名探偵コナンが見れる配信サイトは？【テレビアニメ】

数々の難事件を解決する高校生探偵・工藤新一は、ガールフレンドの毛利蘭と遊園地でデート中、ジェットコースターで殺人事件にまき込まれた。 ズバ抜けた推理力で事件を解決したが乗客の中にいた怪しげな黒服の男たちが現金受け渡しする犯罪現場に遭遇。現場の証拠を押さえようとするが背後から襲われ気を失ってしまい･･･。

黒服の男に殴られ意識を失った新一が目覚めると、飲まされた毒薬のせいで身体が小学生くらいまでに縮んでしまっていた。新一は小学生・江戸川コナンと名乗り、黒服の男たちの情報を得るため私立探偵の父を持つガールフレンドの毛利蘭の家に居候することに。すると金持ちの娘が黒ずくめの男たちに誘拐されたという話が入る。

毛利小五郎の事務所に、アイドル・沖野ヨーコが訪ねてきた。何者かに後をつけられたり、部屋に侵入されているというのだ。調査のためコナンたちがヨーコの部屋に入ると、そこには男の刺殺死体があった…。コナンは小五郎を気絶させ、阿笠博士が発明した蝶ネクタイ型変声機を使って小五郎の声で事件の謎解きを始める。

偶然謎の図形と「ORO」という文字が書かれた紙を手に入れたコナンと同級生三人組。宝の地図に違いないと、早速捜索を開始したが、実はその暗号は、現在逃走中のイタリアの強盗団が隠したという金貨のありかを示したものだった。暗号を解読し、忍び寄る強盗団をかいくぐり、見事お宝にたどり着くことができるのか！？

京都に向かう新幹線でコナンに毒薬を飲ませた黒服の男たちそっくりな二人組に出会う。様子を探るため、盗聴器を仕かけたところ、アタッシュ・ケースに爆弾をセットし、新幹線ごとあと40分で爆破するという声が…。

蘭がバレンタインパーティーに招かれた。主催者の医大生・克彦に夢中な同級生の園子にむりやり付き合わされたらしいが、コナンは気が気ではない。テニス仲間が集まるパーティーで、仲間の一人・好美が贈ったチョコレートを食べた克彦が、苦しみ出し死亡する。駆けつけた目暮警部と小五郎は、好美が犯人だとにらむが…。

毛利探偵事務所に小川という依頼人がやってきた。二年前から毎月、送り主の名前も住所もデタラメなオモチャと現金が送られてきていて、今日送られてきた現金には、「2500万円払い終わりました。引き替えに、いただきに参ります」という意味不明の手紙が添えられていた。小五郎は手のこんだイタズラだと断定するが…。

夜な夜な甲冑の騎士が歩き回るというウワサの美術館。興味津々の蘭は、コナンと小五郎を連れ見学に行く。 だが最後の「地獄の間」でコナンたちが見たのは、ホテルに転業するため美術館を閉館すると決めた新オーナー・真中が、「天罰」と題された絵画の後ろで、絵と同じように喉を剣で串刺しにされて絶命している姿だった。

天下一春祭りの夜、ホテルの居室で人気作家・今竹智が殺害された。友人の笹井の犯行ではないかと疑われたが、笹井は祭りの会場にいたと主張し、証拠に蘭がシャッターを押したインスタントカメラを差し出した。完壁なアリバイに笹井は自信満々だが、コナンは笹井が犯人だと確信し、笹井のアリバイを崩す糸口を探し始める。

毛利探偵事務所に赤木量子と名乗る女子高生が、新一を探してほしいと訪ねてきた。量子と会ったこともないコナンは戸惑うばかりだが、蘭のほうは新一への怒りで我を忘れてしまっている。新一をとっちめようと、蘭はコナンを連れて量子の家に押しかけるが、その依頼が、あるプロサッカー選手の脅迫事件と関係する事を知り…。

謎の依頼人に伊豆の小島・月影島に呼び出されたコナンたち。依頼人は12年前にピアノソナタ「月光」を弾きながら死亡した有名なピアニストだったことを知る。謎の依頼主のことを調べるため訪れた公民館で営まれていた前村長の法要の最中、「月光」の第一楽章と共に村の資産家が殺され、これを機に次々と殺人事件が…。

公園でかくれんぼをするコナンたち。二時間たってもみつからない歩美にコナンがトランシーバーで連絡を取ると、歩美はなんと車のトランクの中。しかも、それは少女連続誘拐殺人事件の犯人の車だった！ スケボーの動力ソーラー・エンジンも日没が迫り、時間がたてば歩美の命も危ない。コナンは絶体絶命のピンチに陥る。

毛利探偵事務所に広田雅美と名乗る娘が、1か月前から行方不明になっている父を捜してほしいと依頼に来た。蘭は広田の飼っていた猫の名前が人気の競争馬の名前から付けられたことに気づき、競馬場であっという間に観客の中から広田を見つけ出す。 雅美との感激の再会となったが、その翌日、広田がアパートで絞殺された。

コナンたちが川原で遊んでいると銃声のような音とともに風船が破裂した。コナンが双限鏡で川の対岸を見ると、土手の向こうのビルの屋上で二人の男に拳銃を向けられライフルを構えている男を目撃。その現場に駆けつけると、謎の十桁の数字を表示した電卓が置かれていた。これは男がコナンに残したメッセージだろうか。

猫を探す依頼を受けたコナンたちは、猫が出てきた家の浴室で男の死体を発見した。コナンたちの通報で駆けつけた目暮警部は、その家を捜索するが、死体のあった浴室には一滴の血痕すら残っていない。コナンたちに見られずに死体を運び出すのは不可能だと判断した目暮警部は、コナンの通報がウソだと判断するが…。

コナンたちが、資産家の丸伝次郎の屋敷に妻の浮気調査報告のために訪れていた時、伝次郎自身が何者かによって惨殺された。残された伝次郎の手帳に名前が書き込まれていたのは、小五郎、伝次郎の主治医・波多野、彫刻家の阿久津、そして居合の道場主・諏訪の4人。はたして、この中に犯人がいるのか？

「仮面ヤイバーショー」を見にデパートを訪れたコナンたちは、元太が大事なヤイバーのサインを忘れ閉店間際のデパートにとりに戻るが、出入口が閉まり閉店後のデパートに取り残されてしまう。警備室に行ったコナンたちは、そこでヤイバーとジョッカー軍団の着ぐるみ姿で閉店後のデパートを狙う強盗団に遭遇してしまう。

今日は新一と蘭の中学の恩師・松本小百合先生の結婚式。式の時間が迫り、小百合は控室に一人で残った。妙な物音がして、コナンたちが控室に戻ってみると、純白のウェディングドレスに身を包んだ小百合が苛性ソーダの混入されたレモンティーを飲み吐血して倒れていた。容疑者は新婦の控室に出入りしたものに絞られる･･･。

トップデザイナーの芦屋映子に街でファッションモデルにスカウトされた蘭。衣装合わせのためビルに行くと、秘書の美香がエレベーターの中で殺害されているのに出くわした。暎子は床に残った靴跡を見つけビル荒らしに殺されたのだと断定するが、コナンは映子がエレベーターのボタンをハンカチで拭いたのを見逃さなかった。

歩美が幽霊屋敷を見つけてきた。コナンたち少年探偵団は、さっそく幽霊退治に乗り出すことになった。そこは5年前に殺人事件があった家で、現在は空き家のはずだ。一人でトイレに行った光彦の悲鳴に続き、元太の悲鳴が聞こえた。本当に幽霊なのか？コナンは床の隠し扉に気づき開けると、扉の向こうは地下への階段だった。

人気アイドル沖野ヨーコ主演のサスペンスドラマのロケが米花神社で行われた。そのドラマの推理監修として協力することになった小五郎はゴキゲンだ。しかしその日の夜、コナンたちが神社の前を通りかかると、撮影助手の安西が狛犬の前で血まみれで倒れていた。手掛かりは血で書かれた「コマイヌ」の文字だけ。

旗本島に旅行に来たコナンたち。偶然、旗本島の旧家・旗本一族が貸切りにした豪華客船に便乗させてもらうことになった。一族の当主・豪蔵は今日の結婚式の途中から機嫌が悪く、自室に引き上げて行った。夕食に姿を見せない豪蔵を迎えに行くと、自室で殺害されていた。遺産分配をめぐっての争いだろうと推察されるのだが…。

旗本一族のチャーターした豪華客船内で、当主の豪蔵が刺殺され、孫娘の夏江と結婚式を挙げたばかりの花婿・武が犯人と疑われ、倉庫に監禁された。これで一件落着かと思われたが、惨劇の幕はまだ下りていなかった。第二の殺人が起き、武が監禁されていた倉庫の扉が開いていて、武の姿が消えていた。真犯人は一体誰なのか？

二か月前にコナンの推理で逮捕された保険金殺人犯・湯田が、刑務所を脱走した。いつものようにコナンが小五郎の声を使って事件を解決したのだが、そうとは知らない湯田は、小五郎を恨んでいた。逮捕された時に「この礼は必ずしてやる」と言った湯田の言葉を思い出し、蘭は小五郎の身を案じる。小五郎に魔の手がしのびよる。

蘭の同級生・直子が誘拐され身代金の受渡しが埠頭で行なわれたが、誘拐犯の車は逃走途中、直子を乗せたまま海中に転落してしまった。しかし引き上げられた車には、直子も犯人の姿もなかった。その後事件当日、埠頭の対岸で不審なクルーザーがいた事を知り、コナンは直子たちが生きていると確信し、推理をはじめる…。

コナンたちは、学校帰りに坂口家の愛犬ジョンと遊ぶのを楽しみにしていた。ある夜、コナンが小五郎と蘭と共に坂口家の前を通りかかると、犬の鳴き声と悲鳴が聞こえ、若い女性が飛び出してきた。家の中では倒れた男性と唸っているジョンの姿が。コナンや蘭には人懐っこいジョンが訳もなく人を襲うとは考えられないのだが…。

小五郎の大学の柔道部の同窓会が開かれることになった。昔のアルバムを眺め、思い出話に花が咲く。中道が皆を卓球に誘うと、かつて恋人だった由美は疲れたから休むと言って部屋に戻ってしまう。由美を除いた全員で卓球を楽しんだ後、一同は花火大会に。しかし部屋に戻ってみると、側頭部を銃で撃ち抜かれた由美の姿が。

小五郎の大学の柔道部の同窓会で柔道部のマドンナだった堀田由美が死んだ。旅館の自室で頭を銃で撃ち抜いていたのだが、数々の証拠から自殺に見せかけた他殺とわかった。犯人は同窓会に集まった小五郎の親友の四人の内の誰か。だが、この時間は全員が卓球をしていたというアリバイがある。小五郎のつらい謎ときが始まる。

コンピューター・ソフト会社の社長・大木田が死亡した。遺体に外傷はなく、毒物を飲んだ形跡もないことから、突然死だと思われた。しかしコナンは家中がコンピューターで快適な温度に管理されているはずなのに、遺体が多量の汗をかいている事に気づく。急激に温度が上昇しただけで心臓発作を起こすとは考えにくいのだが。

小五郎に高名な弁護士・巽から妻の浮気調査の依頼があった。しかし、その日、自宅で縛り上げられて空の浴槽に押し込まれていた巽の妻の遺体が発見された。死亡推定時刻に小五郎と一緒にいた巽には完璧なアリバイがあるはずだが、コナンは、何か釈然としないものを感じる。全ての推理の出発点は、あのホテルだ。

小五郎がゲスト出演した人気番組の生放送終了直後、プロデューサー・諏訪が、ミーティングルームで殺された。諏訪はここで番組終了後に司会の松尾と打合せをすることになっていた。番組降板の噂もあった松尾に目暮警部が問い正すが、生番組の司会をやっている自分に犯行は不可能だと自分のアリバイに自信たっぷりだ。

蘭が新一とデートだと言って、うれしそうに出かけて行った。「新一はオレなのに」とコナンは気が気でない。不安になったコナンは無理やり待ち合わせの喫茶店までついていく。客の観察をしているその時、トイレから男の絶叫が響きわたった。トイレの個室の中で心臓をナイフで一突きされた女性が血まみれで倒れていた。

川原にキャンプにやってきたコナンと少年探偵団の四人は、阿笠博士から宝物の在りかだという古い絵地図をもらいはりきって宝探しを始める。地図に従って森の中の目印をたどっていくと、途中で怪しげな二人組の男にでくわすが、男たちは四人を見てあわてて立ち去った。その後地図に書かれた暗号の謎を解いていくのだが…。

蘭とコナンは同級生・園子の別荘に招待された。そこには園子の姉と姉の大学時代の映画研究会の仲間も集まっていた。蘭が森の中で顔に包帯を巻いた男に斧で襲われた。そして山荘の電話線は切断され、吊り橋が落とされていた。その夜、コナンたちは森の中で、バラバラに切断された脚本家の知佳子の惨殺死体を発見する。

包帯男に蘭が再び襲われたことで、全員が食堂で夜明かしすることになった。知佳子が連れ去られた時に首に付けていたチョーカーを綾子が玄関で見つけ、知佳子殺しの謎が新たに浮上する。内部の犯行だとすると、蘭がなぜ二度までも襲われるのか。コナンは山荘に到着した時の出来事を思い出す。

歩美が歯科医・沢木葉子に歯を抜いてもらった夜、あるマンションで殺人事件が起こった。第一発見者は隣室に住む葉子。葉子には、歯科医院で歩美と一緒にテレビを見ていたというアリバイがあった。が、歩美は眠ってしまって番組の最初と最後しか見ていないという。コナンはどこかにトリックが隠されているとにらむが…。

小五郎に人捜しの依頼が来た。手掛かりは赤いスポーツカーのナンバーと、依頼人・典子が描いた似顔絵だ。信州でその男と知り合ったという典子の話に、小五郎は勝手に恋の相手だと決めつけるが、コナンは似顔絵の表情が陰険なのが気になった。コナンは小五郎にこのことを指摘するが、相手にされず一人で調査を開始した。

赤鬼村の火祭会場で、燃えさかる櫓の中から焼死体が発見された。殺人事件として捜査が始まったが、被害者の根岸は小五郎が阿部という男の依頼で3日間尾行をしていた相手で、しかも二人は互いに五億円の生命保険をかけていた。状況から、犯人は阿部に違いない。が、小五郎によって阿部のアリバイは完璧に証明されていた。

資産家の一人娘・四井麗花の誕生パーティーに招かれた小五郎と蘭、コナン。わがままな麗花の一言で、麗花の花婿候補と目されているヨットクラブのメンバー四人が家政婦の米、コナンたちと共に別荘に残ることになった。そんな中で麗花が行方不明になり、捜している最中に、二階堂が庭の噴水で溺死しているのが発見された。

人里離れた別荘で資産家令嬢・麗花の花婿候補の一人・二階堂が不審な溺死を遂げ、蘭までもが同様の手口で襲われた。行方不明だった麗花も浴室で溺死体となっていた。三件の犯行はこの夜別荘にいた同一人物によるものに違いない。全身ずぶ濡れの麗花の死体の状況から、コナンはシャワーを利用したトリックを見破る。

コナンと小五郎、蘭は米花高校野球部の遠征試合を応援に行った。相手は昨年の地区大会優勝校で、今年も優勝候補ナンバーワンの修好学園。試合は思わぬ展開で米花が逆転勝利したが、試合直後、修好学園の理事長室で昨年の優勝旗がズタズタに引き裂かれているのが発見され、校長は、野球部の大会出場を辞退すると宣言した…。

園子に誘われ、人気バンド「レックス」の打ち上げパーティーに参加した蘭とコナン。しかし、ボーカルの達也が、ヒット曲を熱唱した直後に吐血して倒れ、死亡した。死因は青酸カリ中毒。警察は昔のバンド仲間だったカラオケボックスの店長を疑うが…。コナンはカラオケボックスに全員を集め、店内放送を使って推理を始める。

毛利探偵事務所にコナンの母親だという女が現れた。蘭や小五郎の手前、ウソだとも言えず、コナンは女の車に乗り込んだが、コナンに母親などいるわけがない。案の定、女はコナンの正体が工藤新一だと知っていて誘拐したのだ。謎のベールに包まれていた世界的推理作家と元美人女優の新一の両親がついに登場する特別編。

小五郎と蘭、コナンは、山道で車が故障して困っていた、堀田重工の会長・堀田耕作を別荘まで送っていった。別荘では堀田の誕生パーティーが開かれるところだったが、息子たちがケンカを始めて険悪な雰囲気になった。その夜、堀田の寝室が爆破され、堀田が死亡。小五郎は行方不明になった次男を疑うが…。

高級住宅街で会社社長・児島郁子が顔にパックしたまま、ガウン姿で絞殺された。防犯カメラの映像とガードマンの証言から、死亡時刻が夜の9時すぎの18分間と推定される。容疑者は専務の吉岡、娘の千尋、証券マンの泉の三人。来客の予定があったのに、ガウン姿でパックをしているのは不自然だと気づいたコナンだが…。

雪山にスキーに来たコナンと蘭、小五郎は、貸別荘の鍵を無くして医大教授・大山将の別荘で電話を借りることにした。別荘には大山の弟子の助教授や助手たちが集まり、コナンたちも鍋パーティーに招待される。食後、一人別室でテレビを見ていた大山の惨殺死体が発見された。コナンは大山のダイイングメッセージに気付く。

元高飛び込み女子選手がオーナーであるスポーツクラブが新装オープンすることになった。その前日に招待されたコナン、蘭、小五郎だが、高飛び込みの代表選手の西条と他のインストラクターたちが対立しているところを目撃してしまう。その夜、西条の死体がプールに浮いているのが発見された。西条の死は事故か殺人か。

新一に会うために、蘭のところへ“西の高校生探偵・服部平次”と名乗る少年が押しかけてきた。風邪気味のコナンは服部に飲まされた中国酒でフラフラになる。蘭が服部をにらみつけているところへ小五郎の依頼人が訪れる。小五郎と蘭、コナン、服部の四人で依頼人の外交官宅へ出向くと、外交官は何者かに毒殺されていた。

服部に飲まされた中国酒のせいで気分が悪くなったコナンは、外交官・辻村勲の殺害現場で倒れてしまう。辻村を毒殺したトリックを暴いた服部は、辻村の父・利光を犯人だと決めつける。そこへ、突然、新一が現れ、服部の推理の間違いを指摘する。新一は、真犯人を突き止め、辻村夫婦の過去を掘り起こす。

図書館で逆向きにケースに入れられて包装された変な洋書を見つけたコナンは、ここの図書館の職員が行方不明になっていることを知る。警察は手掛かりを見つけられずに帰っていったが、コナンは少年探偵団の3人と一緒に閉館した図書館の内部を捜索する。そして児童図書の書棚で背表紙のない本に隠された麻薬を発見した。

お気に入りのアイドル・沖野ヨーコの推薦でチャリティーゴルフ大会に出場することになった小五郎は、早朝のゴルフ練習場にやってきた。ド下手な小五郎の練習にコナンが見飽きた時、サラリ－マンの4人連れが入ってきた。部長の橘がドライバーに持ち替え、振り下ろした瞬聞、激しい爆発音と共にもうもうと黒煙が上がった。

コナン、蘭、小五郎が一泊することになった山寺には、若い女をさらって高い木に登り、そこに死体を吊してその肉を食うという霧天狗の伝説が伝わっていた。修行僧たちは小五郎に、2年前に若い修行僧が伝説と同じような死に方をした事件を話そうとするが、和尚に一喝される。翌朝、和尚が高い梁から吊されて息絶えていた。

マンションのベランダで会社社長・井本が、日課にしていた太極拳の最中に何かで後頭部を一撃されて死亡した。マンションには、井本の妻・貴子、井本夫妻の仲人・土橋、マンションの住人で釣具店主の寺沢がいて、それぞれに殺害の動機がある。コナンはベランダの手すりについた傷から、釣り竿を使ったトリックを見破るが…。

小五郎が監修したゲームソフトの発表パーティーで、コナンは自分を小さい体にした黒ずくめの男たちの仲間らしい大男を見かける。手掛かりをつかもうと、尾行を始めると、大男はトイレで爆死した。爆発は大男がクロークでアタッシュケースを受け取った直後だったことから、コナンは大男の取引相手を捜し出そうと知恵を絞る。

温泉旅行から帰る途中、コナン、蘭、小五郎は乗換えの駅で殺人事件に遭遇する。殺されたのは、コナンたちと同じ列車に乗り合わせた医師会のメンバーで、並行して走っている別の路線の車内で毒物を注射されて死亡していた。コナンは、医師会のメンバー・伊達をあやしいとにらむが、別の列車の中にいては、犯行は不可能だ。

おじゃマンボウ清掃会社の専務が、落ちてきた鉄材で頭を打って死亡した。現場は会社近くの細い路地。日曜日の今日は社長の中山と秘書の麻木だけが出社していた。偶然現場に居合わせたコナンは、事故に見せかけた殺人事件のトリックに挑戦する。

小五郎と蘭と一緒に「シャーロックホームズ・フリーク歓迎ツアー」に参加したコナンだが、ツアーの主催者・金谷が車に乗ったまま崖から転落、炎上してしまった。孤立した参加者たちは一室に閉じこもるが、第2の事故が起こってしまう。ツアーに参加していた服部平次と共にコナンは犯人との知恵くらべをすることになった。

ツアーの主催者・金谷に続いて綾子が爆死。さらに、藤沢がアイスピックで襲われるに及んで、ツアーの参加者たちは戦々恐々としていた。犯人は残ったメンバーの中にいるのか、それとも、死んだはずの金谷なのか？服部平次と共に犯人のトリックを推理していくが、平次はコナンの正体に疑いを持ちはじめる。

商店街のイベント“初めてのおつかい大会”に記録係として参加した少年探偵団の面々とコナンは、参加者のひろしの突飛な行動にてんてこ舞。一度は姿を見失ったひろしをやっと見つけたかと思えば、今度はそのひろしに危険が迫る。本人が何も気付かないまま間一髪で難を逃れたものの、ついに何者かに連れ去られてしまう。

コナンと小五郎たちの目の前で女性イラストレーターがマンションのベランダから転落、死亡した。直前に師匠の花岡に予告電話をかけていたことから、投身自殺かと思われたが、コナンは転落前に女性が死んでいたと見抜く。一番怪しいのは、離れたデザイン事務所にいた花岡だ。自殺に見せかけるトリックの方法は一体何だ！

水軍伝説の伝わる瀬戸内海の小島・敷島では、7年前に金塊を積んで沈没したはずの小型船・竜神丸が浜に打ち上げられた。講演会を依頼されて島にやって来た小五郎は10億円の金塊探しも依頼される。が、小五郎の代わりにくす玉の紐を引いた村役場の職員がガソリンを浴びて火だるまになった。何者かが小五郎の命を狙ったのだ。

竜神丸のキャビンから灯台守・浜田の惨殺死体が発見され、現場で気絶していた小五郎に殺人容疑がかかった。島民たちの怒りに小五郎と蘭共々八つ裂きにされかねない不穏な雰囲気に、コナンは小五郎を麻酔銃で眠らせ、小五郎の声で小五郎がはめられた罠を暴き出す。小五郎を罠にはめた真犯人は金塊を狙っているに違いない。

映画「大怪獣ゴメラ」の撮影所を見学に行ったコナンと少年探偵団の子供たちは、ゴメラ役の俳優・松井の案内でセットや怪獣の着ぐるみを見て大喜び。が、松井がゴメラに刺され、逃げたゴメラを追うコナンたちは、スタジオでゴメラがシリーズの中止を決定したプロデューサーを刺殺するところを目撃する。

小五郎の刑事時代の先輩で暴力団担当の警部・寺岡からバーベキューパーティーに招待された小五郎、蘭、コナン。寺岡は暴力団の幹部から呼び出され、一人で会いに行くと言う。心配した小五郎は寺岡に付き添っていくが、寺岡が入っていったコンテナ置場から銃声が聞こえ、暴力団幹部・松山が喉を撃たれて死亡した。

ビアガーデンで誘拐事件に気づいたコナンは、小五郎、蘭と共に、脅迫されているらしい歯科医・遠藤を家まで尾行する。急患のふりをして入り込んだ3人は、4歳の息子・圭太が誘拐され、身代金を要求されていることを知る。圭太の監禁場所の手掛かりは「カニ」と「クジラ」。コナンたちは水族館やカニ料理店を調べまくるが…。

街灯の壊れている夜道で大学生が側頭部を鈍器で一撃されて死亡した。現場付近で凶器は発見されなかった。真っ暗闇の中で誰が、どうやって殺害したのか？直前まで前のマンションで一緒に酒を飲んでいた仲間と現場にいた友人、それぞれ動機はある。コナンは向かいのビルの屋上を利用した密室からのトリックに挑戦する。

公演を目前に控えた有名劇団に脅迫状が送られてきた。調査を依頼された小五郎たちの目の前で主演女優の大手祥子がリハーサル中に死亡する。服毒自殺を演じる心中シーンで青酸化合物を飲まされたようだ。衆人監視の中、祥子だけに確実に毒を飲ませる方法はあるのか？祥子殺しの動機を持つ容疑者が次々と浮上するが…。

コナンたちは阿笠博士の申し込んだ「伊豆ミステリーツアー」に博士の代わりに参加した。ツアーの中に紛れ込んでいる主催者を見つけ出すと、極秘のプログラムのフロッピーがもらえるという。謎の主催者はコナンの父・工藤優作の書いたミステリーの主人公・闇の男爵（ナイトバロン）に扮してツアー中に事件を起こすらしい。

ツアーに参加した7人はナイトバロンという名の幻のコンピューターウィルスのフロッピー目当てに参加したことが判った。そんな中、プログラマーの江原が転落死した。江原がナイトバロンの衣装を身に着けていたことから、ツアーの主催者は江原で、酒に酔った上の事故と見られた。が、衣装は何者かに着せられたことが判明。

ナイトバロンに襲われた警官は空手の達人だった。ナイトバロンは蘭のキックもかわしている。こんなことができるのは、空手の日本チャンピオンだった前田しかいない。コナンは死んだ江原の部屋の防犯ロックを外からかける方法を横溝刑事と小五郎に教え、小五郎たちは改めてツアーのメンバーのアリバイを確認する。

早朝からハイキングに出かけていたコナンたちは、若い男が変死した現場に遭遇する。男が飲んだと思われる毒入りの清涼飲料水は、小五郎が自動販売機から2本出てきたと喜んだ清涼飲料水と同じ商品だった。事件は自動販売機を利用した無差別殺人と考えられたが、死んだ男にはストーカーで警察に通報された前歴があった。

園子の別荘に招かれた蘭とコナンは、園子の姉の婚約者・富沢雄三を紹介される。雄三の父・哲治は隣の別荘の持ち主で、富沢財閥の会長だ。その夜、哲治が惨殺され、停電中の暗闇でコナンたちは偶然、殺害の場面を見てしまう。犯人の顔は、紛れもなく雄三のものだった。が、雄三にはそっくりな顔をした三つ子の兄弟がいた。

少年探偵団のメンバーたちと海に遊びにきたコナンは、春日財閥の御曹司・輝彦と恋人の忍と知り合い、モーターボートに乗せてもらって大はしゃぎ。夕方になって、コナンたちは先に帰ったはずの忍の名前と「SOS」とメッセージの入ったペットボトルを拾う。メッセージが本物だと考えた4人は、忍を捜して海辺の洞窟に入り込む。

映画「死神陣内」の主役・死神陣内を演じる俳優・南条隼人の元に死神陣内の名で殺人予告状が届けられた。警護が南条の事務所を取り巻く中、映画と同じ死神陣内の扮装をした人物が現れたが、コナンのキックも小五郎のタックルもかわして逃走する。その直後に銃声が響きわたり、南条が事務所で射殺死体となって発見される。

金融会社の社長・肥田が毒殺された。肥田は一人で残高の確認をしていた。被害者の親指と数枚の札から毒物反応が検出され、札を数える際に親指をなめる被害者のクセを知っている者の犯行と思われる。が、肥田の親指、札、ドアノブ以外から毒物反応は出てこない。密室の中で、誰がどうやって肥田の指だけに毒を塗ったのか？

園子の家に怪盗キッドからの犯行予告状が届けられた。鈴木家の家宝の黒真珠“ブラックスター”を狙ったものだ。園子は小五郎に捜査を依頼する。予告状の暗号を解いたコナンがホテルの屋上で待機すると、目の前にキッドが現れるが、姿を見せただけで捜査を指揮する警部の手に再度の予告状を残して忽然と消えてしまう。

名家・長門家の当主・長門道三の誕生パーティーに呼ばれた小五郎は、道三の初恋の人を捜してほしいと依頼された。その夜、道三の次女・康江の夫、光明が何者かにベランダから突き落とされて死亡。その直前に包丁を口にくわえた長男・秀臣が目撃されている。コナンは服部平次と二人で事件の真相を探り始める。

池の底から秀臣の死体が発見され、事件をほのめかすかのような遺書も見つかった。鑑識の結果から、光明を殺害した直後に入水自殺したものと思われたが、コナンと平次は遺書の文面に不自然な箇所を見つける。秀臣の部屋で事件前日に録音された留守番電話のメッセージを聞いた二人は、推理を裏付ける遺留品を発見する。

閉店間際の銀行で、コナンは蘭、園子と銀行強盗に遭遇する。拳銃を持った犯人は、背後から殴りかかろうとした行員を射殺。銀行内がパニックに陥った隙をつき、別の行員が飛びかかって犯人を射殺してしまう。犯人を倒した行員の勇気ある行動で解決したと思われる事件だが、コナンは何か不自然なものを感じて調査を始める。

コナンが捕り損ねた野球の打球が絵を描いている男のキャンバスに当たった。男はコナンが見覚えのある画家で、記憶喪失のようだ。突然苦しみだした男を、病院に運ぶが、男は病院を抜け出し、翌日、絞殺死体となって発見される。遺体の鞄の中に銀杏の葉が入っているのを見たコナンは、少年探偵団の仲間たちと調査を開始する。

武道館でのコンサートの開幕直前に、人気デュオ・TWO－MIXの二人が誘拐された。事件を目撃したコナンと少年探偵団の子供たちは、犯人から連絡役に指名され、大はりきりで事件解決を目指すが……。コナンの声を担当する高山みなみが参加し、ヒットチャートをにぎわせているTWO－MIXが劇中に登場。

誘拐されたTWO－MIXを救出するため、歩美になりすまして犯人に新曲のデモテープを届ける役目を買って出たコナン。だが、コナンに手柄を独り占めされたくない元太たちは目暮警部にコナンの行方をたどる追跡メガネを渡さなかった。自分たちだけで事件を解決しようと、TWO－MIXが監禁されている倉庫までたどりつくのだが…。

ある夜、ケガで入院中の小五郎が病室の窓ごしに殺人を目撃した。あわてて警察を呼び、現場と思われる病室に急行するが、そこには死体はおろか、事件の痕跡は何もなかった。精神科の医師・白井はストレスによる幻覚だと決めつけるが、コナンは小五郎が見たのは窓ガラスを利用したトリックだったことに気づく。

スキー場で小学校時代の恩師・米原と出会ったコナン、蘭、園子は、米原が現在の教師仲間と借りた貸別荘に招侍される。吹雪で別荘に足止めされたコナンたちは、押しかけてきた新聞記者から3年前に米原の学校で何か事件があったことを聞く。険悪な雰囲気になる教師たち。その夜、米原と園子が何者かに襲われる。

猛吹雪に閉じ込められた山荘で、蘭たちの恩師・米原の同僚・杉山が死体となって発見され、自室に閉じこもっていた下田も殺された。下田の首には縄で絞められた跡がくっきりと残っているが、どこからも縄は出てこない。犯人は下田の部屋のそばにいた3人の中にいる。コナンは手掛かりを求めて山荘の周辺を再調査するが…。

ワイドバンドレシーバーで誘拐犯の脅迫電話を聞いてしまったコナンと少年探偵団の子供たちは、レシーバーから聞こえてくる情報だけを頼りにどこの誰とも判らない被害者と犯人の居場所を突き止めようとする。犯人は川田という男に娘を殺されたくなかったら言うことをきけと、無茶な要求を次々に突きつける。

北海道でツルを観察していたコナンと蘭、小五郎は、ツルの世話をする老人と出会う。老人の家に招待されたコナンたちは、老人が引退した実業家で、全財産をツルのために村に寄付するという遺言書を作成中だということを知る。老人の弟と子供たちは猛反対。手続きが終了する直前に老人はボウガンの矢で射抜かれ、死亡する。

吸血鬼の小説で有名なホラー作家･虎倉大介の依頼でドラキュラ荘と呼ばれる彼の山荘を訪れた小五郎と蘭、コナンは、豪雨のために山荘に一泊することになった。その夜、一人で書斎にこもっていた虎倉は、ドラキュラの衣装を身に着け、十字架上で白木の杭を胸に打ち込まれていた凄惨な死体となって発見される。

ホラー作家･虎倉大介を惨殺した犯人を特定するためには、殺害現場である書斎が完全な密室状態にあったという謎を解かなくてはならない。この夜、山荘にいた虎倉の妻たちの前で、小五郎は謎解きをしてみせると豪語する。案の定、小五郎の推理は的外れだったが、全員に殺害の動機と機会があったことが判明する。

生け花アーティスト・岡野利香に殺人を予告する脅迫状が届いた。脅迫状には、利香の世界芸術大賞受賞パーティー会場となる紅花ベイサイド・ホテルに｢死の花が咲く｣とある。パーティー当日、会場を訪れた小五郎、蘭、コナンの3人はホテルの支配人の死体を発見する。小五郎と目暮警部は遺体の状況から絞殺と断定するが…。

骨折で入院した小五郎の病室に銀行強盗の容疑者が入院していた。被害にあった銀行の行員の父親も同室で、強盗の仲間たちは行員の娘を人質に、仲間の口封じをするよう脅迫していた。容疑者を監視する警官の中にも仲間が紛れ込んでいて、行員は通報することもできずにいる。動揺する行員の姿に事件を見抜いたコナンだが……。

小五郎のもとに奇妙な依頼が舞い込んだ。半年前、見事な手際で殺人を実行し、姿を消した名うての殺し屋･狐(フォックス)に間違って自分の殺しを依頼してしまったというのだ。殺人を阻止し、狐を捕らえるために、依頼者の不動産会社社長が実行を指定した山の縦走にコナンたちも同行することになる。

殺し屋･狐の標的ではないはずの大学生･平井が殺され、山小屋で恭子の死体が発見された。恭子も背中にナイフを突き立てられていて、狐の第2の殺人かと思われた。小五郎は自分の正体を明かし、犯人捜しを始める。コナンが恭子の正体に勘づいた時、恭子の連れの河辺と依頼人の潮、山小屋の管理人の老婆の姿が消えていた。

スキーに来たコナンたちは、古びた民宿に泊まることになる。他の宿泊客はドラマで雪女を演じた女優・木下明子と専属のスタント･ウーマン浅沼洋子だけだ。蘭が露天風呂で雪女の幽霊を見た夜、明子が遺書を残して姿を消した。翌朝、雪女の衣装を着た明子の凍死体が発見され、睡眠薬を飲んだ上での自殺と思われるが…。

酔って帰宅中の小五郎は、中学校の裏手で知り合いの佐知子と出会う。あわてた様子で車に乗り込もうとしていたが、なぜか小五郎をドライブに誘う。大喜びの小五郎だが、ドライブから戻ると佐知子のルームメイトが自宅のマンションで殺されていた。小五郎の証言で佐知子のアリバイは成立。事件は強盗殺人事件かと思われた。

変死した世界的なマジシャン･九十九元康の妻が、蘭の母・妃英理の紹介で小五郎を訪れた。夫の死の真相を調査してほしいというのだ。巧妙なトリックと痛ましい犯行の動機を見事推理したコナン。だが、蘭はそんなコナンの様子を見て、コナンの正体が新一だという確信を強める。蘭に詰め寄られたコナンは…。

市川産業の会長･市川孝太郎に呼ばれた小五郎は、二人の娘の行動を監視してほしいと依頼される。親族会で小五郎は、性格の悪そうな長女と次女の様子をうかがう。コナンは長女･一重が地下室でワインに毒を注入するのを目撃するが、何者かに襲われ意識を失う。が、その間に孝太郎は一重が勧めたワインを飲んで急死してしまう。

小五郎は人間国宝の陶芸家･菊右衛門に招待され、コナン、蘭と共に東京郊外の家を訪れた。小五郎のファンだという菊右衛門老人は高価な作品を惜しげもなく小五郎に与え、歓待する。小五郎に見せようとした新作の壺「風水丸」が割れてしまい、落胆する菊右衛門。翌朝、とんでもない事件が小五郎とコナンを待ち構えていた。

人間国宝の陶芸家･菊右衛門の息子の嫁･益子の死は、新作の壺「風水丸」を壊したことを苦にしての自殺かと思われた。が、素足で首を吊っていた益子の足が汚れていないことに気づいたコナンは、一人で殺人事件の証拠探しを始める。益子をワナにかけ、自殺に見せかけて殺した犯人をコナンは追い詰めていく。

蘭たちの中学の先輩だった内田麻美が新一の留守宅を訪ねてきた。新一を誕生パーティーに招待したいのだという。新一の代わりに園子、小五郎、コナンがそのパーティーに参加することに。麻美の誕生パーティーは、盛り上がったが、寝込んでしまった麻美を残して全員でカラオケに行っている間に別荘が火事になってしまう。

蘭のおかげで麻美は一命をとりとめた。ケーキのローソクの火が何かに引火したのが火事の原因らしい。消し忘れの事故か、それとも麻美自身が火をつけたのか？コナンは火事の前後で別荘の家具の配置が変わっていることに気づき、焼け跡を調べ始める。そして、燃え残ったファックス用紙から仕組まれた火事のトリックを見破る。

探偵の心得を教えてほしいという時代劇俳優の土方幸三郎の自宅マンションに招かれた小五郎とコナン、蘭は、離婚騒動の渦中にある土方の妻・永倉勇美が隣の沖田一の部屋のベランダで変死するのを目撃する。沖田は勇美の不倫の相手と噂される俳優だ。一人で部屋にいたと言い張る沖田は、身の潔白を主張するが…。

時代劇俳優の土方幸三郎の妻・永倉勇美が隣の沖田一の部屋のベランダで絞殺され、現場の状況から沖田が犯人と思われた。だが、真犯人は巧妙なトリックを使って沖田の犯行に見せかけていた。コナンは詰めかけた取材記者たちの前で小五郎に麻酔銃を撃ち込み、事件の全貌を解き明かす。

小五郎はミステリー作家の中村操という人物から、死んだ祖父から譲り受けた洋館で不思議な出来事が続いているという手紙を受け取り洋館を訪れた。有名な時計職人・出淵紋時郎の家だったという洋館の内部は、動物の絵や飾りのついた食器と家具、様々な時計が所狭しと並べられていた。

時計職人・出淵紋時郎が住んでいたという洋館は、やはり妙な家だった。1時10分に鳩時計から3匹の鬼が飛び出して鳴き始める。屋根裏部屋で人の気配がしたり、書斎にファイルしてあった犯罪記事も気にかかる。コナンも小五郎も謎の意味がつかみきれないでいると、蘭が家の中にライオンだけが飾られてないことに気づく。

有名な賞を受賞した報道写真家・柳瀬隆一と授賞式で知り合ったコナンたちは、柳瀬に付きまとうルポライター中井の姿を見かける。その夜、中井が｢命を狙われている｣と小五郎に電話をかけてきた。コナンが中井のマンションに行くと、火ダルマの中井が転落してくる。向かいの高速道路では、柳瀬がこの光景を写真に収めていた。

洋館の庭に野球のボールを入れてしまったコナンたちは、ボールを取らせてもらおうと頼みに行くが、洋館の主･綿貫義一に追い返されてしまう。しかたなく毛利探偵事務所に戻ると、テレビの「仮面ヤイバー」に出てくるモグラ星人そっくりの幸田という男が小五郎を訪れ、綿貫に殺された妹が庭に埋められていると言いだした。

謎の洋館の主･綿貫が妹を殺して庭に埋めたと言い張っていた幸田が、宝石店に強盗に入った。逃走中の幸田はマンホールを利用して綿貫邸に入り込み、庭のあちこちを棒で突き刺している。コナンは張り込み中の歩美たちと合流し、幸田に自首を促す。幸田は駆けつけた目暮警部に、盗んだ宝石は分散して庭に埋めたと告白する。

歩美をひいて逃げた黒塗りの車を追いかけたコナンと元太、光彦は、休業中の工場の前で車を見失ってしまう。が、2、3分後にまた現れた車はコナンたちの目の前で交番に乗り付け、運転していた宍戸という男が自首をした。そのころ、車を見失った工場内で社長の刺殺体が発見され、宍戸が工場の元従業員だったことが判明する。

蘭は園子の代わりに1日だけフランス料理の教室に習いに行くことになった。有名な料理研究家･上森美智が自宅で開いている教室には、蘭の他に三人の生徒が集まっていた。コナンと小五郎も試食につられてついて行ったが、美智は気難しく、生徒たちや助手を怒鳴り散らしている。突然家の明かりが消え、美智が苦しみ始める。

有名な料理研究家・上森美智は、細い針のような凶器で何者かに背中を刺されて死亡した。授業に参加していた蘭以外の3人の生徒と助手の祐子の4人全てが、殺人の直前に家の明りが消えるように氷を使って配電盤に細工をすることは可能だった。しかも、それぞれに美智に恨みを抱いているようで、全員に動機がある。

元太と光彦が｢この学校は呪われている｣と言い出した。夜になると不思議なことが起きるようになったというのだ。歩美も夜の教室で不審な人影を見たが、相談した教頭先生が学校に出てこなくなったとおびえている。コナンと少年探偵団は謎を解明しようと夜の学校に入り込み、真相を突き止めることにする。

道に迷って偶然訪れた海辺の町で、コナンと蘭は若い女性の水死体を発見する。足首に重りの石を結びつけ、外傷も見当たらないことから、検死を担当する医師の田中は自殺だとほのめかす。水死した女性・光子の親友・智子は、その田中が殺したのだと主張するが、光子の死亡推定時刻の田中のアリバイは小五郎の証言で成立する。

蘭は父・小五郎と別居中の母・英理を別々に伊豆のホテルに誘い、久々に家族そろっての夏のバカンスを計画した。計画通りに進んで大喜びの蘭だが、知らずに鉢合わせした小五郎と英理は大あわて。さっそく、夫婦ゲンカを始めてしまう。そんな時、小五郎が知り合ったダイビングサークルの女子大生が海で溺れ、仲間が救助する。

蘭が計画した父・小五郎と別居中の母・英理と家族そろっての夏のバカンスは散々なことになってしまった。小五郎と英理は険悪なムードだし、海で溺れたダイビングサークルの女子大生は、ウミヘビに咬まれて意識不明の重体のままだ。計画的な殺人だと見抜いたコナンは、被害者の貴和子の仲間4人の中に犯人がいるとにらむ。

ある夜、毛利探偵事務所に人気推理小説家の新名任太朗の娘が訪ねてきた。彼女によると新名夫妻は2ヶ月前から行方不明となり、原稿だけが毎週同じ時間に編集部にファックスで送られてくるという。編集部へ向かったコナンは、作品の中の本人が登場するシーンを見て、それが作者からのメッセージだという事に気付く。

行方不明のミステリー作家・新名任太朗夫妻はどこかに監禁されているのか？コナンは新名の原稿に登場する新名本人のセリフが暗号になっていることに気づく。最初のセリフから読み取れるのは｢助けてくれ…｣。だが、その後のセリフの解読ができない。犯人が新名夫妻を監禁している目的は何なのか？コナンはあせる。

服部平次の招待で大阪見物を楽しむはずだったコナンと蘭、小五郎の3人は連続殺人事件に巻き込まれてしまう。コナンたちの乗ったパトカーの上に死体が落ちてきて、同じ手口の殺人事件がこれで3件目だということを知る。平次はコナンが犯人に刺される夢を見たと言うが、コナンは4件目の殺人事件にもかかわってしまう。

コナンは小五郎・蘭・歩美・元太、光彦と一緒に食事に行く途中で人気テレビ番組｢仮面ヤイバー｣の登場人物の格好をした若者と出会う。若者に番組のファンクラブの仮装パーティーに招待された小五郎と子供たちだが、メンバーの一人が拳銃を持って乱入し、レンジャーポリス姿の本田を撃ち、自分も自殺するのを目撃してしまう。

小五郎は以前の依頼人、山崎開発の女性社長の招待でコナンと蘭を連れて岩美渓谷沿いの社長の別荘を訪れた。山崎社長は岩美町の町長と提携してスパリゾートの建設を計画している。が、前祝いの酒宴の最中に二階の自室で山崎社長がスズメバチに襲われ、ベランダから崖下に転落、死亡してしまう。

沖野ヨーコのコンサートのチケットを落としてしまった小五郎は、コンサートに行けなくなったと嘆いている若い女性・青島全代を見つける。全代はチケットを譲る代わり自分と妹を車で会場まで送ってほしいという。自宅まで妹を迎えに行った小五郎たちは、ガムテープで目張りされバスルームで死んでいる妹・美菜を発見する。

ガムテープで目張りされ、密室状態になった浴室で発見された青島美菜の死を、目暮警部と小五郎は自殺と断定した。が、コナンは自殺に見せかけた殺人事件だと確信していた。犯人を追い詰めるためには、犯行後に密閉された浴室から脱出する方法を突き止め、犯行の決定的な証拠を発見しなくてはならない。

大人気のお天気お姉さん・浅野亜紀のメッセージを聞いた元太たちは、亜紀に会いにテレビ局を訪れる。亜紀はコナンのポケベルの番号を控えて｢仕事を頼む時は連絡する｣と約束。が、亜紀は電話に呼び出されたきり行方不明になり、代役を立てて番組が始まってしまう。そして、コナンのポケベルに謎の数字が次々と表示される。

会社社長・石本は何者かに｢殺してやる｣と脅迫されていた。犯人を捜してほしいと依頼された小五郎の目の前で石本が銃で撃たれ、石本の後側にいた来賓の代議士・高田の胸に弾丸が当たり、高田代議士は死亡した。コナンはパーティー会場で挙動不審だった男が照明用の足場に立っているのを目撃するが…。

パーティー会場で小五郎が調査を依頼された会社社長･石本に向かって発射された銃弾は、高田代議士の胸を貫いて死亡させた。犯人と思われる挙動不審の恐喝屋･平岡の転落死体が翌日発見され、事件は解決したと思われた。石本は平岡に脱税をネタに脅迫されていたと告白するが、コナンは事件の真相は別のところにあるとにらむ。

蘭のクラスに旅回り一座の二代目座長･玉之助という美少年が転校してきた。一座の通し稽古に招待された蘭は園子とコナン、歩美や元太、光彦を誘って見に行くが、玉之助と座員たちの間が何かギクシャクしている。公演を5日後に控え大急ぎで新作の台本を執筆中だった玉之助一座の座付き作家･近石が何者かに殺害されてしまう。

旅回り一座の座付き作家が殺されたのに続き、女性座員の一人が殺され、二代目座長・玉之助も何者かに襲われて負傷してしまった。警察は一座の経理係も兼ねていた被害者の糸江が不正経理が発覚するのを恐れて玉之助を襲ったと考えているらしい。コナンは、玉之助と糸江のほかにもう一人の人物が現場にいたと推理する。

銀行の裏口で現金輸送車の襲撃事件に出くわしたコナンは、ターボエンジン付きスケボーで犯人を追跡するが見失う。単なる強盗事件として捜査が開始されたが、犯人の一味と思われるガードマンと元レーサーが殺され、遺留品の口紅から銀行窓口のお姉さんに容疑がかかる。この事件にはもっと裏があると見抜いたコナンだが…。

コナンのクラスに灰原哀という名の奇妙な少女が転校してきた。クールな態度で歩美たちをあしらう哀だが、コナンだけには興味を示す。少年探偵団に依頼された事件の調査に哀を誘い、コナンと一緒に同級生の俊也の兄を救い出し、事件を解決する。その復路、哀を家まで送る途中でコナンは思いもかけない言葉を哀の口から聞く。

元日の国立競技場にサッカーの天皇杯決勝を観戦に行ったコナンたちの目の前でサッカーボールに銃弾が撃ち込まれた。この銃弾は身代金を要求する脅迫電話の犯人が、脅迫が本物だと見せつけるためのものだった。犯人の指示通り、現金が入ったバッグが用意され、駆けつけた刑事たちが競技場内で張り込みをするが…。

五千万円の身代金入りのバッグを持ち去ろうとした犯人は刑事たちに取り押さえられたが、床に転がっていた携帯電話からもう一人の犯人が仲間の解放と、さらに10億円の現金を要求してきた。試合終了までに金を用意しなければ観客を殺すという。目暮警部は捕らえた男を解放し、大観衆の中に潜むもう一人の犯人の姿を捜すが…。

園子がインターネットでアクセスしている「奇術愛好家連盟」の集まりが雪の山中にあるロッジで開催された。蘭も園子と一緒に参加することになり、小五郎とコナンは車で二人を送っていく。その帰り道、カーラジオのニュースで蘭が参加している集まりのリーダーが自宅で殺されたことを知り、あわててロッジに引き返すが…。

園子と蘭が参加した『奇術愛好家連盟』の集まりは連続殺人事件の様相を呈してきた。ボードリーダーの西山が自宅で殺されたのに続き、雪の山中で孤立したロッジでは浜野の死体が雪の降り積もる裏庭に放置されていた。疑心暗鬼に陥るメンバーから西山と影法師との口論のいきさつを聞いたコナンは第三の事件に身構えるが…。

園子と蘭が参加した『奇術愛好家連盟』の集まりで二人が殺され、蘭と園子までがボーガンの矢で狙われた。林の中に落ちていたボーガンと、木の幹に空けられた穴、矢が撃ち込まれた風呂場の外に落ちていたホチキスの針。犯人の正体とトリックを見破ったコナンはひもやホチキスなどの小道具を集め、謎解きの準備を始める。

歩美は「緑美容室」の美容師・美香から自宅でカットしてあげるという申し出を受け、コナンたちと一緒に美香のマンションに行く。が、美香は何者かに殺されていた。美香の首の前方にだけ索条痕があり、美容室の店長・緑の態度に不振を抱いたコナンは、緑が気にしていた不燃ゴミ置き場を捜索するが…。

阿笠博士とキャンプに来たコナンたちは、森の中にそびえ立つ西洋風の城に迷い込み、城の主人・間宮満の招きで城に一泊することになる。間宮家の長女で満の妻が焼死したという不気味な塔、チェス盤をかたどった庭など、いわくあり気な事件や事柄が続いている城らしい。コナンは怪しげな雰囲気漂う城の内部を捜索するが…。

キャンプの途中で見つけた古城に一泊することになったコナンたちは、いわくあり気な住人たちから、宝の在り処を示すらしい城の謎を聞かされ、興味を持つ。が、早々にコナンが行方不明になり、阿笠博士までもが姿を消してしまう。残された哀、歩美、光彦、元太の子供たち四人は自分たちだけで二人を捜し出そうとするが…。

小学校の創立記念日にコナンと、哀、歩美、元太、光彦の5人は、リバイバルの映画「大怪獣ゴメラ」を見に行く。この映画館は不動産屋の張田の嫌がらせで閉館に追い込まれ、今日が最後の上映だという。コナンも昔に戻って映画を楽しもうとするが、映画の上映中に首を吊った張田のシルエットがスクリーンに映し出される。

コナンたちが見に行った映画館で、上映中に首を吊った男のシルエットが映し出され、自殺、他殺両面での捜査が始まった。遺体で発見された不動産屋の張田は、この映画館を閉館に追い込んだ張本人だ。多額の借金を苦に自殺したと考える目暮警部たちだが、コナンは光彦の証言から、何者かがトリックを使って殺害したとにらむ。

風邪で学校を休んだ歩美が、一人で留守番をしていると、何者かがマンションに侵入してきた。逃走中の強盗殺人犯だと思い込んだ歩美は押し入れに隠れ、コナンたちに少年探偵団バッジでメッセージを送る。声の出ない歩美はおもちゃのピアノの音と目覚まし時計の音声を組み合わせてSOSを伝えようとするのだが…。

コナンのライバル、服部平次が結婚式に出席するため上京した。ガールフレンドの和葉と一緒に東京見物がしたいと、小五郎、コナン、蘭を呼び出す。結婚式で花嫁になる楓と、森園家の執事・重松に出会い、コナンたちと平次、和葉は森園家に招待される。豪華な食事を振る舞われた5人は、帰り際、殺人事件に遭遇する。

森園家の執事･重松は密室で殺害された。容疑者は犯行時刻に屋敷にいた森園家の当主･幹雄、息子の菊人、娘の百合江、そして菊人の婚約者･楓、重松を父のように慕う使用人の桜庭の五人に絞られた。コナンと平次は、凶器を発見したことを伏せたまま、関係者全員の前でトリックを再現して犯人を告げる…。

園子に付き合って、蘭とコナンは星美山保養所に星を見るためにやってきた。やはり天体観測に来ていた宇宙科学専攻の大学院生3人と知り合うが、大きな賞を受賞したばかりの野中が天体写真を撮影中にテレビ中継塔から転落死。コナンたちは望遠鏡のレンズごしに転落の瞬間を目撃するが…。

北海道に招待されたコナン、蘭、小五郎の三人は“北斗星3号”のA寝台で優雅な列車の旅を楽しむはずだった。食堂車で出会った宝石店オーナーは強盗を撃退した事件で話題の人物だったが、乗客の一人に射殺される。コナンは宝石強盗とこの殺人事件が幼い時に読んだ父・優作の未発表小説と同じ筋書きだということに気づく。

車内で出雲を射殺し、逃亡した犯人と思われる男・浅間の死体もトンネル内で発見された。コナンの父・優作の未発表小説の筋書き通りに進む事件に疑問を抱いたコナンは、列車に潜入していた母・有希子と協力して調査を始める。問題の原稿は銀行強盗事件に巻き込まれた編集者が浅間たち強盗団に奪われたものだった。

コナンたちは事件の証言をするため警視庁に行った。応対してくれた高木刑事は先輩の佐藤刑事に片思いをしているらしい。そんな時、強盗の被害にあった銀行の支店長が二人の刑事を訪ねてくる。支店長が自宅に電話すると妻の悲鳴が聞こえ、支店長宅に駆けつけると、エアロバイクの横に支店長夫人の遺体が横たわっていた。

銀行の支店長の増尾が警視庁に事情聴取に来ている時に、彼の妻が自宅で殺害された事件は、銀行の襲撃犯の犯行という線で捜査が続けられている。コナンは増尾が犯人だと確信し、本棚とエアロバイクに残されたわずかな痕跡から増尾の完璧なアリバイを崩し、十数キロ離れた自宅にいる妻を殺害するためのトリックに挑む。

遊園地の絶叫マシーンに一番乗りしようと、コナンと少年探偵団の子供たちは早朝の市電に乗り込んだ。他に乗客は鉄道研究会の大学生３人だけ。途中下車して線路脇で市電の写真を撮り始めた大学生の一人が乗っていた脚立が倒れ、市電は急停止する。その学生は無事だったが、車内では、もう一人の学生が血まみれで倒れていた。

小五郎は蘭とコナンを遊園地に連れてきた。が、蘭は違う遊園地に行きたかった上に、小五郎の目的が近くの競艇場だったと知って大憤慨。罰として小五郎にバンジージャンプを命じる。クレーンの上で小五郎が躊躇していると、アトラクションの「仮面ヤイバー・ショー」の俳優が先に飛び降りた。見物の子供たちは大喜びだが…。

小五郎はコナンと蘭を連れて、学生時代に家庭教師をしていた教え子の崎原恵に会いに行った。再会できた喜びも束の間、小五郎たちの目の前で車が爆発、恵の妹・寛美が死亡する。車は恵のもので、ガレージから出すのを手伝った寛美が犠牲になった。小五郎は恵のためにも、必ず真犯人を捕まえると決意するが…。

小五郎の教え子だった恵の夫･崎原は、高橋という男と互いの妻を殺す交換殺人を計画し、実行した。が、高橋が仕掛けた爆弾で死亡したのは恵の妹･寛美だった。崎原と高橋は犯行を認め、事件は解決したかに見えた。コナンは恵が高度な運転技術を持つことを知り、事件にはまだ裏があると睨む。

蘭がバスで知り合った老人が突然いなくなった。心配した蘭は老人を捜すが、その足取りは全くつかめない。同じバスで居眠りをしていた園子は最初からそんな老人はいなかった、蘭が寝ぼけたのだと決めつける。が、帰宅した蘭のポーチの中に見覚えのないMOが入っていた。コナンはMOの調査を阿笠博士に依頼するが…。

蘭とコナンを誘って伊豆の海岸にやってきた園子の目的は、言わずと知れた男探し。今回はわざと古びた旅館に泊まって、お嬢様のイメージを払拭しようと涙ぐましい努力を重ねる。そんな園子にキザな大学生・道脇が言い寄ってきた。道脇は園子たちをレストランに誘い、1年前の女性刺殺事件を話して聞かせる。

せっかくのバカンスだというのに、殺人事件に遭遇するわ、旅館で襲われるわで、園子は散々な目にあった。道脇に誘われて呪いのレストランに出かけた園子にまたしても危険が迫る。駐車中の道脇の車が、眠っている園子を乗せたまま動き出したのだ。車が崖下に転落する間際に、蘭が窓ガラスを蹴破り園子を救出するが…。

小五郎は学生時代に住んでいたアパートの大家・光江に相談があると呼び出され、コナンと蘭を連れてきれいなマンションに改築されたかつてのボロアパートを訪れる。光江は同じフロアの別室に住む孫の真がふさぎ込んでいる理由を聞き出してほしいという。光江と共に真の部屋に入った小五郎たちは、浴室で真の遺体を発見する。

コナンたちが学芸会の練習をしているところへ佐藤刑事に追われた殺人事件の容疑者・東田が逃げ込んできた。歩美を人質にして逃走する東田を追い詰めて逮捕した佐藤刑事だったが、手違いから杯戸美術館のトイレに東田と共に手錠でつながれてしまう。身動きの取れない佐藤刑事は、高木刑事とコナンたちに真犯人探しを頼む。

佐藤刑事に逮捕された被疑者の東田の無実の訴えを証明するため、再調査を始めた高木刑事とコナンたちは、被害者の村西真美の部屋と、同じマンションの東田の部屋を調べた。そこで4つの疑問浮かび上がった。手錠でつながれたまま身動きの取れない佐藤刑事と東田がいる杯戸美術館は、阿笠博士が解体ショーで爆破する予定だ。

環状線に乗ったコナンと小五郎、蘭の3人は乗客の女性が遺体で発見されたところに居合わせる。遺体を発見したのは女性の同僚3人で、死亡した橋本清美は先に帰宅したはずだった。清美は車内で死亡し、環状線を一周してしまったらしい。清美の耳に毒物を注入されたような痕があり、小五郎は殺人事件の可能性があるとにらむ。

蘭とコナン、小五郎は懸賞で伊豆の旅行が当たり、新規オープンのホテルにやってきた。ホテルは立派な五重塔のある幻塊寺という古い寺のある丘の麓に建っている。この寺には戒律を破ると五重塔の祟りがあるという言い伝えがあるという。翌朝、五重塔からつり下げられた観光会社のオーナーの遺体が発見される。

観光会社のオーナー・小田の死は、祟りを恐れる幻塊寺の関係者をパニックに陥れた。地元警察は自殺の線で捜査を進めるが、境内の草むらに落ちていた小田のネクタイピンと、服に付いていた草の種から、コナンは小田が草むらで殺害されたと確信する。だが、遺体を塔の先端まで吊り上げたトリックが分からない。

コナンたちは料理が船に載せられ店内の水路を通って部屋に運ばれるという趣向で評判の料亭・流水亭にやってきた。コナンは料理を運ぶ船の動きに興味津々。そんな時、隣の部屋の三人連れの一人が別の客室で刺殺される。死んだのは大学の助教授で、この日は彼の昇進祝いだったという。コナンは船を使ったトリックを疑う。

沖縄旅行を楽しむために少年探偵団の子供たちとコナン、蘭、小五郎は羽田空港からジャンボジェット機に乗り込んだ。コナンの寝顔を見て、蘭は１年前の新一との旅行を思い出す。新一の両親に招待されて二人でロスに向かったその機内で起こった殺人事件は、高校生探偵・工藤新一のデビューを飾った記念すべき事件でもあった。

阿笠博士は伯父が残した別荘にコナンと少年探偵団の子供たちを招待し、隠されている宝を探してほしいと頼む。コナンは50年間誰も足を踏みいれていないはずの別荘に何者かが住み着いていた形跡に気づく。だが、このことは不思議な記号が書かれた食器のかけらと共に博士が仕組んだ宝探しゲームの筋書きにはないものだった。

別荘から不思議な記号のついた品物が10個も発見され、同じ模様のついたハガキが伯母に送られてきたことを阿笠博士が思い出したことから、コナンは暗号を解く手掛かりを見つける。暗号を解き、屋根裏に通じる隠し階段を発見。屋根裏部屋を探索するコナンたちの背後に、おもちゃを壊した犯人の影が忍び寄る。

町内の子供会で人形劇をやることになったコナンたちは、他の子供たちと高原のペンションで合宿することになった。演出をする青年と知り合いの光彦は大はりきりで練習に口を出し、子供たちの反感を買う。休憩後、練習を再開する時間になっても三丁目の子供たちと演出の青年が姿を見せず、人数分の人形も消えてしまった。

事件を依頼された小五郎と、コナン、蘭は絡繰峠の蜘蛛屋敷と呼ばれる鳥取県の旧家・武田家に向かう途中、服部平次と和葉、米人カメラマンのロバートを拾う。武田家当主の信一は、先日納屋で首を吊った出入り業者の根岸を殺した犯人を見つけてほしいと言う。その夜、信一が人形倉の梁から首を吊った無残な姿で発見される。

人形倉の梁に吊された絡繰人形の匠で武田家当主の信一の死は、蜘蛛御前の祟りに見せかけた殺人事件だとコナンと平次は推測する。二人が信一の事件に気を取られている間に、和葉が何者かに襲われる。体を糸でグルグル巻きにされて首を吊られそうになった和葉を間一髪のところで救出したコナンたちだったが…。

蜘蛛御前の祟りに見せかけた武田家当主・信一殺しのトリックを解明し、真犯人を割り出したコナンと平次は、関係者を人形倉の二階に集め、謎解きショーを始める。倉の外から信一の首を絞めた方法を説明したコナンは、犯人の狙いと一連の事件の関係を説明するため、武田家の人々に辛い事実を告げなければならなかった。

水族館の水中ショーに招待されたコナンたちは、ショーの主役・大沢美智子がショーの最中に溺死体で発見されるところを目撃する。美智子の足に湿布が張られていたことから、肉離れを起こしたための事故と思われた。が、コナンは美智子のプロ意識の高さと素潜りの実力を考えると、不自然なことが多過ぎると考える。

体調を崩して病院に行った小五郎は、検査結果を家族と一緒に聞きに来るようにと言われ、動揺する。診察をした医師・新出から酒を控えるようにと忠告され、重病ではないと知り小五郎は一安心。その夜、小五郎とコナン、蘭は新出家の夕食に招待され、新出家の家族と食卓を囲むが、肝心の新出が入浴中で待たされることに。

新出医院の院長の入浴中の感電死は、不幸な事故と思えた。が、不審な点が多いことに気づいた目暮警部は、停電中の全員の行動を再現してもらうことにする。事件の停電時間は一分間。だが、再現した暗闇の中ではお手伝いのひかるがブレーカーを上げるのに34秒しかかからなかった。コナンはこの空白を埋める証拠を発見する。

コナンと蘭、園子の三人は遊園地にあるスケートリンクで冬の夜のイベントである花火大会を待っていた。寒さに我慢できずにトイレに駆け込んだ園子は、若い女性の射殺死体を発見する。遺体の近くには血で書かれた文字のようなものがある。これが被害者のダイイング・メッセージなのだろうか？

トイレの壁に残された血文字から、小五郎は千尋殺しの犯人は佐野泉だと決めつける。だが、被害者は即死状態だったと思われ、自分で文字を書き残すのは不可能だ。千尋の携帯電話に残された「KIX」の文字が事件の謎を解くカギだとにらんだコナンは、千尋の仲間たちの会話から、千尋の残した暗号を解くヒントを得る。

クイズに応募したコナンたちは、見事豪華クルーザーの旅をゲットする。乗客は他に8人。服部平次と小五郎の先輩の元警視　鮫崎もいた。鮫崎は二十年前の現金強奪事件の主犯・叶才三と同じ名の乗客がいると知り色めき立つ。が、その時、非常用縄ばしごの箱の中から乗客の一人・蟹江らしい焼死体が発見される。

横溝刑事に内密の捜査を依頼された小五郎は、コナンと蘭を連れて静岡に向かう。横溝刑事を悩ませている事件は、有名なベテラン俳優が楽屋で死亡し、３人の共演者がそれぞれ犯行を自供したというものだ。静岡に到着早々、県警の課長に真犯人は誰なのか名推理を聞かせてほしいと迫られ、小五郎は窮地に追い込まれる。

黒の組織に発見される夢を見た哀はコナンに心の動揺を見抜かれ、子供を演じ続けろと忠告される。その直後、哀は組織のメンバー・ジンの車を発見。コナンは車に発信器と盗聴器を仕掛け、追跡をする途中で組織の暗殺計画を知る。計画を阻止するため、コナンは暗殺が予定されているホテルに一人で乗り込む決心をする。

黒の組織の暗殺計画を知り、ホテルに駆けつけたコナンと哀の目の前で呑口議員が死亡する。犯人のピスコは議員の周辺にいた７人の中にいる。混乱した人込みの中で、哀はピスコの手でホテルの酒蔵に閉じ込められてしまう。メガネ型携帯電話で連絡を取ったコナンは哀にパイカル（白乾児）という酒を見つけて飲めと指示する。

ホテルの酒蔵に監禁されてしまった哀は、コナンの指示でパイカル酒を飲み、古い暖炉の中に隠れる。その直後に酒蔵に入ってきたジンとウォッカは、仲間のピスコと哀を見つけられずに立ち去る。暖炉の中で哀は元のシェリーの姿に戻り、煙突から脱出を試みる。が、ホテルの屋上に出たシェリーを一発の銃弾が襲う…

阿笠博士と坂の途中にある喫茶店に行ったコナンたち少年探偵団の面々は大はしゃぎ。子供たちはアイスクリームやパフェを注文してゴキゲンだったが、坂の上に停車中の宅配便のトラックが店に飛び込み、客の一人が死亡する。不幸な事故だと誰もが思った。が、コナンは死亡した男の連れの不審な行動に疑問を抱く。

音楽産業グループの会長の妻に不気味な脅迫状が送られてくるという。脅迫状には、極秘に進めている日本人シャンソン歌手・ジェラール天馬の日本デビューの契約をかねて開く内輪のパーティーで事件が起こることが暗示されている。小五郎と蘭、コナンは会長の知り合いの家族と偽ってパーティーに潜入することになるが…。

ジェラール天馬は青銅のアーサー王の剣が背中に突き刺さり息絶えていた。死の直前まで、天馬と口論をしていた義則に容疑が掛かるが、義則は頑に犯行を否認する。グランドピアノの蓋が開いていたことを不審に思ったコナンは、遺体の下の床についた傷跡とピアノの内部にあった紫色のシミから事件のトリックを追う。

下校途中にS字フックのついた指輪が落ちてきた。コナンと少年探偵団の子供たちは二つのS字フックに繋がれた結婚指輪を『ＳＯＳ』のサインだと考え、女の人がどこかに監禁されていると思い込む。指輪に彫られたイニシャルを頼りに、子供たちは道路に面した窓のある九つの部屋の大捜索に取りかかる。

拾ったスーパーのレシートでその家の献立を推理して遊んでいたコナンと少年探偵団の子供たちは、6枚まとめて捨てられていたレシートを拾う。そこには食料品と日用品などのほかに「クロニン」という薬品の名前が印刷されている。毒性の強いクロニンを何に使うのか？コナンたちはレシートを捨てた人物を探そうと決意する。

大物歌手・蘇方紅子が主催するチャリティーショーにゲスト出演することになった小五郎は、他のゲストと共に世界各国のおびただしい数の仮面が飾られた蘇方邸に招かれる。深夜、「呪いの仮面の使者」と名乗る人物の電話で起こされた小五郎、コナン、蘭の3人は、鍵のかかった寝室で惨殺された蘇方紅子の遺体を発見する。

伊豆・天城山中の山荘に遊びに来たコナンと小五郎、蘭の3人は人気テレビ番組「アーバンハンター」のスタッフたちと知り合う。番組の親睦会ということだったが、主演俳優の砂岡とスタッフとの間はギクシャクした雰囲気。その夜、小五郎たちとの酒宴で悪酔いした砂岡が自室に引き上げた後、ライフルで射殺されてしまう。

伊豆の山荘で知り合った人気テレビ番組「アーバンハンター」の主演俳優・砂岡を射殺した犯人は山荘内にいるとコナンは確信する。が、誰もが物理的に犯行は不可能と思われた。谷向かいの岩場から狙撃したように見えるのは犯人の偽装工作に違いない。コナンは弾丸の小さな傷から複雑なトリックを崩す突破口を発見する。

小五郎はドラマ制作会社の社長から母親の身辺警護を依頼された。依頼人の古川悦子の母・勝江は、三日前に襲われてケガをしたという。古川邸を訪れた小五郎とコナン、蘭の3人は、古川家の家族仲の悪さに呆れ、メイドの梓も勝江にひどい仕打ちを受けているらしいことを知る。その直後、勝江の部屋から銃声が響く。

コナンと少年探偵団の子供たちは阿笠博士の車で山にキャンプに出かけた。薪拾いの途中で鍾乳洞を見つけた光彦と元太、歩美は、コナンの制止を振り切って中に入る。だが、洞窟の奥で男の射殺死体を発見し、コナンが犯人の一人に銃で撃たれて重傷を負う。子供たちはコナンを背負って鍾乳洞の中を逃げ回ることに…。

鍾乳洞で仲間を殺した強盗一味と遭遇してしまった少年探偵団の子供たちは、銃弾を受けて負傷したコナンを背負って出口を捜す。石碑の謎を解き、出口に通じる『龍の道』を見つけた子供たちだったが、脱出直前に強盗一味に捕らえられてしまう。万事休すと思った瞬間、警官隊に救出され、コナンは病院に担ぎ込まれるが…。

蘭に全てを打ち明ける決心をしたコナンに銃口を向けた哀は、打ち明ければ蘭も組織に狙われると諭し、コナンに三つの選択肢を示す。コナンの退院と前後して蘭の学園祭が始まった。蘭が主役を演じる芝居を見るため、客席にはコナン、小五郎、和葉が座っていた。その客席で、高校のOBの一人が死亡、芝居は悲鳴で中断される。

蘭の芝居の上演中に起こった殺人事件の容疑者は4人。小五郎は容疑者の１人である蜷川彩子が一方的に婚約を破棄したと知ると、失恋のショックと、あてつけのための自殺と決め込む。が、蘭と舞台で演技をしていた黒衣の騎士が異議を唱え、仮面の下の素顔を見せる。その顔は紛れもなく工藤新一のものだった。

哀の作った解毒剤で元の体を取り戻した新一だったが、薬を飲んだ目的は蘭に安心させることにあった。蘭に大事な話があると言ったきりその機会を失ってしまった新一は、蘭を高層ビルの展望レストランに誘う。新一の姿に安心しきっている蘭に新一が話を切り出そうとした時、またしても殺人事件が発生。

父と母の思い出の展望レストランで遭遇した殺人事件。専用エレベーターの中で社長を射殺したのは、社長令嬢の恋人・大場だとにらむ新一だったが、肝心なところで解毒剤が切れ始める。大場のトリックを突き崩し、自供に持ち込む。コナンの姿に戻る前に、新一には蘭に伝えたい言葉があった。待ち続ける蘭の元へ急ぐ新一。

再び小学生・江戸川コナンとして蘭の家での居候生活が始まった。毛利探偵事務所を若い女性・春菜が訪れ、連絡の取れなくなったポケベル友達にもらったオルゴールを返したいと依頼してきた。ベル友の緒方秋悟の家を訪ねた春菜とコナンたちは秋悟が死亡していることを聞かされ、遺族から妙な質問を浴びせられる。

春菜のベル友・緒方秋悟の家で、蘭が老人の影を見た直後に秋悟の孫・稔が襲われたにも係わらず、緒方家に何者かが侵入した形跡は見つからない。秋悟の遺品の中で時価2億円もする切手が見当たらず、家族で探していたことが判明。コナンは、事件の犯人と切手の行方の両方を追う。

蘭と園子はホテルの入り口近くで車に轢かれそうになる。車を運転していたのは、フラワーデザイン講師の吉野千恵という女性で、最近めまいや頭痛がひどいので運転を誤ったと二人にわびる。蘭は千恵の夫･昭夫の様子が不自然なことが気になり、千恵のめまいや頭痛の原因を調べてみようと決心する。

福引きで当てた無料招待券で小五郎とコナン、蘭は、伊豆高原の霧ヶ峰ホテルに泊まる。バス便もない不便な山中のホテルだが、カーマニアの社長･寺泉のコレクションを集めたスーパーカーの展示場が明日オープンするという。小五郎が探偵と知った寺泉は、届いた脅迫状を見せ、警備を依頼する。

コナンたちの泊まった霧ヶ峰ホテルの社長・寺泉はスーパーカーの展示場のオープン直前に死体で発見された。運転席で排気ガスによる一酸化中毒死ということから、小五郎は不幸な事故と決めつける。が、コナンは発見された時の車の状況が不自然なこと、寺泉に恨みを抱く容疑者が多いことなどから殺人事件の可能性を疑う。

軽井沢のホテルにやって来た小五郎と蘭、コナンは、偶然、蘭の母・英理と出会う。英理の後輩弁護士・碓氷律子と酒の席で盛り上がった小五郎は、夜遅くなっても部屋に戻らない。英理と蘭、コナンは小五郎を捜している最中に密室状態の自室で殺されている碓氷を発見。碓氷のベッドの中では小五郎が眠りこけていた。

小五郎は別居中の妻・英理の後輩弁護士・碓氷律子の殺害容疑で警察に連行されてしまった。英理はコナンと蘭の手を借りて小五郎の無実を証明するため、行動を開始する。英理は律子の部屋のドアに貼ってあったメモとドアチェーンの細工から密室のトリックを見抜き、犯人に罠を仕掛ける。

コナンと蘭、小五郎はハイキングを楽しむつもりで昔懐かしいボンネットバスに揺られていた。が、その車中で地元・影鍬村の観光開発反対派のリーダーで、村の助役・奥村が毒殺される。バスに乗っていた賛成派の青年団長・矢部に容疑がかかり、小五郎は賛成派の村長から事件の解決を依頼される。

コナンたちがハイキングにやって来た影鍬村で、観光開発の反対派と賛成派のリーダーが相次いで殺され、蘭も負傷してしまった。蘭の肩についた痣から、蘭に体当たりをして逃げたのは矢部と判明。しかし、コナンは犯人を矢部と決めつけるには疑問が多すぎると感じ、阿笠博士に頼んで7年前のバス事故を調べ直す。

山奥の古風なホテルを訪れたコナンと蘭、小五郎の3人は実業家の城元と女優の備前千鶴夫妻と知り合う。映画の主役を降ろされて機嫌の悪い千鶴は夫の城元やホテルの従業員らに当たり散らし、わがままで横柄なその態度に、コナンたちもあっけに取られる。翌日、コナンたちは山頂の高原に遊びに出るが…。

女優の備前千鶴は自室で首を吊って死亡していた。死亡推定時刻は小五郎と千鶴以外の全員が外出していた午後２時。ドアに施された細工と千鶴が素足で踏み台にしたはずの電話帳に足の指紋がないことが判明し、殺人事件としての捜査が始まる。コナンは犯人の侵入経路を考え、ホテルの屋上であるものを発見する。

歩美が放火犯人を目撃した。歩美とコナンたち少年探偵団の子供たちは連続放火事件を捜査する警視庁で証言をし、佐藤刑事、高木刑事、白鳥刑事と現場検証に同行することになる。現場に行く途中で、佐藤刑事は交差点で花を供え、合掌した。この日は18年前に強盗殺人犯を追跡中に殉職した佐藤刑事の父の命日だった。

高木刑事は電話で「１８年前の事件の犯人がわかった」と佐藤刑事に伝えている最中に何者かに襲われ、消息が途絶えた。高木の身を案じる一方で、父を殺した犯人が父の友人の中にいるという高木の指摘に佐藤刑事は動揺する。佐藤刑事が聞き込みをしている間に、歩美たちは連続放火犯人を見かけ、勝手に追跡を始める。

コナンたちが酔った小五郎を家に連れ帰る途中、激しく言い争う声と物音を聞いた。翌日、そのアパートで男の刺殺体が発見され、小五郎はショックを受ける。そんな小五郎のところに事件の容疑者が現れ、ケンカはアリバイ工作のための偽装で自分は無実だと訴える。名誉挽回のため真犯人探しに乗り出す小五郎だが…。

小五郎、コナン、蘭の３人は天部山ロープウェイの開通式に招待された。ロープウェイは昔から住民に信仰されてきた巨大な天女像の下にトンネルを掘って開通させたため、地元住民の反対運動が起こり新聞に書き立てられていた。堂本観光社長・堂本栄造は地元の声を無視して開通式を強行したが…。

阿笠博士の車で九十九折峠を登っていたコナンたち少年探偵団の子供たちは、頂上付近から転落する乗用車を目撃。コナンたちが救助に掛けつけるが、運転手は死亡。ただの事故ではないと見抜いたコナンが事故現場を再調査に出かけている間に、手掛かりを隠し持っていた光彦、歩美、元太の３人は暗号の解読を始める。

茶会の招待状をもらった小五郎とコナン、蘭は、「五彩の水御殿」と呼ばれる水面が五色に変化する池の中央に建てられた茶道の家元・青野木亮蔵の屋敷を訪れた。魔物が棲むという伝説もある池の中の茶室に亮蔵は一人でこもり準備をする。客間で待つコナンたちは、池が赤く染まり始めた午後２時、茶室の異変を知る。

魔物伝説が伝わる水面が五色に変化する池に建てられた「五彩の水御殿」と呼ばれる茶室で茶道の家元・青野木亮蔵が伝説と同じように首吊り死体で発見された。現場は密室状態の茶室の中。関係者全員にアリバイがあることから、捜査は自殺の方向に傾く。が、他殺だと確信するコナンは、一人で証拠探しを始める。

コナンは阿笠博士と少年探偵団の子供たちと一緒に紅葉の山に松茸狩りにやってきた。松茸探しに夢中になった元太が、狩猟区域に迷い込み、コナンたちは元太を捜すため二手に別れて狩猟区域に入る。哀と光彦はそこでハンターの射殺死体と一匹の子熊を発見するが、その直後に二人を狙って銃弾が撃ち込まれる。

松茸狩りに来て射殺死体を発見した哀と光彦は殺人犯に追われ、熊が出るという狩猟区域を逃げまどう。二人は自分たちを捜すコナンたちに気づくが、一緒にいる３人のハンターの中に犯人がいた。旅館からの連絡で事件を知ったコナンが二人の残した暗号を解いた時、一行の前に巨大な熊「十兵衛」が立ちはだかる。

「ドルフィンランド」に行く途中のモノレール乗り場でコナンと蘭、小五郎は3人の美女と出会う。彼女たちが待ち合わせているもう一人の美女に興味津々の小五郎は、ドルフィンランドに隣接するホテルまでついていく。が、もう一人の美女・直美は密室で殺されていた。一見、強盗殺人のような現場の様子にコナンは疑問を抱く。

小五郎と蘭、コナンは海辺の道を走行中に車が故障、近くの家に助けを求める。そこは有名な弁護士・橘の別荘で、3人は勧められるまま一泊する。翌日、コナンと蘭は海釣りに出た橘のボートが沖合で転覆するのを目撃。水死体で発見された橘の遺体から睡眠薬が検出され、自殺、他殺両面からの捜査が始まる。

弁護士の橘殺害の容疑者・熊田は、同じ町のアパートの自室で首を吊っていた。小五郎は熊田が橘を殺して自殺したと考えるが、コナンは熊田が橘に弁護を依頼して無罪を勝ち取った2年前の事件にカギがあるとにらみ独自に調査を始める。被害者の実家を訪れたコナンは、そこである物を発見する。

コナンたちは園子に付き合って杯戸百貨店にやってきた。コナンと一緒に蘭と園子を待っていた小五郎は目暮警部たちに連続婦女殴打事件の犯人に間違われる。事件の被害者は若い女性ばかりの３人。襲われた当時、派手な格好をしていたという以外に共通点がないため、佐藤刑事が変装してオトリ捜査をしていたのだ。

連続婦女殴打事件は、蘭が杯戸百貨店の地下駐車場で４人目の犠牲者の遺体を発見したことで殺人事件になった。コナンは遺体から靴が脱げ落ちたのを見て、犯人は車を運転する厚底ブーツの女性を狙ったことを見抜く。コナンが犯人の目星をつけたころ、厚底ブーツでトイレを探していた園子に犯人の金属バットが振り下ろされる。

『黄昏の館』の晩餐会に招待された小五郎、蘭、コナンは、小五郎の他に５人の名探偵が招待されていたことを知る。探偵が次々と殺されていく中で、コナンは館の謎と怪盗キッドを暗示させる招待主を突き止めようとする。新一と怪盗キッドの攻防の過去と、キッドの哀しい素顔の一部を明らかにするスペシャル編。

毛利探偵事務所を中年の和服の美女が訪れ、中学の同級生捜しを依頼した。依頼人・静華に一目惚れの小五郎は大張り切りで調査を開始。尋ね人の柴田四朗の剣道大会の写真からすぐさま行方を突き止め、静岡の柴田のマンションを訪ねるが、そこには依頼人・静華の写真を握り締めて絶命した柴田の遺体があった。

静華の依頼で捜し当てた柴田四朗は、自宅マンションで撲殺されていた。静岡県警の横溝刑事は静華に容疑をかける。が、静華は堂々とした態度で事情聴取を拒否。コナンは四朗の手に写真とは別の物が握られていた痕跡を発見し、真犯人を追い詰めていく。

奇妙な手紙を受けとった服部平次とコナンたちは人魚伝説の伝えられる若狭湾の美国島に渡った。が、手紙の差出人・沙織は行方不明になっていた。この日は年に一度の奇祭『儒艮（ジュゴン）祭り』の日で、不老不死のお守りとされる儒艮の矢を授かろうと人々が集まっていた。島の人々は沙織が人魚の祟りを恐れていたと話す。

人魚伝説の伝えられる若狭湾の美国島で年に一度の奇祭『儒艮（ジュコン）祭り』の夜、コナンたちに助けを求めた沙織の幼なじみ・寿美が人魚のような姿で滝の中から首吊り状態で発見され、その通夜の席でまた、新たな事件が起きる。依頼人・沙織の行方も分からぬまま、平次とコナンは連続殺人事件の謎に挑む。

人魚伝説の伝えられる若狭湾の美国島で起きた三つの連続殺人事件。被害者の３人は平次とコナンに助けを求め、行方不明になっている沙織の幼なじみだ。県警は沙織の父・弁蔵を事件の犯人と決めつける。だが、コナンは神社に集まった島民たちに、“眠りの小五郎”のポーズを取らせた小五郎の声で意外な真相を語り始める。

コナンたちの同級生・倫太郎が「家に怪しいおじさんがいる」と、少年探偵団に相談にきた。食堂をやっている倫太郎の家にやってきて、亡き祖父への恩返しだと店に住み込み無給で働いているという。男が店の改装費を出してくれたお蔭で店は大繁盛だが、「絶対おかしい」と倫太郎は言い、男の企みを暴いてほしいと依頼する。

ゲームセンターでプリクラを撮っていたコナンと蘭、園子は、帝丹高校の英語教師ジョディと会う。ジョディの勧めでファイティングゲームに挑んだ蘭は、凄腕のゲーマー・尾藤賢吾に打ち負かされしまう。尾藤は挑戦者の志水と壮絶なゲームファイトを始めるが、一方的に優勢だった尾藤はゲーム終了後に座ったまま死亡していた。

ゲームセンターで死亡した尾藤賢吾の死因は毒殺とコナンはにらんだ。容疑者は対戦相手の志水、店員の出島、客のタクシー運転手・江守、そして英語教師・ジョディ。鑑識の結果、尾藤はフグ毒を針のような物で注入されたことが判るが、凶器は発見されない。コナンは容疑者たちが移動する度に妙な音がすることに気づく。

蘭が園子と一緒に陶芸教室に通い始めた。コナンが様子を見に行くと、教室では陶芸家・美濃宗之の婿養子・素夫が帰宅して教室を手伝うと言ったまま姿を現さないと皆が心配していた。美濃の屋敷内を捜したコナンたちは、物置の戸棚の中で変わり果てた素夫の遺体を発見する。

蘭と園子が通う陶芸教室で、陶芸家･美濃宗之の婿養子･素夫が絞殺された。コナンは犯人に目星を付けていた、そのトリックも見抜いていた。残るは決定的な証拠だ。だが、目暮警部は、宗之の弟子･菊代に多額の借金があり、素夫の生命保険の受取人になっていたことから菊代を容疑者として署に連行しようとする。

コナンと阿笠博士、少年探偵団の子供たちはスキー旅行に行くため、路線バスに乗っていた。途中で新出先生と帝丹高校のジョディ先生が乗り込んできた時、なぜか哀はおびえ出し、身を隠そうとする。哀は黒の組織のメンバーの強烈なオーラを感じていたのだ。だが、コナンたちを乗せたバスは二人組に乗っ取られる…。

強盗犯２人組に乗っ取られた路線バス。コナンは乗客の中に紛れている第３の犯人を割り出し、乗客もろともバスを爆破する犯人の計画を阻止する策を考える。警察が２人組の要求に応じて、既に逮捕されている主犯の男を開放し、乗っ取り犯たちが小仏トンネル内で脱出の準備を始めた時、コナンたちの反撃も始まる。

小五郎は医大講師の上田という男から、嫌がらせを受けて困っている同僚・吉村のために調査を依頼された。事件の当事者から話を聞くため、小五郎は上田、コナンと一緒にマンションに向かうが、３人はマンションの脇の路地で吉村の転落死体を発見する。警察は脅迫におびえた吉村が誤って自室から転落した事故と推定するが…。

コナンたちは阿笠博士の友人で愛犬家の加納照也の家に招かれた。引っ越しをするので不用品を譲りたいというのだ。コナンたちの他に加納の愛犬家仲間３人も来ていた。正午に柱時計が鳴り、この音を聞くと青い座布団に座っておやつを食べる習慣のある加納の愛犬・パピヨンのドイルが走り出し、そのまま姿を消してしまう。

コナンたちが招かれた加納家の愛犬・パピヨンのドイルが姿を消してしまった。何者かがドイルをさらい、逃亡したかに見えたが、首輪が見つかった焼却炉の中から、焼け残ったグラスウールを発見したコナンは、ドイルの居場所を突き止め、少年探偵団の子供たちの手助けで情況を再現し、謎解きをしながら犯人を追い詰めていく。

小五郎、コナン、蘭は、ワイン収集家の日下の自宅パーティに招かれた。ソムリエの外村とワインの利き酒勝負を始めた日下は、ワインセラーに改造した地下室に自慢の逸品を取りに行く。が、日下は４０分たっても戻らない。探しに行った小五郎は、電子錠でロックされたワインセラーの中で絞殺されていた日下を発見する。

福引の１等賞が当たり、南紀白浜１泊旅行にやってきたコナン、小五郎、蘭の３人は５人の医大生グループと知り合う。写生旅行だという５人には、女王然とした金持ち令嬢の真紀を中心にした複雑な人間関係があるようだ。翌日、真紀に教えられたルートで観光を楽しんでいたコナンたちは、真紀が刺殺されたという知らせを聞く。

南紀白浜でコナンたちが知り合った医大生・真紀が刺殺されたのは、顔見知りの犯行だとコナンは考えた。だが、真紀の５人の仲間たちには、それぞれアリバイがあった。藤が自分のアリバイを証明するために見せたデジカメの写真に疑問を抱いたコナンは、藤がいたと主張するアドベンチャーワールドで調査を始める。

服部平次に誘われて、コナンと蘭、小五郎は有名な３人のスポーツ選手がオーナーの大阪のレストラン、「Ｋ３」の開店記念パーティに参加した。蘭に、３人のオーナーたちはビルの窓を利用したパフォーマンスの手助けを頼む。夜空に窓の灯で作った「Ｋ」の文字が浮かび上がった時、一発の銃声が響きわたった。

銃声がした部屋にかけつけたコナンと服部平次は、そこで新聞記者のエドが殺害されているのを発見した。コナンと平次はエド殺害のトリックと犯人を解明するため捜査を開始する。３人のオーナーには殺害は不可能と判断するコナンだが、捜査が進むにつれ、一番認めたくない真実がそこにはあった。

東京に帰る新幹線内でコナンたちは、麻薬密売人の小倉千造を護送中の佐藤刑事と高木刑事に偶然遭遇した。佐藤刑事が出払ってしまっている最中、トイレに行きたいと席を立つ小倉に一人付き添う高木刑事。小倉をトイレの外で待っていると、突然うめき声が聞こえ慌ててドアを開ける。そこには自殺を図る小倉の姿があった。

新幹線で護送中に被疑者の麻薬密売人・小倉が死亡したのは、自殺に見せかけた殺人事件だと佐藤刑事は断定した。爆弾騒ぎを起こして、その隙に被疑者を前の車輌のトイレに行かせ、自殺の偽装をさせる。その指示を出せた可能性のある乗客は３人。コナンは３人が手に持っていたという新聞に着目する。

いつも元気な元太の様子がおかしい。給食は残すし、コナンたちを避けるように一人で学校から帰ってしまう。コナンたちが問い詰めると、元太はひったくりの犯人を目撃して命を狙われていると訴える。初めは本気にしなかったコナンたちも、元太の頭上めがけてデパートの看板が落下してきたのを見て真実だと悟り対策を考える。

事件の調査のため依頼された葵屋旅館の主人に会う群馬県警の山村刑事、コナン、蘭、小五郎。その事件には４年前に死亡した赤いジャケットの男と、その男が主人にあずけたアタッシュケースが関係しているという。しかし、すでにアタッシュケースは毛利小五郎を名乗る別の男が持ち去っていた。

首を吊って死亡していた毛利小五郎のニセモノ。そばにあったアタッシュケースの中に入っていた５年前のスポーツ新聞と長い毛髪を見て、コナンは殺人事件だと断定した。捜査するにつれ、スポーツ新聞が何かの隠し場所を示す暗号だと気付いたコナンは、４年前に死亡した赤いジャケットの男の持ち物から犯人を追い詰める。

ストーカー調査のために依頼人の建築家・金沢柳一郎のもとに来たコナン、蘭、小五郎。3ヶ月前から毎週のように写真が送られてくるが、全く心当たりがないという。その日の夜、金沢の庭内で夕食の最中に一発の銃声が鳴り響く。12時間で一周するヒマワリ館と呼ばれる屋敷の部屋の中で金沢は銃で撃たれ死亡していた。

伊豆の海に遊びに来た阿笠博士とコナンたちは漁師の吉澤と下条と知り合う。2人は海のルールを無視し手荒な漁をする荒巻と話し合いをするため、ホテルのレストランで待ち合わせをする。約束の時間になっても荒巻が現れないので、もう一人の漁師根津が電話をかけるが、電話越しに聞こえたのは波の音だけだった…。

漁師の吉澤と下条・根津の3人と話し合いのためホテルのレストランで待ち合わせをしていた荒巻が海で遺体で発見された。園子がトンチンカンな推理をするが、コナンはそれをヒントに殺害方法と犯人を突き止める。荒巻の携帯に残された着信履歴から犯人を追い詰めるが…。

ペンションオーナーの村上紫郎と弟の立柴金次とともに癒しの森にあるペンションにやってきた、コナン、蘭、小五郎。村上と立柴が夕食用の山菜採りから戻ると、２人の父であり村長である村上竜蔵が自宅で殺害されたとの知らせが届く。村長宅からペンションまでは１時間の距離があり、兄弟２人に犯行は不可能に思えたが…。

小五郎のもとに沖野ヨーコから友人で女優の草野薫の婚約パーティの招待状が届いた。同じく招待された、元アースレディースの岳野ユキと星野輝美とともに、薫が風呂から出た時にアースレディースの衣装で出迎えてビックリさせようという計画だが、薫は一向に出てこない。心配になり見に行くと、そこには無残な薫の姿が…。

婚約パーティの最中に襲われた沖野ヨーコの友人で女優の草野薫。その場にいた全員の身体検査をしたが薫を襲った凶器は見つからなかった。最近ストーカーに付きまとわれていると言っていた薫の証言と部屋の中から見つかった盗聴器により、外部の人間による犯行と思われたが…。

オークス牧場にやってきた、コナン、蘭、小五郎は、従業員の竹内早苗に牧場を案内してもらっていた。その時、突然暴れ、逃げ出す牧場主・大楠友之の愛馬マダムリープ。引き止めるマダムリープの蹄に血がついているのに気づいたコナンは、馬小屋で頭から血を流した装蹄師・杉山の遺体を発見する。

学校帰りに公園で遊んでいたコナンたち少年探偵団は、不信な行動をとる燕（つばくろ）財閥会頭秘書の堺に出会う。話を聞くと、燕財閥会頭・燕健三の孫・秋夫が誘拐されたというのだ。健三は孫の安全を考え警察の捜査も断るが、コナンは絵を描くことが大好きな秋夫の絵の中から監禁場所のヒントを見つけ出す。

佐藤刑事に見合いを勧める佐藤刑事の母。仕方なく了承し顔も見ず適当に決めた見合い相手はなんと白鳥警部だった。同じときコンビニ強盗を追う高木刑事。よそよそしい佐藤刑事を見て白鳥警部はある賭けをもちかける。その賭けとは日没までに高木刑事が迎えに来なければ、佐藤刑事は白鳥警部の妻となることだった。

母に進められ、佐藤刑事が顔も見ず適当に決めた見合い相手はなんと白鳥警部だった。日没までに高木刑事が迎えに来なければ、佐藤刑事は白鳥警部の妻となってしまう。だが肝心の高木刑事は目撃者たちのバラバラの証言から、犯人を絞れないでいた。果たして、高木刑事は日没までに佐藤刑事を迎えにいくことができるのか？

島根県・松江に旅行にやってきたコナン、蘭、小五郎は、ホテルのロビーで大阪から連句旅行に来ていた短大国文科助教授・安藤礼子たち５名の連句の会の仲間と知り合う。翌日、八重垣神社に来ていた蘭とコナンのもとに連句仲間の1人・牛窪が亡くなったとの知らせが届く…。

島根県・松江の旅行先で安藤礼子たち連句の会のメンバーと知り合ったコナンたち。しかし、仲間の１人牛窪が翌日何者かによって殺害された。牛窪の供養の為にもと、連句の会のメンバーは句会を開き、コナンたちもそれに参加した。そしてその連句の会の中でコナンは犯人を追い詰めていく…。

午前2時15分に発生した大地震。翌朝、帝丹神社の境内で落ちてきた鈴で頭を強打し倒れていたさい銭泥棒・浦沢が逮捕された。帝丹神社からの帰り道、コナンたち少年探偵団は、空き巣に入られ、その際に頭を強打し気絶したという被害者の竹中と出会う。コナンたちは浦沢の不可解な行動を紐解いていく…。

アニマルショーにやってきた阿笠博士とコナンたち少年探偵団。その時、アニマルショーのスポンサー、ランディ・ホークと間違われてインタビューを受けていた外国人のジェイムズ・ブラックを助ける。ジェイムズは助けてくれたお礼にランチに招待したいと言い車を取りにいくが、駐車場で誘拐されてしまった。

アニマルショーの帰り、ショーのスポンサー、ランディ・ホークと間違われて困っていた外国人のジェイムズ・ブラックを助けた阿笠博士とコナンたち少年探偵団。しかしジェイムズは駐車場で誘拐されてしまう。ジェイムズがストラップに残した手がかりを元にコナンたちは犯人を追い詰めていく…。

小五郎はコナンと蘭をつれてレストラン・花乱亭に食事をしにきた。閉店後、小五郎が店の前を通ると、隣の工事現場からでてきたコックの和田実が花乱亭の主人の妻・礼子の車に乗る所を偶然見かけた。そして翌朝、主人の花岡茂が頭部強打により死亡していた。一見、隣の工事の揺れで花瓶が落ち、頭を強打したかに見えたが…。

雪で旅館までの道が封鎖されて困っていたコナン、蘭、小五郎は、大門工業の社長の息子・大門良郎のはからいで大門家に宿泊させてもらえることとなった。しかし翌朝、大門家の当主・大門源一郎が自室の離れで遺体となって発見される。源一郎の部屋からは沖滑秀友の鎧と刀が忽然と消えていた…。

大門家に宿泊した翌朝、コナンたちは離れで大門家の当主・大門源一郎の遺体を、更にオーディオルームで沖滑秀友の鎧を着た長男・一樹の遺体を発見した。一樹が死亡した部屋についていた不可解な傷から、コナンは一樹が自殺ではなく秀友伝説を利用して殺された殺人事件であると確信する。

平次と和葉の二人が訪れた浪花中央体育館で開催された、近畿剣道大会で殺人事件がおこる。平次の活躍により事件はその日のうちに解決となった。平次の自宅で念願のてっちり料理を堪能したコナンたちだが、翌日大阪城で、またしても巧妙な殺人計画に遭遇することになった。大阪を舞台にした２大殺人事件のスペシャル編。

蘭の母・妃英理に対抗する、検察のマドンナ・九条玲子。その彼女の担当する事件の被告人弁護を引き受けることとなった妃は、今回弁護する宇佐美真治という男のアリバイを証明するため調査を開始。妃は、宇佐美の別れた妻に会うために訪れた居酒屋で、小五郎と再会。アリバイの鍵を握っているのは、なんと毛利小五郎だった。

蘭の母・妃英理が弁護する宇佐美真治のアリバイの鍵を握っているのは、なんと小五郎だった。しかし、公判当日、小五郎は九条により検察側の証人として呼び出されてしまう。宇佐美のアリバイを証明するために訪れた宇佐美のマンション内で見つけた居酒屋“美枡”のマッチを見て、コナンは事件解決の糸口を見つける。

バレンタインデーを目前にして、コナンたちは山奥の吹渡山荘というロッジに行くことになる。ロッジには、二垣というルポライターと恋人の亜子、亜子の友だちの実果、銃を背負った二人連れの中年男性がいた。夕方から吹雪になり、ニホンオオカミの取材の為ロッジを出た二垣を心配する亜子と実果は森の中を捜しに行くが…。

コナンたちは、山奥の吹渡山荘というロッジでまたしても殺人事件に遭遇してしまった。宿泊客の酒見が言う通り、雪崩でトンネルが埋まってしまったため、警察の到着はいつになるか分からない。二垣が所持していた遺品の中で手掛かりになりそうなは、カメラの中のフィルムだけ。そのフィルムの最後に写っていたものは…。

吹渡山荘というロッジでおこった殺人事件。チョコレートが事件の謎を解く重要なカギになるとはコナンにも予想できなかった。事件のトリックと犯人に思い当たるコナン。しかし証拠がない。その時、蘭と園子、実果と亜子が昼間チョコレート作りをしていたキッチンの中で、吹雪と共に動かぬ証拠がロッジの中に入ってくる。

死んだ妻の形見の時計を探してほしいと毛利探偵事務所にやってきた護田。小五郎に追い返され、ため息をつく護田に、コナンは時計探しを買って出る。コナンたちは護田の家中を探し回るが、時計は中々見つからない。そして、亡くなった奥さんでないと操作が難しく、護田は使っていないという洗濯機の中を探し始める…。

護田のマンションで時計探しの真っ最中に、オーディオルームで映画を鑑賞していた出月映子という中年女性が花瓶で頭を殴られて殺害された。そんな時コナンは、事件の他にもうひとつ気になる情報を聞き、蘭の身を案じるが、目の前の事件の謎を解決するため、戸棚の中で証拠を確認し、オーディオルームに急ぐ。

蘭は黒いニット帽の男が気になって仕方がなかった。バスジャック事件の以前にも会ったはずだが、思い出せない。このことを考えると新一が姿を消した時と同じ不吉な胸騒ぎがする。その帰り道、喫茶店に寄ったコナンたちは、封筒を抱えてうずくまっている男を発見する。その封筒には、『○×△』と血で書かれていた。

下校途中コナンたちは、喫茶店前のエスカレーターで殺人事件に遭遇する。刺殺された中条は抱えている封筒に血で書いた『○×△』というダイイングメッセージを残していた。暗号が何を表すのか、コナンたちにも、目暮警部にも分からなかった。その時コナンはジョディの言葉から、血文字の暗号を解くヒントを得る…。

コナンたちは、歩美と大森静というお婆さんと一緒に公園で猫の世話を手伝っていた。翌日、約束の時間になっても現れない静を心配したコナンたちは静のアパートに行ってみる。が、静は応答しない。コナンたちは、何の情報も得られなくて困り果てていた。そこへ静が特に可愛がっていたブルースという名の野良猫が現れた…。

風邪で寝込んだ蘭は、見舞いに来た園子に「誰かに覗かれているようで怖い」と訴える。「今時、お化けなんて…」と笑い飛ばす小五郎に背後から老人が声をかけた。音無芳一というその老人は、コナンに「亡霊を見に来るか？」と誘う。幽霊話に興味を持ったコナンと小五郎は、嫌がる蘭を連れて老人のアパートについていく。

新出医院で出会った老人の「亡霊が出る」という言葉に惹かれてアパートについて行ったコナンたちは、老人の言葉通りの怪現象を体験する。コナンは謎ばかりのアパートに興味津々。窓から覗く不気味な人影と、老人が見たという人魂の仕組みが理解できない。コナンは小五郎にばかり蛾がとまるのを見て、あることに思い当たる。

歩美が何かを必死で探し回る高木刑事を見かけたというので、コナン、元太、光彦も歩美と共に公園に駆けつける。高木刑事はこの公園でケンカの仲裁をした後、警察手帳が紛失していることに気づいたと打ち明ける。ケンカをしていたのは半崎という売れない歌手とそのマネージャーの杉山という男だというが…。

コナンは阿笠博士に小五郎の事件調書の情報が警視庁から盗まれていたことを明かした。黒の組織が関係していると察した阿笠博士は、親友の服部平次を呼び寄せていた。コナンは２人に、杯戸シティホテルの事件の中に犯人のピスコの仲間がいたはずだと話す。コナンと平次は、蘭の高校の英語教師・ジョディを調べ始める…。

コナンと服部平次は、蘭の高校の英語教師・ジョディが黒の組織のメンバーかもしれないと疑い、ジョディの住むマンションを訪れる。だが、連れ立って食事に出ようとした３人の目の前で隣室の住人・高井が墜落死した。高井はどのようにして窓から落下するように仕向けられたのか。密室殺人事件の謎を解くカギとは…。

コナンたち少年探偵団と阿笠博士は、東都競技場で行われた東京スピリッツ対ノワール東京のサッカーの試合を観戦した。負けたノワール東京の戦力が落ちた原因の一つに、主力ＦＷだった比護選手の移籍があげられる。そんな話をしながら乗った帰りの電車内で、コナンたちはノワール東京の熱狂的サポーター・赤野の悲鳴を聞く。

コナンたち少年探偵団と阿笠博士が観戦したサッカーの試合の帰りの電車内で、悪名高いフーリガンの赤野が何者かに刺殺された。容疑者と睨んだノワール東京サポーターの吉良蓮絵と大葉悦敏、東京スピリッツサポーターの船戸三昭の３人はそれぞれアリバイを主張し、証明できたのは車輛に乗っていたということだけだった…。

歩美、元太、光彦の３人は廃ビルの中で探偵ごっこをしている最中、本物の殺人事件現場を目撃する。歩美は探偵バッジでコナンに連絡を取るが、軽トラックの荷台に飛び乗った元太と光彦を追うはずみでバッジを落としてしまう。軽トラックの荷台で段ボール箱に隠れた３人は死体と一緒にどこかへ運ばれていく。

山道で車がガス欠し困っていたコナンと蘭、小五郎は、通りかかった木山家具社長の馬島に助けられ、晩餐会に招待された。馬島の勧めで別棟の洋館のサロンに案内されたコナンたちは、そこで社長秘書の橋本、木山インテリア社長の遠藤、フリーライターの木山智則と知り合う。どうやら３人とも馬島に恨みを抱いているらしい…。

木山家具社長の馬島宅に一泊したコナンたちは、翌朝馬島の絞殺死体を発見する。容疑者４人の証言から、事件のトリックを考え続けるコナン。犯人はどうやって足跡もつけずに遺体を庭の真ん中まで運んだのだろうか？その時、ごみ箱に捨てられていた脅迫状が発見される。それは馬島を洋館の屋上に呼び出すものだった。

福引で当てた食事券を使うため、コナンたちは横浜・中華街へとやってきた。が、目的の店で食事券を使うことができず途方に暮れていると、川端という映画プロデューサーが蘭をスカウトしたいと声をかけてきた。と、突然、川端が喉元を押さえて苦しみだし死亡した。捜査に当たった横溝警部の弟は小五郎が怪しいと決めつける。

川端の死因となった毒物が入っていたと思われる容器がトイレで発見された。小五郎は店に入ってからトイレに行っていないが、それでも横溝警部は小五郎を疑い続ける。コナンは食卓を囲んでいたメンバーと横溝警部に事件を再現しながら、食事中に何が起こったのか、その真相と真犯人について、謎を一つ一つ解き明かしていく。

横浜・中華街で事件が解決した直後、蘭は高熱で倒れてしまう。朦朧とする意識の中で蘭は新一と二人でアメリカに住む新一の両親に会いに行ったときのことを思い出していた。新一の母・有希子に連れられ、ニューヨークに来た15歳の蘭と新一は、ブロードウェイで評判のミュージカル「ゴールデンアップル」の楽屋を訪れた…。

新一の母・有希子に連れられ、ニューヨークに来た15歳の蘭と新一は、ミュージカル「ゴールデンアップル」の楽屋を訪れた。舞台はギリシャ神話の「金の林檎」を題材とし、男優・ヒースが演じる主人公が３人の美女の中から一人を選ぶというものだ。クライマックス、天使に変身したヒースが舞台中央から空中を舞うはずが…。

新一の母・有希子に連れられて観たミュージカルの上演中に、主演男優・ヒースが何者かに射殺された。犯人は舞台上にいた４人の女優の中にいると考えた新一だが、見知らぬ日本人の少年に秘密を打ち明けるはずがない。スタッフの口を開かせたのは、"ナイトバロニス"としてアメリカの人気者になっていた有希子だった。

夏休み恒例のラジオ体操に姿を見せない光彦を心配した阿笠博士とコナンたちは光彦の家を訪れる。光彦の部屋に残されていたラジオ体操の出席カードからコナンは、光彦が以前から計画してどこか遠くへ行ったと考える。真面目で協調性を重んじる光彦が、コナンたちに背を向けて単独行動を取る理由は何なのか？

内緒でどこかへ出かけてしまった光彦を探すため、群馬県のある森の中までやって来たコナンたちは、群馬県警の山村刑事と出会い、連続殺人犯・沼淵が森の中に逃亡したことを知る。コナンたちは光彦を捜す3つの手掛かりを元に捜索を開始。光彦の身を案じ、探偵バッジで呼びかけるが…光彦はすでに沼淵に捕まっていた。

小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で、コナンたちは沖縄にやって来た。二人が推理するのは、１年前、『鬼亀島』と呼ばれる無人島で奇妙な文字を背にして餓死した男の遺体が発見されたという事件だった。小五郎にどうしても負けたくない平次は、コナン、蘭と和葉、スタッフ６人とともにクルーザーに乗り込む。

小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で沖縄にやって来た平次とコナンたちは、スタッフとともにクルーザーで無人島に渡る。が、スタッフの１人・伊江が絞殺死体で発見され、乗ってきたクルーザーも消えていた。廃墟のような金城家の別荘で救助船を待つ間、コナンたちは金城家に起きたという不幸な事件の話を聞く。

小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で、コナンたちは沖縄にやって来た。島の町長・金城の周辺で起きた事件の数々は、今回の事件と関わりがあるのか？コナンと平次は伊江と下地の殺害方法の違い、別荘の椅子に書かれた名前の不自然さ、そして蘭と和葉との会話から、伊江を殺した犯人のトリックに気づく。

コナンと少年探偵団、蘭、園子、小五郎は飛行機で熊本にやって来た。観光している道中、園子が携帯電話を拾いメール画面を示す。そこには「その子…会いたい！明日11時に待っている」とある。園子は自分と同名のその子の恋の手助けをしようと、直接待ち合わせ場所に行き、メールの差出人に携帯電話を渡そうと考える。

汚職疑惑の渦中にある国会議員・成増健三の主催するテニス大会に参加するため熊本にやって来たコナンたち。試合会場を抜け出して携帯電話を届けに行く最中、蘭が何者かに誘拐された。あせるコナン。蘭が伝えてきた"殺人計画"は進行しているに違いない。計画の全容をつかむためにも、蘭の居場所を早く突き止めねば…。

小五郎とコナン、蘭は、工務店社長・河井に招待され、河井の知り合いの金融業者・山崎と共に屋形船に乗りこんだ。米花湾の中程で、コナンたちは対岸の夜景と花火を楽しみながら料理をごちそうになり、河井と山崎は舳先で釣りをしていた。その時、河井たちにビールを届けに行った船長の娘・サオリの悲鳴が聞こえる。

蘭の母で弁護士の英理は、検察のマドンナ・九条玲子検事の担当する事件の被告の当番弁護士を引き受けた。事件は不動産業の事務所で社長の他殺死体が発見され、事務所荒らしの常習犯の井上隆志が逮捕されたというもの。井上は空き巣の現場を社長に見つかり、争いになり社長の頭をガラスの灰皿で殴ったと自供したが…。

蘭の母・英理が当番弁護士を引き受けた事件の公判が始まり、九条は井上に大津を殺害する動機があることを明かし、英理を窮地に追い込む。コナンは小五郎と共に殺害現場に行き、大津殺害の瞬間にトリックが存在したことに気づく。事件現場の社長室を調べるのに立ち合った有馬の証言から、コナンは事件の真相に思い当たる。

観光のため山口県下関市にやってきたコナンたちは、そこで、秋田谷徹、野島栄子、大坪圭介、井坂茜と知り合う。４人は自殺したもう一人の仲間、本堂和行の13回忌と、大坪と茜の婚約を祝うために集まったのだという。その夜、４人に案内された先で、本堂を自殺に追い込んだ張本人だという針尾という男が現れた。

コナンたちは針尾の殺害現場に遭遇し、小五郎は前日に知り合った4人を事情聴取することを提案する。下関警察署に集められた4人は、それぞれアリバイを主張。針尾に変装して犯行時刻を偽装することが犯人の狙いだ。それが事実ならば、誰にでも針尾の殺害は可能。謎を解く突破口を見つけたコナンは、聞き込みを始める。

コナンたち少年探偵団の子供たちは、阿笠博士と一緒に東京スピリッツの優勝パレードを見にやってきた。スター選手のヒデやナオキを生で見ようと大群衆が沿道に押しかけている中、コナンたちは捜査のために変装した佐藤刑事・白鳥警部と遭遇する。本庁に妙なファックスが届き、それが以前に関わった事件と似ているのだ。

コナンたち少年探偵団の子供たちは、阿笠博士と一緒に東京スピリッツの優勝パレードを見にやってきた。だが、このパレードを妨害するというファックスが送られ、コナンたちの目の前で高木刑事の車が爆発。コナンは、爆発の直前に撮影していたテープの中を見て、ビデオに映っていないものに事件のカギがあるとにらむ。

最近、曙町で連続している空き巣事件の犯人を捕まえようと、コナン、歩美、元太、光彦は曙町にやってきた。人通りのない住宅街で手がかりを探していると、傍らのマンションから女性の悲鳴が聞こえてきた。コナンたちが駆けつけると、部屋の主・細野早苗がソファを指さしている。そこでコナンは、老女の他殺死体を発見する。

コナンと少年探偵団の子供たちを連れて強盗事件の実況検分をしながら、佐藤刑事は３年前の連続爆破事件を思い出していた。犯人の罠にかかり、殉職していった松田刑事。その時、またしても爆弾予告の電話が鳴る。1,200 万人の東京都民を人質に警察への恨みを晴らそうとする犯人にコナンも刑事たちも怒りを燃やす。

ミステリー番組の出演を依頼された小五郎は、コナンと蘭を連れてロケ現場の洋館にやってきた。そこで出会った出演者の雨城瑠璃は小五郎と英理の中学の同級生だった。撮影が始まると、主役の風見良輝はなぜか機嫌を悪くして現場から立ち去ってしまう。その後、瑠璃の悲鳴とともに二階の一室に血まみれの風見の遺体があった。

ミステリー番組の出演を依頼された小五郎が訪れた洋館で起こった殺人事件。捜査のために殺害現場を訪れたコナンは、床に貼ってあるガムテープに付着していた綿を見て、凶器と犯人に気づく。早速小五郎に麻酔針を打ち込もうとするコナンだが、なぜか麻酔針が出ない。仕方なくコナンは小五郎に事件のヒントを与えることに。

毛利探偵事務所に３人の依頼人が訪れた。行方不明の有名なシステムエンジニア・板倉を捜してほしいという。コナンが追い続けている黒の組織のメンバー・テキーラと似た風貌の男を見かけたと聞き、この事件に関係しているのではないかと考える。コナンたちは３人の依頼人とともに板倉が潜伏していた部屋を訪れるが…。

コナンの指摘で事件は心臓発作に見せかけた殺人事件と断定された。板倉の持ち物のＭＯディスクに直接関係のありそうな書き込みはなかった。だがコナンには、黒の組織の手がかりがつかめるかもしれない貴重な資料だ。眠りの小五郎の推理ショーを始めたコナンは、パソコンの操作を説明するふりをしてＭＯのコピーを作成する。

板倉の死の真相を解明し、殺人事件を解決したコナンだったが、板倉が黒の組織と関わっていたと思われる以上、そちらの追求をしなければならない。ポケットには、板倉の日記が記されたＭＯのコピーが入っている。一刻も早くＭＯの中身を見たいと意気込むコナンは、阿笠博士の家に行き、パソコンでＭＯを開く。

変声器で板倉の声を再現しウォッカと交渉した結果、賢橋駅のコインロッカー前で板倉のソフトの受け渡しをすることになったコナン。今のところ、ニュースは宝石強盗犯逃亡の情報だけしか扱っていない。東京に戻る途中、阿笠博士の車のタイヤがパンクし、コナンと阿笠博士は通りかかった車に乗せてもらうことになるが…。

黒の組織のメンバー・ウォッカとの取引場所である賢橋駅に近づいたコナンは、車に乗せてくれたカップルが宝石強盗犯だということを暴いた。宝石強盗犯の処理を阿笠博士に任せ、コナンは一人で取引現場へと向かう。ウォッカが指定したコインロッカーに先回りし物陰で見守るコナン。そこへ拳銃を手にしたジンが現れた。

コナンたち少年探偵団は歩美の誘いで、七段飾りの雛人形を並べられれば、その人形がもらえるという観野宅を訪れた。しかし、コナンたちが買い物へ出かけている間に、高額な掛け軸「雷神」が空き巣に盗まれてしまう。警察は犯人はベランダから侵入したと断定するが、コナンはファックスの送信時刻からあることに気づき…。

コナンたちは歩美の誘いで、七段飾りの雛人形を並べられれば、その人形がもらえるという観野宅を訪れた。しかし、コナンたちが出かけている間に、高額な掛け軸「雷神」が空き巣に盗まれてしまう。コナンは歩美の「階段…」という言葉でついに事件の謎を解き明かすが、階段の踊り場で夕陽を見る歩美はなぜか落ち着きがない。

コナン、蘭、小五郎は小天狗山にハイキングにやってきた。頂上に近付いたコナンたちは、作業着姿の男性が突風にあおられて崖から落下するのを目撃する。警察は事故として処理しようとするが、コナンは納得が出来ない。そして、遺体の脇に蜘蛛の糸が付着していたことを知ったコナンは、ついに事件のトリックに気づき…。

小五郎はコナンと蘭を連れ、飲み仲間の日本画家・早河静山の別荘を訪れた。スランプから指が震えるようになり、自殺未遂を図った静山を励ましてほしいと弟子の黒木次郎に頼まれたのだ。しかし翌日、竹林の中で首を吊った静山の遺体が発見される。コナンは周囲の状況や踏み台の位置がずれていることから、自殺に疑問を抱く。

小五郎に連れられて、プロレス観戦に訪れたコナンと蘭。その日のメインイベントは覆面レスラーのウルフェイスと若手エース、永瀬豹太のタイトルマッチ。しかし、その試合直前に控室で永瀬の刺殺死体が発見された。控室に仕掛けられたカメラには犯行の瞬間と犯人が映っていたが、犯人はウルフェイスの覆面を被っていた。

小五郎に連れられてプロレス観戦するため東都国技館を訪れたコナンたちは、またも殺人事件に遭遇する。犯行現場に仕掛けられたビデオを見たコナンは、ウルフェイスのマスクの紐を見ているうちに、あることに気づく。いつものように小五郎を眠らせたコナンは、４人の容疑者を呼び戻し、全員にマスクを被らせある指示を出す。

伊豆からの帰り道、峠道で小五郎の車が止まってしまい、コナンたちは「ＫＵＲＯＮ（クーロン）」という健康器具会社の山荘に助けを求める。山荘では中野、笠原、平松が開発した新製品マッサージシートの社内コンペ中だった。平松の製品が採用されるが、平松は梅谷社長をナイフで刺し、車で逃走中に崖から落下して死亡した。

「ＫＵＲＯＮ」という健康器具会社の山荘で社長の梅宮がナイフで刺された。加害者の平松は車で逃走中に崖から落下して死亡した。警察はハンドルミスによる事故と断定するが、コナンはだれかが仕掛けた殺人事件だと気づく。テストルームに設置されていたビデオを見たコナンは、平松が梅宮を刺すシーンから真実を見いだす。

米花町にある住宅街の公園で男の絞殺死体が発見された。被害者は時代劇小説家・月形龍太郎の弟子、久坂雄一。久坂と弟子の座を争っていたもう１人の弟子・猿橋勝が怪しいと思われたが、猿橋にはアリバイがあった。懸命に考え込むコナンは、本屋で月形の著書を目にする。本の帯には「逆転に次ぐ逆転」という文字が…。

コナンと少年探偵団は入院したクラスメートの片岡純の見舞いに米花総合病院を訪れた。そこで会社社長である純の父親・片岡茂と彼の運転手・北山吾郎、そして新進デザイナーの江崎幸子と出会う。純がゲームセンターに行きたいと言い出し、コナンが身代わりになることに。だが、純と間違われたコナンは誘拐されてしまう。

病院でクラスメートの片岡純と間違われ、誘拐されてしまったコナンは、廃ビルからの脱出に成功する。一方、蜜蜂便のマークをつけた逃走車は警察が追跡する中、高速道路のトンネルの中で忽然と姿を消してしまう…。そんな中、駐車場に止めてあった軽四輪の中で男の絞殺死体が発見される。その被害者は誘拐犯の吉沢正だった。

平次と和葉は何者かに監禁され、数字とアルファベットで構成された暗号を解くことを強要されていた。一方、コナン、蘭、小五郎は時間になっても現れない平次たちを捜して探偵の楠川のアパートを訪れた。間もなく、コナンたちは弁護士・伊藤美沙里の家にたどり着くが、彼女から平次たちのことは全く知らないと聞かされる。

暗号文の解読を強要され、弁護士・伊藤美沙里の家の屋根裏部屋に監禁されている平次と和葉。そのころ、待ち合わせていた平次たちが現れないことを心配していたコナンたちの携帯に平次から電話が入る。これからメールで送る暗号文を解いてくれと言うのだ。平次の送ってきたメールを解読したコナンは、あることに気づく。

都内では現場に赤い馬が残されている連続放火事件が発生していた。探偵の楠川からの依頼でコナン、平次、小五郎は調査で諸角邸を訪れるが、主婦の亮子に気のせいだったと追い返されてしまう。コナンたちが諸角邸を後にした直後、諸角邸から出火し、逃げ遅れた亮子の焼死死体が発見される。さらに赤い馬の人形も見つかり…。

都内で発生している連続放火事件で、主婦の諸角亮子が焼死した火災を調査していたコナンと平次。諸角邸を訪れた風水アドバイザーの曾我操夫、亮子の妹・権藤系子、そして亮子の夫・諸角明らそれぞれに殺害動機があることが明らかになる。そんな中、骨董品店店長の玄田隆徳が犯人は自分だと自供。一件落着かと思われたが…。

都内で発生している連続放火事件を調査していたコナンと平次。そんな中、骨董品店店長の玄田隆徳が犯人は自分だと自供するが、納得できないコナンたちは玄田宅を捜査。そして、ついに事件の確信に迫る物証を発見する。その夜、玄田宅に忍び寄る３人の影。最後の１人が電気スタンドに何かを仕掛けようとしたその瞬間…。

コナン、蘭、小五郎は蘭の先輩である大学生の小島由貴に、友人である沢口圭子の誕生日と留学祝いを兼ねたパーティーに誘われる。パーティーが始まり、ワインを一口飲んだ圭子は突然苦しみだし、絶命してしまう…。警察は圭子の隣に座っていた野中に疑いを持つが、コナンは、真犯人の正体とトリックを見破るのだった。

阿笠博士の車でキャンプに出かけたコナンと少年探偵団の子供たちは、アウトドア同好会に所属する福浦玲治、白藤泰美、天堂晴華、飯合拓人の４人と知り合う。その夜、コナンたちは道の真ん中に倒れた泰美を発見する。しかも、もう息はない。間もなく目暮警部たちが到着し、現場検証をした捜査陣は事故と判断するのだが…。

阿笠博士の車でキャンプに出かけたコナンたちは事件に遭遇。目暮警部は、アウトドア同好会の福浦玲治、飯合拓人、天堂晴華を事情聴取し、キャンピングカーを運転していた玲治を怪しいとにらむ。一方、キャンピングカーのサンルーフに付着した血痕と血のついたビニールシートを発見したコナンは、トリックを解明するが…。

コナン、蘭、小五郎は園子に誘われ軽井沢の別荘に遊びに来た。だが、増水した川に荷物ごと車を流されてしまい、山奥にある明石巌夫の家にたどり着く。そこで昼間に会ったテニスインストラクターの明石寛人と再会。ところが、その夜、寛人の義理の父親である巌夫が首を吊って死んでいるところをコナンと蘭が発見する。

余儀なく泊まることになった明石家で、コナンと蘭は首を吊って死んでいる明石巌夫を発見。群馬県警の山村刑事の捜査と小五郎の推理の結果、巌夫は自殺と推定されるが、コナンは息子の寛人に疑いを抱くようになる。そして、ついに首吊りトリックの謎を見破り、推理ショーを繰り広げようとしたコナンに思わぬ事態が起こる。

妃英理は蘭に頼まれ、小五郎の代わりに藤枝幹雄の命を狙っているという人物を突き止めるため、依頼主の家を訪れた。そこに、偶然コナンの母親・工藤有希子も現れる。帝丹高校の同級生だった2人は久々の再会を喜び合う。ところが、英理たちが監視カメラで見ている中、藤枝幹雄が密室のオーディオルームで殺されてしまう。

小五郎の代わりに訪れた依頼人宅で英理は偶然有希子と再会する。ところが、依頼人の夫・幹雄が密室のオーディオルームで銃殺されてしまう。コナンは、一発目と二発目の間が３分近くあいていたことを不審に思う。さらに、有希子から電話で事件の経緯を聞いた工藤優作は"間違った道しるべ"というヒントをコナンに言づける。

工藤有希子に連れられ、新作映画の試写を見るために東都現像所を訪れたコナンと少年探偵団は、予定していた試写の時間が遅くなったため、営業の古村、現像マンの根上と一緒に焼き付けの穂島のマンションを訪れ、そこで仮眠を取ることに。ところが、一緒に仮眠をとっていた古村がソファの上で刺殺されてしまう。

東都現像所を訪れたコナンと少年探偵団。しかし、一緒に仮眠をとっていた営業の古村が刺殺されてしまう。警察が到着し、穂島、タイミングマンの唐田、根上の事情聴取が始まると、３人には殺害動機があったことが判明。コナンは、遺体のシャツの第３ボタンが取れていたことなどから、ついに犯人を見破るが、証拠がない…。

コナンと蘭は小五郎に連れられ、フランスレストランで食事をした。その帰り道、西須三田駅でケンカを目撃する。もみ合う２人は工事中の柵を押し倒し、さらにバランスを崩した中年男性がホームの外へ落下してしまう。警察や小五郎は、被害者の古田が窃盗の常習犯だったことから起こるべくして起こった事故だと納得するが…。

熱を出して寝込んだ哀を医者に見せるため、東都デパート内の病院に向かったコナンと阿笠博士は、地下駐車場でポルシェオーナー・暮木、布袋、泰山、伴場と知り合う。具合の悪い哀を車に残してレストラン街へ向かったコナンが地下駐車場へ戻ると、暮木の悲鳴が駐車場内に響き渡り、ポルシェの中で伴場が絞殺されていた…。

東都デパートの地下駐車場でポルシェオーナーの伴場が絞殺された。間もなく、警察が到着し現場検証が始まる。監視カメラの映像を確認したところ、ポルシェ仲間である暮木、布袋、泰山の３人のアリバイが成立した。そこで鑑識課員が撮った３人のポルシェの車内写真を見たコナンは、ついに犯人が使ったトリックに気づく。

コナンと哀、阿笠博士は哀の両親のことを聞くために、哀の父・宮野博士の幼なじみである出島のデザイン事務所を訪れた。そこでコナンたちは哀の姉である明美が最近、トイレを借りに現れ、どうやら何かを隠したらしいことを知る。ところが、昼食のとき、ハンバーガーを食べていた出島が突然、苦しみだし絶命してしまう。

哀の両親のことを聞くために出島のデザイン事務所を訪れたコナンたち。だが、昼食のときに出島が毒殺されてしまう。哀は黒の組織の犯行ではないかと疑うが、コナンはこれを否定。犯人はデザイン事務所で働くデザイナーの今井、財津、夏掘の中の１人であると明かした。さらに、明美が隠した物もまだトイレの内にあるという。

コナンと蘭は園子の誘いを受け、大賀財閥の跡継ぎとなる大賀真哉の結婚式に出席するためハウステンボスへ向かった。その途中、高橋純一という青年と知り合う。現地で待っていた真哉と婚約者の香取あかねと共に、大賀一族に挨拶をする。だが、園子の話によると一族のだれもが真哉とあかねの結婚を快く思っていないという。

英語教師のジョディが学校を辞めることになり、お別れパーティーを開こうとした蘭と園子は、ジョディの家へ行く前にコンビニに寄る。すると、そこでバイトをしていた中学時代の友達の絢が店長に泥棒扱いされていた。絢の濡れ衣を晴らそうと蘭たちが絢に怪しい客はいないか訪ねると、怪しい客が３人いることが発覚する。

ジョディのお別れパーティーを開こうと蘭たちが立ち寄ったコンビニで、バイトをしていた友達の絢が店長に泥棒扱いされていた。絢の濡れ衣を晴らそうとした蘭は、ある１つの推理を導き出すが、自分の推理に自信が持てない。そこへ偶然にも新一（コナン）から蘭の携帯電話に連絡が入る。新一の話を聞いて思い立った蘭は…。

ある日、小五郎のもとに殺人予告をほのめかした"季節外れのハロウィンパーティー"への招待状が届く。自分への挑戦状と受け取った小五郎は早速、園子と２人だけで会場に向かった。いっぽう、新一の家にも同じ招待状が届いていた。しかも新一とコナンが同一人物であることに差出人は気づいているようなのだ。

雨の中、学校から帰る途中の歩美は雨ガッパの男と激突してしまう。その男は慌てて何かを拾うと逃げ去ってしまった。なんとその男は女性を刺し、逃げる途中の通り魔だったのだ。歩美は顔を見ることはできなかったが、通り魔の持ち物と思われる数字の"５"に似たマークが手に残っていた。そして元太の尻にも同じマークが…。

まもなく"５"に似たマークは車のエンブレムだと判明。歩美の前で通り魔が落としたのは血のついた車のキーだったのだ。警察の手配により、アリバイがなくマスターキーをなくした３台の車の持ち主が米花警察署に集まった。歩美は車の中からスモークガラス越しに容疑者たちを見るが、通り魔かどうか確認することはできず…。

コナンと少年探偵団は小五郎と蘭に連れられ、鬼沢郷という小さな村に観光に来ていた。ここでは、半年ほど前から子供の幽霊を見たという噂が広まっていた。コナンは元太たちに誘われ、幽霊を確かめるために散歩に出かけた。そのとき、歩美は近くの路地に同じ年くらいの少女が立っているのを見つけ、ついていってしまう。

鬼沢郷という集落へ来ていたコナンたちは、その日の夜、殺傷事件に遭遇。暴力団風の男・川治が重要参考人として警察に連行されていった。だが、コナンは川治が犯人だとはどうしても思えない。そこで永倉の家が10日前に家ごと場所を移動させたと聞いたコナンは、以前に永倉の家が建っていた廃屋から、ある物を見つけ…。

遅い朝食を取りに喫茶店、ポアロにやってきたコナンと小五郎。そこで、ウエイトレスの梓に客が忘れていった携帯電話の持ち主を捜してほしいと頼まれる。そこへ警視庁交通課の婦警、由美が現れ、携帯の持ち主はすでに交通事故で死んでいたことが発覚する。しかも、男の身元は不明で手掛かりは暗号を残した携帯電話だけ…。

喫茶店ポアロで携帯電話の持ち主捜しを頼まれた小五郎。コナンは携帯に入っていたメモリーの数字の暗号を解き、さらに、携帯を忘れた男は、わざと携帯を忘れ、電話をかけてきた男に携帯を渡そうとしていたのかもしれないと推理。だが、携帯を忘れた男は場所を間違えてしまったのだ。喫茶店ポアロと間違えた店というのは…。

園子の誘いでバス釣り大会に参加することになったコナンと少年探偵団は、優勝候補の鮎川沙織・鱒渕拓也と知り合いになる。その日の夜、フリーライターの船木敏彦と鱒渕が大きな声で何か言い争いをしていた現場に偶然遭遇したコナンは、慌ててその場を離れる。しかし、次の日その湖で殺人事件に遭遇。船木が殺されたのだ。

警察は昨夜、船木と言い争っていたという鱒渕を事情聴取する。いっぽう、船木の遺体があった場所を調べにきたコナンは、光彦が湖上で拾ったあるものを見て、犯人と殺害方法にたどりつく。バス釣り大会で優勝した鱒渕、準優勝した沙織。拍手に迎えられ２人が壇上に上がると、コナンは園子を眠らせ推理ショーを始める。

自分を捨てた母親を捜してほしいという人気子役、絹川和輝の依頼で、熱海の旅館を訪れたコナン、蘭、小五郎。まもなく、フリーライターの鴨下保比呂の絞殺死体が客室の浴槽で発見される。鴨下はなぜか和輝が母親を捜していることを知っていた。しかも鴨下の携帯電話には、犯人とみられる顔のない女性の写真が映っていた。

犯人と思われる女性の写真には、右の胸にホクロが映っていた。アリバイのない従業員は仲居の三枝朝香、別所登志子、草野美津の３人。だが、３人とも胸にホクロはなかった。コナンは、部屋にあった和輝が出演している映画のビデオをセットし、タイムカウンターから殺人のトリックを解明するが、まだホクロの謎がつかめない。

鈴木財閥の相談役、鈴木次郎吉が怪盗キッドに挑戦状を叩きつけた。「怪盗キッドに告ぐ。貴殿が所望するビッグジュエル『大海の奇跡』を潮留に在する我が大博物館の屋上に設置した。手中に収めたくば、取りにこられたし」という見出しを新聞の一面を使って載せたのだ。なんとメールで怪盗キッドから返事が届く。

蘭とコナンが商店街で買い物をしていると、そこで偶然、会社帰りの西村佐知子と出会う。彼女は以前、蘭が生徒手帳を落としたとき拾って届けてくれた女性だ。ところがその翌日、蘭が佐知子のマンションの前で事件現場に遭遇。被害者の遺体が警察車両に乗せられる寸前、一瞬めくれあがったシートの下には佐知子の顔があった。

トロピカルマリンランドでデートをする佐藤刑事と高木刑事。高木刑事はバッグに指輪を忍ばせ、佐藤刑事に告白するつもりでいた。そんな中、２人は偶然にもコナンたち少年探偵団と会う。デートが台無しになり、うなだれていた高木刑事は思い切って彼女に指輪入りのバッグを渡した。しかし、バッグの中に入っていたのは…。

マリンランドでのデートが麻薬取引捜査に一変してしまった。すでに時計も５時半を回っている中、ついにコナンたちは運び屋を発見。佐藤刑事は高木刑事にコナンたちを任せ、麻薬密売人・矢倉麻吉を捕まえようと近付く。すると、矢倉は素早く拳銃を抜き、佐藤刑事に銃口を向けた。そして、一発の銃声が響きわたり…。

見せたいものがあるという元太に誘われコナン、歩美、光彦はペットショップを訪れた。しかし、店のシャッターは閉まっている。そこへ二宮という若い男性が現れ、シャッターを上げて中へ入っていった。後に続いて入っていくコナンたちの前に、カブトムシが一匹はい出してくる。その部屋でコナンたちは男の遺体を発見する。

蘭に頼まれ帝丹高校の幽霊騒動をコナンたちが調査していると、中庭に突如として２年前に死んだ保坂英彰の机が現れる。しかも、机の上には恨みのメモが置いてあり、ぬかるんだ地面には机を運んだ人間の足跡がない。すると突然、聞き耳を立てていた美術部員の物部雅生が保坂の呪いだ！と叫び、恐怖に打ち震えていた…。

蘭に頼まれ帝丹高校の幽霊騒動をコナンたちが調査していると、中庭に突如として２年前に死んだ保坂英彰の机が現れる。出口から校門までの校庭には誰の足跡もないことから、幽霊騒ぎの犯人は、まだ学校にいることが予想された。ついに犯人を特定したコナンは、麻酔銃で園子を眠らせると、犯人の使ったトリックを暴き出す。

市営団地の構内で老女の遺体が発見された。「市役所に連絡済み」の紙が貼られた大型冷蔵庫の下に片手を突っ込んだ姿勢のまま死んでいたのだ。傍らには砕けた鉢植えがひとつ。上空ではカラスたちが不気味に飛び交っていた。 警察は、家の窓に置いてあった鉢植えが、カラスのいたずらにより落ちてきたというのだが…。

小五郎が依頼を受け、尾行していた人見松一郎が南里薫という女性を襲おうとして、逃げる途中、米花のホテルから墜落死した。その同時刻、松一郎の双子の弟、竹彦も自宅のマンションで遺体となって発見された。竹彦は物取り目的の犯人によって殺されたと警察は判断するが、コナンはあまりの偶然に作為的なものを感じ…。

小五郎が依頼を受け、尾行していた人見松一郎が、米花のホテルから墜落死した。その同時刻、松一郎の双子の弟、竹彦も自宅で何者かに殺害された。あまりの偶然に作為的なものを感じるコナン。いっぽう、事件にもう一人、タニザキという男がからんでいると知ったコナンは、今までの経過を振り返るうち、ついに真相に気づく。

防波堤釣りにきたコナンたち少年探偵団は、釣り船で白根桐子、金谷峯人、江尻太志と知り合う。防波堤に到着すると、船を操縦する井田巌は３時間後に迎えにくると言って戻っていった。 昼過ぎになって釣り船が迎えにきたとき、江尻の竿に当たりがあり、海の中に引き込まれていく。慌てて井田が江尻の側に駆け寄ると…。

防波堤釣りにきたコナンたち少年探偵団は、そこで３人の釣り客と知り合う。だが、そのうちの1人、江尻が倒れてしまい病院に運ばれる。まもなく、病院の阿笠博士から連絡が入る。江尻の左手首に引っかかれた傷跡のようなものがあり、さらに服の袖口にノリのようなものがついていたと聞いたコナンは犯人の手口に気づき…。

コナンと蘭は園子に連れられ"お菓子の家フェアー"へやってきた。目当ては前田剛、藤野泰男、森本友美ら"お菓子の鉄人３人組"がいる洋菓子店『エクリール』。コナンは偶然、森本と店長の橋垣幸子が言い争っているのを聞いてしまう。午後の部に入ったとき、厨房で頭部を強打された橋垣の遺体が発見される。

商店街の福引会場で三等のデジカメを当てている男性がいた。米花中央病院の医師、大和田誠だ。しかしその後、大和田の当選はインチキだったということが分かった。まもなく、大和田の家の庭から小判が出てきたり、１億円を拾ったという噂話が街中に広まり始める。コナンたちはついに噂を広めている女性を発見するのだが…。

人気ゲームソフト『ギャドリン２』の発売が迫っていた。 発売元であるシャイニング社の社長の道場が最終チェックのため、『ギャドリン２』のディスクをゲーム機の中に入れると、そこには一昨日の社長室の様子が映し出されていた。何とギャドリンのシナリオは小林という男が学生時代に書いたもので盗作だったというのだ。

プロ野球チーム・ジャガーズの守護神、能勢利三とスポーツタレントの本山正治と対談することになった小五郎はコナンと蘭を連れて沖縄を訪れた。しばらくして本山の乗る飛行機が到着し、車で移動するコナンたち。すると、行く手の路上に倒れている人影を見つける。コナンが人影に駆け寄り抱き抱えると、何と能勢選手だった。

テレビの企画で訪れた沖縄でプロ野球選手の能勢利三が刺殺された。コナンは一緒に車に乗っていたスポーツタレントの本山を疑うが、彼には完璧なアリバイがあった。ところが、なぜか蘭のバッグからテニスボール缶を盗み出そうとする本山。いっぽう、コナンは蘭の持っていた時刻表からついに本山のアリバイトリックを解く。

コナンたち少年探偵団は、廃屋の庭に怪しい３人の人影を発見する。彼らは生物雑誌に載せる"毒蜘蛛"特集のための撮影をしていたのだ。しばらくして次に取材する大学教授の新野豊に会うため、クモマニアの浦崎が電話をかけると、電話口から新野の悲鳴が聞こえてきた。クロゴケグモに刺されてしまったというのだ。

天体観測をするため山奥のペンションにやってきたコナンたち少年探偵団は、そこで１年前に失踪した河埜麻雄から招待状をもらったという野之宮悦子、御上平八、二川肇と出合う。間もなく、近くの丘へ星を見にいったコナンたちは白骨化した遺体を発見。コナンは遺体の周りに石灰がまいてあったことから殺人事件だと断定する。

天体観測をするため山奥のペンションにやってきたコナンたちは、そこで１年前に失踪した河埜麻雄の白骨化した遺体を発見する。近くにはダイイング・メッセージとなる６本のタバコが残されていた。その後、河埜から招待状が届きペンションに来ていた二川の遺体が発見される。しかも、手に７本のタバコを握っていた…。

阿笠博士に連れられてキャンプにやってきたコナン、蘭と少年探偵団。しかし、サングラスで顔を隠した男が蘭の眠るテントの中に侵入し、蘭を連れ去ってしまう。その頃、近くの山道で崖から転落した事故車が発見され、蘭を誘拐した犯人であることが判明。だが、車の中に蘭の姿はない。しかも男の持っていた携帯電話には…。

倉敷・吉備路をめぐる歴史の勉強を兼ねた週末旅行に来ていたコナンたち少年探偵団は、倉敷川沿いに観光していると、桃の形をしたケースを見つける。中には暗号が書かれた紙が入っていた。鬼ケ島のお宝が見つかるかもしれない…と盛り上がる元太、光彦、歩美たち。あきれるコナンを尻目に元太たちは宝探しを開始した。

コナンたち少年探偵団は、暗号に書かれた場所を探すうち、女性の他殺死体を発見する。地面に残されたダイイング・メッセージからコナンは、犯人は被害者と一緒にいた４人の中の一人だと推理する。だが、それを特定するためには残りの２つの暗号を解き、埋められたタイムカプセルを掘り返さなくてはならない…。

雪が降り積もる琴屋旅館へ静養にきたコナン、蘭、小五郎。すると恋愛小説家の明智恵理が取材の打ち合わせをしていた。取材対象者はシンガーソングライターの深津はるみ、ファッションモデルの柴崎明日香、新進油絵画家の安西絵麻の３人だ。しかしその夜、コナンたちは胸を一突きされた明日香と絵麻の他殺死体を発見し…。

コナンたちが静養にきた琴屋旅館でモデルの柴崎明日香と油絵画家の安西絵麻が相次いで殺された。しかも現場は村に伝わる振袖般若の伝説とそっくりであった。２つの殺人とも密室で行われたが、警察はその謎を解くことはできない。そんな中、ソリ大会の模様が映っているテレビを何気なく見たコナンは、ある推理に思い至る。

コナンが探偵事務所へ行くと、そこに平次と和葉が待っていた。２人はコナンたちを"甲子園"と"宝塚"、どちらへ誘うかでもめてしまう。そこで小五郎が依頼されていた殺人事件の推理勝負で決着をつけることに。被害者は辻谷玩具製作所の社長・辻谷賢仁。現場にはダイイング・メッセージと思われる積み木が残されていた。

平次と和葉は、小五郎が依頼されていた殺人事件の推理勝負をすることになった。コナンと平次はお互いに、殺された辻谷玩具製作所の社長・辻谷賢仁の部屋で違和感を感じると明かすが、なぜそう思うのか、まだはっきりとしない。いっぽう、和葉が平次のヒントを基にして、ついにダイイング・メッセージの謎を解く。

甲子園に高校野球決勝戦を見に来た平次とコナンたち。試合が始まると足下で携帯電話が鳴った。電話に出ると、楽しいゲームをしないかと男の声がささやく。男は「３回、６回、９回が終了した時点で、この球場のどこかに置いた電話を鳴らす」という。そのとき電話を取らなければ、誰かを道連れにして自分が死ぬというのだ。

ある夜、酔っぱらった小五郎が事務所へ帰る途中、小五郎の頭上へ数本の鉄パイプが落ちてきた。偶然にも直撃をまぬがれた小五郎だったが、事務所へ戻ると携帯電話に「次は失敗しない、今度こそお前を殺す…」というメールが送られてくる。小五郎には全く心当たりがない。その時、蘭が小五郎の携帯と上着が違うことに気づく。

小五郎はコナンと蘭を連れて音楽一家の当主・調一朗の孫娘である設楽蓮希の依頼を聞く為に設楽家の屋敷を訪れた。この日は調一朗の誕生日。だが、この誕生日に２年連続で人が死んでいるというのだ。どうやら弟の弾二朗が30年前に兄の調一朗に贈ったバイオリンが関係しているようだ。そして今年は蓮希が弾くことになった。

音楽一家の当主・調一朗の孫娘である設楽蓮希の依頼で訪れた屋敷の別館で火災が起こり、調一郎の弟（三男）で指揮者の弦三朗が焼死した。コナンは、30年前に殺された弾二朗（次男）、２年続けて亡くなった弦三朗の妻・詠美、調一朗の息子・降人のイニシャルを続けて読むとアルファベットの順になっていることに気づく。

設楽家で起こった一連の死亡事件。一見事故に見えるが、コナンは巧みに仕組まれた殺人事件だと推理。しかも２年前死亡した詠美と、昨年死亡した降人から続く連続殺人事件だと…。コナンはいつものように小五郎に麻酔針を発射し、関係者を集めさせた。そこでコナンはストラディバリウスを小五郎に弾かせようとする。

小五郎に連れられて鹿児島にきたコナンと蘭は、幻の焼酎"高隈"を造っている蔵元・高隈酒造を訪れた。迎えてくれたのは当主の白石覚志と妻の扶美子だ。翌日、扶美子の案内で鹿児島観光をしたコナンたちは専務の辰村慎介の家を訪れる。だが、家の中は血で染まり、同じく真っ赤な血がついたブロンズ象が転がっていた…。

蔵元・高隈酒造を訪れたコナンたち。翌日、専務の辰村慎介の家を訪れると、居間で血痕のついた置物を発見。その２日後、辰村の遺体が他殺死体で見つかる。コナンはなぜ犯人が辰村を殺した後、わざわざ家の中から運び出したのか。また、どうして２日たってから、遺体を発見させたのか。この２つの謎に推理をめぐらす。

目暮警部は松本管理官から、鳥取県警からの要請で全国を中心に荒し回っている窃盗団の合同捜査に誰かを派遣してくれと頼まれる。そこで松本管理官が高木を推薦。高木刑事もこれを聞き、ぼう然となる。佐藤刑事と別れたくないからだ。まもなく高層マンションの23階で男性の刺殺死体が発見されたとの通報を受ける。

高層マンションの23階で会社員の仲本広俊が刺殺された。コナンたちが目撃した不審な男は、被害者の同僚・加藤彰だと判明。しかし、加藤は千葉刑事のマンションに居候しており、犯行時刻に千葉と一緒にテレビを観ていたという。しかし、寝室、台所、そして玄関の掛け時計を見たコナンは、やはり犯人は加藤だと確信する。

コナンは町工場で捜査中の高木刑事と遭遇。どうやら殺人事件のようで、被害者はこの工場の社長、北村勝五郎。被疑者と目される人物はすでに逮捕されていた。しかし、ひとつ問題があった。北村の胸に刺さっていたナイフの角度は斜め下。北村より20cmも背が高い被疑者・南田の犯行ではあり得ないのだ。

金属加工会社の経営者の堂本正三郎が誘拐された。彼は腎臓に疾患があり、6時間ごとに薬を投与しなければ命にかかわるという。しかも犯人は事故死したことを知る。正三郎が最後に薬を投与したのは朝の9時。すぐ容態が急変するわけではないが、8時間以上間をあけると絶望的だという。タイムリミットまであと1時間30分。

コナンは少年探偵団と哀、阿笠博士とキャンプにやってきた。テント脇でコナンと阿笠が黒の組織のボスのメールアドレスを分析していると、薪を拾っていた歩美たちが現れ、森の辺りで文字が刻んである四角い石の箱を見つけたという。早速、皆で石の箱を見つけた場所へ行ってみると、そこには朽ち果てた屋敷が建っていた。

阿笠博士が警察を呼んで戻るまで、からくり屋敷で宝探しをすることになったコナンたち。コナンは灯籠の暗号を解読しようとするが、元太は我慢できずに屋敷内へ入り、罠に引っ掛かってしまう。そんな元太を救う人物がいた。トレジャーハンターの須藤雲造だ。コナンたちは警戒しつつも仕掛けに詳しい須藤と行動を共にする。

文字の刻まれた勾玉、石鏡を手に入れたコナンたちと須藤雲造、推沙利奈、千住りえ。三種の神器の残り１つ、草薙の剣を見つければ宝の場所がわかると推理し、地下から脱出を図る。そんな折、哀は絞殺され沼に沈められた玉井照尚の手帳が乾いて読めるようになった事に気付く。手帳を読むと玉井は相棒に殺された事が判明する。

コナンと小五郎は、散歩中に警官の木下と和菓子屋「夕月」の相川悦子、検死官の辻村が揉み合う場面に遭遇し、３人から事情を聞く事に。話によると、2時間前の午前９時、悦子はマンションの105号室から出てくる怪しい男を目撃。通報を受けた木下らが部屋に入ると女性の遺体を発見したという。女性は自殺と思われたが…。

「家族連れで」という条件付きの仕事依頼を受けた小五郎は、コナンと蘭とともに依頼人の家へ向かう。依頼人の狩谷伴子は携帯電話を探してほしいと依頼。その後、伴子に携帯が見つかったといわれ調査は終了するが…。帰り道、阿笠博士の家に立ち寄ったコナンは、伴子の遺体が発見されたというニュースを目にする。

小五郎の依頼人、狩谷伴子が殺害され、コナン、目暮警部らは狩谷家の人に話を聞き、犯人は伴子の携帯のロックを解除した人物と推理する。１万通りの暗証番号を試せるのは部屋にこもる大策、滋英、嗣貴と考える。それぞれに動機があると判断した目暮たちは、３人に犯行時刻となる午後７時半のアリバイを再度確認する。

最近、蘭はコナンの正体は新一だと疑っている。動かぬ証拠を得るため、蘭はコナンが落とした携帯電話のロックを解除しようと、１万通りある暗証番号を順番に入力するも途中で諦める。その後、外で車のクラクションが鳴り、蘭は車を確認。「46-49」（ヨロシク）という車のナンバーを見て蘭は半年前の事を思い出す…。

下校中、宝石店に入る高木刑事を見かけたコナンらは、そこで強盗犯に遭遇。男は宝石を入れたバッグを持って逃亡。しかし高木らにビル屋上へ追い詰められた男はフェンスを越え、トラックの屋根に落下する。コナンは男が飛び降りたこと、ヘルメットを被っていたのに頭から大量の血が流れたことなど、不可解な点に疑問を抱く。

佐藤刑事らは後村が飛び降り自殺したと考え、署に戻ろうとする。高木は自分が刑事という事や子供も事件に関わっている事を事前に知っていた猫田を宝石強盗犯と疑い始める。猫田は動揺するが、自分が犯人なら飛び降りた後、どこに消えたのかと反論。コナンはロープを使い、犯人が投身後に消えたトリックを暴く…。

少年探偵団に隣のクラスの松中ユリコが協力を依頼する。聞くと、曾祖父で荒ぶる牛と畏れられた相場師、伊勢川剛三が亡くなる前に秘書の時計に遺言を残したという。それは謎を解いた者に宝を与えるというもの。謎解きの猶予は24時間。相続権の高い者から挑戦でき、ユリコに17番目の挑戦者として順番が回ってきたらしい。

少年探偵団と灰原は、ユリコの曾祖父、伊勢川剛三が残した財宝を見つけるため、「天使の館」へ。秘書兼遺言執行人の時計から聞いた剛三の言葉をヒントに一行は謎解きを進める。そしてコナンは北の天使の塔で黒水晶を発見。次の手掛かりは南の天使の塔にあると推理する。一行は南の天使の塔の扉を開ける方法を思案するが…。

午前５時、ジョギング中の広松広は頭から血を流して倒れている男性を発見し、119番通報する。しかし救急車が遅い為、広松は消防署へ迎えに行く。しばらく後、現場で桜田警部補が姿を消した第一発見者を捜していると、救急車に乗って広松が現れる。桜田は被害者が即死の状態にもかかわらず救急車を呼んだ広松を疑うが…。

コナンは蘭、平次、和葉と一緒に「星河童吾超奇術ショー」を観に行く。閉演後、楽屋にマジシャンの範田力、姫宮展子が現れる。星河、範田、姫宮は10年前に姿を消した謎のマジシャン、Mr.正影の弟子で、姫宮は誰が正統な後継者かをはっきりさせようと言い出す。そして、範田に誘われてコナンらも正影の家へ行くことに。

星河、蘭、和葉は２階の廊下で姫宮の遺体を発見。星河は正影の部屋から警察に電話を入れ、コナンはその部屋の窓が開いている事に気付く。そして遺体の横の資料倉庫が何者かに荒らされていた。資料庫には正影のネタ帳、正影ノートがあるという。犯人はネタ帳を盗んだ後、姿を見られたため姫宮を殺害した、と平次は推理する。

コナンと平次は、若い頃の範田、星河、姫宮が一緒に写る写真を見て、何かに気付く。この後、蘭と和葉は停電の前と後で花瓶の影が違っていた事を思い出す。そして目暮は千葉刑事に聞き込み捜査の指示を出す。その直後、コナンと平次は窓ガラスに映った自分たちの顔を見てハッとした表情になり、しばらく窓ガラスを見つめる。

伊東玉之助が座長を務める旅芝居の一座の公演に出演することになったコナンと少年探偵団。稽古中にかぐや姫役を演じる片岡れんげの父親、片岡半四郎が現れ、れんげを連れ帰ってしまう。公演初日を迎え、れんげを迎えに片岡邸へ。そこには目暮警部や小五郎らが待機していた。昨夜かられんげの消息がつかめないという。

コナンは、れんげの誘拐が狂言と気付くが監禁場所に姿はない。れんげは本当に誘拐されてしまったのだ。舞台のクライマックスまでに主役のれんげを見つけ出そうとするコナンらと玉之助。玉之助は、狂言を手伝った人物が本物の誘拐犯になったと推理し、コナンも同意する。そしてコナンは窓から外を眺め、ある事に気付く…。

コナン、少年探偵団、哀は阿笠博士と森へ昆虫採集に出掛ける。阿笠はお宝を用意していると言って「マルムシニテント」という暗号が書かれた紙を取り出す。コナンが暗号を解こうと考え込んでいると、コナンの携帯に蘭から連絡が入り、同じホテルに宿泊する見山という男性が殺害され、自分たちも襲われたと助けを求めてくる。

コナンは歩美の言葉からヒントを得て、阿笠の暗号を解読。その後、ついに元太らは自分たちの力で暗号の答えに辿り着き、早速、お宝のある神社の鳥居へ向かう。阿笠は暗号を考えた時の状況を回想。阿笠の話を聞いていたコナンは、見山の宿泊した部屋に残された暗号の本当の意味に気付き、蘭の携帯に連絡を入れるが…。

小五郎は自らの体験を「名探偵マグレ」の脚本家３人に話す事になり、コナンと共に日売テレビへ。そこで脚本家の八神譲二が毒殺されてしまう。コーヒーを入れた新人脚本家の香田杜夫が八神を憎んでいたことから、警察は香田に疑いの眼を向ける。コナンは香田が八神に毒入りコーヒーを選ばせたトリックを解こうとするが…。

コナン、少年探偵団、灰原はC組の紺野由香の家へインコを見に行く事に。だが、誰もいないはずの自宅から由香の母親の友人、坂口慎也が出てくる。由香は、インコが小さくなっている上、何も言葉を発さないという。坂口が薬品の研究をしていると聞き、歩美、元太、光彦は３人で真相を解明しようと研究所を訪れるが…。

小五郎は国友家の執事、赤塚賢造から悪霊の呪いを解いて欲しいと依頼され、コナン、蘭と屋敷へ。謎のカードが届いた後、何度か奇妙な事があり、全て4日に起きているという。夜、コナンらはこれまで起きた５つの事件について話し合い、4日は全て仏滅だった事に気付く。しかも明日の10月4日は仏滅だった。

13年前、国友淳大の船が沈む海難事故で、屋敷で働く全員が家族を亡くしていた事が明らかになる。犯人に怯える淳大は4日が終わるまで誰にも会わないと部屋に籠ってしまう。その直後に淳大の苦しむ声が聞こえる。部屋の中には左手を伸ばしたまま息絶えている淳大の姿。足元には薬の瓶と薬を踏み潰した後が残っていた。

13年前の9月26日に関口が働く会社の社長が失踪した事が明らかに。それを機に関口は社長の後釜に入ったという。そして、その3日後の29日に淳大の船が沈んだ事実に驚く一同。捜査が一段落すると、蘭はペアルックのパジャマを購入した事をコナンに告げる。蘭の言葉にコナンはハッとした表情になり犯人の目星をつける。

コナンらは歩美が見つけたかわいい新築の家を見に行った。2日後、家が売れた事を聞かされ、再び家に足を運ぶと、おばあさんが家にあがるように促す。夜、コナンが小五郎、蘭と共に事務所の3階で夕食をとる様子を望遠カメラで撮影する人物がいた。それはグルニエ（屋根裏部屋）の家に住むおばあさんとおじいさんだった…。

小五郎、コナン、蘭は出雲大社を参拝中に旅館の娘、江角栄子と知り合う。栄子は自分に縁談話があると告白し、相手は鰐淵耕司という男性で、好きではないが、断れない事情があるという。翌日、小五郎らがパトカーの後を追うと、八雲滝の脇には、背中に短刀の突き刺さった男性の遺体が転がっていた。被害者は、鰐淵だった。

警察は鰐淵を殺害した容疑者として、石飛一也、藤江竹彦、江角栄子、福間良介の４人をリストアップ。犯人は石飛と藤江の２人に絞られた。コナンは栄子に石飛か藤江に会ったか訊ねると、数日前に藤江が旅館に来た事を思い出す。だが、藤江には松江城にいたアリバイがあった。そして、コナンは芳名簿を見てある事に気付き…。

コナンら少年探偵団は、阿笠博士の自宅で子供が書いた葉書を見つける。それは阿笠が40年前に女の子からもらった手紙だった。葉書には10年後の11月24日、思い出の場所で会おうという内容が書かれていた。会えなかった時は10年毎に、その場所で待っているという。そして、偶然にも今日は40年後の約束の日だった。

阿笠博士の初恋の女性を探すため葉書に書かれた暗号に挑む。皆が２人の再会を諦めかけた時、阿笠は40年前のある事を思い出す。コナンは彼女が動物を飼っていたかと訊ねる。阿笠は小さい頃に犬を飼っていたが、噛まれてからは何も飼っていないと説明。それを聞いたコナンは暗号を解読し、思い出の場所を確信する。

コナンらはパトカーが集まっていると聞き、現場へ向かう。犯行時刻に現場を通りかかったタクシー運転手は、犯人らしき男の前で尻餅をついた少年に気を取られ、男の顔を覚えていなかった。その少年は白い野球帽を被っていたという。歩美らは、隣のクラスの三井圭一のことを教えるが、圭一は犯人を見ていないと全面否定する。

小五郎はコナンを連れて貸衣装の店へ行くと、モデルの中村洋子たちが仮装して出てきた。この時、洋子にパーティを主催する編集者、梅田香からメールが届く。しかし、梅田の部屋で事件が起きていた。その後、梅田の宝石を持った白川が確保される。だが、白川は殺害を否認。そして、コナンはキッチンの不可解な点に気付き…。

小五郎らはアナウンサーの水無怜奈を紹介される。怜奈はピンポンダッシュに困っていると小五郎に相談。怜奈の自宅マンションへ向かう。コナンはチャイムが鳴った時の音を拾うため、玄関に盗聴器を仕掛ける。コナンが盗聴器の回収に向かう途中、集音器から黒の組織のボスが使う「七つの子」のメロディーが聞こえてくる。

放課後、蘭と園子は下校中のコナンに出会う。この後、コナンたちは遠野ゆり子の相談に乗る事に。留守中に誰かが家の中に侵入した形跡があったという。ゆり子は高校時代にラブレターを貰った事も告白。卒業アルバムを見せてもらった蘭と園子は、ラブレターを送った相手を見て驚く。その男は体育館の入口で目撃した男だった。

光彦が小さい頃に遊んでいた雨宮祥子という4年の女の子が蒸発したという。祥子は元々休む予定だったと同時に、一昨日から平山という新しい担任になったと小林先生から教えられる。鍵の隠し場所を知っている光彦はコナンらと共に祥子の家に入るが誰もいない。その時、玄関のチャイムが鳴る。やってきたのは平山先生だった。

光彦の知り合いの4年生、雨宮祥子が登校途中に行方不明になった。コナンは祥子の居場所がわかったと明かし、宮本由美に古い倉庫へ案内してもらう。だが、祥子はどこにもいない。コナンらは道路の電柱付近に散らばる車のウィンカーの破片を発見する。そして、電柱から倉庫に続く地面に点々と血の跡がついていた…。

三角篤が、いなくなった恋人の安美を捜して欲しいと小五郎に依頼。コナンらは2人が出会った場所へ向かう。一行は雪に被われた三角の車を発見し、運転席には安美の姿。だが、窓ガラスはガムテープで目張りされ、助手席の下には七輪が置かれていた。三角はドアを開けて安美を助け出すが、すでに彼女は息をしていなかった…。

三角の恋人、安美は密閉された車内で一酸化炭素中毒死していた。山村刑事は安美の死を自殺と考える。車内にあったバッグの中身は、車に付属するシガーライターと本日発売の小説。安美は三角にタバコを吸わせないようにシガーライターをよく隠したというのだ。タバコと聞いて何かを閃いたコナンは三角の車の灰皿を確認する。

小五郎、コナン、蘭はレストランへ行き、千葉刑事、高木刑事と偶然会う。千葉と高木は合コンに参加するらしく、主催者の江本将史と合流する。この後、合コンに参加している江本の姉、彩が家で待つ5歳の従弟、浩太が心配なので帰ると言い出す。彩が心配するには理由があった。コナンらは急いで彩と将史の自宅へ向かうが…。

浩太が誘拐され、犯人は100万円を要求。コナンは合コンを欠席した六田卓児、引屋門成、佐塚良兼の誰かが犯人と推理する。警察は誘拐事件として捜査を開始。その後、浩太が帰ってきた。将史は浩太が無事に帰ってきたため、誘拐事件をイタズラで片付けようとする。高木は帰宅した浩太の靴下が濡れている事に気付く…。

小五郎とコナンはサインを貰うため、小説家、梅津修のマンションを訪ねると、修の息子、隆が金をせびりに来て揉めていた。帰り道、秘書の三上透が一方から急ぎ足でやってくる。隆が心配でマンションに戻るという。そして、小五郎らが管理人のスペアキーで部屋に入ると、仰向けの隆が笏を上下逆に持って死んでいた…。

コナンと蘭はドッグランができたと聞いて米花公園へ。そこでムサシの飼い主、堤英輔、美里夫妻とクールを飼う八木沢浩、まなみ夫妻と仲良くなる。コナンらが帰宅すると中谷頼子が隣の家の犬が怖いと小五郎に相談していた。数日後、堤と美里が帰宅すると、庭からムサシが狂ったように吠える声と頼子の叫び声が聞こえてくる。

小林先生はフリーライターの杉森政人から少年探偵団を取材したいと申し込まれるが、間違って杉森のアパートへコナンらを連れて行ってしまう。元太が勝手にドアを開けると、部屋の中では杉森が殺されていた。犯人を推理する目暮警部らに対し、コナンは怪しいのは4人と伝える。電話機の留守電には4つの用件が残されていた。

コナンらは取材を受けるために訪れた杉森政人の自室で杉森の遺体を発見。目暮警部らは留守電に録音された4件の用件を確認する。そして、高木はメッセージを入れた3人に連絡を入れる。高木らは3人にアリバイがあると考えるが、一応のため、3人を呼んで話を聞く事に。だが、コナンはアリバイがあるのは2人だけと考える。

コナン、蘭と工藤邸の書庫を掃除する園子は、優作と有希子、新一と蘭、そして上戸彩の姿が写った写真に気付く。この後、若い女性が工藤邸にやってくる。サングラスをかけ、帽子を被ったその女性は、なんと上戸彩だった。彩は幸田文江というおばあちゃんを追って米花町へ。その時、新一の事を思い出して訪ねたのだ。

小五郎、コナン、蘭は喫茶店「ポアロ」で、店のウェイトレス、榎本梓から相談を受ける。梓の悩みは、長部満という5歳からのメール。コナンは満が釣りに出掛けたと推理。父親がその場を離れてしまい、満は長時間、車の中で待っているのだ。すると、満から新しいメールが届く。コナンはそのメールを見て何かに気付き…。

笹本安太郎の前に大きなコンクリートブロックが落下。砕けたブロックに書かれた文字を見た笹本は神尾俊之と合流して小五郎の事務所へ。2人は殺されかけたと小五郎に相談し、犯人は大学時代のミステリー研究会の仲間、日影呈一だと説明。半月前に日影から神尾の元に昔の仲間を次々に殺す殺人予告の小説が届いたという。

コナン、少年探偵団は「仮面ヤイバー」のロケを見学。スタントマンの力石健吾とディレクターの深町真二が口論を始める。すると突然、力石が車に乗って急発進。そして、車は落下。潰れた車内には即死状態の力石がそのまま乗っていた。モニターで映像を確認したコナンは何かに気付き、コナンは事故ではなく殺人だと伝える。

小五郎、コナンは鈴木由美と新田秀子に案内され、とあるマンションの一室へ。中では山本信男が絶命していた。2人は山本の部屋から中西三郎が出てくる姿を目撃。目暮警部は遺体の近くにあった遺書を確認。小五郎は自殺に見せかけた中西の犯行だと疑う。この後、コナンらは由美の部屋へ。そこでコナンは微かな疑問を持つ…。

建設現場から鉄骨が落下する事故が起きる。真下にいた男は咄嗟に鉄骨をかわすが、地面に頭を打って気絶。近くにいたコナンら少年探偵団は救急車を手配する。高木刑事が身元を調べると、男のバッグの中からロープや軍手、遺書が見つかる。男は真中大二郎。この後、真中から事情を聞く事に。だが真中は記憶喪失になっていた。

コナン、少年探偵団たちは潮干狩りに来ている。牛込嗣夫は浮かない顔で、右手の人差し指を口にくわえて考え事をしていた。元太らは牛込に声をかける。そんな折、サークル仲間の三瀬隆、八島光枝、久津梢子が牛込の元にやってくる。突然、八島は帰ろうと提案。元太らは4人の後を追いかけると牛込は車の座席で死んでいた…。

牛込の死因は青酸カリによる毒死だった。参悟の弟で神奈川県警の横溝警部は自殺と断定する。だが、コナンは捜査結果に疑問を持つ。3人の中の1人が言った一言が引っ掛かっているのだ。コナンは砂浜の4人がいた場所へ向かい、歩美が熊手を使って緑茶のフタを発見する。それを見たコナンは誰が牛込を殺したのかに気付き…。

コナンと蘭がゴロという妃英理の猫を世話していた。蘭が小五郎にゴロの世話を頼んだ後、桐下という男性が事務所にやってくる。桐下の依頼は娘が間違えて携帯電話に送ってきたメールの解読。だが、小五郎はなかなか暗号を解く事ができない。その後、小五郎はゴロのイタズラからヒントを得て、メールの文を解読していくが…。

コナンは蘭、園子、本堂瑛祐と山道を登り園子の別荘に向かうが、別荘の手前にある吊り橋は崩れ落ちていた。近くの別荘で電話を借りて迎えを呼ぶ事に。コナンらは開かずの窓を見せてもらう。窓には無数の釘が打たれていた。コナンが裏庭の巣箱の中を覗いていると、瑛祐が驚きの声を上げる。窓から誰かが覗いていたという。

バンド「ドルクス」のメンバー、保波倫子が密室で亡くなっていた。山村刑事は自殺に見せかけた密室殺人として捜査し、事情聴取を始める。コナンは裏庭へ行き、ハシゴを登りきって屋敷を見るが、木の枝が邪魔になって2階の窓しか見る事ができない。さらにコナンは巣箱を調べ、倫子を殺害した犯人が誰かに気付き…。

小五郎は素人演芸大会に出場する事になり、コナン、目暮警部と会場へ向かう。途中、防犯グッズ店から上島長郎が出てくる。今度は定食屋「目黒」の前に大会のゲスト、落語家の満楽亭市松の姿。大会の閉幕後、目暮の携帯電話に市松が刺されたという連絡が入る。市松は「メグロノ」というダイイングメッセージを残していた…。

小五郎、コナン、蘭は東都迎賓館で挙げられた結婚式に出席した後、式場の廊下で花婿姿の高木刑事とバッタリ会う。高木の後ろには花嫁姿の婦警、由美もいる。状況が掴めない蘭たち。実は、ある花嫁、花婿から強盗犯に命を狙われていると警察に通報があり、高木と由美は本物の2人の代わりに立てられた替え玉だという。

小五郎らはマジシャンの冬城幻陽から連絡を受け米花ホールへ向かう。冬城は団員の誰かが自分を殺そうとしていると告白。団員は上原美佐と中川千明、石田一馬、庄司真吾、長谷川実の5人。マジックショーが始まりコナンらは客席から見学する。そして冬城は「水中脱出」に挑戦。しかし、頭から水槽に入れられた冬城は…。

水中脱出のマジックに挑戦した冬城幻陽は、水槽で逆さまになったままグッタリしてしまう。小五郎、コナンは目暮警部らと事件当時のビデオ映像を確認する。ビデオには肝心な所が映っていなかった。コナンは1人、会場に戻って事件当時の状況を振り返る。犯人の目星をつけたコナンは再び映像を確認し、証拠も見つけ出す…。

小五郎、コナン、蘭、園子は伊東玉之助一座の芝居を見るため金丸座へ。一座が上演するのは「こんぴら座の怪人」という時代劇。玉之助が怪人、女優の軽部ロミがヒロインの歌姫を演じる。稽古が再開されると、その直後にロミの頭上の大提灯が落下。玉之助は実在の怪人からヒロインを替えろと要求されている事を告白する。

コナンら少年探偵団はSF映画「スターブレイドVI」の試写会へ。開場前、フリーカメラマンの建井文吾という男性が声をかけてくる。そして昨夜、スターブレイド仲間の鴨川から試写会のチケットをよこせとしつこく電話された事を明かす。その直後、鴨川に呼び出された建井はバッグを置いて待ち合わせ場所へ向かうが…。

小説家の萬田年久は原稿執筆のため、猫のノベルと共に部屋にカンヅメにされていた。萬田はホテルを抜け出し、弟子の原本高平の家に急ぐ。原本は原稿が入ったディスクを差し出す。萬田は編集者の島木に原稿を渡し、萬田の家に帰宅すると、ガラスが割れる音が響く。コナンたちの野球の球が原本の家の中に入ってしまったのだ。

コナンらは原本高平が家の中で殺害されているのを発見。哀はもう1つの部屋に不可解な点があると目暮らに伝え、その部屋へと移動。部屋では、ミニカーなどのコレクションが逆さまにひっくり返っていた。ハウスキーパーの市村の話に萬田は動揺し、話題を変える。コナンは誰が犯人かに気付き、物がひっくり返った謎も解く。

小五郎とコナンは目暮警部が乗るパトカーに同乗し、殺人現場へ向かう。マンションの一室には小説家、斉川村子の遺体。第一発見者は迷宮出版の担当編集、遠野舜一とマンション管理人の村田啓三。手がかりを捜す中、コナンは流しの三角コーナーでガリを発見。遠野は昨夜、寿司を出前した事を明かすが、コナンは違和感を持つ。

コナンと蘭は園子に誘われ、森へ紅葉狩りに出掛ける。この森はドラマのロケ地で、ＡＤを名乗るホヅミが現れる。話が一段落すると、ホヅミは園子らに言伝を頼む。コナンらは言われた通り、旅館の伝言ノートに言伝を書き込み、食事をとる。再び森へ入ると、胸にナイフが突き刺さったまま絶命したホヅミを発見する…。

森の中でホヅミの遺体が発見され、山村刑事が捜査を行う。山村は血の跡が残るホヅミの手帳に目をつける。その頃、別の刑事は森の中で無人のテントを発見する。コナンはドラマの制作会社の名簿を見て何かに気付き、森へと戻る。そしてある木を見つけ、根本の土を掘り起こすと、そこから白骨化した頭蓋骨が現れ、コナンは…。

コナンら少年探偵団は同級生の千春からアパートにゴミの出し方に物凄く厳しい岩田巌という人がいると教えられ、彼を見学する事に。元太は岩田が周りに恨まれないかと心配する。そして、3日後に殺人事件が起きてしまう。岩田が以前住んでいたマンションの管理人の話を聞いたコナンは、偶発的な事件ではないと推理し…。

担任の小林澄子は昼休みに人と会うので教室を空けて欲しいとお願いする。コナンらは、小林が何かを企んでいると推測する。教室に戻ると、黒板に一枚の貼り紙。これは小林が生徒に仕掛けた推理ゲームだと判断したコナンが皆に暗号の謎を語ろうとした時、職員室に呼ばれてしまう。残された元太らは暗号を解こうとするが…。

少年探偵団は読書感想文を書くため、本を図書室で選ぶ。歩美が選んだ本は最後のページが破られていた。図書カードを確認し、最後に借りた内藤司に話を聞く事に。コナンと歩美は司の家へ向かう。そこでコナンらは司の母親の遺影を発見する。遺影の横の写真立てには司と母親の写真。コナンはこの写真を見て全ての謎を解く…。

コナンが読んでいた漫画誌の話から、ミュージシャン、板垣ロクの話題に。すると、事務所に柱谷と息子の巧が現れる。巧はロクが橋から落とされるところを目撃し、ロクを落とした男の腕には釘の絵が描かれていたと証言。小五郎は巧の言っている事を疑ってかかる。その時、堤無津川からロクの遺体が発見されたと報じられ…。

堤無津川からミュージシャン、板垣ロクの遺体が発見される。ロクを川に落とした男の腕に描かれた釘の絵は、ロクがインディーズ時代のバンドのマークのタトゥーだったのだ。コナンらはタトゥーショップへ。ショップのマークを見た巧は、自分が見た絵ではないと証言。すると、コナンはマークが別のものに替わったと推理する。

遊びに来た本堂瑛祐はインターネットで面白い事件を見つけたと報告する。その事件はホームズの小説「赤毛連盟」に似ているという。事件を見つけたのは、とあるHPの日記コーナー。日記には高い報酬のバイトについて書かれているという。「赤毛連盟」と似ているのは報酬が高い点。しかし、そのバイトには不審な点も…。

ゴミ置き場付近で銃殺事件が起こり、目暮警部と高木刑事が捜査をしていた。被害者は船本兼世。貴金属が盗まれ、物盗り目的の犯行と判断される。だが、息子の透司は交通事故の事を母親に話したため口封じに殺されたと訴える。透司は水無怜奈の事故の目撃者だった。だが、コナンは事故の事を知られないように話をすり替える。

阿笠博士に連れられ、群馬のスキー場にやってきたコナン達。コナンはスノーボードを楽しみ、歩美達は雪ダルマ作りに夢中になる。そして、滑り終えたコナンに哀、阿笠は黒の組織、水無怜奈が関わる一連の事件について質問。コナンは怜奈の交通事故を目撃した透司との再会は偶然ではなく、本堂瑛祐の仕業だと告げる。

コナンらは崖下にある池で溺死した小倉朔子を発見。遺体の足にはスノーボードのブーツ、池にはスノーボードが浮いていた。群馬県警の山村刑事は事件と事故、両方の可能性を探りながら捜査を進める。そして、ロッジ前にある雪ダルマに気付く。板橋一八は崖の近くで雪ダルマを作っていたが、朔子の悲鳴は聞いていないという。

コナンらが公園に行くと、米花署員たちが池に潜むパックリガメを捕獲しようと悪戦苦闘していた。元太は無責任に捨てた飼い主を捜し出そうと提案。その矢先、見物人の中に不審な人物、木俣泉を見つける。声をかけると、泉はカメが邪魔になり、昨日の朝捨てたと告白。だが、自分が飼い主だと主張する二本松二郎が現れる。

画家、及川武頼の別荘に怪盗キッドから犯行の予告状が届く。狙われているのは及川の新作「青嵐」で、予告された犯行時刻は明日20時。及川の義父、神原晴仁は「青嵐」の事を心配するが、及川は警察に通報し、小五郎にも仕事を依頼して万全の備えをしていた。翌日、及川の別荘にたくさんの報道陣が集まる。

画家、及川武頼の新作「青嵐」が盗まれ、同時に及川の義父、神原晴仁がナイフで刺殺される。捜査にあたる目暮警部は怪盗キッドの犯行の可能性が高いと判断。及川は「青嵐」を描く事は永遠にないと発言。コナンは怪盗キッドが目暮、佐藤刑事、高木刑事、千葉刑事の中の１人に変装していると気付き、報道陣に聞き込みを行う。

コナン達はレンタカーで温泉へ向かう。そこに目暮警部から携帯に連絡が入る。目暮は車に爆弾が仕掛けられている事を明かす。車は時速20キロ以下になると同時に爆破する装置がセットされているという。窓もドアも仕掛けが施され、開ける事ができない。コナンは車を時速20キロ以上で走らせながら停める方法を考えるが…。

コナンは歩美らと図書室で読書をする。元太は椅子の上に重ねた本の上に乗りバランスを崩し落下。散乱した本を元の場所に戻そうとして古い革の財布を発見する。コナンはこの財布に見覚えがあり、紙に記された文章を見る前に言い当てる。コナンは10年前に起きた財布にまつわる不思議な思い出を光彦、歩美らに話し始める…。

コナンは図書館にあった財布にまつわる思い出話を続ける。10年前、謎の男の挑戦を受けた新一は蘭、阿笠に協力してもらいながら第１、第２の暗号を解読し、第３の暗号を手に入れる。新一は郵便局に向かってほしいと車を運転する阿笠に頼む。赤い物に次の暗号が隠されていたため、新一は赤いポストに何かあると推理する。

妃英理が法律事務所で仕事をしていると、花束を持った蘭とコナンの姿。蘭は記念日を祝福しようとするが、英理は何の記念日か忘れている。事務所の電話が鳴り、英理は急いで出掛けてしまう。蘭が誰に呼び出されたか気にしていると、猫のゴロが本棚横の花瓶をひっくり返し、中から英理と男性が写った１枚の写真が出てくる。

夕方、米花公園裏で立松新三郎と小此木清隆が車に跳ねられ、近くにいた小五郎とコナンが救急車を手配する。コナンは立松に見覚えがあった。半月前、立松が日本一運の悪い人として紹介される番組が放送されたのだ。小五郎は立松らが運悪く事故に遭ったと考えるが、目撃者は車が２人を狙って突っ込んだと証言する。

元太が蹴ったサッカーボールは駐車中の車の屋根に落下。車の主、児島に怒られてしまう。この後、ボールで車にキズと泥がついたというルトガーが現れる。元太はふて腐れて駐車場に残ってボールを蹴って練習。元太は頭から血を流して倒れるルトガーを発見する。すると、ルトガーは「はんにん」と言って元太の方を指さし…。

地下駐車場でルトガーが殴打される。元太は自分が蹴ったボールでケガしたと思い込んで呆然とする。ルトガーは元太を指さして「犯人」と呟き、気絶する前に「エル」と言い残したため、元太と何らかの共通点を持ちエルという言葉に関係する人物と推理する。コナンはそれを足掛かりに変声機を使って推理した事を語り始める…。

時間内に５人を捕まえると賞金が貰える30分番組の生放送がスタート。コナンと蘭はこの番組が流れる家電店のＴＶの前を過ぎて商店街にある30分計れる砂時計の前に。小五郎は8時に砂時計の前に集合と告げる。8時まで30分あるため、時間を潰す事に。コナンが階段を登り始めた時、２階から女性の悲鳴が聞こえてくる。

コナンは小五郎が運転するレンタカーで、蘭、服部平次、遠山和葉と共に桜の名所に来ていた。コナンが水無怜奈の事を探る本堂瑛祐について平次に説明していると、傅久（でんきゅう）という若い修行僧が声をかけてくる。 傅久は謎を解いて欲しいと小五郎に依頼。小五郎らは近くにある寺に行って和尚からも話を聞く事に。

マンションの一室で強盗殺人が起き、血相を変えた小五郎とコナンがやってくる。被害者は井上弘子。遺体の前では同居中だった恋人の高岡明がうな垂れている。小五郎は弘子が営むバー「ヒマワリ」の常連。高岡の才能を信じて生活を支えていた弘子の苦労が報われた時に起きた事件。小五郎は犯人への怒りを露わにする。

コナン達は阿笠の車でキャンプ場に向かうが、途中の森の中でタイヤがパンクしてしまう。運良く近くに茅葺き屋根の農家を発見。コナンらは一晩泊めてもらう事に。深夜、光彦は１階のトイレに行った後、物音に気付いて台所へ向かう。そこで驚きの光景を目撃し、２階の部屋に戻ってコナンに台所で見た事を伝えようとする。

金融会社の社長令嬢、茜が何者かに殺害され山村刑事らが捜査を開始する。続いて、山村は部屋の中に泥の足跡が残っている理由をコナンらに訊ねる。コナンは茜を部屋に運んだ時についたと答える。しかし、コナンは何かが引っかかり、状況を回想。そして、コナンは茜を発見した時、１人靴を履いていた人物がいた事を思い出す。

元太は警官が登場するドラマが米花公園で撮影されたと気付き、コナンらを現場へ案内する。帰り道、秋本靖代と偶然会う。靖代はお巡りさんにお菓子を届けに行くところだという。２人は深夜に路上であいさつを交わすだけの間柄。コナンらは靖代と交番を訪ねるが、そんな巡査はいないと主張。つまり、その巡査はニセ者なのだ。

平次は小さい頃の本堂瑛祐を知る人物を見つけたとコナンに報告。その人物とはお好み焼き屋の店長。本堂は父親に連れられ、よくお店に来ていたという。父親と仲が良かった前の店長はすでに他界。だが、店長がかわいがっていた孫なら他の情報も知っているかもしれないという。阿笠とコナン、哀は孫のマンションを訪ねる。

孫の西郡宗兵の部屋に何者かが侵入し、本堂の父親と思われる男性の写真が消えてしまう。犯人の可能性が高いのは、元彼女の早織、モデラー仲間の多湖と古庄。３人は部屋の合鍵を持っているのだ。西郡は怪しい人物はいなかったと証言。コナンは３人の体型を西郡に確認。話を聞いたコナンは３人の中に犯人がいると断言する…。

コナンと哀は木の上から助けた子猫の飼い主を捜す。そこに喫茶「チャチャ」の石上保が現れ、飼い主だと名乗り出る。子猫を捜していたという石上は、お礼をすると言って２人を店内に案内。その時、向かいのビルから血相を変えた今岡文枝が石上を呼びに来る。コナンらが事務室に行くと、男性が頭から血を流して倒れていた。

高木刑事は、白鳥警部に佐藤刑事がはめた指輪の事を質問される。高木は電話中の佐藤に視線を向け、左手薬指にはめられた指輪に初めて気付く。高木は左手薬指の指輪に動揺。佐藤の電話の相手は蘭。蘭は人が死んでいると連絡してきたのだ。佐藤は高木に声をかけて現場へ向かう。だが、高木は指輪の事が気になって仕方がない。

コナンらは阿笠博士と共に日売テレビにやってくる。沖野ヨーコに招待され、仮面ヤイバーの撮影を見学するのだ。だが、撮影の遅れで見学は中止になり、コナンらは代わりにテレビ局の中を見て回る事に。皆で話していると、今度は奇抜な扮装とメイクをしたサタン鬼塚が通り掛かり、元太は仮面ヤイバーの怪人だと騒ぎ出す。

東京拘置所の接見室で、妃英理は竹内浩明と面会する。竹内は酒を飲んだ後、車で被害者を跳ね、逃走したのだ。担当検事の九条は竹内を10日も拘留。妃は釈放を請求するが、九条はそれを断る。小五郎、コナン、蘭は妃を手助けするため警察署にある事故車両を調べる。保釈後、竹内が死んだという信じられない連絡が入る。

工藤新一としてコナンは服部平次と携帯電話で会話をする。互いに今月解決した事件の数を報告しあい、解決数の多いコナンは１番だと勝ち誇る。すると、平次は２番だと発言し、新一よりも頭が切れる探偵がいた事を明かす。平次は３年前の山形県のスキー場での事件を回想する。こうして平次と新一の推理合戦は始まったのだ…。

コナンは子供の頃の本堂瑛祐と父親が写っている写真を入手したと平次に電話で報告する。さらに西郡宗兵の友人から聞いた本堂の父親らの会話の内容も伝え、本堂の父親が黒の組織と何らかの関わりがあると睨む。平次は深入りしようとするコナンを心配する。電話後、お見舞いに行くという蘭と園子と共に西米花病院へ向かう。

コナンと蘭、園子、本堂は庵野に本堂の姉の写真を見せる。すると、庵野は怜奈の若い頃にしか見えないと断言。庵野が所有する古いビデオも確認する事に。そのビデオは怜奈が工場の爆発事故を報じる報道番組。そこには輸血のため、AB型の人を探す看護師にAB型だと申し出る怜奈の姿が映っていた。

小五郎への依頼は丁度１年前に息子の鍛吾が亡くなった事件を調べ直す事。父親の奥平角蔵は家の誰かが犯人と考えていた。事件当日、角蔵と妻の詠子、家政婦の田端菊代、執事の瀬川旗郎は夜７時から12時まで居間でビデオを観賞。鍛吾はその最中に家のプールで溺死。話を聞いた小五郎は家の者の犯行は不可能と考える。

角蔵の首吊り死体が発見され、目暮警部、高木刑事が捜査にあたる。足元には「黄泉からの殺人者」という本が置かれていた。表紙の「黄泉」という文字にはかなりの血が付着し、その下には平仮名の「こ」のような文字が血を垂らして書かれていた。これをダイイングメッセージと判断し、殺害した犯人は家にいる誰かと推理する。

コナンは本堂瑛祐の姉と水無怜奈が別人だった事を灰原に報告するが、本堂と怜奈が兄姉ではないという確信を持てずにいた。帰宅後、コナンは冬休みに入ってから本堂と連絡が取れなくなった事を蘭に教えてもらう。冬休み前、本堂は杯戸中央病院で手掛かりを見つけたと話していたらしく、怜奈の入院先が本堂にバレたと考える。

杯戸中央病院の看護師、塩田まさ江の話から黒の組織の仲間が患者として病院に潜伏している事が判明。さらに、まさ江は本堂瑛祐を別の病院で手術した事を思い出してコナンに教える。本堂は白血病だったらしく、大阪に引っ越す前に手術したという。話を聞いたコナンは本堂の胸の丸い傷跡を思い出す。

楠田はナースステーションに侵入し、怜奈の事を探るために写真撮影を行う。その時、拳銃を持ったジョディと捜査官が姿を現す。ジョディらは、楠田を捕まえようとする。だが、楠田は小型プラスチック爆弾を取り出し、爆破すると脅しながら逃走。楠田は駐車場の車に乗って逃げ去るが、それに気付いた赤井が車で追跡する。

赤井は捜査のために組織に潜り込んだ過去があり灰原の姉の宮野明美と恋人同士だった事が判明。病院の近辺では、ほぼ同時刻にファミレスの集団食中毒、駅の異臭騒ぎ、映画館の火事という３つの事件が起きる。その頃、病院にジェイムズ宛の荷物が届く。中身はコロンバインという花。黒の組織はFBIに宣戦布告してきたのだ。

杯戸中央病院の患者たちに見舞い品を装った爆弾が送られてくる。爆発時刻まではあと４時間。爆薬本体に刺さった信管を取り外せば爆発は解除できる。黒の組織が病院を人で溢れさせたのは、パニックに紛れて複数の宅配業者に大量の荷物を届けさせるためだったのだ。ジェイムズらは捜査官を総動員して爆弾の回収を行う。

FBIは赤井が思いついた作戦を実行。組織に怜奈を奪還させたのも作戦の内。赤井はコナンと相談して組織がFBIを出し抜いたと錯覚させる作戦を考えたのだ。赤井は怜奈とある契約を結んだ事を告白。昨夜、コナンと赤井は病院に隠れていた本堂を怜奈の病室に誘い出していた。本堂が呼びかけると、怜奈は目を覚まして…。

コナンらはニュー米花ホテルのバイキングに向かう。コナンらがホテルに到着後、高木刑事がパトカーでやってくる。殺害されたのは外国人タレントプロダクションの社長、須内廉治。社長はタレントの卵と会う約束をしていたようだが、秘書は相手の顔も名前もわからないという。コナンは犯人がまだホテルの中にいると推理する。

ニュー米花ホテルで外国人タレントプロダクションの社長、須内が殺害される。容疑者はモデルのトビー・ケインズ、英語教師のハル・バックナー、そして階段を降りていたFBIのキャメルの３人に絞られる。この後、コナンから連絡を受けたジョディが到着。ジョディは任務の事が明かせないため、ウソをつき、誤魔化す。

キールはジンに脅され、赤井に２人きりで会おうという連絡を入れる。赤井はキールと会う覚悟を決める。その頃、須内の殺害事件でコナンは犯人がメモを持ち去った理由に気付き、コナンは新一に聞いた呪文と言い訳しながら、犯人を見抜く方法を目暮に説明。容疑者の人数分イスを用意し、ある呪文を言えば犯人がわかるという。

コナン、少年探偵団らと別れた後、ジョディは、不吉な予感を抱く。病院に戻ったジョディは赤井がキールに会いに行った事をジェイムズから教えられる。この後、来葉峠で車が炎上し、遺体が発見されたニュースがテレビで流れる。事実を受け入れられないジョディは、遺体が赤井なのかを確認するため、警視庁へ向かうが…。

蘭はお母さんを迎えに行こうと小五郎に声をかける。蘭と小五郎は午後10時に妃英理と食事する約束をしているのだ。英理は美容室にいるという。小五郎らが美容室付近の坂道を登った時、ガツン、ドサッという音が鳴り響く。外に出たコナンはガードレール越しに崖下を覗き込み、ゴミ置き場に倒れている男性を発見する。

格闘家、永作司朗の遺体がゴミ置き場で発見され、元恋人の美容師、葉坂皆代に疑惑の目が向けられる。だが、妃英理が皆代のアリバイを証言。それでもコナンは皆代が犯人だと疑い、コナンは急ブレーキした時の事を思い出して何かに気付く。するとコナンはガードレールを調べ、永作の遺体を移動させたトリックを見破る…。

書店へ寄り道した少年探偵団は、病み上がりの本堂瑛祐、参考書を見に来た蘭、園子と偶然会う。店を出たコナンらを謎の男が尾行。コナンは本堂を監視するFBI捜査官が男の正体と推理する。この後、本堂の復帰祝いをカラオケBOXで行う事に。カラオケBOXの３号室に入ると、謎の男も後を追うように同じ店へ入店する。

カラオケBOXの５号室で絶命した茂庭が発見される。被害者が入店後、誰も退店していないため、目暮警部、高木刑事は客の部屋を回り、事情聴取しながら凶器を探す。１号室の玉井は釣り竿を流してしまい、クーラーBOXの魚はスーパーで購入。早く帰ると家族に怪しまれるため、カラオケで時間を潰していたという。

コナンが少年探偵団、灰原と学校の下駄箱の所にいると、ジョディから携帯に連絡が入る。ジョディは水無怜奈から連絡があったとコナンに報告。組織のバーボンという切れ者がシェリー（灰原）の事を探っているという。この後、光彦は元太の下駄箱に仕事依頼の手紙を入れる少年に気付く。

杉浦開人の父親が大家をしている木馬荘が全焼し、放火の容疑者は住人の細井竜平、沖矢昴、真壁吟也に絞られる。そんな中、コナンは開人の日記を解読。アパートの植物にホースで水をまいていた人物は消防車を連想して赤い人、よくケガをしてバンソウコウを携帯している人物は救急車を連想して白い人とあだ名をつけていた。

新一と沖矢の推理対決が始まり、２人とも紙飛行機はSOSを意味すると解読する。紙飛行機にはモールス信号の符号でSOSと書かれていたのだ。コナンは新一として、他の紙飛行機の画像が欲しいというメールを蘭に返信。蘭は自分の事は話すなと頼まれ、沖矢にメールの相手は金一というクラスメイトだとウソをつく。

小五郎は雑誌の企画で人気占い師、紫條麗華と対談。場所は麗華の屋敷で行われ、編集者の田村雅生、星空出版社長の葛城健輔も対談に立ち会う。コナンと蘭もその様子を見学する。途中、家政婦兼内弟子の白石優華はテレビ局から電話がかかってきた事を伝えるが、麗華は仕事中だと電話に出ない。

番組制作会社社長、染井彰吾と社員の久住舞子は小五郎に番組出演を依頼。後日、東都TVのプロデューサー、中目頼策の自宅で打ち合わせをする事に。染井は呼び鈴を鳴らすが返事はなし。テーブルには倒れたコーヒーカップと手付かずのケーキ、床にはこぼれたコーヒーの染みができていた。中目は絶命しているのだ。

東都TVのプロデューサー、中目が密室の自宅で毒殺される。目暮警部は染井を犯人と疑い、話を聞くため、染井の制作会社に連絡する。社員によれば、ここ２、３日体調が悪かった染井は仕事を休んでいたらしく、さらにその社員はこの日の夕方６時半に会社近くの薬局で染井を目撃。その時刻は中目が殺害された時刻だった。

園子の叔父で鈴木財閥相談役の次郎吉は伝説のミュール、紫紅の爪（パープルネイル）を餌にキッドを捕まえようと考えていた。上空にはヘリコプター２機が上昇し、交差点の真ん中にはミュールを置いた展示台と警備員４人の姿。その周囲を大観衆が取り巻いている。この日、次郎吉は朝刊にキッドへの挑戦状を掲載していた…。

小五郎らは長野県にある虎田家の屋敷を訪ね、当主の虎田直信から転落死した跡取り息子の義郎の話を聞く。遺体写真には死んだムカデの姿。ムカデは血が乾く前に置かれたらしく、誰かが瀕死の義郎を見殺しにしたというのだ。犯人の心当たりを聞くと直信の妻、達栄は虎田家と長年いがみ合う龍尾家の中に犯人はいると訴える。

「火」をイメージさせる繁次の感電死により、「風林火山」になぞらえた連続殺人事件は完成。この後、線路脇で埋蔵金探しの経過を記した手帳が見つかる。６年前に甲斐を誤って殺害したという記述があった。敢助は６年前の事件を闇に葬るため、関与した仲間３人を殺害し、最後に自ら命を絶った繁次が犯人だと推理するが…。

祖父が遺した日記帳が狙われているという小早川公子は、理由を調べて欲しいと小五郎に依頼する。コナンは日記帳に隠された「11月30日、夕暮れにのみ宝の真実は照らし出される。狐の謎を解け」という暗号を見つける。偶然にも11月30日は翌日。コナンらは暗号解読のため、公子の実家がある島根の津和野へ向かうが…。

公子の祖父が遺した日記帳の暗号を解読し、宝探しをするコナン一行。公子と光彦、哀が覆面男たちに誘拐され、一刻も早く宝を探し出せと圧力をかけられる。コナンは宝が入っていると思われる木箱に辿り着く。その時、光彦らを人質にした覆面男たちが現れ、木箱を渡せと要求。コナンは麻酔銃を放ち、推理ショーが始まる…。

コナンは小五郎らと日本ワイン協会会長、広瀬の古稀をお祝いするため、会社社長、本城の山荘へ。コナンは外で本城と翻訳家の赤丸が言い争う姿を見かける。そしてコナンは山頂へ向かうゴンドラから本城が赤丸の頭にブロックを振り下ろす瞬間を目撃。この後、コナンは山荘と周辺を調べるが遺体を発見できず…。

服部平次に屋田誠人という人物から手紙が届く。１年前に工藤新一が解いた殺人事件の推理ミスについて会って話したいという。真相を暴くと意気込む平次は、小五郎の車に乗り事件が起きた東奥穂村へ向かう。風邪を引いて咳き込むコナンを皆は心配するが、阿笠博士にもらった風邪薬を飲んだので心配ないと伝える。

記憶喪失の新一のために森に入った蘭は、死羅神を見つけた直後崖下に滑り落ちて意識を失う。平次らは行方がわからなくなった蘭を山小屋で発見。カツラ用の白髪を見つけ、小屋の主が死羅神だと睨む。さらにズタズタに切り裂かれた新一の写真と散乱した鏡の破片を見つけた平次は真相に辿り着き、皆を家に集めるように伝える。

高速道路で運転中の古城郡平が絞殺される。容疑者は溝端理子、忠田篤男、下鳥太志の３人。理子は古城の彼女で、忠田は古城率いる走り屋チームに対抗する別チームのリーダー。下鳥は交通事故死した古城のチームのメンバー、彰の父親だった。新一は平次と共に犯人とトリックを見破るが、戻る前兆である発作に襲われ…。

コナンは歩美、光彦、元太、灰原と共に阿笠博士が運転する車でキャンプ場へ向かうが、途中でガス欠になってしまう。その時、クラシックカーが通りかかり、その車を停車させる。事情を説明してガソリンスタンドまで乗せて欲しいと頼むが、運転する男性は「一生、ここで待ってなよ。クソジジイ」と毒づいて走り去ってしまう。

弓長警部は別荘にいた恵奈らに事情聴取を行い、豪貴が別荘に来た時、何をしていたかを確認。皆は王様ゲームをしていたと口を揃え、部屋に全員集まっていたと証言する。話を聞いた弓長は仮に発火装置があったとしても誰も操作できなかったと考える。続いて弓長はガソリン入りのポリタンクが運悪く倒れた理由を質問する。

蘭は喫茶店のポアロに変装した高木がいる事に気付く。証券マンの鳥平貴文がこの付近の自宅で殺害され、高木はウェイトレスの榎本梓の兄、杉人に容疑がかかっている事を明かす。杉人が行方をくらませたため、梓は監視されていたのだ。鳥平は杉人の上司で、凶器の狩猟用ライフルから杉人の指紋が検出されたという。

コナンは小五郎、蘭と仮面劇のゲネプロ（最後のリハーサル）を観る。劇団マネージャーの志水絹子は本物のレイピア（片手剣）を借りて練習した事を明かす。舞台では王子が大臣に刺され、大臣も落雷によってベランダから奈落へ転落。王は邪魔者２人が死んで祝杯をあげるが、大臣が酒に毒を盛っていたために毒殺されてしまう。

英理は柔道の元全日本王者、有沢悠子から相談を受けている事を蘭とコナンに明かす。悠子の夫、嗣郎はストーカーに狙われているとビクついているという。だが、嗣郎の勘違いの可能性が高く、英理が家へ行って盗聴器や隠しカメラの有無を調べる事に。英理は悠子、コナン、蘭とホテルで食事した後、悠子の自宅へ。到着して間もなく、コナンは納戸で絶命した嗣郎を発見する…。

柔道の元全日本王者、有沢悠子の夫、嗣郎が絞殺される。英理は悠子が嗣郎にかけた電話の事が引っ掛かり、悠子が犯人と推理する。だが、死亡推定時刻の午後９時前後は一緒にホテルで食事をしていた。悠子が席を立ったのはトイレに行った10分のみ。英理、そしてコナンはどのような方法で嗣郎を殺害したか、推理を巡らせる。

米花公園で女性がハンマーで殴られる事件が発生。身長180センチ以上もあるという犯人はハンマー男と呼ばれ、髪の長い女性ばかり４人が被害者に。蘭と園子がハンマー男の話題を話していると、一緒にいたコナンが高木刑事と佐藤刑事を発見。２人はマンション３階の一室にいると思われるハンマー男を張り込み中だった。

証拠を掴むため、ハンマー男の部屋を調べる事に。ハンマー男が180センチ以上あるという噂を聞いていた蘭は実際の身長が低かった事に驚くと、高木は噂が一人歩きした都市伝説だと説明。コナンは都市伝説という言葉が引っ掛かり、部屋の状況を思い出す。コナンは園子に麻酔銃を発射。園子の声を借りた推理劇が始まる…。

蘭は名家のお嬢様が宝くじで1億円当選したTVニュースの事を話す。お嬢様は子供の頃に旅先で事故の時、庇って大ケガした少年にお礼として宝くじをあげたいと話していて、少年には傷跡があるらしい。その時、噂のお嬢様が現れる。その少年だという２人が名乗り出てきたため、小五郎にどちらが本物か見極めて欲しいという。

コナンは少年に関する情報を整理する。少年は海や魚に詳しく、真っ正直な性格。好きな物はジンジャーエールと寿司、焼きそば。あだ名はガリ。そして、子供の頃の楠本は痩せていて、伴場は勉強の虫だったという。情報を整理したコナンは誰が思い出の少年だったかに気付く。そして、コナンは庄堂にある相談を持ちかける。

連続殺人犯の時効まで後３日。TVに生出演した犯罪心理学者の平棟堂次は時効まで身を潜める犯人に対し、自分の所に来いと挑発する。平棟は歩美と同じマンションの住人で、歩美と哀がマンション入口で口笛を吹く男を目撃。コナンはその事を高木刑事に電話で伝えた後、平棟の部屋を訪ね、絶命した平棟を発見する。

コナンは被害者３人の遺族の話を聞き、共通するのは麻雀用語と土曜の夜に外出していた事と気付く。平棟がTV出演した時のコメントにも麻雀用語が使われていたため、コナンは土曜の夜に４人がどこかの麻雀荘で一緒に麻雀をしていたと推理。コナンは高木刑事、少年探偵団、哀と共に４人が立ち寄りそうな麻雀荘を探しに行く。

元太は荒れ放題の洋館に変なおじさんが住み始めたとコナン、光彦、歩美に報告。偵察に行く事に。コナンらは住人の和田六郎と不動産屋の獅子倉安夫が言い争いながら屋敷から出てくる場面に遭遇する。翌日、元太は和田が亡くなった事をコナンらに伝える。コナンらは和田が屋敷に越してきた理由が気になり、屋敷を訪ねる。

怪盗キッドが鈴木次郎吉に予告状を送りつける。キッドの狙いはカラクリ師、三水吉右衛門の鉄狸と呼ばれる大金庫。だが、予告状の絵がいつもと違うため、次郎吉はキッドの偽者と考え、中森警部にも協力を強く求めない。園子は次郎吉が落ち着いている事に違和感を覚える。コナンもこの事件の裏には何かあると確信する…。

コナンは次郎吉の一連の不可解な行動を振り返り、予告状の行の最後に書かれた７つの文字から何かに気付く。そこへやってきた瑞紀は部屋のクローゼットに眠った次郎吉が縛られていると報告。中森は部下と共に次郎吉に変装したと思われるキッドを追って外へ。そして皆がいなくなった金庫室前。そこにキッドが姿を現して…。

鎌倉へと旅行に来ていたコナンと蘭、小五郎はお寺を探して坂を上ると、そこにはお屋敷が。地図を見ていると、銃声が轟き、屋敷の裏手から男が逃走。コナンは屋敷の書斎で絶命した老人を発見する。被害者の資産家、矢口久衛門は猟銃で至近距離から胸を撃たれ、部屋にある金庫のダイヤルには無数の傷跡が残されていた。

古美術商の衣笠栄が殺害された事件の犯人として警察に疑われる消費者金融オーナーの蒲生良造。蒲生は曙町でのアリバイ証人探しを小五郎に依頼する。だが捜査は難航し、小五郎は催促の電話を毎晩もらう。小五郎は蒲生に進展がないと報告。蒲生は「絶望だ」と落胆して電話を切る。翌朝、郊外で蒲生の首吊り死体が発見される。

小五郎は衣笠殺害事件で無実の新井を犯人と疑い、自殺に追い込んだ責任を取り、看板を下ろす事に。蒲生が自殺した日、隣の住人が新井の声を聞いたのは午後８時頃。コナンはその時間が８時半以降なら新井の犯行が可能だと訴える。自分自身で事件を解決すれば小五郎が立ち直ると考えるコナンは事件を振り返り何かに気付く。

神奈川の島の防波堤で江尻太志と海釣りを楽しんだ少年探偵団。沖矢昴が漁師、井田の漁船に乗ってコナンらを迎えに来る。船上から夕日を眺めている時、歩美が一角岩に気付く。すると井田は一角岩の伝説について語る。コナンらは漁船から降りて一角岩に立ち寄る事に。そして脱水死したウエットスーツ姿の女性を見つけ出す。

ダイビング中に行方不明になった赤峰光里が一角岩で脱水死した状態で発見される。光里は岩壁にダイイングメッセージを残していた。一緒にダイビングをしたのは大戸、青里、開田の３人。大戸によれば、光里は海の中は１人になりたいとワガママを言い、半年前にもそれが原因で光里が潮に流されるトラブルがあったという。

特設ステージでバンドが演奏するデパート屋上のビアガーデンにやってきた小五郎、コナン、蘭。ライブ後、ドラムの中村悠介は地下１階の警備室で鍵を借り、先に楽屋に入って毛布にくるまれた何かを発見。悠介は毛布から出た手の指にはめられた指輪からヴォーカルの渡辺友紀子と気付き、小五郎を呼んで欲しいと蘭に頼む。

小五郎、コナン、蘭が冬名山を車で通りかかると、群馬県警の山村警部らが検問を行っていた。山村は４年ほど前、走り屋の聖地である冬名峠に白いFDに乗った銀白の魔女と呼ばれる伝説の女性ドライバーがいた事を明かす。最近、銀白の魔女が再び峠に現れ、勝負を挑んで事故を起こす走り屋たちが続出しているという。

銀白の魔女の事を相談した宮本由美から連絡をもらった蘭は検問にひっかかった白いFD３台の事を報告。助手席にいた間船、半藤、遠田の腕はいずれも魔女の腕とはほど遠く、３組とも帰してしまった事を由美に伝える。由美は車に同乗している佐藤刑事に魔女の話題をふる。数年前、佐藤は冬名峠に通っていた時期があったのだ。

蘭、園子とショッピングモールにやってきたコナンは事件に遭遇。拳銃を持った犯人が５歳の結城佳代子を誘拐したのだ。コナンは佳代子を救出するが、犯人の大嶺は代わりにコナンを車に乗せて逃走。コナンはラジオのニュースで大嶺が殺人犯である事を知る。ビルの機械室へと連れてこられたコナンは隙を突いて逃げ出す。

コナンと大嶺は身を隠すため、阿笠博士の自宅へ。コナンは大嶺が犯人ではないと考えていた。コナンが拳銃の入手方法を訊ねると、大嶺はインターネットで改造モデルガンと空砲３発を購入したと告白。だが、撃ったら弾丸は本物で、拳銃はビルの敷地内に投げ捨てたという。コナンは大嶺が捨てた拳銃を捜そうと提案する。

阿笠博士と回転寿司にやってきたコナン、少年探偵団、哀。元太らが落とした皿を拾っていると、客の我妻留造が言い掛かりをつける。騒ぎに気付いた店長の並木段児がやんわり注意すると、我妻は店を潰すと脅す。コナンらは店を出ようとしたその時、我妻が突然苦しみだして絶命。コナンは青酸系の毒で殺害されたと推理する。

皆が毒の皿を我妻に取らせた方法を推理していると、元太はお腹が空いたと言い出す。元太は鮮度が落ちた寿司を捨てるのは勿体ないと言って寿司を眺める。この後、コナンは入口に置かれた使い捨てのお手拭きが自由に取れる事から犯人が使ったトリックを見破る。そしてコナンは変声機を使い、阿笠の声を借りて解決劇を始める。

元太は父親が全国コジマさん選手権に出場する事をコナンらに報告。優勝者は賞金１千万と猪の掛け軸が貰えるという。選手権は腕立て、のど自慢、漢字の書き取りを行い、勝ち上がった５人がスタジオで優勝を争う段取り。この後コナンらは落選者たちに遭遇。元太に父親から連絡が入る。元太の父親は最後の３人に残ったという。

全国コジマさん選手権を企画した小嶋グループ会長、小嶋権作が殺害される事件が発生。それぞれ控え室にいた３人の容疑者、文太、元次、岩吉に事情聴取を行うが３人の証言に怪しい点は見つからない。この時、高木刑事は選手権の成績を確認。３人が平凡な成績だった事から選手権は成績優秀者を選んでいなかった事が判明する。

富樫文孝と袴田恒夫は刑務所を出所。小五郎は刑事時代に逮捕した殺人犯、富樫を出迎えるが、すぐに姿を消してしまう。その日の夜、保護司の桜庭武彦が殺害され、富樫が容疑者として逮捕される。模範囚だった富樫が仮出所の日に殺人を犯した事が信じられずにいた小五郎は、送検する午後４時まで富樫を取り調べする事に。

コナンは療養のため、小五郎らと共に兵庫県の城崎温泉にやってくる。蘭は温泉に向かう途中で歩美、哀とはぐれ、その直後に歩美のBDバッジを拾う。この後、蘭は歩美、哀の後を追い、路地から飛び出してきた少女とぶつかってしまう。蘭は少女を家まで送っていくとコナンに連絡するが、そのまま行方不明になってしまう。

コナンがホテルで推理する中、平次らは夏穂から陽菜宛に届いた手紙を頼りに３年前に家族旅行で訪れた城崎温泉駅を捜索する。その頃、ロープウエイ山頂駅にやってきた蘭と陽菜はマスク、サングラス姿の何者かに襲われる。陽菜は何とか逃げ出すが、その人物は蘭を連れ去っていく。平次らは山頂駅で気を失った陽菜を発見する。

小五郎が運転するレンタカーで温泉に行ったコナンと蘭。午後２時過ぎ、前方の交差点で事故が発生。コナンは少し前にコンビニで見かけた２台の車と気付き、赤い外車のワイパーが動いている事を不審に思う。蘭は緑の車から自動車整備士の車谷整司を救出する。この後、赤い外車からフリーター、速水隼の遺体が運び出される。

コナンが留守番していると阿笠博士から連絡が入る。発明品の新作発表会の帰り道に車がエンスト。業者はレッカー移動した後、阿笠は財布をどこかに落としてしまったという。小五郎に迎えに来てもらうつもりだった阿笠に対し、コナンは小五郎が浮気調査に出ていると伝える。その時、女が運転する車が阿笠と哀の前に現れる。

長野県警の大和敢助警部と上原由衣刑事に捜査協力を求められた小五郎はコナン、蘭と共に長野の森の中にある希望の館へ。最初、館には若者６人が住んでいたが、５、６年前からは館で知り合って結婚した夫婦しか住んでいなかったという。敢助は遺体が発見された部屋に小五郎らを案内。当時、中の人間は餓死していたという。

部屋の内側のドアノブと赤いスプレー缶に付いていた指紋が高明の部下のモノと判明。高明は倉庫に花を添えるために新米刑事と館を訪れ、明石周作の遺体を発見したと告白。部屋に閉じ込められればノブに手をかけるのが普通だが、明石の指紋は付いておらず、壁を塗った赤いスプレー缶からも明石の指紋は出てこなかったという。

コナンは敢助らが高明を監視している事に気付く。すると敢助は高明も容疑者の１人だと明かす。直木司郎の死亡推定時刻である昨夜10時から11時のアリバイを確認。３人の証言により、司郎が明石に金をせびっていた事、司郎がイタリアに行くと話していた事が明らかに。その頃、高明は死亡の館の赤い部屋を訪ねる。

ダイイングメッセージの謎を解いたコナンと敢助。だが証拠は何もなく、犯人を逮捕できない。するとコナンは直木司郎がイタリアのレッチェに行くと話していた話題を出し、司郎が証拠を隠した場所に気付く。敢助らはそれとなく司郎が証拠を隠した場所を容疑者３人に伝える。すると夜、犯人は司郎のアパートに現れて…。

小五郎に調査を依頼した仁地村正平が誘拐される。犯人の手紙には身代金を入れたバッグを沙希に持たせ、指定した駅で下車しろと書かれていた。新たな指示が出され、指示に従って身代金のバッグを川の上流に落とす。すぐにコナンらは下流を調べるが、すでに身代金は犯人が回収した後。翌日、殺害された正平も発見され…。

ジョディは死んだ赤井に似た男を見かけた後にお金を下ろすため、ていと銀行へ。行内に銃声が響き渡る。銀行強盗が威嚇して発砲したのだ。トイレに来ていたコナンらの耳にも銃声が届く。強盗はシャッターを閉めろと行員に命令、客は一ヵ所に集められる。ジョディは横の客を見て驚く。それは先ほど見た赤井に似た男だった…。

コナンは強盗に成り済まして強盗の１人の携帯に連絡を入れる。そして光彦らと協力し誘き出した強盗を退治。次にコナンは推理のため、ジョディから聞いた強盗たちの行動を整理する。倒した強盗が目出し帽を脱いでいた事から強盗たちの狙いに気付いたコナンは光彦らに指示を出し、強盗たちの計画を阻止しようとするが…。

理髪店の椅子に座る小五郎。隣りの先客は顔にタオルを載せていた。店主が小五郎の顔にシャボンを塗ってタオルを載せた直後に物音が響く。先客は床に倒れた店主の海老原に声をかけるがすでに絶命。胸にはダーツの矢が刺さっていた。小五郎は窓の外から矢が飛んできたと推理するが、コナンは現場を見て違和感を抱き…。

何者かに背後から突き飛ばされた石川茂子をコナンと小五郎が目撃し、小五郎はその護衛を買って出、コナンはサンタという茂子の子供のお守りをすることに。この後、茂子が拉致され、犯行に使われた盗難車も発見される。小五郎は茂子に想いを寄せる人物の犯行と推理するが、コナンは犯人に別の目的があったと考え…。

温泉パークに立ち寄る小五郎、コナン、蘭。崖下の露天風呂から何かが水に落ちる音。そこでは、不動産会社社長の梅津が絶命していた。梅津は温泉パークの買収を迫っていたという。湯船には大きな石があり、崖の上の誰かが石を引き抜いた跡から、小五郎は事故に見せかけた殺人事件と推理。その推理に対して、コナンは…？

白鳥警部は間違ってチケットを購入し、コナン、少年探偵団、哀と同じ特撮映画を観る事に。白鳥は笠倉那海とぶつかりジュースをこぼす。那海の席は白鳥の左隣りだった。上映後、那海は白鳥が刑事だとわかるとストーカー被害を告白。白鳥はコナンたちと那海のマンションへ。そこでは彼氏の染井芳郎が絶命していた…。

白鳥警部は紙の桜が巻かれた紙コップの指紋と飲み物の成分を調べて欲しいと高木刑事に頼む。この後、白鳥は別の指示も出そうとして言葉を飲み込む。コナンが捜査に私情は禁物だと言うと、白鳥は過ちを認め、真っさらなストローの包み紙と自分の紙コップに巻かれた包み紙の桜の長さを高木に調べてもらうが…。

高畑の自宅で妹、栞の夫である副島逸郎が絶命していた。逸郎は千葉刑事の大学時代の友人だった。酒を飲んだ逸郎は猟銃を持ち出し、それが暴発した事故と考えられる。栞が病死すると逸郎の酒癖は特に酷くなり、半年間で飲酒による事故、事件を９回も起こしていた事が判明。コナンの脳裏に未必の故意という言葉が過ぎる…。

コナンと少年探偵団、哀はクラスメイトの琢馬の話題を話す。親戚の家に行った琢馬は倉の窓から大量に置かれた骨董品や美術品、人影を見たという。だが倉は空っぽだった。その倉はもののけ倉と呼ばれ、大切な物を置くと消えてしまうというのだ。倉を調べてもお宝はなかったが、コナンが木に登って窓から倉を覗くと…。

お宝を消し去る倉の仕掛けを探すコナンたち。哀は壁のソロバンが何かのスイッチで、間違うとリセットされると推理する。再び木に登り窓から倉を見たコナンは床が少し遠くなったと感じる。この後、コナンは何かに気付きカラクリ師の三水吉右衛門が倉を建てたのかと家主に確認。家主が認めるとコナンは…。

国末を捜して上京した平次と和葉。国末は和葉にお守りを作って欲しいと頼み受け取りに来るも、平次が間違って和葉のものの方を国末に渡してしまった。国末は数日前から行方不明で、友人とスポーツカフェで落ち合う事を突き止める。コナンらはカフェに向かうが、国末はトイレで何者かに襲われ、意識不明の重体だった…。

国末と犯人はスポーツ観戦中にトラブルになった可能性が高く、平次らは国末がどの試合を観戦したかを考える。その時、店内のテレビにゴルフの優勝が決まった時の映像が流れ、ハッとするコナンと平次。さぁ、真相に気付けるか？そして、絶対に見られたくない和葉の恥ずかしい秘密が隠されたお守りを無事取り戻せるか！？

買い物前に新宿の喫茶店に立ち寄ったコナン、小五郎、蘭、園子。その時、ゴスロリの服を着た女性とすれ違う。途中、服を汚してしまった蘭と園子は公園のトイレで買った服に着替える事に。女子トイレの個室から30分以上出てこない人がいると聞いた園子が中を確認すると、喫茶店にいたゴスロリ嬢が絶命していた…。

目暮警部は喫茶店に来たゴスロリ嬢が本当に未紘だったかを確かめるため、未紘のコップの指紋を調べる。昨日未紘が１人で服を買いに来たと店員が証言。未紘の服は店のオリジナルで、福岡にいた唯佳に同じ服を買う事は不可能だった。この後、コップから未紘の指紋が出て、唯佳の無実の証拠が出るが、コナンは…。

コナン、少年探偵団、哀、阿笠博士が川のほとりでホタル狩りの開始を待っていると、中嶺と垂水が乗ったトラックが到着。幌を開くとホタルの群れが飛び立っていく。道武は垂水に中嶺の居場所を訊ねる。垂水が中嶺の携帯に連絡すると、中嶺は「エボシ岩だ、助けて」と言ってきたという。コナンらがエボシ岩に駆け付けると…。

明日への希望に満ち溢れた中年男、代田と偶然出会ったコナン、少年探偵団、哀。この後、コナンはひったくり犯に奪われた代田のバッグを取り返し、お礼にデザートをご馳走になる。この時、代田の言動に違和感を覚えるコナン。コナンは代田が本当は明日に全く関心がないと感じて…。

体に爆弾を巻き付けた福西。トイレで気絶させられ、気付いたら覆面男に爆弾を付けられていたという。爆弾犯の要求はカバンに入っている13着の赤いシャツの送り主を突き止める事。送り主はこのフロアにいるらしく、フロアの客が１人でも逃げたら爆弾を爆発させるという。コナンと小五郎は手掛かりを見つけようとするが…。

小五郎は毎週日曜の12時29分に同じシャツを購入する客の事を店員に訊ねるが、店員はその客の事を覚えていないという。コナンはシャツについた折り目に注目。何かの暗号になっていると気付く。この後、コナンは店員から販売の流れを聞き、レジ係の瀬田がいる奥の部屋へ。コナンは送り主の狙いに気付くが…。

コナンは福西自身が爆弾犯と推理する。福西は予め体に巻いていた爆弾とフロアに置いた爆弾で送り主を炙り出そうとしたのだ。続けてコナンはシャツを扱っていた売場のレジ係、瀬田が送り主と推理する。すると瀬田は13年前に福西に殺害された丸岡の娘、麻衣だと告白。瀬田は殺害していないと無実を主張するが、コナンは…。

小五郎は誕生日の食事に招待され、依頼主のマンションへ向かう。依頼主はお笑いコンビ、ストローベリーの藤森朝子。朝子はベランダから侵入してきた男を刺したと告白。絶命したゾンビのマスクを被った男の手には拳銃が握られていた。目暮警部らが現場に駆け付け、マスクの下から現れたのは相方の今岡次郎だった。

コナンたちは小林先生を置いて花火大会へ向かう。小林は慌てて後を追って裏通りへ。その時、路地の暗がりから男女の言い争う声が聞こえてくる。小林は血を流して倒れた男性を発見する。この後、小林は人の気配を感じて振り返り、花火の光に照らし出された犯人を目撃。犯人として被害者を恨む３人の容疑者が浮上するが…。

小林先生が男性と証言した被害者は女性と判明。目暮警部は容疑者の取り調べを行う。犯行時刻、３人はそれぞれ自宅にいたと証言。小林は録音した容疑者の声を確認し、鍵谷と滝本の声に聞き覚えがないと白鳥警部に伝える。だが、コナンは小林が聞いたのは犯人ではなく、被害者の声だった可能性があると推理して…。

小林先生を背後から襲う犯人。だが小林が犯人を投げ飛ばして事件は解決。実は、小林は直前に白鳥警部に保護され、佐藤刑事にすり替わっていたのだ。後日、怪盗キッドから予告状が届く。狙いは鈴木次郎吉が所有する麒麟の角というビックジュエル。次郎吉はコナンと共に少年探偵団に応援を要請。そして予告日の満月の夜…。

４つの台座の鍵を同時に回さなければ出現しない麒麟の角。犯行予告時間の直前、次郎吉はキッドが手を出せないように４つの鍵を柱に釘で打ち付ける。その直後に堂内が停電。コナンが何者かにスタンガンで襲われる。照明が点くと次郎吉は鍵を確認。４つの鍵は壁に打ち付けられたままだったが、麒麟の角は盗まれていて…。

コナンが気絶した状態の中、停電した時の映像と音を確認するが、不審な音も光も見つける事ができない。しばらくして意識を取り戻したコナン。皆に目を覚ました事がバレないように少年探偵団に取り囲んでもらう。コナンは光彦らにキッドが台座に貼ったカードの位置を確認した後、キッドが誰に変装したかも見破って…。

目白に招かれ、雑居ビルにある屋上農園を見学するコナン、小五郎、蘭。その時、奥の畑で中村と田口が言い争いに。中村は迷惑じいさんと呼ばれる厄介者。田口は防虫ネットを壊されたという。すると今度はオーガニック野菜に農薬をかけられた井上が中村に激怒。週末、コナンたちは再び農園を訪れ、絶命した中村を発見する…。

10月10日の誕生日、英理が宿泊する部屋に依頼人の国分秋穂が現れる。夫の健彦とケンカしたという。秋穂はストーカー被害に遭い、明日は相手の親と示談交渉の予定だった。英理は秋穂を迎えに来て欲しいと健彦に連絡した後、レストランで小五郎たちとディナーを食べる。英理が部屋に戻ると、すでに秋穂の姿はなかった。

夫の健彦、ストーカーの成治、その母親の緑という容疑者３人の話を聞いた後、コナンたちは部屋に戻って就寝。コナンは小五郎の寝言を聞き、犯人がベッドを１人で移動させた方法に気付く。翌朝、コナンは真剣に推理を巡らせる小五郎の姿を見て、小五郎に華を持たせる事に。小五郎郎本人による解決ショーが始まるのだが…。

コナンと少年探偵団は阿笠博士に連れられ、アクアリウムデザイナー、西田の自宅を訪ねるが、呼び鈴を押しても反応がない。西田のアシスタントの井村が合鍵を使って玄関の鍵を開け、歩美たちはリビングの水槽が埋め込まれた円柱を見て大喜びする。この後、バスルームに手を洗いに行った光彦と元太は浴槽を見て悲鳴を上げる。

二の酉にやってきたコナン、小五郎、蘭、園子。この時、園子はバックを奪われてしまう。このひったくり犯はトリ男と呼ばれ、一の酉でも犯行に及んだという。そして三の酉に行くと、再びトリ男が現れる。トリ男は浪人生の益子を刺した後、公園のトイレに逃げ込んだところで包囲される。だが、出てきた容疑者は３人もいた…。

益子がトリ男に刺される事件が発生。容疑者の火野、猿川、水江にはアリバイがあり、一の酉、二の酉、三の酉とも犯行が可能な人物はいないと判明。３件とも同一犯と考えられるため、目暮は３人が帰る事を許可する。この後、コナンは他にもトリ男がいると推理する。そしてコナンは蘭、小五郎との会話から事件の謎を解くが…。

広島にやってきた小五郎、コナン、蘭。撮影の合間、スタッフの八川、浜田、三宅が立て続けに何者かにイタズラをされる騒動が起きる。コナンは一連のイタズラがこの地に残る弥山七不思議という伝説になぞらえている事に気付く。そして撮影終了直後、スタッフの越路の悲鳴が聞こえてくる。コナンたちが現場に駆け付けると…。

小五郎らは紳六が越路を襲い、弥山屋に放火したと疑う。コナンは越路が言い残した「かじ…」が火事の事ではないと気付く。この後、小五郎は犯人が弥山七不思議の最後の１つ、龍燈の杉に見立てて事件を起こすと推理。そんな中、上諏訪が何者かにナイフで背中を刺される事件が発生。コナンは上諏訪の携帯を見て…。

小五郎はコナンと蘭を連れオリオン企画を訪ねる。東山と通話中、小五郎は窓の外を落下する人影を目撃。落下した高幡は絶命していた。高幡の背広には涙滴型のゴム板が引っ掛かっていた。これは怪人の着ぐるみのウロコで、赤外線が当たると空気が抜ける仕掛けに。小五郎はこれを利用し、何者かが高幡を転落させたと推理する。

湯本温泉にやってきたコナンと少年探偵団。コナンらが宿泊する旅館には深汐、純作、厳治、雲平が宿泊していた。翌日の午前４時50分、コナンたちは湖上露天風呂へ向かう。そして女湯の浴場に入った直後に大きな悲鳴を上げる哀と歩美。女湯では絶命した厳治が倒れていた。これは事故死に見せかけた密室殺人だった…。

脚本家の鉄山厳治が殺害される密室殺人事件が発生。容疑者は女優の名取深汐、そのマネージャーの丹沢純作、俳優の寺堂雲平の３人。深汐は厳治と電話で話し、朝一番で女湯に来たら一緒に入ってあげるとウソをついた事を告白。３人には厳治を殺害する動機があった。コナンはある言葉をヒントに事件の真相に辿り着いて…。

コナンと蘭が乗車した電車の中でスリが発生。逮捕に協力した徳馬は去ってしまう。事情聴取後、巣亀駅で別の事件が起きていた。詐欺グループの１人、兼村が高架下で殺害されたのだ。徳馬が事件を目撃、警察に通報したという。この後、詐欺グループの主犯格、桐谷が発見されて容疑者に。だがコナンは徳馬を犯人と疑って…。

小五郎は11年前にかけられた殺人の罪の無実を証明して欲しいという手紙をもらい、コナン、蘭と共に群馬県朽橋村の光羅旅館へ。11年前に殺人事件はなかったが、沼山辰彦という子供が川で溺死した事故があった事が判明。河童が犯人という話もあるらしい。翌朝、辰彦の父、伴蔵の遺体が旅館の屋根裏部屋で発見され…。

犯人が沼山を溺死させた水は溜め池の水と一致。蘭は昨晩、河童を見た事を山村警部に報告し、目撃談をもとに河童の絵を描く事に。コナンは犯人が溜め池の水を運んだ容器が見つからない事に頭を悩ませる。この後、河童の絵が完成。コナンはひょんな事から誰が犯人なのかに気付き、麻酔銃を発射。山村として解決劇を始める…。

コナン、蘭、園子は北軽井沢へ。園子にテニスを教えるサークルの後藤はケガした部長の吾妻に代わって大会に出場するという。休憩中、土田は蜂蜜レモン水、大竹はタオル、園子はグリップテープをそれぞれ後藤に差し入れする。休憩後、後藤が倒れて悶絶。後藤は毒物の中毒で、差し入れした３人が疑われて…。

小五郎らは山道で迷い、比良坂零輝の屋敷に助けを求める。比良坂たちは１年前に事故死した雅原煌を呼び戻す降霊会を催すという。降霊会が始まると怪奇現象が起き、「この中に私を殺した者がいる。今宵、私は蘇る！この手で怨み、晴らすために」という煌の声が聞こえてくる。この後、参加者の歌倉晶子が殺害されて…。

晶子に続き、比良坂の遺体が発見される。２人は別々に密室で絶命していた。比良坂の部屋から瞑想の間の南京錠の鍵、晶子の殺害に使われたロープなどが見つかり、小五郎は比良坂が晶子を殺害し、自分の部屋で自殺したと推理する。だが、コナンは澤南が書き残した文字を見て別の犯人に気付き…。

澤南が殺害前に書き残したキラという文字を見て犯人に気付いたコナン。だが、小五郎の推理が間違いである事を証明するためには２つの密室トリックを暴かなければならなかった。この後、コナンは比良坂の部屋、瞑想の間を調べ、２つの密室の謎を解く。そして、小五郎に麻酔銃を発射。眠りの小五郎として解決劇を始める…。

コナンの担任、小林澄子が殺人事件の裁判員に選ばれる。被害者は不動産会社社長の石垣で、被告の岩松を弁護するのは妃英理だった。コナンは蘭、小五郎と傍聴席から裁判を見守る。遺体が発見された書斎の写真を見た小林は壁の絵が逆さまだと気付く。コナンはこの絵に事件の真相を解く鍵があると睨み…。

被告の岩松は書斎に花瓶があったと語り、妃は誰かが花瓶を持ち去ったと考える。この後、凶器のナイフが公園のプールの底から発見される。コナンは原に探りを入れ、花瓶の行方を知っていると確信する。裁判２日目、被告側に不利な証拠が揃うが、妃は原の再喚問を裁判長に要求。そして、ここから裁判は急展開を迎えて…。

小五郎はコナン、蘭と共にウライ製菓のパーティーに出席。社長の浦井垂人は毎回出し物を披露する事で有名。小五郎は指名を受け、壇上でスピーチを行う。スピーチ中、垂人の妻で副社長の星江は蘭に声をかけて手相を占っていると、垂人が苦しみ出して倒れてしまう。ミステリーの寸劇かと思われたが、垂人は絶命していて…。

パーティー中に絶命したウライ製菓の社長、浦井垂人。コナンは妻の星江が犯人だと確信し、星江の不可解な言葉について考える。そして、星江が飲み物のテーブルに倒れた理由を見破ったコナンは小五郎に麻酔銃を発射。コナンは眠りの小五郎として解決劇を始め、星江が使ったトリックの全貌を明らかにする…。

５年前に犬伏恒弟が他界した後、血の繋がった子供だと名乗る人が８人も現れ、妻の裟臣は養子として全員引き取ったという。裟臣が病気で倒れると遺産相続を巡る事件が起き、養子の２人が奇妙な死を遂げた。養子の１人は呪いだと怖がって犬伏家を出て行ったという。コナンと服部平次はその人に話を聞きに行くが…。

犬伏家を訪れたコナンたち。遺産相続権を放棄した伸壱が殺害されたため、小五郎は犬伏家に恨みを持った犯人の犯行と睨む。コナンたちは犬伏家の養子、幸姫、考子、知晃、禅也と会い、犬伏家に伝わる魔犬の謂われを聞く。コナンたちはその犬の墓を見に行く。その時、崖の上からもう１人の養子、佐記が落下してきて…。

犬伏家の庭で炎に包まれた魔犬に迫られ、屋敷に逃げ込んだ蘭と和葉。平次が屋敷近くで誰かが魔犬を飼っていると推理すると、知晃は犬の鳴き声がする小屋が森にある沼の傍に建っていると証言する。コナンたちが小屋の中を調べていると、外から知晃の悲鳴が聞こえてくる。外では知晃が炎の魔犬に襲われていて…。

コナンと平次は養子たちの名前にまつわる秘密を聞き、名前が今回の事件と関係していると睨む。この後、TV番組のセットを見て、魔犬のトリックを見破り、誰が犯人なのかにも気付く。小五郎は小説「南総里見八犬伝」をヒントに幸姫が犯人と推理。だが、幸姫は罪を認める置き手紙を残して姿を消してしまい…。

タケノコ堀りの帰りに阿笠博士の車が故障し、コナンと少年探偵団は山の中で待つ事に。１軒の別荘からピアノの音が聞こえてくるが、その別荘の呼び鈴を鳴らしても応答はない。この後、コナンたちは室内に入り、日記が書かれた手帳を発見する。日記の内容から、誘拐された男の子がこの別荘で監禁され、殺害されたと考える…。

コナンは事件を解く鍵が日記にあると考え、手帳をもう一度調べる事に。コナンは次々と手帳の不可解な点に気付き、事件の真相へと近づく。この後、コナンはピアノの部屋を調べ、事件の真相へとたどり着く。コナンの指示に従い、歩美たちが歌い始めると、何者かが部屋の中を覗き込む。なんとコナンたちの前に現れたのは…。

コナンと小五郎、蘭はダイアナと知り合い、ロンドンの自宅に招待される。ロンドンに降り立ったコナンはアポロという少年と出会う。アポロは知らない男に声をかけられたという。男は紙切れを渡してきたらしく、コナンが確認すると、それは謎の暗号文だった。コナンは大量殺人が計画されていると推理して…。

暗号文が示している場所を探してロンドン中を駆け巡るコナンと阿笠博士。蘭は新一の携帯に電話をかけ暗号の事を相談すると新一（コナン）はコナンから聞いていると説明。その時、ビッグベンの時計の鐘が鳴り、新一（コナン）は暗号文はビッグベンの事だと気付く。だが、同時にロンドンにいることが蘭にバレてしまい…。

蘭と小五郎は暗号解読のため、ロンドン市街へ向かう。そんな中、検出された指紋から容疑者が判明。容疑者はハーデス・サバラという逃走中の連続殺人犯だった。蘭は最初に新一（コナン）が解いた暗号を参考に次々と暗号を解読。蘭は暗号の場所に文字が隠されている事に気付く。そして発見した文字をつなぎ合わせると…。

コナンは変声機を使い、新一として蘭を電話越しにサポート。蘭は残り２つの暗号文も解読して文字が全て揃う。文字を並べ替えSATURN（土星）というキーワードを導き出し、新一は犯人が土曜日に事件を起こすと推理する。そして翌日の土曜日。コナンは暗号文から犯人のハーデスが狙っている場所と特定しようとするが…。

コナンはミネルバがサーブを落とした位置で点字を示している事に気付き、「HELP」というメッセージに読み取る。さらに点字を読み取り、ハーデスが試合終了と同時にミネルバの母親を殺害しようとしている事を知る。この後、コナンは観客席にいる母親が抱えているぬいぐるみの中に爆弾が仕掛けられている事を見破るが…。

コナンは観客席にいるハーデスを見つける方法に気付き、「粘って絶対勝って！」とミネルバにメッセージを送る。このセットを落とすと同時に母親が殺害される後がない状況だった。必死にラリーを続けて時間を稼ぐが相手にセットポイントを奪われてしまう。審判は試合終了を告げ、ハーデスは爆弾のスイッチに手をかけるが…。

金持ちの老人を誘拐した２人組に捕まり、部屋の壁際に縛られたコナンと哀。コナンは光彦たちが同じ部屋のロッカーに隠れていると推理。コナンは探偵団バッジで床を叩き、光彦たちにメッセージを送る。それは東京消防庁の通話コードだった。コナンは通話コードを使って光彦に指示を出し、この状況を打開しようと試みるが…。

視聴覚室で帝丹小の卒業生でもある千葉刑事と遭遇したコナンと少年探偵団。千葉は13年前、三池苗子にラブレターを渡したという。返事の手紙には自分の気持ちを視聴覚室の倉庫に保管したと書かれていたという。千葉によれば苗子が残したのはビデオレターで、コナンたちは当時見つからなかったビデオレターを探すが…。

大学の学祭で講演する小五郎。芸術学科の辻栄は蘭、園子、コナンをお化け屋敷に案内し、ゾンビの出来栄えを評価して欲しいと頼む。お化け屋敷に入ると、手術台に横たわるゾンビ役の安菜が体を激しく揺らした後に絶命。目暮警部は毒薬を飲んで自殺したと判断するが、コナンは自殺に見せかけた殺人事件と推理して…。

コナンは安菜の頬に抵抗した傷がある事に気付き、安菜は誰かに毒のカプセルを口に突っ込まれ、飲み込むまで口を塞がれたと推理する。目暮は安菜が生きているように偽装できた睦、蜂谷、辻栄の３人を容疑者と考える。コナンはベッドの布とベッドの下の状況から犯人のトリックを見破って…。

鈴木次郎吉の博物館で龍馬展が開催され、次郎吉のもとに怪盗キッドから予告状が届く。キッドの目的は20年前に樽見が開催した龍馬展で盗まれた品を返しに来る事だった。コナンは予告状に書かれた「今一度、洗濯いたし申し候」という龍馬の言葉に注目。コナンはキッドが雨になるのを待って予告日時を決めたと推理するが…。

コナンはトイレの個室で龍馬のピストルを持ったキッドに声をかけられる。キッドは盗まれた品を返しに来ただけだから邪魔するなとコナンに言い放って姿を消す。この後、蘭は園子の右の袖の部分に文字が書かれている事に気付く。それを聞いたコナンはキッドが本当に雨を降らせる気だと見抜いて…。

休暇を利用して南海の孤島にやってきたコナンたち。島ではイケメン俳優、宮坂のプロモーションビデオの撮影が行われていた。落ち目になった宮坂はテレビから姿を消していた。コナンたちは撮影スタッフに酷い仕打ちをする宮坂を目の当たりにする。そして撮影後、宮坂はペンションの一室で遺体となって発見されて…。

コナンは遺体を見た時の違和感が気になり、宮坂の部屋を再度確認。だが、最初に見た時の違和感は何故かなくなっていた。この後、美紀は鷹山が嵐の中を走っていく姿を目撃。皆は鷹山が犯人で、警察が来る前に逃げ出したと推理する。鷹山が逃げた方角には崖があり、転落した鷹山の遺体を発見する…。

早朝、公園の花時計の前でバトンを練習する歩美。ストーカーが現れるらしく、コナンたちは様子を見に行く事に。その男は花時計の盤面の６の白石付近で酒瓶を持ったまま絶命していた。小五郎は男が酔っ払って足を踏み外し、展望台から落ちたと推理する。コナンは事故ではなく、誰かに殺害されたと推理して…。

２年前から保科瑠華子の誕生日が近づくと送られてくる脅迫文。執事の青梅は時の番人と名乗る送り主を突き止めて欲しいと小五郎に依頼する。小五郎はコナン、蘭と共に館を訪れる。招待客が見守る中、瑠華子は誕生日ケーキのロウソクを吹き消す。その直後、瑠華子の悲鳴。急いで電気を点けると、瑠華子は絶命していた…。

暗闇の中で保科瑠華子が刺殺され、軽辺は犯人がドレスを着ていたかもしれないと証言。コナンはベランダの手すりや窓枠に付着した血に注目。その時、午前０時になって大時計の鐘がなる。コナンは大時計を見て何かを閃き、時の番人と名乗る犯人のトリックを見破って…。

ゴールデン横丁の小料理屋「さつき」。一番奥に座る扇が店外のトイレに行くと言い、小五郎と篠原、中村は扇を通すために店の外に出る。中村はタバコ屋へ、篠原はお金を下ろしてくると人混みの中へ。小五郎はタバコを吸ってから店に戻る事に。３分後、小五郎たちが店に戻ると、女将の三島さつきは何者かに殺害されていて…。

コナン、蘭、園子は合宿所でヨガ・ダイエットに励む。参加者の出川アツ子はクレームをつけ、オーナー兼インストラクターの里山月子、シェフの飯盛薫、友人の猪俣保子にも酷い態度を取る。夕食前にヨガが行われるが、アツ子は部屋に戻ってしまう。この後、遺書を残して絶命したアツ子が発見されて…。

小五郎は人気番組「世界一受けたい授業」に出演する事になり、コナン、蘭と日売TVにやってくる。出演者がスタジオに集まり、リハーサルが行われる。２時間目の講師、山崎哲史はポン菓子機の実演を披露する。その直後、出演者である演歌の大御所、君島伸郎が所有する時価数億円と目される清朝の壺が盗まれてしまう…。

「世界一受けたい授業」のリハーサル中、清朝の壺が盗まれ、小五郎は山崎が犯行に及んだと推理。山崎はヨーコのハンカチを盗んだ事を白状するが、壺を盗んだ犯人ではなかった。この後、本間が大きなバッグを持ってスタジオを出て行こうとする。小五郎は本間が清朝の壺をバッグに入れて持ち去ろうとしていると判断するが…。

ひょんな事から中北楓と運転手の須坂衛子と知り合い、紅葉御殿と呼ばれる片寄王三郎の屋敷に案内されたコナン、小五郎、蘭。楓は交通事故で両親を失い、王三郎に最近引き取られたという。午後３時に人と会う約束をしていた王三郎が部屋で毒殺される事件が発生。コナンは状況を見て犯人が近くにいると推理するが…。

自分の部屋で変死した王三郎。庭にコナン、廊下に蘭がいた中での密室犯罪だった。小五郎は王三郎が残した暗号文の解読に取りかかる。コナンは暗号文の一部を解読。その直後、野笛の悲鳴が聞こえてくる。そしてコナンらは背中に矢が刺さって絶命した野笛を発見。さらに小五郎が犯人と疑う荻人が崖から転落して…。

コナンは蘭、タウン誌記者の梨田と岡山を観光中、記憶喪失になった女性と知り合う。コナンたちは彼女が描いた８枚のスケッチを手掛かりに彼女の記憶を辿る事に。途中、彼女の友人という香苗が現れ、彼女は吉瀬万由子と判明。万由子は事件の目撃者で、香苗は容疑者になった兄、圭吾の無実を証言して欲しいと考えていた…。

万由子は何者かに拉致されそうになるがコナンが何とか撃退する。コナンたちは残る５枚のスケッチを再度確認し、１枚の絵が吉備津神社の鳴釜神事を描いている事に気付く。神社に行った後、目撃談を頼りに倉敷へ。万由子の記憶も少しずつ蘇っていく。そんな折、万由子は何者かに再び連れ去られそうになって…。

正月早々、風邪を引いたコナンにカルタ取りの約束をしていた光彦、歩美、元太、哀がテレビ電話をかけてくる。その時、同い年位の浦船正男が訪ねてくる。正男は知らない奴らが家に来たと助けを求めるが、その直後に父親と母親が現れ連れて行かれてしまう。やりとりを見ていたコナンは２人が正男の親ではない事に気付いて…。

カルタを中断して母親とトイレに行く正男。哀は正男がトイレに行ったのは暗号を解く時間を与えるためと判断。「る」「こ」「に」「て」という正男が取ったカルタ４枚の暗号解読に取りかかる。同時にコナンにもメールで暗号などの情報を送信する。この後、哀は暗号を解読し、正男が本当の事を言っていたと気付くが…。

死ぬほど美味いがうたい文句のラーメン店にやってきた小五郎とコナン。店長の小倉とバイトの彩代は来店した不動産会社社長の西津を追い返そうとする。この後、西津が立ち寄ったばかりという隣りの理髪店の店主、谷中も来店する。西津は散々悪態をついた後、ラーメンを食べて苦しみ出し、本当に絶命してしまう…。

地上げ屋の西津はラーメンを食べた直後に苦しみ出して絶命。容疑者は店長の小倉、アルバイトの彩代、隣りの理髪店店長の谷中。毒は西津の左手の親指と人差し指、西津が使っていた箸、及び座った席のテーブルの上から検出され、コナンは容疑者３人の所持品に注目する。３人は毒を入れるような容器を持っていなかったが…。

杯戸ホテルにやってきたコナン、蘭、園子。お目当てのカフェを見つけた直後、駐車場から大きな音が聞こえてくる。コナンが駐車場へ駆け付けると、振り込め詐欺の首謀者、上住が頭から血を流して倒れていた。行きのバスでコナンたちと一緒だった世良が現れ、これは殺人だと指摘。世良はコナンと同じ探偵だった…。

振り込め詐欺の首謀者、上住がホテルから飛び降りて自殺。だが、コナンと探偵の世良は何者かに殺害されたと推理する。コナンは上住が使っていた車イスについた傷に注目。さらに現場の状況から犯人が上住を殺害したトリックを見破る。ほぼ同時に犯人に気付いた世良は皆の前で自身の推理を披露する。それを聞いたコナンは…。

探偵事務所に女流作家の光井、湯地、二瓶がやってくる。その直後、沢栗勲が拳銃を持って現れる。沢栗の妹、未紅は３人のSNS仲間だった。先月、未紅は温泉旅館で手首を切って自殺。沢栗は３人の誰かが殺害したと考えていた。阿笠の家にいたコナンは電話を通して事務所の状況を知り、事件を解決しようと考える。

沢栗に蘭の携帯が通話中だった事がバレるが、コナンは変声機を使って工藤新一を演じ、事件を解決すると沢栗に約束する。証言や資料から事件の真相に近づいたコナンは未紅が付けるあだ名の法則にも気付いて犯人を見破る。事務所の外には特殊捜査班のSITが待機。特殊急襲部隊のSATも犯人狙撃のチャンスを窺っていた…。

光井を殺害しようとする沢栗。コナン（新一）は電話口から沢栗を止め、光井が犯人ではないと伝える。未紅のデビュー作は死神の幻覚を見た連続殺人犯が自殺するという結末で、沢栗は死神の幻覚を見た未紅が自殺したと察して動揺。その隙を突いて沢栗は逮捕されるが、これは沢栗の犯行を阻止するためのニセの推理だった…。

平次と和葉が東京にやってくる。和葉はファミレスに立ち寄り、平次は先に探偵事務所へ。この後、和葉から電話がかかってくる。トイレで男性が亡くなり、大騒ぎになっているという。世良はこの事件で工藤と平次、どっちが名探偵か勝負して決めようと提案。平次はコナンより先に毒殺された事に気付いて一歩リードする…。

軽井沢の別荘で殺害されたデザイン会社の社長、若松耕平の事件の真相を突き止めるために東京にやってきた平次と和葉。コナンは平次たちと共に耕平の本宅を訪ね、妻の芹香から事件当日の話を聞く。次期社長を狙う育郎は椎名と藤波が持ってきたバームクーヘンを食べた直後、苦しみ出して絶命してしまう…。

米原は耕平のダイイングメッセージがSという字だったと証言。この後、本宅の風呂場のタイルが別荘、大阪の家のタイルと同じ事がわかり、コナンと平次はそのタイルを見て犯人のトリックを見破る。その頃、別荘を検証中の大和警部たちも同じ事に気付き、耕平のダイイングメッセージを発見するが、それは意外な言葉だった…。

コナンと平次は佐竹たちの会話をヒントに犯人が育郎を毒殺したトリックを見破る。コナンたちの予想通り、育郎の部屋のドアノブから犯人がかけたと思われる粉末状の毒物が検出される。コナンは犯人のスリッパに毒が付いていると推理。芹香が怪しいと考えるコナンたちだったが、芹香は書斎で毒を飲んで絶命していた…。

育郎はバームクーヘンを食べる前に手を洗っていた事がわかり、育郎の手に毒が付いていたという推理は間違いだったと気付くコナンと平次。育郎の部屋のドアノブに付着した毒はフェイクだったのだ。コナンたちは犯人、そして芹那を殺害したトリックも見破るが、証拠だけ見つける事ができずにいた…。

コナンは元太たちと阿笠博士の家でカレーを作る。その時、阿笠が数年前に購入した壺の話題になる。阿笠は壺の価値が気になり、動画サイトに鑑定を求める映像をアップしていた。そしてコナンたちが買い物中に自宅にいた阿笠が何者かに襲われ、歩美が誘拐される事件が発生。歩美の携帯に犯人からメールが届く…。

コナンは壺の動画を見て阿笠の自宅にやってきた若い姉妹、中年夫婦、失礼な親子という３組の中に犯人がいると考える。この後、コナンは犯人が探していた猫と動画サイトにアップされた妃英理の猫が驚く程そっくりな事に気付く。そして、歩美が連れ去られた時の状況を聞いたコナンは犯人の本当の狙いを見抜いて…。

コナンと蘭、園子は世界大会で優勝したショコラティエ、辻元のお店のオープニング・セレモニーに招待される。セレモニー中にテーブルクロスに火が燃え移り、辻元は全身を炎に包まれて絶命してしまう。弓長警部は不幸な事故と考えるが、コナンは事故に見せかけて辻元を殺害した犯人の巧妙な科学トリックを見破る。

コナンたちは映画の帰りに車上荒らしをされた車を発見する。車内の天井には赤いスプレーで「死ね」と書かれていて、被害に遭ったのは千葉刑事の車だった。交通課の由美によれば、同じ手口の車上荒らしは３件起きていて、千葉は４人目の被害者だった。容疑者は駐車場にいた名和、徳子、福地という３人に絞られる…。

車上荒らしの容疑者は名和、徳子、福地の３人に絞られる。コナンは被害者の車を色々な角度から撮った写真を確認。コナンの推理通り、先月、高校の先生のワゴン車が事故を起こしていた。由美から事故の詳細を聞いたコナンは車上荒らしが狙う車の共通点に気付き、容疑者３人の中の誰が犯人かを見破ってトラップを仕掛ける…。

コナンと蘭は小五郎を知っているというアパート大家の桐谷と偶然会う。この後、小五郎が来る予定らしく、コナンたちは桐谷の自宅を訪ねる。だが、そこに現れたのは小五郎を真似た大学生の恩田だった。この後、隣のアパートで住人の傳川の遺体が発見される。コナンは住人の坂内、石亀、兵頭の中に犯人がいると考えて…。

コナンは坂内、石亀、兵頭の中に犯人がいると確信。コナンはチャンネルがザッピングされた時の状況を桐谷から聞いて傳川を殺害した犯人のトリックを見破る。坂内たちは推理を披露しろと恩田に迫る。コナンは本物の小五郎から事件の真相を聞いたと恩田に説明。恩田はコナンの指示を聞きながら、たどたどしく推理を始める。

コナンたちは阿笠博士の旧友、龍太郎がいる山梨にやってくる。龍太郎と合流後、コナン一行は道の駅に立ち寄り、龍太郎と揉めている池田、借金をした過去を持つ慶と遭遇する。夜、コナンたちが昆虫採りをしている間に龍太郎は何者かに襲われ、鎌倉時代の仏像が盗まれる。池田と慶が容疑者として浮上するが、コナンは…。

コナンたちは図書館へ向かい、途中で光彦が手書きの地図を拾う。地図には４軒の家が描かれ、各家には藤木、香月、大賀、江口と名字も書かれていた。コナンたちは香月家を訪ね、昨晩、香月栄太郎が地下横断歩道で亡くなっていた事を知る。この後、何者かに地図が盗まれ、コナンは訪ねた３軒の中に犯人がいると睨む。

コナン、小五郎、蘭は近くの住民と立ち話をする立野寿巳男巡査に偶然会う。その時、近くの家から国分貴和子が出てきて、コナンは貴和子の手に血が付いている事に気付く。貴和子が出てきた家では大岡善吉が殺害されていて、現場には血でKというダイイングメッセージが残されていた…。

喫茶店でよく会う美緒から命を狙われていると相談された千葉刑事。コナンたちと一緒に美緒の自宅を捜す事に。この後、コナンたちはサイレンを聞いて美緒の部屋に駆け付ける。そこではナイフを持った男性が仰向けに倒れて絶命。美緒はこの事件の加害者だった。目暮警部は正当防衛の可能性が高いと考えるが、コナンは…。

伴場と初音の結婚式の前夜祭が行われ、小五郎はコナン、蘭と共に２人を祝福する。途中、初音はネイルサロンへ向かう。伴場が初音に電話をかけると、初音は「サヨナラ」と自殺をほのめかす。その直後、駐車場の車が炎上して初音の遺体が発見される。初音の付け爪に付着した皮膚のDNA鑑定から伴場が容疑者として浮上する。

初音が爆発した車から焼死体となって発見され、婚約者の伴場が容疑者として浮上する。捜査中、過去に初音が自分と伴場の境遇を聞いて表情を曇らせた事が判明。赤ちゃんだった２人は同じホテル火災で助け出され、身元不明のまま同じ教会で育てられていた。コナンはこの話を聞いて事件の悲しい真相に気付いてしまう…。

コナンたちはひょんな事から蘭の空手部の先輩、鏡堂ナナミの屋敷にあると言われる宝を探す事に。鏡堂家の庭に立つくらやみの塔。この塔には入口も窓もなく、宝が隠されていると都市伝説になっていた。コナンたちは兄の透から話を聞く。この後、絶命した美佐子が発見される。美佐子は塔から落ちたように倒れていた。

コナンたちはくらやみの塔へ続く入口を見つけ、鏡の世界になったトンネルへと入っていく。外では目暮警部たちが透や望を事情聴取。長瀬はいつの間にか姿を消していた。コナンは１人で塔の内部に入り、赤、青、緑のボタンが並んだ操作盤を発見。コナンは青いボタンに張り付いた美佐子のつけ爪を見て事件の真相に辿り着く…。

樫塚圭は先日他界した兄の遺品からロッカーの鍵を見つけ、そのロッカーを探し出してほしいと小五郎に依頼する。待ち合わせの日、小五郎は圭を装った男からメールをもらって外出。その間に男は事務所の人間として圭に会い、縛り上げた上に鍵の事をしつこく聞いてきたという。コナンは圭の証言を聞いてウソを見破るが…。

トイレを借りるため、圭の部屋に上がったコナンたち。この時、安室は部屋に盗聴器が仕掛けられている事に気付き、設置場所を突き止める事に。この後、小五郎は一室から男の遺体を見つけ、安室は圭が発覚を恐れて逃げたと推理。その頃、コナンは圭からもらったジュースを飲んで眠りに落ちていた…。

圭の本当の名前は浦川芹奈。銀行強盗犯に殺害された賢也の妹ではなく、同じ銀行に勤めていた彼女だった。芹奈は強盗犯３人に復讐しようと計画。事務所のトイレで発見された本物の圭は強盗犯の１人だった。強盗犯を倫子、栄絵、隆代という３人の女性に絞り込んだ芹奈。コナンは芹奈と３人の自宅を訪ねるが…。

倫子、栄絵、隆代の自宅を訪ねたコナンは誰が痩せた強盗犯かわかったが、教える事はできないと芹奈に伝える。コナンは芹奈が強盗犯を殺害して自殺すると考えていた。この後、コナンは自首すると約束した芹奈に誰が強盗犯か教える。そんなコナンの話を盗み聞きする人物がいた。それは拳銃を手にした痩せた強盗犯だった…。

キャンプ場で知り合った紺野宅司、純夏夫婦に自宅へ招待されるコナンたち。宅司と純夏は携帯を紛失した事に気付き、探しに行く。中庭で携帯を発見した歩美がリビングを覗き込むと、純夏が宅司にナイフを振り下ろそうとしていた。コナンたちがリビングに駆けつけると、そこには胸にナイフが刺さった純夏が倒れていた…。

携帯を届けに行った歩美の動画を偶然撮影していた哀。コナンはその動画を確認し、携帯に留守電が入っている事に気付く。コナンは留守電の最後に純夏が「止まった？」とおどけたように言った音声を聞き、今回の事故の真相に辿り着く。この後、手術は無事に終わり、純夏は数週間で退院できるとわかるが、宅司は姿を消して…。

小五郎、コナン、蘭は大浜海岸に出掛け、インストラクターの今岡汀からサーフィンを教わる。海から出たコナンたちは汀の夫、今岡海四郎と話をする。この後、低気圧の影響で海が荒れてサーフィンは中止に。翌朝、コナンたちは砂浜へ散歩に行き、汀の遺体を発見。小五郎は荒れた海で起きた不幸な事故と判断するが…。

長崎旅行に来た小五郎、コナン、蘭。そこでは探偵の坂本龍馬が殺人事件に挑むドラマの撮影が行われていた。だが脚本は未完成で、犯人不明のまま撮影を始めたという。脚本家の巽耕作はホテルから失踪してしまうが、翌日に脚本の続きを送ってくる。この後、スタッフの１人が殴られる事件が発生し、撮影現場に緊張が走る…。

コナンは蝶々夫人をオペラ歌手の三浦環さんと喜波貞子さんが演じた事を知り、蘭の役、みうら屋のお貞と何か関係があると確信する。警察はこの付近で目撃された巽耕作を犯人と疑う。そんな中、漣兆次郎が展望台近くで巽に殴られる事件が起きてしまう。翌日、コナンは撮影シーンを足掛かりに事件の真相に近づき…。

コナン、蘭は園子の知人の砂田善三の洋館を訪ね、温室にある金鯱サボテンを見せてもらう。そこに長男の康之と次男の尚樹が現れる。息子たちに遺産を渡さないと遺言状を書き直した善三。この後、コナンたちが温室の前に向かうと、そこには遺言状を手にした康之の姿。温室の中では善三が絶命していた…。

光彦たちは笛本隆策から高木の贈り物という小包を佐藤刑事に渡してほしいと頼まれる。中にはタブレット端末が入っており、そこには口にテープを貼られ、首にロープを巻かれた高木が映っていた。地上から数メートルの所にある板の上に縛られた高木は眠っていて、寝返りを打って下に落ちたら首が吊られる危険な状況だった…。

光彦は笛本の変な言葉遣いを思い出して佐藤に報告。コナンは北海道の方言と気付き、自殺者の１人、北海道出身の英語教師、ナタリー来間の関係者が高木を拉致したと判断する。そして、松本管理官はナタリーの遺体を引き取った英会話教室の上司、笛本隆策を被疑者に特定。佐藤たちは笛本が潜伏するマンションを訪ねるが…。

高木の足元の板の裏にセットされた時限爆弾。コナンたちは映像から高木がいるのは北海道と判断し、目暮と佐藤はヘリコプターに乗って北海道へ向かう。だが、映像を頼りに探しても高木を見つける事ができない。翌日、コナンは犯人が場所を特定されないように仕掛けたトリックを見破る。爆破の時間は刻一刻と迫っていた…。

コナンと哀、沖矢、高木刑事は出版社社長で編集長の勝本がマンションから落ちる現場に遭遇する。勝本は「俺を殺せるもんなら殺してみろ、部屋の扉を開けて待ってるぞ、返り討ちにしてやる」というメールを荻野、香、袖崎に一斉送信していた。３人は勝本を恨んでいて、３人の誰かが勝本を突き落した可能性が高かった。

目暮警部はコナンに促され、泡と湯気と煙の実験を行う。この実験によって３人に10分以上かかる犯行は不可能と判明。だが、コナンは３人が部屋を出た時の話を聞いて何かに気付く。そしてコナンは小五郎が貧乏学生の頃にやっていた事を思い出し、誰が犯人かを見破る。コナンは再度実験を行い、犯人を追い込んでいくが…。

爆発物が配達され、ケガ人が出る事件が２件発生。警察は犯人を逮捕し、残り１つの爆弾を配達中の配送車も特定するが、予期せぬトラブルが起きる。金融会社から金を強奪して逃走中の強盗犯が何も知らずに爆弾を積んだ配送車を盗んだのだ。コナンは少年探偵団と共に配送車を追跡するが…。爆発の時間は刻一刻と迫っていた。

コナンたちは阿笠と共に準備中のアイスフェスティバルの会場を見学する。氷彫刻家の塩田が作業中のメイン広場に村長の山口と秘書の小木が現れる。お祭りに否定的な山口はこの場所にレジャー施設を建設しようと計画していた。翌朝、氷でできたアイスホテルに泊まっていた山口が遺体となって発見される。

早朝、高木刑事はジョギング中の秀子を追い抜いた時にボストンバッグを拾う。中には３千万円が入っていた。間もなく、平沼という落とし主が現れる。だが、コナンは平沼のウソに気付いて現場を調べ、平沼がバッグを落とし、秀子に拾わせようとした事を見破る。２人は15年前に起きたある事件に関係していた…。

小五郎に彼氏の浮気調査を依頼した後、石段から落ちて他界した笹森薫。兄の隆司は薫の恋人だった柘植を疑っていた。　３ヵ月後、柘植から犯人を教えると連絡があり、小五郎はコナン、蘭と共に山中にある柘植のアトリエへ向かう。到着後、コナンたちはアトリエで頭から血を流して絶命した柘植を発見する。

蘭、園子、世良は路地で絶命している高市勲に気付く。高市は肝硬変による静脈瘤破裂で他界した可能性が高かったが、世良は地面の「死」という血文字を見て猟奇殺人と推理する。この現場は優作が唯一サジを投げた10年前の事件の現場と酷似。優作は「死」という文字を残す殺人犯は今後現れないと断言していたが…。

世良は新一に電話をして推理を聞こうと提案する。蘭は電話の最後に昴から頼まれた一言を新一に伝える。新一はその一言をヒントに事件の真相に辿り着き、今朝の事件の現場へ行ってくれと蘭に伝えて電話を切る。この後、コナンは新一から聞いたと前置きして、今回と10年前の事件の真相について語り始める…

アメ車を専門に扱う会社の社員が立て続けに襲われる事件が発生。小五郎は犯人の指示に従い、現金を入れたアタッシュケースを持って花見クルーズ舟に乗り込む。コナンは舟の行方を追う。犯人はケースを舟の屋根に載せろと小五郎に指示。この後、コナンが舟を見失った短時間の間に屋根の上にあったケースは消えてしまう…。

コナンと蘭は西澤のアパートを訪ね、バスタブの中で溺死した西澤を発見。パソコンからは遺書が発見され、目暮警部は自殺の可能性が高いと判断する。だが、奪われた現金が見つかるまで事件は解決していないと捜査を続ける小五郎。コナンは漁師に協力してもらい、犯人の逃走経路を推理。事件の真相へと辿り着く…。

京都にやってきたコナン、小五郎たち。この日から発売される梅はらの銘菓「京のとり」チョコ味200個が５店舗の土産物屋から全て消えてしまった。この日は先代社長の命日で、職人の１人は先代の祟りと考える。元々、小倉味だけだった「京のとり」。先代の社長は今の社長が発売した抹茶味を気に入ってなかったという。

コナン、小五郎、蘭は百合香の夫の健吾、友人の水町と共同経営する諏訪山ワイナリーへやってくる。施設にはレストラン経営の山口も契約を結ぶために訪れていた。健吾はワインの質を落とす事になると契約に反対しているという。この後、コナンたちは樽蔵で健吾の遺体を発見。警察は水町を犯人と疑うが…。

地区センターの花壇が荒らされる事件が発生。歩美たちが職員の岡村、山崎と花壇を修復していると、フラワーショップ経営の奥田が配達に来る。センターを逆恨みする奥田は岡村と山崎に絡んで揉め事に。午後10時、コナンたちは夜回りに来て頭から血を流した山崎の遺体を発見する。コナンは現場の不可解な点に気付いて…。

小五郎は、矢内みさきから姉のなぎさの自殺を調べ直してほしいと依頼される。高校、大学がある矢内清美学園。そこの大学生だったなぎさの首を吊った現場を目撃したのは演劇部顧問の児玉春恵とみさき自身。それでも、みさきは自殺ではないと信じていた。コナンは現場を見れば何かわかると考えて事件当時の状況を再現して…。

コナンたちは郊外の河原でUFOが墜落したという事件に遭遇。そしてUFOの下敷きになって圧死した岩淵の遺体が発見される。UFOは物理学博士の小沼が開発中のもの。コナンたちは小沼の研究所を調べ、徐々に衝撃の事実が明らかに。このUFO騒動は大蔵という金貸しの隠し資産が絡んだ複雑な事件だった…。

コナン、元太、光彦、歩美、哀は阿笠博士の車で群馬のキャンプ場にやってくる。元太と光彦、歩美、哀は焚き木を拾いに行く。その時、元太たちは男が女性の遺体を埋めている現場を目撃。元太たちは犯人に気付かれ、慌てて近くの山小屋へと逃げ込む。警察は女性の遺体を発見し、コナンは元太たちが事件に巻き込まれたと知る。

山村警部は宇佐木、米住、岩隈から事情を聞くが、誰が犯人か突き止める事ができない。この後、コナンと世良は阿笠の言葉をヒントに遺体の女性が指で何を示していたかに気付き、誰が犯人かを見破る。その頃、山小屋のドアの所にフードを被り、斧を持った謎の女性が現れる。謎の女性は斧を持ちながら元太たちに迫ってきて…。

コナンたちは行き先が謎のベルツリー急行に乗車。この列車には推理クイズが用意されているという。そして列車が東京駅を発車後、コナンは探偵役に選ばれたというカードに気付く。カードには７号車Ｂ室で起きる事件を捜査しろと書かれていた。コナンたちが７号車Ｂ室を覗き込むと、フードを被った男が銃を乗客の室橋に発砲する。この後、推理クイズはまだ発表前と判明。コナンは現実の事件と判断して７号車Ｂ室へ戻るが…。

８号車Ｂ室で絶命していた室橋。コナンは犯人がニセの指示カードで室橋を８号車に移動させた理由を考え、８号車でしかできないトリックを使ったと推理する。８号車は次郎吉の友人の資産家が家族でゆったり乗りたいとリクエストして作った車両。だが初運行の１ヶ月前、資産家のパーティーで火事が起き、一家はほとんど他界。生き残ったのは小蓑と住友と客人４人だけだった。小五郎は今回の事件は火事に絡んだ復讐劇と推理するが…

小五郎は今回の殺人事件は火事に絡んだ復讐劇と推理する。小五郎の推理通り、８号車Ａ室の能登、Ｃ室の安東、Ｄ室の小蓑、住友、Ｅ室の出波は火事の生存者だった。コナンはＥ室を訪ねた時に何かに気付いて事件の真相に近づく。その頃、６号車では火傷の男と世良が遭遇。世良は火傷の男を見て赤井と思い込むが…。この後、コナンは８号車の通路に皆を集め、小五郎に麻酔銃を発射。眠りの小五郎の推理ショーが幕を開ける…。

コナンが犯人を追い詰めている頃、６号車Ｅ室では工藤有希子とシャロン（ベルモット）が対峙していた。シャロンは哀を炙り出すため、８号車Ｂ室に発煙筒を用意。間もなく８号車Ｂ室から煙が立ち昇り、コナンたちは火災と勘違いして前の車両へと避難する。そして誰もいない８号車にシェリーの姿に戻った哀が現れる。シャロンは哀なら裏をかいて８号車へ向かうと考えていたのだ。そんな哀の前にバーボンが現れる。

園子の別荘にやってきたコナン、小五郎、蘭はひょんな事から知り合った大学生、桃園琴音の別荘へ。この後、石栗は自分の部屋に戻り、コナンも石栗の部屋で休む事に。しばらくすると石栗の部屋で大きな物音。その音で目覚めたコナンは絶命した石栗を発見する。ドアと窓は鍵がかかっていて、コナンは密室殺人と判断するが…。

横溝警部は事情聴取をして皆の行動を確認。桃園、梅島、高梨は昼食の前後に石栗の部屋に行っていた。高梨は石栗とケンカしたと告白。小五郎は３人には石栗を殺害する動機があると判断し、安室は皆に犯行の機会はあったと考える。コナンは新たに判明した現場の状況、蘭の証言から犯人のトリックを見破って…。

刑事時代の小五郎に逮捕された元銀行強盗犯、氷室は「今からアンタのせいで人が死ぬ」と電話で小五郎に予告する。その頃、氷室の手下だった沼尾が廃ビルから落下して即死。氷室は沼尾の裏切りによって逮捕され、小五郎は氷室が沼尾を恨んで殺害したと推理する。この後、小五郎は氷室の罠によって窮地に追い込まれて…。

路線バスに乗るコナン、阿笠博士、元太、歩美、光彦、哀。元太はビルの屋上で掴み合う男性２人に気付く。元太は１人が相手を屋上から突き落とす瞬間も目撃。元太がその瞬間を見たのは２時、緒方が落下してきてすぐに薫が119番通報したのは２時10分頃で、不思議な事に緒方が地面まで落ちるのに10分もかかっていた…。

工事現場の鉄パイプの下から絶命した猪俣が発見される。パイプを固定するバンドには人為的に切られた跡があり、小五郎は殺人事件と考える。高木刑事は関係者の金田、村瀬、野島から話を聞く。この後、ナイフが現場から発見され、小五郎はナイフの持ち主の金田を犯人と疑う。だが、コナンはもう一度現場の状況を調べて…。

コナン、平次らは自殺の可能性もある密室殺人事件を再調査する。そしてコナンたちは事件を解決。この事件には同じマンションに住む株ブローカーの布浦が絡んでいた。この後、コナンたちはエレベーター内で布浦が拳銃で自らのこめかみを撃ち抜く場面を目撃。高木刑事は自殺と判断するが、平次は他殺と断定する。

コナンと平次は容疑者の陸奥、余田、井筒の部屋を訪ね、誰が犯人かを見破る。そして小五郎の言葉をヒントにトリックの謎に気付くコナンと平次。この後、コナンと平次は高木に協力してもらい、布浦がエレベーター内で自らのこめかみを拳銃で撃ち抜く瞬間を再現。平次は皆の前でトリックを暴き、犯人を追いこんでいく…。

大滝警部は平蔵から頼まれ、家族が遺産相続で争う洋館へ向かう。コナンと平次は、小五郎、蘭、和葉と共に大滝を追う。洋館の一室に遺産相続で争う家族が集まり、蘭と和葉は自室で寝ている迫弥を呼びに行く。そして蘭たちは棺桶のフタを開けて絶叫。中には胸に杭が突き刺さり、血まみれの迫弥が横たわっていた。

依然として迫弥の行方はわからない。その時、実那、岸治、瑠莉、条平の携帯電話に迫弥から「食堂に集まれ」という一斉メールが届く。コナンと平次は迫弥の部屋を調べ、床下にある隠し通路を見つけ、心霊写真のトリックも見破る。そして、コナンと平次は古賀から意外な事実を聞き、ある人物が容疑者として浮かび上がる。

コナンと平次は岸治、瑠莉、実那、条平、古賀を集め、トリックの謎解きをする。コナンたちは迫弥を犯人の１人と考え、何時間も姿を見せない守与が共犯者と推理。その時、門番から森で人が亡くなっているという連絡が入る。森で縛り付けられ、絞殺されていたのは守与だった。この後、コナンたちは犯人の目星をつけるが…。

平次は群馬県警に連絡し、新たに殺人事件が起きたと報告。電話中、コナンは自分の膝に何かが付着している事に気付く。それは森で遺体を調べた時についた泥で、なぜか泥には塩が混ざっていた。コナンと平次は電話のやりとりから理由に気付き、犯人のトリックを見破るが…。犯人は新たなターゲットに襲い掛かって…。

能面美術館館長の命が狙われていると匿名の手紙を受け、小五郎、コナン、蘭は美術館を訪ねる。手紙の通り、モヨノ、清閑寺、誠之助は事故に見せかけて館長を殺害しようと試みるが、コナンたちが阻止する。そして赤座が毒殺される事件が発生。コナンはモヨノを犯人と疑い、共犯と知らず清閑寺にその事を話してしまい…。

古井戸付近で治三郎を殺害する次の仕掛けを確認していた誠之助は鬼女の面をつけた人物に殺害される。誠之助が井戸へ転落した拍子に仕掛けの滑車が回転し、囲炉裏の間の能人形が炭火に向かって倒れる。コナン、蘭、小五郎は炎に包まれる囲炉裏の間から逃げようとするが、出入り口は塞がれていて…。

静岡にある別荘にやってきた小五郎、コナン、蘭は別荘の持ち主のミステリー作家、海堂千賀、夫の海堂悠一、弟子の志村幸子に迎えられる。翌朝、別棟に宿泊したコナンたちは皆がいる母屋へ行き、別々の部屋で絶命した幸子、悠一、千賀を発見する。３人の死因は服毒死。使われた毒は全て異なり、それを聞いたコナンは…。

コーヒーショップで遥が持っていたプラチナチケットが盗まれ、その場に居合わせた園子と蘭が疑われる。翌日、濡れ衣を晴らした蘭と園子がコナンと共に店へ行くと、そこに遥が現れる。遥はこの店の従業員を犯人と疑っていた。コナンたちはバイトを休んだ雅子のアパートを訪ね、頭から血を流して息絶えた雅子を発見する…。

２日前、熊紋食品から、くまモンのぬいぐるみと機密データが入ったUSBメモリが盗まれる事件が発生。犯人はUSBメモリを入れたぬいぐるみと１千万円を交換すると取引場所を指定してくる。取引は中止になり、その時、ひょんな事から犯人とハーフの少年、高森ジャスティンのぬいぐるみがすり替わってしまう。

USBメモリが入ったぬいぐるみごとジャスティンを連れ去った犯人は１千万円を要求。取引場所は追って連絡するという。この後、ジェシカの夫、高森直人の会社が判明。直人は熊紋食品と同じ業界の大手、ヒゴフーズの社員だった。コナンと少年探偵団、井上はジャスティンを探し、徐々に犯人を追い込んでいくが…。

野良猫の大尉が冷蔵車のコンテナに乗り込んでしまう。コナンと光彦、元太、歩美、哀は助けようとコンテナに乗り込む。宅配業者AとBはコナンたちに気付かず車を出発させてしまう。コナンはコンテナ内に男性の遺体を発見していた。犯人はAとBの可能性が高く、コナンは外部に連絡して助けを求めようと考えるが…。

野良猫の大尉は喫茶店ポアロに餌をねだりに行くため、コナンは暗号を残したレシートを首輪に挟んでおけば、梓の目に留まると考える。大尉はコンテナの扉が開いた時に道路へと逃げていく。コナンは残った配達の荷物を調べ、阿笠博士の家に届けるケーキを見つける。コナンはこのケーキにもメッセージを仕込むが…。

宝石、赤面の人魚を奪うと怪盗キッドから犯行予告が届く。博物館の展示室には大きな水槽があり、赤面の人魚は水槽の中を泳ぐ亀の背中に貼り付けられていた。予告時間になると、突然、床のカーペットがテグス（糸）で捲り上がって水槽をすっかり覆い隠す。テグスが切れてカーペットが落下。水槽から亀と宝石は消えていた。

キッドの犯行予告時間に消えた宝石、赤面の人魚。コナンはカーペットが捲れ上がる直前に携帯の画面が真っ暗になったと蘭から聞いて何かに気付く。ある人物に変装して現場に残っているキッドは１つ大きな勘違いをしていた。コナンは事件の全貌を暴くため、小五郎に向けて麻酔銃を発射するが…。

コナン、小五郎、蘭は公園で絶命した広瀬ナナを発見。地面に「ナ」というダイイングメッセージが残されていた。ナナと会う約束をしていた婚約者の左門治は事件前にナナから元恋人の右田利彦と会うというメールが届いたと証言。ナナのメッセージは漢字の「右」か「左」を書く途中だった可能性が高く、右田と左門が容疑者に。

コナンたちは「どちらのスイーツでSHOW」の収録の観覧に行く。お題のフルーツでスイーツを作って対決する内容。フルーツは宝箱に詰められ、収録まで秘密にされていた。審査員の武木は誰かがチャンピオンの栗村にお題を事前に教えていると疑う。司会の剣崎が宝箱の鍵を開けると、武木の遺体が埋まっていた…。

コナンたちは倉庫前の防犯カメラの映像を確認する。前日の夜に倉庫にやってきたのはプロデューサーの樽岡、ADの降谷、フードコーディネーターの春日の３人。目暮警部は容疑者をこの３人に絞り込む。この後、コナンと世良は小五郎の何気ない会話をヒントに鍵を開けたトリックを見破り、誰が犯人なのかにも気付いて…。

小五郎、コナン、蘭は往年の大女優、白川美鈴の屋敷に招かれる。買い物から戻ったメイドの中西優香は家の前で事故を起こし、美鈴は優香に激怒する。この後、コナンは２階が火事になっている事に気付く。コナンたちは助けに向かうが美鈴は煙によって窒息死していた。皆は事故と考えるが、コナンは殺人事件と疑って…。

コナンは阿笠博士らとフィギュアフェスティバルにやってくる。そこに天才モデラー北島と恋人の麗香が現れる。隣ではモデラーの森下が展示をしていた。この後、会場控室で絶命した北島が発見される。控室にいたモデラー雑誌記者の広戸は取材に来たら絶命していたと証言。麗香、森下、広戸が容疑者に浮上するが…。

交通課の苗子の携帯に桜子から家政婦をしている家で人が死んでいると連絡が入る。コナンたちは伊丹永信の自宅へ。寝室で妻が首を吊って絶命、遺書が置かれていた。伊丹は妻と喧嘩した後、外出。帰宅後に遺体を発見したという。交通課の由美は自殺と考えるが、不審点に気付くコナン。そして現場の隣人は由美の元カレだった。

永信と桜子が出掛けた後、マンションに顔を隠した不審者が現れた事が判明。この後、遺書の筆跡鑑定の結果が出る。遺書を書いたのは間違いなく知代子本人だった。目暮は自殺したと判断。コナンは自殺ではなく、知代子は殺害されたと反論。この事件を解決する上で重要なのは乱れた字で書かれた遺書だった…。

コナン、蘭、園子は畠山財閥当主の畠山優と伊藤美帆の結婚式に出席する。美帆の弟、伊藤善文は幸せそうな美帆を見て感極まっていた。疲れた美帆が先に宿泊するコテージに戻った後、別荘の駐車場で胸を撃たれて息絶えた優が発見される。その時、川の向こう側からも銃声が…。そこでは美帆も胸を撃たれて絶命していた。

コナンと少年探偵団、阿笠博士は花見客で賑わう神社にやってくる。神社にはジョディも花見に来ていた。コナンたちはひょんな事から坂巻重守、弁崎桐平、段野頼子と知り合う。弁崎は２、３日前に赤井を見かけたという。この後、コナンの携帯に阿笠から電話がかかってくる。阿笠は殺人事件を目撃したとコナンに助けを求める。

探偵事務所に上南大学推理研究会OGの香織がやってくる。この日、同じ研究会のOB、OGの結婚を祝うパーティーが開かれるが、招待状に書かれた案内図の判じ絵が解けずに会場がわからないという。コナンは香織の不可解な１つの行動が気になっていた。そしてコナンは香織が何のために結婚パーティーに行くかに気付いて…。

探偵好きの英介の自宅に招待された小五郎、コナン、蘭。英介は小五郎の銅像を作る程、小五郎がお気に入りだった。怪盗Kに扮した英介は私を捕まえてみろと小五郎を挑発、鬼ごっこが始まる。そして、鬼ごっこ中に英介が息絶えた状態で発見され、目暮は事故死と判断。だが、コナンは事故に見せかけて殺害されたと疑って…。

コナンたちは浅川信平と一緒にいる時に信平の祖母、香奈恵と知り合う。香奈恵は犬と散歩していた。数日後、コナンたちは香奈恵の自宅を訪ね、殺害された香奈恵を発見する。香奈恵に借金していた信平が容疑者として浮上。現場の不審な点に気付いたコナンは香奈恵と犬の散歩コースで聞き込みを行い、事件の真相へと近づく…。

小五郎はバーテンダーの柚嬉から仕事中にポンという音がして、その直後に柚子の香りが漂うという奇妙な謎を解いて欲しいと依頼される。そして客の薄田が首を刺され窒息死する事件が発生。疑惑の目は会社の部下の実夏、初村、小暮に向けられる。コナンは3人が薄田の誕生日プレゼントとして持ってきた所持品に注目して…。

実夏、初村、小暮は凶器や毒物を所持しておらず、目暮たちは凶器や毒物を見つけるため、店内をもう一度調べ直す事に。コナンはふと天井を見上げて何かに気付く。そして小五郎の靴底にはガムのような事件の証拠品が付いていた。コナンはこの証拠品を足がかかりに犯人が薄田を殺害したトリックを見破って…。

大学生の留海から彼氏の摂津の浮気調査を依頼された世良。留海は摂津が元カノの和香と切れていないと疑っていた。蘭は世良に潜入捜査を頼まれ、留海たちとランチを食べる事に。だが、和香は集合場所に現れず、和香の部屋へ様子を見に行く。そして蘭はバスルームで倒れた和香を発見。和香は何者かに殺害されていた…。

コナンは写真を足掛かりに事件の真相に近づく。世良は自分と一緒にいた留海に犯行は不可能と訴えるが、蘭が見つけた遺体が和香じゃなかったら話は別と付け加える。世良は留海が和香の遺体に成りすましていたと仮定し、留海がどうやって和香を殺害したのか、そのトリックを暴いていくが…。その推理を聞いたコナンは…。

コナンと歩美、元太、光彦、哀はサッカー試合を観戦する。コナンはビッグ大阪FWの真田が左足ばかりシュートを打つ事を不思議に思う。真田は小4年の幸に向かって右手を立てる。幸の隣りにいる深沢は2人の様子を見て表情が強張る。コナンはこの3人に何かあったと察し、それが真田のプレーに影響していると考えるが…。

美月が女性を襲ってバッグを奪う連続強盗犯フード男に襲われる事件が発生。近くにいたコナン、小五郎、蘭はフード男を捕まえ、美月を助けるが…。この後、現場周辺で美月のルームメイト、陽子の遺体が発見される。コナンは他の被害者たちが財布ごと奪われたのに陽子だけ財布から現金のみ奪われた事に違和感を抱いて…。

コナン、小五郎、蘭、園子、世良が軽井沢のボウリング場で京極真と合流した直後、数学教師の道子が現れる。道子は連れの体育教師、丹波が酔って絡んだ事を京極に謝罪する。この後、駐車場の簡易トイレで丹波の遺体が発見される。山村警部は丹波に絡まれ、アリバイもない京極を犯人と決め付けて手錠をかけるが…。

道子は自分の妹と丹波が結婚の約束をしていた事を打ち明ける。だが、丹波の親が結婚を反対し、道子の妹は海に身を投げて入水自殺。すなみは道子の妹と同級生で親友だったという。コナンはゴミ箱からある物が発見されると、トイレの中を調べる。そして焦げた天井を見たコナンは丹波殺害の巧妙なトリックと犯人を見破って…。

次郎吉のもとにキッドから宝石グリーン・エンペラーを奪うという予告状が届く。次郎吉は400戦無敗の空手の達人、京極に警備を任せる事に。予告日、博物館の展示室では京極が首からグリーン・エンペラーをかけて1人で警護。キッドからは京極宛てに手紙が届き、コナンはこの手紙の意図するものを考えるが…。

博物館にキッドから大量の炙り出しの手紙が届き、コナンは目的を推理する。京極は展示室から皆を退去させ、入った者は敵と見なして制圧すると忠告。廊下に出たコナンは手紙を調べて何かに気付く。予告時間に館内の電気が消える。廊下には麻酔ガスが充満。機動隊員たちは次々に倒れ、コナンは防毒マスクに手を伸ばすが…。

コナンたちは隣のクラスの則也と知り合い、則也が泊まっている大学院生、敏成のアパートへ遊びに行く事に。アパート到着後、駐車場から戻ってきた敏成の叫び声が廊下から聞こえてくる。駆け付けると、隣の4号室ではフリーターの安富が胸と腹を刺されて事切れていた。コナンは3、4号室の状況から敏成を犯人と疑うが…。

高木はコンビニに聞き込みに行き、半年前の交通事故の時、現場から安富が走り去っていた事が明らかに。事故を起こした運転手は一命を取り留め、轢かれて他界したのが敏成の姉の美伽だった。コナンは敏成が犯人と改めて確信。コナンは則也の足のつねったような跡を突破口に敏成のアリバイトリックを見破って…。

海に来たコナン、元太、光彦、歩美、哀は滝口幸太郎、奈央夫妻と知り合い、停泊するクルーザーで食事をご馳走になる。幸太郎は自宅のプールで特訓して泳げるようになったという。幸太郎は海辺にいるコナンたちに手を振った後、海面へと飛び込むが溺れて他界。コナンは本当に幸太郎が泳げるようになったのか疑問を抱いて…。

喫茶ポアロが雑誌の取材を受け、店員の梓と三毛猫の大尉が雑誌に掲載される。すると雑誌を見て自分が大尉の飼い主という人物が現れる。コナンは3人も飼い主が現れたのは大尉が特別な三毛猫だからと気付いていた。そして、本物の飼い主は無事見つかるが…。後日、その飼い主が事件に巻き込まれてしまう…。

コナンたちは大尉に会いに行き、寝室で頭から血を流して倒れている会社社長の益子を発見。部屋は密室状態だった。佐藤刑事、高木刑事は現場の状況から事故と判断。この後、スナックママの露口、元社員の麻生、小説家の漆屋が部屋を訪ねていた事が判明。コナンは3人の話を聞いて犯人を見抜くと、密室トリックも見破って…。

蘭は空手部の先輩、弥生が住んでいるシェアハウスに遊びに行く。弥生は靖子、鈴木、克子とハウスをシェアしていた。この後、小五郎とコナンが蘭を迎えに来た時に2階の自分の部屋で首から血を流して絶命した克子が発見される。目暮警部は第一発見者で、克子を恨んでいる鈴木を犯人と疑うが、コナンは…。

世良はコナン、蘭、園子を連れて依頼人がいる貸し別荘へ。別荘には高校時代のアウトドア部の仲間が集まっていた。15年前、近くの別荘で妻が夫を刺殺する事件が発生。返り血を浴び、赤女と呼ばれる妻は今も逃走中だった。依頼は赤女にまつわるイタズラの犯人捜し。だがコナンと世良が森を調べている間に事件が起きて…。

薄谷の遺体が見つかり、長野県警の上原刑事は蘭たちが風呂場の湯気に気付いた後、風呂に入るまでの犯行と推理する。任田は薄谷を殺害したのは赤女しかいないと訴えるが…。捜査が進む中、コナンと世良はトマトと塩を使った実験をして犯人の見当をつける。この後、この世にいるはずのない赤女が貸し別荘に現れて…。

コナンたちは奇妙な事件の写真を確認し、上原は12年前に聡子が行方不明になった日の写真に注目。大和警部は赤女事件の現場にいた元警察官から新事実を聞き出す。大和から新事実を聞いたコナンと世良は自分たちの推理が正しいと確信し、薄谷を殺害した犯人とトリックを暴くが…。その時、窓の外から赤女が再び現れて…。

お笑い芸人のドドンパ六助は所属する天藤芸能社の社長、天藤英樹を殺害したと交番に自首してくる。だが、捜査を進めていくと、供述内容の矛盾が次々と発覚。そして本当の殺害時刻のアリバイも成立し、ドドンパの犯行は不可能とわかる。ドドンパは犯人になろうとした理由を打ち明けるが、コナンはある事が気になって…。

コナンは都合が良すぎるアリバイに違和感を抱き、ドドンパへの疑いを強める。そんな折、警視庁に犯人を名乗る女性らしき人物から電話がかかってくる。コナンはコンビニ店長、絵描きの泉から話を聞き、巧妙なアリバイトリックを見破る。コナンは関係者を集め小五郎に麻酔銃を発射。眠りの小五郎の推理ショーが幕を開ける…。

コナン、蘭、園子はホテル暮しをしている世良の部屋を見せてもらう事に。世良の部屋がある30階の廊下では編集者A、B、Cがホテルに缶詰めの小説家、火浦京伍の原稿を待っていた。この後、火浦の部屋の真下に部屋をとっていた助手の水無月千秋が殺害される事件が発生。火浦のアリバイは完璧だったが、コナンと世良は…。

水無月千秋がホテルで絞殺される。水無月のトランクからは消印が20年前のハガキが見つかる。差出人は火浦で、宛先は水無月ではなく、大田純という名前だった。それは火浦が連載する小説「電話と海と私」のヒロインの名前だった。この後、コナンと世良は高木の何気ない一言から火浦のアリバイトリックを見破って…。

町おこしイベントに協力するため、金沢にやってきた小五郎、コナン、蘭。コナンたちは観光連盟の谷本、宮澤、イベント会社の田所、倉西、秋山と共にツアー本番さながらに暗号を解きながらチェックポイントの観光地を巡るが…。そしてツアーが終盤に差し掛かった時、秋山が何者かに襲われる事件が起きてしまう…。

金沢21世紀美術館に到着後、コナンは秋山のカバンから落ちた4枚の暗号カードを確認。そして、コナンは秋山が新たに別の暗号を書き直した理由を推理する。コナンは秋山がカードに込めた本当のメッセージを読み取る。この後、コナンは秋山を襲った犯人を追い詰めるため、“逆ドッキリ”を仕掛けるが…。

公園に向かうコナンと元太、歩美、光彦、哀。その時、刑事たちに追われる怪しい男と衝突する。男が落とした手帳には「E2」と「麻」の文字。コナンは麻薬取引の日時、場所と推理。だが、完全に暗号が解けた訳ではなかった。光彦が暗号解読を協力して欲しいと平次に電話をかけ、協力して取引場所、目印を考えるが…。

麻薬の密売人の手帳を拾ったコナンたちは、大阪の平次と電話で連絡を取り、協力して暗号を解読。白いバラが待ち合わせの目印だったが、そこには強面の男、髪飾りの女、金髪に鼻ピアスのチャラ男の3人がいた。チャラ男は楽しそうに遠山和葉と話をしており、平次は不機嫌になる。そして取引時間から1分が経過して…。

コナンは元太、歩美、光彦、哀、阿笠博士と堤無津川凧揚げ大会に参加する。チーム少年探偵団とチームカフェ廉野が凧を揚げる順番になったが、凧を持って後退りしていた廉野は足を滑らせ、後ろ向きのまま堤無津川に。泳げない廉野は溺れ、救出されるが意識不明の重体。コナンは、これは事故ではなく事件だと睨む。

コナンは犯人とトリックを見破るが、それを裏付ける証拠がなかった。その時、哀と歩美が声をかける。哀は盗聴しようとした事を聞いたと伝え、歩美は携帯を紛失した事を告白。コナンは携帯に犯人の証拠が残っている事に期待する。容疑者に聞こえる声で、落とした携帯は録音中だったから拾った人の声が録れていると語って…。

コナンは阿笠博士、元太、歩美、光彦、哀とペンションを訪れ、経営する三姉妹に迎えられる。食事を終えた三女の樹里は薬がない事に気付き、恋人の雅彦が町の病院まで取りに行くが、病院から雅彦が来ていないという連絡がくる。コナンたちは行方不明になった雅彦を探しに行く事に。そして崖下で絶命した雅彦を発見する。

買い物帰りに姿を消した哀。哀は、仲良くなったミツルの自宅を訪ね、強盗に監禁されていた。猿ぐつわを噛まされた哀。口をガムテープで塞がれたミツル。付けっ放しのテレビで流れるニュースはミツルの元夫、檜垣直志が何者かに殺害されたという事件を報じていた。コナンは哀からの話を聞いてアリバイトリックを見破って…。

下校中のコナン、歩美、元太、光彦、哀の前に警官に追われる男が現れる。男は歩美を抱き上げて盾にし、何かを囁いた後、意識を失って昏倒。男の財布を調べると、政財界スキャンダルの記事が入っていた。千葉たちは男がこの事件絡みで生命を狙われている可能性もあると判断。コナンたち少年探偵団も事件を調べる事に…。

英理が入院し、コナンと蘭、小五郎がお見舞いに行く。病院には安室も来ていた。安室が訪ねた楠田陸道と同じ病院の個室には高坂樹理が入院していて、高校時代の同級生がお見舞いにやってくる。この後、廊下に樹理たちの悲鳴が聞こえ、病室では伶菜が絶命していた。コナンは犯人の目星をつけ、推理を巡らせる…。

杯戸中央病院で見舞い客の須東伶菜が殺害される事件が発生。死因は青酸系の毒物による窒息死だった。目暮警部たちは一緒に紅茶を飲んでいた同級生4人の中に犯人がいると睨む。蘭の何気ない一言を聞いて犯人が仕掛けたトリックの謎を解くコナン。伶菜がハーブティーに浮かべたレモンこそがトリックの肝だった。

コナン、蘭、歩美、光彦、元太、哀、阿笠博士は米花水族館にやってくる。ここは蘭にとって思い出の水族館で、新一の姿を思い出す…。新一が何かの匂いに気付いて辺りを見渡すと、ガソリンスタンドでバイトする朱本が絶命していた。朱本の携帯から電話やメールをしていた新一はその時に無視した3人から話を聞くが…。

新一と目暮警部は被害者、朱本が連絡していた尾城那穂、中桐鹿子、仁部浩大から話を聞く事に。3人はアリバイの証拠となる動画を見せ、目暮は人が撮った映像と判断。新一は犯人が明るい水中回廊で犯行に及んだ理由が気になる。この後、新一は何気ない蘭とのやりとりから理由に気付き、徐々に犯人を追い込んでいく…。

鈴木美術館でムンク展が開催される。学芸員、沼尻は「叫び」は確認を終え、運送しているという。しばらく後、沼尻は「叫び」を載せた車が突然消えたと報告。館長は国際問題になりかねない大事件と心配する。その直後、「叫び」を載せた車が遅れて到着。「叫び」は無事だった。新一は電話越しに事件の謎を解明する…。

小五郎は目暮警部に協力を要請され、強盗団を潜入捜査する事に。金庫破りの名人に変装した小五郎はボスのMr.ヘッドと対話。ヘッドは小五郎の正体に気付いていた。部下の中に息子を殺害した犯人がいるらしく、ヘッドはその犯人を特定しろと要求。タイムリミットまでに特定できなければ、殺し屋が蘭を殺害するという。

コナンと正体がバレた小五郎はアイズ、ノウズ、マウス、リップと共に、強盗団ボスのヘッドが待つ倉庫へ。ヘッドは息子を殺害した犯人を小五郎に暴いてもらうと伝える。1年前、息子のピンプルはカジノに潜入。そこで殺害されたのだ。防犯カメラの映像を見て不可解な点に気付いたコナンは小五郎にヒントを与えて…。

コナンたちは盗まれた自転車を見つけ出したシルバー探偵団の老人4人に出会う。翌日、黒田という若者が殺害される事件が発生。第一発見者はシルバー探偵団だった。光彦たちはお手柄が続いている事に違和感を抱き、シルバー探偵団を調べる。結成されたのはひと月前でメンバーを募集した頃に老女、城戸が事故死したという。

小五郎は失踪した画家の青木悟を探して欲しいと妻の碧から依頼される。コナンは最後に届いた、仄暗い海、浜辺に青白く輝く波が打ち寄せている幻想的な絵を見て、青木が富山湾にいると推理。水死体を発見する。民宿の主人の林の証言から犯人は青木の民宿の部屋を知っている人物と判断。3人が容疑者として浮上して…。

コナンはジョディと会い、楠田陸道の事を外部に漏らさないで欲しいと頼む。その時、ジョディは高木刑事から連絡を受け、知り合いで杯戸小学校教師の夏子が階段から突き落とされ、意識不明の重体になった事を知る。コナンは夏子が襲われたのは学校と推理。同僚の菅本、保護者の植野、神立から話を聞く事にするが…。

ジョディの知り合いの杯戸小学校教師、夏子が階段から突き落とされて意識不明の重体になる事件が発生。コナンたちは同僚の菅本、保護者の植野、神立からもう一度話を聞く。安室とコナンは夏子が採点した答案用紙の写真を確認し、誰が犯人かに気付いていた。この後、コナンと安室は写真を見せながら犯人の犯行を暴いて…。

ジョディとコナンは夏子の容態が悪化したと聞き病院へ。その頃、安室はキャメルに楠田の事を訊ねていた。キャメルが知らないと答えた直後にジョディがやってくる。キャメルは楠田が自殺した事は話してないと答えるが、そのジョディは変装したベルモットだった。ベルモットと合流した安室は赤井が生きていると推理して…。

安室は赤井が生きていると確信し、工藤邸にいる沖矢を訪ねる。来葉峠で頭を拳銃で撃たれ、車ごと焼かれた男性。安室は来葉峠の遺体は楠田と睨んでいた。その頃、ジョディもキャメルが運転する車で安室と同じ事を考えていた。間違いなく沖矢が赤井だと考えていた安室は、マスクを取ってくれと沖矢に要求して…。

来葉峠でジョディはキャメルが運転する車に乗り、公安から逃げていた。その時、赤井秀一が現れ、公安の車に発砲。ジョディたちは公安を振り切る事に成功するが、赤井はすぐに戻れと指示。その頃、工藤邸にいる安室に部下から連絡が入りタイヤを撃たれたと報告。赤井は公安から携帯を受け取り、安室と話し始める…。

コナンたちは園子の知り合いの近田詠美に会うため、彼女の高校にやってくる。詠美が同級生と開設した恋の相談窓口 織り姫クラブが設置した箱に事件予告の手紙が入れられていたという。詠美は「本日日没とともに、TBに死を！」という手紙が残っていた事を打ち明け、コナンたちは手分けして該当する生徒を探すが…。

羽田秀吉と勝又力の名人戦が開催される。2日目の対局直前、秀吉は女性スタッフから、妙な男から渡してくれと頼まれたという封筒を受け取る。手紙は恋人の宮本由美を誘拐したという脅迫状だった。秀吉は第一局の暗号文を解読してやってきた明治神宮でコナンたちと会う。コナンは第二局の暗号を解読して…。

名人戦中の羽田秀吉のもとに恋人の宮本由美を誘拐したという脅迫文が届く。コナンは第二局の暗号を解読し、幽霊坂にある墓地にやってくる。暗号が示しているのは福島正則の供養塔で、供養塔の裏の将棋盤には駒が接着剤で貼り付けられていた。コナンは哀たちの会話からこの暗号を解読。由美が杯戸町にいると確信して…。

コナンは蘭、園子とホテルのプールに遊びに行く。ホテルのオーナーの社長令嬢、永美はフィアンセの左巻が異母妹の浜香とデキていると疑っていた。この後、浜香は永美が首につけていたネックレスがない事に気付く。永美が1人で捜すと言って、皆にプールから上がるよう命じた後、ホテルのボーイが溺死した永美を発見して…。

ホテルのプールで大磯ファイナンス社長令嬢、永美の遺体が発見される。目暮はフィアンセの左巻、異母妹の浜香、ホテル支配人、豊島の行動を調べる事に。プールの受付スタッフは最初に戻ってきたのは豊島、次は左巻、最後は浜香だったと明かす。コナンと世良はプールの排水口と壁を見て誰が犯人かに気付く。

小五郎は気象予報士の関根康美と対談する。コナンたちが帰ろうとした時、パンという音が響き、続けてシューッという音。さらに康美の叫び声と落下音が聞こえてくる。駆けつけると、康美が絶命していた。小五郎は事故だと推理するが、コナンはADの浩子のイタズラを利用して康美を殺害した犯人がいると見破って…。

電話で2回殺害予告されたスーパー米花堂の店員、神崎。小五郎は神崎を恨んでいる人物はいないと判断するが、日曜、目出し帽の男が米花堂のマスコットキャラクター、ベカポンの着ぐるみに包丁を刺して逃げていく。刺されたのは神崎の代役で着ぐるみを着ていた下村だった。コナンは殺害予告時の話を聞いて真相に近づく…。

小五郎たちがファミレスで食事をしていると、ウエイターの染谷と同僚の梨元が激しい揉み合いになる。近くに座る小中千絵は何かに怯えたようにうつむいていた。3日後、高木刑事は染谷を警視庁まで連行するが、染谷が車内で暴れ、パトカーは大破。コナンたちは高木と染谷の事をニュースで知り、梨元に話を訊く事にする。

サッカーの帰り道、歩美は路地からアパートを眺める少年に気付く。声をかけると、少年はおばちゃんが殺害されたと泣き出す。部屋の中ではシナリオライターの駒井保江が首を括って絶命していた。コナンは足元に踏み台がない事から自殺に見せかけた殺害事件と推理。目暮は部屋に来た柴苅、阪場、幅中から話を聞いて…。

シナリオライターの駒井保江が自宅アパートで絶命していた。保江は3人の男が順番に来るが、帰った後、自分が出てこなかったら殺害されていると思うから警察に電話してと少年に頼んでいた。部屋に来た3人はそれぞれ自分が行った時には保江は絶命していたと証言。話を聞いたコナンはある事件を調べ、事件の真相に辿り着く。

何度も命を狙われ、身の危険を感じている女優の羽根木りょうから、依頼を受けた小五郎。任務はりょうを守る事、犯人を突き止める事だった。りょうと後輩のレイナが出演する番組のロケの翌日、2人が湖畔を散策する撮影が行われる。小五郎と民間SPチーフの土橋は警護を続けるが、一連の事件は狂言の可能性が出てきて…。

下校中、歩美が真壁邸を見ると、住人の真壁純が毛布に包んだ何かを運んでいた。真壁の顔や服には血が付着し、包まれていたのは生気のない妻の百合だった。歩美は真壁が百合を殺害したと疑い、元太たちと真壁邸へ。コナンは殺害されたとは限らないと指摘するが、若い女性と真壁の会話から事件の可能性もあると考え直して…。

ミステリー作家の上林長作が雑居ビルAと雑居ビルBの間の路地に転落死。目暮警部は窓が開いているビルAの廊下から落ちたと考える。そこに小五郎とコナンが偶然通りかかる。目暮は何か作業中に足を滑らせた事故死と判断するが、コナンは窓から外を見て、向かいのビルBの同じ位置にも窓がある事に気付いて…。

小五郎は女子大生の中居芙奈子からフリーターの彦根一真を捜して欲しいと依頼される。だが、芙奈子は彦根と知り合いではなく、小五郎はストーカーの手伝いはできないと断る。コナンが気になって跡を尾けると、芙奈子は彦根のアパートを訪ねていた。この後、コナンは彦根が残した犯罪計画書というノートを確認して…。

コナンはビル屋上から会社員の袋小路が落下する現場を目撃する。真下には会社員の小松が佇んでおり、直撃すれば危険な状態。コナンはボールを袋小路に向かって蹴り、袋小路はゴミの山に落ちて助かる。翌朝、目暮警部たちが捜査をしていた。目暮は、誰かが袋小路を屋上まで運んで落とした殺人未遂事件と考えていた。

放課後、コナンたちがサッカーの練習をするため、阿笠博士の知り合いの屋敷の跡地へ向かうと、警察が捜査をしていた。跡地にあるプールで男性の遺体が発見されたという。跡地に入るには門を通らなければならず、最後に開けられたのは3日前。だが、死亡推定時刻は昨夜の日付が変わる前。事件は屋根のない密室で起きていた。

闇金会社社長、佐伯建造と妻、弘子の5歳になる娘の礼奈が誘拐された。犯人は警察に知らせたら娘の命はないと警告し、身代金1億円を米花中央公園に持ってこいと要求。運搬役として指名したのは家政婦の鈴子だった。目暮は身代金を入れたバッグ、車の下、鈴子のブローチに発信機を付けたが、誘拐犯はそれを見越していて…。

小五郎はコナンと蘭を連れて鳥取にやってくる。砂の美術館へ行った後、倉吉へと移動し、鳥取県警の山根と共に地元の名家、熊堂家に行ってみる事に。家の居間では長男の妻、修子が両手両足を縛られていた。翌朝、コナンたちは当主の熊堂巌、長女の万亀江、長男の惣一、次男の淳二のアリバイを調べるが…。

鳥取の名家、熊堂家から家宝の香炉が盗まれた。小五郎は巌、万亀江、惣一、淳二という熊堂家の誰かが犯人と推理。コナンは直美のわざとらしいアリバイが引っかかり、直美の伯父、足立が働くなしっこ館を訪ねる。コナンは足立から修子が弱みを握られている状況を知り、修子が縛られていた訳に気付く。

4日前、2日前と2日に1回、異なる児童公園で放火事件が発生していた。コナンたちは、放火魔を捕まえようと去年と同じ現場を張り込んでいたフリーター、釜石と共に調査を行う。事件を洗い直すため現場となった公園へ向かうと、看板や広告の文字が赤く囲まれていた。コナンは一連の印が何を意味しているかに気付いて…。

コナンはブレーキが効かずに暴走した車の事故を防ぐ。何者かがブレーキホースに穴を開けていて、警察は殺人未遂事件として捜査を進める。運転していた細尾は所有する二表の面を市川海老蔵に渡しに行く途中だった。海老蔵は来月上演する「七つ面」でこの面を使うという。頭取の松原は預かった面をロッカーに保管するが…。

金子に会いに行く途中で拉致されたコナンが目覚めると、そこは取り壊し作業真っ只中のビルの中だった。コナンは携帯がない事に気付き、DBバッジのスイッチを入れるが無反応。自力で脱出を図ろうとする。蘭たちはコナンと連絡が取れないため、GPSを使ってコナンの携帯の位置を確認。路地に落ちている携帯を発見する。

小五郎、コナン、蘭は人気腹話術師の天願リイチのライブにやってくる。小五郎は天願から仕事を依頼されたのだ。ライブの演目は相棒の人形に魂を乗っ取られた腹話術師が妻を殺害するという内容だった。ライブ後、小五郎たちが楽屋に向かうと、天願の弟子、登川春臣と天願の妻、天願和子の会話が聞こえてくる。

人気腹話術師の天願の妻、和子がトロフィーで殴られて殺害される。天願は多重人格に陥り、和子を殺害しろと命じる人形の人格が出現していた。天願は意識がない時に殺害したかもしれないと自白する。だが、目暮警部は現場の状況から和子と浮気した天願の弟子の登川を容疑者と疑う。

コナンは蘭、小五郎、平次、和葉と長野の旅館を訪れる。平次は名物の葛湯を飲んだ後、写真を小五郎に見せる。それは鎌を背負った人物が露天風呂の湯の上を走っている写真だった。平次は人を切りつける妖怪の鎌イタチに似ていると指摘。その時、この写真を雑誌に掲載したライターの中間、ライバル誌ライターの小柳が現れる。

コナン、蘭、小五郎、平次、和葉は妖怪、鎌イタチの写真が撮影された旅館を訪れる。旅館にはライターの中間、小柳も取材に来ていた。そして、暗闇の蔵の中で平次、小五郎、小柳が肌を切られ、皆の脳裏に鎌イタチの事がよぎる。この後、女将の高美の義父、盆蔵が離れで殺害される。盆蔵の胸には鎌が刺さっていた。

長野観光に来た小五郎、コナン、蘭は川中島古戦場跡を見学。そこに事件の聞き込みをしていた大和警部、上原刑事、諸伏警部が現れ、その直後に三枝警部、鹿野警部補、秋山巡査部長もやってくる。これから強盗犯の潜伏先に行くという三枝、鹿野、秋山。待ち合わせた班長の竹田警部が来ないらしく、3人は現場に踏み込む事に。

長野観光に来た小五郎、コナン、蘭は長野県警の竹田警部が殺害される事件に遭遇。そして、自宅で首を吊った鹿野警部補も発見される。大和警部の携帯には鹿野から「我は毘沙門天 啄木鳥を滅ぼす 軍神なり」というメールが届いていた。大和は鹿野を床に降ろすが、すでに鹿野は絶命。鹿野の額にもXの印がつけられていた。

長野県警の竹田警部、鹿野警部補、秋山巡査部長が次々と殺害される事件が起きる。黒田捜査一課長は現場の状況から3人を殺害した容疑で大和警部を指名手配する。予告通りなら、犯人はあと2人の命を狙おうとしていた。コナンは手がかりを探すため、半年前の銀行立てこもり事件の話を由衣刑事から聞く。

朝、コナンは小五郎、蘭と一緒に喫茶ポアロに行ってモーニングセットを食べる。安室透がサンドイッチを作り終えると、店員の榎本梓はそのサンドイッチを男性客に運ぶ。男性客はハムサンドを食べた後、すぐにカウンターにいる安室を見る。コナンはこの不審な行動をとる男性客の事が気になっていた。

コナン、元太、光彦、歩美、灰原は阿笠博士と一緒にホテルベイカーウエストのケーキバイキングにやってくる。コナンたちがケーキを食べていると、プチファルコン（小さな玩具のヘリコプター）が飛んでくる。元太のケーキの上に落ちたプチファルコンは女優の北見沙弥のものだった。

コナンたちはホテルでブログ人気ランキングを争う女優の北見沙弥、庄野杏奈と知り合う。そして、沙弥の秘密をブログに載せている杏奈が密室で殺害される事件が発生。コナンは現場の状況、行動から沙弥が犯人と睨む。コナンは504号室で沙弥から話を聞き、杏奈の部屋に入った方法と凶器の目星をつける。

夜、OLの中島亜里紗とトリュンペルマン・スーザンが米妙寺へ続く石段を歩いていると、全身を青白く光らせた異形の生物が出現。その生物は宇宙人と名乗り、亜里紗は笑いながら宇宙人とスーザンが並ぶ動画を撮影する。その時、石段の上の方から「宇宙人だ」と驚く男性の声が聞こえてくる。

小五郎は鳥海コンツェルンの御曹司、鳥海から失踪した婚約者、元子の捜索を依頼される。小五郎とコナンが捜査をすると、3日前の夜に元子は大家に引っ越しする事、会社の上司に仕事を辞める事を電話で伝えていた。聞き込みは順調に進み、コナンたちは最後の接触者と思われる老人のしげみに会って話を聞く。

小五郎が人気アイドル歌手リサのボディガードを頼まれ、コナンと蘭はライブを鑑賞する。そしてライブ開始直後、仮面を被った2人組がリサを誘拐しようとする事件が発生。混乱の中、同じコスプレ姿の蘭がリサに間違われて誘拐される。小五郎とコナンは犯人を追うが途中で見失って…。

蘭が人気アイドル歌手リサに間違われて誘拐される。犯人の竹山と伊原のアジトにはリサとグルになって誘拐を仕組んだSNSのやりとりが残っていた。だが、コナンはリサになりすました別の共犯者がいると睨む。竹山は蘭を閉じ込めた冷蔵庫を山中に不法投棄する。冷蔵庫が密閉されていれば、酸素がなくなる危険な状況で…。

小五郎、コナン、蘭は温泉帰りに台風に遭遇し、セールスマンの穂刈、工場経営者の武上、バックパッカーのカール、議員秘書の紀子、近所に住む老人のふね、駅長の稲垣、駅員の雅子という7人と駅で一晩過ごす事に。小五郎は駅の温泉から出た後、上着のポケットに紙切れが入っている事に気付く。

米花金融から3千万円を強奪した宍戸は2時間後に事故死。宍戸は事故前に3千万円をどこかに隠していた。小五郎は曇柄寺の住職、了全から建て替え工事を中止しろと脅迫電話をかけてきた犯人を捜してほしいと依頼される。小五郎は脅迫電話と消えた3千万円に接点があると睨み、様々な推理を展開するが…。

米花金融から3千万円を強奪した宍戸は2時間後に事故死。宍戸は事故前に3千万円をどこかに隠していた。小五郎は曇柄寺の住職、了全から建て替え工事を中止しろと脅迫電話をかけてきた犯人を捜してほしいと依頼される。小五郎は脅迫電話と消えた3千万円に接点があると睨み、様々な推理を展開するが…。

レストランの倉庫でオーナーの飛鳥の遺体が発見され、コナンはソムリエ山田、ウエイター鴻江、ウエイトレス嶺子の中に犯人がいると睨む。目暮警部は第1発見者の比護とヨーコへの疑いを強める。コナンは飛鳥が寝ていた時にかけていた毛布の不審な点に気付き、嶺子たちの証言を思い出して事件の真相に近づく…。

豪雨の中、コナンら少年探偵団はトイレを借りるため、森にある洋館を訪ねる。コナンは館にいたアニキとノッポと話して2人が住人ではなく強盗だと気付く。探偵団はナイフを持った強盗2人から逃げながら縛られた住人の雨宮真樹を救出。コナンたちは真樹と一緒に家の中を逃げ回る。夫の雨宮翔はどこにいるかわからなかった。

小五郎、コナン、蘭は海と池が繋がり、潮の満ち引きで景色が変わる公園にやってくる。コナンは潮が引いて現れた沈下橋に倒れている男性を発見。遺体の首には絞められた痕があり、小五郎は事件と事故、両方の可能性を探る。公園管理人の丹波は朝の引き潮の時、遺体はなかったと証言して…。

小五郎、コナン、蘭は事故の現場に遭遇する。八木沼が立体駐車場の非常階段から転落して絶命したのだ。階段の上にいた美咲は八木沼が襲ってきたと証言。1週間前、美咲の自宅に侵入した八木沼は美咲の夫、滝沢彰を殺害し、金庫から1億円相当の宝石を強奪。小五郎は八木沼が口封じで美咲を襲ったと推理するが…。

コナン、蘭、園子は世良が行きつけのラーメン店に案内される。その店は移転前に毒殺事件があった「ラーメン小倉」だった。店内では常連客の荘野由奈、水科宗輔、仲西修が食事をしていた。コナンは調味料をたくさん使う3人の行動を不思議に思う。3人が帰った後、店員の彩代は先日、近くで強盗殺人事件があったと明かす。

1週間前、頓田を殺害後、「ラーメン小倉」に逃げ込んだ犯人。容疑者はその時、店にいた常連客の荘野、水科、仲西に絞られる。事件後、犯人とすれ違った由美の元カレ、羽田は犯人が走る度に奇妙な音がしたと証言。コナンは羽田の話を聞いて何かを閃く。そして、コナンと世良は店にあるトイレの給水タンクを調べ…。

米戸橋近くの河原でUFOの目撃情報があり、コナンたちは河原にUFO観測に行く。その頃、「おもちゃのながい」店主の長井は借金取り立て屋の大城を米戸橋へ連れていく。この後、河原にいたコナンたちはブーメラン型の玩具と大城の遺体を発見。コナンはUFO騒動の真相に気付いて…。

小五郎、コナン、蘭がゾンビ映画のロケ地の貸し別荘を見に行くと、そこに平次、和葉が現れる。あるカップルがこの別荘付近で首の骨が折れたゾンビを轢いたらしく、平次は真相を確かめにきたのだ。この後、ゾンビ映画の続編の予告を撮るために映画スタッフたちもやってくる。撮影中、プロデューサーの原脇がいなくなり…。

コナンたちはゾンビ映画のロケ地の貸し別荘で絶命したプロデューサーの原脇を発見。スマホには原脇が青酸カリを飲む動画が残っていた。車を運転できるのは亡くなった原脇のみ。携帯の電波も圏外のため、コナンたちは警察を呼ぶ事ができない。夜、腹痛で寝込む小五郎は別荘の周りにゾンビがいると蘭と和葉に伝える。

ゾンビ映画のロケ地の別荘で原脇の遺体に続き、絶命した恭子が発見される。スマホには恭子がゾンビのような原脇に首を噛まれる動画が残っていて、部屋からは原脇の遺体が消えていた。コナンと平次は今回の事件と8年前の事件は関係があると考える。そして、洋服ダンスの仕掛けからトリック、犯人を見破って…。

小五郎は拳銃を持った強盗犯を追って建物の屋上へ。結局、警察が強盗犯を逮捕するが、強盗犯は逃走中に拳銃を捨てた事が判明する。高い所がダメな小五郎は発砲された恐怖も重なり、軽いショック状態に。2日後、詐欺容疑の先物取引グループ代表の榊が保釈直後に肩と足を撃たれる。この拳銃は強盗犯が捨てたものだった。

小五郎とコナンは秘書の深海が金融業経営者の宝田に包丁を突き刺している現場を目撃する。だが、すでに遺体は絞殺されて2時間が経過。小五郎は深海が息絶えていると気付かずに刺したと考える。宝田は殺人予告が届いたと小五郎を呼んでいたのだ。目暮警部は金融の被害者が宝田に復讐したと推理して…。

小五郎、コナンは深海が宝田に包丁を突き刺す現場を目撃するが、すでに遺体は絞殺されて2時間が経過。深海は息絶えていると気付かずに刺したのだ。妻の美香はアリバイがなく、物証も見つかって絞殺した容疑者に浮上。これで宝田の遺産は鮫二が相続する事に。コナンは鮫二が美香をハメたと疑い、鮫二にカマをかける。

蘭、園子、世良は女子高生バンド結成に向け、コナン、安室と共に貸しスタジオへ練習に行く。ここでコナンたちはガールズバンドのギターの染花、ベース&ボーカルの唯子、キーボードの留海、ドラムの萩江を見かける。この後、スタジオで仮眠していた萩江が絞殺される事件が発生。メンバー3人が容疑者として疑われるが…。

スタジオでガールズバンドの萩江が絞殺される事件が発生。バンドメンバーの染花、唯子、留海が犯人と疑われる。目暮は萩江が他のバンドとよく揉めていたと知り、外部の犯行もあると考える。コナンは3人から話を聞いた後、スタジオでの練習風景の動画を確認。コナン、世良、安室は映像を見て事件の真相に近づく。

コナン、蘭、園子は国内最大の熱気球大会にやってくる。レース中、チャンピオンの水口慎吾の気球に奥田晃宏の気球が激突し、水口の気球はどんどん落下していく。その時、妻の水口有紗が気球から墜落して絶命。レース前、水口と奥田がケンカしていたため、警察は奥田が故意に水口の気球にぶつかったと疑う。

小五郎、コナン、蘭は山をハイキング中、唸り声のような天狗の声を耳にする。麓の民宿に宿泊したコナンたちは翌朝、町の指定史跡、天狗の洞窟を見学する事に。この時、コナンは天狗のお面をつけ、天狗の祠の下で首を吊っている遺体を発見。それは町長の真山だった。小五郎は洞窟に誰もいない状況から自殺と判断するが…。

OLの純子は頓比町の殺人事件の容疑者として逮捕される。純子は被害者の勝井から金銭をタカられ、耐えられずに犯行に及んだという。だが、小五郎は犯行時刻に米花町で純子を目撃。頓比町と米花町は車で1時間の距離にあり、小五郎は純子の犯行は不可能と目暮警部に伝える。アリバイは成立し、純子は釈放されるが…。

雨の中、裏通りから鈍い音が響く。小五郎とコナンが駆け付けると、交差点付近に停まる車の運転席で菊池が気絶。前方では血を流した堤が絶命していた。目を覚ました菊池は堤の遺体を見て愕然となる。菊池と堤は会社の元同僚だった。この後、堤の上着から遺書が発見され、小五郎は飛び出し事故ではなく、自殺と判断するが…。

小五郎はコナン、恵を車に乗せて海沿いの国道を走る。半年前、礼美が自宅アパートで首を吊って自殺。隣に住んでいた恵は礼美の自殺を阻止できなかった自分を責めていた。偽名を使って借金取りから逃げ回っていた礼美。コナンは最後だけ本名で部屋を借りた事に疑問を抱く。コナンは他にも不可解な点に気付いて…。

コナン、歩美、光彦、元太、哀は阿笠博士と共に米花デパートへ行く。この時、最上階にある高級レストランの料理長、細越が階段の所でクレーマーに腹部を刺される事件が発生。コナンは犯人が階段を使って逃走したと別々の階にいた元太、光彦、歩美に連絡。逃走する犯人を見た元太、光彦、歩美だが目撃情報は三者三様で…。

米花デパートでレストラン料理長の細越がクレーマーに刺される事件が発生。容疑者はフリーターの鎌屋、主婦の充子、シェフの宮台の3人に絞られる。犯人を見た元太、光彦、歩美だったが証言はバラバラ。コナンは改めて元太たちと話し、目撃した時の状況を詳しく聞く。そして証言が食い違った理由、誰が犯人なのかを見破る。

暗闇の中、コナンはふいに目覚める。歩美たちと買い物に行く途中、ビルの一室で金庫をこじ開ける人影を目撃したコナン。この時、コナンは犯人に襲われ、長方形の箱に閉じ込められたのだ。その頃、小五郎は依頼を受け、唐橋グループ会長、唐橋剛太郎の遺言状を盗んだ犯人を捜していた。

コナンは金庫破りの犯人に襲われ、棺桶に閉じ込められる。小五郎は剛太郎の遺言状を盗んだ犯人を捜し、容疑者を3人の子供たちに絞る。光彦は蘭から小五郎が依頼された事件の話を聞き、コナンが目撃した盗難事件と関係があると推理。哀たちは剛太郎の棺桶にコナンがいる事に気付くが、すでに霊柩車は火葬場に向かっていて…

千葉刑事は3ヶ月前に起きた不可思議な事件を捜査していた。杯戸高校の敷地内で顔をコンクリにめり込ませて窒息死していた雑誌編集者の中津。遺体と一緒にコンクリで倒れていたUFOマニアの朽木に容疑がかけられる。朽木は容疑を否認し、UFOから降りて来た宇宙人が浮いたまま中津を殺害したと証言する。

顔をコンクリにめり込ませて窒息死した中津。一緒に倒れていた朽木は容疑を否認し、UFOから降りて来た宇宙人が中津を殺害したと証言。防犯カメラにもUFOのような影が映っていた。コナンは千葉刑事らと朽木の家を訪ね、朽木から話を聞く。この時、コナンは部屋であるモノを見つけ、朽木の不可解な行動の理由に気付く。

由美は将棋の王将戦のニュースを見て、羽田が棋士だった事を初めて知る。数年前に羽田から封筒を渡され、7つ揃うまで開けないで欲しいと言われた由美。一緒にいた佐藤刑事は封筒の中身を婚姻届と推測。今朝、由美は封筒を挟んだ雑誌をゴミ捨て場に出していた。由美たちはすぐにゴミ捨て場に行くが、雑誌はなくなっていた。

管理人の八塚は封筒に入った婚姻届を隠し、パソコンに8ケタの数字のパスワードを仕掛ける。部屋にあった暗号を解いて8ケタの数字を入力すれば封筒の在処を知る事ができるのだ。コナンは1枚では成立しない暗号かもしれないと考え、皆ともう1枚の暗号を探す事に。途中、由美は暗号の紙が直書ではなくコピーだと気付く。

小五郎はコナン、蘭を連れて大分の別府温泉にやってくる。小五郎の本当の目的は旅行ではなく、失踪した仲代電気の社長令嬢、仲代麻奈美を見つけ出す事。麻奈美は別府にいる元恋人の早見裕之に会いに来ている可能性が高かった。同じ頃、佐藤刑事たちは大分で拳銃強盗の犯人を追っていた…。

仲代電気の社長令嬢、麻奈美が誘拐され、身代金1億円入りのバッグは誘拐犯の荻久保竜次がドローンで持ち去る。佐藤刑事たちも拳銃強盗犯として荻久保を追っていた。荻久保は共犯の裕之と落ち合い、身代金を山分けするという。佐藤たちは裕之と落ち合う前に荻久保を逮捕するが、バッグの1億円はいつの間にか消えていた。

蘭は桜を見て工藤新一と出会った時の事を思い出す。13年前、蘭は保育園で同じ組の男子にいじめられる。そんな蘭に声をかけてきたのが入園したばかりの新一だった。歌の時間、新一は保育士の江舟が蘭をずっと見ている事に気付いて訝しむ。この後も新一は蘭をひいきする江舟の行動をあやしいと感じる。

13年前、保育園で出会った新一と蘭。新一は蘭をひいきする保育士、江舟の不審な行動を優作と有希子に教える。優作は江舟の不可解な行動の理由に思考を巡らせる。翌日、変装した優作は園児たちの様子を見に行き、停車中のバンの中で運転手が園児の写真を撮り、ニタリと笑う姿を目撃する。

コナンと園子は京極が稽古をする大阪の道場にやってくる。館長の高見は京極の恩人だった。コナンたちが少年部の稽古を見学していると、梶芳が契約書のサインをもらいにやってくる。この後、道場の展示コーナーに置かれた大切な黒帯が盗まれる。犯人と疑われた京極は高見に試合を申し込み…。

小五郎、コナンはマンション4階の部屋の前にいる早紀の友人の舞子、管理人の吉江、宅配員の松田から助けを求められて部屋を調べる。そして住人の前原と妻の早紀の遺体を発見。目暮警部は現場の状況や皆の証言から強盗を装った早紀が前原を殺害後、被害者のフリをしようとした時に過って窒息死したと推理する。

高級住宅街にある公園で迷惑男の天城の遺体が発見される。遺体の傍らには血痕が付着した町内会長、番藤の診察カードが落ちていて、目暮たちは番藤の自宅に話を聞きに行くが…。番藤は酒に混ぜた農薬を飲んで服毒死していた。高木刑事と千葉刑事は番藤が天城を刺殺後、観念して自決したと推理するが…。

刺殺された迷惑男の天城の遺体が発見され、容疑者の町内会長、番藤も農薬を飲んで自決。番藤が天城を刺殺後、観念して自決したと思われたが…。今度は番藤の自宅で発見された遺留品から大学講師の千野が2人を殺害した容疑者に浮上する。だが、コナンは不可解な点に気付き、真犯人が千野をハメたと睨む。

雲丸山を登山するコナンたちは宿泊する山小屋で栄子、芦塚、林田、岳美と知り合う。4人は3年前に事故で転落死した登山サークルの仲間、元木の命日で集まっていた。翌朝、1人だけ崖下のテントで寝ていた岳美が殺害された状態で発見される。夜中に近くの山にデータを取りに行った気象観測所員の林田が犯人と疑われるが…

小五郎は空き巣の犯人を捕まえてほしいと純子に依頼される。その時、マンション裏の駐車場で純子の隣りに住む北上の遺体が発見される。小五郎は北上が自宅の704号室から泥酔して転落死した事故と推理。目暮警部たちは704号室を調べ、コナンは防犯対策が万全だった北上が玄関の鍵をかけていなかった事に疑問を持つ。

不動産社長の樋山は阿笠が開発したハサミを持ったまま殺害され、コナンと沖矢は阿笠に同行して現場にやってくる。第一発見者は元駄菓子屋の仙波。この事件は被害者がハサミを持っていた点、現場の蛇口が開きっ放しだった点など、17年前の未解決事件に酷似していた。

不動産社長の樋山がハサミを持ったまま殺害される。この事件は現場の状況が17年前の未解決事件に酷似していた。コナンと沖矢は第一発見者の元駄菓子屋の仙波が犯人で間違いないと考えるものの、凶器とそれを現場の離れに持ち込んだ方法まではわからずにいた。この後、コナンたちは玄関のボディーガード2人から話を聞き…

小五郎は霊魂探偵の堀田と対談する事になり、打ち合わせのためにコナンとホテルに向かう。小五郎たちは東都テレビの古栗と合流後、堀田の部屋を訪ねるが応答はなし。午前9時頃、小五郎たちはホテルボーイに鍵を開けてもらって部屋に入る。小五郎はベランダから何者かが逃げる人影を目撃。ベッドでは堀田が絶命していた…。

小五郎とコナン、東都テレビの古栗は霊魂探偵の堀田が宿泊するホテルの402号室を訪ね、逃げる犯人と殺害された堀田を発見する。コナンは402号室のドアを開けた時の事を思い出しながら部屋の気になる所を調べる。コナンと世良はすでに犯人の目星をつけていた。

小久保衛は伯母の小久保直子の自宅を訪ね、殺害された直子を発見する。直子はメイドの恵美と2人暮らし。犯行時刻、恵美は買い物していて家にいなかった。珍しい古書を集めていた直子は古書店主人の狭山から贋物を買っていた事が判明する。目暮警部は衛、恵美、狭山の中の誰かが犯人と考えるが、3人にはアリバイがあった。

コナン、蘭、園子、沖矢はミュージシャン、波土のライブのリハーサルの見学に。波土は１７年前に作った曲「ＡＳＡＣＡ」を新曲としてライブでお披露目するらしく、コナンと沖矢の脳裏にＲＵＭの事がよぎる。波土は作詞中のため、コナンたちは会場に入れず、マネージャーの佳苗、レコード会社社長の布施、雑誌記者の梶谷と話していると、安室と梓もやってくる。この後、消防員たちがステージ上で首を吊って絶命した波土を発見して…

ライブ会場のステージ上で絶命した状態で発見されたミュージシャンの波土。目暮警部は佳苗、布施、梶谷を容疑者と考える。コナンは波土の免許証、蘭の足元に並ぶ証拠品のロープを見てハッとなる。この後、コナンは梶谷が撮影した会場に入る波土の顔を見て、ある事に気付く。コナンは現場からなくなった物を確認した後、安室、沖矢とステージ上を調べて事件の真相、犯人が被害者を釣りあげたトリックを見破って…

コナンたちは玉木古書店店主、玉木裕次郎と息子の一朗が言い争う現場に偶然立ち会う。店は老朽化し、一朗は裕次郎に早く店を畳んでほしいと思っていた。後日、コナンたちは古書店の横にある公園にやってくる。この後、コナンたちは古書店の本棚が将棋倒しになっている事に気付く。裕次郎は本棚の下敷きになって倒れていた…

コナン、灰原、歩美、元太、光彦は阿笠博士の知り合いの別荘に遊びに行き、ケガをした凄腕ハッカーの伊勢原を発見。伊勢原はゾロと呼ばれる強盗犯、溝呂木の仲間だったが、裏切り者として命を狙われていた。コナンはそんな伊勢原を助け、追ってくる溝呂木と仲間から必死に逃げるが、断崖絶壁に追いつめられる。

コナンは伊勢原と一緒に逃げるが2人とも断崖絶壁から落下する。伊勢原と断崖から落下中、コナンはベルトからサッカーボールを噴出。コナンはこのボールを使い、伊勢原と断崖の真下にある洞窟へ転がり込んでいた。コナンは伊勢原に協力してもらい、溝呂木の新たな犯行を阻止しようとするが…。

今年は織田信長が岐阜に入城して450年目。コナン、歩美、元太、光彦、灰原、阿笠博士は岐阜市の記念イベントを見に来ていた。夜、コナンたちは5人組の折り紙戦隊、ノブナ・ガイザーのショーを見学。宿に戻った後、光彦は１人でノブナ・ガイザーにサインをもらいに行って行方不明になる。

コナンと蘭は平次、和葉に誘われ、静岡の宿里村にやってくる。村長の殿輔は徳川埋蔵金の発掘を手伝ってもらうため、平次の他に考古学者の道貴、歴史学者の康克、小説家の史絵、ルポライターの肇を村に呼んでいた。ここは鵺伝説が残る村だった。夜、皆は村の朽ちたホテルに宿泊するが…。

コナン、蘭、平次、和葉は徳川埋蔵金の発掘を手伝うため、静岡の宿里村にやってくる。夜、康克が殺害される事件が発生。康克の背中には獣に襲われたような爪跡が残っていて、肇は鵺にやられたと騒ぐ。この後、再び不気味な鳴き声が響き渡り、コナンたちがいる草むらのあちこちから炎が燃え上がる。

徳川埋蔵金の発掘を手伝うため、静岡の宿里村にやってきたコナンたち。夜、化け物の鵺に襲われたような傷跡を残して康克、道貴が殺害される。コナンと平次は事件の真相に辿り着き、犯人のトリックを再現してみる事に。朝4時、平次は鵺の正体がわかったと言って皆をホテル前に集める。

小五郎は不思議な仏像の謎を解くため、コナン、蘭と方斗寺にやってくる。本堂の十一面観音は勝手に横や後ろを向く事があり、そうなった後は必ず悪い事が起きるという。この日も仏像は後ろを向いていて、住職の福原栄鏡の妻、昌子と娘の由佳はまた悪い事が起きるかもしれないと不安になる。

小五郎はコナン、蘭を連れ、ロボットを作る久須美工機の工場にやってくる。社員の谷崎、堀内、一色の中の誰かが明星テクニクスにパーツを横流ししていて、小五郎は社長の久須美から犯人の特定を依頼されていた。夜、小五郎、コナン、蘭は情報漏洩犯を現行犯逮捕するため、工場内に身を潜めるが…。

鳥丸は奥米花にある由の家に強盗に入って逃走。鳥丸は山道の前方にいた元太を払い倒して逃げる。この後、鳥丸は角を曲がった所で権野に激突。2人は崖を転げ落ちる。鳥丸は気絶した権野の服に着替え、代わりに権野に自分の服を着させる。鳥丸は権野を犯人に仕立て上げようと企んだのだ。頭を打って記憶を失った権野は…。

コナンは蘭、園子、世良とデパートの水着売場にやってくる。コナンはその場を離れ、婦人服売場「シムサ」の前を通りかかり、店員の南部、客の二塚、客の指原とその部下の八卷の4人が揉めている現場を目撃する。この後、コナンと蘭たちが「シムサ」の様子を見に行くと、悲鳴が聞こえてくる。

コナンたちが訪れたデパートの婦人服売場の更衣室で女社長の指原が何者かに絞殺される。指原は左手と右手にダイイングメッセージを残していた。目暮警部は店員の南部、客の二塚、指原の部下の八卷から話を聞く事に。犯人の目星をつけたコナンと世良は園子たちとの会話をヒントにトリックを見破って…。

コナン、元太、光彦、歩美は土砂降りに見舞われ、洋館で雨宿りさせてもらう。家主の太田黒の妻、智恵子は車椅子の生活をしていたが2カ月前に崖下に落ちて事故死。太田黒は半月前から智恵子が霊になって現れると話していて、コナンたちも屋敷で黄色い光の幽霊や勝手に動く車椅子を目撃する。

１０年前、幼い工藤新一はひょんな事から海水浴に来ていた赤井秀一の家族と知り合う。この後、車が崖から海に落ちる事故が発生。秀一はこの車が事件に絡んでいると睨み…

１０年前、強盗犯の車が崖から海に落ちる事故が発生。強盗犯の１人は沈む車から逃げ、海水浴客に紛れ込む。赤井秀一は幼い新一に協力し、容疑者を３人に絞り込むが…。

毛利探偵事務所に立体絵本とピンクのスマホが届く。この絵本は連続爆弾事件の予告状になっていた。犯人は病死した絵本の作者の腹違いの兄で、爆弾製造の前科がある蛭川卓司だった。爆弾を仕掛けた場所はなぞなぞになっていて、コナンは小五郎、目暮警部、出版社編集長の朝永博之らと協力して仕掛けられた爆弾を捜索するが…

毛利探偵事務所に立体絵本とピンクのスマホが届く。この絵本は連続爆弾事件の予告状だった。3つ目の爆弾を仕掛けた場所のなぞなぞは「7のまんなか」。コナンたちは7で表すものとその真ん中とは何かを考える。警察官は総動員で木、緑、ファがつく場所、会社、学校などの捜索に取り掛かるが…。

コナン、蘭は大阪から来た平次、和葉と錦座のイルミネーションを見に行く事に。蘭と和葉が夕飯の仕度をしている間、コナンと平次は喫茶ポアロで時間をつぶす。コナンたちの隣の席にやってきたのは米花大学の大積、唯、安斉、永塚。4人は唯の誕生日会をやるという。この後、ブレーカーが落ちて店内が暗くなる。

喫茶ポアロでブレーカーが落ちて店内が暗くなった間に安斉が包丁で背中を刺される事件が発生。目暮は唯、大積、永塚、和田の中に犯人がいると睨む。コナンと平次は犯人が返り血を浴びないトリックを見破るが、そのトリックを使える人物に犯行は不可能だった。この後、和田は唐突に百人一首の歌を詠みあげて…。

次郎吉は幕末の絡繰師が作った絡繰箱を開けてほしいと公華から頼まれる。絡繰箱には他界した夫の遺品である世界最大の月長石、月の記憶（ルナ・メモリア）が入っていた。次郎吉は怪盗キッドをおびき出すため、月の記憶が入った絡繰箱を展示。コナンたちは箱を開ける方法に思案を巡らせて…。

次郎吉は怪盗キッドをおびき出すため、世界最大の月長石、月の記憶が入った絡繰箱を展示。コナンはキッドが傍にいる気配を感じて警戒する。皆は公華が寄贈した本1万冊の中にある箱の開け方が書かれた紙を見つける事に。この後、コナンは紙の在処、箱の本当の中身に気付くが、キッドが動き出して…。

コナンたちは副担任の若狭と学校にある古い倉庫の地下室で白骨遺体を発見する。遺体は10年くらい前に亡くなったものだった。コナンたちは遺体が握っていたハチマキに書かれた暗号の解読に取り掛かる。そして、コナンは歩美が倉庫で拾った古い時間割表が暗号の解読表だと気付いて…。

コナンたちは副担任の若狭と学校の古い倉庫の地下室で死後10年くらい経った白骨遺体を発見。コナンたちは遺体が握っていたハチマキに書かれた暗号の解読に取り掛かる。歩美が倉庫で拾った古い時間割表が暗号の解読表だった。暗号は4人組の強盗が資産家の家から2億円相当の金塊を奪った10年前の事件と関係していた。

小五郎は倉田屋駒吉という謎の人物から家宝を譲り渡したいという手紙をもらい、コナン、蘭と共に山口県にやってくるが、強盗の仲間に間違われて取り調べを受ける。駒吉は1年前に時価数億円の慶長小判千両を盗んだ強盗犯だった。小五郎はコナンたちと強盗事件を調査するために萩を訪れるが、犯人に命を狙われて…。

1年前に、宝田の腕に発砲し、時価数億円の慶長小判千両を盗んだ強盗犯の倉田屋駒吉。小五郎はニュースサイト記者の明日香に頼まれ、コナン、蘭と共に事件を調査する事に。そんな折、明日香が何者かにさらわれ、小五郎とコナンは二手に分かれて明日香を捜す。小五郎は不審な行動をとる鷹丈警部を駒吉と疑う。

小五郎、コナン、蘭は湖畔にある人気レストランにやってくる。テーブルには始まったばかりの5人分のディナーが供されていたが、肝心の客の姿はなかった。この後、コナンたちは頭から血を流したオーナーシェフの口石を発見。コナンは現場の状況に違和感を抱き、謎めいた事件の真相に迫るが…。

小五郎は100万円の万馬券を拾い、コナン、蘭を連れて米花いろは寿司に行く。ミステリーファンの板前、脇田は小五郎の来店を喜ぶ。客の原島、宗近、芦野が別々に来店後、聖沢が店にやってくる。聖沢はこの中の誰かにポーチを盗まれたと激怒。ポーチの中のスマホのGPSで犯人がこの店にいると突き止めたという。

電車で100万円の万馬券が入った聖沢のポーチを盗んだ犯人は米花いろは寿司に来た客の原島、宗近、芦野の3人に絞られる。手の指をケガした聖沢はポーチを奪われた時、犯人のシャツの袖を掴んで血を付けたが、3人のシャツに血の痕はなかった。ミステリー好きの板前、脇田は犯人がわかったと推理を繰り広げるが…。

早朝、プロゴルファーの伴野は彼女の来美に別れ話を切り出し、来美は慰謝料1億円を要求。2人は夜に改めて話し合う事に。夜、コナンたちが若狭先生の部屋にいると、隣の伴野の部屋から大音量の音楽が聞こえてくる。コナンたちは文句を言うため、伴野の部屋に行き、倒れた伴野と来美を発見する。

若狭先生の隣に住むプロゴルファーの伴野の部屋で、伴野の恋人の来美が殺害される。伴野は妙な女に襲われたと証言するが、コナンは来美を殺害したのは伴野だと確信する。数人のマンション住人は妙な女を目撃。エレベーターの防犯カメラにも女は映っていた。目暮たちは伴野の熱狂的ファンの犯行として捜査を進める。

朝、コナンと小五郎、蘭が喫茶ポアロに行くと、小型冷蔵庫に入れていた安室透の特製ケーキの形が崩れるという事件が起きる。同じ事は何度もあったが原因は不明だという。梓は冷蔵庫の修理を業者に頼むが、冷蔵庫は壊れていなかった。コナンは店の外にカメラを設置して閉店後の店内を撮影する。

綾乃は美冬の自宅マンションを訪ね、胸から血を流した美冬を発見。美冬は「田端さんが…。早く逃げて」と言って絶命する。綾乃はマンション前を通りかかった小五郎、コナンに事情を説明。コナンたちは部屋に向かうが、すでに遺体は消えていた。この後、コナンたちは話を聞くため、田端の自宅を訪ねるが…。

廃研究所に小五郎、コナン、不動産屋社長の東、秘書の河西、事務員の末子が集まる。東は殺害予告をされ、犯人を見つけて欲しいと小五郎に依頼。廃研究所には東に恨みを持つ会社員の山南、自動車修理工の北尾、ウエイトレスの加奈も呼び出されていた。小五郎は調査内容を東に報告し、東を襲った犯人を特定する。

蘭のスマホに妃英理からメッセージアプリで連絡がくる。内容は「悪い奴らに捕まっている」というものだった。2時間前、英理は男3人組に拉致されて廃ビルに連れていかれる。英理は男の1人からスマホを奪って逃げ、ロッカーの中から蘭に助けを求めたのだ。コナンたちは英理を探し出そうとするが…。

恨みを持つ男3人に拉致された妃英理。小五郎、蘭、コナンは英理がいる場所を探すため、事務所から1キロ先の東都タワーが見える増上寺にやってくる。コナンはスマホと鐘の音を利用し、英理がいる場所を分禄町と須単町に絞り込む。英理は自分のメッセージが男たちに筒抜けと知り、暗号のようなメッセージを蘭に送る。

コナンたちはレストランで日売スポーツ記者の橋爪と同僚の加賀爪が言い争う現場に遭遇。2人は仲が悪いのに何から何までソックリだった。夜、川原で加賀爪の遺体が発見される。死因はタンブラーのコーヒーに混入された青酸化合物による中毒死。タンブラーから指紋が検出された橋爪は重要参考人として取り調べを受ける。

コナンたちは絶命した不動産会社社長の河合信蔵と元従業員の柴田健介を発見する。現場は信蔵の自宅だった。会社のお金を着服してクビになった柴田。信蔵はお金を返せばクビはなかった事にすると柴田に約束。だが、信蔵は再び雇うつもりはなかったという。目暮警部は2人が言い争って相討ちになったと判断するが…。

小五郎、コナン、蘭はペンション鳩笛荘にやってくる。鳩笛荘にはタレントのオー太郎、ウェブデザイナーの井出、文具メーカーOLの藤吉、タウン誌ライターの城ヶ根も宿泊する。そんな折、オー太郎の元相方、キュー次郎の遺体が発見される。キュー次郎は7年前に放送していた特撮番組ビューンのカードを所持していた。

キュー次郎の遺体が見つかった後、鳩笛荘の密室状態の客室で絶命したオー太郎も発見される。オー太郎は7年前に強盗殺人事件を起こしたビューンのお面を被った2人組の犯人の1人と判明。支配人、友里朝子の娘の未央奈は7年前の事件の目撃者だった事も明らかに。コナンはオー太郎の客室を調べて事件の真相に近づいて…。

小五郎は東京スピリッツVSガンバ大阪の始球式を務める事になり、コナンたちを連れて東都スタジアムにやってくる。だが、小五郎は体調を崩して始球式で観客に笑われる事に。始球式後、医師に下痢と診断された小五郎。コナンは小五郎が飲んだ公式スポーツ飲料が下痢の原因と考える。

小五郎、コナン、蘭は川を渡るように座敷が設けられた川床料理店に来て、帝都大学の樹璃、麻里亜、夕子と知り合う。写真部の仲間という3人は出版社主催のフォトコンテストに参加するため、色々な写真を撮影していた。この後、川に沈んだ夕子の遺体が発見される。目暮警部は撮影の時に誤って転落した事故死と推理するが…。

コナンたちはクラス副担任の若狭とキャンプ場に来て、白網大学バスケ部の芦沢、漆原、段野、美鳥と知り合う。この後、漆原は段野、芦沢と揉めて険悪な雰囲気になる。不貞腐れた漆原は酒を飲んで寝ると言って自分のテントに入っていく。そして、元太が漆原のテントが燃えている事に気付いて…。

燃えるテントから白網大バスケ部の漆原の遺体が発見される。コナンはテント内を見て、溶けたロウソクの中に竹ヒゴが1本混ざっている事に注目。コナンは何かの仕掛けと推理し、仲間の美鳥、芦沢、段野の中に犯人がいると睨む。弓長警部は漆原のテントに行った3人から話を聞き、最後にテントに行った段野の犯行を疑う。

目暮警部は国文学者、霊岸が四葉台の自宅で刺殺された事件解決のために力を貸してほしいと小五郎に頼む。起訴目前に逮捕された霊岸の甥の舞浜は霊岸が殺害された頃、笹五町で強盗に入っていたと供述。笹五町から四葉台までは車で1時間近くかかり、舞浜に霊岸を殺害する事は不可能だった。

洋画家の北園が自宅で殺害される事件が起きる。この日、弟子2人が屋敷に訪ねてくる事になっていて、第1発見者は弟子の東尾だった。もう1人の弟子の西山は奥穂湖で絵を描いていて、遅れて屋敷に現れる。目暮警部たちは東尾、西山と北園の妻の絹子、家政婦のシズの犯行時刻のアリバイを調べる事に。

目暮警部たちは倉庫にいた強盗犯の鷹取の身柄を確保する。昨夜、覆面姿の2人組が米花町の宝石店から3億円相当の宝石を奪ったのだ。眠りの小五郎が推理を始めると、鷹取は拳銃を発砲。眠りの小五郎の推理が初めて強制的に中断されてしまう。鷹取はコナンを人質にとって車で逃走する。

覆面姿の2人組が宝石店から3億円相当の宝石を奪う事件が発生。強盗犯の鷹取はコナンを人質にとって逃走する。鷹取を裏切った共犯の内海は廃工場で絶命していた。鷹取はコナンが邪魔になると、走っている車からコナンを蹴り落とす。コナンは病院を抜け出し、黒幕に報復しようとしている鷹取の行方を追う。

児童公園で星を観測していた園子は双眼鏡を町に向け、何者かが花壇の陰から遺体の腕を持ち上げる様子を目撃する。園子はコナン、蘭と現場を見に行く。花壇は佐々木スタジオ前にあり、園子たちはスタジオ所長の博人、アシスタントの利香に事情を説明。園子たちは屋上に同じ花壇がある隣りの吉村ビルも調べる事に。

全国高等学校春季剣道大会が東都体育館で開催され、平次は準決勝まで勝ち進む。準決勝、決勝前の昼食休憩中に審判員の抜谷が喉元を斬られて殺害される事件が発生。トイレにいた稔司、恒之、朱音が容疑者として浮上する。大会は中止になりそうだったが、平次は優勝して和葉に伝えたい事があると大慌てになって…。

平次が出場する全国高等学校春季剣道大会の昼食休憩中に審判員の抜谷が喉元を斬られて殺害される。佐藤刑事は容疑者3人の持ち物を調べるが、凶器のカッターナイフは見つからなかった。平次は容疑者の所持品、現場にいた盲目の老人、克成の新たな証言、犯人が着ていた剣道着などから3人の中の誰が犯人かを見破って…。

コナンたちとデパートに来た元太が2人組に連れ去られる事件が起きる。2人組はワンボックスカーに乗って逃走。コナン、光彦、歩美は交通課の由美と苗子を見つけ、ミニパトで追跡してほしいと頼む。コナンは元太が持っているDBバッジを通して車内の2人組の会話を聞く。光彦はその会話から2人組が宝石泥棒だと推理する。

コナンと小五郎が妙にウキウキしている蘭の跡をつけると、蘭はカフェで園子、世良と合流。蘭たちは女子だけで京都旅行を計画していた。この後、カフェの更衣室でウエイターの更家が大きな花瓶で撲殺される。客の本巣、ウエイトレスの伊鈴、店長の珠央には更家を殺害する動機があったが、凶器を振り回せる怪力は誰もおらず…

蘭、園子、世良がカフェで京都旅行を計画していると、更衣室でウエイターの更家が大きな花瓶で撲殺される事件が発生。客の本巣、ウエイトレスの伊鈴、店長の珠央には殺害する動機があったが、花瓶を振り回し、ロッカーの南京錠を破壊する程の怪力はいなかった。世良は怪力じゃなくても犯行が可能なトリックを見破るが…

小五郎、コナン、蘭が乗るレンタカーはガス欠になり、大学生の佐伯が運転するワゴン車でスーパーまで牽引してもらう。佐伯とゼミ仲間の春香、駒田は後部座席で酔っ払って寝ている教授の後藤を残して買い物に行く。この後、佐伯たちは車で絶命した後藤を発見。目暮警部は事故と判断するが、コナンは何かが引っかかって…。

コナン、光彦、元太、歩美、灰原は公園でニセ1万円札とスマホを発見する。コナンが目暮警部に通報している間に灰原、光彦、元太、歩美はスマホとニセ札の回収に来たニセ札犯のベラ・曳舟を尾行する。だが、灰原たちはベラに気付かれて捕まってしまう。灰原は同じコンテナに監禁された辰巳から話を聞くが…。

光彦、元太、歩美、灰原は建設工事現場で強請りの常習犯、雲母の遺体を発見する。その頃、コナンは小五郎と温泉に来ていて、光彦から連絡を受けて事件の事を知る。高木刑事たちは雲母が強請っていた男性10人、女性1人の中に犯人がいると考える。だが、その11人にはアリバイがあり、捜査は行き詰まる。

コナン、蘭、園子は山地にあるみかん園までみかん狩りにやってくる。収穫後、コナンたちはみかん園経営者の寺内哲二の妻、信子にみかんを使った料理をご馳走になる。夕方、コナンたちは山頂まで沈む夕日を観に行く。この時、コナンたちを迎えに来た哲二が農業用モノレールから落下して絶命する。

ビッグ大阪VSスピリッツ東京の試合を観戦後、コナン、歩美、元太、光彦、灰原は阿笠博士の自宅に戻る。この時、灰原は購入したばかりの比護選手のぬいぐるみストラップが無くなっている事に気付く。コナンたちはショックから立ち直れない灰原の代わりにストラップを見つけ出しに行くが…。

灰原は大好きな比護選手のぬいぐるみストラップを電車の中で紛失する。息子のストラップと勘違いして拾った男性は潮干狩りに向かった可能性が高く、コナン、歩美、元太、光彦、安室は立ち直れない灰原の代わりに海水浴場までこの親子を探しに行く。安室の協力もあり、親子を海の家に呼び出して会う事に成功するが…

灰原から解毒薬をもらったコナンは一時的に工藤新一の姿に戻り、蘭たちと一緒に京都へ修学旅行にやってくる。新一は清水寺で出会った母、有希子の友人である女優の鞍知景子から暗号を解読してほしいと依頼される。夜、新一たちが景子の部屋を訪ねると、そこには映画「紅の修羅天狗」の関係者たちが集まっていた。

新一は蘭たちと修学旅行で京都を訪れ、映画「紅の修羅天狗」の関係者が次々に殺害される怪事件に巻き込まれる。世良は井隼が殺害された時の状況を聞き、景子、阿賀田、馬山の誰でも殺害する事は可能だったと考える。この後、新一たちは暗号が京都の地名を表しているという紅葉の言葉をヒントに暗号の解読方法に近づく。

歩美はひょんな事から紗希と仲良くなる。コナンたちは紗希を忌々しそうに見ている多津子、立花、美千代の存在を知る。そして、紗希のアパートの窓からは3人が住むマンションが見える事が判明。多津子の部屋は死角だったが、コナンたちはいつも窓辺にいる紗希が立花、美千代の部屋の秘密を目撃した可能性があると考える。

多津子、立花、美千代から恨まれている可能性のある紗希がマンションから落ちて絶命する。コナンはこの墜落死は自殺ではなく、他殺だと確信。コナンは紗希が何か目撃した事で3人の誰かを強請り、口封じに殺害されたと推理する。コナンは3人の事を高木刑事に伝え、高木はアリバイがある多津子以外の2人から話を聞く。

小五郎はコナン、蘭と福岡の小倉にやってくる。小五郎の警視庁時代の先輩である会社社長、深町は転倒事故を起こし、意識不明で入院していた。専務の桐山は会社に落書きした犯人を捕まえてほしいと小五郎に依頼。落書き犯の捜査を進める小五郎だったが、桐山が深町を突き飛ばした可能性が浮上して…。

小五郎たちは小倉にやってくる。小五郎の先輩である会社社長、深町は転倒事故を起こして意識不明だった。小五郎は専務の桐山に頼まれ、会社に落書きした犯人を調査する。そんな中、蘭は落書き犯と疑われる深町の息子の虎彦と出会う。虎彦は自分が犯人ではないと断言。虎彦は深町を突き飛ばした犯人を独自に捜していた。

小五郎は3人の依頼人から別々に同じ事を依頼される。それは競走馬のホワイトスピリッツを守ってくれという内容だった。この後、小五郎はこの馬の馬主で会社社長の徳吉に会って事情を説明。話を聞いた徳吉も同じ事を小五郎に依頼する。翌日、ホワイトスピリッツはレース出走のため、馬運車で競馬場に移送されるが…。

人気競走馬ホワイトスピリッツが誘拐され、馬主の徳吉が用意した身代金1億円もいつの間にか犯人に奪われる。翌日、血が付着したたてがみが絡みつくホワイトスピリッツのホースラグが見つかり、目暮警部はこの馬がすでに殺害されている可能性もあると考える。コナンはすでに誰が犯人かに気付いていて…。

古い洋館で絞殺された占い師、バーバラ貞子の遺体が発見される。そして、貞子の占いのせいで悲惨な目に遭った元土木作業員の金輪芯介、OLの遠藤深美、元ラーメン店主の漣諒一が容疑者として浮上。3人の共犯と思わせる証拠が次々と見つかるが、コナンはそれらの証拠が都合よく発見された事に違和感を抱いて…。

光彦、元太、歩美は米花町ファーマーズマーケットにやってくる。コナンは急用ができて不参加だった。光彦たちは門倉、山脇、佳織の会話を偶然聞いてしまう。佳織たちは「派手にドカーンといきましょう」と話していて、光彦たちは目暮警部を狙って爆弾を仕掛けるつもりだと推理。目暮はこのイベントで講演する予定だった。

コナン、元太、光彦、歩美、灰原は阿笠博士、蘭と共に大型フィギュアを制作するカガミスタジオにやってくる。社長の加賀見の娘で秘書のしのぶがスタジオ内を案内する。このスタジオは経営が苦しく、身売り先を探している状況だった。そして、コナンたちが帰ろうとした時に事件が起きて…。

カガミスタジオのドーム棟で後頭部を強打された羽生。それはまるで巨人タロスに打ちのめされたようだった。元太が通用口に置いた彫刻は動かされた形跡がなく、犯人はまだ中にいる可能性が高かった。コナンはドームの電源を操作するリモコンが事件を解くカギと睨む。この後、コナンはドームの天井の異変に気付いて…。

コナンたちは化石発掘を体験するため、群馬のロッジ化石館にやってくる。そこにジャーナリストの宮下海果が現れる。海果はこの村で珍しい化石、月のおさがりが発掘されたと知って取材に来たのだ。この後、海果に何か話そうとしていた化石館オーナーの大神がトイレで遺体となって発見されて…

成瀬は恋人の果帆が突然姿を消してしまったと小五郎に捜索を依頼する。この後、橋の上で果帆のスニーカー、写真入りマイナンバーカードが発見され、小五郎は川に飛び降りて自殺したと推理する。コナンは果帆の自殺と3ヵ月前に公園の階段から転落死した女子大生の事故の接点を探るが…。

工藤邸の前にたくさんの報道陣が集まる。新一が紅の修羅天狗殺人事件を解決したと話題になっているのだ。コナンは騒動が鎮まるまで阿笠の自宅に身を潜める事に。放課後、灰原、元太、歩美、光彦は担任の小林に頼まれ、学校を休んだ東尾マリアの自宅を訪ねる。マリアは他界した祖母が遺した宝物を探している可能性が高く…。

灰原、元太、歩美、光彦は東尾マリアを見つけ出すため、マリアの祖母の自宅を訪ね、宝物探しのヒントが書かれたメモの解読に挑む。その頃、工藤優作と工藤有希子は新一の騒動を収束させるために動き始める。この後、優作と有希子はコナンに会いに行き、黒ずくめの組織のボスの正体がわかったと伝えて…。

小五郎は豊子という女性ファンに招待され、コナンを連れて豊子が営むもんじゃ焼きの店を訪れる。もんじゃを食べている時、豊子はもんじゃを喉に詰まらせ、苦しみながらキャベツの芯を吐き出す。豊子は何者かが命を奪おうとして芯を入れたと怯える。豊子が犯人と疑っているのは幼馴染みの英子、京子、友子だった。

銀行に爆弾を仕掛けたというウソの電話があり、銀行前を通りかかった元太や大坪と神楽は騒ぎに巻き込まれてケガをする。半月前にも不発弾の爆発に巻き込まれた神楽。友人の河内山は運の悪い神楽をネタにした写真をSNSにアップして、たくさんの“いいね”を稼いでいた。コナンたちは誰が電話をしたのか調査を開始するが…

コナンたちは爆弾騒動を起こした犯人を捜す。翌朝、大坪の遺体が発見され、光彦は神楽が犯人と気付かれ、口封じのために殺害したと推理。コナンたちは神楽に直撃するが決定的な証拠は掴めない。そして、コナンたちが調査を進めていくと、仲良し3人組の神楽、河内山、遥が三角関係かもしれないという疑惑が浮上して…。

ダム湖で車に乗った由利の遺体が40年ぶりに発見される。40年前に消えた呪いの宝石、ボルジアの涙。当時は由利が持ち逃げしたと噂されたが、車内から宝石は発見されなかった。コナンと蘭は祖母の無実を証明したいという孫の菫に協力し、40年前に制作されたドラマ「私が殺しました」の関係者たちから話を聞くが…。

梅木と共に由利の遺体を発見した水沢は原因不明の火事によって命を落とし、巻き込まれた小五郎も病院に搬送される。コナンは火事の現場の状況から犯人が仕掛けたトリックを見破る。コナンはドラマ「私が殺しました」のラストの映像を見た後、ロケ現場を訪れ、40年前にボルジアの涙が消えた事件の真相にも辿り着く。

米花恐竜館にやってきたコナンたちは恐竜ショーを楽しむ。ショーが終わった直後、突然大きな音が鳴り響く。第二展示ルームでは、巨大な恐竜の化石像の下敷きになって館長の志田が絶命していた。化石像のワイヤーは何者かに切られていたと判明。容疑者はショーの司会者の内藤、事務員の結愛、学芸員の朽木に絞られる。

小五郎はラジオ番組にゲスト出演し、マンションの真上の部屋に住む女性が非常識だという相談に乗る。数時間後、都内マンションに住む公美は真下の十和子の部屋に怒鳴り込む。公美はラジオで笑い者にしたと憤怒し、十和子も言い返して口論になる。翌朝、十和子の遺体が発見され、目暮警部たちは公美を犯人と疑う。

ラジオプロデューサーの万田と別居中の妻、十和子が殺害される。目暮警部たちは万田を犯人と疑うが、コナンは万田を嫌う犬山、鯨井を怪しいと疑う。だが、楓は2人が万田を陥れるために十和子を殺害する事はないと考える。コナンは理恵から話を聞き、万田が過去に手掛けたラジオドラマが鍵を握ると考える。

裕次郎は出張買取のために明子の自宅を訪問。稀覯本もあったが、入院中の夫のものらしく、裕次郎は買取らず、夫の了承を得てほしいと明子に伝える。夕方、店に現れた沢田は古書が写ったスマホ画像を見せ、いくらになるかと訊ねる。後日、明子の自宅から稀覯本が盗まれる事件が発生。明子は裕次郎が盗んだと疑うが…。

　小五郎は脅迫状が届いたという資産家の諸岡郡蔵（もろおかぐんぞう）から仕事を依頼され、コナン、蘭、喫茶ポアロの安室透を連れて諸岡に会いに行く。待ち合わせた黒ウサギ亭はバニーガールが接客する飲食店だった。諸岡が執事の深町惇史（ふかまちあつふみ）と現れると、小五郎は脅迫状の内容を確認。そこには「命が惜しくば、黒ウサギ亭に近づくな」という切り抜き文字が貼りつけられていた。 　諸岡はバニーガールの朝倉有里（あさくらゆり）を指名。諸岡は好きな注文して良いと伝え、有里はフルーツ盛り、玉子焼きなどを注文する。有里は指先にユリの花を描いた付け爪をしていた。深町が席に座って、メガネを拭いてテーブルに置くと、玉子焼きが運ばれてくる。諸岡はソースを取って欲しいと深町に頼む。メガネを外した深町が手間取っていると、諸岡は立ち上がって自分でソースを取ろうとする。その時、諸岡は床に落ちた深町のメガネを踏んづけてしまう。 　諸岡は小五郎と一緒に駐車場の車に置いてある深町の予備のメガネを取りに行く。この時、諸岡は有里たちバニーガールの脇を通って外に出る。バニーガールの村上紗菜（むらかみさな）は売り上げがトップになりそうな有里を忌々しそうに見る。その時、店内に警報音が響き渡り、有里はグラスを置いてスマホをチェックする。深町はスマホを触っている時に誤って警報音を鳴らしてしまったと謝罪する。 　この後、紗菜は有里とぶつかり、紗菜のワインが有里のカフスにかかる。有里はテーブルにグラスを置き、更衣室にある替えのカフスを取りに行く。駐車場に着いた後、小五郎は深町の事を訊ね、諸岡は先日他界した奥さんの家に古くから仕えていた事を教える。小五郎は親しそうな有里との関係も質問。諸岡は店の隣りの洋服屋でスーツを新調した時に会いに行く程度の関係だと答える。 　諸岡、小五郎たちは席に戻るとお酒と会話を楽しみ、有里はフルーツを食べながらお酒を飲む。その直後、有里は苦しみながら倒れ、小五郎はすぐに救急車と警察の手配を頼む。紗菜は諸岡と有里の関係を勘繰っている事を蘭に教える。諸岡は有里の事をちゃん付けしていたが、有里が倒れた時は呼び捨てにしていたという。この後、目暮警部たちが捜査を開始し、有里が飲んでいた酒からヒ素が検出される。有里は一命をとりとめたものの意識は戻っていなかった。

　小五郎は脅迫状が届いたと資産家の諸岡から仕事を依頼され、コナン、蘭、安室と共に黒ウサギ亭で諸岡、執事の深町と会う。脅迫状は「命が惜しくば、黒ウサギ亭に近づくな」という内容だった。この後、諸岡たちを接客していたバニーガールの有里が酒を飲んだ後に苦しみながら倒れる。有里は一命をとりとめたが意識は不明だった。有里のワインからヒ素が検出され、安室は有里のグラスに毒を混入できたのは諸岡、深町、バニーガールの紗菜だと確信。コナンも3人の中に犯人がいると考える。 　 　目暮警部は諸岡に事情聴取し、諸岡は深町のメガネを踏んづけた状況を説明する。目暮が玉子焼きにソースをかける諸岡の味覚に驚くと、バニーガールの1人が有里も玉子焼きにソースをかけると教える。諸岡はメガネを取りに行った時に有里とすれ違っていた。諸岡はお気に入りの有里に毒を盛る理由はないと訴えるが、小五郎は愛人の有里に結婚を迫られ、妻にバレる前に命を狙ったと疑う。小五郎は有里が玉子焼きにソースをかけるのも諸岡のクセが移ったと推理。だが、諸岡の妻は半年前に病死していた。 　 　深町はスマホを触っている時に誤って警報音を鳴らしたと目暮に明かす。その時、皆はグラスを置き、毒を盛れるチャンスはあったが、深町はメガネをかけていないので誰がどのグラスなんてわからないと犯行を否定する。紗菜は有里とぶつかり、紗菜のワインが有里のカフスにかかった事を目暮に伝える。紗菜はその一瞬で有里のグラスに毒を入れる事なんてできないと犯行を否定。だが、紗菜は売り上げNo.1の座を脅かす有里を忌々しく思っていた。No.1には半年ごとに多額のボーナスが出るという。 　 　コナンと安室は駐車場に行って諸岡のボディガードから話を聞く。ボディガードは諸岡が最近痩せたり太ったりと体型の変化が激しい事を明かす。転んでケガする事も多く、諸岡は何かに悩んでいた可能性が高いという。安室はケガと聞いて、幼い頃、宮野エレーナに治療を受けた時の事を思い出す。この後、バニーガールの1人が新事実を目暮に証言。深町が1人で有里に会いに来た事があったらしく、最初は楽しそうに話していたが、深町が封筒を出した途端に険悪な雰囲気になったという。小五郎は深町が諸岡と別れてくれと有里に頼みに来て、手切れ金を渡そうとしたと推理する。

　何者かが黒ウサギ亭の有里の酒にヒ素を入れる事件が発生。有里は一命をとりとめたが意識は不明だった。コナンは有里のグラスに毒を混入した犯人は諸岡、深町、紗菜の中にいると考える。安室はコナンと共に関係者から話を聞いている時に幼い頃、宮野エレーナに治療を受けた時の事の記憶を少しずつ蘇らせる。ケガして宮野医院を訪れた安室はエレーナと夫の宮野厚司の会話を偶然聞いていた。研究をバックアップしてくれる施設に行くか悩んでいた厚司。その施設のスポンサーは烏丸グループだった。 　蘭は店でユリの花が描かれた有里のつけ爪を拾って高木刑事に渡す。蘭は気付かない内につけ爪を踏んでしまってボロボロになっていた。コナンは有里がそのつけ爪をいつも付けているのかをバニーガールの１人に確認。バニーガールは有里が私のトレードマークと言って、そのつけ爪をいつも付けていたと答える。蘭は有里のつけ爪を踏んづけたために今日は散々だとぼやく。蘭はこの前にも財布を落としていたのだ。コナンは財布の事を訊ね、蘭はトイレ前で安室が拾ってくれたと答える。 　この後、コナンと安室は小五郎の何気ない一言をヒントに事件の真相を見破る。犯人は有里のつけ爪を標的にして有里のグラスに毒を入れていたのだ。目暮警部は諸岡、深町、紗菜の事情聴取を続ける。諸岡はグラスを持った有里とすれ違った事は認めるが、その一瞬で有里のグラスに毒を入れる事なんてできないと身の潔白を主張。紗菜も有里にぶつかってワインをひっかけた時に毒を入れる事なんてできないと無実を訴える。深町もメガネをかけていなかったので、有里がグラスをテーブルに置いた時に毒を入れる事なんてできないと犯行を否定する。 　諸岡は早く解放してほしいと目暮に要求する。諸岡は有里が心配なのですぐに病院に行きたいと訴える。目暮はただの客の諸岡がそこまで心配する事に違和感を抱く。小五郎は諸岡が有里から結婚を迫られ、困り果てた末に毒殺しようとしたと推理。紗菜は諸岡が病院にとどめを刺しに行くつもりだと疑う。だが、諸岡は紗菜の犯行を疑っていた。有里がいなくなれば、売り上げNo.1になる紗菜。諸岡は多額のボーナスを手に入れるために紗菜が犯行に及んだと疑う。紗菜は難病の父親の手術費を必要としていた。

　コナン、元太、光彦、歩美は村営昆虫人間牧場がある黒野須駅に降り立つ。その時、不気味な鳴き声が聞こえてくる。音がするのは立入り禁止の看板がある森の中だった。森では村人たちがショベルカー、ブルドーザーで作業をしていた。不気味な鳴き声の正体は作業の音だったのだ。コナンたちは村人たちに睨まれ、慌てて逃げていく。コナンたちは駅の方に戻り、食堂の前でカブトムシ人間に遭遇する。 　カブトムシ人間はカブトムシに仮装した小学生だった。小学生は昆虫の仮装をしている理由を紙芝居「村営昆虫人間牧場事件」を使って説明する。政府の役人はこの村の森に国立カジノ付きスーパー銭湯を作ろうと計画。村の大人たちは大喜びするが、村長だけは猛反対する。村の森には、かつてこの世の昆虫たちをこよなく愛した蛾蛾姫のお墓があった。政府の役人たちは森を視察した時に蛾蛾姫の祟りに襲われ、建設計画は中止になる。村長は代わりに村営昆虫人間牧場を作ると宣言したという。 　 　猛反対した大人たちは村会議を開いて村長を首にする。その後、元村長は退職金で森を買い取って発掘作業を始める。そんな折、元村長はこの食堂で食事中に突然絶命。元村長は蛾蛾姫の宝の地図を持っていた。元村長は宝を独り占めしようとしていたのだ。村の大人たちは蛾蛾姫の宝の亡者となって発掘作業を開始。子供たちは昆虫人間牧場の夢を捨てきれず、昆虫に仮装して留守を預かっているのだ。歩美、元太、光彦はラーメンを注文するが、コナンは食事をせず、この村で起きた事件の調査を始める。 　 　コナンは郵便局を訪れ、元村長に配達した郵便物の記録を確認。村長はハロウィン用の蛾のコスプレを購入していた。政府の役人たちを襲った蛾蛾姫の祟りの正体は蛾のコスプレをした村長だったのだ。食堂の食事には昆虫人間に仮装できるサービスが付いていて、元太はカマキリ人間、光彦はコオロギ人間、歩美はコガネムシ人間になる。続いて、コナンは村の医院を訪れる。元村長は末期の癌で、自分の命が短い事を知っていた。コナンは余命わずかな元村長が宝を独り占めしようとした事に疑問を持つ。

　米花公園の外れで頭をカチ割られた門脇栄二の遺体が発見される。遺体の傍らには凶器の鉄パイプが落ちていた。目暮警部たちが捜査をしていると、そこにコナンと小五郎が偶然通りかかる。母親の門脇安子は泣き崩れ、兄の門脇優一は愕然となる。栄二が殺害されたのは昨夜10時頃。安子は栄二が夕方から飲みに行っていたと証言する。昨夜、優一は都心のホテルに泊まって書類を作成していたという。エリートの優一は官庁職員だった。高木刑事は栄二の近所の評判が良くないと目暮に報告する。栄二は3年前に大学を中退。栄二は20日に飲み屋で揉め事を起こし、警察署内の泥酔者保護所に入れられていた。 　千葉刑事は不審な男の情報を目暮に報告する。何日か前、体格のよい30歳くらいの男性が門脇家の事を近所で聞き回っていたという。千葉は栄二が安子に暴力を振っていたと近所で噂になっている事も目暮に伝える。兄の優一がいつも暴力を振う弟の栄二を止めていたという。門脇家にとっては忌まわしい問題児だった栄二。話を聞いた小五郎は安子が泣いていたのは演技だったと疑う。目暮は栄二の家庭内暴力について安子たちに確認。だが、安子、優一はムキになって否定する。 　この後、門脇家の事を近所で嗅ぎ回っていた男は建設現場作業員の高瀬林太郎と判明する。安子は元小学校教師で、高瀬は昔の教え子だった。安子は高瀬と先日バッタリ再会したという。目暮たちは建設現場で働く高瀬に話を聞きに行く。目暮たちが訪ねてきても動じない高瀬。コナンは高瀬の態度から警察が訪ねてくる事を予測していたと感じる。高瀬は小学生の頃、安子にいつも叱られ、恨んでいたと告白。高瀬は再会後、近況が知りたくて門脇家の事を聞き回った事を認める。 　目暮は安子の次男が殺害された事を高瀬に伝え、犯行時刻のアリバイを訊ねる。高瀬は居酒屋で3時間の飲み食い放題に挑戦していたと答える。防犯カメラには昨夜8時頃に居酒屋に入店し、11時過ぎに店を出る高瀬が映っていて、居酒屋店員の宇野も高瀬をはっきり覚えていた。宇野は高瀬がトイレに立った以外はずっと席にいたと証言。優一に続き、高瀬のアリバイも成立する。その時、門脇家で火災が発生したという情報が入る。優一は何とか逃げ出したが、安子は遺体となって発見されて…。

　米花公園で頭をカチ割られた門脇栄二の遺体が発見される。門脇家の問題児だった栄二は母親の安子に暴力を振い、兄の優一が栄二を止めていたと近所で噂になっていた。不審な男が門脇家の事を嗅ぎ回っていた事も明らかになる。目暮警部は優一の犯行を疑うが、優一には犯行時刻のアリバイがあった。この後、不審な男は元小学校教師の安子の教え子だった高瀬と判明。目暮は安子の次男が殺害された事を高瀬に伝え、犯行時刻のアリバイを訊ねる。高瀬は居酒屋で3時間の飲み食い放題に挑戦していたと答える。その頃、門脇家で火災が発生。優一は逃げ出したが、安子は遺体となって発見される。 　目暮は栄二の殺害も火災も門脇家に恨みを持つ同一犯によるものと睨むが、コナンと小五郎は栄二の殺害に関しては安子を恨む高瀬が怪しいと考える。翌日、コナンと小五郎は高瀬のアリバイ工作を暴くため、居酒屋店員の宇野に会いに行く。そして、高瀬は皆に背を向けて飲み食いしていた事が判明。居酒屋から犯行現場までは往復1時間必要だった。目暮たちは門脇家で捜査を続け、火元は台所のガス台にかけてあった油の鍋とわかる。司法解剖の結果、安子は焼死ではないと判明。後頭部に打撲痕があり、遺体が階段の下にあった事から油の鍋をかけている最中に階段を踏み外した転落死の可能性が高まる。 　小五郎は不運な事故の可能性が高いと連絡を受けて納得するが、コナンは栄二が殺害された後にそんな事故が偶然起きる事を信じられずにいた。この後、コナンと小五郎は居酒屋入口付近の防犯カメラの映像を確認。コナンは派手な服装の高瀬と体つきは似ているが、地味な服装の男に注目する。午後9時8分頃、男は入店して10分もしない内に顔を隠すように退店。男は10時半頃に再び居酒屋に戻っていた。コナンは高瀬と地味な男がすり替わったアリバイトリックを見破り、小五郎もこのトリックに気付く。 　コナンと小五郎は高瀬と男、恩田松夫を見つけ出して昨夜の事を訊ねる。恩田は高瀬の友人だった。恩田は話をはぐらかそうとするが、コナンたちは恩田の態度から2人が居酒屋ですり替わった事を確信する。コナンは高瀬が犯人という確証が必要と訴えるが、小五郎はアリバイ偽装を伝えれば犯行と認めるはずだと安易に考える。

　午後8時頃、小五郎、コナン、蘭はドッグフードの会社の社長、火乃宮アンナ（ひのみや）の誕生パーティーに呼ばれ、ヨットハーバーにやってくる。係留された大型クルーザーでは副社長の稲村幸四郎（いなむらこうしろう）、専務の江波真知子（えなみまちこ）がアンナに誕生日プレゼントを渡していた。その時、半地下の船室から現れた黒いレインポンチョに黒手袋、黒い覆面をした男が散弾銃を発砲。撃たれたアンナは絶命する。犯人は顔に巻いていた黒いタオルをはぎ取りながら闇に紛れて逃げていく。 　駆け付けた目暮警部たちは捜査を開始。コナンは遺体の爪の派手なマニュキアに残る筋状の傷に目を留める。船室には袋からこぼれたアンナの会社の新商品のドッグフードが散乱。この後、船室の収納ロッカーからロープで後ろ手に縛られ、口にガムテ―プを貼られたアンナの秘書の森島草太（もりしまそうた）が発見される。森島は午後7時過ぎのパーティーの準備中に覆面の男に殴られ、意識を失ったと証言。稲村と真知子はアンナの元カレの豹藤誠（ひょうどうまこと）が犯人だと訴える。 　豹藤はウソの投資話でアンナの会社から5千万円近くを騙し取り、アンナ個人からも多額の借金をしていた。小五郎、高木刑事は豹藤を見つけ出して話を聞く。散弾銃は稲村のものだったが、稲村は3日前に散弾銃を積んでいた車ごと盗まれたと証言する。かつて交際していた豹藤と真知子。豹藤は真知子が彼氏を奪ったアンナを恨んでいたと暴露。さらに豹藤はアンナがいなくなって一番得するのは副社長の稲村だと言い放つ。豹藤は真知子、稲村の犯行と疑うが、小五郎は豹藤が犯人と考えていた。 　目暮は犯人が船室に潜んでいた午後7時から8時のアリバイを訊ね、豹藤はアンナの自宅に空き巣に入っていたと白状する。豹藤は7時20分頃、合鍵を使って部屋に侵入し、現金3万円を盗んだと打ち明ける。豹藤はその時にジムのメンバーズカードを落としたと明かす。高木はアンナの部屋に行き、豹藤のカードが落ちている事を確認。コナンは壁にかけてあるヒョウ柄のワンピースを調べて何かに気付く。

　小五郎、コナン、蘭はドッグフードの会社の社長、アンナの誕生パーティーに呼ばれ、ヨットハーバーにやってくる。パーティー開始直後、アンナは覆面の男に散弾銃で撃たれて絶命。犯人はそのまま逃走する。目暮警部は副社長の稲村、専務の真知子、秘書の森島から話を聞き、アンナの元カレの豹藤が容疑者として浮上。だが、豹藤にはアンナの自宅に空き巣に入っていたというアリバイがあった。小五郎たちはアリバイ偽装と疑うが、警察は証拠がないため、豹藤を逮捕できない。その日の深夜、豹藤はヨットの下にある何かを取ろうとする。その時、豹藤は背後から何者かに散弾銃で頭を殴られる。 　翌朝、豹藤の遺体が発見される。近くには凶器の散弾銃が落ちていた。一番怪しかった豹藤が殺害されたため、高木刑事は真犯人が別にいると考える。だが、コナンはアンナを殺害したのは豹藤だと確信。問題は誰が豹藤を殺害したかだった。高木はヨットの下でアンナを撃った犯人が着ていた黒いレインポンチョ、黒手袋、顔に巻いていた黒いタオルを発見する。手袋には誕生日ケーキのクリームが付着していた。小五郎は隠していた証拠品を取りに戻った豹藤を待ち伏せした何者かが殺害したと考える。コナンはタオルに稲村とローマ字で刺繍されている事に気付く。 　目暮警部は稲村、真知子、森島を呼び集め、もう一度話を聞く事に。稲村は凶器の散弾銃を見て、自分のものだと認める。小五郎は刺繍が入ったタオルの事も確認。稲村は自分が作ったタオルだが、誰にも配っていないと証言する。稲村がアンナにプレゼントしたシャンパンを包んでいたのも同じタオルだった。稲村は盗まれた車に積んでいたタオルが犯行に使われたと考えるが、小五郎は稲村が豹藤に手を貸した共犯者と疑う。稲村は豹藤が犯人という証明もできていないのに共犯者扱いされて憤慨する。 　小五郎は稲村に反論されて弱気になるが、すぐに豹藤のアリバイが崩れたと強気に戻る。小五郎は森島が豹藤の共犯者と推理。覆面の男はずっと船室にいたという森島の証言をウソと疑う。だが、森島は恩人のアンナを裏切る事はないと反論する。お気に入りのホストだった森島を特別待遇の秘書として引き抜いたアンナ。真知子はアンナが別れた後も豹藤と密かに会っている事に森島の心中は穏やかじゃなかったと勘繰る。真知子は豹藤が好きなヒョウ柄のワンピースを着て街を歩くアンナと見たと証言する。

　コナン、光彦、元太、歩美、灰原は公園でサッカーをしている時に1人でワインを飲んでいる小森朋子（こもりともこ）と知り合う。朋子は涙を流しながら最愛の彼が亡くなったと告白。朋子は未亡人だった。この後、コナンたちは朋子に植物館に連れてきてもらう。朋子は元太たちと遊んでいる間は悲しみを忘れている様子だった。この後、歩美が植物館の中で迷子になる。朋子はインフォメーションセンターを訊ね、迷子の館内放送を頼む。しばらくすると、梶木浩平（かじきこうへい）が歩美の手を引いてやってくる。朋子は歩美を見つけてくれた梶木に感謝し、お礼がしたいと言って梶木の連絡先を訊く。 　 　後日、コナンたちは下校中に朋子と梶木と偶然会う。朋子はこの前のお礼として梶木を食事に誘ったのだ。コナンたちは朋子、梶木と一緒にレストランで食事をする。梶木はメンズコスメブランドの社長だった。梶木はよく公園や植物園を散歩するらしく、雑誌のインタビューでもその話をしているという。別の日、コナンたちは梶木と一緒にサッカーをする。この時、梶木は朋子の手作り弁当を食べて絶賛。梶木はこんな手料理を作ってくれる奥さんがほしいと語り、灰原は遠回しのプロポーズと冷やかす。 　後日、コナンたちは朋子の自宅に招待され、阿笠博士は子供たちの世話をしてくれる朋子にお礼を言うために付き添う。朋子の自宅は3階建ての大豪邸だった。コナンたちは朋子に迎えられる。すでに梶木は3階の屋上で皆を待っているという。朋子は梶木がお酒を飲み過ぎて寝ている事をコナンたちに教える。コナンたちが朋子に連れられて屋上の扉の近くに行くと、どこからかスマホの呼び出し音が聞こえてくる。朋子が扉を開けると、コナンは「危ない」と声を上げる。その直後、屋上の縁の方で梶木がよろけて転倒。木製の手すりが壊れ、梶木はそのまま転落して絶命する。

　コナン、蘭、園子は優雅さと快適さを兼ね備えたキャンプのグランピングを楽しむため、豪華なキャンプ施設にやってくる。施設では会社社長の戸崎敬大（とざきけいだい）、妻の戸崎響子（きょうこ）、メイクの三浦美香（みうらみか）、シェフの田辺博（たなべひろし）が豪華なBBQを前に写真を撮っていた。夜、コナンたちが焚き火の前でまったりしていると、広場の方から従業員の悲鳴が聞こえてくる。広場では戸崎の遺体がライトアップされ、暗闇に浮かび上がっていた。 戸崎の遺体の顔には化粧。口にはタラバガニを入れられ、手にはメモが握りしめられていた。そこに田辺、美香、響子がやってくる。コナンは挙動が怪しい3人に何かしたのか訊ね、3人は戸崎に何かした事を認める。響子は夫の戸崎、美香と一緒に戸崎の友人でもある田辺の料理を食べに来たと証言。美香は戸崎の宣材写真のメイクを気に入られ、そのご褒美としてここに招待されたという。響子は部屋を少し離れ、戻った時には戸崎が絶命していたと打ち明ける。 　響子は自分が犯人と疑われるのを恐れ、人のせいにする事にしたと明かす。響子は田辺の部屋に遺体を運び、田辺の犯行と思わせるために厨房の冷蔵庫にあったカニを口に突っ込んだと証言する。田辺は部屋に戻ると遺体があったため、メイクの仕事をする美香に罪を擦り付けようと思ったと証言。田辺は遺体の顔にマジックでメイクをして美香の部屋に運んだという。美香は部屋に戻って遺体を見つけ、人のせいにする事を決断。美香は「犯人は嫁」というダイイングメッセージを紙に書いて遺体に握らせたと証言。美香は遺体を戸崎の部屋まで運ぼうとしたが、面倒臭くなって広場に置いたという。 　響子、美香、田辺はお互いに陥れようとした事に腹を立てて言い争いになる。この後、駆け付けた目暮警部、高木刑事たちが捜査を開始。高木はカニを口に入れた理由を響子に訊ねる。響子は戸崎がカニアレルギーだった事を明かし、コナンはアナフィラキシーショックが死因の可能性が高いと考える。田辺も戸崎がカニアレルギーという事は知っていた。表向きはおしどり夫婦の戸崎と響子だが、田辺は2人の夫婦仲は最悪だったと暴露する。田辺は美香を戸崎の愛人と勘繰る。

　小五郎、コナン、蘭は打ち合わせのために弁護士の妃英理と会う。明日開催されるHISHIDAホールのリニューアルを記念した小五郎の講演。英理は後半のトークイベントに参加するのだ。帰り際、英理はファイルの一部を落とし、コナンは拾うのを手伝う。そのファイルは大学教授の殺害事件の新聞記事だった。翌日、講演前の小五郎が景気づけにワインを飲んでいると、ホールのオーナーの菱田順子（ひしだじゅんこ）、支配人の氏森勇作（うじもりゆうさく）が楽屋まであいさつに来る。 　続けて、イベント会社社長の角筈直也（つのはずなおや）がスタッフの甘木康介（あまぎこうすけ）、古井紀保（ふるいきほ）、筑波芽衣（つくばめい）を連れて小五郎の楽屋に現れる。さらにトークイベントに参加する警備会社社長の月野木英樹（つきのぎひでき）、俳優の猪越健一郎（いのこしけんいちろう）も楽屋を訪問。その時、ロビーの方から元支配人の冷泉茂吉（れいぜいもきち）の大声が聞こえてくる。 　先代の時代遅れの経営理念を一新し、同時に冷泉との契約を打ち切った順子。冷泉はステッキを順子に突き付けて激怒していた。この時、冷泉を止めようとした猪越と月野木が言い争いになり、灰原は2人には何か因縁があると察する。講演20分前、歩美、元太、光彦、灰原はサッカーを観戦するためにホールの出口に集まる。灰原は姿を見せないコナンを呼びに行き、歩美たちは先に出発する事に。灰原はコナンがいる小五郎の楽屋を訪れる。コナンと蘭は酔ってうたた寝をする小五郎に呆れていた。 　その時、猪越の楽屋の方から紀保の悲鳴が聞こえてくる。コナンたちが駆け付けると、猪越の楽屋のドアの隙間から血が流れていた。ドアは内側に5センチほど開いて動かなくなり、コナンたちは中庭に行って窓から猪越の楽屋の様子を確認。コナンの予想通り、心臓付近にナイフが刺さった猪越の遺体がドアの開閉を阻んでいたのだ。コナンはこの状況から密室殺人と判断する。

　小五郎の講演会が開催される会場で事件が起きる。トークイベントに参加予定だった俳優の猪越が密室状態の楽屋で何者かに殺害されたのだ。小五郎は元支配人の冷泉が犯人だと推理し、ステッキを使った密室トリックを暴く。だが、容疑者の冷泉が自供したのは全く別の殺害事件だった。冷泉がステッキを使って非常階段から突き落としたのはオーナーの順子。冷泉のステッキの先端と遺体のうなじの痣も一致する。冷泉は先代のやり方をないがしろにする順子が許せなかったと供述する。 　 　この後、講演を1時間遅らせる事が正式に決まり、小五郎はトークイベントに参加する警備会社社長の月野木に迷惑をかけると謝罪する。この時、コナンは話している2人を見て何かに気付く。高木刑事は防犯カメラの映像を確認し、冷泉が順子を殺害した時間が判明する。冷泉と順子が非常口を出ていった時間は午後2時45分、冷泉が1人で戻ってきた時間は2時55分だった。猪越が殺害された時刻は2時50分のため、目暮警部は猪越を殺害した犯人は別にいると考える。2つの事件が起きたのはほぼ同時刻。その時間の冷泉を除く関係者たちにはアリバイがあり、目暮と小五郎は犯人が消えたと困惑する。 　ロビーでは支配人の氏森、イベント会社社長の角筈、スタッフの甘木、紀保が集まって事件の事を話していた。講演が始まるまで30分を切り、氏森たちは名探偵、眠りの小五郎が解決してくれる事を期待する。コナンと灰原は猪越の楽屋を調べ、窓の近くに重石を置いた2枚の紙片を見つける。紙片は雑誌を破り取ったものらしく、コナンたちは事件後に誰が何のために置いたかを考える。コナンはピンときて、順子が殺害された現場も確認。コナンの推理通り、現場の階段には同じような紙片2枚が置かれていた。コナンと灰原はこの紙片は何かのメッセージだと確信する。この時、コナンはスタッフの芽衣から知らせた方が良いと助言され、紙片の事を小五郎に教えに行くが、小五郎は全く相手にしない。

　小五郎の講演会が開催される会場で2つの事件が起きる。元支配人の冷泉はオーナーの順子を殺害。俳優の猪越を殺害したのは警備会社社長の月野木だった。月野木の密室トリック、犯行時刻をズラしたトリックを見破り、犯人の証拠まで見つけたスタッフの芽衣。コナンは芽衣の推理力を目の当たりにして驚きを隠せない。この後、HISHIDAホールで小五郎の講演が始まる。小五郎が名探偵の極意を語る第一部は無事に終了。第二部のトークイベントに参加する弁護士の妃英理も会場にやってくる。 　第二部のゲストだった猪越、月野木は参加できなくなり、急遽、芽衣が新世代推理女子として、小五郎と英理と共にイベントに参加する事になる。芽衣は大学で犯罪心理学を勉強していた。コナンは芽衣に推理力がある理由がわかって納得する。スタッフの甘木、紀保は英理を楽屋に案内。英理はテーブルに置かれた重石と紙片2枚に気付く。コナンと灰原は紙片を捨てようとする甘木を慌てて止める。 　この後、第二部が始まり、光彦、元太、歩美もサッカー観戦から戻ってくる。コナンは2件の殺人事件が起きた事を光彦たちに伝える。事件現場と英理の楽屋にあった紙片は暗号の可能性が高く、コナンはこの暗号を解くコードブックとなる破られた雑誌を一緒に探してほしいと頼む。トークイベントでは芽衣が名探偵の小五郎に質問。芽衣は1年前にある大学で起きた殺人事件の謎を訊ねる。被害者は大学の教授で、犯人として逮捕されたのは芽衣の友人の兄である研究助手の芦田大翔。自分の論文を教授の著書の盗作と言われ、職を追われそうになった事が動機だった。英理は芽衣の話を聞いて顔色が変わる。 　容疑者は犯行を自供し、裁判でも有罪が確定。小五郎は何も問題がないと答えるが、芽衣は大ありだと言って怒りを露わにする。その頃、光彦はスタッフルームで複数のページが破られた雑誌を発見する。雑誌はアメリカのニュース雑誌の日本版だった。コナンは目次を見て、大学教授の殺害事件に目を留める。コナンは英理が大学教授の殺害事件の新聞記事を持っていた事を思い出す。

　大阪にある日売テレビ新社屋の大ホールで新社屋完成記念映画「大怪獣ゴメラvs仮面ヤイバー」の制作発表会が行われる。小五郎は招待され、コナン、蘭、元太、光彦、歩美、灰原、平次、和葉を連れて発表会に来ていた。敏腕プロデューサーの米倉功人（よねくらいさと）がステージ上であいさつした後、部下のプロデューサー、小杉裕雅（こすぎひろまさ）が小五郎に声をかけてくる。明日は大阪城公園で映画の群衆シーンの撮影があり、小杉はエキストラとして参加してほしいと小五郎たちに頼む。 　米倉はスマホを見ながらバックヤードにある倉庫にやってくる。倉庫には巨大な怪獣のフィギュアがあり、足場に固定されたロープが怪獣に結び付けられていた。足場の上にいる犯人はロープを切ろうとするが手が滑ってナイフが床に落ちる。だが、米倉はスマホ画面を見て、音に気付いていなかった。犯人はそのままナイフでロープを切断し、巨大な怪獣のフィギュアは米倉の上に倒れる。この後、怪獣フィギュアの下敷きになった米倉の遺体が発見され、コナンたちも騒動に気付いて現場に駆け付ける。 　大阪府警の大滝警部たちは現場検証を開始。遺体の傍らにはスマホがあり、コナンと平次は息絶える寸前まで米倉がスマホを操作していたと推理する。この後、フィギュアに支えていたロープはナイフで切られていた事が判明。大滝たちは事故ではなく、事件として捜査を進める事に。平次は倉庫のセキュリティを確認。第一発見者の小杉は専用カードキーを持っているのは主要スタッフ15人だけと答える。コナンは倉庫に行った理由を訊ね、小杉は午後2時半に倉庫に来いという米倉のメモがあったと答える。 　この後、倉庫に入るカードキーを持っていて、バックヤードに残っていたのは小杉を含めて3人だけと判明。小杉以外の2人は米倉の部下であるプロデューサーの三原義人（みはらよしひと）と高内尊（こううちたける）だった。米倉はヒットメーカーと言われていたが、実際に企画を考えていたのは部下だった小杉、三原、高内の3人。平次は米倉の事が邪魔だった3人には殺害する動機があると考える。 　犯行時刻は米倉が倉庫に入った午後2時20分から発見された2時30分までの間。平次はこの時間のアリバイを確認する。三原は3階の会議室に1人でいたと証言。三原は会議室で2時20分と30分頃に他のスタッフと会っていて、時間的に犯行は不可能だった。高内はセキュリティチェックで館内を歩き回っていたと証言。誰にも会っておらず、アリバイはないに等しかったが、高内は米倉を殺害する事はできないと主張。高内は極度の高所恐怖症で足場にも上がる事ができないのだ。2人は仕事があるとその場から去っていく。この後、米倉のスマホの解析が終わり、米倉は犯人の写真を撮っていた事が判明。写真はピンボケの後ろ姿だけだったが、コナンと平次はわずかな手掛かりから犯人を見破って…。

　大阪の日売テレビの新社屋完成記念映画「大怪獣ゴメラvs仮面ヤイバー」の制作発表会に招待されたコナンたち。制作発表中、敏腕プロデューサーの米倉が倉庫で巨大な怪獣フィギュアの下敷きになって絶命する。フィギュアを支えていたロープはナイフで切られていて、大阪府警の大滝警部は事件として捜査を進める。そして、コナンと平次はわずかな手掛かりから米倉の部下のプロデューサー、高内と三原の共犯だと見破る。高内と三原は米倉の車を奪って逃走するが、その直後に車が爆発する。 　翌朝、大滝警部は本部長の服部平蔵、刑事部長の遠山銀司郎に捜査状況を報告する。爆弾は暴走した衝撃で爆発した可能性が高く、運転していた高内は即死だった。高内と三原が逃走した時、日売テレビにいた京都府警の綾小路文麿警部。平蔵は現場にいた理由を訊ね、綾小路は一昨日、京都宝ヶ池の道路で死亡事故があった事を明かす。亡くなったのは脚本家の恩田崇（おんだたかし）。親の財産を食いつぶして生活していた恩田は自宅付近の山道から車ごと崖下に転落。綾小路は事件の可能性を探っていた。 　赤と青のスポーツカーを所有し、偶数日は赤、奇数日は青と決めていた恩田。一昨日は奇数日だが、青の車に故障が見つかり、赤の方に乗っていたという。綾小路は恩田の事を調べ、過去に米倉と接点があった事を突き止めたのだ。2人はかつて同じ団体主催の自主映画上映会に参加していた。平次は車に爆弾が積まれていたため、米倉が2方向から狙われていた可能性もあると推理する。 　 　助かった三原は取り調べを受ける。三原は倉庫で米倉はスマホを見て「恩田が、恩田が」と何度もつぶやいていたと証言する。コナンは米倉のカバンの中身を確認。昨日の夜からバンコク出張の予定だった米倉のカバンには航空チケット、パスポートの他に新聞6紙が入っていた。米倉は恩田の事故を詳しく調べていたのだ。この後、大阪南港の倉庫で爆発があり、日売映画社の末村良平（すえむらりょうへい）が爆死する。末村は米倉に頼まれ、「大怪獣ゴメラvs仮面ヤイバー」の撮影に使う倉庫を探していた。末村もかつて自主映画上映会に参加。爆弾は米倉の車に仕掛けられたものと同じ可能性が高かった。 　そして、再調査の結果、恩田の車にも爆弾が仕掛けられていた可能性が高いと判明。小五郎は同一犯による連続爆破殺人事件と確信する。綾小路たちは米倉、恩田、末村が参加していた自主映画上映会の主催者、奥田から当時の話を聞き、3人には石澤克二（いしざわかつじ）という仲間がいた事がわかる。理工学部出身の石澤には爆弾を製造する化学知識があるのだ。当時、石澤は3人から陰湿なイジメを受けていたという。そして、鑑識の結果、末村の殺害現場の爆弾から石澤の指紋が検出される。石澤の自宅には爆弾が残っている可能性もあり、大滝たちは特定した石澤の自宅へ慎重に踏み込むが…。

　大阪の日売テレビの新社屋で敏腕プロデューサーの米倉が殺害された事件は急展開を迎える。犯人は捕まるが、米倉の車には爆弾が仕掛けられ、別の人にも狙われていた事が判明。京都で事故死した脚本家の恩田の車にも爆弾は仕掛けられていた。そんな中、倉庫で爆発があり、日売映画社の末村が爆死。これは同一犯による連続爆破殺人事件なのだ。米倉、恩田、末村はかつて自主映画上映会に参加していた仲間と判明。そして、当時、3人は石澤という仲間をイジメていた事も明らかになる。 　末村の殺害現場の爆弾から石澤の指紋が検出され、大滝警部たちは石澤を犯人と考え、自宅へ踏み込む。そして、大滝たちは後ろ手を縛られ、後頭部から出血した石澤を発見。憔悴した石澤は意識を失い、自宅から爆弾は見つからなかった。この後、コナン、小五郎は石澤の自宅を調べる。2階で2、3日監禁されていた石澤。逃げようとして階段から1階に転がり落ちた時にケガをしたのだ。 　大滝たちが自宅に踏み込んだ時、石澤がいたのは台所。コナンは石澤が玄関から逃げずに台所に向かった理由を推理する。靴脱場には新聞が散らばり、一番上には昨日の朝刊があった。それは米倉が殺害された事件が一面の新聞だった。その頃、平次は京都に行って、恩田の事を調べていた。この後、コナンは灰原と合流。灰原はコナンに頼まれ、米倉、恩田、末村の共通点を調べていたのだ。15年前、お金に困って借金をしていた3人。その借金をキレイに清算したのが3人揃って10年前だった。 　 　コナンは10年前に起きた未解決事件に注目する。それは神戸で起きた資産家宅の強盗事件で、4人組の犯人は1億2千万円を奪って逃走。犯行には爆弾が使われていた。この4人組の犯人グループは米倉、恩田、末村、石澤の可能性が高く、コナンは今になって仲間割れがあったと推理する。恩田は投資に失敗して破産寸前だったらしく、強請られる可能性が高いのは成功者の米倉だった。米倉が強請ってきた恩田を殺害した可能性もあるが、コナンは米倉の車にも爆弾が仕掛けられていた事が引っかかる。灰原は石澤が怪しいと考え、監禁は自作自演と疑うが、コナンは現場の状況から自作自演はないと断言する。 　灰原はお手上げ状態になるが、コナンはすでに事件の真相に近づいていた。コナンは恩田が車を2台所有しているのに犯人が片方にだけ爆弾を仕掛けた意味、米倉の車の爆弾に起爆装置、時限装置が付いていなかった理由など、これまでの謎を1つ1つ整理していく。この後、石澤は病院で目を覚まし、大滝、綾小路は誰に監禁されたのかを訊ねる。だが、石澤は口を割ろうとしなかった。大阪府警の合同捜査本部には本部長の平蔵、刑事部長の銀司郎、大滝、綾小路らが集まっていた。そこにホテルで待機していた小五郎が現れる。コナンは部屋に入り込み、小五郎に向けて麻酔銃を発射して…。

　大阪府警の本部長の平蔵、刑事部長の銀司郎、大滝警部、京都府警の綾小路警部が集まる大阪府警の合同捜査本部。コナンは小五郎に向けて麻酔銃を発射。コナンは眠りの小五郎として今回の連続爆破殺人事件の核心に迫る。恩田、末村を爆殺した犯人の意図は自身のアリバイを確保するため。車の故障によって1日早まってしまったが、恩田が本来亡くなる日に海外主張を予定していた米倉。映画「大怪獣ゴメラvs仮面ヤイバー」プロデューサーの米倉は末村を倉庫に行かせる事が可能だった。 　2人を殺害した犯人は米倉だったのだ。眠りの小五郎は米倉が車に積んだ爆弾を空港の駐車場で爆発させるつもりだったと推理。米倉は全ての罪を石澤に着せようと企てていたのだ。眠りの小五郎は10年前の4人組による強盗事件が動機だと説明。その時、平次が恩田の自宅から証拠となるビデオテープを持ってやってくる。テープには強盗した時の恩田、米倉、末村、石澤が映っていた。コナンは4人が映っていたため、撮影した5人目がいたと推理する。米倉の狙いは関係者を全員殺害する事。コナンと平次は米倉がもう1人も殺害するため、どこかに爆弾を仕掛けていると確信する。 　 　大滝たちは5人目の強盗犯の特定を急ぐ。コナンと平次は病院にいる石澤に会いに行く。石澤は米倉に監禁された事を認め、米倉に脅されて爆弾を作った事も白状する。その頃、蘭、和葉、歩美、光彦、元太は映画「大怪獣ゴメラvs仮面ヤイバー」の一般向け制作発表が行われるアベノハルカスの特設会場に来ていた。和葉はバルーンのゴメラ、ヤイバーと自撮りして平次のスマホに送信する。石澤は平次とコナンが病室から離れた隙に変装して病院から出ていく。 　 　この後、石澤には浩一（こういち）という2つ上の兄がいる事が判明する。綾小路は5人目は浩一の可能性が高いと考える。その頃、石澤は古いアパートに住む兄の浩一を訪ねていた。石澤と浩一が話していると、物陰からコナンと平次が現れる。コナンたちは病院からずっと石澤を尾行していたのだ。浩一は一瞬の隙を突いて逃げていく。浩一は人混みに紛れて逃げようとするが、コナンは浩一を何とか見つけ出して捕まえる。 　平次はコナンと合流した後、自宅を調べたが爆弾は見つからなかったと伝える。浩一を殺害するために米倉は浩一の自宅に爆弾を仕掛けたと睨んでいたコナンと平次は困惑。この後、浩一は仕事をサボった事を明かす。それは米倉から頼まれたイベントの警備の仕事だった。平次がどこの警備か訊くと、浩一はアベノハルカスで行われる映画の制作発表だと答える。それは蘭、和葉たちが行っているイベントだった。コナンと平次は皆を助けるために動き出すが、爆弾が爆発する時刻は刻一刻と迫っていた…。

　江戸川コナンは、毛利蘭、毛利小五郎とともに、蘭が福引で当てた金沢旅行にやってくる。3人が金沢観光を満喫していたところ、小五郎は不注意から林マリという女性とぶつかる。普段はハイヤーを使っていてタクシーに乗ったことがない、手助けしたコナン達にチップを渡そうとするなど、マリは浮世離れしたお嬢様だった。 　一旦は分かれたものの、マリがひったくりにあっているところに遭遇。再び助けるが、どうも言動がおかしい。マリは小五郎がひったくりから守った大金入りのボストンバックを「置いてきた」というのだ。現場に駆け付けるが、すでにそのバッグはなく、コナン達は詳しい話を聞くことに。実は、犀川学という呉服店の元友禅作家が誘拐されており、マリがその身代金受け渡しを指示されていたことを知る。 　その後、学は無事に解放された。普段の行動範囲を知っていたことや、ボイスチェンジャーで声を変えていたことから、知人の可能性があるとコナンは考える。しかし、マリ、経理の楓優子、学の弟子・萩野凛太朗にはそれぞれアリバイがあった。残るは社長の林壮一だが、彼にも身代金受け渡しの時、自宅にいたというアリバイがある。 　そんな中、壮一はマリの彼氏・近藤タクミに疑いの目を向け、呼び寄せる。タクミにはアリバイがなく、言い争いになるが、学が誘拐されていた疲労のためか座り込んでしまう。学を介抱するため、その場は一時お開きとなるが、そこでコナンは今回の事件の不審な点に気が付く…。

　江戸川コナンは、毛利蘭、毛利小五郎とともに金沢旅行に来ていた。そこで身代金を運ぶ林マリという女性に会い、誘拐事件に巻き込まれる。しかしこの誘拐事件、被害者と思われていた元友禅作家・犀川学の自作自演だった。犯人もわかり、事件は解決したかに思われた。 　ところがその後、学の雇い主だった呉服店社長の林壮一が襲われるという事件が発生。動機や目撃証言から、学が有力な容疑者となる。 　そんな中、マリのもとに学から電話がかかってくる。その内容は弟子である萩野凛太朗を誘拐したというものだった！　身代金が準備され、小五郎が受け渡しに駆り出される。 　コナンは監禁写真や脅迫電話からヒントを探し、ある場所に１人で行こうとするが蘭に見つかってしまう。コナンの目的地は小松空港周辺。学からの脅迫電話に飛行機の離発着音が聞こえたため、金沢周辺で唯一空港がある場所へやってきたのだ。蘭とともに小松駅にたどり着いたコナンは、そこで学に鉢合わせするが…。

　警視庁交通部交通課の三池苗子は遅刻しそうになり信号無視をしようか迷っていたところ、幼少期、刑事部捜査一課強行犯捜査三係の巡査部長・千葉刑事に注意されたことを思い出し立ち止まる。そこにコナンたち少年探偵団が通りかかる。苗子は、標識について教えながら途中まで一緒に通学する。その様子を見ている不審な男がいた…。 　苗子は千葉に好意を寄せながらも、いまだに恋心はおろか元同級生であることすらも伝えられない。 　なかなか進展しない千葉との関係に悩み、憂さ晴らしのため交通部執行課警部捕の八木紫織、交通部執行課巡査部長の百崎橙子と、カラオケに行くことになる。そこで八木と百崎は、ここ1週間ほど、お互い誰かにつけられていることを知る。 　酔っぱらった苗子とそれを介抱する八木を見送り、1人なった百崎に「公園から女の子の泣き声がする」と男が声をかけてくる。不審に思いながらも百崎は男についていくことにするが、そこで襲われ翌日、遺体となって発見される…。

　警視庁交通部交通課の三池苗子は、同僚の八木紫織、百崎橙子とカラオケに行く。その帰り道、１人なった百崎が襲われ、翌日遺体となって発見されてしまう。遺体のそばには折れ曲った１００円硬貨、そして百崎の指は、公園のブランコを指さしていた。 　一週間前、百崎と八木は青野健吾、赤峰萬治、白山祐三という３人の男性を交通違反で取り締まっていた。３人とも急いでいたため激しい言い争いになっており、今回の事件はそれと関係があるのではないかと捜査が進む。 　そんな中、八木はある男のもとに１人で向かっていた。百崎殺害の犯人だと確信し、そこにいた男に自首を促すが襲われてしまう。倒れた八木を見つめ、男は「あと…一人…」とつぶやくのだった…。 　一方、江戸川コナンは、一週間前に交通違反の取り締まりが行われた、米花町五丁目の交差点近くにある、喫茶ポアロで安室透と榎本梓に聞き込みをしていた…。

　警視庁交通部交通課の百崎橙子、八木紫織が立て続けに殺害された。 　佐藤刑事、高木刑事、千葉刑事など警視庁の刑事たちは、八木の落下現場付近の聞き込み開始。一週間前に付近で別の事件が発生していたことを知る。 　そこに交通課の宮本由美がやってきて、“駐車禁止の標識”が２人のダイイングメッセージではないかと助言する。一週間前、百崎と八木が取り締まった青野健吾、赤峰萬治、白山祐三という３人の男性に容疑者は絞られるが、決定的な証拠はない。由美は、八木が残したもう一つのダイイングメッセージ『７１５５』から、さらなるヒントを得るために前日、２人と一緒にカラオケに行っていた三池苗子に電話をする。 　そんな苗子の話を聞き『由美』という名前に怒りを燃やす怪しい男がいた…。 　一方、現場にやってきた江戸川コナンは千葉刑事に声をかけ、現在の捜査状況を知る。コナンは千葉刑事に車で送ってもらっている最中、あることに気が付く…。

　江戸川コナンは、警視庁交通部交通課の八木紫織が殺害された現場で千葉刑事に声をかけ捜査状況を確認。ダイイングメッセージなどから犯人が、一週間前、運転中にスマホをいじっていたことで交通違反の取り締まりを受けた青野健吾であることを特定する。 　さらに佐藤刑事たちは、取り締まりを受けていた際に“由美”という名前を耳にしていたことを知る。実際には二人の友人だが、交友関係から同じ交通部の宮本由美が狙われるのではないかと、犯人の捜索が始まる。しかし、犯人の姿は見つからず、由美ともなかなか連絡が取れない。 　そのころ三池苗子は、由美の連絡先を聞きだそうとする青野に監禁されていた。決死の覚悟で千葉刑事に連絡を入れるが喋ることができず、監禁場所のヒントを残すだけで携帯電話を取り上げられてしまう…。

　コナンと蘭は、駅前で失踪した妻を探す男性・樋口正樹と出会う。妻の樋口知実が失踪した日は、お祝いをする予定で、財布や携帯電話も自宅に置いたままだという。事件だと考えたコナンと小五郎は、樋口の自宅近くで聞き込みを開始するが、目撃情報も少ない。 　そんな中、『今夜は許して！』『殺すのは明日にして！』など河原で物騒な言葉を聞いたという青年、正樹と知実が怒鳴り合う声を聞いたという主婦、公園で『私を追い出して！』と叫んでいる知実を見かけたという女性の目撃証言を得る。出てきた話は正樹と知実が揉めていたというようなものばかり。 　さらに「奥さんの遺体を庭に埋めていた」という匿名の通報で目暮警部、高木刑事たちがやってくる。庭の捜索を始めると、そこから遺体が発見され…。

　とあるマダムに依頼され、行方不明になったペットの“アルマジロ君”を探すことになったコナンと小五郎。捜査中に乗ったタクシーの運転手は小五郎の大ファンで猛アプローチ！　先ほど乗車した不審な“サングラスの兄弟”について語り、その道順を案内し始める。 　兄弟は行き先を告げず遠回りし、小さな百円パーキングで降りて行ったという。その後、向かっていった公園では『お化け煙突祭り』のお囃子の練習が行われていた。 　ハロウィンの影響で盛り上がっている『お化け煙突祭り』では、売上金を大きな金庫で管理しており、それは当日の交通規制で銀行の集金車が回収しに来ることになっている。コナンは、兄弟がこの売上金を狙っているのではと推理する。

　投資会社社長の土田義博にボディーガードを依頼された小五郎は、コナンと共に様子を見に行く。そこには顧客である北村満や阪東篤子がいた。彼らは「詐欺だ！」と怒り心頭。投資の内容を見た小五郎も「法に触れているのでは？」と依頼を断って帰ろうとする。 　しかしそのとき悲鳴が聞こえ、コナンと小五郎が駆けつけると、そこには呆然としている事務員・永瀬綾子の姿と、倒れている土田がいた。さらに、扉の向こうにはナイフを胸に刺された秘書・梶浦勇人の姿が……。そこに外で梶浦を待っていたという恋人・牧村希美もやってくる。 　小五郎は、怒っていた顧客たちの中に犯人がいるのではと考え……。

　公園にバードウォッチングにやってきたコナンたち少年探偵団は、“推理力向上”のために双眼鏡で川の対岸の人間観察を始める。職業あてをして遊んでいたところ、変装した高木刑事たちが張り込みをしているのを発見。どうやら、誘拐事件の現金の受け渡しが行われているようだ。向こう岸に行こうとするが、移動までの時間がかかるため、そのまま見守ることにする。 　その後、現金の受け渡しに犯人が現れ確保されるが、コナンは何か引っかかる。犯人は、誘拐事件ではなく、特殊詐欺の受け子だった。少年探偵団の面々は、それぞれ犯人らしき人物に目星をつけ観察しはじめ……。

　小五郎のもとに「大切なブローチを盗まれた」という女性・香苗がやってくる。香苗は犯人から『宝物のブローチは預かった。返して欲しければ、あの世まで取りに来い。公園だ。ただし、警察に知らせたらお宝は即刻処分する』という手紙を受け取っていた。 　指定された公園に向かった小五郎と香苗は、そこにあったカラクリ時計から新たな手紙を発見する。そこには二人の行動を見張っていたような文章と次の場所が指定されていた。手紙の“あの世まで”という言葉、そしてたびたび起こる危険に小五郎は香苗が命を狙われているのではと考える。 　次々に場所を移動させられていた小五郎は、２年前に解決した“ある事件”を思い出していた……。

　毛利小五郎探偵事務所に、高木刑事と佐藤刑事がやってくる。「最近、おかしな事件がいくつも起きている」という２人は、事件の資料を小五郎に見せる。 　事件の内容は結婚詐欺、銀行殺人、空き巣……とバラバラ。しかし、これらの事件には共通点があり”事件のプロット”が証拠品の中に必ず入っているというのだ。捕まった犯人たちの供述によると「犯罪アドバイザー」から犯罪計画書を売ってもらったという。居場所を突き止めた２人は警察側のアドバイザーとして小五郎に白羽の矢を立てたのだった。 　”現代のモリアーティ”と名乗った犯罪アドバイザーの浜中繰は、「犯罪小説のプロットを売っている」と言って自分のやってきたことを認め、犯罪教唆で逮捕される。佐藤刑事の凄みに押され、かかわっている事件について浜中は話し始めるが、『石神隆復習計画』というプロットの容疑者だけが見当たらず……。

　江戸川コナンたち少年探偵団が、公園を通りかかるとそこには傷だらけの猫がいた。猫はどうやら何者かに暴行を受けたようだ。急いで病院に連れて行き、少年探偵団は猫の爪に残っていた血痕と繊維から犯人捜しを開始する。 　そんな中、目暮警部たちの乗る覆面パトカーを目撃。追いかけると規制線の張られた『坊っちゃん亭』という料亭があった。『坊っちゃん亭』は、夏目漱石の有名な小説『坊っちゃん』を再現した料亭。そこでは、接客係主任の“うらなり”が遺体となって発見されていたのだ。 　彼の上着は、猫の爪に残ってた繊維と酷似していて……。

　コナンたち少年探偵団がケガをした猫を保護した日、夏目漱石の小説『坊っちゃん』を再現した料亭『坊っちゃん亭』で接客係主任の“うらなり”が遺体となって発見された。警察の捜査が進む中、犯人の有力候補と思われた経営者の“赤シャツ”までもが、翌日、遺体となって発見される。警察は逃られないと思い詰めた末の自殺だと考える。 　しかし、“うらなり”の遺体が移動させられていたことに気が付いたコナンは、敷地内に住んでいた“赤シャツ”に疑いの目を向けさせるための偽装だと見抜く。 　そのことを小五郎や目暮警部に伝えようとするコナンを止め「あの猫にひどいことした犯人、私たちで見つけたい！」という歩美の提案により、少年探偵団はそちらの犯人について捜査することにする……。

　平次と和葉は、コナンたちと博物館“鈴木ミュージアム”に行くため、新幹線で東京に向かっていた。 　鈴木ミュージアムには、世界最大級のコンクパール「妖精の唇(フェアリーリップ)」が展示されており、怪盗キッドがこれを狙っているらしい。コナンたちは鈴木次郎吉のキッドへの挑戦状でそのことを知る。挑戦状には「その宝石は全方向から速やかに見ていただける準備をしています」と書かれていた。 　鈴木ミュージアムでは、「妖精の唇」を硬質ガラスでできた部屋で、巨大な氷柱の中に入れて展示。そこには中森警部とともに、長野県警本部捜査一課の諸伏高明警部がいた。 　一方、怪盗キッドはすでに機動隊員に紛れて下見に来ており、高校生探偵２人と頭の切れる高明警部の存在を脅威に感じていた。予告状を出すことをためらっていたが、そこに「預けた本物のコンクパールの指輪に模造品を付け替えられて返された」と訴える人物が現れ……。

　コナン、蘭、小五郎、そして大阪からやってきた平次、和葉は世界最大級のコンクパール「妖精の唇(フェアリーリップ)」を見るため、博物館“鈴木ミュージアム”にやってくる。 　一方、「妖精の唇」を盗むと予告した怪盗キッドは和葉に変装して平次を翻弄。展示部屋に潜入し、氷の中にたくさんの宝石を増殖させるマジックをみせる。それが“フローラルアイスパフォーマンス”と高明警部が見破ったことにより、その場にいた平次と和葉は怪しまれる。しかし、入り口に設置されていたセンサーは反応せず、なんとか切り抜けることができた。 　コナンは、言動から和葉が“怪盗キッドの変装”だと見抜く。コナンからその事実を伝えられた蘭と小五郎は“平次も気が付いており一緒にいるのは捕まえておくためだ”と怪盗キッドを泳がせることにするが……？

　毛利小五郎探偵事務所に、武藤雅子という女性がやってくる。 　雅子は姿を消した夫・武藤一誠を探しているという。先日、友人とランチをするために車を運転していた雅子は、勤務先ではない町で夫を見かけた。一緒にいた見知らぬ女性と別れたところで声をかけたが、何故か逃げられ姿を見失ってしまったというのだ。 　コナンと小五郎は、自宅にあった名刺から夫が勤める会社を訪ねるが、そこは若い起業家達が安い資金で起業するために使う架空のオフィス“ヴァーチャルオフィス”だった。 　夫はいったい、何をしていたのか……？

　毛利小五郎事務所にやってきた武藤雅子の夫・武藤一誠。失踪していた彼の本来の仕事は貿易商ではなくリサイクル業者の社長だった。見栄を張って雅子に隠し事をしていたことを反省し、武藤夫婦は無事和解したかに思えた。 　しかし翌日、一誠が遺体となって発見されたと探偵事務所に連絡が入り、急いでコナンと小五郎は現場に向かう。 　遺体の死亡推定時刻は本日2時から6時の間。死因はまだわかっていなかったが、遺体は燃やされ黒焦げになっており、身元の判明を遅らせるためか歯がすべて抜かれていた。 　コナンは、死亡したのは本当に一誠かと疑問を持つ。小五郎とともに会社へ聞き込みに行くと、無断欠勤している社員・野中貞彦の存在を知る。コナンと小五郎は、野中の自宅に向かうが彼の姿はない。そんな中、コナンはある所持品がないことに気が付き……。

レストランに食事に行ったコナン、蘭、小五郎は、そこで通販サイト『クレーノ』の社員たちが“会社解散パーティ”をひらいているのに出くわす。そこには、社長の呉野次郎、広報担当の戸田潤之介、商品管理担当の越元栄路、経理担当の成田摩由、ウェブデザイナーの上条広雄がいた。労いの言葉とともに花束を渡された呉野が倒れてしまう。その花束には、毒針が仕込まれていたのだ。 　話を聞くと、参加者それぞれに殺害の動機があった。そんな中、従業員から花束の前にしゃがみこみ何か細工をしている越元の姿を目撃したとの証言が出てくる。参加者たちを再び集めるが、そこに越元の姿がなく……。

　コナン、蘭、園子はショッピングモールに買い物に来ていた。そこでスマートフォンで操作できるアザラシのおもちゃを販売している４人のモデルを見かける。 　そんな中、転んでしまったコナンは、蘭、園子とともにバックヤードで休憩させてもらうことになる。そこには、先ほど見かけたモデルたちがいた。西条彩華、深本舞衣、小諸美奈、大淀祐子の４人は、それぞれに雰囲気が悪く、特にＣＭのオーディションで争った彩華と舞衣は最悪なものだった。 　買い物に戻ったコナン達だったが、直後に悲鳴が聞こえる。悲鳴の聞こえた倉庫に駆け付けると、そこには立ち尽くしている舞衣と、頭から血を流して倒れている彩華がいた。 　彩華は、工事中だった倉庫の足場から転落したようで、事故、殺人どちらの可能性もあった。控え室のゴミ箱から『舞衣へ。さっきはごめんなさい。私、調子にのってた。謝りたいので、倉庫の二階に来て。彩華』という手紙が見つかり、現場にブローチが落ちていたことで、舞衣に疑いの目が向くが……。

　コナンたち少年探偵団は登校中、歩美から「絵日記に何を書いていいか迷っている」と相談を受ける。それぞれに案を出し、コナンも「歩美ちゃんなりの観察眼で、毎日周囲を見渡すんだ。そうすればネタはきっと見つかるはずだよ」とアドバイスする。 　そんななか、通学路にある米花町商店街の宝石店『金子宝石店』に人だかりができているのを見かける。店のショウウインドウには豪華な宝飾時計があった。店主が「町おこしのために」と仕入れた商品で、住民たちも興味津々の様子だ。装飾時計は世界に5本しかない限定品で、値段は億はくだらないという。当然、万全のセキュリティで守られているのだが、コナンは泥棒に狙われていることに気が付く。 　そのきっかけは、コナンのアドバイスを受けて歩美が描いていた数日間の絵日記だった……。

毛利探偵事務所に依頼人・大出房矢がやってくる。房矢の依頼は、父親・大出頼太が殺害された事件の犯人を見つけてほしいというものだった。 　事件は先週の水曜日、手倍町の自宅で発生。一人でいた頼太が何者かに頭を殴打され亡くなり、現金三十万円ほどが盗まれた。十日経った今も、犯人はまだ捕まっていないというのだ。 　房矢は生真面目な父親への反発でグレていた時期があった。最近、姉が地元では有名な資産家一族の御曹司と婚約したのを聞きつけ、その頃のワル仲間が「婚約相手を自分たちにも紹介しろ」と迫ってきていたのだ。姉に迷惑をかけないよう家出を計画していたため、事件の日、在宅しているはずの時刻に家にいなかった。房矢は、そのせいで強盗に入られたのだと考え後悔していたのだった……。

依頼人・大出房矢が家出をしている間、自宅に1人でいた父親・頼太が強盗に入られ殺害された。コナンと小五郎は、盗みをした人物を見つけるが「殺害はしていない」という。 　なかなか犯人像が見えない中、再び現場に向かうコナンたち。「ソファがあるにもかかわらず床で寝ていたのはなぜか」という疑問から、小五郎は睡眠薬を飲まされたと考える。そこで思い当たったのが、駅前で大出家の3人を薄笑いで見ていた女性・曽保呉美だった。呉美が薬剤師だと知った小五郎は、彼女に会いに行くことにする。 　一方、コナンは姉の杏と、母親の伊緒に当日の話を聞き、殺害された時間に疑問を持つ……。

　コナンは、蘭、園子とＳＮＳ映えすると評判のドーナツを出す町家カフェにやってくる。 　しかし、店内には店長の富田智、店員の酒井千登勢、客も怪しげな2人しかいない。1人はずっと挙動不審な古川義久、もう1人はずっとドーナツを観察して撮影している野中健司。 　そんななか、トイレに行った野中の悲鳴が聞こえる。そこには頭を殴られて倒れている富田の姿があった。 　容疑者は店内にいた3人に絞られる。ずっとドーナツを揚げている音がしていた酒井、テーブルに居たことを全員が証言できる古川。一方で、被害者の次にトイレに行き、近くでカフェをやっていて「いつもこの店に偵察に来て、レシピを盗んでいっている」と言われる野中に疑いの目が向くが……。

　コナン、蘭、園子、京極、世良の５人で映画を見に行った帰り道、拳銃を持ち女性を人質にとった男に遭遇。京極の活躍で事件は解決……と思いきや、それはＴＶドラマの撮影をしている俳優だった。京極は気絶してしまった俳優の代役を務めることになる。 コナン達が見学にやってきた撮影現場は廃校の校庭と四階の教室。そこには、監督の富岡茂松と助監督の尾取大策、俳優の徳薗彩也、神明奈々子、メイクの油井英香、ＡＤの吠木曜太といった多くのスタッフがいた。京極は刑事役とアクションの練習を始める。 　休憩後、四階から徳薗が落下シーンを撮るためのカメラが校庭にセットされた。その時、悲鳴と共に徳薗が落下し、四階の窓から京極が姿を現す……。

　京極が代役を務めることになったＴＶドラマの撮影現場に、コナン、蘭、園子、世良は見学にやってくる。しかしそこで俳優の徳薗彩也が、撮影現場の校舎四階から転落する事件が発生する。 　犯人に気づいたらしい助監督の尾取大策は、こっそりメッセージを送り何かを企んでいる様子。 　徳薗のスマホが、四階の窓の外という不自然な場所に置かれていたことから警察は事件として捜査を開始する。 　一方、世良はコナン達に“工藤新一”について「妙な薬飲んでないかな？」「新一くんがいる時、コナンくんいないんじゃないか？」などと探りを入れてきて……。

　京極が代役を務めることになったＴＶドラマの撮影現場である校舎四階から俳優の徳薗彩也が、転落する事件が発生。捜査が進む中、助監督の尾取大策も毒殺されてしまう。直前まで持っていた飲み物のシェイクから毒物は発見されず、べつに食べ物などを渡した人物もいない。しかし尾取が所持いたはずのスマホが見当たらない。 　コナンは捜査をしようとするが、一緒にいた世良が“工藤新一”さらには“灰原哀”についても探りを入れ始め、気が気ではない。 　一方、少年探偵団と遊んでいた灰原は、話の流れから２５年前に倒産した“白鳩製薬”。そこで働いていた父・宮野厚司について語り始め……。

　のどかな里山にある古民家カフェ・竹の家にやってきたコナン、蘭、小五郎。そこでは《奥穂里山フェス》が行われていたが、店内には古民家カフェ経営の夫婦・竹原玄一と竹原佐登子、鷹匠の赤柴徹、ポン菓子の実演を行う石間明彦しかおらず、フェスとは思えないほどガランとしている。それでもコナンたちはポン菓子や鷹匠を体験し楽しむ。 　そんな中、イノシシ猟に出ていた玄一が銃で撃たれ負傷した姿で現れ、目の前で絶命してしまう。直前に、鷹匠の鷹がバランスを崩し、玄一がいた茂みの中に入っていたのを見ていたため、小五郎は「鷹に襲われそうになったことに驚き、身を守ろうとして咄嗟に猟銃を撃ったが暴発してしまった」と考える。 　しかしコナンは、トイレに行った際に見かけた玄一と客でもない人物がコソコソと会って話をしていたことや、鷹がバランスを崩す前に何かが光ったことなどが引っかかり……。

　コナンが招待された超高級老人介護施設『スマイルの里』には、すでに元太、光彦、歩美がいた。そこに住むお婆さん、サクラ、スミレ、ボタン、アザミは少年探偵団が揃うのを心待ちにしていた様子。遠足の際に4人を見かけて以来ファンだったそうだ。 　孫としてそれぞれの時間を過ごした後、合流したコナンたちは、『スマイルの里』に来た際に会ったタンゴ理事長とワルツ事務長に違和感を持っていた。2人のいる理事長室を覗きに行くと、彼らはお婆さんたちを『スマイルの里』に残すため少年探偵団を利用したようで……。

コナン、蘭、小五郎は、ベンチャー企業「オーシロ」が開発した新しいフライパンのモニター会場にやってきた。社員の田口哲雄と水沢都美によるフライパンの紹介が終わると、挨拶のために社長の大村直行が呼ばれるが、なかなか出てこない。社長室からした悲鳴を聞きいてコナン達が駆けつけると、そこには胸から血を流した大村が倒れていた。 社長室の窓は開いており、強盗による犯行かと思われた。社長室のあるビルにいた全員が集められるが、敷地内には別に研究棟があるらしい。そこの人たちにも集まってもらおうという話をしている最中、研究棟の一室が爆発。研究開発部主任の古城直行が遺体となって発見される。そこには、ナイフと社長のものと思われる財布が転がっており……。

　コナン、蘭、小五郎が食事をしている居酒屋で、自分が行ってきた“親切”について自慢げに話すサラリーマン・草野灯哉がいた。「自宅アパートの前にいた人物を不審者だと思い通報した」「携帯電話で話しながらＡＴＭを操作していた人物を振り込み詐欺だと思い通報した」といった内容だが、どれも勘違いで“おせっかい”と思われるものばかり。話を聞いていた同僚・山梨元は苦笑いするしかない。 　一方、カウンターに座っていた・小谷芯は、コナンたちが気が付くほど挙動不審になっていた。小谷は“おせっかい”被害者の一人で、怒りに震えていたのだ。草野の殺害を目論んでいた最中、トイレから聞こえてきた山梨の悲鳴で我に返る。駆けつけると、そこには小谷の考えていた方法で殺害された草野の姿があった……。

　「次の満月の夜　月影島で再び影が消え始める　調査されたし　麻生圭二」――コナン、蘭、小五郎は、謎の依頼人に伊豆の小島・月影島に呼び出される。村役場で依頼人・麻生圭二について尋ねると、彼は12年前に妻と娘を殺害し、自身も自宅に火をつけピアノソナタ『月光』を弾きながら死亡したという有名なピアニストだった。イタズラかと思われたが、すでに依頼料も送られてきている。コナンたちは、もう少し麻生圭二について調べることにする。その道中に立ち寄った月影島診療所で医師・浅井成実に村について教えてもらう。 　村は現在、村長選挙の真っ最中。漁民代表・清水正人、最近評判があまりよくない現村長・黒岩辰次、そして村一番の資産家・川島英夫の三人が立候補している。さらに今日は、前村長・亀山の三回忌だった。公民館には、この三人の他にも、準備のためにたくさんの人が集まっているため、話を聞いていくようにと勧められる。 　公民館での待ち時間、コナンは中を見て回ることにする。すると奥の部屋にピアノが置いてあった。コナンを探してやってきた蘭と小五郎も交えピアノを眺めていると、そこへ黒岩村長の秘書・平田和明が慌てた様子でやってくる。平田によるとピアノは麻生圭二が12年前、亡くなる直前に演奏会で弾いていたピアノであり、そこで亀山村長も亡くなっていたというのだ。そして亀山村長が亡くなる直前には『月光』が……。 　法事が始まると村長選立候補者たち、成実医師、黒岩村長の娘・黒岩令子、娘婿の村沢周一なども姿を見せる。三回忌の法要が進められていく中、『月光』が流れ始め……。

　コナン、蘭、小五郎が訪れた伊豆の小島・月影島。 　前村長・亀山の法事が行われている公民館でピアノソナタ『月光』が流れ始め、黒岩村長が遺体となって発見された。現場は放送室で、死に至ってから数分しか経っていないという。遺体が座っていた椅子の下には血で書かれた譜面があった。 　小五郎たちが犯人探しをしている間、コナンはその譜面から「わかってるな　次はお前の番だ　業火の怨念　ここに晴らせり」という犯人が残したメッセージを読み取る。それを聞いた関係者たちは12年前に自宅に火をつけピアノソナタ『月光』を弾きながら死亡したというピアニスト・麻生圭二を思い浮かべ、恐怖に震える。麻生圭二には、最後に書き残した譜面があったことを知ったコナンは、村の警官とともに譜面が保管されている倉庫のカギを探しに行く。しかし、時間がかかりすぎたことで容疑者たちは帰宅してしまう。 　あわてて公民館に戻ったコナンは、ピアノのある部屋から物音を聞く。部屋に飛び込んだコナンが見たのは、ピアノを探る怪しい人影。コナンはその姿をを射かけるが、そこで倒れている人物につまずき……。

　江戸川コナンは、灰原哀、吉田歩美、小嶋元太、円谷光彦とともに、学級活動として商店街の清掃をしていた。そのとき壁際の一部にたまる、ごみの山を見つける。そこには、もともと屑籠があったようだ。そこで、コナンたちはこの辺りを1人で掃除をしていた磯島千恵美という女性の存在を知る。 　商店街では、飲食店とそれ以外の店が増えたごみと、ゴミ箱の設置についてもめており、あふれるゴミに耐え兼ね、屑籠を撤去してしまったのだった。 　翌日、商店街にやってきたコナンたちは同じ場所にゴミがたまっているのを発見し、犯人探しに乗り出す。消えた屑籠のもとにたまるゴミの謎とは…？ 　一方そのころ、毛利蘭、鈴木園子、世良真純たちの通う帝丹高校では四年に一度の世界的なスポーツの祭典『WSG（World Sports Games）』に向けてのアイディアの募集が行われており、世の中は盛り上がりを見せていた…。

　小五郎、コナン、安室、そして“いろは寿司”の職人・脇田兼則は、特急あずさで長野に向かっていた。もともと一緒に向かうはずだった園子が熱を出してしまい、そのお見舞いに行くという蘭が安室に声をかけ、近くを通りかかった脇田も参加することになったのだ。それは今回の依頼人である日原泰生という人物が手紙に「必ず四人で来てくれ」と書いていたためだった。手紙には、カタカナの暗号で書かれた紙切れも入っていた。 　四人が到着したのは、吹雪く山奥にある廃教会。礼拝堂には日原の高校時代同級生である、高校教師の藤出頼人、会社員の和田孝平、ＯＬの古浦郁絵、銀行員の川崎陽介、バーテンダーの西野澄也がいた。彼らの会話で、コナンたちは依頼人・日原が二ヶ月前にここで自殺した人物であると知る。そのとき突然、大きな音が響き渡り車を停めていた駐車場が崩れてしまう。動けない状態になった小五郎は長野県警に連絡する。 　しかし、現場近くまでやってきた長野県警の大和勘助、上原由衣、諸伏高明は雪崩でトンネルの入口が塞がれており、すぐに迎えに行くことができないことを確認。「教会の中で待っているように」と指示をする。そんな中、現場に来ていた高明はトンネルから火薬の匂いを感じ「教会に来た人間を閉じ込めるために行われた人為的な雪崩ではないか」と推理して……。 　一方、教会で一晩過ごすことになったコナンたちは、その準備と暗号解読をはじめる。

　小五郎、コナン、安室、そして“いろは寿司”の職人・脇田兼則が、依頼を受けて向かった廃教会。依頼人・日原泰生の高校時代の同級生だったという人物たちを含めた計九人は、役割分担をして一晩を廃病院で過ごす準備を始めるが、トイレで会社員の和田が眉間をボーガンで撃たれて死亡しているのが発見される。早速、小五郎は長野県警に連絡を入れる。 　小五郎から送られてきた現場の動画を見ていた大和勘助、上原由衣、諸伏高明。その中に映る安室の姿に諸伏は「以前どこかで……」と考えを巡らせる。 　これから何が起こるかわからないため、ペアで行動することになった八人。コナンは安室と組み、トイレへ戻って捜査を始める。そこで黒ずくめの組織の“ＲＵＭ”について質問するコナンに、安室は困惑し「その人物はとてもせっかち」という情報を伝えるのだった。 　一方、残った六人はガラスが割れような音を聞き、様子を見に行くペアを決めようとする。五ケース積んであるミントタブレットから三ケースを取り、残った二ケースを空にして、どれが空けたものかわからないように混ぜる。中身が入っており音が鳴るケースを引いたペアが様子を見に行くというもの。様子を見に行くことになったペアは、このくじ引きを提案し最後にケースを引くことになったバーテンダーの西野と銀行員の川崎だった。しばらくすると、西野が一人で戻ってくる。川崎が届いたメールを見た途端、血相を変えて風呂場の方に行ってしまったという。そのとき絶叫が響き渡り、風呂場で川崎が毒殺されているのが発見される。そこには、新しい暗号の紙が落ちており……。

　コナン、小五郎、安室、“いろは寿司”の職人・脇田がやってきた廃教会で起こった、会社員の和田と銀行員の川崎が殺害された事件。この事件を解く鍵となる四枚のカタカナ文字の暗号用紙を囲むコナンたちは、なかなか解読の糸口を見つけることができない。そこへ、トンネルの除雪作業をしている長野県警の大和警部から連絡が入る。「あと三時間ほどで迎えに行く」という言葉を聞き、ホッとする面々をよそに、「犯人がいるかもしれない場所で三時間も待てない！」という西野は、ここに来てから行ってきたくじ引きに違和感を覚えていた小五郎の言葉に怒り出し、書斎に閉じこもってしまう。 　同級生たち五人だけを呼べばよかったにもかかわらず、四人という人数指定までつけて呼び出されたコナンたちは、“九”にどんな意味があるのか考え始める。それにより、くじ引きの意味、残された暗号の解読、犯人までもが判明したのだった。 　そんな中、書斎の外で説得する藤出のもとに西野から「犯人が分かったので、一人で屋根裏を通って書斎に来るように」と連絡が入る。藤出が書斎に到着すると、西野は“無理やり藤出に毒を飲まされそうになっている”かのような演技を始める。そこへコナンたちも屋根裏から到着し、これまで藤出がやってきたくじ引きのイカサマの種明かしを始めるのだった。

　コナンと蘭は、小五郎の依頼主である笹野金融二代目社長・笹野修司主催のパーティー会場にいた。笹野には『ササノヲコロスカクゴシテオケ』という殺害予告が届いており、ボディガードのためにきていたのだ。会場には、土岐信用金庫理事長・土岐新太郎、テルミ美容チェーン代表・花岡てるみ、江ノ島病院院長・江ノ島章、シェフの太刀川公之とメイドの大泉七瀬。そして、笹野と秘書の小早川がいた。先代のころから、詐欺同然の金融業だったという笹野金融。会場に来ている客の３人は、どうやら社長のことを恨んでいるらしい。それぞれが会場で過ごす中、笹野が倒れる。予告通り毒殺されたのだ。 　設置していた監視カメラによって、客たちの不審な動きが明るみになる中、笹野と小早川が入れ替わっており、殺害されたのが小早川だったことが判明する……。

　都区内の小公園で、刃物で全身を滅多刺しにされた惨殺遺体が発見された。被害者は駅前で喫茶店を経営する春山淳兵。交友関係などを洗っている目暮警部たちに出会ったコナンと小五郎は、友人たちが米花町にもいると知り、手伝いを買って出る。 　投資コンサルタント・夏川洋二の事務所にむかうと、そこには金融業をやっているという冬木隆三郎と、不動産屋の秋葉都がいた。春山や恨んでいた人物について知っているはずなのに協力的でない三人。 　翌日、再びコナンと小五郎が夏川の事務所に向かうと、そこには春山と同じ方法で殺害された夏川の遺体があった。警察も駆けつけ、呼び出された冬木と秋葉は、高校の同級生である甲本高士について話し始める。十年前、デタラメな投資話を持ちかけ金を騙し取った。甲本は日本を捨てて南米へと移り住んでいたが、一昨日、春山が甲本を見かけたと怯えていたのだ。その後、殺害されていたため不安で三人が集まっていたところに、コナンたちがやってきたのだった。 　確認したところ、一週間に甲本は日本に戻ってきており、余命幾許もない身だと判明する。死期が迫って自分を騙した恨めしい四人を道連れにしようとしているのではと考える。 　取引き相手と四季川渓谷にやってきた秋葉と、警護についていた千葉刑事は、刃物を持った甲本に襲われる。そこで甲本は悲鳴を上げ崖から転落し、連続殺害事件は幕を閉じたかに思われたが……。

　都区内の小公園で、刃物で全身を滅多刺しにされた惨殺遺体が発見された。同じ方法でその友人の投資コンサルタント・夏川洋二も殺害される。交友関係から、十年前デタラメな投資話で金を騙し取られた甲本高士という人物が容疑者として浮かび上がる。当時、共謀した残る二人を警護していると、そのうちの一人、秋葉都のもとに甲本が現れる。甲本は誤って崖から転落して連続殺害事件は幕を閉じたかに思われた。しかし、その翌日に秋葉が同様の手口で殺害されている。甲本は生きていて、残る冬木隆三郎も殺害しようとしているようだ。 　ところが甲本は、郊外の造成工事現場から遺体となって発見される。死亡推定時刻から転落した際に死亡していたことがわかったが、なぜ離れた場所の土の中で発見されたのか、死亡していたのであれば秋葉を殺害したのは誰なのか……？ 　小五郎は、復讐を代行している者・Ｘがいると推理する。冬木に連絡が入りＸがいることは確定するが、何故かＸは冬木に命を奪わない代わりに金を要求する。目的は復讐の遂行ではないのか？　これは罠なのか？ 　そんな中、コナンは甲本が崖から転落した日、近くで釣りをしていた人物がいたこと、甲本もその人物もいつの間にか消えてしまっていたことを聞き、ある推理をする。

　コナンは、光彦、元太とともに歩美がブレスレットを拾ったという公園にやってくる。その公園が面した道路には急発進した車のタイヤ痕と血痕のようなものがあった。 　自分たちで持ち主に返すことに決め、アクセサリーショップを回っていた少年探偵団は、購入者の山喜忍という名前にたどり着く。忍の自宅へ向かうと、そこには忍の妹の山喜理沙がいた。忍はでかけているということで理沙にブレスレットを返すが、コナンはその時の様子が気になる。 　3人と別れ理沙を尾行していたコナンは、忍の友人である大井豊を訪ねている様子を目撃。理沙も忍と連絡が取れず行方を探していることを知る。コナンは光彦、元太、歩美に見つかり、手分けをしてそのほかの友人、谷木圭太、小暮正のもとに向かうが……。

　毛利探偵事務所に、今月から米花町の交番勤務になったという巡査・山里太志がやってくる。米花町の飲食店で食い逃げ事件が発生したのだが、同じような事件がもともと勤務していた杯戸町でも起こっており相談に訪れたのだ。 　食い逃げしたのは金髪・サングラスの女で、アイドルグループ『ＤＤＰＰ』の加倉井加代子に似ていたという。加倉井は、圧倒的な人気を誇りメンバーたちに妬まれていた。イジメを受け救急車で運ばれた日の夜に、１回目のラーメン屋での食い逃げが発生したこともあり、金髪・サングラス姿で病院を抜け出したのではと山里は推理していた。現在は地方の病院で療養中だが、そこからも抜け出してファミレスのチョコレート・パフェを食い逃げしたのではないか……一方で、食い逃げした女性は母親や姉とともに謝罪に訪れ、代金を支払いに来たらしいが別人のように見えたという情報もある。そんな話を聞いていた小五郎は、山里がやってくる前から飲んでいた酒のせいで眠り込んでしまう。コナンはチョーカー型変声機で推理を始める。

　小林先生、若狭先生の引率でコナンたち少年探偵団は自然に触れ合う授業の下見のために群馬へ向かう。最寄駅で降りると、元小学校教師の善田舞佳がいた。これから向かう山は、善田が務めていた学校でも過去に使ったことがあるということで案内をお願いしていたのだ。善田は結婚を控えており、幸せそうな様子だ。善田の用意したワゴン車に乗り込むと、大量の段ボールが積まれていた。山菜採り場所に到着すると、記念にと車の前でコナン達は写真を撮る。 　付近の野原で楽しい時を過ごす中、歩美と善田が飲み物を取りに車へ向かう。飲み物を準備し、戻ろうとすると善田がピアスを落としてしまったといい、歩美と一緒に探すことに。 　一方、風向きが変わったことでコナンたちのもとに“血の匂い”が流れてくる。慌てて歩美と善田の様子を見に行ったコナンたちは、車の後ろの木に男性の遺体があるのを発見する。それを見た善田は泣き叫び、男性を抱きしめる。男性は善田の婚約者の吹越桐司だった。 　群馬県警が現場検証を行い山村警部は善田を疑うが、車の前で撮った写真に遺体は写っていなかった。全員が車から離れて野原で過ごしている間に、誰かが置いていったのではないかということになる。さらに、吹越の所持品から彼が指名手配中の結婚詐欺師だと判明する。疑いが晴れたかに見えた善田だったが、コナンは善田の右手と肘が泥で汚れているのを不審に思う。そんな中、タイヤの側で四つ葉のクローバーを探す歩美があり……。

　コナンたちが山菜採りに到着した際に車のそばで撮った写真には遺体が写っておらず、突然現れたようだと確認した山村警部。被害者と婚約していたという善田舞佳に疑いの目を向けていたものの、遺体発見時も歩美とともにいたこともあり、別の線を考え始める。 　遺体を引き摺った跡を辿って近くの別荘へ向かうと、そこには大量の血痕、クローゼットに手を血で染めた女性と凶器の包丁があった。警察が女性を容疑者と考え始めた一方で、コナンは歩美が見つけたという四葉のクローバーから車の位置が移動されていたことを発見。山村警部を眠らせ、推理を始める。

　コナンと小五郎が、ご飯の準備のため買い物に向かっていると、通りすがった家に人だかりができていた。野次馬の中には、高木刑事の姿があった。 　高木刑事とともに中に入ると、派手に荒らされた室内に頭から血を流し倒れている男・増岡進と、座り込んでいる桜川将平と桜川絵里菜がいた。 　桜川夫婦の話によると、増岡は空き巣で、夫婦がデパートから帰ってきたところで遭遇した。絵里菜にナイフで襲い掛かってきたため、将平がそこにあったゴルフクラブで咄嗟に応戦。転んだ際に、下にあった鉄の塊に頭を打ち付け絶命してしまったということだ。増岡は、過去に何度も不法侵入と窃盗を繰り返しており逮捕歴もある。供述通りであれば正当防衛になるだろう。 　話を終えたコナンと小五郎はかいものに向かうため再び外に出る。しかし裏口に差し掛かったところで将平が持っていたはずの絵里菜へのバースデーカードや、ゴルフクラブなどがあることに気が付き……。

　コナンと小五郎が、米花町の住宅街を歩いていると、豪邸前に警察と野次馬たちの人だかりができていた。そこは売れっ子作家・田分晋太郎の自宅で、射殺遺体が発見されたという。 　現場となった書斎は北向きで昼間なのに明かりがついている。ライフル銃があり死亡推定時刻は正午前後。物色された形跡はなく殺害が目的だったようだ。書斎内を観察していたコナンは、レースのカーテン越し窓ガラスに血痕が付着しているのを発見する。カーテンに付いていないということは、わざわざ犯人が閉めたのか……？　部屋隅にあった一脚の椅子以外に血痕がなく、殺害現場は別の場所で遺体を移動させた可能性もある。杭打ち騒音が続いており、銃声を聞いたという目撃情報もない。遺体の第一発見者は弟子の赤池直哉と出川みゆき。他にも尾藤龍之介、茅ヶ崎春夫という計四人の弟子がいた。話を聞いているうちに、田分の作品は弟子たちが書いていたもので、彼らは田分を恨んでいたことがわかり……。

　コンビニで大量に食料を買い込む千葉刑事を目撃した少年探偵団は、「何かあるに違いない！」と後をつける。入っていったのは普通のマンション。友人にでも会いに来たのだろうと思ったが、コナンはマンションが新築で、千葉刑事はここで張り込みをしていると推理する。後を追いかけると、そこには高木刑事もいた。少年探偵団は「博士が迎えに来るまで待たせてほしい」と頼み、張り込みの理由が、先週起こった宝石店強盗殺人であるということを聞く。 　向かいのマンション、３階の真ん中の３部屋。３０２号室は、さっぱりとした生活感のない部屋で、桑井綱彦という男性。３０３号室は、鳥かごのある部屋で若い男性・花井光喜の一人暮らしのようだ。３０４号室は、エクササイズウエア姿の女性・天野香須美が、それぞれ住んでいた。 　数日前、現行犯逮捕された空き巣がこのマンションに入っており、宝石店から盗まれた指輪を持っていた。しかし、それがどの部屋だったのかわからず、容疑者を絞り込むために張り込みをしていたのだ。３人は、それぞれに不審な点があり……。

　モノレールに乗って湾岸エリアへと向かっていたコナンと小五郎は、そのモノレールに銃弾が撃ち込まれ乗客の1人が負傷するのを目撃する。緊急停車したモノレールから飛び出し、犯人の追跡をする2人は、狙撃地点と思われるマンションの一室へとやってくる。そこには犯人の姿はなかったが、鑑識の捜査の結果、そこは狙撃地点であり、別の殺害事件が起こった現場であることが判明した。しかし、病院に運ばれていた被害者から摘出されたのは到底狙撃に向いているとは言えないトカレフの弾で……。

　コナンと小五郎が乗っていたモノレールで銃弾による傷害事件が発生する。犯人を追跡した2人は、あるマンションに到着するが、そこで発見した犯人は東都市場へと逃走。東都市場では多くの人が大荷物を運んでおり、犯人がマンションで起こした殺害事件の遺体を運んでいても目立たない。そこで猿ぐつわで口を塞がれ拘束された従業員が発見される。洋服と鍵束、ターレーを盗まれ、犯人はどうやら東都市場に溶け込み、何かをしようとしているようだ。 　そんな中、マンションの住人が判明。前科がないが、4か月前に米花町で起きた現金輸送車襲撃事件の容疑者として、捜査線上に浮上したことのある秋山一郎という男で……。

　阿笠邸に呼び出されたコナンは、博士が年代物の小皿で大儲けしようと企んでいることを知る。その小皿は博士の伯父の別荘から持ち帰ったもので、知り合いの鑑定士に依頼するつもりらしい。 　コナンはなぜ自分が呼び出されたのかと疑問に思うが、その相手は灰原だった。阿笠邸の前で世良が張っており、灰原は不安に思っていたのだ。蘭と園子から「大人びた子ども」ということで灰原の名前が出たことで「世良は灰原の様子を伺っているのだろう」と聞き、怒る灰原。そこへ差し入れにやってきた沖矢に、世良も付いてきてしまう。是が非でも話を聞こうとする世良と、灰原を二人にするわけにもいかず、全員で鑑定士のもとに向かうことになる。 しかし、古美術鑑定士・西津法玄は自宅で何者かに殴られ虫の息だった。慌てて警察に連絡するため部屋を出た阿笠の後から、潜んでいた犯人が現れ西津は刺殺されてしまう。 　この邸宅には、数千万はすると言う堆黒盆の真贋を依頼に来た、証券会社社長・遠島基行、元不動産会社社長・蝶野欽治、美術館館長・坂巻鈴江の三人がいた。犯人と、本物の堆黒盆は……？

　古美術鑑定家の西津法玄が槍で刺殺された。現場には、椎黒盆と呼ばれる漆芸品の鑑定を依頼しにやってきた、証券会社社長・遠島基行、元不動産会社社長・蝶野欽治、美術館館長・坂巻鈴江の三人がいた。 　阿笠は、西津がまだ息のあった時に堆黒盆の裏を血のついた指で触ったのを見ていた。現場にやってきた目暮警部たちは三つの盆を箱からを出して確認してみるが、すべてに全く同じ血の跡が残っている。位置で判別しようとするが、阿笠が記憶していたものとすべて違う。 　一方、灰原へ接近しようと試みる世良。止めに入った沖矢の様子を思い出し、「最初に会った時、自分を“女”だと気が付いたのは何故なのか？」と詰め寄る。何とか世良の追及をかわした沖矢も、世良に何かを確かめたい様子で……。

　古美術鑑定家の西津法玄が槍で殴り倒され、その後に刺殺された事件。警察は現場にあった堆黒盆を鑑定できる人物を探そうとするが、なかなか見つからない。家の中を捜索していた警察は、阿笠博士が鑑定を依頼していた小皿の箱を発見する。家政婦の情報によると西津は「今日来る客たちに、このつつみを見せて解説を聞かせて驚く顔が見てみたい」と言っていたらしい。 　小皿を見て何かに気が付いたコナンは、改めて阿笠が見た堆黒盆の向きについて確認する。これによって犯人と、動機が本物の堆黒盆を自身のものにしようとしていたことであるとわかる。しかし、犯人は本来の持ち主を覚えていないということで揉めるが、コナンは血の痕からそれを見極める。 　阿笠が持ち込んだ小皿についても「阿笠の伯父が、誤って割ってしまった小皿を何とか修復したがバレてしまった」という代物だった。 　事件を解決し世良や沖矢と別れたコナンは、赤井の母・メアリー、そして『領域外の妹』について考える。彼女の思惑とは……？

米花町の小公園で男性の殴殺遺体が発見される。そこに通りかかったコナンと小五郎が話を聞くと、被害者・光本猛志はよくない評判だらけの小悪党。凶器は見つかっていないが鉄パイプのようなもので、殺害されたのは昨夜７時前後らしい。この時刻、公園の方から慌てて駆けてくる光本のワル仲間・保坂頼光が目撃されていた。保坂のもとへ向かった一同は、すでに包丁で殺害されている保坂の姿を発見する。保坂はダイイング・メッセージを残しており、そこから光本、保坂とツルんでいた志田康保の名前が浮上する。慌てて志田のもとに向かうと、そこには酒に混入された毒物で殺害されている志田の姿があった。彼らを殺害した犯人とは……？

　コナンは、蘭、園子と「古代オリエント文明博物館」へやってくる。展示物はレプリカで、手作り感満載の博物館。蘭と園子のお目当ては、いま女子高生の間で流行っているという“エジプト神キーホルダー”。夢中になっている二人の姿を見ながら時間をつぶそうとしたコナンの目に入ったのは、テーブルの上にあったノート。中には、来園者のご意見、感想、要望などが書き込んであった。その傍らには、いつの間にか館長・木幡賢が立っており、声をかけてくる。 　夕方までキーホルダーを選んでいた二人が会計をしようと声をかけると、従業員・石川拓人が出てくる。木幡が閉館準備を開始していたが、そんな博物館の中に重いものが倒れたような音が響く。 　慌てて音の方に向かったコナンたちが目にしたのは、倒れたアヌビス像の下敷きになっている内田博光の姿だった。それを見た木幡は“アヌビスの呪い”だと語り……。

　コナンたち少年探偵団は、小説家・大村光輔の小説教室にいた。そこには少年探偵団の知人であり、「玉木ブックカフェ」で働く吉川美知子の姿もあった。過去の事件後、「玉木ブックカフェ」で働きながら本をよく読むようになった美知子は、自分でも小説を書きたくなったらしい。今回、少年探偵団が小説教室にやってきたのも美知子の紹介だった。 　そこに、蔵書家・野嶋亮司と家政婦・竹内渚がやってくる。野嶋は、この家の持ち主で大村のスポンサーのようなことをやってる人物らしい。元太の書いた小説を読んだ野嶋は「話の基本がなっとらん」と怒り出し、少年探偵団と美知子は野嶋の書庫に連れていかれる。そこには、1冊数百万円する本が壁一面に並んでいた。野嶋に渡された本を読むまでここから出ないように言いつけられ、なんとか読み終えた面々は食事をご馳走になることになるが……。

　蘭のもとに大岡紅葉からメールがくる。内容は「工藤新一に解いてほしい暗号がある」というものだった。ある資産家の屋敷に長年勤めて家政婦が、四人の息子に暗号を残し亡くなった。彼女はミステリー好きで息子達が力を合わせて宝物にたどりつくように、四人に一枚ずつ暗号を送ったそうだ。彼らが暗号を共有した直後、長男が音信不通に。トラブルに巻き込まれたかもしれないということで、暗号を解き、行方を探して欲しいというものだった。紅葉はこの日に東京へ来て、詳しい話をしてくれるらしい。その予定時刻が直前に迫っていたこともあり、蘭は急いで新一に暗号を送る。 　そのメールを阿笠邸で受け取ったコナン。そこには、明日から夏休みということで少年探偵団の面々が集まっていた。ゲームをしながらエビせんべいを食べていた元太は痒みを覚え、甲殻類アレルギーの可能性が出る。 　探偵事務所に帰宅したコナンは「新一に、蘭と一緒に紅葉の話しを聞いてきてほしいと頼まれた」と伝え、蘭とともに紅葉が待っている杯戸中央ビルの屋上へ向かう。そこには平次と和葉の姿もあった。 　紅葉は「平次より先に解く高校生がいた場合、私のお願い聞いてほしい」と約束しており、その相手として新一を指名したのだ。「平次に結婚を迫るに決まっている！」と焦る和葉は、新一に負けてほしいと頼もうとするが……。

　大岡紅葉の依頼で「ある資産家の屋敷に長年勤めていた家政婦が、四人の息子に残した暗号」を解いていたコナンと平次。たどり着いた杯戸港の第四倉庫では、頭部から血を流して倒れている男の他、三人の姿があった。彼らは暗号を残された四兄弟で、遺体となっていたのは長男の浜名勉造。彼らは浜名に呼び出され、最初に来た次男・柏木優が発見した時にはすでに遺体となっており、その後に三男・菅田克信、四男・陣屋才輔が合流したそうだ。近くに落ちていたメタルフレームの眼鏡の様子から、コナンと平次は、これが殺害事件だと考える。彼らは幼少期に養子に出されたため、三十年ぶりの再会ということでほとんど初対面。中に宝目当ての他人が混じっているのではないかと考えるが、彼らには幼少期についたと思われるジンギスカンの鍋による火傷の跡が残っており、理由は不明だが被害者・浜名が突き落とされたと思われる辺りにもジンギスカン鍋が置かれていた。 　一方、倉庫の職員からある情報を仕入れた平次は、この勝負に勝って和葉への告白を考えており……。

　コナンは、蘭、小五郎とともに警察が現場検証しているところに居合わせる。昨夜、路地で撲殺された女性の遺体が発見された。彼女は近所に住む家事手伝いの篠崎姫奈。合コン帰りの夜道で、背後から頭を撲られたようだ。先週にも二件、この付近で同じ様な事件が起こっており、警察は同一犯と考えている様子だ。酔っていたせいもあって二件の被害者には覚えていることもなく、付近には監視カメラもない。 　現場をウロウロしていたコナンは、ある一件の家が目に入る。その二階から現場をのぞいている人影があり、コナンと目が合うと慌ててカーテンを閉じる。野次馬の中にいた近所に住む立花志乃に話を聞くと、そこには就職活動に失敗して引きこもっているという男性・小森ヒカルが住んでいるという。話を聞きに自宅にあがるが、ヒカルは声を発することもなく母親に『何も見てない。みんな帰って』とメールしてくる。その内容から「自分が疑われると考えるのではなく、“見て”ないというのは何故なのか？」とコナン。どうやらヒカルは何かを知っているようだが、部屋から出てくることもなく一切口をきこうとしない。収穫がないまま帰ることになるが、コナンはヒカルの様子や玄関の靴などからあることを推理しており……。

　街中にあるビルの三階に入っているレストランで、阿笠博士、元太、光彦、歩美は食事をしていた。席で外を見ていた四人は、向かいのマンションでカーテン越しに男女らしき人影が仲良くパーティーをしている様子を見る。それが一変、女性が男性に襲われている様子に変わる。慌てて四人は警察に電話するが、影を見た部屋には家主と思われる国分優子という女性と愛犬しかいないという。確認した警察官にも「女性しか居なかった」と言われ相手にされない。 　元太、光彦、歩美は、このことを相談しにコナンのもとを訪れる。同じシルエットを見ていた三人だったが、元太は「刑事が容疑者を取り調べしている様子」、光彦には「プロポーズ直前のカップル」、歩美には「おじいちゃんとおばあちゃんが日向ぼっこしてる様子」に見えたという。話を聞いていたコナンは、あることにたどり着く。 　高木刑事を連れ、改めて優子の住むマンションにやってきたコナンたち。優子は部屋におらず、飼っていると言っていた愛犬の姿もない。しかし、拭われた血痕、ゴミ箱に入っている割れたお皿、ひび割れた写真立てなどが残されていた。さらに探すと、短髪の優子が収められた写真があり、短髪のシルエットが優子で被害者は長髪の人物だという結論になる。優子が警察官だけを部屋に入れたのは「女性が男性に襲われていた」という言葉を受けて誤魔化せると判断してのことだったのだ。しかしバレるのは時間の問題と考えたのか、すでに大きなスーツケースを持って部屋を出ていた。コナンは、優子が遺体さえ見つからなければ警察の追及から逃げ切れると判断していると考える。ＳＮＳを確認すると、優子は遺体を持ったまま普段通りの仕事に向かっているようで……。

『洋菓子のパラダイス』新工場建設予定地という廃墟の前で話をしていた、元太、光彦、歩美は、コンクリートの残骸の中から出ている右手を発見する。思わず失神してしまった三人を見つけて話を聞いたコナンは、移動する血痕を発見。三人が見た手の人物は生きて移動していると考える。それを追いかけ『洋菓子のパラダイス』の店舗にやってきた四人は、一週間前ここで話をしていたことを思い出す。そのときに店内でケーキを食べていた美女が、このときも同じ席で同じケーキを食べていた。その服には、廃墟にあったコンクリートと思われる汚れが付いており、彼女が廃墟の手の持ち主だろうと推理する。様子を伺っていると、彼女は怒り出し本社工場に向かって行く。そこにはあんこにまみれて死亡している社長・小川明の姿があった。 第一発見者の美女は社長秘書の伊東弥生。死亡推定時刻にコンクリートの下敷きになっていた弥生のアリバイは、少年探偵団によって証言される。廃墟で社長と待ち合わせをしており、本来はそのまま駆け落ちをする予定だったのだという。そこへ副社長・小川浩の妻である小川花子がやってくる。二人はお互いを犯人だと思い、守りあっている様子。彼らの様子を見たコナンは、あることを推理し……。

　夜の警視庁警察学校。桜が舞い散る中、敷地内では殴り合う音が響いていた。そこに居たのは降谷零と松田陣平。松田は警察学校にいるにもかかわらず「どうしても警察官になりたい」という降谷が気に入らないという。二人の争いは一歩も引かずに続いた。 　夜中の2時、諸伏景光が悪夢で飛び起きると、ドアをノックする音がする。諸伏がドアの外を確認すると、そこには傷だらけの降谷の姿があった。「売られたケンカを買っただけ」と語る降谷の様子を見ていた諸伏は「その相手とは仲良くやっていけそうか？」と質問するのだった。 　朝礼の際、傷だらけになっている降谷と松田の横には、同期の諸伏、萩原研二、伊達航が並んでいた。初任科鬼塚教場教官・鬼塚八蔵は、二人の傷の理由を問うが伊達が機転を利かせて嘘を付く。そんな同期五人の様子を見ていた教官たちは鬼塚に声をかける。五人はそれぞれ問題を抱えており、教官たちから「厄介な連中」と思われていたのだ。 　講義の時間、教官からの質問に正確に答える降谷の一方、生意気な口をきいて「警察官を何だと思っている!?」と問われた松田は、警察が嫌いだという割に警察官の心得についてはしっかりと答えるのだった。そんな松田の姿に疑問を持った降谷は、彼の過去について調べ始める。松田の父は過去に誤認逮捕されたことで人が変わってしまい、そのことで警察を恨んでいる様子。ではなぜ、警察学校に入ったのか……？それは松田と仲の良い萩原にも疑問だったようだ。 　その後始まった拳銃訓練。五発をほぼど真ん中に当てる降谷の一方、「全然当たらねぇ」とイライラした様子の松田は破損を確かめるために拳銃を分解し始める。拳銃訓練は中止となり、装備返却をすることになるのだが実弾が一発足りない。松田が疑われている中、屋根の補修工事をしていた作業員が落下してくる。それを助けようと飛び込んだ鬼塚の首に命綱が絡まり首つり状態に。現場が混乱する中、五人は鬼塚を助けるため、それぞれ行動を始める。

　ひと仕事終えた小五郎が甲練町の住宅街を歩いていると、悲鳴が聞こえてくる。小五郎が現場に向かうと、そこには江坂律雄という男性がヘタり込んでいた。信号待ちしていたところをいきなり誰かに背中を突きとばされて車にハネられそうになったようだ。 　コナンと小五郎が探偵事務所で江坂に話を聞くと、一年間の記憶がなくなっており、その間に何か恨まれるようなことをしていたのかもしれないという。会社から朝出かけて営業周りをしていた江坂は、駅で階段から落ちて気絶。夕方、会社に戻ったところ一年間失踪していたことになっていた。どうやら一年間記憶喪失のままどこかで過ごし、階段から落ちたことで過去の記憶が戻り、逆に一年間の記憶が失われてしまったようだ。交通系ＩＣカードを手掛かりに甲練町に戻ることに決めた三人の目に、つけっぱなしにしていたテレビのニュースが入ってくる。そこには、突然姿を消したあと若葉台の山の中で遺体が発見された木杉彬という男性が映っていた。 　甲練町に戻った三人は、交番で話を聞こうとするが……。

　コナンは、小五郎とともに記憶喪失の江坂律雄という男性が過ごした甲練町で、失われた一年間を見つけるため調査を行う。甲練町で一緒に過ごした人たちと再会し、苦手な犬に吠えられたことで記憶を取り戻しそうになる江坂。 　二日後、期待をもって江坂宅に向かったコナンと小五郎は、江坂が遺体となって発見されたことを知る。死因は毒物を入れたコーヒーを飲んだことによるもので、自室は施錠されており、大家から渡されていた鍵は二つとも室内にあった。そのため警察は自殺と考える。見つかった携帯電話には、自身が一年間働いていた火田興業と気象情報サービス会社へ連絡した履歴が残っていた。火田興業へは半年前のある日の作業記録、そして気象情報サービス会社へはその付近で落雷がなかったかという問い合わせだった。それはどちらも木杉彬という人物の他殺体が見つかった若葉台についてで、小五郎たちは江坂が自身の罪を思い出し自殺したのではないかと考える。 　しかしコナンは、部屋の様子などから江坂は事件を目撃しただけで、犯人に口封じに殺害されたのではと考えており……。

　コナンは、蘭と共に画家・春日隆二のアトリエに居た。蘭が買い物に出かけた日にデパートの前で春日に声をかけられ、モデルのアルバイトをしていたのだ。そこには、助手の六井理子と弟子の込山義男もいた。込山は最近、弟子となった新人画家で、急に女性の人物画を描き始めた春日に何か思うところがあるようだ。春日のマネージメントを行っている理子も、あまり快くは思っていない様子。 　一方、窓の外に不自然に光るものを見つけたコナンは、庭に出てそれを確かめようとする。そこへやってきた庭師に「彼のモデルのアルバイトはいわくつき」と教えられたコナンは、蘭の前にモデルをしていた二人の女性・永畠愛由と野上町子に話を聞きに行くことにする。二人は、誰かに突き飛ばされており、その前には春日の姿を見ていたという。町子から話を聞いたコナンは、急いで小五郎に連絡を取り……。

　下校途中、少年探偵団がサッカーの話題で盛り上がるなか、コナンは別のニュースについて考えていた。八百長騒ぎで失踪中の錦戸棋士が殺害され、遺体で発見された事件。現場には、一本脚を切られた将棋盤があった。コナンが見ていたその事件の記事から、「八百長」の由来について話し合っていたコナンたちのもとに羽田秀吉が現れる。秀吉は、錦戸棋士と対局した際の「特に印象のない棋士だったが、一度だけ彼がトイレから帰ってきて指した手がとんでもない妙手でビックリした」と語る。 　髭をキレイに剃り、こざっぱりとした秀吉の姿を見た少年探偵団は、このあと恋人である由美とのデートがあるのだと考えるが、秀吉は「大事な人と会う」とデートを否定して去っていく。 　そこに現れたのは由美だった。由美は「おめかししてコソコソ出かけるコトが多くなった」という秀吉を不審に思い尾行していたのだ。「子供連れのほうが尾行に気づかれにくい」と、コナンは由美に連れていかれてしまう。 　尾行を続けていたコナンと由美は、ドーナツ屋でたくさん買い込み、女性二人に親しげに話しかける秀吉の姿を目撃。怒りのあまりに飛び出した由美に、秀吉は将棋の勉強会をしていたことを伝える。女性二人は、女流棋士の勝又水菜と瓜生祥子でだった。そこに棋士の菱沼浩輔が合流し、もう一人の参加者である源田安清が待っているマンションへ向かう。しかし、そこで源田は遺体となって発見される。その傍らには脚が切り取られた将棋盤があり……。

　秀吉が将棋の勉強会をしているというマンションを訪れたコナンと由美は、そこで参加者の一人である源田安清が殺害されているのを発見する。傍には脚が二本切られた将棋盤があった。 　部屋の鍵は開いており、他の参加者である勝又水菜、瓜生祥子、菱沼浩輔が買い物に出ていた隙に、何者かが侵入したのではと三人は主張する。三人のうちの誰かがこっそり戻ってきて犯行に及んだとも考えられたが、菱沼はぬるくなっていたが温かさの残るコーヒー、水菜はホカホカのパン、祥子は冷えたアイスクリームを購入していた。三人の購入したものの状態は「ついさっき買ってきた」と主張できるものであり、アリバイが成立する。 　警察は、先日起こった八百長疑惑で失踪中だった錦戸公春棋士が遺体で発見された事件の現場に、脚が一本切られた将棋盤が残されていたこともあり、連続殺人の線も考え始める。マスコミ発表の時間から、模倣犯は考えにくいと思われたのだ。話を聞くと、源田は錦戸と面識があり、この勉強会はもともと源田と錦戸、岸本雄平棋士と瓜生欣二棋士というメンバーで行われていたらしい。欣二は祥子の兄で水菜の恋人だったが、自ら命を絶ってしまった。その理由は分からず、欣二に目をかけていた岸本はそれ以来うつ病になってしまった。勉強会の人数が足りなくなったことで、現在の三人に声がかかったのだった。岸本の自宅を確認しようと窓から外をのぞくと、その付近で煙があがっているのか見え……。

　秀吉が将棋の勉強会をしているというマンションを訪れたコナンと由美は、そこで参加者の一人である源田安清が殺害されているのを発見する。傍には脚が二本切られた将棋盤があった。さらに、もともとも勉強会に参加していたという岸本雄平の自宅が燃え、遺体が発見される。そこには脚が三本切られた将棋盤があった。 　そんな中、秀吉が犯人に拉致される。源田の遺体が発見された際にキッチンの様子を見て何かに気が付き、自首をすすめるため犯人に会いに行ったらしい。 　コナンは工藤邸に居る赤井に連絡を取り、合流することになる。優作からの助言で犯人に目星をつけるが、その人物は最近引っ越してしまい、電話も警戒しているようで住所を聞き出すこともできない。秀吉の電話もつながらず、どうやら犯人につかまることを想定して親しい人たちの連絡先が入ったスマホを持っていなかったようだ。 　そんな中、赤井はどこかに連絡を始める。それは、赤井と秀吉が内密な話をする時専用のスマホだった。連絡に気が付いた秀吉は通話をつなげ、犯人との目隠し将棋を始める。コナンと赤井は、スマホのＧＰＳ情報から秀吉を助けに向かう。

　阿笠博士に連れられ、冬の雪山にスキーをしにやってきたコナン、歩美、光彦、元太。スキー場へ向かう道路でスタックしている車を発見し助けたことで、薬品メーカー社長・石橋健吾、医師の横山タケルと知り合う。彼らはライフルを所持しており、スポーツハンティングをやりに行くところだったらしい。連絡先を交換し別れたコナンたちだったが、それを追いかける怪しい車があった。そこには二人の男が乗っており何やら“面倒なこと”に巻き込まれているらしい。 　ゲレンデで遊んでいたコナンたちが、リフトに乗ると眼下には森が広がっている。歩美はその切れ間に、もみ合う石橋と横山の姿を発見。ナイフで石橋が横山を殺害するのを目撃してしまう。さらに、石橋は歩美の視線に気付いたようで……。

　スキー場で薬品メーカー社長の石橋健吾が、医師の横山タケルを殺害したのを目撃してしまった歩美。それに気づかれたことでコナン、歩美、光彦、元太は、犯人の石橋から追いかけられることになる。逃げだしたもののコースを外れて雪道を歩くことになってしまい、さらにそこには薬品メーカー社員の森正樹と丹内太郎が待ち構えていた。ソリを使って追跡をかわしたものの、二人は石橋と合流し再びコナンたちを探し始める。 　小屋にたどり着き外部に連絡を取ろうと試みたコナンがスマホを触っていると阿笠博士に電話がつながる。しかし電波が悪くどこまで伝えられたかわからないまま切れてしまうのだった。コナンは吹雪の中、別の小屋に移動することを提案する。全員をロープで結び、眼鏡を頼りに外に踏み出したコナンたちだったが、風に煽られたトタンがはがれロープに直撃。コナンは歩美、光彦、元太と離れ離れになってしまう。そんなコナンのスマホに非通知着信があり……。

　逮捕術の授業で戦った降谷と伊達。伊達が勝利し、負けた降谷に「なぜ自身の弱点を突かなかったのか？」「誰よりも強くなければ、正義は遂行できない」といった言葉を吐き捨てる。 　その夜、降谷は一人ベッドで伊達の言葉について考えていた。そんな降谷の部屋に、外出するという諸伏がやってくる。「買ってきて欲しいものはないか？」という言葉に「特にない」と返した降谷だったが、しばらくして歯磨き粉が切れていることを思い出す。お願いしようと部屋を出るが、すでに諸伏、萩原、松田の姿はなく一人でコンビニに行くことにする。降谷が外に出ると、そこには空を見て何か考え事をしている伊達がいた。 　伊達は降谷の姿を見つけると昼間の道場での言葉を謝罪し、自分の父について語り始める。 父は交番勤務の巡査部長であり、弱そうな見た目ではあったものの伊達の尊敬する人物だった。しかし非番だったある日、買い物に入ったコンビニで強盗事件が発生する。そこで犯人に土下座をする情けない父の姿を目の当たりにしショックを受けた。伊達が「父は警察官だ」と犯人に伝えたことで、怒り出した犯人によって父は怪我を負わされてしまう。その怪我が原因で、伊達の父は警察をやめたのだった。どうやらその事件は縄張り抗争に負けた暴力団員が逃亡資金欲しさに起こした犯行で、その後も違う店で傷害事件を起こしていたという。伊達は「父が強く、あの男を捕まえていたら被害者を誰一人出す事がなかった」と考えていたのだ。 　コンビニに到着した降谷と伊達。そこに数人の男が押し入り……。

　江戸川コナンは、毛利蘭と毛利小五郎が出かけたため喫茶ポアロにやってくる。そこでは、店員の榎本梓がハロウィンのためのジャック・オー・ランタンづくりをしていた。コナンは手伝いをしている中で、最近“カボチャのお化け”が発見され話題になっていることを知る。そこに、大慌てて入ってきた女性・河野タミ江、それに続いて貸山トモミ、水沼郷司がやってくる。三人は家がお隣同士。梓からもらったカボチャで『米花町商店街・ハロウィンカボチャコンテスト』に向け、ジャック・オー・ランタンをつくっていたが、それが盗まれてしまったという。コンテスト三連覇中であるタミ江のものはまだわかるが、他の二人に盗まれるような理由もない。コナンと梓は、それぞれがカボチャを置いていた場所や現場の状態を確認しに行くことになる。

　阿笠博士の車でドライブをしていた、コナン、歩美、光彦、元太。その帰り道に通りかかったビルの三階、事務所の電灯が不自然に点滅していた。モールス信号で『ＳＯＳ』を読み取ったコナンたちは、その事務所に向かう。そこには拘束されたバイク便ライダーの団野大がいた。彼はここに爆弾が仕掛けられていると言い、コナンたちは慌てて逃げ出す。 　その後、匿名の通報で警察がやってくる。団野は荷物を届けに来た時に、そこにいた男の持っていた拳銃を見てしまい捕まった。拘束されただけだったのは、爆弾を仕掛けて一緒に爆破してしまおうとしていたかららしい。しかし、現場を確認した警察が見つけたのは……。

　米花町にある寺の石段からお婆さんが突き落とされる事件が発生。彼女は「若い女性に突き落とされた」と語るが、それ以外の情報がない。そんな中、野次馬の中にお婆さんをじっと見つめる男を見つける。声をかけるが、挙動不審な様子で何も知らないとその場を立ち去ってしまう。どうやら現場を見ていたが、言えない理由があるようだ。 　コナンたち少年探偵団は、二手に分かれて男について調査を始める。コナンと灰原は、喫茶店のウエイトレスからの話で、彼は鹿骨町に住む蟹江田という人物だということを知る。ここからは1時間以上かかる町で喫茶店の利用も初めてだが、ウエイトレスは喫茶店にかかってきた電話が蟹江田宛のもので、そのときの様子を覚えていたのだった。その際に忘れていったというライターを託され、コナンたちは蟹江田に接触を試みる。 　一方、蟹江田を追跡していた光彦、元太、歩美は、彼が時計を気にしながら米花町内を一時間ほどブラブラ歩き回ったあと、携帯電話で話をしながら米花駅から電車に乗っていったのを見ていた。携帯電話を持っているにもかかわらず、喫茶店の電話を使ったのはなぜなのか？　やはり、コナンは蟹江田の様子に不信感を抱く。コナンたちは蟹江田の向かう駅を特定し追いかける。そこで見たのは、彼と高木刑事たちが一緒にいるところだった。話を聞いてみると、蟹江田と思われていた彼の名前は“臼井栄一”だとわかり……。

　合コンの場に集まっている降谷、伊達、松田、諸伏。伊達は恋人がいるが、萩原に「酒代を出す」と言われて頭数合わせで参加していた。そこへ「来る途中に、おばあちゃんを助けていて遅れた」という萩原が遅れてやってくる。合コンの二件目はカラオケに行くことになるが、その頃には萩原の独壇場になっていた。 　翌日、五人が掃除をしていると「RX-7FD3S」が警察学校に入ってくる。その車から出てきたのは鬼塚教官だった。車に興味津々の萩原は、鬼塚教官を圧倒するほど熱弁する。しかし、これは鬼塚の持ち物ではなく殉職したある先輩刑事の愛車。先輩の娘が刑事を目指しており、それまで預かっているものだった。 　その後の重装備訓練では、先ほどの萩原の様子について話題になる。萩原の実家は車の修理工場をしていたため、車に詳しかったらしい。幼馴染である松田も萩原家の工場に入り込んでいたこともあり、彼らは機械いじりが得意だったのだ。萩原は「本当は工場を継ぎたかったが、経営が順調で店舗を増やした途端に景気が悪くなり潰れてしまった。それにひきかえ警察は絶対に倒産しない」という理由で警察官を目指したと語る。 　重装備訓練終了後、萩原と松田に声をかけてくる男がいた。男は二人の手際の良さを見て「爆発物処理班にスカウトしたい」と言う。松田はすぐに「興味がある」と返事をするが、萩原は「一度考えさせて欲しい」と断ってしまう。友人である松田と同じ部署で好きな機械いじりができる――それは萩原にとって魅力的だったが、何か渋る理由があるようで……。

　コナンたち少年探偵団は、光彦の知人である青木啓二の住むマンションへやってくる。青木は、大学のサークル仲間である水原なおと、白石和也、緑山咲とフィギュア制作をしており、そのフィギュアを見せてもらう約束をしていたのだ。制作部屋を見せてもらっていたコナンたちが部屋にあるものに驚いたり、興味津々に楽しんだりしている中で、白石は不機嫌そうな態度をみせる。 　白石は「俺の将来がかかってる」と言い、現在制作しているフィギュアを出す予定のコンテストに執着しているようだ。もともと、このメンバーに黒瀬ゆりを加えた五人がサークル仲間だった。ゆりは故人であり、今回参加するコンテストに入賞するのが夢だったという。他のメンバーが一次審査の当日である命日にフィギュアをもって墓参りに行く計画を立てている中、白石は「いくらセンスがあっても死んだら意味がない」など、ゆりを侮辱するような言葉を吐き捨てて部屋を出ていく。 　別の部屋で遊んでいた少年探偵団の面々から離れ、コナンがトイレに行くために部屋を出たところ、青木と咲の不審な会話を耳にする……。

　コナンと小五郎は、通りかかったマンションにパトカーが止まっているのを目撃する。そのマンションでは、一人暮らしの女性が遺体となって発見されていた。彼女はリサ・ヒューイットソン。ナイフで腹部を刺されていた。現場から検出された指紋は三つ。一つ目は交際中の男性・原隆司。二つ目は勤め先の店のオーナー・小牧智のもの。もう一つは登録がないものだった。玄関や窓にこじあけた形跡がないことから、警察は顔見知りの犯行とみて捜査を始める。 　原に話を聞きに行くと、彼は犯行時刻に会社の同僚たちと飲んでおりアリバイがある様子。さらに「小牧がリサに言い寄ってきていた、犯人はあいつだ！」と訴える。一方の小牧は何故か「現場には決定的な証拠があるはず」と言い出し、それを否定されると「原が犯人だ！」と訴える。小牧のアリバイを証言できるという妻の小牧美穂子に会いに行くが、自宅の様子はどこか不自然で……。

　蘭、園子、世良はクラスメイトの関澤祐美からバースデイパーティーに招かれる。祐美が2月16日生まれ、姉でモデルの関澤礼美が2月15日生まれで2人のお祝いを兼ねているパーティーなのだという。 　会場はこじんまりとしていたが、モデルや俳優やタレントといった有名人ばかり。そこには礼美のマネージャーである櫛山認、礼美の同級生でパティシエの初根継男、ヘアメイクの花崎瑞俊という面々もいた。 　そんな中、蘭に誘われ会場にやってきたコナンは浮かない顔をしていた。数日前から口内炎ができており会話がしづらい状態だったのだ。コナンは、パーティーが始まる前に薬を飲もうとしてピルケースを取り出すが、世良に覗き込まれたのに気が付き慌てて隠す。そこには修学旅行の時、灰原にもらった『APTX4869』の解毒薬が入っていたのだ。 　一方、解毒薬の存在を確認した世良はメアリーに連絡しており……。

　コナンは、蘭、園子、世良のクラスメイトである関澤祐美と、その姉でモデルの関澤礼美のバースデイパーティーにやってきていた。 　パーティー中、スライドショーのため会場の電気が消えたとき、関澤姉妹に言い寄っていたヘアメイクの花崎瑞俊が苦しむ声が聞こえる。照明が点くと、そこには額に『天罰』の文字が書かれた花崎の遺体があった。 　会場に目暮警部たちが到着し現場検証が行われた結果、倒れる直前に食べていたケーキに毒が盛られていた可能性が高いということになる。テーブルの下からは青酸系の毒が入っていた小瓶も見つかる。しかしケーキを口にしていた時間、会場は暗く目撃者はいない。会場には40人近くの人間がおり目暮警部たちは頭を悩ませるが、コナンと世良は容疑者を4人に絞っていた。 　一方、世良は母・メアリーが子どもの姿になってしまった日を思い出していた。

　毛利探偵事務所に「彼女が“赤いヒツジ”に誘拐された！」と助けを求めて依頼人がやってくる。彼は別府亮太。誘拐されたのは『ラ・ムーチョ』というレストランで一緒に働いている恋人の滝川亜美だ。別府のもとには「亜美を無事に返してほしければ、今夜12時、おまえ一人で米花公園に来い。警察には絶対に知らせるな」と脅迫文が届いていたが、なぜか身代金の要求はない。コナンと蘭は、その様子を見ながら「昔、どこかで見たような気がする」と考えていた。 　夜中に指定の公園へ向かった小五郎と別府は、誘拐された様子のない亜美に会う。誘拐の真相は“彼氏の勇気と愛情を試す赤いヒツジゲーム”であり、現在ＳＮＳで流行ってるということを知らされる。 　一方、それぞれ“赤いヒツジ”について気になっていたコナンと蘭は夜道で会う。話をしていると、前方のトンネルから不気味な人影が――それは着ぐるみの赤いヒツジだった。黒いボストンバッグを抱えて赤いヒツジが去っていったあとには、胸に包丁が突き刺さった男性が倒れていた。 　現場に到着した警察によると、男性は若林哲三郎。小五郎が依頼を受けた別府たちが働くレストラン『ラ・ムーチョ』のオーナー兼料理長だった。コナンたちは誘拐事件との関連を考え、レストラン『ラ・ムーチョ』に向かう。

　小五郎が“彼氏の勇気と愛情を試す赤いヒツジゲーム”による偽装誘拐事件の捜査で振り回されていたころ、コナンと蘭は夜道で着ぐるみの赤いヒツジに鉢合わせする。赤いヒツジが去った後には、レストラン『ラ・ムーチョ』のオーナー兼料理長・若林哲三郎の遺体があった。偽装誘拐事件を起こした滝川亜美と、その恋人である別府亮太の勤務先でもあるため、コナンたちは関連を疑い店を訪れる。そこで副料理長の向井幸吉、コックの神尾大輝、レストランの共同経営者である平沢基次郎に会う。アリバイなどを聞く過程で、二、三週間ほど前から動画サイトに赤いヒツジが、デート中のカップルにイタズラをして逃げるという動画がアップされいたという話題が出る。 　若林の家を捜査していた警察はパソコンに脅迫メールを発見する。相手は赤いヒツジで、人質はアンリという女性。そして五千万の身代金が要求がされていた。 　その後、着ぐるみのレンタル会社で社長の岩見秀人に話を聞き、赤いヒツジの着ぐるみを借りた人物を特定したコナンたちだったが……。

　都内の廃工場で山下部巌の遺体が発見される。匿名の通報を受けて現場に到着した目暮警部たちは、遺体の状態から殺害現場がここではなかったと考える。 　一方、遺族と連絡が付かないことから山下部の自宅にやってきた地元署の巡査は、荒れた室内にある扉の開いたままの金庫、そして血痕と毛髪のついた置物が床に転がっているのを発見する。 　現場を確認した目暮警部たちは、ここが犯行現場であるとし捜査を開始する。二日後、山下部にしつこく付きまとっていた人物が浮上。その人物・手向京助の名前を聞いた目暮警部は動揺する。三年ほど前、ある殺害事件の捜査で目を付けたのが当時都庁に勤めていた手向だった。事件発生時のアリバイについて聞かれ、渋々ながら明かしたのはある業者との密会。殺害事件に関してのアリバイは証明されたが、特定業者との不適切な関係が役所にバレて手向は職を失った。それにより、目暮警部を逆恨みしているというのだ。現在は出版業をしており、社会的に成功した人にすり寄っては自伝を書かせ自費出版させるという方法を取っているらしい。そのターゲットの一人が山下部だったのだ。 　手向は殺害時刻にアリバイがあるというが、証人はいないらしい。そして、殺害事件の翌朝に自損事故を起こして自家用車を焼失させていた。目暮警部たちは彼が殺害現場から車で遺体を運び証拠隠滅のために焼失させたと考える。目暮警部は自身の首をかけ手向の逮捕に踏み切るが……。

　コナンは、蘭とともに小五郎が依頼を受けた屋敷に同行する。依頼主はソフトクリーム産業のドンと呼ばれる森川雄山。雄山はガンで余命いくばくもないと診断されており、小五郎に遺産相続のアドバイザーを頼みたいとのことだった。屋敷には主人である雄山を始め、遺産相続候補の森川勇一郎、森川優次郎、森川游三郎の三兄弟、弁護士・大井宏樹、執事長・司徒友嘉がいた。三兄弟の話題は遺産の事ばかり。コナンが屋敷内を回っている際にも、それぞれが遺産を手に入れようと躍起になっている様子が見える。ケンカも絶えず、彼らを幼いころから知っている友嘉は寂しそうな様子だ。 　夕食の際、食堂に集まったメンバーの中に優次郎の姿がない。優次郎が来ないまま食事は始まり、食後には「明日の午後、遺言書の書き換えが行われる」という旨が伝えられる。 　翌朝の食堂には、優次郎、そして游三郎も現れない。不審に思ったコナンたちはそれぞれの部屋を確認しに行く。優次郎の姿はなく、游三郎は密室で殺害されていた。小五郎は警察を呼ぼうとするが、大井に止められ……。

　コナン、蘭、小五郎が依頼を受けてやってきたソフトクリーム産業のドン・森川雄山の屋敷。雄山はガンで余命いくばくもなく小五郎に遺産相続候補の三兄弟を見極めてほしいと依頼する。そこで三男・森川游三郎が密室で遺体となって発見された。さらに、前日から行方不明だった次男・森川優次郎も捜索の結果ソフトクリームのタンクの中で遺体となっていた。「次に狙われるのは僕だ！」と取り乱した長男・森川勇一郎も自身の部屋に籠ってしまう。 　コナンたちが部屋に戻り事件について話をしていると、屋敷に銃声が響く。慌てて駆けつけると、そこには勇一郎の遺体があった。銃声のした方に向かったコナンは、執事長・司徒友嘉に鉢合わせする。二人は物置部屋に向かい、そこで勇一郎の命を奪ったと思われるアイフルを発見。現場を確認したコナンはあることに気が付き……。

　コナンは、少年探偵団の面々と阿笠博士の家にいた。動画サイトで心霊系配信『恐狩サダオと怖霊屋トシコの突撃！心霊スポット』を観て、その映像に夢中になっている歩美、光彦、元太。コナン、灰原は「心霊スポットに幽霊を撮りに行こう！」と盛り上がる三人に付き添って廃病院を訪れることになる。 　最上階の三階にあるという幽霊の棲む“開かずの間”をゴールにして撮影をスタート。ここには、“赤鬼の赤ちゃん”や“車椅子に乗った包帯男”、“長い黒髪の女医”といった幽霊が出るらしい。病院内で噂の通り赤ちゃんの泣き声を聞いたコナンたちはそちらへ向かうが、そこには猫がいるだけだった。「幽霊の正体なんてこんなものだ」と話しながら先に進もうとしている中、コナンだけは猫に違和感を覚えていた。その後、五人が向かった二階には……。

コナン、歩美、光彦、元太、灰原は、担任の小林澄子先生、副担任の若狭留美先生とともにバスで鳩山牧場へ向かっていた。学校で世話をする新しいニワトリを譲ってもらうことになっていたのだ。バスには同じ牧場へ向かう日塚順哉、南武敬、加納昭吾が乗っており、彼らの目的は取材や研究だという。しかし何やら険悪な様子だ。そんな中、加納がスマートフォンで観ていた映像に興味を持った歩美と光彦。光彦はその映像を自身のスマートフォンで撮影、作品について調べようとしたところで見つかりトラブルになる。そこで同乗していた安室透に助けられるのだった。安室も牧場に何か用事がある様子で……。 牧場についたコナンたちだったが、そこは閑散としている。どうやら牧場を潰してゴルフ場の一部にするため、閉場の準備をしていたようだ。牧場主が現れるまで目当てのニワトリを確認しに行くことにしたコナンたち。しかし養鶏場にニワトリはいなかった。壁に大きな穴が開いており、どうやらニワトリたちはそこから逃げ出してしまったようだ。ニワトリを探す前に、トイレ休憩をすることにした面々だったが、その際に歩美の姿が見えなくなってしまう。

　コナン、歩美、光彦、元太、灰原、担任の小林澄子先生、副担任の若狭留美先生は、鳩山牧場へ向かうバスの中で安室に会う。バスには何か目的のあるらしい日塚順哉、南武敬、加納昭吾も乗っていた。 　牧場での時間を過ごしていたコナンたちの前に、牧場主の弟を名乗る人物・鳩山海輔が現れる。海輔は歩美を人質に取り、コナン、安室、光彦、小林は事務所にあった地下室に閉じ込められてしまう。そこには、牧場主・鳩山義輔の遺体と、風見裕也の姿があった。 　コナンは地上に残った灰原たちに連絡を取ることに成功するが、そこへバスに同乗していた三人と海輔がやってくる。果たして、彼らの目的とは？

コナンと小五郎が病院で知り合った会計事務所経営者・勝呂隆行、その妻・勝呂さやか、秘書の巻浦建。隆行は余命半年と診断されていたが、残された時間を精一杯生きようとしている様子だった。しかしその数日後、自宅で殺害されているのが発見される。 その日の朝、さやかと巻浦は、隆行に用事を頼まれ出かけた。夕方になって帰ってみると風呂場で手首を切った隆行の姿があった。状況的には自ら手を切ったのではとも思われたが、さやかと巻浦はもちろん、コナンたちも病気を苦にしてこのようなことをする人物ではなかったという考えだった。そこへ隆行の友人・神田用次がやってくる。彼は昨夜、隆行から連絡を貰い自宅に来るように言われていたそうだ。その電話で隆行は誰かに対して憤りを感じていたことを話しており、神田は何かトラブルがあったのではないかと言う。 事件として捜査が行われる中「勝呂の幽霊が現れた！」という噂が町中に広まりだしていた。さらに容疑者として不動産業者・押川将斗が浮上するが……。

コナンと小五郎は、テレビで交通事故の被害者・仏丸大二郎が消えたというニュースを見かける。散歩中に事故を目撃した女性・森房江が仏丸の運転免許証を持って警察に届けたが、加害者である犬飼始は「仏丸を病院に連れていく」と、そのまま行方をくらませてしまったらしい。そんな中、毛利探偵事務所に一本の電話がかかってくる。それは仏丸の妻・仏丸笑子からのものだった。 自宅に向かったコナンと小五郎を出迎えたのは、笑子と秘書の門倉震矢。二人の依頼は「主人を見つけ出し、無事連れ返してほしい」というものだった。そこへ一本の電話がかかってくる。電話の相手は「仏丸の遺体を一千万で買い取ってほしい」と言う。犯人の要求通り警察に知らせることなく一千万払おうとする二人を見て、コナンは違和感を持つ。

コナンは元太、光彦と公園に向かっている途中、二人の女性の悲鳴を聞く。声のした家に向かうと、そこには階段から落ちて倒れている平沢香と平沢聖子の姿があった。後からやってきた平沢良二との会話から二人は彼の嫁と義母で、良二はこの家の婿養子。二人は良二を困らせようとしているだけのようだった。 その後、公園の近くでも良二の苦労している姿を見かけるコナンたち。歩美が言うには、近所でも平沢家については話題になっているようだ。平沢家はかなりのお金持ちであり、良二がやってきた頃は「金目当てでは？」などと言われていたが、現在は召使のように日々扱き使われているらしい。良二を手伝って再び平沢家を訪れることになったコナンたちだったが、入れ違いに外へ出ていった香と聖子がひき逃げにあってしまう。

　喫茶ポアロの前を歩く目暮警部の姿を見かけた小五郎。最近起こった事件をスピード解決したことを祝福するが、どうやら誤認逮捕だったらしい。そこにコナンが合流し、二人は目暮警部から事件について聞くことになる。 　ある民家で家主の小田原周平が遺体となって発見された。首には絞められたような、そして頭部には殴られたような痕がそれぞれあり、現場にはロープと鉄パイプ。警察は“犯人が窓ガラスを割って侵入し、鉄パイプで気絶させて絞殺した”と考える。さらに恋人である矢口知子の証言から、彼女の元交際相手・香月陽介が犯人として浮上した。 　香月に話を聞きに向かった目暮警部たち。そこで彼は「丁度自首しようと思っていたところだ」と小田原の殺害を認める。それにより事件はスピード解決と思われたが……。

毛利探偵事務所に沖野ヨーコがやってくる。その理由は、ある別荘で起こった事件の謎を解いてほしいというものだった。 数日前、ヨーコは日売テレビの塀島湾也プロデューサーと、テレビドラマのロケハンのため軽井沢の別荘に向かった。そこは塀島の姉・馬場宝華が嫁いだ後に失踪してしまった場所だという。到着すると別荘には宝華の夫・馬場貫康、貫康の弟・馬場風悟、その妻の馬場緋美が来ていた。別荘に泊まることにしたヨーコたち。その夜、ドタドタという謎の足音を聞く。不審に思い廊下を確認すると、そこには点々と血痕があった。それを追いかけていったヨーコ。しかし血痕が途切れているだけで何もない。そうこうしているうちに他の人たちも集まってきたのだが、そこで貫康の姿が見えないことがわかる。みんなで探そうとした矢先、貫康から風悟のスマホに“トランプを撮影した奇妙な画像”が届く。画像の意味が解らないまま別荘とその周辺を捜していたが、四日目に屋根裏部屋を調べると背中にボーガンの矢が刺さって亡くなっている貫康の姿があった――。 一通り話を聞いた小五郎は推理を披露しようするが、お腹の調子が悪くなってトイレに籠ってしまう。そこに、いろは寿司の脇田兼則が現れる。小五郎不在の中、コナンと脇田は事件の謎を推理することに！

　毛利探偵事務所にやってきた沖野ヨーコが話す、ある別荘で起こった事件。トイレに籠って出てこない小五郎の代わりに、いろは寿司の脇田兼則とコナンは事件について推理することになる。 　当時、ヨーコとともに別荘に居た日売テレビの塀島湾也プロデューサーは、事件と関係すると思われる“数年前に失踪した姉・馬場宝華”について詳細を連絡してくる。宝華の夫・馬場貫康、貫康の弟・馬場風悟、その妻・馬場緋美は、彼女とずっと一緒にいた幼馴染。宝華は貫康の妻であり、風悟の初恋の相手で、緋美の大親友だった。 　失踪したのは二年前の夏。避暑のためにそれぞれの夫婦で別荘に行き合流するはずだったが、貫康に急用が入り宝華は一人で先に別荘に着くことになっていた。しかし残りの三人が別荘に着いた時に彼女の姿はなく、警察を呼んで捜索してもらったが見つけることができなかったという。今回の事件で殺害されることになった貫康が、その失踪と関係していたとしたらヨーコ以外の全員に動機があることになる。 　ヨーコから気になった点を聞きながら推理する中、コナンのスマートフォンにトイレにいるはずの小五郎から連絡が入り……？

降谷、萩原、伊達、松田が止めるのを振り切り、諸伏は炎に包まれた家の階段を駆け上っていく――！話は三時間前にさかのぼる。五人は鬼塚教官に捕まり派手な行動の数々に対して咎めを受け、風呂掃除を命じられていた。その最中、コピー機にある昨夜捜索願が出された女の子の情報を目にする。女の子を町で見かけたことのあった諸伏は、写真を貰っていた。掃除中も当然その話題になったが、諸伏は「子どもの頃に遊んでいた女の子とそっくりだ」というだけで詳しいことははぐらかそうとする。誰かが巻き込まれることに怯える諸伏に、四人は口をそろえて「死なねぇよ！」と声をかける。それに勇気づけられた諸伏は、自身が過去に遭遇した事件について話し始めるのだった。十五年前、諸伏が父、母と夕飯を食べていた時に何度もインターホンを鳴らす音が聞こえた。どうやら訪問してきた男は父親の知り合いのようで、最初は穏やかに会話する声が聞こえたが徐々に不穏な雰囲気に。様子を見に行き、戻ってきた母は諸伏に「押し入れに隠れるように」と伝える。その押し入れから諸伏が感じたのは、鉄の匂いと犯人の奇妙な言葉、肩に入ったゴブレットの様な刺青――。

川原で放置された車を発見したコナン、灰原、歩美、光彦、元太。車が気になってはいたが夕方から雨が降るため、急いで遊びに向かう。サッカー中、近くにいた女性にぶつかりそうになる元太。彼女はそわそわとボイスレコーダーに声を吹き込んでいたが、これをきっかけにサッカーに加わる。しばらくして雷の音が聞こえてきたため、誰かを待っている様子の彼女を残しコナンたちは自宅に帰ることに。翌日、コナンはあるニュースを観る。

鶏卵工場にやってきたコナン、蘭、小五郎。小五郎は、ひよこ鑑定士の難波に数週間で起きているおかしなことの原因の究明とボディーガードを相談される。工場の人たちに話を聞きに行くが、彼を狙うような人物に心当たりがない様子。しかし同僚の一人は何か思うところがあるようだ。さらに取材に来ていた雑誌記者から業界のレジェンドの存在を教えられる。その後の講演についていったコナンたちは、実際に狙われる現場を目撃し……。

最新デートスポットにやってきたコナン、蘭、園子。不安げな表情でベンチに座る老婆・鴨川ハルを発見し、迷子になってしまったのではないかと声をかけようとする。そこにやってきた一人の男性。見た目からハルの息子だと思ったコナンたちだったが、彼・風間丈治は恋人だという。ハルがかなりの資産家だと見た園子は、息子ほど年齢の離れた風間が金目当てで近づいた可能性を考え助言しようとするが軽くあしらわれてしまう……。

コナンと小五郎がいる毛利探偵事務所にやってきた女性・西脇香恵。彼女は「仕事に行っている間、部屋に誰かが忍び込んでいる」と小五郎に助けを求めに来たのだ。ひと月ほど前から現れた侵入者は、空き巣ではなく部屋に贈り物を残していくらしい。三人が香恵の住むマンションに向かうと、玄関にリボンのついたトランクを発見。侵入者からの新たなプレゼントだと考え、小五郎が開けてみると中には遺体が詰められており……。

コナンと小五郎は結婚式に参列していた。小五郎の行きつけの飲み屋で花婿の父と知り合い、盛り上がった勢いで結婚式に招待されることになったのだ。会場にはウェディングプランナーや牧師といったスタッフ、新郎新婦の友人たちの姿があった。結婚式は始まったが新婦がチャペルに入ってきたところで突然苦しみだし、そのまま絶命してしまう。それを見て会場にいた人々は「当然のむくい」「呪われていた」と不穏な言葉を口にしだす。

コナンと小五郎は寂れた商店街を通りかかる。目に入った八百屋で買い物をしようとするが、店主の山崎は元気がない様子だ。そこへやってきた“疲れきった商店街を元気にするプロデューサー”マダム・ガガと、その助手・ラビット鈴木。 マダムは「商店街を盛り上げるため、プロレス大会を開催しましょう！」と呼びかける。 商店街の店主たちは様々なトレーニングで体を鍛え上げていき、小五郎もレフリーとして参加することになるが……。

テイクアウト専門のピザ屋『マキシマズピッツァ』にやってきた、コナン、灰原、歩美、元太、光彦。ピザ生地の目方当てキャンペーンに参加し、元太の活躍でピザを一枚ゲットする。五等分したピザを特製ボックスに入れてもらい、それぞれ帰路についたコナンたち。その途中で、全員が何者かにピザを盗まれてしまう！ 　再び集まったコナンたちは、ボロボロになったピザの箱を抱えていた。中身は無事だったが、特製ボックスは傷が付いた状態で少し離れた場所に放置されていたのだ。コナンと光彦は、傷の付き方から犯人の狙いが箱だと気が付く。再びピザ屋に向かっていると、店の前に停まったパトカー、高木刑事と千葉刑事の姿を見かける。どうやら近くの宝石店に強盗が入り、聞きこみしているらしい。ピザ屋には特に関係がないように思われたが、逃走経路や盗まれた物からコナンたちは犯人の目的にたどり着き……。

毛利探偵事務所に依頼人・永峰麻也子から連絡が入る。麻也子は事務所にやって来ることになっていたが道に迷っているようだ。予定の時間は過ぎていたが、インスタグラムの写真で麻也子が美女であることを知っている小五郎はワクワクとした様子。今回の依頼は夫の不審な行動を発見し、犯罪に関わっている可能性を調査してほしいというものだという。しばらく待っていたが麻也子はなかなか姿を現さず、再び電話がかかってきて……。

阿笠博士の友人がいるマンションに来ていたコナン、歩美、光彦、元太は帰宅途中、悲鳴を耳にする。駆け付けた現場には、頭から血を流して倒れている男性と二人の女性の姿があった。仕事から帰ってきた家主の女性は部屋の異変を感じ、護身用のゴルフクラブを手に取った。電気が付かず、暗闇を進んでいくと大きな音が聞こえ……。警察は供述通りであることを確認し、不幸な事故だと考える。しかしコナンには気になる部分があり……。

警視庁から出てきた優作はテレビレポーターに声をかけられる。レポーターの目的はある事件で怪盗キッドの冤罪を晴らしたことへの取材だったため、「警視庁への訪問はその確認のためか」と質問される。しかし、優作が警視庁へ来たのは別の事件についてアドバイスをするためだった。 この一ヶ月の間に連続密室殺人と思われる事件が三件発生していた。しかし被害者は三人とも全くつながりがなく殺害方法も異なっている。そこで「同一犯の犯行なのか？」と、優作が意見を求められたのだ。 犯人は分からないが密室の謎を解き明かしたという優作は、週末に東都テレビで放送される『緊急生放送！連続密室殺人事件完全解明！』で推理を披露すると宣言し、レポーターからの「怪盗キッドへ一言」という質問にもメッセージを残して去っていく。 生放送の当日、優作は昨晩イタリア店で食べた物で食あたりになり寝込んでしまう。有希子に呼び出されたコナンは、優作に変装した有希子に変声機で声をあて推理を披露することになるが……。

この一ヶ月の間にアパレルメーカー勤務の盛田敦実、フリーターの桐生泰二、パン屋の菅沢惟次という、一見、共通点のなさそうな三人が密室で発見される連続殺害事件が発生した。警視庁からアドバイスを求められた優作は、東都テレビの『緊急生放送！連続密室殺人事件完全解明！』で推理を披露することになっていた。しかし当日、優作は食あたりで寝込んでしまい、変装して代理を務めるはずだった有希子も倒れてしまう。呼び出されていたコナンが生放送への出演を断るべく工藤邸のドアを開けると、そこに立っていたのは寝ているはずの優作だった。その正体は怪盗キッドで、優作が冤罪を晴らしてくれた借りを返そうとしているという。怪盗キッドに東都テレビのアナウンサー・夢川彩子ら番組スタッフへの対応をしてもらい、資料を見せながら事件について解説していくコナン。しかし、肝心のトリックと犯人を伝える前にスタッフに呼び出されてしまう。ぶっつけ本番“工藤優作の推理ショー”がスタートする！

街外れの大通りで、歩美は必死に走っている男を見かける。男は長髪で赤いジャンパーを着、マスクと手袋をしていた。その手には小さめの黒いバッグを抱えており、そのまま大型団地の構内へと駆け込んでいく。さらに同じ方向から高齢の男・久米庄作が「引ったくりだーッ!!」」と叫びながら現れ、長髪の男の後を追いかけていった。久米から「おろした三十万円の入ったバッグを引ったくられた」と聞いた歩美は、コナンたちに連絡を入れる。コナンたちが団地に到着し話を聞いていると、団地内で遺体が発見される。被害者はＢ号棟３０１号室の住人・佐村功一。傍らには赤いジャンパーと小さめの黒いバッグが転がっていた。しかしバッグの中に三十万円はなく、見た目もひったくり犯のように長髪ではない。また片脚をギプスで固めており走れるとは思えなかった。彼の部屋を捜索していたコナンはあるものを発見する。一方、事件の捜査をしていた目暮警部のもとに「久米の物と思われる財布と三十万円のを持った男の遺体が発見された」と連絡が入る。居酒屋で毒物を飲んで絶命していた男・東金勝美は、佐村とワル仲間だったらしい。ひったくりの際に揉めたことで佐村を殺害、やけになって自ら毒を飲んだのではないかと考えられた。お金を取り戻した久米を見送り、無事に事件は解決と思われたが、コナンには気になることがあり……。

過去の遺産相続事件で知り合った大井弁護士の紹介で、コナン、蘭、小五郎は下関を訪れる。依頼人は老舗ふぐ料亭『泉谷』を営んでいる四代目・泉谷誠と娘の楓。店が一番忙しく住居に誰もいない時間帯に空き巣が入り、家宝の鍋が盗まれたという。高価な鍋だが、彼らにとって重要なのは“創業以来の旨味がしみ込んだ鍋肌から出る出汁”。コナンたちは、大井の調査によって絞られた容疑者候補の四人に話を聞きに行くことになるが……。

コナン、蘭、小五郎は大井弁護士の紹介で、下関の泉谷という老舗ふぐの和食店を訪れ、小五郎に盗まれた家鍋を取り戻してほしいと依頼した。夜、彼らは街で不審な人物に出会った。その人は小五郎一人の隙に小五郎を襲い、「これ以上調査するな」と警告した。 泥棒は本当に捜査された4人の容疑者の中にいるのだろうか。コナンたちは再び各店舗を訪れ、店の看板メニューを味わった。

コナンと小五郎は繁華街で遺体で発見された。被害者は鉄の棒で頭をたたかれ、一撃で射殺された。地上にはその人が残したメッセージがある。コナンらは被害者の自宅を訪れ、アパートの管理人に明日、滞納している家賃を払うように言っていたと聞いた。また、被害者は当時、管理人が手にしていた週刊誌を見ており、その反応を見て、歌川総業の社長を調べたということです。被害者はこの社長をゆすりたいと思って事件に巻き込まれた可能性が高い……

ここ数日、身元不明の外国人の遺体が二人ずつ発見される事件が起こっていた。下校中、その事件について話をしていたコナン、元太、光彦、歩美、灰原はビルの屋上から外国人が落下する現場に遭遇。コナンはそのビルの屋上にウォッカを見つけ、灰原に三人を連れてこの場を離れるよう指示する。コナンは落下死した外国人からFBIのIDと暗号メールを表示したスマホを発見。そのまま工藤邸へ向かうことにする。工藤邸に着くと赤井だけではなく、日本に滞在している他のFBI捜査官も集まっていた。数日前から見つかっている身元不明の外国人の遺体はFBI捜査官たちで、何故か次々と黒ずくめの組織の手にかかっているという。FBIが使用している暗号の解読方法と滞在中のホテルについて、殺害された捜査官が漏らした可能性があり危険なため、工藤邸に避難してきていたのだ。コナンは落下死したFBI捜査官の持っていた暗号メールを解読。FBI捜査官たちが漏らしたのではなく、黒ずくめの組織も暗号メールを自力で解読したのだと推理する。FBIはそれを逆手にとり、黒ずくめの組織を罠にかけるため作戦を立てるが……。

ここ数日続いているFBI捜査官たちを狙った黒ずくめの組織の犯行。FBIの暗号メールを解読していると推理したコナンとFBIは、それを逆手にとって罠にかけることにする。待ち合わせ場所に行くのは“死亡しこの世に居ない存在”のキャメルと殺された捜査官の弟・マークに決まった。しかし暗号で指定した場所には誰も来ず、見張りの捜査官たちが襲われ始める。キャメルは生存を悟られず、黒ずくめの組織の追跡を振り切ることができるのか!?

罠にかけるはずだった黒ずくめの組織に追い詰められ、車ごと海に落下したキャメル。無事に脱出して海猿島へたどり着き、キャンプ場で暖を取っていた。しかし、その火を発見され居場所がバレてしまう。キャメルを殺害して顔を見ようと上陸してきた黒ずくめの組織。彼らをまくため、キャメルは赤井の指示で島内のカフェからコーヒー豆の麻袋やストローを調達するが……。キャメルをめぐる黒ずくめの組織とFBIの攻防の決着は!?

コナンと灰原は、歩美、元太、光彦から米花デパートに誘われていた。狙いはバーゲン会場で行われる福引の一等賞『八丈島ホエールウォッチングツアー』。博士から「ついでに現金をおろしてくれ」と頼まれた灰原は銀行のＡＴＭ支店に向かう。しかし直前で小五郎のキャッシュカードが機械に飲みこまれ返ってこない状況に遭遇。別の支店に行こうとしていた時、不審な黒背広の男を目撃する。灰原に気付いた男は驚いた表情を浮かべ……。

公園で遊んでいたコナン、元太、光彦、歩美、灰原は、激しい犬の鳴き声と女性の悲鳴を聞く。現場に向かうと、主婦の山田幸子と愛犬のパンが目出し帽の男に襲われていた。飼い主を助けるかと思いきやどさくさに紛れて逃げだすパン。コナンたちが助けに入ったことで、幸子は難を逃れることができた。襲われた理由が分からない様子の幸子は戻って来たパンとともに帰宅するが、コナンたちは男の目的が気になり調査を始める。

横丁のイタリアンバルで店主の山浦と話しながら楽しい食事の時間を過ごしていたコナンと小五郎は、店の壁が破壊される現場に遭遇。犯人は横丁のオーナー・楠見だった。立ち退きを了承しない店への嫌がらせで、その心労で亡くなった店主もいるようだ。騒動を聞きつけてやってきた寿司屋店主・史緒と創作居酒屋店主・米沢の助力もあってなんとか楠見を追い払う。しばらくしてトイレに立った小五郎は、トイレである人物を発見し……。

国立競技場で行われている「Ｊリーグ30周年記念マッチ」川崎フロンターレ対ＦＣ東京の試合。特別イベントとして選手と抽選で選ばれた子どもたちの混合スペシャルフレンドリーマッチが行われることになっており、参加したコナン、灰原、歩美、光彦、元太は楽しい時間を過ごした。客席に戻ったコナンたちだが、何故か灰原は不機嫌だ。実はビッグ大阪が参加する試合で憧れの比護選手と手を繋いで入場するのが灰原の目的だったのだが、試合が行われたのは昨日。試合日を間違ってしまった上に、ビッグ大阪は真田選手が決定的な場面でチャンスを逃してしまうなどの要因で負けていた。灰原が不満を爆発させていると、隣から謝罪が聞こえてくる。その声の主は変装した真田選手だった。敵情視察に来たという真田選手とともに盛り上がる試合を観戦していたコナン達だったが、灰原が客席の異変に気が付く。川崎フロンターレ側のサポーターがほとんど居ないのだ。SNSでは、正式なルートで購入したはずのチケットが無効になって中に入ることができないサポーターの様子が投稿されていた。さらに、コナンは客席で試合を観ているとは思えない動きをする男を発見。高木刑事に連絡を取り、男について調べてもらうことにする。締め出されたサポーターに謎の人物。試合と事件の行方は!?

コナン、蘭、小五郎は病院で揉める男性たちに出会う。彼らは『会澤フーズ』社長・謙蔵の息子で長男・涼一、次男・玲二、そして間に入っていたのが専務の板東。謙蔵は処置室に入っており、それが言い争いの原因らしい。三人は小五郎に“冷蔵倉庫で謙蔵が倒れていた状況”を伝えようとするが、その際に処置が終了。目を覚ました謙蔵に話を聞くと「疲れていて居眠りしてしまった」という。しかしコナンは謙蔵の言動に違和感を覚える。

コナンと蘭は、久し振りに東京へやって来た和葉とともに杯戸神社へ参拝に向かう。縁結びにご利益があるという神社は特別な“１１５縁”の日ということもあって、この日限定のお守りや御朱印を求める人たちで溢れていた。近くにあるのに杯戸神社が縁結びにご利益のある人気スポットだと知らなかった蘭は、和葉にどうやってここを知ったのか質問する。情報源は平次で、たまたま調べているのを見かけて気になったという。その話と最近の言動から平次がここに来ていると確信したコナンは、怪しい狐面の男を発見し追いかけることにする。一方、参拝客の人ごみに単語帳のようなものをめくる男性を見つけた和葉。縁結びの神社では少々目立っており、受験生にしてはかなり年上に見えたことで不自然に感じたようだ。年齢を重ねてから大学を目指している受験生で“学校との縁”を求めてやってきたのではないかという話になるが、その後「さすが縁結びの神社、ここだけで３人もかよ」と謎の言葉を呟き、列を離れて行ってしまったという。コナンと狐面の男、蘭と和葉が合流しその話をしていたところ境内に悲鳴が響き渡り……。

久し振りに東京へやって来た和葉に誘われ、杯戸神社へ参拝に行くことになったコナンと蘭。そして境内で出会った狐面の男こと平次。四人はそこで発生した殺害事件に遭遇する。被害者は警視庁見当たり捜査班の氷高創志刑事で、彼が見ていた単語帳のようなものには指名手配された犯人の顔写真があった。氷高刑事が境内で見つけた指名手配犯を追っていたと考えたコナンたちは、高木刑事に連絡を取り参拝客の中から三人の容疑者を発見する。万引きの常習犯の社本鶴美、無免許でひき逃げをした川野寅彦、結婚詐欺師の神内恭麻。駐輪場の街灯に手錠と自転車の防犯用のワイヤーでつながれていた社本、神社の入口でケンカしていた川野、紛失してしまった財布を探していた神内と、それぞれの理由で境内に残っていた彼らは氷高刑事を認識していたようだ。事件に関係があると思われるノボリの棒はなかなか見つからず、もう一人指名手配犯がいた可能性も出てくるが……。

買い物に出かけたコナンたち少年探偵団。歩いていると、雑居ビルの方から悲鳴が聞こえてくる。駆け付けたコナンたちの目に入ったのは、二階にある『日焼けサロン黒沢』だった。中にはサロン従業員・角田康夫がおり「奥から三番目の部屋に遺体がある」という。暗い廊下を進むとタンニングマシンの中で絶命している西谷信の姿があった。彼はボディビルダーで、身体は綺麗に日焼けするために塗るタンニングジェルに覆われていた。到着した高木刑事と千葉刑事の調べによると、そのジェルに毒物が仕込まれていたらしい。西谷が死亡したとき店に居たのは、遺体を発見した角田、関東ボディビル学生選手権の三年連続チャンピオン・小沢勝、西谷と同じ大学の先輩で小沢のライバルと言われている永野剛士だった。人当たりが良く、ボディビルダーとしての成績なども含めて特に目立つようなこともなかった様子の西谷。そんな中「最近大きな買い物をした」と話していたということがわかる。金銭トラブルなども含めて捜査が始まり、高木刑事は彼の通っていた米花国際大学のボディビル部を尋ねることにする。犯人はどうやって被害者に毒物の入ったタンニングジェルを使わせることができたのか？　そして、被害者が殺害された理由とは……？

米花町「度照神社」の近くを通りかかったコナンたち少年探偵団は、悲鳴を聞き駆け付ける。そこには、頭部を強打し石段下でグッタリしている岡本寿飛太の姿があった。目撃者の女性によると強盗に襲われて蹴落とされたという。米花中央病院で治療が始まった寿飛太は、どうやら命に別状はないようだ。付き添っていたコナンたちの元にやって来たのは新進作詞家で姉の岡本寿里亜と、彼女の師匠・斉門高太郎。寿里亜の話によると寿飛太は強盗被害にあう直前、米花町ではなく「和井葉町に来ている」という話を電話でしていたらしい。寿里亜と斉門は米花町を毛嫌いしている様子で口々に「どうしてこんな町に……」と言い、困惑した様子だ。その理由は、二人にとって因縁のある人物・狩場ユズルが住んでいるためだった。超売れっ子作詞家である狩場は斉門の弟子だったが、「性根が腐っている」という理由で破門となった。しかしその後ヒットメーカーとなり、日本作詞家連盟の理事長の座に付いたことで一転、斉門を誹謗するようになったのだ。狩場は盗作などをしており、その影響を受けた連盟員たちが真似するようになってしまったことで斉門の怒りを買っていた。そんな様子を見ていた寿里亜は、狩場が米花町に住み始めたことを知って恋人の水谷漣に「引っ越しをしたい」と提案する。ところが「誰が住んでようと関係ない」と取り合わない水谷と揉めてしまい、婚約まで行きながらケンカ別れという結果になっていたのだ。その一方で、米花町に因縁のない寿飛太。コナンたちは、寿飛太が嘘を付いてまで米花町を訪れた理由を捜査し始める。

新装開店した駄菓子屋にやってきたコナンたち少年探偵団。チンドン屋が演奏しており、お祝いなのか駄菓子のスモモが配られる。初めての駄菓子に夢中になる歩美、光彦、元太だったが、コナンは特に興味がなさそうだ。そんなコナンに対して「大人ぶって思い上ってる！」と怒り出す元太。二人はケンカになってしまい、コナンは一人で帰ることにする。その道中、路地から飛び出してきた老紳士が「オムライスの死体を見た！」と、コナンに助けを求めてくる。ケンカの後ということもあり「疲れそうだ」と慌てて逃げ出したコナンだったが、捕まって連れてこられたのはレストラン『聚楽大』。過去に蘭と来た時には楽しそうな雰囲気で、天才料理人が作る世界一の『特製お子様ランチ』が評判のお店だったことを思い出す。しかし現在は蜘蛛の巣が張り、すっかり朽ち果てていた。老紳士が見てしまったという“オムライスの死体”は消えており、レストランの扉にはコナンの写真が貼られている。謎が深まる中、コナンはレストランに来た時の事を思い返し始める……。

依頼が終わり人気のない路上を歩いていたコナン、蘭、小五郎は、鋭い警笛の音と叫び声を耳にする。そこでコナンたちが発見したのは、腹をナイフで刺された警備員・根津吾郎だった。息があることを確認し救急車を呼んでいたところ、根津が落ちてきたと思われる階段からヒールの足音がする。結城景子が泣き叫んでおり、そこには夫でＩＴ企業社長の結城秀人が倒れていた。そんな中、根津は大通りを指さしながら「白い服」と言い残し絶命してしまう。コナンは大通りに犯人を追いかけていくが、そこには声を聞いてやってきたのか「黒い服」の青年・一ノ瀬薫がいるだけだった。第一発見者である景子の証言では――近くにある会社の三階会議室で結城と打ち合わせをした後、自分だけ残って仕事をしていたところ警笛が聞こえてきた。気になって会社の窓から見下ろすと、倒れている結城と懸命に心臓マッサージしている根津の姿が。その後、犯人を追うように走り出した根津が転落する音と叫び声が聞こえてきた――という状況だったらしい。その証言が正しいとすると、姿の見えない犯人は結城を殺害した後、再び現場に戻ってきたことになる。事件発生時、離れた場所に居たが「白い服」を着ている景子。仕事が休みにも関わらず会社の近くにおり、根津が指さした方向にいた社員・一ノ瀬。それぞれ言動に不審な点があるものの証拠は出ず、姿の見えない犯人Ｘ説も浮上してきて……。

コナンが阿笠博士と海外ドラマの鑑賞会をしている頃、米花デパートにやってきた蘭と園子。買い物を満喫していると、デパートの屋上で灰原と歩美に出会う。「歩美がピアノの発表会で着る服を選びに来た」という話をしていると、通りかかった佐藤刑事を発見。思わぬ形で、五人は女子会をすることになった。そんな中、デパート内に居た不審な人物についての話題になる。蘭と園子が三階の洋服を見ていた時“独り言を呟きながら天井を見ている男性”に遭遇したのだ。空調のチェックだったのか万引きＧメンだったのか……服を見ずにずっと周囲を見渡しており、普通の客ではないようだった。さらに灰原と歩美は、六階のアートギャラリーで“絵ではなく壁をじっと見つめている男性”に出会っていた。屋上にいた“風向きを確認しているような男性”、只野フルーツパーラー付近に現れた“空の乳母車を押す男性”と次々に出てくる不審な人物。デパート内では来月から始まる『ハリー・ムルザバエフ　デザインダイヤモンドコレクション特別催事』の準備も行われている。五人は、男性たちの行動を繋ぎ合わせ「デパートを襲おうとしている」という結論を出す。デパートの防犯係・高橋和夫と連絡を取り、防犯カメラを確認した五人は、特別催事の警備は万全だということを知る。防災センターから出てきたところで、不審な男たちが集まって車で移動しているのを発見。しかし何も起こっていない以上、どんなに怪しくても捕まえることはできない。その様子を見ていた歩美は、あることを提案する。

高木刑事と千葉刑事は、空き店舗で身を潜め張り込みをしていた。そこへ突然やって来たコナンたち少年探偵団。「帰って貰うには、出番はないと分らせるしかない」と考えた高木刑事と千葉刑事は、見張っている人物とそれに関連する事件について話し始める。 今朝発生した強盗傷害事件。幸い犯人は無職の男性・藤木一馬だとすぐに判明した。しかし藤木は自宅に帰ってこず、行方が分からなくなっていたところで元恋人・与田理美の名前が浮上した。どうやらヨリを戻そうとしていたらしく、追われる身となれば藤木が理美を頼る可能性は高い。理美に経緯を説明したところ「ここに現れたら連絡する」と協力を承諾してもらえたが、元恋人ということで情がわいて匿ってしまう可能性もある。そこで高木刑事と千葉刑事が来るかもわからない藤木を待つため、張り込みをすることになったのだ。 犯人も分かっており、謎解きも一切ない。高木刑事と千葉刑事は少年探偵団を帰らせようとするが、コナンは気になることがある様子。しばらくして電話を受けた理美が出かける準備を始め……。

コナン、灰原、歩美、元太、光彦は飼育小屋にいるウサギの世話をするために、日曜日の帝丹小学校を訪れる。一緒に居た小林先生と若狭先生が職員室に戻ったところで、入れ違いに現れた男性。彼は灰原を見て「宮野明美の妹・宮野志保ではないか？」と声をかけてくる。自分の正体がバレたのではと怯える灰原だったが、彼は帝丹小学校の卒業生・村田匠だった。そこに元クラスメイトの柳町岳、市橋聖子も現れ“明美が帝丹小学校の卒業生”だと知ったコナンたち。過去、明美に見せられた妹の写真とそっくりだったため、村田は思わず灰原に声をかけてしまったのだ。 彼らは卒業式の前日に埋めたタイムカプセルを掘る予定だったが、埋めた場所を知っているのは明美だけ。明美の遺体は身元不明となっていたため、誰も彼女の死を知らないのだ。明美が現れないことに焦り始める三人だったが、タイムカプセルの場所を書いた手紙は当時の担任である国上が預かっていた。 しかし、その手紙の内容は暗号になっており「モネ見せられる」「飛行機襲え」「絵描き行くな」「医者ウソこくな」「８９のお守り焼くな」が箇条書きで書かれ、「図書委員　宮野明美」とサインがあった。コナンは、暗号を見ただけで顔色を変えた三人の様子が気にかかる。話の流れで“なかなか会えない妹へのメッセージも入っている”と知ったコナンは、一緒に探すことを提案。彼らより先に見つけて、灰原のために明美の手紙を入手することを決める。

飼育小屋でウサギの世話をしていたコナン、灰原、歩美、元太、光彦は、帝丹小学校の卒業生である村田匠、柳町岳、市橋聖子に出会う。校内で同窓会の準備が進む中、彼らには“タイムカプセルを掘る”という役割があった。埋めた場所を唯一知っているのは、クラスメイトだった宮野明美。しかし彼女はすでにこの世におらず、姿を現すことはない。明美が残していた手紙に暗号が書かれていたことから、コナンたちも協力してタイムカプセルの場所を指すヒントを見つけていくことになった。 グループを分けて一通り学校を探すが、何も見当たらない。「他の卒業生たちにも助けを求めよう」という提案が出るが、「もう少し自分達で探したい」と言う村田、柳町、聖子。その後、再び校内で捜索を始めたコナンたちは、最初の暗号の『モネ見せられる』から校長室で『よ』という文字を見つける。喜ぶ村田たちだったが、一度探したはずの場所に文字が現れるなど不自然な点が多い。コナンは何者かが偽の文字を準備し、タイムカプセル探しを妨害していると考える。 コナンは灰原のために、明美が残した手紙を手に入れることができるのか……？

毛利探偵事務所に「夫の中島敬史が失踪した」という中島貴子がやってくる。三日前から連絡が取れなくなっており、警察にも相手にしてもらえない様子。貴子からパソコンなど私物の入った箱を受け取ったコナンと小五郎は、中身を調べ始める。そこには名刺、写真、貴子の書いたメモといった物が入っていた。写真立てに入った写真は、新婚旅行のもの、同じ会社の西村真や船長の山内勲とダイビングをしているもの、実家の前で弟の中島隆と写っているもの。パソコンの中を見てもほとんどメールのやり取りがなく、インターネットの履歴におかしなものはない。クルーザーや高級時計、車や別荘のページが残っていたが、それも見る分には問題ないはずだ。物からの情報はあまり得られなかったため、中島の会社に行くことにするコナンと小五郎。しかし、会社の受付で聞いてみても「経理部に中島という人間は所属していない」と言われてしまう。それではと、友人だった西村を見つけてに話を聞いてみたところ「中島は半年前に辞めた」という答えが返ってくる。それもいきなりのことだったらしく、彼のいくあてにも心当たりがないようだ。諦めて会社を後にしようとした時、受付の女性・葛西純子が二人を追いかけてくる。彼女が言うには中島が辞める直前、上司に「こんな会社、今すぐ辞めてやる！」と啖呵を切っていたということだった。真面目だったはずの中島の奇妙な行動。さらに、コナンには貴子の行動で気になることがあった。

公園の管理人・君島智志のミニ鳥園を手伝っていたコナン、歩美、元太、光彦、灰原。餌を持ってきてくれる公園利用者も多いようで、鳥たちはとても人に懐いていた。ほとんど手伝いも終わったところで、君島から「落とし物の野球帽の持ち主を探してほしい」と頼まれる。しばらくしてコナンたちがたどり着いたのは、勝見望の家。そこには空き巣警戒地域をパトロールする警察官がおり、勝見に注意を呼び掛けていた。コナンたちに気が付いた勝見は「なぜここにたどり着くことができたのか？」と質問する。「聞き込みをした後、野球帽を観察していたところで草野球チームのオーダー品だということに気が付いた。作った会社からチーム名を割り出して、チームメイトに勝見のことを聞いた」と経緯を説明。得意げな光彦は、シャーロック・ホームズの物語『青い紅玉』を参考にしたことを語り始める。空き巣の件についても調査を始めたコナンたちは、聞き込みをするうちに全員が同じところに通っていることに気が付き……。

毛利探偵事務所に血だらけの服を持った男・酒匂学がやってくる。酒匂は昨日、仕事で大失敗、恋人にもフラれて一人でヤケ酒を飲みに出かけた。途中で記憶が無くなり、翌朝自宅で目覚めると眼鏡のレンズが割れて、服が血だらけ。自身は頭にコブがある程度だったので、血が他人のものだということは分かった。そこで「何か大変な事をしでかしたんじゃないか」と不安を抱えて、小五郎に助けを求めに来たのだ。手掛かりがないように思われたが、コナンは、服の中から金木犀の花びら、靴底に付いていたコンクリート、爪に挟まっていた血痕付きの金色に輝く繊維片などを見つけていく。さらに、酒匂の手の甲には、特殊なインクで『ＥＤＥＮ』のロゴがスタンプされていた。クラブ『ＥＤＥＮ』を発見したコナンたちが中に入ると、そこにはオーナーの秦レイラがおり、昨夜の酒匂を知っている様子。話を聞いていくうちに不審な点が出てきて……。

二年待ちの人気フレンチレストラン「デェース・デュ・ヴォン」にやってきた蘭、小五郎、園子。一方、阿笠博士と車でそこに向かっていたコナンは、白バイ隊員に止められていた。博士が慣れない道で迷い、遅れを取り戻そうと焦ったことでスピード違反をしてしまったのだ。その後、無事に合流した五人はレストランに入ることになる。 博士がトイレに立ったところで、コナンたちの元に帽子とマスクで変装した男性が近づいてくる。彼は鈴木セキュリティー社長・南條欽治だった。南條は数日前に金庫を盗まれており「ウチの金庫は私にしか開けられない！　悔しかったら私ごと盗むんだな！」と挑発したことで脅迫を受けていた。家族サービスのために予約して楽しみにしていたレストランだったが、ボディーガードまで付けられて窮屈な思いをしている様子。その後、南條たちはトイレに行くためにその場を離れる。 しばらく待っても、先にトイレに行ったはずの博士が帰ってこないことに気が付いたコナン。トイレに様子を見に行くと、そこには何故か博士の服を着た南條の姿があった。服を交換したと考え博士を探していたコナンは、何者かが南條と間違えて博士を拉致した痕跡を発見。探偵バッジで博士と連絡を取り、犯人の車を発見してスケボーで追いかける。しかしコナンの追跡に気が付いた犯人に車で幅寄せされ、コナンはバランスを崩してしまう。空に跳ね上げられたコナンを助けたのは、レストランに来る道中で違反切符を切った白バイ隊員だった。「神奈川県警交通部第三交通機動隊　小隊長・萩原千速」と名乗った彼女は、コナンの言ったことをすべて受け入れ、犯人の追跡に協力を申し出る。

人気レストランを訪れたコナン、蘭、小五郎、園子、阿笠博士。博士は、そこに居合わせた背格好の似ている鈴木セキュリティー社長・南條欽治に入れ替わりをお願いされ実行する。しかし南條の誘拐を企てていた強盗殺人犯の知苑大哉と知苑禄江に、間違って攫われてしまった。事件発生に気が付き犯人を追いかけるコナンは、その道中で神奈川県警交通部第三交通機動隊小隊長・萩原千速に助けられる。犯人の追跡に協力してくれるという千速のバイクに乗り黄色い逃走車を追いかけるが、頼みの綱だった探偵バッジが処分されてしまう。博士は盗聴器を持っており、そこから“消防車両の音”“歩行者用信号機のカッコ―の鳴き声”“ウインカーの音”といった音だけを頼りに追跡を続けるコナンたち。逃走先に検問があると気が付き安堵するが、到着したコナンたちに告げられたのは「検問所を黄色い車は通過していない」ということだった。千速たち警察が困惑する中、コナンはある音を聞いたことを思い出す。 一方、レストランに残っていた蘭、小五郎、園子。そこにやってきた横溝重悟警部は、コナンが千速と一緒に行動していると知ると顔色を変える。さらに博士にはタイムリミットが迫っていて……。

依頼人であるシステムエンジニア・根本恵理子の自宅を訪れたコナン、小五郎、蘭。恵理子は三ヶ月前に夫の根本豊を交通事故で亡くした。少しずつ遺品整理をしていたところ、押し入れの奥で新聞紙に包まれた二千万円を発見。「犯罪に関わるお金の可能性もある」と考えた恵理子は、小五郎にその出所を明らかにしてほしいと依頼したのだった。 コナンたちが豊について話を聞いていた中で、事故の数日前に「もしも、とんでもない大金を手に入れたら何が欲しいか」という話題が出ていたことを知る。貯金や宝くじの可能性もあったが、大金ということもあり小五郎は最近発生した強盗事件について調べ始める。三ヶ月から半年前までに米花町で起きた強盗事件は六件。そのうち二件は解決済み、一件は被害額が少なかった。絞られた候補は、米花銀行襲撃事件、巨額結婚詐欺事件、宝石店襲撃事件。コナンたちは、それぞれの被害者の元を訪ねることにする。まず向かった米花銀行では、半年前に“英語を話す目出し帽子の三人組”が強盗に入っており……。

裏通りを歩いていたコナンと小五郎はツクバ総業社長・筑波峻一の遺体を発見する。警察の捜査によると、死亡推定時刻は昨夜の八時から十時の間。ビルの屋上から落ちたことによる頭部損傷が死亡の原因と思われる。さらに筑波の懐には、死神大吉を名乗る者からのメッセージが書かれた紙が入っていた。 ツクバ総業に話を聞きに行くと、メッセージ内の“三度目の正直”という言葉に社員たちは反応する。筑波はここ数日の間に、二度襲われていたのだ。この証言から「犯人がついに襲撃を成功させた」として目暮警部たちは捜査を始めようとするが、そこに筑波の叔母・町側貞子が駆け付ける。貞子が言うには「昨夜電話があり、いつもとは別人のようなボソボソ声で弱音を吐いていた」とのこと。さらに社長秘書の広瀬葵も「筑波が精神科クリニックから出てくるのを見かけた」という電話がかかって来たと話し始める。他殺と自殺、それぞれの情報が出てきたため両面で調べることになった警察。他殺の線を捜査し始めた高木刑事たちに付いていったコナンと小五郎は、あることを知り困惑してしまう。

園子の招待で、新進気鋭のアーティスト・べこべ素子の展覧会にやってきたコナンと蘭。素子は、伝統的な赤べこと現代アートを融合させた前衛的な作品を発表しており、世界でも注目を集めているらしい。三人が展示会場を見て回っていたところ、叫び声が聞こえてくる。駆け付けると、そこには首を絞められて絶命している素子の遺体があった。 遺体の左手には赤べこ、右手の指の先には血のダイイングメッセージ『フク』が残されており、警察の捜査によると凶器はまだ特定できていないという。ダイイングメッセージから『フク』が付く人物が犯人の可能性があると言う園子。しかし展示会場には、第一発見者であり元交際相手のダンサー・福井純也、素子の事務所所長・福元俊晴、学生時代に同じ工房に居たことのある赤べこ職人・福良一という三人の『フク』が居た。それぞれ話を聞くが、三人とも素子と因縁があるようだ。しかし決定的なものはなく、コナンたちは名前の『フク』でない可能性も考え始めるが……。

　小説家の正村中に「交通事故で亡くなった靖木泰三の身元調査をしてほしい」と依頼を受けた小五郎。靖木の実家付近で調査をしていたところ、実家から出てくる市議会議員・片岡弘樹の姿を見かける。靖木と片岡は中学の同級生だったが、とくに親しかったわけではないという。たまたま訃報を聞いて弔問したところだったらしい。勤めていたコンビニや書店に話を聞きに行くと、靖木は小説を書こうとしていたことが分かる。 数日後、調査報告のために正村の自宅を訪ねた小五郎は、そこで正村が血を流し倒れているのを発見。慌てて近寄ると、傍には「215」「222」「SAME」などという文字が書かれた手帳が落ちていた。それに気をとられていた小五郎は、背後から催涙スプレーとバットで襲われてしまう。 　病院で治療を受けることができた小五郎は無事回復。警察の捜査で正村のもとに「雑誌で連載している小説を打ち切らなければ殺害する」といった内容の脅迫状が届いていたことが分かる。小説の内容は二十年前を舞台に“おやじ狩り”をテーマにしたものだった。それまでの作品と雰囲気が違うことから、今回の事件との関係も視野に入れ捜査が始まる。

　公園で遊んでいたコナン、歩美、元太、光彦、灰原は、傍にある茂みで男性の遺体を発見する。到着した警察によると、男性は近くのビルで金融業を営んでいる高松次郎。違法な金利でお金を貸していたらしく金銭トラブルの可能性、そして身の回りの金品が無くなっていたことから強盗殺人の可能性などが考えられた。凶器の石に血がべっとりと付着していることから、犯人は相当な返り血を浴びているはずだということになる。死亡推定時刻は午後三時から遺体が発見された午後三時ニ十五分までの間ということだったが、コナンたちは犯人の姿を見ていない。遊んでいた広場と反対側に血の付いた足跡が発見され、犯人の追跡はすぐに終わると思われた。しかし、途中で気が付いた犯人は水で血を洗い流してしまったらしくその後の足取りがつかめない。警察は検問やパトロールを強化して捜査を始めるが、目撃者はなかなか出てこなかった。 現場検証も終わり、公園に手掛かりがないことを確認した警察は撤収を始める。コナンたちも帰ることにするが、公園の出入り口には通るのも大変なほどたくさんの野次馬が居た。「いい道知っている」と言う元太について、フェンスの穴を通り外に出たコナンたちはそこで真新しい血痕を発見し……。

鈴木次郎吉の博物館で行われる「ロバノフ王朝の秘宝展」にやってきたコナン、蘭、園子。秘宝展の目玉は、ロバノフ王朝の王妃に受け継がれてきたという世界最大級のガーネットが埋め込まれたティアラ『クイーンズ・バング（王妃の前髪）』。怪盗キッドがティアラを盗むと予告したことで、秘宝展には長蛇の列ができていた。その列の中に喫茶ポアロの安室と梓を見つけ、コナンたちは一緒に並ぶことになる。人が多いため列が進まず手持無沙汰になったところで、梓は「安室は手が空いた時にカードマジックを見せてくれる」と話し出す。園子がトランプを持っていたことでカードマジックを見せてもらうことになるが、そこへ見知らぬ帽子の男が近づいてきた。男はマジックの種を見破り、なぜかコナンを挑発する。コナンは男が怪盗キッドの変装だと気が付いたが、その頃には忽然と姿を消してしまっていた。安室は「あれが怪盗キッドだというのは本当か？」とコナンに聞いたかと思うと、どこかに電話をし始め……。

鈴木次郎吉の博物館で行われる「ロバノフ王朝の秘宝展」にやってきたコナン、蘭、園子、入館する列で出会った安室と梓は、見知らぬ帽子の男性に声をかけられる。男性は変装した怪盗キッドで、なぜかコナンを挑発して去って行ってしまったのだった。怪盗キッドの予告を受けて、展示場内は中森警部とともに武装した機動隊員達がおり万全な警備体制。さらにそこへ、安室の指示を受けた風見が「三日後に再来日するイングラム王国のセリザベス女王が秘宝展を楽しみにしており、目玉のティアラが盗まれては困るため、どんな対策をしているか見ておきたい」という名目でやってくる。 多くの人が見守る中、突如白い煙に包まれる展示エリア。煙が引いた頃にはケースの中のティアラ『王妃の前髪（クイーンズ・バング）』も消えていた。変装がとれてしまうため、怪盗キッドが準備されていたガスマスクをしていた可能性は低い。容疑者は安室、梓、風見の三人に絞られた。コナンは三人に探りを入れ話を聞いていく中で、全員の手に白い塗料が付いているのを発見する。安室は手の指先、梓は手の甲、風見は手の平、薬指と小指。それを確認したコナンは、怪盗キッドに挑発された理由に気が付く。

不動産会社経営者・真田浩明に依頼され、羅鈍市天狗町の自宅を訪れたコナンと小五郎。しかし真田は「依頼しようと思っていた件はもう結構」とキャンセル料を押し付けてくる。早く帰ってほしいという様子を見て「探偵に居られてはマズイことが起こったのでは？」と小五郎が問い詰めると、真田は「殺害する気などなかった」と話し始める。 三日前、真田が経営する不動産屋に犬丸二朗という男が訪ねてきた。犬丸は身に覚えのない悪行を並べ、真田を強請ってきたのだ。どれも事実無根だが、悪い噂を流されるのは困る。犬丸が去った後にやってきた友人・川勝大吾に相談したところ「連絡があったら教えろ。俺が話をつけてやる」と頼りになることを言ってくれた。犬丸から再び「これから行く」と連絡が来た際、川勝にも伝え待っていた。しかし先に到着した犬丸に掴みかかられたため真田が振り払ったところ、犬丸は倒れたまま動かなくなってしまう。そこへやってきた川勝が安否を確認すると、犬丸がすでに絶命していることが分かった。そこで二人は山に遺体を埋めることにする。川勝の助言でアリバイも作り安心していたところに、湯川さおりが現れた。さおりは犬丸に騙し取られた三千万を取り返そうとしており、犬丸が真田の家に入っていくのを見ていた。「犬丸を出さないのであれば警察に通報する！」と言い出したため、真田は三千万をかわりに支払うことでその場を収めることにする。しかし、犬丸に強請られている件について小五郎に依頼しているのをすっかり忘れていたのだった。 話を聞いていたコナンと小五郎は、タイミングよく事が運びすぎていると考え……。

古書店に設けられたトレーディングカードゲームのプレイ用テーブルで、対戦を楽しむ光彦と元太。それに付き添ってやってきたコナン、歩美、灰原、阿笠博士。白熱した対決が行われていたが、歩美と灰原は魅力が良く分からないといった様子だ。そこへやってきた新田司と正木直斗。光彦によると二人はトレーディングカードゲームの大会によく出てくるトッププレイヤーで、特に新田は“高価なレアカードを揃えた相手を、安いカードを駆使して倒していくヒーロー” なのだそうだ。さらにそこへ青年実業家の財前大吾と会社員の久野理がやってくる。財前と久野も大会常連だが、財前は“大金で買い漁ったレアカードで相手を蹂躙するラスボス”と呼ばれているらしい。取り出された珍しいレアカードに興味津々だった光彦と元太は財前に怒鳴られてしまうが、それを止めに入ったのは正木だった。怒り心頭の財前に対して、正木は「バラされてもいいのかよ、あのコト」という言葉を投げかける。どうやら久野も関係しているようで、その場は重い空気になる。気を取り直して対戦を始めることになり、財前はいつもの癖でトイレに立つ。財前の貴重なレアカードを見張るよう命令された久野の睨みもあり、「後で盗られたと騒がれないように」とコナンたちは新田と共に少し離れた場所に移動しようとする。そこで突然、店内の棚が倒れ、火災報知器が大音量で鳴り響き始める。店内が大混乱に陥る中、出入口に殺到する客たち。事態はなんとか落ち着いたが、正木の姿が見えなくなっており……。

入院している阿笠博士のお見舞いにやってきたコナン、歩美、元太、光彦、灰原。その帰り道、高木刑事が強盗犯を追いかけている場面に遭遇する。挟み撃ちのため別ルートから佐藤刑事もやってきて、無事に強盗犯は確保された。逮捕時刻を記入しようと手帳を開いた高木刑事は、そこに一年前に交通事故で亡くなった伊達刑事が書き残した暗号のメモがあることに気が付く。自分なら分かるかもしれないと手帳を見たコナンが導き出した場所は、なんと喫茶ポアロだった。 ポアロに到着し、暗号の内容が「日曜　昼12時　米花町5の6　ポアロの窓際　赤いネクタイ付けてまて」だったと解説するコナン。店内で話を聞いていた安室は、伊達が残した「お前を男にしてやる」は「手柄を挙げさせて一端の刑事にしてやる」という意味だったのではと声をかけてくる。ポアロで怪しい取引をしている人物を捕まえるつもりだったと推理したコナンは、窓際の席を調べてテーブルにテープの跡を発見する。梓に聞いてみると、そこにゲーム機が落ちていたことがあったらしい。さらに日曜日の昼頃に店の前に来る車があり、中で外国人の少年が不自然な動きをしているのを目撃しており……。

一年前に伊達刑事が書き残した暗号のメモを解き、喫茶ポアロにやってきたコナン、歩美、元太、光彦、灰原、高木刑事、佐藤刑事。ポアロに残された情報から誘拐犯が指定した身代金の受け渡し方法を推理し、フランス自動車メーカー副社長の息子・アランのを救出することに成功する。犯人には逃げられてしまったが、とにかく人質の安全が確保され安堵する一同。しかし拘束されてもいないアランが逃げ出せなかったのは、当時、一緒に居た友人の犬飼佑二も監禁されていたためだった。アランは車から外の景色を見ることができなかったが、出発する時と到着したときに日売ラジオの『道路交通情報』を聴いたという。車で移動した距離が三十分だと分かったため、高木刑事、佐藤刑事、安室はポアロを起点に三方向へ車を走らせる 　アランの記憶では、監禁されていた場所は「人や部屋が多いエレベーターのある所」「エレベーターのボタンを押すところは見るなと言われていたが一番上の数字は“五”だった」とのこと。一度最上階に行ってから外出していたことから、アランがどの階に監禁されているか認識できないようにしていると考えられた。さらに、窓からは朝陽と夕陽、子どもたちだけが泳ぐプールが見えていたことも分かる。小学校の屋上プールが見える団地かマンションの四階角部屋――しかし、東京にはよくある場所だ。そこでアランは犯人の指示で車で横になっていた際、“ある物”が見えたと言い始める。

依頼を受け別荘地にやって来たコナン、蘭、小五郎。内容は「別荘に何者かが忍び込んだ痕跡がある」というものだったが、犯人はアライグマで早々に事件は解決した。帰宅しようと道を歩いていると、大きな別荘の前に群馬県警の警察車両が複数停まっているのを見かける。現場に居た山村警部が言うには、ベランダでコーヒーを飲んでいた被害者が、落ちてきた煙突にぶつかって絶命してしまったという事故らしい。被害者は全国三十六店舗も展開するヤンニョムチキン専門店『チョムチョム』の会長・井上浩平。話している最中、コナンは煙突の付け根に切り込みを発見する。煙突が落ちやすいよう、何者かが事前に細工していた痕跡であるため、殺害事件として捜査が始まった。 　別荘地には、井上の知人が数名滞在している。『チョムチョム』代表取締役社長・田中風馬、『チョムチョム』にも出資している投資家・島田典弘、学生時代からの友人で無職とはいえ悠々自適な生活を送っている資産家・河本新、そして遺体の第一発見者である井上の二人目の妻・井上奈々子。奈々子以外の全員にアリバイがあるようだ。 周辺を捜索していたコナンは、ドミノのような板や屋根に刺さった手斧などを発見。さらに遡ると、手斧の発射台と思われる装置や鳥にエサを与えるためのオートフィーダーがあった。コナンは、これらの装置が井上を殺害するためのルーブ・ゴールドバーグマシンだと考える。毎朝六時きっかりにベランダでコーヒーを飲む井上の習慣を知っている人物による可能性が高いということになるが……。

コナン、蘭、小五郎が訪れた別荘地で発生した、煙突の落下事故。被害者を殺害するための細工をコナンが発見したことで、山村警部は事件として捜査を始める。別荘地には、被害者であるヤンニョムチキン専門店『チョムチョム』会長・井上浩平の知人が数名滞在しており、コナンたちは容疑者たちに話を聞いていくことにする。遺体の第一発見者である妻・井上奈々子、ヤンニョムチキンにタレについて揉めていた代表取締役社長・田中風馬、旧友で会社の株主でもある資産家・河本新、最近激しいケンカをし殺害予告までしていた投資家・島田典弘。そして新たに井上の愛人・手島まなみの存在も判明した。 そんな中、島田が学生時代にルーブ・ゴールドバーグマシン研究会に所属していたことが分かる。別荘に仕掛けられていた装置を造ることができるのではないかということで犯人の最有力候補となった島田。滞在しているホテルを訪れたコナンたちは、島田不在の部屋でルーブ・ゴールドバーグマシンの設計図を発見する。決定的な証拠が出てきたことで目撃情報がある場所を探し回るが、島田は遺体となっていた。追い詰められた末に自ら命を絶ったかに思われたが、コナンは遺体の不自然な点を発見する。ハイブランドを身に着けている島田のマフラーが、不自然なほど安いものだったのだ。マフラーを外すと、そこには首を絞められた跡があった。新たに起こった殺害事件。コナンたちは、改めて関係者たちのことを調べ始める。

道を歩いていたコナン、蘭、小五郎は、突然鳴り響いた火災報知器の音に驚く。それは目の前のイタリア料理店からで、すでに煙が漏れ出していた。蘭が消防署に連絡しようとしたところで、近くに居た男性が叫びながら店内に飛び込んでいってしまう。男性を止めるため後を追った小五郎が見たのは、倒れている人影だった。 現場にやって来た消防隊員によると、火元は奥の厨房。被害者は料理長のサレルノ・マルチェロだった。店内に飛び込んでいったのはウェイターの秋村準で、後からオーナーの倉坂柳太郎とその娘の倉坂真理子もやってくる。マルチェロの死因は刺殺。定休日で誰もいないと思っていた空き巣が、料理中のマルチェロと鉢合わせ。刃物で刺した勢いで鍋の油がこぼれて、引火したと考えられた。小五郎が店に入ったとき裏口を開け閉めする音が聞こえたため、犯人はしばらく店内に身を潜めた後に逃げ出したのではないかということになる。しかし定休日にも関わらず、料理が作られテーブルがセッティングされていることに従業員たちは不思議そうな様子だ。その後、警察に連れられてきた妻のサレルノ・有里紗は「離婚の話し合いをするため店で会う予定だった」と話し始める。しかし、店の場所が分からずに帰ることにしたらしい。捜査をするうちに、コナンはマルチェロが犯人に刺された後も料理を続けていたことに気が付く。

住宅街に拳銃を持った男が現れ、逃げ遅れた女性を人質にして近くの家に籠城するという事件が発生した。テレビでその様子を見ていたコナンと小五郎は、慌てて現場に向かう。犯人は到着した警察に『Ｘ』と名乗って「今夜のナイターで、日売の湯村にホームランを十本打たせろ！」「仮面ヤイバーチョコ一個に一枚しか入ってないヤイバーカードを、百枚に増やせ！」など訳の分からない要求ばかりしてくる。困惑する目暮警部たちのもとに、家の持ち主である草津庄助が駆け寄って来た。草津によると家は空き家で、明日にも解体工事が行われるらしい。「ドアや壁をぶち破って突入して構わない」と言うが、それでは人質の命が危ないため目暮警部は躊躇う。そこへ周辺を捜査していた千葉刑事が戻って来る。しかし近くで事件は起きておらず、犯人が籠城する理由がまったく分からない状態だった。そんな中、家から二発の銃声が聞こえてくる。ＳＩＴの突入を決断した目暮警部たちが見たのは、拳銃で眉間を撃ち抜かれた人質の女性と、自身の口に拳銃を突っ込んで命を絶っている犯人の姿だった。 その後の捜査で、犯人の別府佑一と人質の有馬弥生は同棲している恋人だということが判明。そこへ、テレビを見て犯人が別府だと気が付いた友人・鬼怒川努が現れる。鬼怒川によると、別府は誰かと賭けをして“世間を驚かせるようなバカな冗談”を実行してたようだ。結果、予想以上の大事になってしまい心中することにしたのではという結論に至る。警察は全容解明のため賭けの相手を見つけようと捜査を始めるが、コナンは別府が自ら命を絶つとは思えなかった。 翌日、別府たちが通っていたスナックに向かったコナンと小五郎は、“二人を恨んでいる人物”として“弥生の元カレ”と“金ヅルにされていた男性”について教えてもらう。

高校生探偵の工藤新一は水族館からの帰り道、幼馴染の毛利蘭が空手の都大会で優勝したら、彼の奢りで新しくできる遊園地・トロピカルランドに連れて行くことを約束する。そして大会当日、蘭は友人の鈴木園子や両親の応援を受けて勝ち進み、後日、新一は見事優勝した蘭と一緒にトロピカルランドへ。しかし、2人は凄惨な殺人事件に遭遇してしまう。さらに、同じコースターには怪しげな黒ずくめの男たちの姿があった…。

その正体は謎に包まれ、それぞれが複雑に絡みあう危険な一家・赤井ファミリー。 来葉峠で死亡したと思われていた赤井秀一を中心に、これまで断片的に明かされてきた世良真純、羽田秀吉、メアリーそれぞれのパーソナリティや見どころをクローズアップし、その関係性を紐解いたTVアニメシリーズ特別総集編。

7年前、一人の警察官が死んだ。そして3年前、仇討ちを誓ったもう一人もまた……。7年前と3年前に、警視庁の爆発物処理班隊員と捜査一課の刑事が殉職した爆弾事件。それと同一犯によるものと思われる事件が再び発生。犯人が残した警察への挑戦状かのような暗号文。佐藤刑事が止めるのも聞かず、東京都民を守るためにコナンとともに爆弾のありかへと向かう高木刑事。これは、そんな2人の恋物語。

部屋で身支度を整えていた降谷のもとに、出かけるという諸伏がやってくる。二人が話していると松田も合流し、そのままコンビニに出かけることになった。大切な式の前だというのに、のんびりと過ごす三人を萩原と伊達は呆れ顔で出迎える。降谷、松田、萩原、伊達、諸伏が過ごした警視庁警察学校の初任科課程は今日、多くの想い出とともに卒業式を迎えた。 　一方、警察学校の前に停められた車・RX-7を触る女性と、その友人の姿があった。それを見かけ思わず怒鳴りつけてしまう松田。五人が遭遇したある事件で負ったキズを直したばかりだったため、触られまたキズを付けられるのではとイラつく松田を、萩原がなだめ門の中へ引っ張っていく。式の十分前ということで伊達と諸伏が慌ててついていく中、降谷は女性たちに「警察官に興味があるなら卒業式を見学していくといい」と声をかける。――「誇りと使命感を持って、この国の人達を守り抜く決意があるのなら」 五人はそれぞれの明日へと歩き出す。