナンは理恵から話を聞き、万田が過去に手掛けたラジオドラマが鍵を握ると考える。

裕次郎は出張買取のために明子の自宅を訪問。稀覯本もあったが、入院中の夫のものらしく、裕次郎は買取らず、夫の了承を得てほしいと明子に伝える。夕方、店に現れた沢田は古書が写ったスマホ画像を見せ、いくらになるかと訊ねる。後日、明子の自宅から稀覯本が盗まれる事件が発生。明子は裕次郎が盗んだと疑うが…。

　小五郎は脅迫状が届いたという資産家の諸岡郡蔵（もろおかぐんぞう）から仕事を依頼され、コナン、蘭、喫茶ポアロの安室透を連れて諸岡に会いに行く。待ち合わせた黒ウサギ亭はバニーガールが接客する飲食店だった。諸岡が執事の深町惇史（ふかまちあつふみ）と現れると、小五郎は脅迫状の内容を確認。そこには「命が惜しくば、黒ウサギ亭に近づくな」という切り抜き文字が貼りつけられていた。 　諸岡はバニーガールの朝倉有里（あさくらゆり）を指名。諸岡は好きな注文して良いと伝え、有里はフルーツ盛り、玉子焼きなどを注文する。有里は指先にユリの花を描いた付け爪をしていた。深町が席に座って、メガネを拭いてテーブルに置くと、玉子焼きが運ばれてくる。諸岡はソースを取って欲しいと深町に頼む。メガネを外した深町が手間取っていると、諸岡は立ち上がって自分でソースを取ろうとする。その時、諸岡は床に落ちた深町のメガネを踏んづけてしまう。 　諸岡は小五郎と一緒に駐車場の車に置いてある深町の予備のメガネを取りに行く。この時、諸岡は有里たちバニーガールの脇を通って外に出る。バニーガールの村上紗菜（むらかみさな）は売り上げがトップになりそうな有里を忌々しそうに見る。その時、店内に警報音が響き渡り、有里はグラスを置いてスマホをチェックする。深町はスマホを触っている時に誤って警報音を鳴らしてしまったと謝罪する。 　この後、紗菜は有里とぶつかり、紗菜のワインが有里のカフスにかかる。有里はテーブルにグラスを置き、更衣室にある替えのカフスを取りに行く。駐車場に着いた後、小五郎は深町の事を訊ね、諸岡は先日他界した奥さんの家に古くから仕えていた事を教える。小五郎は親しそうな有里との関係も質問。諸岡は店の隣りの洋服屋でスーツを新調した時に会いに行く程度の関係だと答える。 　諸岡、小五郎たちは席に戻るとお酒と会話を楽しみ、有里はフルーツを食べながらお酒を飲む。その直後、有里は苦しみながら倒れ、小五郎はすぐに救急車と警察の手配を頼む。紗菜は諸岡と有里の関係を勘繰っている事を蘭に教える。諸岡は有里の事をちゃん付けしていたが、有里が倒れた時は呼び捨てにしていたという。この後、目暮警部たちが捜査を開始し、有里が飲んでいた酒からヒ素が検出される。有里は一命をとりとめたものの意識は戻っていなかった。

　小五郎は脅迫状が届いたと資産家の諸岡から仕事を依頼され、コナン、蘭、安室と共に黒ウサギ亭で諸岡、執事の深町と会う。脅迫状は「命が惜しくば、黒ウサギ亭に近づくな」という内容だった。この後、諸岡たちを接客していたバニーガールの有里が酒を飲んだ後に苦しみながら倒れる。有里は一命をとりとめたが意識は不明だった。有里のワインからヒ素が検出され、安室は有里のグラスに毒を混入できたのは諸岡、深町、バニーガールの紗菜だと確信。コナンも3人の中に犯人がいると考える。 　 　目暮警部は諸岡に事情聴取し、諸岡は深町のメガネを踏んづけた状況を説明する。目暮が玉子焼きにソースをかける諸岡の味覚に驚くと、バニーガールの1人が有里も玉子焼きにソースをかけると教える。諸岡はメガネを取りに行った時に有里とすれ違っていた。諸岡はお気に入りの有里に毒を盛る理由はないと訴えるが、小五郎は愛人の有里に結婚を迫られ、妻にバレる前に命を狙ったと疑う。小五郎は有里が玉子焼きにソースをかけるのも諸岡のクセが移ったと推理。だが、諸岡の妻は半年前に病死していた。 　 　深町はスマホを触っている時に誤って警報音を鳴らしたと目暮に明かす。その時、皆はグラスを置き、毒を盛れるチャンスはあったが、深町はメガネをかけていないので誰がどのグラスなんてわからないと犯行を否定する。紗菜は有里とぶつかり、紗菜のワインが有里のカフスにかかった事を目暮に伝える。紗菜はその一瞬で有里のグラスに毒を入れる事なんてできないと犯行を否定。だが、紗菜は売り上げNo.1の座を脅かす有里を忌々しく思っていた。No.1には半年ごとに多額のボーナスが出るという。 　 　コナンと安室は駐車場に行って諸岡のボディガードから話を聞く。ボディガードは諸岡が最近痩せたり太ったりと体型の変化が激しい事を明かす。転んでケガする事も多く、諸岡は何かに悩んでいた可能性が高いという。安室はケガと聞いて、幼い頃、宮野エレーナに治療を受けた時の事を思い出す。この後、バニーガールの1人が新事実を目暮に証言。深町が1人で有里に会いに来た事があったらしく、最初は楽しそうに話していたが、深町が封筒を出した途端に険悪な雰囲気になったという。小五郎は深町が諸岡と別れてくれと有里に頼みに来て、手切れ金を渡そうとしたと推理する。

　何者かが黒ウサギ亭の有里の酒にヒ素を入れる事件が発生。有里は一命をとりとめたが意識は不明だった。コナンは有里のグラスに毒を混入した犯人は諸岡、深町、紗菜の中にいると考える。安室はコナンと共に関係者から話を聞いている時に幼い頃、宮野エレーナに治療を受けた時の事の記憶を少しずつ蘇らせる。ケガして宮野医院を訪れた安室はエレーナと夫の宮野厚司の会話を偶然聞いていた。研究をバックアップしてくれる施設に行くか悩んでいた厚司。その施設のスポンサーは烏丸グループだった。 　蘭は店でユリの花が描かれた有里のつけ爪を拾って高木刑事に渡す。蘭は気付かない内につけ爪を踏んでしまってボロボロになっていた。コナンは有里がそのつけ爪をいつも付けているのかをバニーガールの１人に確認。バニーガールは有里が私のトレードマークと言って、そのつけ爪をいつも付けていたと答える。蘭は有里のつけ爪を踏んづけたために今日は散々だとぼやく。蘭はこの前にも財布を落としていたのだ。コナンは財布の事を訊ね、蘭はトイレ前で安室が拾ってくれたと答える。 　この後、コナンと安室は小五郎の何気ない一言をヒントに事件の真相を見破る。犯人は有里のつけ爪を標的にして有里のグラスに毒を入れていたのだ。目暮警部は諸岡、深町、紗菜の事情聴取を続ける。諸岡はグラスを持った有里とすれ違った事は認めるが、その一瞬で有里のグラスに毒を入れる事なんてできないと身の潔白を主張。紗菜も有里にぶつかってワインをひっかけた時に毒を入れる事なんてできないと無実を訴える。深町もメガネをかけていなかったので、有里がグラスをテーブルに置いた時に毒を入れる事なんてできないと犯行を否定する。 　諸岡は早く解放してほしいと目暮に要求する。諸岡は有里が心配なのですぐに病院に行きたいと訴える。目暮はただの客の諸岡がそこまで心配する事に違和感を抱く。小五郎は諸岡が有里から結婚を迫られ、困り果てた末に毒殺しようとしたと推理。紗菜は諸岡が病院にとどめを刺しに行くつもりだと疑う。だが、諸岡は紗菜の犯行を疑っていた。有里がいなくなれば、売り上げNo.1になる紗菜。諸岡は多額のボーナスを手に入れるために紗菜が犯行に及んだと疑う。紗菜は難病の父親の手術費を必要としていた。

　コナン、元太、光彦、歩美は村営昆虫人間牧場がある黒野須駅に降り立つ。その時、不気味な鳴き声が聞こえてくる。音がするのは立入り禁止の看板がある森の中だった。森では村人たちがショベルカー、ブルドーザーで作業をしていた。不気味な鳴き声の正体は作業の音だったのだ。コナンたちは村人たちに睨まれ、慌てて逃げていく。コナンたちは駅の方に戻り、食堂の前でカブトムシ人間に遭遇する。 　カブトムシ人間はカブトムシに仮装した小学生だった。小学生は昆虫の仮装をしている理由を紙芝居「村営昆虫人間牧場事件」を使って説明する。政府の役人はこの村の森に国立カジノ付きスーパー銭湯を作ろうと計画。村の大人たちは大喜びするが、村長だけは猛反対する。村の森には、かつてこの世の昆虫たちをこよなく愛した蛾蛾姫のお墓があった。政府の役人たちは森を視察した時に蛾蛾姫の祟りに襲われ、建設計画は中止になる。村長は代わりに村営昆虫人間牧場を作ると宣言したという。 　 　猛反対した大人たちは村会議を開いて村長を首にする。その後、元村長は退職金で森を買い取って発掘作業を始める。そんな折、元村長はこの食堂で食事中に突然絶命。元村長は蛾蛾姫の宝の地図を持っていた。元村長は宝を独り占めしようとしていたのだ。村の大人たちは蛾蛾姫の宝の亡者となって発掘作業を開始。子供たちは昆虫人間牧場の夢を捨てきれず、昆虫に仮装して留守を預かっているのだ。歩美、元太、光彦はラーメンを注文するが、コナンは食事をせず、この村で起きた事件の調査を始める。 　 　コナンは郵便局を訪れ、元村長に配達した郵便物の記録を確認。村長はハロウィン用の蛾のコスプレを購入していた。政府の役人たちを襲った蛾蛾姫の祟りの正体は蛾のコスプレをした村長だったのだ。食堂の食事には昆虫人間に仮装できるサービスが付いていて、元太はカマキリ人間、光彦はコオロギ人間、歩美はコガネムシ人間になる。続いて、コナンは村の医院を訪れる。元村長は末期の癌で、自分の命が短い事を知っていた。コナンは余命わずかな元村長が宝を独り占めしようとした事に疑問を持つ。

　米花公園の外れで頭をカチ割られた門脇栄二の遺体が発見される。遺体の傍らには凶器の鉄パイプが落ちていた。目暮警部たちが捜査をしていると、そこにコナンと小五郎が偶然通りかかる。母親の門脇安子は泣き崩れ、兄の門脇優一は愕然となる。栄二が殺害されたのは昨夜10時頃。安子は栄二が夕方から飲みに行っていたと証言する。昨夜、優一は都心のホテルに泊まって書類を作成していたという。エリートの優一は官庁職員だった。高木刑事は栄二の近所の評判が良くないと目暮に報告する。栄二は3年前に大学を中退。栄二は20日に飲み屋で揉め事を起こし、警察署内の泥酔者保護所に入れられていた。 　千葉刑事は不審な男の情報を目暮に報告する。何日か前、体格のよい30歳くらいの男性が門脇家の事を近所で聞き回っていたという。千葉は栄二が安子に暴力を振っていたと近所で噂になっている事も目暮に伝える。兄の優一がいつも暴力を振う弟の栄二を止めていたという。門脇家にとっては忌まわしい問題児だった栄二。話を聞いた小五郎は安子が泣いていたのは演技だったと疑う。目暮は栄二の家庭内暴力について安子たちに確認。だが、安子、優一はムキになって否定する。 　この後、門脇家の事を近所で嗅ぎ回っていた男は建設現場作業員の高瀬林太郎と判明する。安子は元小学校教師で、高瀬は昔の教え子だった。安子は高瀬と先日バッタリ再会したという。目暮たちは建設現場で働く高瀬に話を聞きに行く。目暮たちが訪ねてきても動じない高瀬。コナンは高瀬の態度から警察が訪ねてくる事を予測していたと感じる。高瀬は小学生の頃、安子にいつも叱られ、恨んでいたと告白。高瀬は再会後、近況が知りたくて門脇家の事を聞き回った事を認める。 　目暮は安子の次男が殺害された事を高瀬に伝え、犯行時刻のアリバイを訊ねる。高瀬は居酒屋で3時間の飲み食い放題に挑戦していたと答える。防犯カメラには昨夜8時頃に居酒屋に入店し、11時過ぎに店を出る高瀬が映っていて、居酒屋店員の宇野も高瀬をはっきり覚えていた。宇野は高瀬がトイレに立った以外はずっと席にいたと証言。優一に続き、高瀬のアリバイも成立する。その時、門脇家で火災が発生したという情報が入る。優一は何とか逃げ出したが、安子は遺体となって発見されて…。

　米花公園で頭をカチ割られた門脇栄二の遺体が発見される。門脇家の問題児だった栄二は母親の安子に暴力を振い、兄の優一が栄二を止めていたと近所で噂になっていた。不審な男が門脇家の事を嗅ぎ回っていた事も明らかになる。目暮警部は優一の犯行を疑うが、優一には犯行時刻のアリバイがあった。この後、不審な男は元小学校教師の安子の教え子だった高瀬と判明。目暮は安子の次男が殺害された事を高瀬に伝え、犯行時刻のアリバイを訊ねる。高瀬は居酒屋で3時間の飲み食い放題に挑戦していたと答える。その頃、門脇家で火災が発生。優一は逃げ出したが、安子は遺体となって発見される。 　目暮は栄二の殺害も火災も門脇家に恨みを持つ同一犯によるものと睨むが、コナンと小五郎は栄二の殺害に関しては安子を恨む高瀬が怪しいと考える。翌日、コナンと小五郎は高瀬のアリバイ工作を暴くため、居酒屋店員の宇野に会いに行く。そして、高瀬は皆に背を向けて飲み食いしていた事が判明。居酒屋から犯行現場までは往復1時間必要だった。目暮たちは門脇家で捜査を続け、火元は台所のガス台にかけてあった油の鍋とわかる。司法解剖の結果、安子は焼死ではないと判明。後頭部に打撲痕があり、遺体が階段の下にあった事から油の鍋をかけている最中に階段を踏み外した転落死の可能性が高まる。 　小五郎は不運な事故の可能性が高いと連絡を受けて納得するが、コナンは栄二が殺害された後にそんな事故が偶然起きる事を信じられずにいた。この後、コナンと小五郎は居酒屋入口付近の防犯カメラの映像を確認。コナンは派手な服装の高瀬と体つきは似ているが、地味な服装の男に注目する。午後9時8分頃、男は入店して10分もしない内に顔を隠すように退店。男は10時半頃に再び居酒屋に戻っていた。コナンは高瀬と地味な男がすり替わったアリバイトリックを見破り、小五郎もこのトリックに気付く。 　コナンと小五郎は高瀬と男、恩田松夫を見つけ出して昨夜の事を訊ねる。恩田は高瀬の友人だった。恩田は話をはぐらかそうとするが、コナンたちは恩田の態度から2人が居酒屋ですり替わった事を確信する。コナンは高瀬が犯人という確証が必要と訴えるが、小五郎はアリバイ偽装を伝えれば犯行と認めるはずだと安易に考える。

　午後8時頃、小五郎、コナン、蘭はドッグフードの会社の社長、火乃宮アンナ（ひのみや）の誕生パーティーに呼ばれ、ヨットハーバーにやってくる。係留された大型クルーザーでは副社長の稲村幸四郎（いなむらこうしろう）、専務の江波真知子（えなみまちこ）がアンナに誕生日プレゼントを渡していた。その時、半地下の船室から現れた黒いレインポンチョに黒手袋、黒い覆面をした男が散弾銃を発砲。撃たれたアンナは絶命する。犯人は顔に巻いていた黒いタオルをはぎ取りながら闇に紛れて逃げていく。 　駆け付けた目暮警部たちは捜査を開始。コナンは遺体の爪の派手なマニュキアに残る筋状の傷に目を留める。船�