名探偵コナンが見れる配信サイトは？【テレビアニメ】

数々の難事件を解決する高校生探偵・工藤新一は、ガールフレンドの毛利蘭と遊園地でデート中、ジェットコースターで殺人事件にまき込まれた。 ズバ抜けた推理力で事件を解決したが乗客の中にいた怪しげな黒服の男たちが現金受け渡しする犯罪現場に遭遇。現場の証拠を押さえようとするが背後から襲われ気を失ってしまい･･･。

黒服の男に殴られ意識を失った新一が目覚めると、飲まされた毒薬のせいで身体が小学生くらいまでに縮んでしまっていた。新一は小学生・江戸川コナンと名乗り、黒服の男たちの情報を得るため私立探偵の父を持つガールフレンドの毛利蘭の家に居候することに。すると金持ちの娘が黒ずくめの男たちに誘拐されたという話が入る。

毛利小五郎の事務所に、アイドル・沖野ヨーコが訪ねてきた。何者かに後をつけられたり、部屋に侵入されているというのだ。調査のためコナンたちがヨーコの部屋に入ると、そこには男の刺殺死体があった…。コナンは小五郎を気絶させ、阿笠博士が発明した蝶ネクタイ型変声機を使って小五郎の声で事件の謎解きを始める。

偶然謎の図形と「ORO」という文字が書かれた紙を手に入れたコナンと同級生三人組。宝の地図に違いないと、早速捜索を開始したが、実はその暗号は、現在逃走中のイタリアの強盗団が隠したという金貨のありかを示したものだった。暗号を解読し、忍び寄る強盗団をかいくぐり、見事お宝にたどり着くことができるのか！？

京都に向かう新幹線でコナンに毒薬を飲ませた黒服の男たちそっくりな二人組に出会う。様子を探るため、盗聴器を仕かけたところ、アタッシュ・ケースに爆弾をセットし、新幹線ごとあと40分で爆破するという声が…。

蘭がバレンタインパーティーに招かれた。主催者の医大生・克彦に夢中な同級生の園子にむりやり付き合わされたらしいが、コナンは気が気ではない。テニス仲間が集まるパーティーで、仲間の一人・好美が贈ったチョコレートを食べた克彦が、苦しみ出し死亡する。駆けつけた目暮警部と小五郎は、好美が犯人だとにらむが…。

毛利探偵事務所に小川という依頼人がやってきた。二年前から毎月、送り主の名前も住所もデタラメなオモチャと現金が送られてきていて、今日送られてきた現金には、「2500万円払い終わりました。引き替えに、いただきに参ります」という意味不明の手紙が添えられていた。小五郎は手のこんだイタズラだと断定するが…。

夜な夜な甲冑の騎士が歩き回るというウワサの美術館。興味津々の蘭は、コナンと小五郎を連れ見学に行く。 だが最後の「地獄の間」でコナンたちが見たのは、ホテルに転業するため美術館を閉館すると決めた新オーナー・真中が、「天罰」と題された絵画の後ろで、絵と同じように喉を剣で串刺しにされて絶命している姿だった。

天下一春祭りの夜、ホテルの居室で人気作家・今竹智が殺害された。友人の笹井の犯行ではないかと疑われたが、笹井は祭りの会場にいたと主張し、証拠に蘭がシャッターを押したインスタントカメラを差し出した。完壁なアリバイに笹井は自信満々だが、コナンは笹井が犯人だと確信し、笹井のアリバイを崩す糸口を探し始める。

毛利探偵事務所に赤木量子と名乗る女子高生が、新一を探してほしいと訪ねてきた。量子と会ったこともないコナンは戸惑うばかりだが、蘭のほうは新一への怒りで我を忘れてしまっている。新一をとっちめようと、蘭はコナンを連れて量子の家に押しかけるが、その依頼が、あるプロサッカー選手の脅迫事件と関係する事を知り…。

謎の依頼人に伊豆の小島・月影島に呼び出されたコナンたち。依頼人は12年前にピアノソナタ「月光」を弾きながら死亡した有名なピアニストだったことを知る。謎の依頼主のことを調べるため訪れた公民館で営まれていた前村長の法要の最中、「月光」の第一楽章と共に村の資産家が殺され、これを機に次々と殺人事件が…。

公園でかくれんぼをするコナンたち。二時間たってもみつからない歩美にコナンがトランシーバーで連絡を取ると、歩美はなんと車のトランクの中。しかも、それは少女連続誘拐殺人事件の犯人の車だった！ スケボーの動力ソーラー・エンジンも日没が迫り、時間がたてば歩美の命も危ない。コナンは絶体絶命のピンチに陥る。

毛利探偵事務所に広田雅美と名乗る娘が、1か月前から行方不明になっている父を捜してほしいと依頼に来た。蘭は広田の飼っていた猫の名前が人気の競争馬の名前から付けられたことに気づき、競馬場であっという間に観客の中から広田を見つけ出す。 雅美との感激の再会となったが、その翌日、広田がアパートで絞殺された。

コナンたちが川原で遊んでいると銃声のような音とともに風船が破裂した。コナンが双限鏡で川の対岸を見ると、土手の向こうのビルの屋上で二人の男に拳銃を向けられライフルを構えている男を目撃。その現場に駆けつけると、謎の十桁の数字を表示した電卓が置かれていた。これは男がコナンに残したメッセージだろうか。

猫を探す依頼を受けたコナンたちは、猫が出てきた家の浴室で男の死体を発見した。コナンたちの通報で駆けつけた目暮警部は、その家を捜索するが、死体のあった浴室には一滴の血痕すら残っていない。コナンたちに見られずに死体を運び出すのは不可能だと判断した目暮警部は、コナンの通報がウソだと判断するが…。

コナンたちが、資産家の丸伝次郎の屋敷に妻の浮気調査報告のために訪れていた時、伝次郎自身が何者かによって惨殺された。残された伝次郎の手帳に名前が書き込まれていたのは、小五郎、伝次郎の主治医・波多野、彫刻家の阿久津、そして居合の道場主・諏訪の4人。はたして、この中に犯人がいるのか？

「仮面ヤイバーショー」を見にデパートを訪れたコナンたちは、元太が大事なヤイバーのサインを忘れ閉店間際のデパートにとりに戻るが、出入口が閉まり閉店後のデパートに取り残されてしまう。警備室に行ったコナンたちは、そこでヤイバーとジョッカー軍団の着ぐるみ姿で閉店後のデパートを狙う強盗団に遭遇してしまう。

今日は新一と蘭の中学の恩師・松本小百合先生の結婚式。式の時間が迫り、小百合は控室に一人で残った。妙な物音がして、コナンたちが控室に戻ってみると、純白のウェディングドレスに身を包んだ小百合が苛性ソーダの混入されたレモンティーを飲み吐血して倒れていた。容疑者は新婦の控室に出入りしたものに絞られる･･･。

トップデザイナーの芦屋映子に街でファッションモデルにスカウトされた蘭。衣装合わせのためビルに行くと、秘書の美香がエレベーターの中で殺害されているのに出くわした。暎子は床に残った靴跡を見つけビル荒らしに殺されたのだと断定するが、コナンは映子がエレベーターのボタンをハンカチで拭いたのを見逃さなかった。

歩美が幽霊屋敷を見つけてきた。コナンたち少年探偵団は、さっそく幽霊退治に乗り出すことになった。そこは5年前に殺人事件があった家で、現在は空き家のはずだ。一人でトイレに行った光彦の悲鳴に続き、元太の悲鳴が聞こえた。本当に幽霊なのか？コナンは床の隠し扉に気づき開けると、扉の向こうは地下への階段だった。

人気アイドル沖野ヨーコ主演のサスペンスドラマのロケが米花神社で行われた。そのドラマの推理監修として協力することになった小五郎はゴキゲンだ。しかしその日の夜、コナンたちが神社の前を通りかかると、撮影助手の安西が狛犬の前で血まみれで倒れていた。手掛かりは血で書かれた「コマイヌ」の文字だけ。

旗本島に旅行に来たコナンたち。偶然、旗本島の旧家・旗本一族が貸切りにした豪華客船に便乗させてもらうことになった。一族の当主・豪蔵は今日の結婚式の途中から機嫌が悪く、自室に引き上げて行った。夕食に姿を見せない豪蔵を迎えに行くと、自室で殺害されていた。遺産分配をめぐっての争いだろうと推察されるのだが…。

旗本一族のチャーターした豪華客船内で、当主の豪蔵が刺殺され、孫娘の夏江と結婚式を挙げたばかりの花婿・武が犯人と疑われ、倉庫に監禁された。これで一件落着かと思われたが、惨劇の幕はまだ下りていなかった。第二の殺人が起き、武が監禁されていた倉庫の扉が開いていて、武の姿が消えていた。真犯人は一体誰なのか？

二か月前にコナンの推理で逮捕された保険金殺人犯・湯田が、刑務所を脱走した。いつものようにコナンが小五郎の声を使って事件を解決したのだが、そうとは知らない湯田は、小五郎を恨んでいた。逮捕された時に「この礼は必ずしてやる」と言った湯田の言葉を思い出し、蘭は小五郎の身を案じる。小五郎に魔の手がしのびよる。

蘭の同級生・直子が誘拐され身代金の受渡しが埠頭で行なわれたが、誘拐犯の車は逃走途中、直子を乗せたまま海中に転落してしまった。しかし引き上げられた車には、直子も犯人の姿もなかった。その後事件当日、埠頭の対岸で不審なクルーザーがいた事を知り、コナンは直子たちが生きていると確信し、推理をはじめる…。

コナンたちは、学校帰りに坂口家の愛犬ジョンと遊ぶのを楽しみにしていた。ある夜、コナンが小五郎と蘭と共に坂口家の前を通りかかると、犬の鳴き声と悲鳴が聞こえ、若い女性が飛び出してきた。家の中では倒れた男性と唸っているジョンの姿が。コナンや蘭には人懐っこいジョンが訳もなく人を襲うとは考えられないのだが…。

小五郎の大学の柔道部の同窓会が開かれることになった。昔のアルバムを眺め、思い出話に花が咲く。中道が皆を卓球に誘うと、かつて恋人だった由美は疲れたから休むと言って部屋に戻ってしまう。由美を除いた全員で卓球を楽しんだ後、一同は花火大会に。しかし部屋に戻ってみると、側頭部を銃で撃ち抜かれた由美の姿が。

小五郎の大学の柔道部の同窓会で柔道部のマドンナだった堀田由美が死んだ。旅館の自室で頭を銃で撃ち抜いていたのだが、数々の証拠から自殺に見せかけた他殺とわかった。犯人は同窓会に集まった小五郎の親友の四人の内の誰か。だが、この時間は全員が卓球をしていたというアリバイがある。小五郎のつらい謎ときが始まる。

コンピューター・ソフト会社の社長・大木田が死亡した。遺体に外傷はなく、毒物を飲んだ形跡もないことから、突然死だと思われた。しかしコナンは家中がコンピューターで快適な温度に管理されているはずなのに、遺体が多量の汗をかいている事に気づく。急激に温度が上昇しただけで心臓発作を起こすとは考えにくいのだが。

小五郎に高名な弁護士・巽から妻の浮気調査の依頼があった。しかし、その日、自宅で縛り上げられて空の浴槽に押し込まれていた巽の妻の遺体が発見された。死亡推定時刻に小五郎と一緒にいた巽には完璧なアリバイがあるはずだが、コナンは、何か釈然としないものを感じる。全ての推理の出発点は、あのホテルだ。

小五郎がゲスト出演した人気番組の生放送終了直後、プロデューサー・諏訪が、ミーティングルームで殺された。諏訪はここで番組終了後に司会の松尾と打合せをすることになっていた。番組降板の噂もあった松尾に目暮警部が問い正すが、生番組の司会をやっている自分に犯行は不可能だと自分のアリバイに自信たっぷりだ。

蘭が新一とデートだと言って、うれしそうに出かけて行った。「新一はオレなのに」とコナンは気が気でない。不安になったコナンは無理やり待ち合わせの喫茶店までついていく。客の観察をしているその時、トイレから男の絶叫が響きわたった。トイレの個室の中で心臓をナイフで一突きされた女性が血まみれで倒れていた。

川原にキャンプにやってきたコナンと少年探偵団の四人は、阿笠博士から宝物の在りかだという古い絵地図をもらいはりきって宝探しを始める。地図に従って森の中の目印をたどっていくと、途中で怪しげな二人組の男にでくわすが、男たちは四人を見てあわてて立ち去った。その後地図に書かれた暗号の謎を解いていくのだが…。

蘭とコナンは同級生・園子の別荘に招待された。そこには園子の姉と姉の大学時代の映画研究会の仲間も集まっていた。蘭が森の中で顔に包帯を巻いた男に斧で襲われた。そして山荘の電話線は切断され、吊り橋が落とされていた。その夜、コナンたちは森の中で、バラバラに切断された脚本家の知佳子の惨殺死体を発見する。

包帯男に蘭が再び襲われたことで、全員が食堂で夜明かしすることになった。知佳子が連れ去られた時に首に付けていたチョーカーを綾子が玄関で見つけ、知佳子殺しの謎が新たに浮上する。内部の犯行だとすると、蘭がなぜ二度までも襲われるのか。コナンは山荘に到着した時の出来事を思い出す。

歩美が歯科医・沢木葉子に歯を抜いてもらった夜、あるマンションで殺人事件が起こった。第一発見者は隣室に住む葉子。葉子には、歯科医院で歩美と一緒にテレビを見ていたというアリバイがあった。が、歩美は眠ってしまって番組の最初と最後しか見ていないという。コナンはどこかにトリックが隠されているとにらむが…。

小五郎に人捜しの依頼が来た。手掛かりは赤いスポーツカーのナンバーと、依頼人・典子が描いた似顔絵だ。信州でその男と知り合ったという典子の話に、小五郎は勝手に恋の相手だと決めつけるが、コナンは似顔絵の表情が陰険なのが気になった。コナンは小五郎にこのことを指摘するが、相手にされず一人で調査を開始した。

赤鬼村の火祭会場で、燃えさかる櫓の中から焼死体が発見された。殺人事件として捜査が始まったが、被害者の根岸は小五郎が阿部という男の依頼で3日間尾行をしていた相手で、しかも二人は互いに五億円の生命保険をかけていた。状況から、犯人は阿部に違いない。が、小五郎によって阿部のアリバイは完璧に証明されていた。

資産家の一人娘・四井麗花の誕生パーティーに招かれた小五郎と蘭、コナン。わがままな麗花の一言で、麗花の花婿候補と目されているヨットクラブのメンバー四人が家政婦の米、コナンたちと共に別荘に残ることになった。そんな中で麗花が行方不明になり、捜している最中に、二階堂が庭の噴水で溺死しているのが発見された。

人里離れた別荘で資産家令嬢・麗花の花婿候補の一人・二階堂が不審な溺死を遂げ、蘭までもが同様の手口で襲われた。行方不明だった麗花も浴室で溺死体となっていた。三件の犯行はこの夜別荘にいた同一人物によるものに違いない。全身ずぶ濡れの麗花の死体の状況から、コナンはシャワーを利用したトリックを見破る。

コナンと小五郎、蘭は米花高校野球部の遠征試合を応援に行った。相手は昨年の地区大会優勝校で、今年も優勝候補ナンバーワンの修好学園。試合は思わぬ展開で米花が逆転勝利したが、試合直後、修好学園の理事長室で昨年の優勝旗がズタズタに引き裂かれているのが発見され、校長は、野球部の大会出場を辞退すると宣言した…。

園子に誘われ、人気バンド「レックス」の打ち上げパーティーに参加した蘭とコナン。しかし、ボーカルの達也が、ヒット曲を熱唱した直後に吐血して倒れ、死亡した。死因は青酸カリ中毒。警察は昔のバンド仲間だったカラオケボックスの店長を疑うが…。コナンはカラオケボックスに全員を集め、店内放送を使って推理を始める。

毛利探偵事務所にコナンの母親だという女が現れた。蘭や小五郎の手前、ウソだとも言えず、コナンは女の車に乗り込んだが、コナンに母親などいるわけがない。案の定、女はコナンの正体が工藤新一だと知っていて誘拐したのだ。謎のベールに包まれていた世界的推理作家と元美人女優の新一の両親がついに登場する特別編。

小五郎と蘭、コナンは、山道で車が故障して困っていた、堀田重工の会長・堀田耕作を別荘まで送っていった。別荘では堀田の誕生パーティーが開かれるところだったが、息子たちがケンカを始めて険悪な雰囲気になった。その夜、堀田の寝室が爆破され、堀田が死亡。小五郎は行方不明になった次男を疑うが…。

高級住宅街で会社社長・児島郁子が顔にパックしたまま、ガウン姿で絞殺された。防犯カメラの映像とガードマンの証言から、死亡時刻が夜の9時すぎの18分間と推定される。容疑者は専務の吉岡、娘の千尋、証券マンの泉の三人。来客の予定があったのに、ガウン姿でパックをしているのは不自然だと気づいたコナンだが…。

雪山にスキーに来たコナンと蘭、小五郎は、貸別荘の鍵を無くして医大教授・大山将の別荘で電話を借りることにした。別荘には大山の弟子の助教授や助手たちが集まり、コナンたちも鍋パーティーに招待される。食後、一人別室でテレビを見ていた大山の惨殺死体が発見された。コナンは大山のダイイングメッセージに気付く。

元高飛び込み女子選手がオーナーであるスポーツクラブが新装オープンすることになった。その前日に招待されたコナン、蘭、小五郎だが、高飛び込みの代表選手の西条と他のインストラクターたちが対立しているところを目撃してしまう。その夜、西条の死体がプールに浮いているのが発見された。西条の死は事故か殺人か。

新一に会うために、蘭のところへ“西の高校生探偵・服部平次”と名乗る少年が押しかけてきた。風邪気味のコナンは服部に飲まされた中国酒でフラフラになる。蘭が服部をにらみつけているところへ小五郎の依頼人が訪れる。小五郎と蘭、コナン、服部の四人で依頼人の外交官宅へ出向くと、外交官は何者かに毒殺されていた。

服部に飲まされた中国酒のせいで気分が悪くなったコナンは、外交官・辻村勲の殺害現場で倒れてしまう。辻村を毒殺したトリックを暴いた服部は、辻村の父・利光を犯人だと決めつける。そこへ、突然、新一が現れ、服部の推理の間違いを指摘する。新一は、真犯人を突き止め、辻村夫婦の過去を掘り起こす。

図書館で逆向きにケースに入れられて包装された変な洋書を見つけたコナンは、ここの図書館の職員が行方不明になっていることを知る。警察は手掛かりを見つけられずに帰っていったが、コナンは少年探偵団の3人と一緒に閉館した図書館の内部を捜索する。そして児童図書の書棚で背表紙のない本に隠された麻薬を発見した。

お気に入りのアイドル・沖野ヨーコの推薦でチャリティーゴルフ大会に出場することになった小五郎は、早朝のゴルフ練習場にやってきた。ド下手な小五郎の練習にコナンが見飽きた時、サラリ－マンの4人連れが入ってきた。部長の橘がドライバーに持ち替え、振り下ろした瞬聞、激しい爆発音と共にもうもうと黒煙が上がった。

コナン、蘭、小五郎が一泊することになった山寺には、若い女をさらって高い木に登り、そこに死体を吊してその肉を食うという霧天狗の伝説が伝わっていた。修行僧たちは小五郎に、2年前に若い修行僧が伝説と同じような死に方をした事件を話そうとするが、和尚に一喝される。翌朝、和尚が高い梁から吊されて息絶えていた。

マンションのベランダで会社社長・井本が、日課にしていた太極拳の最中に何かで後頭部を一撃されて死亡した。マンションには、井本の妻・貴子、井本夫妻の仲人・土橋、マンションの住人で釣具店主の寺沢がいて、それぞれに殺害の動機がある。コナンはベランダの手すりについた傷から、釣り竿を使ったトリックを見破るが…。

小五郎が監修したゲームソフトの発表パーティーで、コナンは自分を小さい体にした黒ずくめの男たちの仲間らしい大男を見かける。手掛かりをつかもうと、尾行を始めると、大男はトイレで爆死した。爆発は大男がクロークでアタッシュケースを受け取った直後だったことから、コナンは大男の取引相手を捜し出そうと知恵を絞る。

温泉旅行から帰る途中、コナン、蘭、小五郎は乗換えの駅で殺人事件に遭遇する。殺されたのは、コナンたちと同じ列車に乗り合わせた医師会のメンバーで、並行して走っている別の路線の車内で毒物を注射されて死亡していた。コナンは、医師会のメンバー・伊達をあやしいとにらむが、別の列車の中にいては、犯行は不可能だ。

おじゃマンボウ清掃会社の専務が、落ちてきた鉄材で頭を打って死亡した。現場は会社近くの細い路地。日曜日の今日は社長の中山と秘書の麻木だけが出社していた。偶然現場に居合わせたコナンは、事故に見せかけた殺人事件のトリックに挑戦する。

小五郎と蘭と一緒に「シャーロックホームズ・フリーク歓迎ツアー」に参加したコナンだが、ツアーの主催者・金谷が車に乗ったまま崖から転落、炎上してしまった。孤立した参加者たちは一室に閉じこもるが、第2の事故が起こってしまう。ツアーに参加していた服部平次と共にコナンは犯人との知恵くらべをすることになった。

ツアーの主催者・金谷に続いて綾子が爆死。さらに、藤沢がアイスピックで襲われるに及んで、ツアーの参加者たちは戦々恐々としていた。犯人は残ったメンバーの中にいるのか、それとも、死んだはずの金谷なのか？服部平次と共に犯人のトリックを推理していくが、平次はコナンの正体に疑いを持ちはじめる。

商店街のイベント“初めてのおつかい大会”に記録係として参加した少年探偵団の面々とコナンは、参加者のひろしの突飛な行動にてんてこ舞。一度は姿を見失ったひろしをやっと見つけたかと思えば、今度はそのひろしに危険が迫る。本人が何も気付かないまま間一髪で難を逃れたものの、ついに何者かに連れ去られてしまう。

コナンと小五郎たちの目の前で女性イラストレーターがマンションのベランダから転落、死亡した。直前に師匠の花岡に予告電話をかけていたことから、投身自殺かと思われたが、コナンは転落前に女性が死んでいたと見抜く。一番怪しいのは、離れたデザイン事務所にいた花岡だ。自殺に見せかけるトリックの方法は一体何だ！

水軍伝説の伝わる瀬戸内海の小島・敷島では、7年前に金塊を積んで沈没したはずの小型船・竜神丸が浜に打ち上げられた。講演会を依頼されて島にやって来た小五郎は10億円の金塊探しも依頼される。が、小五郎の代わりにくす玉の紐を引いた村役場の職員がガソリンを浴びて火だるまになった。何者かが小五郎の命を狙ったのだ。

竜神丸のキャビンから灯台守・浜田の惨殺死体が発見され、現場で気絶していた小五郎に殺人容疑がかかった。島民たちの怒りに小五郎と蘭共々八つ裂きにされかねない不穏な雰囲気に、コナンは小五郎を麻酔銃で眠らせ、小五郎の声で小五郎がはめられた罠を暴き出す。小五郎を罠にはめた真犯人は金塊を狙っているに違いない。

映画「大怪獣ゴメラ」の撮影所を見学に行ったコナンと少年探偵団の子供たちは、ゴメラ役の俳優・松井の案内でセットや怪獣の着ぐるみを見て大喜び。が、松井がゴメラに刺され、逃げたゴメラを追うコナンたちは、スタジオでゴメラがシリーズの中止を決定したプロデューサーを刺殺するところを目撃する。

小五郎の刑事時代の先輩で暴力団担当の警部・寺岡からバーベキューパーティーに招待された小五郎、蘭、コナン。寺岡は暴力団の幹部から呼び出され、一人で会いに行くと言う。心配した小五郎は寺岡に付き添っていくが、寺岡が入っていったコンテナ置場から銃声が聞こえ、暴力団幹部・松山が喉を撃たれて死亡した。

ビアガーデンで誘拐事件に気づいたコナンは、小五郎、蘭と共に、脅迫されているらしい歯科医・遠藤を家まで尾行する。急患のふりをして入り込んだ3人は、4歳の息子・圭太が誘拐され、身代金を要求されていることを知る。圭太の監禁場所の手掛かりは「カニ」と「クジラ」。コナンたちは水族館やカニ料理店を調べまくるが…。

街灯の壊れている夜道で大学生が側頭部を鈍器で一撃されて死亡した。現場付近で凶器は発見されなかった。真っ暗闇の中で誰が、どうやって殺害したのか？直前まで前のマンションで一緒に酒を飲んでいた仲間と現場にいた友人、それぞれ動機はある。コナンは向かいのビルの屋上を利用した密室からのトリックに挑戦する。

公演を目前に控えた有名劇団に脅迫状が送られてきた。調査を依頼された小五郎たちの目の前で主演女優の大手祥子がリハーサル中に死亡する。服毒自殺を演じる心中シーンで青酸化合物を飲まされたようだ。衆人監視の中、祥子だけに確実に毒を飲ませる方法はあるのか？祥子殺しの動機を持つ容疑者が次々と浮上するが…。

コナンたちは阿笠博士の申し込んだ「伊豆ミステリーツアー」に博士の代わりに参加した。ツアーの中に紛れ込んでいる主催者を見つけ出すと、極秘のプログラムのフロッピーがもらえるという。謎の主催者はコナンの父・工藤優作の書いたミステリーの主人公・闇の男爵（ナイトバロン）に扮してツアー中に事件を起こすらしい。

ツアーに参加した7人はナイトバロンという名の幻のコンピューターウィルスのフロッピー目当てに参加したことが判った。そんな中、プログラマーの江原が転落死した。江原がナイトバロンの衣装を身に着けていたことから、ツアーの主催者は江原で、酒に酔った上の事故と見られた。が、衣装は何者かに着せられたことが判明。

ナイトバロンに襲われた警官は空手の達人だった。ナイトバロンは蘭のキックもかわしている。こんなことができるのは、空手の日本チャンピオンだった前田しかいない。コナンは死んだ江原の部屋の防犯ロックを外からかける方法を横溝刑事と小五郎に教え、小五郎たちは改めてツアーのメンバーのアリバイを確認する。

早朝からハイキングに出かけていたコナンたちは、若い男が変死した現場に遭遇する。男が飲んだと思われる毒入りの清涼飲料水は、小五郎が自動販売機から2本出てきたと喜んだ清涼飲料水と同じ商品だった。事件は自動販売機を利用した無差別殺人と考えられたが、死んだ男にはストーカーで警察に通報された前歴があった。

園子の別荘に招かれた蘭とコナンは、園子の姉の婚約者・富沢雄三を紹介される。雄三の父・哲治は隣の別荘の持ち主で、富沢財閥の会長だ。その夜、哲治が惨殺され、停電中の暗闇でコナンたちは偶然、殺害の場面を見てしまう。犯人の顔は、紛れもなく雄三のものだった。が、雄三にはそっくりな顔をした三つ子の兄弟がいた。

少年探偵団のメンバーたちと海に遊びにきたコナンは、春日財閥の御曹司・輝彦と恋人の忍と知り合い、モーターボートに乗せてもらって大はしゃぎ。夕方になって、コナンたちは先に帰ったはずの忍の名前と「SOS」とメッセージの入ったペットボトルを拾う。メッセージが本物だと考えた4人は、忍を捜して海辺の洞窟に入り込む。

映画「死神陣内」の主役・死神陣内を演じる俳優・南条隼人の元に死神陣内の名で殺人予告状が届けられた。警護が南条の事務所を取り巻く中、映画と同じ死神陣内の扮装をした人物が現れたが、コナンのキックも小五郎のタックルもかわして逃走する。その直後に銃声が響きわたり、南条が事務所で射殺死体となって発見される。

金融会社の社長・肥田が毒殺された。肥田は一人で残高の確認をしていた。被害者の親指と数枚の札から毒物反応が検出され、札を数える際に親指をなめる被害者のクセを知っている者の犯行と思われる。が、肥田の親指、札、ドアノブ以外から毒物反応は出てこない。密室の中で、誰がどうやって肥田の指だけに毒を塗ったのか？

園子の家に怪盗キッドからの犯行予告状が届けられた。鈴木家の家宝の黒真珠“ブラックスター”を狙ったものだ。園子は小五郎に捜査を依頼する。予告状の暗号を解いたコナンがホテルの屋上で待機すると、目の前にキッドが現れるが、姿を見せただけで捜査を指揮する警部の手に再度の予告状を残して忽然と消えてしまう。

名家・長門家の当主・長門道三の誕生パーティーに呼ばれた小五郎は、道三の初恋の人を捜してほしいと依頼された。その夜、道三の次女・康江の夫、光明が何者かにベランダから突き落とされて死亡。その直前に包丁を口にくわえた長男・秀臣が目撃されている。コナンは服部平次と二人で事件の真相を探り始める。

池の底から秀臣の死体が発見され、事件をほのめかすかのような遺書も見つかった。鑑識の結果から、光明を殺害した直後に入水自殺したものと思われたが、コナンと平次は遺書の文面に不自然な箇所を見つける。秀臣の部屋で事件前日に録音された留守番電話のメッセージを聞いた二人は、推理を裏付ける遺留品を発見する。

閉店間際の銀行で、コナンは蘭、園子と銀行強盗に遭遇する。拳銃を持った犯人は、背後から殴りかかろうとした行員を射殺。銀行内がパニックに陥った隙をつき、別の行員が飛びかかって犯人を射殺してしまう。犯人を倒した行員の勇気ある行動で解決したと思われる事件だが、コナンは何か不自然なものを感じて調査を始める。

コナンが捕り損ねた野球の打球が絵を描いている男のキャンバスに当たった。男はコナンが見覚えのある画家で、記憶喪失のようだ。突然苦しみだした男を、病院に運ぶが、男は病院を抜け出し、翌日、絞殺死体となって発見される。遺体の鞄の中に銀杏の葉が入っているのを見たコナンは、少年探偵団の仲間たちと調査を開始する。

武道館でのコンサートの開幕直前に、人気デュオ・TWO－MIXの二人が誘拐された。事件を目撃したコナンと少年探偵団の子供たちは、犯人から連絡役に指名され、大はりきりで事件解決を目指すが……。コナンの声を担当する高山みなみが参加し、ヒットチャートをにぎわせているTWO－MIXが劇中に登場。

誘拐されたTWO－MIXを救出するため、歩美になりすまして犯人に新曲のデモテープを届ける役目を買って出たコナン。だが、コナンに手柄を独り占めされたくない元太たちは目暮警部にコナンの行方をたどる追跡メガネを渡さなかった。自分たちだけで事件を解決しようと、TWO－MIXが監禁されている倉庫までたどりつくのだが…。

ある夜、ケガで入院中の小五郎が病室の窓ごしに殺人を目撃した。あわてて警察を呼び、現場と思われる病室に急行するが、そこには死体はおろか、事件の痕跡は何もなかった。精神科の医師・白井はストレスによる幻覚だと決めつけるが、コナンは小五郎が見たのは窓ガラスを利用したトリックだったことに気づく。

スキー場で小学校時代の恩師・米原と出会ったコナン、蘭、園子は、米原が現在の教師仲間と借りた貸別荘に招侍される。吹雪で別荘に足止めされたコナンたちは、押しかけてきた新聞記者から3年前に米原の学校で何か事件があったことを聞く。険悪な雰囲気になる教師たち。その夜、米原と園子が何者かに襲われる。

猛吹雪に閉じ込められた山荘で、蘭たちの恩師・米原の同僚・杉山が死体となって発見され、自室に閉じこもっていた下田も殺された。下田の首には縄で絞められた跡がくっきりと残っているが、どこからも縄は出てこない。犯人は下田の部屋のそばにいた3人の中にいる。コナンは手掛かりを求めて山荘の周辺を再調査するが…。

ワイドバンドレシーバーで誘拐犯の脅迫電話を聞いてしまったコナンと少年探偵団の子供たちは、レシーバーから聞こえてくる情報だけを頼りにどこの誰とも判らない被害者と犯人の居場所を突き止めようとする。犯人は川田という男に娘を殺されたくなかったら言うことをきけと、無茶な要求を次々に突きつける。

北海道でツルを観察していたコナンと蘭、小五郎は、ツルの世話をする老人と出会う。老人の家に招待されたコナンたちは、老人が引退した実業家で、全財産をツルのために村に寄付するという遺言書を作成中だということを知る。老人の弟と子供たちは猛反対。手続きが終了する直前に老人はボウガンの矢で射抜かれ、死亡する。

吸血鬼の小説で有名なホラー作家･虎倉大介の依頼でドラキュラ荘と呼ばれる彼の山荘を訪れた小五郎と蘭、コナンは、豪雨のために山荘に一泊することになった。その夜、一人で書斎にこもっていた虎倉は、ドラキュラの衣装を身に着け、十字架上で白木の杭を胸に打ち込まれていた凄惨な死体となって発見される。

ホラー作家･虎倉大介を惨殺した犯人を特定するためには、殺害現場である書斎が完全な密室状態にあったという謎を解かなくてはならない。この夜、山荘にいた虎倉の妻たちの前で、小五郎は謎解きをしてみせると豪語する。案の定、小五郎の推理は的外れだったが、全員に殺害の動機と機会があったことが判明する。

生け花アーティスト・岡野利香に殺人を予告する脅迫状が届いた。脅迫状には、利香の世界芸術大賞受賞パーティー会場となる紅花ベイサイド・ホテルに｢死の花が咲く｣とある。パーティー当日、会場を訪れた小五郎、蘭、コナンの3人はホテルの支配人の死体を発見する。小五郎と目暮警部は遺体の状況から絞殺と断定するが…。

骨折で入院した小五郎の病室に銀行強盗の容疑者が入院していた。被害にあった銀行の行員の父親も同室で、強盗の仲間たちは行員の娘を人質に、仲間の口封じをするよう脅迫していた。容疑者を監視する警官の中にも仲間が紛れ込んでいて、行員は通報することもできずにいる。動揺する行員の姿に事件を見抜いたコナンだが……。

小五郎のもとに奇妙な依頼が舞い込んだ。半年前、見事な手際で殺人を実行し、姿を消した名うての殺し屋･狐(フォックス)に間違って自分の殺しを依頼してしまったというのだ。殺人を阻止し、狐を捕らえるために、依頼者の不動産会社社長が実行を指定した山の縦走にコナンたちも同行することになる。

殺し屋･狐の標的ではないはずの大学生･平井が殺され、山小屋で恭子の死体が発見された。恭子も背中にナイフを突き立てられていて、狐の第2の殺人かと思われた。小五郎は自分の正体を明かし、犯人捜しを始める。コナンが恭子の正体に勘づいた時、恭子の連れの河辺と依頼人の潮、山小屋の管理人の老婆の姿が消えていた。

スキーに来たコナンたちは、古びた民宿に泊まることになる。他の宿泊客はドラマで雪女を演じた女優・木下明子と専属のスタント･ウーマン浅沼洋子だけだ。蘭が露天風呂で雪女の幽霊を見た夜、明子が遺書を残して姿を消した。翌朝、雪女の衣装を着た明子の凍死体が発見され、睡眠薬を飲んだ上での自殺と思われるが…。

酔って帰宅中の小五郎は、中学校の裏手で知り合いの佐知子と出会う。あわてた様子で車に乗り込もうとしていたが、なぜか小五郎をドライブに誘う。大喜びの小五郎だが、ドライブから戻ると佐知子のルームメイトが自宅のマンションで殺されていた。小五郎の証言で佐知子のアリバイは成立。事件は強盗殺人事件かと思われた。

変死した世界的なマジシャン･九十九元康の妻が、蘭の母・妃英理の紹介で小五郎を訪れた。夫の死の真相を調査してほしいというのだ。巧妙なトリックと痛ましい犯行の動機を見事推理したコナン。だが、蘭はそんなコナンの様子を見て、コナンの正体が新一だという確信を強める。蘭に詰め寄られたコナンは…。

市川産業の会長･市川孝太郎に呼ばれた小五郎は、二人の娘の行動を監視してほしいと依頼される。親族会で小五郎は、性格の悪そうな長女と次女の様子をうかがう。コナンは長女･一重が地下室でワインに毒を注入するのを目撃するが、何者かに襲われ意識を失う。が、その間に孝太郎は一重が勧めたワインを飲んで急死してしまう。

小五郎は人間国宝の陶芸家･菊右衛門に招待され、コナン、蘭と共に東京郊外の家を訪れた。小五郎のファンだという菊右衛門老人は高価な作品を惜しげもなく小五郎に与え、歓待する。小五郎に見せようとした新作の壺「風水丸」が割れてしまい、落胆する菊右衛門。翌朝、とんでもない事件が小五郎とコナンを待ち構えていた。

人間国宝の陶芸家･菊右衛門の息子の嫁･益子の死は、新作の壺「風水丸」を壊したことを苦にしての自殺かと思われた。が、素足で首を吊っていた益子の足が汚れていないことに気づいたコナンは、一人で殺人事件の証拠探しを始める。益子をワナにかけ、自殺に見せかけて殺した犯人をコナンは追い詰めていく。

蘭たちの中学の先輩だった内田麻美が新一の留守宅を訪ねてきた。新一を誕生パーティーに招待したいのだという。新一の代わりに園子、小五郎、コナンがそのパーティーに参加することに。麻美の誕生パーティーは、盛り上がったが、寝込んでしまった麻美を残して全員でカラオケに行っている間に別荘が火事になってしまう。

蘭のおかげで麻美は一命をとりとめた。ケーキのローソクの火が何かに引火したのが火事の原因らしい。消し忘れの事故か、それとも麻美自身が火をつけたのか？コナンは火事の前後で別荘の家具の配置が変わっていることに気づき、焼け跡を調べ始める。そして、燃え残ったファックス用紙から仕組まれた火事のトリックを見破る。

探偵の心得を教えてほしいという時代劇俳優の土方幸三郎の自宅マンションに招かれた小五郎とコナン、蘭は、離婚騒動の渦中にある土方の妻・永倉勇美が隣の沖田一の部屋のベランダで変死するのを目撃する。沖田は勇美の不倫の相手と噂される俳優だ。一人で部屋にいたと言い張る沖田は、身の潔白を主張するが…。

時代劇俳優の土方幸三郎の妻・永倉勇美が隣の沖田一の部屋のベランダで絞殺され、現場の状況から沖田が犯人と思われた。だが、真犯人は巧妙なトリックを使って沖田の犯行に見せかけていた。コナンは詰めかけた取材記者たちの前で小五郎に麻酔銃を撃ち込み、事件の全貌を解き明かす。

小五郎はミステリー作家の中村操という人物から、死んだ祖父から譲り受けた洋館で不思議な出来事が続いているという手紙を受け取り洋館を訪れた。有名な時計職人・出淵紋時郎の家だったという洋館の内部は、動物の絵や飾りのついた食器と家具、様々な時計が所狭しと並べられていた。

時計職人・出淵紋時郎が住んでいたという洋館は、やはり妙な家だった。1時10分に鳩時計から3匹の鬼が飛び出して鳴き始める。屋根裏部屋で人の気配がしたり、書斎にファイルしてあった犯罪記事も気にかかる。コナンも小五郎も謎の意味がつかみきれないでいると、蘭が家の中にライオンだけが飾られてないことに気づく。

有名な賞を受賞した報道写真家・柳瀬隆一と授賞式で知り合ったコナンたちは、柳瀬に付きまとうルポライター中井の姿を見かける。その夜、中井が｢命を狙われている｣と小五郎に電話をかけてきた。コナンが中井のマンションに行くと、火ダルマの中井が転落してくる。向かいの高速道路では、柳瀬がこの光景を写真に収めていた。

洋館の庭に野球のボールを入れてしまったコナンたちは、ボールを取らせてもらおうと頼みに行くが、洋館の主･綿貫義一に追い返されてしまう。しかたなく毛利探偵事務所に戻ると、テレビの「仮面ヤイバー」に出てくるモグラ星人そっくりの幸田という男が小五郎を訪れ、綿貫に殺された妹が庭に埋められていると言いだした。

謎の洋館の主･綿貫が妹を殺して庭に埋めたと言い張っていた幸田が、宝石店に強盗に入った。逃走中の幸田はマンホールを利用して綿貫邸に入り込み、庭のあちこちを棒で突き刺している。コナンは張り込み中の歩美たちと合流し、幸田に自首を促す。幸田は駆けつけた目暮警部に、盗んだ宝石は分散して庭に埋めたと告白する。

歩美をひいて逃げた黒塗りの車を追いかけたコナンと元太、光彦は、休業中の工場の前で車を見失ってしまう。が、2、3分後にまた現れた車はコナンたちの目の前で交番に乗り付け、運転していた宍戸という男が自首をした。そのころ、車を見失った工場内で社長の刺殺体が発見され、宍戸が工場の元従業員だったことが判明する。

蘭は園子の代わりに1日だけフランス料理の教室に習いに行くことになった。有名な料理研究家･上森美智が自宅で開いている教室には、蘭の他に三人の生徒が集まっていた。コナンと小五郎も試食につられてついて行ったが、美智は気難しく、生徒たちや助手を怒鳴り散らしている。突然家の明かりが消え、美智が苦しみ始める。

有名な料理研究家・上森美智は、細い針のような凶器で何者かに背中を刺されて死亡した。授業に参加していた蘭以外の3人の生徒と助手の祐子の4人全てが、殺人の直前に家の明りが消えるように氷を使って配電盤に細工をすることは可能だった。しかも、それぞれに美智に恨みを抱いているようで、全員に動機がある。

元太と光彦が｢この学校は呪われている｣と言い出した。夜になると不思議なことが起きるようになったというのだ。歩美も夜の教室で不審な人影を見たが、相談した教頭先生が学校に出てこなくなったとおびえている。コナンと少年探偵団は謎を解明しようと夜の学校に入り込み、真相を突き止めることにする。

道に迷って偶然訪れた海辺の町で、コナンと蘭は若い女性の水死体を発見する。足首に重りの石を結びつけ、外傷も見当たらないことから、検死を担当する医師の田中は自殺だとほのめかす。水死した女性・光子の親友・智子は、その田中が殺したのだと主張するが、光子の死亡推定時刻の田中のアリバイは小五郎の証言で成立する。

蘭は父・小五郎と別居中の母・英理を別々に伊豆のホテルに誘い、久々に家族そろっての夏のバカンスを計画した。計画通りに進んで大喜びの蘭だが、知らずに鉢合わせした小五郎と英理は大あわて。さっそく、夫婦ゲンカを始めてしまう。そんな時、小五郎が知り合ったダイビングサークルの女子大生が海で溺れ、仲間が救助する。

蘭が計画した父・小五郎と別居中の母・英理と家族そろっての夏のバカンスは散々なことになってしまった。小五郎と英理は険悪なムードだし、海で溺れたダイビングサークルの女子大生は、ウミヘビに咬まれて意識不明の重体のままだ。計画的な殺人だと見抜いたコナンは、被害者の貴和子の仲間4人の中に犯人がいるとにらむ。

ある夜、毛利探偵事務所に人気推理小説家の新名任太朗の娘が訪ねてきた。彼女によると新名夫妻は2ヶ月前から行方不明となり、原稿だけが毎週同じ時間に編集部にファックスで送られてくるという。編集部へ向かったコナンは、作品の中の本人が登場するシーンを見て、それが作者からのメッセージだという事に気付く。

行方不明のミステリー作家・新名任太朗夫妻はどこかに監禁されているのか？コナンは新名の原稿に登場する新名本人のセリフが暗号になっていることに気づく。最初のセリフから読み取れるのは｢助けてくれ…｣。だが、その後のセリフの解読ができない。犯人が新名夫妻を監禁している目的は何なのか？コナンはあせる。

服部平次の招待で大阪見物を楽しむはずだったコナンと蘭、小五郎の3人は連続殺人事件に巻き込まれてしまう。コナンたちの乗ったパトカーの上に死体が落ちてきて、同じ手口の殺人事件がこれで3件目だということを知る。平次はコナンが犯人に刺される夢を見たと言うが、コナンは4件目の殺人事件にもかかわってしまう。

コナンは小五郎・蘭・歩美・元太、光彦と一緒に食事に行く途中で人気テレビ番組｢仮面ヤイバー｣の登場人物の格好をした若者と出会う。若者に番組のファンクラブの仮装パーティーに招待された小五郎と子供たちだが、メンバーの一人が拳銃を持って乱入し、レンジャーポリス姿の本田を撃ち、自分も自殺するのを目撃してしまう。

小五郎は以前の依頼人、山崎開発の女性社長の招待でコナンと蘭を連れて岩美渓谷沿いの社長の別荘を訪れた。山崎社長は岩美町の町長と提携してスパリゾートの建設を計画している。が、前祝いの酒宴の最中に二階の自室で山崎社長がスズメバチに襲われ、ベランダから崖下に転落、死亡してしまう。

沖野ヨーコのコンサートのチケットを落としてしまった小五郎は、コンサートに行けなくなったと嘆いている若い女性・青島全代を見つける。全代はチケットを譲る代わり自分と妹を車で会場まで送ってほしいという。自宅まで妹を迎えに行った小五郎たちは、ガムテープで目張りされバスルームで死んでいる妹・美菜を発見する。

ガムテープで目張りされ、密室状態になった浴室で発見された青島美菜の死を、目暮警部と小五郎は自殺と断定した。が、コナンは自殺に見せかけた殺人事件だと確信していた。犯人を追い詰めるためには、犯行後に密閉された浴室から脱出する方法を突き止め、犯行の決定的な証拠を発見しなくてはならない。

大人気のお天気お姉さん・浅野亜紀のメッセージを聞いた元太たちは、亜紀に会いにテレビ局を訪れる。亜紀はコナンのポケベルの番号を控えて｢仕事を頼む時は連絡する｣と約束。が、亜紀は電話に呼び出されたきり行方不明になり、代役を立てて番組が始まってしまう。そして、コナンのポケベルに謎の数字が次々と表示される。

会社社長・石本は何者かに｢殺してやる｣と脅迫されていた。犯人を捜してほしいと依頼された小五郎の目の前で石本が銃で撃たれ、石本の後側にいた来賓の代議士・高田の胸に弾丸が当たり、高田代議士は死亡した。コナンはパーティー会場で挙動不審だった男が照明用の足場に立っているのを目撃するが…。

パーティー会場で小五郎が調査を依頼された会社社長･石本に向かって発射された銃弾は、高田代議士の胸を貫いて死亡させた。犯人と思われる挙動不審の恐喝屋･平岡の転落死体が翌日発見され、事件は解決したと思われた。石本は平岡に脱税をネタに脅迫されていたと告白するが、コナンは事件の真相は別のところにあるとにらむ。

蘭のクラスに旅回り一座の二代目座長･玉之助という美少年が転校してきた。一座の通し稽古に招待された蘭は園子とコナン、歩美や元太、光彦を誘って見に行くが、玉之助と座員たちの間が何かギクシャクしている。公演を5日後に控え大急ぎで新作の台本を執筆中だった玉之助一座の座付き作家･近石が何者かに殺害されてしまう。

旅回り一座の座付き作家が殺されたのに続き、女性座員の一人が殺され、二代目座長・玉之助も何者かに襲われて負傷してしまった。警察は一座の経理係も兼ねていた被害者の糸江が不正経理が発覚するのを恐れて玉之助を襲ったと考えているらしい。コナンは、玉之助と糸江のほかにもう一人の人物が現場にいたと推理する。

銀行の裏口で現金輸送車の襲撃事件に出くわしたコナンは、ターボエンジン付きスケボーで犯人を追跡するが見失う。単なる強盗事件として捜査が開始されたが、犯人の一味と思われるガードマンと元レーサーが殺され、遺留品の口紅から銀行窓口のお姉さんに容疑がかかる。この事件にはもっと裏があると見抜いたコナンだが…。

コナンのクラスに灰原哀という名の奇妙な少女が転校してきた。クールな態度で歩美たちをあしらう哀だが、コナンだけには興味を示す。少年探偵団に依頼された事件の調査に哀を誘い、コナンと一緒に同級生の俊也の兄を救い出し、事件を解決する。その復路、哀を家まで送る途中でコナンは思いもかけない言葉を哀の口から聞く。

元日の国立競技場にサッカーの天皇杯決勝を観戦に行ったコナンたちの目の前でサッカーボールに銃弾が撃ち込まれた。この銃弾は身代金を要求する脅迫電話の犯人が、脅迫が本物だと見せつけるためのものだった。犯人の指示通り、現金が入ったバッグが用意され、駆けつけた刑事たちが競技場内で張り込みをするが…。

五千万円の身代金入りのバッグを持ち去ろうとした犯人は刑事たちに取り押さえられたが、床に転がっていた携帯電話からもう一人の犯人が仲間の解放と、さらに10億円の現金を要求してきた。試合終了までに金を用意しなければ観客を殺すという。目暮警部は捕らえた男を解放し、大観衆の中に潜むもう一人の犯人の姿を捜すが…。

園子がインターネットでアクセスしている「奇術愛好家連盟」の集まりが雪の山中にあるロッジで開催された。蘭も園子と一緒に参加することになり、小五郎とコナンは車で二人を送っていく。その帰り道、カーラジオのニュースで蘭が参加している集まりのリーダーが自宅で殺されたことを知り、あわててロッジに引き返すが…。

園子と蘭が参加した『奇術愛好家連盟』の集まりは連続殺人事件の様相を呈してきた。ボードリーダーの西山が自宅で殺されたのに続き、雪の山中で孤立したロッジでは浜野の死体が雪の降り積もる裏庭に放置されていた。疑心暗鬼に陥るメンバーから西山と影法師との口論のいきさつを聞いたコナンは第三の事件に身構えるが…。

園子と蘭が参加した『奇術愛好家連盟』の集まりで二人が殺され、蘭と園子までがボーガンの矢で狙われた。林の中に落ちていたボーガンと、木の幹に空けられた穴、矢が撃ち込まれた風呂場の外に落ちていたホチキスの針。犯人の正体とトリックを見破ったコナンはひもやホチキスなどの小道具を集め、謎解きの準備を始める。

歩美は「緑美容室」の美容師・美香から自宅でカットしてあげるという申し出を受け、コナンたちと一緒に美香のマンションに行く。が、美香は何者かに殺されていた。美香の首の前方にだけ索条痕があり、美容室の店長・緑の態度に不振を抱いたコナンは、緑が気にしていた不燃ゴミ置き場を捜索するが…。

阿笠博士とキャンプに来たコナンたちは、森の中にそびえ立つ西洋風の城に迷い込み、城の主人・間宮満の招きで城に一泊することになる。間宮家の長女で満の妻が焼死したという不気味な塔、チェス盤をかたどった庭など、いわくあり気な事件や事柄が続いている城らしい。コナンは怪しげな雰囲気漂う城の内部を捜索するが…。

キャンプの途中で見つけた古城に一泊することになったコナンたちは、いわくあり気な住人たちから、宝の在り処を示すらしい城の謎を聞かされ、興味を持つ。が、早々にコナンが行方不明になり、阿笠博士までもが姿を消してしまう。残された哀、歩美、光彦、元太の子供たち四人は自分たちだけで二人を捜し出そうとするが…。

小学校の創立記念日にコナンと、哀、歩美、元太、光彦の5人は、リバイバルの映画「大怪獣ゴメラ」を見に行く。この映画館は不動産屋の張田の嫌がらせで閉館に追い込まれ、今日が最後の上映だという。コナンも昔に戻って映画を楽しもうとするが、映画の上映中に首を吊った張田のシルエットがスクリーンに映し出される。

コナンたちが見に行った映画館で、上映中に首を吊った男のシルエットが映し出され、自殺、他殺両面での捜査が始まった。遺体で発見された不動産屋の張田は、この映画館を閉館に追い込んだ張本人だ。多額の借金を苦に自殺したと考える目暮警部たちだが、コナンは光彦の証言から、何者かがトリックを使って殺害したとにらむ。

風邪で学校を休んだ歩美が、一人で留守番をしていると、何者かがマンションに侵入してきた。逃走中の強盗殺人犯だと思い込んだ歩美は押し入れに隠れ、コナンたちに少年探偵団バッジでメッセージを送る。声の出ない歩美はおもちゃのピアノの音と目覚まし時計の音声を組み合わせてSOSを伝えようとするのだが…。

コナンのライバル、服部平次が結婚式に出席するため上京した。ガールフレンドの和葉と一緒に東京見物がしたいと、小五郎、コナン、蘭を呼び出す。結婚式で花嫁になる楓と、森園家の執事・重松に出会い、コナンたちと平次、和葉は森園家に招待される。豪華な食事を振る舞われた5人は、帰り際、殺人事件に遭遇する。

森園家の執事･重松は密室で殺害された。容疑者は犯行時刻に屋敷にいた森園家の当主･幹雄、息子の菊人、娘の百合江、そして菊人の婚約者･楓、重松を父のように慕う使用人の桜庭の五人に絞られた。コナンと平次は、凶器を発見したことを伏せたまま、関係者全員の前でトリックを再現して犯人を告げる…。

園子に付き合って、蘭とコナンは星美山保養所に星を見るためにやってきた。やはり天体観測に来ていた宇宙科学専攻の大学院生3人と知り合うが、大きな賞を受賞したばかりの野中が天体写真を撮影中にテレビ中継塔から転落死。コナンたちは望遠鏡のレンズごしに転落の瞬間を目撃するが…。

北海道に招待されたコナン、蘭、小五郎の三人は“北斗星3号”のA寝台で優雅な列車の旅を楽しむはずだった。食堂車で出会った宝石店オーナーは強盗を撃退した事件で話題の人物だったが、乗客の一人に射殺される。コナンは宝石強盗とこの殺人事件が幼い時に読んだ父・優作の未発表小説と同じ筋書きだということに気づく。

車内で出雲を射殺し、逃亡した犯人と思われる男・浅間の死体もトンネル内で発見された。コナンの父・優作の未発表小説の筋書き通りに進む事件に疑問を抱いたコナンは、列車に潜入していた母・有希子と協力して調査を始める。問題の原稿は銀行強盗事件に巻き込まれた編集者が浅間たち強盗団に奪われたものだった。

コナンたちは事件の証言をするため警視庁に行った。応対してくれた高木刑事は先輩の佐藤刑事に片思いをしているらしい。そんな時、強盗の被害にあった銀行の支店長が二人の刑事を訪ねてくる。支店長が自宅に電話すると妻の悲鳴が聞こえ、支店長宅に駆けつけると、エアロバイクの横に支店長夫人の遺体が横たわっていた。

銀行の支店長の増尾が警視庁に事情聴取に来ている時に、彼の妻が自宅で殺害された事件は、銀行の襲撃犯の犯行という線で捜査が続けられている。コナンは増尾が犯人だと確信し、本棚とエアロバイクに残されたわずかな痕跡から増尾の完璧なアリバイを崩し、十数キロ離れた自宅にいる妻を殺害するためのトリックに挑む。

遊園地の絶叫マシーンに一番乗りしようと、コナンと少年探偵団の子供たちは早朝の市電に乗り込んだ。他に乗客は鉄道研究会の大学生３人だけ。途中下車して線路脇で市電の写真を撮り始めた大学生の一人が乗っていた脚立が倒れ、市電は急停止する。その学生は無事だったが、車内では、もう一人の学生が血まみれで倒れていた。

小五郎は蘭とコナンを遊園地に連れてきた。が、蘭は違う遊園地に行きたかった上に、小五郎の目的が近くの競艇場だったと知って大憤慨。罰として小五郎にバンジージャンプを命じる。クレーンの上で小五郎が躊躇していると、アトラクションの「仮面ヤイバー・ショー」の俳優が先に飛び降りた。見物の子供たちは大喜びだが…。

小五郎はコナンと蘭を連れて、学生時代に家庭教師をしていた教え子の崎原恵に会いに行った。再会できた喜びも束の間、小五郎たちの目の前で車が爆発、恵の妹・寛美が死亡する。車は恵のもので、ガレージから出すのを手伝った寛美が犠牲になった。小五郎は恵のためにも、必ず真犯人を捕まえると決意するが…。

小五郎の教え子だった恵の夫･崎原は、高橋という男と互いの妻を殺す交換殺人を計画し、実行した。が、高橋が仕掛けた爆弾で死亡したのは恵の妹･寛美だった。崎原と高橋は犯行を認め、事件は解決したかに見えた。コナンは恵が高度な運転技術を持つことを知り、事件にはまだ裏があると睨む。

蘭がバスで知り合った老人が突然いなくなった。心配した蘭は老人を捜すが、その足取りは全くつかめない。同じバスで居眠りをしていた園子は最初からそんな老人はいなかった、蘭が寝ぼけたのだと決めつける。が、帰宅した蘭のポーチの中に見覚えのないMOが入っていた。コナンはMOの調査を阿笠博士に依頼するが…。

蘭とコナンを誘って伊豆の海岸にやってきた園子の目的は、言わずと知れた男探し。今回はわざと古びた旅館に泊まって、お嬢様のイメージを払拭しようと涙ぐましい努力を重ねる。そんな園子にキザな大学生・道脇が言い寄ってきた。道脇は園子たちをレストランに誘い、1年前の女性刺殺事件を話して聞かせる。

せっかくのバカンスだというのに、殺人事件に遭遇するわ、旅館で襲われるわで、園子は散々な目にあった。道脇に誘われて呪いのレストランに出かけた園子にまたしても危険が迫る。駐車中の道脇の車が、眠っている園子を乗せたまま動き出したのだ。車が崖下に転落する間際に、蘭が窓ガラスを蹴破り園子を救出するが…。

小五郎は学生時代に住んでいたアパートの大家・光江に相談があると呼び出され、コナンと蘭を連れてきれいなマンションに改築されたかつてのボロアパートを訪れる。光江は同じフロアの別室に住む孫の真がふさぎ込んでいる理由を聞き出してほしいという。光江と共に真の部屋に入った小五郎たちは、浴室で真の遺体を発見する。

コナンたちが学芸会の練習をしているところへ佐藤刑事に追われた殺人事件の容疑者・東田が逃げ込んできた。歩美を人質にして逃走する東田を追い詰めて逮捕した佐藤刑事だったが、手違いから杯戸美術館のトイレに東田と共に手錠でつながれてしまう。身動きの取れない佐藤刑事は、高木刑事とコナンたちに真犯人探しを頼む。

佐藤刑事に逮捕された被疑者の東田の無実の訴えを証明するため、再調査を始めた高木刑事とコナンたちは、被害者の村西真美の部屋と、同じマンションの東田の部屋を調べた。そこで4つの疑問浮かび上がった。手錠でつながれたまま身動きの取れない佐藤刑事と東田がいる杯戸美術館は、阿笠博士が解体ショーで爆破する予定だ。

環状線に乗ったコナンと小五郎、蘭の3人は乗客の女性が遺体で発見されたところに居合わせる。遺体を発見したのは女性の同僚3人で、死亡した橋本清美は先に帰宅したはずだった。清美は車内で死亡し、環状線を一周してしまったらしい。清美の耳に毒物を注入されたような痕があり、小五郎は殺人事件の可能性があるとにらむ。

蘭とコナン、小五郎は懸賞で伊豆の旅行が当たり、新規オープンのホテルにやってきた。ホテルは立派な五重塔のある幻塊寺という古い寺のある丘の麓に建っている。この寺には戒律を破ると五重塔の祟りがあるという言い伝えがあるという。翌朝、五重塔からつり下げられた観光会社のオーナーの遺体が発見される。

観光会社のオーナー・小田の死は、祟りを恐れる幻塊寺の関係者をパニックに陥れた。地元警察は自殺の線で捜査を進めるが、境内の草むらに落ちていた小田のネクタイピンと、服に付いていた草の種から、コナンは小田が草むらで殺害されたと確信する。だが、遺体を塔の先端まで吊り上げたトリックが分からない。

コナンたちは料理が船に載せられ店内の水路を通って部屋に運ばれるという趣向で評判の料亭・流水亭にやってきた。コナンは料理を運ぶ船の動きに興味津々。そんな時、隣の部屋の三人連れの一人が別の客室で刺殺される。死んだのは大学の助教授で、この日は彼の昇進祝いだったという。コナンは船を使ったトリックを疑う。

沖縄旅行を楽しむために少年探偵団の子供たちとコナン、蘭、小五郎は羽田空港からジャンボジェット機に乗り込んだ。コナンの寝顔を見て、蘭は１年前の新一との旅行を思い出す。新一の両親に招待されて二人でロスに向かったその機内で起こった殺人事件は、高校生探偵・工藤新一のデビューを飾った記念すべき事件でもあった。

阿笠博士は伯父が残した別荘にコナンと少年探偵団の子供たちを招待し、隠されている宝を探してほしいと頼む。コナンは50年間誰も足を踏みいれていないはずの別荘に何者かが住み着いていた形跡に気づく。だが、このことは不思議な記号が書かれた食器のかけらと共に博士が仕組んだ宝探しゲームの筋書きにはないものだった。

別荘から不思議な記号のついた品物が10個も発見され、同じ模様のついたハガキが伯母に送られてきたことを阿笠博士が思い出したことから、コナンは暗号を解く手掛かりを見つける。暗号を解き、屋根裏に通じる隠し階段を発見。屋根裏部屋を探索するコナンたちの背後に、おもちゃを壊した犯人の影が忍び寄る。

町内の子供会で人形劇をやることになったコナンたちは、他の子供たちと高原のペンションで合宿することになった。演出をする青年と知り合いの光彦は大はりきりで練習に口を出し、子供たちの反感を買う。休憩後、練習を再開する時間になっても三丁目の子供たちと演出の青年が姿を見せず、人数分の人形も消えてしまった。

事件を依頼された小五郎と、コナン、蘭は絡繰峠の蜘蛛屋敷と呼ばれる鳥取県の旧家・武田家に向かう途中、服部平次と和葉、米人カメラマンのロバートを拾う。武田家当主の信一は、先日納屋で首を吊った出入り業者の根岸を殺した犯人を見つけてほしいと言う。その夜、信一が人形倉の梁から首を吊った無残な姿で発見される。

人形倉の梁に吊された絡繰人形の匠で武田家当主の信一の死は、蜘蛛御前の祟りに見せかけた殺人事件だとコナンと平次は推測する。二人が信一の事件に気を取られている間に、和葉が何者かに襲われる。体を糸でグルグル巻きにされて首を吊られそうになった和葉を間一髪のところで救出したコナンたちだったが…。

蜘蛛御前の祟りに見せかけた武田家当主・信一殺しのトリックを解明し、真犯人を割り出したコナンと平次は、関係者を人形倉の二階に集め、謎解きショーを始める。倉の外から信一の首を絞めた方法を説明したコナンは、犯人の狙いと一連の事件の関係を説明するため、武田家の人々に辛い事実を告げなければならなかった。

水族館の水中ショーに招待されたコナンたちは、ショーの主役・大沢美智子がショーの最中に溺死体で発見されるところを目撃する。美智子の足に湿布が張られていたことから、肉離れを起こしたための事故と思われた。が、コナンは美智子のプロ意識の高さと素潜りの実力を考えると、不自然なことが多過ぎると考える。

体調を崩して病院に行った小五郎は、検査結果を家族と一緒に聞きに来るようにと言われ、動揺する。診察をした医師・新出から酒を控えるようにと忠告され、重病ではないと知り小五郎は一安心。その夜、小五郎とコナン、蘭は新出家の夕食に招待され、新出家の家族と食卓を囲むが、肝心の新出が入浴中で待たされることに。

新出医院の院長の入浴中の感電死は、不幸な事故と思えた。が、不審な点が多いことに気づいた目暮警部は、停電中の全員の行動を再現してもらうことにする。事件の停電時間は一分間。だが、再現した暗闇の中ではお手伝いのひかるがブレーカーを上げるのに34秒しかかからなかった。コナンはこの空白を埋める証拠を発見する。

コナンと蘭、園子の三人は遊園地にあるスケートリンクで冬の夜のイベントである花火大会を待っていた。寒さに我慢できずにトイレに駆け込んだ園子は、若い女性の射殺死体を発見する。遺体の近くには血で書かれた文字のようなものがある。これが被害者のダイイング・メッセージなのだろうか？

トイレの壁に残された血文字から、小五郎は千尋殺しの犯人は佐野泉だと決めつける。だが、被害者は即死状態だったと思われ、自分で文字を書き残すのは不可能だ。千尋の携帯電話に残された「KIX」の文字が事件の謎を解くカギだとにらんだコナンは、千尋の仲間たちの会話から、千尋の残した暗号を解くヒントを得る。

クイズに応募したコナンたちは、見事豪華クルーザーの旅をゲットする。乗客は他に8人。服部平次と小五郎の先輩の元警視　鮫崎もいた。鮫崎は二十年前の現金強奪事件の主犯・叶才三と同じ名の乗客がいると知り色めき立つ。が、その時、非常用縄ばしごの箱の中から乗客の一人・蟹江らしい焼死体が発見される。

横溝刑事に内密の捜査を依頼された小五郎は、コナンと蘭を連れて静岡に向かう。横溝刑事を悩ませている事件は、有名なベテラン俳優が楽屋で死亡し、３人の共演者がそれぞれ犯行を自供したというものだ。静岡に到着早々、県警の課長に真犯人は誰なのか名推理を聞かせてほしいと迫られ、小五郎は窮地に追い込まれる。

黒の組織に発見される夢を見た哀はコナンに心の動揺を見抜かれ、子供を演じ続けろと忠告される。その直後、哀は組織のメンバー・ジンの車を発見。コナンは車に発信器と盗聴器を仕掛け、追跡をする途中で組織の暗殺計画を知る。計画を阻止するため、コナンは暗殺が予定されているホテルに一人で乗り込む決心をする。

黒の組織の暗殺計画を知り、ホテルに駆けつけたコナンと哀の目の前で呑口議員が死亡する。犯人のピスコは議員の周辺にいた７人の中にいる。混乱した人込みの中で、哀はピスコの手でホテルの酒蔵に閉じ込められてしまう。メガネ型携帯電話で連絡を取ったコナンは哀にパイカル（白乾児）という酒を見つけて飲めと指示する。

ホテルの酒蔵に監禁されてしまった哀は、コナンの指示でパイカル酒を飲み、古い暖炉の中に隠れる。その直後に酒蔵に入ってきたジンとウォッカは、仲間のピスコと哀を見つけられずに立ち去る。暖炉の中で哀は元のシェリーの姿に戻り、煙突から脱出を試みる。が、ホテルの屋上に出たシェリーを一発の銃弾が襲う…

阿笠博士と坂の途中にある喫茶店に行ったコナンたち少年探偵団の面々は大はしゃぎ。子供たちはアイスクリームやパフェを注文してゴキゲンだったが、坂の上に停車中の宅配便のトラックが店に飛び込み、客の一人が死亡する。不幸な事故だと誰もが思った。が、コナンは死亡した男の連れの不審な行動に疑問を抱く。

音楽産業グループの会長の妻に不気味な脅迫状が送られてくるという。脅迫状には、極秘に進めている日本人シャンソン歌手・ジェラール天馬の日本デビューの契約をかねて開く内輪のパーティーで事件が起こることが暗示されている。小五郎と蘭、コナンは会長の知り合いの家族と偽ってパーティーに潜入することになるが…。

ジェラール天馬は青銅のアーサー王の剣が背中に突き刺さり息絶えていた。死の直前まで、天馬と口論をしていた義則に容疑が掛かるが、義則は頑に犯行を否認する。グランドピアノの蓋が開いていたことを不審に思ったコナンは、遺体の下の床についた傷跡とピアノの内部にあった紫色のシミから事件のトリックを追う。

下校途中にS字フックのついた指輪が落ちてきた。コナンと少年探偵団の子供たちは二つのS字フックに繋がれた結婚指輪を『ＳＯＳ』のサインだと考え、女の人がどこかに監禁されていると思い込む。指輪に彫られたイニシャルを頼りに、子供たちは道路に面した窓のある九つの部屋の大捜索に取りかかる。

拾ったスーパーのレシートでその家の献立を推理して遊んでいたコナンと少年探偵団の子供たちは、6枚まとめて捨てられていたレシートを拾う。そこには食料品と日用品などのほかに「クロニン」という薬品の名前が印刷されている。毒性の強いクロニンを何に使うのか？コナンたちはレシートを捨てた人物を探そうと決意する。

大物歌手・蘇方紅子が主催するチャリティーショーにゲスト出演することになった小五郎は、他のゲストと共に世界各国のおびただしい数の仮面が飾られた蘇方邸に招かれる。深夜、「呪いの仮面の使者」と名乗る人物の電話で起こされた小五郎、コナン、蘭の3人は、鍵のかかった寝室で惨殺された蘇方紅子の遺体を発見する。

伊豆・天城山中の山荘に遊びに来たコナンと小五郎、蘭の3人は人気テレビ番組「アーバンハンター」のスタッフたちと知り合う。番組の親睦会ということだったが、主演俳優の砂岡とスタッフとの間はギクシャクした雰囲気。その夜、小五郎たちとの酒宴で悪酔いした砂岡が自室に引き上げた後、ライフルで射殺されてしまう。

伊豆の山荘で知り合った人気テレビ番組「アーバンハンター」の主演俳優・砂岡を射殺した犯人は山荘内にいるとコナンは確信する。が、誰もが物理的に犯行は不可能と思われた。谷向かいの岩場から狙撃したように見えるのは犯人の偽装工作に違いない。コナンは弾丸の小さな傷から複雑なトリックを崩す突破口を発見する。

小五郎はドラマ制作会社の社長から母親の身辺警護を依頼された。依頼人の古川悦子の母・勝江は、三日前に襲われてケガをしたという。古川邸を訪れた小五郎とコナン、蘭の3人は、古川家の家族仲の悪さに呆れ、メイドの梓も勝江にひどい仕打ちを受けているらしいことを知る。その直後、勝江の部屋から銃声が響く。

コナンと少年探偵団の子供たちは阿笠博士の車で山にキャンプに出かけた。薪拾いの途中で鍾乳洞を見つけた光彦と元太、歩美は、コナンの制止を振り切って中に入る。だが、洞窟の奥で男の射殺死体を発見し、コナンが犯人の一人に銃で撃たれて重傷を負う。子供たちはコナンを背負って鍾乳洞の中を逃げ回ることに…。

鍾乳洞で仲間を殺した強盗一味と遭遇してしまった少年探偵団の子供たちは、銃弾を受けて負傷したコナンを背負って出口を捜す。石碑の謎を解き、出口に通じる『龍の道』を見つけた子供たちだったが、脱出直前に強盗一味に捕らえられてしまう。万事休すと思った瞬間、警官隊に救出され、コナンは病院に担ぎ込まれるが…。

蘭に全てを打ち明ける決心をしたコナンに銃口を向けた哀は、打ち明ければ蘭も組織に狙われると諭し、コナンに三つの選択肢を示す。コナンの退院と前後して蘭の学園祭が始まった。蘭が主役を演じる芝居を見るため、客席にはコナン、小五郎、和葉が座っていた。その客席で、高校のOBの一人が死亡、芝居は悲鳴で中断される。

蘭の芝居の上演中に起こった殺人事件の容疑者は4人。小五郎は容疑者の１人である蜷川彩子が一方的に婚約を破棄したと知ると、失恋のショックと、あてつけのための自殺と決め込む。が、蘭と舞台で演技をしていた黒衣の騎士が異議を唱え、仮面の下の素顔を見せる。その顔は紛れもなく工藤新一のものだった。

哀の作った解毒剤で元の体を取り戻した新一だったが、薬を飲んだ目的は蘭に安心させることにあった。蘭に大事な話があると言ったきりその機会を失ってしまった新一は、蘭を高層ビルの展望レストランに誘う。新一の姿に安心しきっている蘭に新一が話を切り出そうとした時、またしても殺人事件が発生。

父と母の思い出の展望レストランで遭遇した殺人事件。専用エレベーターの中で社長を射殺したのは、社長令嬢の恋人・大場だとにらむ新一だったが、肝心なところで解毒剤が切れ始める。大場のトリックを突き崩し、自供に持ち込む。コナンの姿に戻る前に、新一には蘭に伝えたい言葉があった。待ち続ける蘭の元へ急ぐ新一。

再び小学生・江戸川コナンとして蘭の家での居候生活が始まった。毛利探偵事務所を若い女性・春菜が訪れ、連絡の取れなくなったポケベル友達にもらったオルゴールを返したいと依頼してきた。ベル友の緒方秋悟の家を訪ねた春菜とコナンたちは秋悟が死亡していることを聞かされ、遺族から妙な質問を浴びせられる。

春菜のベル友・緒方秋悟の家で、蘭が老人の影を見た直後に秋悟の孫・稔が襲われたにも係わらず、緒方家に何者かが侵入した形跡は見つからない。秋悟の遺品の中で時価2億円もする切手が見当たらず、家族で探していたことが判明。コナンは、事件の犯人と切手の行方の両方を追う。

蘭と園子はホテルの入り口近くで車に轢かれそうになる。車を運転していたのは、フラワーデザイン講師の吉野千恵という女性で、最近めまいや頭痛がひどいので運転を誤ったと二人にわびる。蘭は千恵の夫･昭夫の様子が不自然なことが気になり、千恵のめまいや頭痛の原因を調べてみようと決心する。

福引きで当てた無料招待券で小五郎とコナン、蘭は、伊豆高原の霧ヶ峰ホテルに泊まる。バス便もない不便な山中のホテルだが、カーマニアの社長･寺泉のコレクションを集めたスーパーカーの展示場が明日オープンするという。小五郎が探偵と知った寺泉は、届いた脅迫状を見せ、警備を依頼する。

コナンたちの泊まった霧ヶ峰ホテルの社長・寺泉はスーパーカーの展示場のオープン直前に死体で発見された。運転席で排気ガスによる一酸化中毒死ということから、小五郎は不幸な事故と決めつける。が、コナンは発見された時の車の状況が不自然なこと、寺泉に恨みを抱く容疑者が多いことなどから殺人事件の可能性を疑う。

軽井沢のホテルにやって来た小五郎と蘭、コナンは、偶然、蘭の母・英理と出会う。英理の後輩弁護士・碓氷律子と酒の席で盛り上がった小五郎は、夜遅くなっても部屋に戻らない。英理と蘭、コナンは小五郎を捜している最中に密室状態の自室で殺されている碓氷を発見。碓氷のベッドの中では小五郎が眠りこけていた。

小五郎は別居中の妻・英理の後輩弁護士・碓氷律子の殺害容疑で警察に連行されてしまった。英理はコナンと蘭の手を借りて小五郎の無実を証明するため、行動を開始する。英理は律子の部屋のドアに貼ってあったメモとドアチェーンの細工から密室のトリックを見抜き、犯人に罠を仕掛ける。

コナンと蘭、小五郎はハイキングを楽しむつもりで昔懐かしいボンネットバスに揺られていた。が、その車中で地元・影鍬村の観光開発反対派のリーダーで、村の助役・奥村が毒殺される。バスに乗っていた賛成派の青年団長・矢部に容疑がかかり、小五郎は賛成派の村長から事件の解決を依頼される。

コナンたちがハイキングにやって来た影鍬村で、観光開発の反対派と賛成派のリーダーが相次いで殺され、蘭も負傷してしまった。蘭の肩についた痣から、蘭に体当たりをして逃げたのは矢部と判明。しかし、コナンは犯人を矢部と決めつけるには疑問が多すぎると感じ、阿笠博士に頼んで7年前のバス事故を調べ直す。

山奥の古風なホテルを訪れたコナンと蘭、小五郎の3人は実業家の城元と女優の備前千鶴夫妻と知り合う。映画の主役を降ろされて機嫌の悪い千鶴は夫の城元やホテルの従業員らに当たり散らし、わがままで横柄なその態度に、コナンたちもあっけに取られる。翌日、コナンたちは山頂の高原に遊びに出るが…。

女優の備前千鶴は自室で首を吊って死亡していた。死亡推定時刻は小五郎と千鶴以外の全員が外出していた午後２時。ドアに施された細工と千鶴が素足で踏み台にしたはずの電話帳に足の指紋がないことが判明し、殺人事件としての捜査が始まる。コナンは犯人の侵入経路を考え、ホテルの屋上であるものを発見する。

歩美が放火犯人を目撃した。歩美とコナンたち少年探偵団の子供たちは連続放火事件を捜査する警視庁で証言をし、佐藤刑事、高木刑事、白鳥刑事と現場検証に同行することになる。現場に行く途中で、佐藤刑事は交差点で花を供え、合掌した。この日は18年前に強盗殺人犯を追跡中に殉職した佐藤刑事の父の命日だった。

高木刑事は電話で「１８年前の事件の犯人がわかった」と佐藤刑事に伝えている最中に何者かに襲われ、消息が途絶えた。高木の身を案じる一方で、父を殺した犯人が父の友人の中にいるという高木の指摘に佐藤刑事は動揺する。佐藤刑事が聞き込みをしている間に、歩美たちは連続放火犯人を見かけ、勝手に追跡を始める。

コナンたちが酔った小五郎を家に連れ帰る途中、激しく言い争う声と物音を聞いた。翌日、そのアパートで男の刺殺体が発見され、小五郎はショックを受ける。そんな小五郎のところに事件の容疑者が現れ、ケンカはアリバイ工作のための偽装で自分は無実だと訴える。名誉挽回のため真犯人探しに乗り出す小五郎だが…。

小五郎、コナン、蘭の３人は天部山ロープウェイの開通式に招待された。ロープウェイは昔から住民に信仰されてきた巨大な天女像の下にトンネルを掘って開通させたため、地元住民の反対運動が起こり新聞に書き立てられていた。堂本観光社長・堂本栄造は地元の声を無視して開通式を強行したが…。

阿笠博士の車で九十九折峠を登っていたコナンたち少年探偵団の子供たちは、頂上付近から転落する乗用車を目撃。コナンたちが救助に掛けつけるが、運転手は死亡。ただの事故ではないと見抜いたコナンが事故現場を再調査に出かけている間に、手掛かりを隠し持っていた光彦、歩美、元太の３人は暗号の解読を始める。

茶会の招待状をもらった小五郎とコナン、蘭は、「五彩の水御殿」と呼ばれる水面が五色に変化する池の中央に建てられた茶道の家元・青野木亮蔵の屋敷を訪れた。魔物が棲むという伝説もある池の中の茶室に亮蔵は一人でこもり準備をする。客間で待つコナンたちは、池が赤く染まり始めた午後２時、茶室の異変を知る。

魔物伝説が伝わる水面が五色に変化する池に建てられた「五彩の水御殿」と呼ばれる茶室で茶道の家元・青野木亮蔵が伝説と同じように首吊り死体で発見された。現場は密室状態の茶室の中。関係者全員にアリバイがあることから、捜査は自殺の方向に傾く。が、他殺だと確信するコナンは、一人で証拠探しを始める。

コナンは阿笠博士と少年探偵団の子供たちと一緒に紅葉の山に松茸狩りにやってきた。松茸探しに夢中になった元太が、狩猟区域に迷い込み、コナンたちは元太を捜すため二手に別れて狩猟区域に入る。哀と光彦はそこでハンターの射殺死体と一匹の子熊を発見するが、その直後に二人を狙って銃弾が撃ち込まれる。

松茸狩りに来て射殺死体を発見した哀と光彦は殺人犯に追われ、熊が出るという狩猟区域を逃げまどう。二人は自分たちを捜すコナンたちに気づくが、一緒にいる３人のハンターの中に犯人がいた。旅館からの連絡で事件を知ったコナンが二人の残した暗号を解いた時、一行の前に巨大な熊「十兵衛」が立ちはだかる。

「ドルフィンランド」に行く途中のモノレール乗り場でコナンと蘭、小五郎は3人の美女と出会う。彼女たちが待ち合わせているもう一人の美女に興味津々の小五郎は、ドルフィンランドに隣接するホテルまでついていく。が、もう一人の美女・直美は密室で殺されていた。一見、強盗殺人のような現場の様子にコナンは疑問を抱く。

小五郎と蘭、コナンは海辺の道を走行中に車が故障、近くの家に助けを求める。そこは有名な弁護士・橘の別荘で、3人は勧められるまま一泊する。翌日、コナンと蘭は海釣りに出た橘のボートが沖合で転覆するのを目撃。水死体で発見された橘の遺体から睡眠薬が検出され、自殺、他殺両面からの捜査が始まる。

弁護士の橘殺害の容疑者・熊田は、同じ町のアパートの自室で首を吊っていた。小五郎は熊田が橘を殺して自殺したと考えるが、コナンは熊田が橘に弁護を依頼して無罪を勝ち取った2年前の事件にカギがあるとにらみ独自に調査を始める。被害者の実家を訪れたコナンは、そこである物を発見する。

コナンたちは園子に付き合って杯戸百貨店にやってきた。コナンと一緒に蘭と園子を待っていた小五郎は目暮警部たちに連続婦女殴打事件の犯人に間違われる。事件の被害者は若い女性ばかりの３人。襲われた当時、派手な格好をしていたという以外に共通点がないため、佐藤刑事が変装してオトリ捜査をしていたのだ。

連続婦女殴打事件は、蘭が杯戸百貨店の地下駐車場で４人目の犠牲者の遺体を発見したことで殺人事件になった。コナンは遺体から靴が脱げ落ちたのを見て、犯人は車を運転する厚底ブーツの女性を狙ったことを見抜く。コナンが犯人の目星をつけたころ、厚底ブーツでトイレを探していた園子に犯人の金属バットが振り下ろされる。

『黄昏の館』の晩餐会に招待された小五郎、蘭、コナンは、小五郎の他に５人の名探偵が招待されていたことを知る。探偵が次々と殺されていく中で、コナンは館の謎と怪盗キッドを暗示させる招待主を突き止めようとする。新一と怪盗キッドの攻防の過去と、キッドの哀しい素顔の一部を明らかにするスペシャル編。

毛利探偵事務所を中年の和服の美女が訪れ、中学の同級生捜しを依頼した。依頼人・静華に一目惚れの小五郎は大張り切りで調査を開始。尋ね人の柴田四朗の剣道大会の写真からすぐさま行方を突き止め、静岡の柴田のマンションを訪ねるが、そこには依頼人・静華の写真を握り締めて絶命した柴田の遺体があった。

静華の依頼で捜し当てた柴田四朗は、自宅マンションで撲殺されていた。静岡県警の横溝刑事は静華に容疑をかける。が、静華は堂々とした態度で事情聴取を拒否。コナンは四朗の手に写真とは別の物が握られていた痕跡を発見し、真犯人を追い詰めていく。

奇妙な手紙を受けとった服部平次とコナンたちは人魚伝説の伝えられる若狭湾の美国島に渡った。が、手紙の差出人・沙織は行方不明になっていた。この日は年に一度の奇祭『儒艮（ジュゴン）祭り』の日で、不老不死のお守りとされる儒艮の矢を授かろうと人々が集まっていた。島の人々は沙織が人魚の祟りを恐れていたと話す。

人魚伝説の伝えられる若狭湾の美国島で年に一度の奇祭『儒艮（ジュコン）祭り』の夜、コナンたちに助けを求めた沙織の幼なじみ・寿美が人魚のような姿で滝の中から首吊り状態で発見され、その通夜の席でまた、新たな事件が起きる。依頼人・沙織の行方も分からぬまま、平次とコナンは連続殺人事件の謎に挑む。

人魚伝説の伝えられる若狭湾の美国島で起きた三つの連続殺人事件。被害者の３人は平次とコナンに助けを求め、行方不明になっている沙織の幼なじみだ。県警は沙織の父・弁蔵を事件の犯人と決めつける。だが、コナンは神社に集まった島民たちに、“眠りの小五郎”のポーズを取らせた小五郎の声で意外な真相を語り始める。

コナンたちの同級生・倫太郎が「家に怪しいおじさんがいる」と、少年探偵団に相談にきた。食堂をやっている倫太郎の家にやってきて、亡き祖父への恩返しだと店に住み込み無給で働いているという。男が店の改装費を出してくれたお蔭で店は大繁盛だが、「絶対おかしい」と倫太郎は言い、男の企みを暴いてほしいと依頼する。

ゲームセンターでプリクラを撮っていたコナンと蘭、園子は、帝丹高校の英語教師ジョディと会う。ジョディの勧めでファイティングゲームに挑んだ蘭は、凄腕のゲーマー・尾藤賢吾に打ち負かされしまう。尾藤は挑戦者の志水と壮絶なゲームファイトを始めるが、一方的に優勢だった尾藤はゲーム終了後に座ったまま死亡していた。

ゲームセンターで死亡した尾藤賢吾の死因は毒殺とコナンはにらんだ。容疑者は対戦相手の志水、店員の出島、客のタクシー運転手・江守、そして英語教師・ジョディ。鑑識の結果、尾藤はフグ毒を針のような物で注入されたことが判るが、凶器は発見されない。コナンは容疑者たちが移動する度に妙な音がすることに気づく。

蘭が園子と一緒に陶芸教室に通い始めた。コナンが様子を見に行くと、教室では陶芸家・美濃宗之の婿養子・素夫が帰宅して教室を手伝うと言ったまま姿を現さないと皆が心配していた。美濃の屋敷内を捜したコナンたちは、物置の戸棚の中で変わり果てた素夫の遺体を発見する。

蘭と園子が通う陶芸教室で、陶芸家･美濃宗之の婿養子･素夫が絞殺された。コナンは犯人に目星を付けていた、そのトリックも見抜いていた。残るは決定的な証拠だ。だが、目暮警部は、宗之の弟子･菊代に多額の借金があり、素夫の生命保険の受取人になっていたことから菊代を容疑者として署に連行しようとする。

コナンと阿笠博士、少年探偵団の子供たちはスキー旅行に行くため、路線バスに乗っていた。途中で新出先生と帝丹高校のジョディ先生が乗り込んできた時、なぜか哀はおびえ出し、身を隠そうとする。哀は黒の組織のメンバーの強烈なオーラを感じていたのだ。だが、コナンたちを乗せたバスは二人組に乗っ取られる…。

強盗犯２人組に乗っ取られた路線バス。コナンは乗客の中に紛れている第３の犯人を割り出し、乗客もろともバスを爆破する犯人の計画を阻止する策を考える。警察が２人組の要求に応じて、既に逮捕されている主犯の男を開放し、乗っ取り犯たちが小仏トンネル内で脱出の準備を始めた時、コナンたちの反撃も始まる。

小五郎は医大講師の上田という男から、嫌がらせを受けて困っている同僚・吉村のために調査を依頼された。事件の当事者から話を聞くため、小五郎は上田、コナンと一緒にマンションに向かうが、３人はマンションの脇の路地で吉村の転落死体を発見する。警察は脅迫におびえた吉村が誤って自室から転落した事故と推定するが…。

コナンたちは阿笠博士の友人で愛犬家の加納照也の家に招かれた。引っ越しをするので不用品を譲りたいというのだ。コナンたちの他に加納の愛犬家仲間３人も来ていた。正午に柱時計が鳴り、この音を聞くと青い座布団に座っておやつを食べる習慣のある加納の愛犬・パピヨンのドイルが走り出し、そのまま姿を消してしまう。

コナンたちが招かれた加納家の愛犬・パピヨンのドイルが姿を消してしまった。何者かがドイルをさらい、逃亡したかに見えたが、首輪が見つかった焼却炉の中から、焼け残ったグラスウールを発見したコナンは、ドイルの居場所を突き止め、少年探偵団の子供たちの手助けで情況を再現し、謎解きをしながら犯人を追い詰めていく。

小五郎、コナン、蘭は、ワイン収集家の日下の自宅パーティに招かれた。ソムリエの外村とワインの利き酒勝負を始めた日下は、ワインセラーに改造した地下室に自慢の逸品を取りに行く。が、日下は４０分たっても戻らない。探しに行った小五郎は、電子錠でロックされたワインセラーの中で絞殺されていた日下を発見する。

福引の１等賞が当たり、南紀白浜１泊旅行にやってきたコナン、小五郎、蘭の３人は５人の医大生グループと知り合う。写生旅行だという５人には、女王然とした金持ち令嬢の真紀を中心にした複雑な人間関係があるようだ。翌日、真紀に教えられたルートで観光を楽しんでいたコナンたちは、真紀が刺殺されたという知らせを聞く。

南紀白浜でコナンたちが知り合った医大生・真紀が刺殺されたのは、顔見知りの犯行だとコナンは考えた。だが、真紀の５人の仲間たちには、それぞれアリバイがあった。藤が自分のアリバイを証明するために見せたデジカメの写真に疑問を抱いたコナンは、藤がいたと主張するアドベンチャーワールドで調査を始める。

服部平次に誘われて、コナンと蘭、小五郎は有名な３人のスポーツ選手がオーナーの大阪のレストラン、「Ｋ３」の開店記念パーティに参加した。蘭に、３人のオーナーたちはビルの窓を利用したパフォーマンスの手助けを頼む。夜空に窓の灯で作った「Ｋ」の文字が浮かび上がった時、一発の銃声が響きわたった。

銃声がした部屋にかけつけたコナンと服部平次は、そこで新聞記者のエドが殺害されているのを発見した。コナンと平次はエド殺害のトリックと犯人を解明するため捜査を開始する。３人のオーナーには殺害は不可能と判断するコナンだが、捜査が進むにつれ、一番認めたくない真実がそこにはあった。

東京に帰る新幹線内でコナンたちは、麻薬密売人の小倉千造を護送中の佐藤刑事と高木刑事に偶然遭遇した。佐藤刑事が出払ってしまっている最中、トイレに行きたいと席を立つ小倉に一人付き添う高木刑事。小倉をトイレの外で待っていると、突然うめき声が聞こえ慌ててドアを開ける。そこには自殺を図る小倉の姿があった。

新幹線で護送中に被疑者の麻薬密売人・小倉が死亡したのは、自殺に見せかけた殺人事件だと佐藤刑事は断定した。爆弾騒ぎを起こして、その隙に被疑者を前の車輌のトイレに行かせ、自殺の偽装をさせる。その指示を出せた可能性のある乗客は３人。コナンは３人が手に持っていたという新聞に着目する。

いつも元気な元太の様子がおかしい。給食は残すし、コナンたちを避けるように一人で学校から帰ってしまう。コナンたちが問い詰めると、元太はひったくりの犯人を目撃して命を狙われていると訴える。初めは本気にしなかったコナンたちも、元太の頭上めがけてデパートの看板が落下してきたのを見て真実だと悟り対策を考える。

事件の調査のため依頼された葵屋旅館の主人に会う群馬県警の山村刑事、コナン、蘭、小五郎。その事件には４年前に死亡した赤いジャケットの男と、その男が主人にあずけたアタッシュケースが関係しているという。しかし、すでにアタッシュケースは毛利小五郎を名乗る別の男が持ち去っていた。

首を吊って死亡していた毛利小五郎のニセモノ。そばにあったアタッシュケースの中に入っていた５年前のスポーツ新聞と長い毛髪を見て、コナンは殺人事件だと断定した。捜査するにつれ、スポーツ新聞が何かの隠し場所を示す暗号だと気付いたコナンは、４年前に死亡した赤いジャケットの男の持ち物から犯人を追い詰める。

ストーカー調査のために依頼人の建築家・金沢柳一郎のもとに来たコナン、蘭、小五郎。3ヶ月前から毎週のように写真が送られてくるが、全く心当たりがないという。その日の夜、金沢の庭内で夕食の最中に一発の銃声が鳴り響く。12時間で一周するヒマワリ館と呼ばれる屋敷の部屋の中で金沢は銃で撃たれ死亡していた。

伊豆の海に遊びに来た阿笠博士とコナンたちは漁師の吉澤と下条と知り合う。2人は海のルールを無視し手荒な漁をする荒巻と話し合いをするため、ホテルのレストランで待ち合わせをする。約束の時間になっても荒巻が現れないので、もう一人の漁師根津が電話をかけるが、電話越しに聞こえたのは波の音だけだった…。

漁師の吉澤と下条・根津の3人と話し合いのためホテルのレストランで待ち合わせをしていた荒巻が海で遺体で発見された。園子がトンチンカンな推理をするが、コナンはそれをヒントに殺害方法と犯人を突き止める。荒巻の携帯に残された着信履歴から犯人を追い詰めるが…。

ペンションオーナーの村上紫郎と弟の立柴金次とともに癒しの森にあるペンションにやってきた、コナン、蘭、小五郎。村上と立柴が夕食用の山菜採りから戻ると、２人の父であり村長である村上竜蔵が自宅で殺害されたとの知らせが届く。村長宅からペンションまでは１時間の距離があり、兄弟２人に犯行は不可能に思えたが…。

小五郎のもとに沖野ヨーコから友人で女優の草野薫の婚約パーティの招待状が届いた。同じく招待された、元アースレディースの岳野ユキと星野輝美とともに、薫が風呂から出た時にアースレディースの衣装で出迎えてビックリさせようという計画だが、薫は一向に出てこない。心配になり見に行くと、そこには無残な薫の姿が…。

婚約パーティの最中に襲われた沖野ヨーコの友人で女優の草野薫。その場にいた全員の身体検査をしたが薫を襲った凶器は見つからなかった。最近ストーカーに付きまとわれていると言っていた薫の証言と部屋の中から見つかった盗聴器により、外部の人間による犯行と思われたが…。

オークス牧場にやってきた、コナン、蘭、小五郎は、従業員の竹内早苗に牧場を案内してもらっていた。その時、突然暴れ、逃げ出す牧場主・大楠友之の愛馬マダムリープ。引き止めるマダムリープの蹄に血がついているのに気づいたコナンは、馬小屋で頭から血を流した装蹄師・杉山の遺体を発見する。

学校帰りに公園で遊んでいたコナンたち少年探偵団は、不信な行動をとる燕（つばくろ）財閥会頭秘書の堺に出会う。話を聞くと、燕財閥会頭・燕健三の孫・秋夫が誘拐されたというのだ。健三は孫の安全を考え警察の捜査も断るが、コナンは絵を描くことが大好きな秋夫の絵の中から監禁場所のヒントを見つけ出す。

佐藤刑事に見合いを勧める佐藤刑事の母。仕方なく了承し顔も見ず適当に決めた見合い相手はなんと白鳥警部だった。同じときコンビニ強盗を追う高木刑事。よそよそしい佐藤刑事を見て白鳥警部はある賭けをもちかける。その賭けとは日没までに高木刑事が迎えに来なければ、佐藤刑事は白鳥警部の妻となることだった。

母に進められ、佐藤刑事が顔も見ず適当に決めた見合い相手はなんと白鳥警部だった。日没までに高木刑事が迎えに来なければ、佐藤刑事は白鳥警部の妻となってしまう。だが肝心の高木刑事は目撃者たちのバラバラの証言から、犯人を絞れないでいた。果たして、高木刑事は日没までに佐藤刑事を迎えにいくことができるのか？

島根県・松江に旅行にやってきたコナン、蘭、小五郎は、ホテルのロビーで大阪から連句旅行に来ていた短大国文科助教授・安藤礼子たち５名の連句の会の仲間と知り合う。翌日、八重垣神社に来ていた蘭とコナンのもとに連句仲間の1人・牛窪が亡くなったとの知らせが届く…。

島根県・松江の旅行先で安藤礼子たち連句の会のメンバーと知り合ったコナンたち。しかし、仲間の１人牛窪が翌日何者かによって殺害された。牛窪の供養の為にもと、連句の会のメンバーは句会を開き、コナンたちもそれに参加した。そしてその連句の会の中でコナンは犯人を追い詰めていく…。

午前2時15分に発生した大地震。翌朝、帝丹神社の境内で落ちてきた鈴で頭を強打し倒れていたさい銭泥棒・浦沢が逮捕された。帝丹神社からの帰り道、コナンたち少年探偵団は、空き巣に入られ、その際に頭を強打し気絶したという被害者の竹中と出会う。コナンたちは浦沢の不可解な行動を紐解いていく…。

アニマルショーにやってきた阿笠博士とコナンたち少年探偵団。その時、アニマルショーのスポンサー、ランディ・ホークと間違われてインタビューを受けていた外国人のジェイムズ・ブラックを助ける。ジェイムズは助けてくれたお礼にランチに招待したいと言い車を取りにいくが、駐車場で誘拐されてしまった。

アニマルショーの帰り、ショーのスポンサー、ランディ・ホークと間違われて困っていた外国人のジェイムズ・ブラックを助けた阿笠博士とコナンたち少年探偵団。しかしジェイムズは駐車場で誘拐されてしまう。ジェイムズがストラップに残した手がかりを元にコナンたちは犯人を追い詰めていく…。

小五郎はコナンと蘭をつれてレストラン・花乱亭に食事をしにきた。閉店後、小五郎が店の前を通ると、隣の工事現場からでてきたコックの和田実が花乱亭の主人の妻・礼子の車に乗る所を偶然見かけた。そして翌朝、主人の花岡茂が頭部強打により死亡していた。一見、隣の工事の揺れで花瓶が落ち、頭を強打したかに見えたが…。

雪で旅館までの道が封鎖されて困っていたコナン、蘭、小五郎は、大門工業の社長の息子・大門良郎のはからいで大門家に宿泊させてもらえることとなった。しかし翌朝、大門家の当主・大門源一郎が自室の離れで遺体となって発見される。源一郎の部屋からは沖滑秀友の鎧と刀が忽然と消えていた…。

大門家に宿泊した翌朝、コナンたちは離れで大門家の当主・大門源一郎の遺体を、更にオーディオルームで沖滑秀友の鎧を着た長男・一樹の遺体を発見した。一樹が死亡した部屋についていた不可解な傷から、コナンは一樹が自殺ではなく秀友伝説を利用して殺された殺人事件であると確信する。

平次と和葉の二人が訪れた浪花中央体育館で開催された、近畿剣道大会で殺人事件がおこる。平次の活躍により事件はその日のうちに解決となった。平次の自宅で念願のてっちり料理を堪能したコナンたちだが、翌日大阪城で、またしても巧妙な殺人計画に遭遇することになった。大阪を舞台にした２大殺人事件のスペシャル編。

蘭の母・妃英理に対抗する、検察のマドンナ・九条玲子。その彼女の担当する事件の被告人弁護を引き受けることとなった妃は、今回弁護する宇佐美真治という男のアリバイを証明するため調査を開始。妃は、宇佐美の別れた妻に会うために訪れた居酒屋で、小五郎と再会。アリバイの鍵を握っているのは、なんと毛利小五郎だった。

蘭の母・妃英理が弁護する宇佐美真治のアリバイの鍵を握っているのは、なんと小五郎だった。しかし、公判当日、小五郎は九条により検察側の証人として呼び出されてしまう。宇佐美のアリバイを証明するために訪れた宇佐美のマンション内で見つけた居酒屋“美枡”のマッチを見て、コナンは事件解決の糸口を見つける。

バレンタインデーを目前にして、コナンたちは山奥の吹渡山荘というロッジに行くことになる。ロッジには、二垣というルポライターと恋人の亜子、亜子の友だちの実果、銃を背負った二人連れの中年男性がいた。夕方から吹雪になり、ニホンオオカミの取材の為ロッジを出た二垣を心配する亜子と実果は森の中を捜しに行くが…。

コナンたちは、山奥の吹渡山荘というロッジでまたしても殺人事件に遭遇してしまった。宿泊客の酒見が言う通り、雪崩でトンネルが埋まってしまったため、警察の到着はいつになるか分からない。二垣が所持していた遺品の中で手掛かりになりそうなは、カメラの中のフィルムだけ。そのフィルムの最後に写っていたものは…。

吹渡山荘というロッジでおこった殺人事件。チョコレートが事件の謎を解く重要なカギになるとはコナンにも予想できなかった。事件のトリックと犯人に思い当たるコナン。しかし証拠がない。その時、蘭と園子、実果と亜子が昼間チョコレート作りをしていたキッチンの中で、吹雪と共に動かぬ証拠がロッジの中に入ってくる。

死んだ妻の形見の時計を探してほしいと毛利探偵事務所にやってきた護田。小五郎に追い返され、ため息をつく護田に、コナンは時計探しを買って出る。コナンたちは護田の家中を探し回るが、時計は中々見つからない。そして、亡くなった奥さんでないと操作が難しく、護田は使っていないという洗濯機の中を探し始める…。

護田のマンションで時計探しの真っ最中に、オーディオルームで映画を鑑賞していた出月映子という中年女性が花瓶で頭を殴られて殺害された。そんな時コナンは、事件の他にもうひとつ気になる情報を聞き、蘭の身を案じるが、目の前の事件の謎を解決するため、戸棚の中で証拠を確認し、オーディオルームに急ぐ。

蘭は黒いニット帽の男が気になって仕方がなかった。バスジャック事件の以前にも会ったはずだが、思い出せない。このことを考えると新一が姿を消した時と同じ不吉な胸騒ぎがする。その帰り道、喫茶店に寄ったコナンたちは、封筒を抱えてうずくまっている男を発見する。その封筒には、『○×△』と血で書かれていた。

下校途中コナンたちは、喫茶店前のエスカレーターで殺人事件に遭遇する。刺殺された中条は抱えている封筒に血で書いた『○×△』というダイイングメッセージを残していた。暗号が何を表すのか、コナンたちにも、目暮警部にも分からなかった。その時コナンはジョディの言葉から、血文字の暗号を解くヒントを得る…。

コナンたちは、歩美と大森静というお婆さんと一緒に公園で猫の世話を手伝っていた。翌日、約束の時間になっても現れない静を心配したコナンたちは静のアパートに行ってみる。が、静は応答しない。コナンたちは、何の情報も得られなくて困り果てていた。そこへ静が特に可愛がっていたブルースという名の野良猫が現れた…。

風邪で寝込んだ蘭は、見舞いに来た園子に「誰かに覗かれているようで怖い」と訴える。「今時、お化けなんて…」と笑い飛ばす小五郎に背後から老人が声をかけた。音無芳一というその老人は、コナンに「亡霊を見に来るか？」と誘う。幽霊話に興味を持ったコナンと小五郎は、嫌がる蘭を連れて老人のアパートについていく。

新出医院で出会った老人の「亡霊が出る」という言葉に惹かれてアパートについて行ったコナンたちは、老人の言葉通りの怪現象を体験する。コナンは謎ばかりのアパートに興味津々。窓から覗く不気味な人影と、老人が見たという人魂の仕組みが理解できない。コナンは小五郎にばかり蛾がとまるのを見て、あることに思い当たる。

歩美が何かを必死で探し回る高木刑事を見かけたというので、コナン、元太、光彦も歩美と共に公園に駆けつける。高木刑事はこの公園でケンカの仲裁をした後、警察手帳が紛失していることに気づいたと打ち明ける。ケンカをしていたのは半崎という売れない歌手とそのマネージャーの杉山という男だというが…。

コナンは阿笠博士に小五郎の事件調書の情報が警視庁から盗まれていたことを明かした。黒の組織が関係していると察した阿笠博士は、親友の服部平次を呼び寄せていた。コナンは２人に、杯戸シティホテルの事件の中に犯人のピスコの仲間がいたはずだと話す。コナンと平次は、蘭の高校の英語教師・ジョディを調べ始める…。

コナンと服部平次は、蘭の高校の英語教師・ジョディが黒の組織のメンバーかもしれないと疑い、ジョディの住むマンションを訪れる。だが、連れ立って食事に出ようとした３人の目の前で隣室の住人・高井が墜落死した。高井はどのようにして窓から落下するように仕向けられたのか。密室殺人事件の謎を解くカギとは…。

コナンたち少年探偵団と阿笠博士は、東都競技場で行われた東京スピリッツ対ノワール東京のサッカーの試合を観戦した。負けたノワール東京の戦力が落ちた原因の一つに、主力ＦＷだった比護選手の移籍があげられる。そんな話をしながら乗った帰りの電車内で、コナンたちはノワール東京の熱狂的サポーター・赤野の悲鳴を聞く。

コナンたち少年探偵団と阿笠博士が観戦したサッカーの試合の帰りの電車内で、悪名高いフーリガンの赤野が何者かに刺殺された。容疑者と睨んだノワール東京サポーターの吉良蓮絵と大葉悦敏、東京スピリッツサポーターの船戸三昭の３人はそれぞれアリバイを主張し、証明できたのは車輛に乗っていたということだけだった…。

歩美、元太、光彦の３人は廃ビルの中で探偵ごっこをしている最中、本物の殺人事件現場を目撃する。歩美は探偵バッジでコナンに連絡を取るが、軽トラックの荷台に飛び乗った元太と光彦を追うはずみでバッジを落としてしまう。軽トラックの荷台で段ボール箱に隠れた３人は死体と一緒にどこかへ運ばれていく。

山道で車がガス欠し困っていたコナンと蘭、小五郎は、通りかかった木山家具社長の馬島に助けられ、晩餐会に招待された。馬島の勧めで別棟の洋館のサロンに案内されたコナンたちは、そこで社長秘書の橋本、木山インテリア社長の遠藤、フリーライターの木山智則と知り合う。どうやら３人とも馬島に恨みを抱いているらしい…。

木山家具社長の馬島宅に一泊したコナンたちは、翌朝馬島の絞殺死体を発見する。容疑者４人の証言から、事件のトリックを考え続けるコナン。犯人はどうやって足跡もつけずに遺体を庭の真ん中まで運んだのだろうか？その時、ごみ箱に捨てられていた脅迫状が発見される。それは馬島を洋館の屋上に呼び出すものだった。

福引で当てた食事券を使うため、コナンたちは横浜・中華街へとやってきた。が、目的の店で食事券を使うことができず途方に暮れていると、川端という映画プロデューサーが蘭をスカウトしたいと声をかけてきた。と、突然、川端が喉元を押さえて苦しみだし死亡した。捜査に当たった横溝警部の弟は小五郎が怪しいと決めつける。

川端の死因となった毒物が入っていたと思われる容器がトイレで発見された。小五郎は店に入ってからトイレに行っていないが、それでも横溝警部は小五郎を疑い続ける。コナンは食卓を囲んでいたメンバーと横溝警部に事件を再現しながら、食事中に何が起こったのか、その真相と真犯人について、謎を一つ一つ解き明かしていく。

横浜・中華街で事件が解決した直後、蘭は高熱で倒れてしまう。朦朧とする意識の中で蘭は新一と二人でアメリカに住む新一の両親に会いに行ったときのことを思い出していた。新一の母・有希子に連れられ、ニューヨークに来た15歳の蘭と新一は、ブロードウェイで評判のミュージカル「ゴールデンアップル」の楽屋を訪れた…。

新一の母・有希子に連れられ、ニューヨークに来た15歳の蘭と新一は、ミュージカル「ゴールデンアップル」の楽屋を訪れた。舞台はギリシャ神話の「金の林檎」を題材とし、男優・ヒースが演じる主人公が３人の美女の中から一人を選ぶというものだ。クライマックス、天使に変身したヒースが舞台中央から空中を舞うはずが…。

新一の母・有希子に連れられて観たミュージカルの上演中に、主演男優・ヒースが何者かに射殺された。犯人は舞台上にいた４人の女優の中にいると考えた新一だが、見知らぬ日本人の少年に秘密を打ち明けるはずがない。スタッフの口を開かせたのは、"ナイトバロニス"としてアメリカの人気者になっていた有希子だった。

夏休み恒例のラジオ体操に姿を見せない光彦を心配した阿笠博士とコナンたちは光彦の家を訪れる。光彦の部屋に残されていたラジオ体操の出席カードからコナンは、光彦が以前から計画してどこか遠くへ行ったと考える。真面目で協調性を重んじる光彦が、コナンたちに背を向けて単独行動を取る理由は何なのか？

内緒でどこかへ出かけてしまった光彦を探すため、群馬県のある森の中までやって来たコナンたちは、群馬県警の山村刑事と出会い、連続殺人犯・沼淵が森の中に逃亡したことを知る。コナンたちは光彦を捜す3つの手掛かりを元に捜索を開始。光彦の身を案じ、探偵バッジで呼びかけるが…光彦はすでに沼淵に捕まっていた。

小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で、コナンたちは沖縄にやって来た。二人が推理するのは、１年前、『鬼亀島』と呼ばれる無人島で奇妙な文字を背にして餓死した男の遺体が発見されたという事件だった。小五郎にどうしても負けたくない平次は、コナン、蘭と和葉、スタッフ６人とともにクルーザーに乗り込む。

小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で沖縄にやって来た平次とコナンたちは、スタッフとともにクルーザーで無人島に渡る。が、スタッフの１人・伊江が絞殺死体で発見され、乗ってきたクルーザーも消えていた。廃墟のような金城家の別荘で救助船を待つ間、コナンたちは金城家に起きたという不幸な事件の話を聞く。

小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で、コナンたちは沖縄にやって来た。島の町長・金城の周辺で起きた事件の数々は、今回の事件と関わりがあるのか？コナンと平次は伊江と下地の殺害方法の違い、別荘の椅子に書かれた名前の不自然さ、そして蘭と和葉との会話から、伊江を殺した犯人のトリックに気づく。

コナンと少年探偵団、蘭、園子、小五郎は飛行機で熊本にやって来た。観光している道中、園子が携帯電話を拾いメール画面を示す。そこには「その子…会いたい！明日11時に待っている」とある。園子は自分と同名のその子の恋の手助けをしようと、直接待ち合わせ場所に行き、メールの差出人に携帯電話を渡そうと考える。

汚職疑惑の渦中にある国会議員・成増健三の主催するテニス大会に参加するため熊本にやって来たコナンたち。試合会場を抜け出して携帯電話を届けに行く最中、蘭が何者かに誘拐された。あせるコナン。蘭が伝えてきた"殺人計画"は進行しているに違いない。計画の全容をつかむためにも、蘭の居場所を早く突き止めねば…。

小五郎とコナン、蘭は、工務店社長・河井に招待され、河井の知り合いの金融業者・山崎と共に屋形船に乗りこんだ。米花湾の中程で、コナンたちは対岸の夜景と花火を楽しみながら料理をごちそうになり、河井と山崎は舳先で釣りをしていた。その時、河井たちにビールを届けに行った船長の娘・サオリの悲鳴が聞こえる。

蘭の母で弁護士の英理は、検察のマドンナ・九条玲子検事の担当する事件の被告の当番弁護士を引き受けた。事件は不動産業の事務所で社長の他殺死体が発見され、事務所荒らしの常習犯の井上隆志が逮捕されたというもの。井上は空き巣の現場を社長に見つかり、争いになり社長の頭をガラスの灰皿で殴ったと自供したが…。

蘭の母・英理が当番弁護士を引き受けた事件の公判が始まり、九条は井上に大津を殺害する動機があることを明かし、英理を窮地に追い込む。コナンは小五郎と共に殺害現場に行き、大津殺害の瞬間にトリックが存在したことに気づく。事件現場の社長室を調べるのに立ち合った有馬の証言から、コナンは事件の真相に思い当たる。

観光のため山口県下関市にやってきたコナンたちは、そこで、秋田谷徹、野島栄子、大坪圭介、井坂茜と知り合う。４人は自殺したもう一人の仲間、本堂和行の13回忌と、大坪と茜の婚約を祝うために集まったのだという。その夜、４人に案内された先で、本堂を自殺に追い込んだ張本人だという針尾という男が現れた。

コナンたちは針尾の殺害現場に遭遇し、小五郎は前日に知り合った4人を事情聴取することを提案する。下関警察署に集められた4人は、それぞれアリバイを主張。針尾に変装して犯行時刻を偽装することが犯人の狙いだ。それが事実ならば、誰にでも針尾の殺害は可能。謎を解く突破口を見つけたコナンは、聞き込みを始める。

コナンたち少年探偵団の子供たちは、阿笠博士と一緒に東京スピリッツの優勝パレードを見にやってきた。スター選手のヒデやナオキを生で見ようと大群衆が沿道に押しかけている中、コナンたちは捜査のために変装した佐藤刑事・白鳥警部と遭遇する。本庁に妙なファックスが届き、それが以前に関わった事件と似ているのだ。

コナンたち少年探偵団の子供たちは、阿笠博士と一緒に東京スピリッツの優勝パレードを見にやってきた。だが、このパレードを妨害するというファックスが送られ、コナンたちの目の前で高木刑事の車が爆発。コナンは、爆発の直前に撮影していたテープの中を見て、ビデオに映っていないものに事件のカギがあるとにらむ。

最近、曙町で連続している空き巣事件の犯人を捕まえようと、コナン、歩美、元太、光彦は曙町にやってきた。人通りのない住宅街で手がかりを探していると、傍らのマンションから女性の悲鳴が聞こえてきた。コナンたちが駆けつけると、部屋の主・細野早苗がソファを指さしている。そこでコナンは、老女の他殺死体を発見する。

コナンと少年探偵団の子供たちを連れて強盗事件の実況検分をしながら、佐藤刑事は３年前の連続爆破事件を思い出していた。犯人の罠にかかり、殉職していった松田刑事。その時、またしても爆弾予告の電話が鳴る。1,200 万人の東京都民を人質に警察への恨みを晴らそうとする犯人にコナンも刑事たちも怒りを燃やす。

ミステリー番組の出演を依頼された小五郎は、コナンと蘭を連れてロケ現場の洋館にやってきた。そこで出会った出演者の雨城瑠璃は小五郎と英理の中学の同級生だった。撮影が始まると、主役の風見良輝はなぜか機嫌を悪くして現場から立ち去ってしまう。その後、瑠璃の悲鳴とともに二階の一室に血まみれの風見の遺体があった。

ミステリー番組の出演を依頼された小五郎が訪れた洋館で起こった殺人事件。捜査のために殺害現場を訪れたコナンは、床に貼ってあるガムテープに付着していた綿を見て、凶器と犯人に気づく。早速小五郎に麻酔針を打ち込もうとするコナンだが、なぜか麻酔針が出ない。仕方なくコナンは小五郎に事件のヒントを与えることに。

毛利探偵事務所に３人の依頼人が訪れた。行方不明の有名なシステムエンジニア・板倉を捜してほしいという。コナンが追い続けている黒の組織のメンバー・テキーラと似た風貌の男を見かけたと聞き、この事件に関係しているのではないかと考える。コナンたちは３人の依頼人とともに板倉が潜伏していた部屋を訪れるが…。

コナンの指摘で事件は心臓発作に見せかけた殺人事件と断定された。板倉の持ち物のＭＯディスクに直接関係のありそうな書き込みはなかった。だがコナンには、黒の組織の手がかりがつかめるかもしれない貴重な資料だ。眠りの小五郎の推理ショーを始めたコナンは、パソコンの操作を説明するふりをしてＭＯのコピーを作成する。

板倉の死の真相を解明し、殺人事件を解決したコナンだったが、板倉が黒の組織と関わっていたと思われる以上、そちらの追求をしなければならない。ポケットには、板倉の日記が記されたＭＯのコピーが入っている。一刻も早くＭＯの中身を見たいと意気込むコナンは、阿笠博士の家に行き、パソコンでＭＯを開く。

変声器で板倉の声を再現しウォッカと交渉した結果、賢橋駅のコインロッカー前で板倉のソフトの受け渡しをすることになったコナン。今のところ、ニュースは宝石強盗犯逃亡の情報だけしか扱っていない。東京に戻る途中、阿笠博士の車のタイヤがパンクし、コナンと阿笠博士は通りかかった車に乗せてもらうことになるが…。

黒の組織のメンバー・ウォッカとの取引場所である賢橋駅に近づいたコナンは、車に乗せてくれたカップルが宝石強盗犯だということを暴いた。宝石強盗犯の処理を阿笠博士に任せ、コナンは一人で取引現場へと向かう。ウォッカが指定したコインロッカーに先回りし物陰で見守るコナン。そこへ拳銃を手にしたジンが現れた。

コナンたち少年探偵団は歩美の誘いで、七段飾りの雛人形を並べられれば、その人形がもらえるという観野宅を訪れた。しかし、コナンたちが買い物へ出かけている間に、高額な掛け軸「雷神」が空き巣に盗まれてしまう。警察は犯人はベランダから侵入したと断定するが、コナンはファックスの送信時刻からあることに気づき…。

コナンたちは歩美の誘いで、七段飾りの雛人形を並べられれば、その人形がもらえるという観野宅を訪れた。しかし、コナンたちが出かけている間に、高額な掛け軸「雷神」が空き巣に盗まれてしまう。コナンは歩美の「階段…」という言葉でついに事件の謎を解き明かすが、階段の踊り場で夕陽を見る歩美はなぜか落ち着きがない。

コナン、蘭、小五郎は小天狗山にハイキングにやってきた。頂上に近付いたコナンたちは、作業着姿の男性が突風にあおられて崖から落下するのを目撃する。警察は事故として処理しようとするが、コナンは納得が出来ない。そして、遺体の脇に蜘蛛の糸が付着していたことを知ったコナンは、ついに事件のトリックに気づき…。

小五郎はコナンと蘭を連れ、飲み仲間の日本画家・早河静山の別荘を訪れた。スランプから指が震えるようになり、自殺未遂を図った静山を励ましてほしいと弟子の黒木次郎に頼まれたのだ。しかし翌日、竹林の中で首を吊った静山の遺体が発見される。コナンは周囲の状況や踏み台の位置がずれていることから、自殺に疑問を抱く。

小五郎に連れられて、プロレス観戦に訪れたコナンと蘭。その日のメインイベントは覆面レスラーのウルフェイスと若手エース、永瀬豹太のタイトルマッチ。しかし、その試合直前に控室で永瀬の刺殺死体が発見された。控室に仕掛けられたカメラには犯行の瞬間と犯人が映っていたが、犯人はウルフェイスの覆面を被っていた。

小五郎に連れられてプロレス観戦するため東都国技館を訪れたコナンたちは、またも殺人事件に遭遇する。犯行現場に仕掛けられたビデオを見たコナンは、ウルフェイスのマスクの紐を見ているうちに、あることに気づく。いつものように小五郎を眠らせたコナンは、４人の容疑者を呼び戻し、全員にマスクを被らせある指示を出す。

伊豆からの帰り道、峠道で小五郎の車が止まってしまい、コナンたちは「ＫＵＲＯＮ（クーロン）」という健康器具会社の山荘に助けを求める。山荘では中野、笠原、平松が開発した新製品マッサージシートの社内コンペ中だった。平松の製品が採用されるが、平松は梅谷社長をナイフで刺し、車で逃走中に崖から落下して死亡した。

「ＫＵＲＯＮ」という健康器具会社の山荘で社長の梅宮がナイフで刺された。加害者の平松は車で逃走中に崖から落下して死亡した。警察はハンドルミスによる事故と断定するが、コナンはだれかが仕掛けた殺人事件だと気づく。テストルームに設置されていたビデオを見たコナンは、平松が梅宮を刺すシーンから真実を見いだす。

米花町にある住宅街の公園で男の絞殺死体が発見された。被害者は時代劇小説家・月形龍太郎の弟子、久坂雄一。久坂と弟子の座を争っていたもう１人の弟子・猿橋勝が怪しいと思われたが、猿橋にはアリバイがあった。懸命に考え込むコナンは、本屋で月形の著書を目にする。本の帯には「逆転に次ぐ逆転」という文字が…。

コナンと少年探偵団は入院したクラスメートの片岡純の見舞いに米花総合病院を訪れた。そこで会社社長である純の父親・片岡茂と彼の運転手・北山吾郎、そして新進デザイナーの江崎幸子と出会う。純がゲームセンターに行きたいと言い出し、コナンが身代わりになることに。だが、純と間違われたコナンは誘拐されてしまう。

病院でクラスメートの片岡純と間違われ、誘拐されてしまったコナンは、廃ビルからの脱出に成功する。一方、蜜蜂便のマークをつけた逃走車は警察が追跡する中、高速道路のトンネルの中で忽然と姿を消してしまう…。そんな中、駐車場に止めてあった軽四輪の中で男の絞殺死体が発見される。その被害者は誘拐犯の吉沢正だった。

平次と和葉は何者かに監禁され、数字とアルファベットで構成された暗号を解くことを強要されていた。一方、コナン、蘭、小五郎は時間になっても現れない平次たちを捜して探偵の楠川のアパートを訪れた。間もなく、コナンたちは弁護士・伊藤美沙里の家にたどり着くが、彼女から平次たちのことは全く知らないと聞かされる。

暗号文の解読を強要され、弁護士・伊藤美沙里の家の屋根裏部屋に監禁されている平次と和葉。そのころ、待ち合わせていた平次たちが現れないことを心配していたコナンたちの携帯に平次から電話が入る。これからメールで送る暗号文を解いてくれと言うのだ。平次の送ってきたメールを解読したコナンは、あることに気づく。

都内では現場に赤い馬が残されている連続放火事件が発生していた。探偵の楠川からの依頼でコナン、平次、小五郎は調査で諸角邸を訪れるが、主婦の亮子に気のせいだったと追い返されてしまう。コナンたちが諸角邸を後にした直後、諸角邸から出火し、逃げ遅れた亮子の焼死死体が発見される。さらに赤い馬の人形も見つかり…。

都内で発生している連続放火事件で、主婦の諸角亮子が焼死した火災を調査していたコナンと平次。諸角邸を訪れた風水アドバイザーの曾我操夫、亮子の妹・権藤系子、そして亮子の夫・諸角明らそれぞれに殺害動機があることが明らかになる。そんな中、骨董品店店長の玄田隆徳が犯人は自分だと自供。一件落着かと思われたが…。

都内で発生している連続放火事件を調査していたコナンと平次。そんな中、骨董品店店長の玄田隆徳が犯人は自分だと自供するが、納得できないコナンたちは玄田宅を捜査。そして、ついに事件の確信に迫る物証を発見する。その夜、玄田宅に忍び寄る３人の影。最後の１人が電気スタンドに何かを仕掛けようとしたその瞬間…。

コナン、蘭、小五郎は蘭の先輩である大学生の小島由貴に、友人である沢口圭子の誕生日と留学祝いを兼ねたパーティーに誘われる。パーティーが始まり、ワインを一口飲んだ圭子は突然苦しみだし、絶命してしまう…。警察は圭子の隣に座っていた野中に疑いを持つが、コナンは、真犯人の正体とトリックを見破るのだった。

阿笠博士の車でキャンプに出かけたコナンと少年探偵団の子供たちは、アウトドア同好会に所属する福浦玲治、白藤泰美、天堂晴華、飯合拓人の４人と知り合う。その夜、コナンたちは道の真ん中に倒れた泰美を発見する。しかも、もう息はない。間もなく目暮警部たちが到着し、現場検証をした捜査陣は事故と判断するのだが…。

阿笠博士の車でキャンプに出かけたコナンたちは事件に遭遇。目暮警部は、アウトドア同好会の福浦玲治、飯合拓人、天堂晴華を事情聴取し、キャンピングカーを運転していた玲治を怪しいとにらむ。一方、キャンピングカーのサンルーフに付着した血痕と血のついたビニールシートを発見したコナンは、トリックを解明するが…。

コナン、蘭、小五郎は園子に誘われ軽井沢の別荘に遊びに来た。だが、増水した川に荷物ごと車を流されてしまい、山奥にある明石巌夫の家にたどり着く。そこで昼間に会ったテニスインストラクターの明石寛人と再会。ところが、その夜、寛人の義理の父親である巌夫が首を吊って死んでいるところをコナンと蘭が発見する。

余儀なく泊まることになった明石家で、コナンと蘭は首を吊って死んでいる明石巌夫を発見。群馬県警の山村刑事の捜査と小五郎の推理の結果、巌夫は自殺と推定されるが、コナンは息子の寛人に疑いを抱くようになる。そして、ついに首吊りトリックの謎を見破り、推理ショーを繰り広げようとしたコナンに思わぬ事態が起こる。

妃英理は蘭に頼まれ、小五郎の代わりに藤枝幹雄の命を狙っているという人物を突き止めるため、依頼主の家を訪れた。そこに、偶然コナンの母親・工藤有希子も現れる。帝丹高校の同級生だった2人は久々の再会を喜び合う。ところが、英理たちが監視カメラで見ている中、藤枝幹雄が密室のオーディオルームで殺されてしまう。

小五郎の代わりに訪れた依頼人宅で英理は偶然有希子と再会する。ところが、依頼人の夫・幹雄が密室のオーディオルームで銃殺されてしまう。コナンは、一発目と二発目の間が３分近くあいていたことを不審に思う。さらに、有希子から電話で事件の経緯を聞いた工藤優作は"間違った道しるべ"というヒントをコナンに言づける。

工藤有希子に連れられ、新作映画の試写を見るために東都現像所を訪れたコナンと少年探偵団は、予定していた試写の時間が遅くなったため、営業の古村、現像マンの根上と一緒に焼き付けの穂島のマンションを訪れ、そこで仮眠を取ることに。ところが、一緒に仮眠をとっていた古村がソファの上で刺殺されてしまう。

東都現像所を訪れたコナンと少年探偵団。しかし、一緒に仮眠をとっていた営業の古村が刺殺されてしまう。警察が到着し、穂島、タイミングマンの唐田、根上の事情聴取が始まると、３人には殺害動機があったことが判明。コナンは、遺体のシャツの第３ボタンが取れていたことなどから、ついに犯人を見破るが、証拠がない…。

コナンと蘭は小五郎に連れられ、フランスレストランで食事をした。その帰り道、西須三田駅でケンカを目撃する。もみ合う２人は工事中の柵を押し倒し、さらにバランスを崩した中年男性がホームの外へ落下してしまう。警察や小五郎は、被害者の古田が窃盗の常習犯だったことから起こるべくして起こった事故だと納得するが…。

熱を出して寝込んだ哀を医者に見せるため、東都デパート内の病院に向かったコナンと阿笠博士は、地下駐車場でポルシェオーナー・暮木、布袋、泰山、伴場と知り合う。具合の悪い哀を車に残してレストラン街へ向かったコナンが地下駐車場へ戻ると、暮木の悲鳴が駐車場内に響き渡り、ポルシェの中で伴場が絞殺されていた…。

東都デパートの地下駐車場でポルシェオーナーの伴場が絞殺された。間もなく、警察が到着し現場検証が始まる。監視カメラの映像を確認したところ、ポルシェ仲間である暮木、布袋、泰山の３人のアリバイが成立した。そこで鑑識課員が撮った３人のポルシェの車内写真を見たコナンは、ついに犯人が使ったトリックに気づく。

コナンと哀、阿笠博士は哀の両親のことを聞くために、哀の父・宮野博士の幼なじみである出島のデザイン事務所を訪れた。そこでコナンたちは哀の姉である明美が最近、トイレを借りに現れ、どうやら何かを隠したらしいことを知る。ところが、昼食のとき、ハンバーガーを食べていた出島が突然、苦しみだし絶命してしまう。

哀の両親のことを聞くために出島のデザイン事務所を訪れたコナンたち。だが、昼食のときに出島が毒殺されてしまう。哀は黒の組織の犯行ではないかと疑うが、コナンはこれを否定。犯人はデザイン事務所で働くデザイナーの今井、財津、夏掘の中の１人であると明かした。さらに、明美が隠した物もまだトイレの内にあるという。

コナンと蘭は園子の誘いを受け、大賀財閥の跡継ぎとなる大賀真哉の結婚式に出席するためハウステンボスへ向かった。その途中、高橋純一という青年と知り合う。現地で待っていた真哉と婚約者の香取あかねと共に、大賀一族に挨拶をする。だが、園子の話によると一族のだれもが真哉とあかねの結婚を快く思っていないという。

英語教師のジョディが学校を辞めることになり、お別れパーティーを開こうとした蘭と園子は、ジョディの家へ行く前にコンビニに寄る。すると、そこでバイトをしていた中学時代の友達の絢が店長に泥棒扱いされていた。絢の濡れ衣を晴らそうと蘭たちが絢に怪しい客はいないか訪ねると、怪しい客が３人いることが発覚する。

ジョディのお別れパーティーを開こうと蘭たちが立ち寄ったコンビニで、バイトをしていた友達の絢が店長に泥棒扱いされていた。絢の濡れ衣を晴らそうとした蘭は、ある１つの推理を導き出すが、自分の推理に自信が持てない。そこへ偶然にも新一（コナン）から蘭の携帯電話に連絡が入る。新一の話を聞いて思い立った蘭は…。

ある日、小五郎のもとに殺人予告をほのめかした"季節外れのハロウィンパーティー"への招待状が届く。自分への挑戦状と受け取った小五郎は早速、園子と２人だけで会場に向かった。いっぽう、新一の家にも同じ招待状が届いていた。しかも新一とコナンが同一人物であることに差出人は気づいているようなのだ。

雨の中、学校から帰る途中の歩美は雨ガッパの男と激突してしまう。その男は慌てて何かを拾うと逃げ去ってしまった。なんとその男は女性を刺し、逃げる途中の通り魔だったのだ。歩美は顔を見ることはできなかったが、通り魔の持ち物と思われる数字の"５"に似たマークが手に残っていた。そして元太の尻にも同じマークが…。

まもなく"５"に似たマークは車のエンブレムだと判明。歩美の前で通り魔が落としたのは血のついた車のキーだったのだ。警察の手配により、アリバイがなくマスターキーをなくした３台の車の持ち主が米花警察署に集まった。歩美は車の中からスモークガラス越しに容疑者たちを見るが、通り魔かどうか確認することはできず…。

コナンと少年探偵団は小五郎と蘭に連れられ、鬼沢郷という小さな村に観光に来ていた。ここでは、半年ほど前から子供の幽霊を見たという噂が広まっていた。コナンは元太たちに誘われ、幽霊を確かめるために散歩に出かけた。そのとき、歩美は近くの路地に同じ年くらいの少女が立っているのを見つけ、ついていってしまう。

鬼沢郷という集落へ来ていたコナンたちは、その日の夜、殺傷事件に遭遇。暴力団風の男・川治が重要参考人として警察に連行されていった。だが、コナンは川治が犯人だとはどうしても思えない。そこで永倉の家が10日前に家ごと場所を移動させたと聞いたコナンは、以前に永倉の家が建っていた廃屋から、ある物を見つけ…。

遅い朝食を取りに喫茶店、ポアロにやってきたコナンと小五郎。そこで、ウエイトレスの梓に客が忘れていった携帯電話の持ち主を捜してほしいと頼まれる。そこへ警視庁交通課の婦警、由美が現れ、携帯の持ち主はすでに交通事故で死んでいたことが発覚する。しかも、男の身元は不明で手掛かりは暗号を残した携帯電話だけ…。

喫茶店ポアロで携帯電話の持ち主捜しを頼まれた小五郎。コナンは携帯に入っていたメモリーの数字の暗号を解き、さらに、携帯を忘れた男は、わざと携帯を忘れ、電話をかけてきた男に携帯を渡そうとしていたのかもしれないと推理。だが、携帯を忘れた男は場所を間違えてしまったのだ。喫茶店ポアロと間違えた店というのは…。

園子の誘いでバス釣り大会に参加することになったコナンと少年探偵団は、優勝候補の鮎川沙織・鱒渕拓也と知り合いになる。その日の夜、フリーライターの船木敏彦と鱒渕が大きな声で何か言い争いをしていた現場に偶然遭遇したコナンは、慌ててその場を離れる。しかし、次の日その湖で殺人事件に遭遇。船木が殺されたのだ。

警察は昨夜、船木と言い争っていたという鱒渕を事情聴取する。いっぽう、船木の遺体があった場所を調べにきたコナンは、光彦が湖上で拾ったあるものを見て、犯人と殺害方法にたどりつく。バス釣り大会で優勝した鱒渕、準優勝した沙織。拍手に迎えられ２人が壇上に上がると、コナンは園子を眠らせ推理ショーを始める。

自分を捨てた母親を捜してほしいという人気子役、絹川和輝の依頼で、熱海の旅館を訪れたコナン、蘭、小五郎。まもなく、フリーライターの鴨下保比呂の絞殺死体が客室の浴槽で発見される。鴨下はなぜか和輝が母親を捜していることを知っていた。しかも鴨下の携帯電話には、犯人とみられる顔のない女性の写真が映っていた。

犯人と思われる女性の写真には、右の胸にホクロが映っていた。アリバイのない従業員は仲居の三枝朝香、別所登志子、草野美津の３人。だが、３人とも胸にホクロはなかった。コナンは、部屋にあった和輝が出演している映画のビデオをセットし、タイムカウンターから殺人のトリックを解明するが、まだホクロの謎がつかめない。

鈴木財閥の相談役、鈴木次郎吉が怪盗キッドに挑戦状を叩きつけた。「怪盗キッドに告ぐ。貴殿が所望するビッグジュエル『大海の奇跡』を潮留に在する我が大博物館の屋上に設置した。手中に収めたくば、取りにこられたし」という見出しを新聞の一面を使って載せたのだ。なんとメールで怪盗キッドから返事が届く。

蘭とコナンが商店街で買い物をしていると、そこで偶然、会社帰りの西村佐知子と出会う。彼女は以前、蘭が生徒手帳を落としたとき拾って届けてくれた女性だ。ところがその翌日、蘭が佐知子のマンションの前で事件現場に遭遇。被害者の遺体が警察車両に乗せられる寸前、一瞬めくれあがったシートの下には佐知子の顔があった。

トロピカルマリンランドでデートをする佐藤刑事と高木刑事。高木刑事はバッグに指輪を忍ばせ、佐藤刑事に告白するつもりでいた。そんな中、２人は偶然にもコナンたち少年探偵団と会う。デートが台無しになり、うなだれていた高木刑事は思い切って彼女に指輪入りのバッグを渡した。しかし、バッグの中に入っていたのは…。

マリンランドでのデートが麻薬取引捜査に一変してしまった。すでに時計も５時半を回っている中、ついにコナンたちは運び屋を発見。佐藤刑事は高木刑事にコナンたちを任せ、麻薬密売人・矢倉麻吉を捕まえようと近付く。すると、矢倉は素早く拳銃を抜き、佐藤刑事に銃口を向けた。そして、一発の銃声が響きわたり…。

見せたいものがあるという元太に誘われコナン、歩美、光彦はペットショップを訪れた。しかし、店のシャッターは閉まっている。そこへ二宮という若い男性が現れ、シャッターを上げて中へ入っていった。後に続いて入っていくコナンたちの前に、カブトムシが一匹はい出してくる。その部屋でコナンたちは男の遺体を発見する。

蘭に頼まれ帝丹高校の幽霊騒動をコナンたちが調査していると、中庭に突如として２年前に死んだ保坂英彰の机が現れる。しかも、机の上には恨みのメモが置いてあり、ぬかるんだ地面には机を運んだ人間の足跡がない。すると突然、聞き耳を立てていた美術部員の物部雅生が保坂の呪いだ！と叫び、恐怖に打ち震えていた…。

蘭に頼まれ帝丹高校の幽霊騒動をコナンたちが調査していると、中庭に突如として２年前に死んだ保坂英彰の机が現れる。出口から校門までの校庭には誰の足跡もないことから、幽霊騒ぎの犯人は、まだ学校にいることが予想された。ついに犯人を特定したコナンは、麻酔銃で園子を眠らせると、犯人の使ったトリックを暴き出す。

市営団地の構内で老女の遺体が発見された。「市役所に連絡済み」の紙が貼られた大型冷蔵庫の下に片手を突っ込んだ姿勢のまま死んでいたのだ。傍らには砕けた鉢植えがひとつ。上空ではカラスたちが不気味に飛び交っていた。 警察は、家の窓に置いてあった鉢植えが、カラスのいたずらにより落ちてきたというのだが…。

小五郎が依頼を受け、尾行していた人見松一郎が南里薫という女性を襲おうとして、逃げる途中、米花のホテルから墜落死した。その同時刻、松一郎の双子の弟、竹彦も自宅のマンションで遺体となって発見された。竹彦は物取り目的の犯人によって殺されたと警察は判断するが、コナンはあまりの偶然に作為的なものを感じ…。

小五郎が依頼を受け、尾行していた人見松一郎が、米花のホテルから墜落死した。その同時刻、松一郎の双子の弟、竹彦も自宅で何者かに殺害された。あまりの偶然に作為的なものを感じるコナン。いっぽう、事件にもう一人、タニザキという男がからんでいると知ったコナンは、今までの経過を振り返るうち、ついに真相に気づく。

防波堤釣りにきたコナンたち少年探偵団は、釣り船で白根桐子、金谷峯人、江尻太志と知り合う。防波堤に到着すると、船を操縦する井田巌は３時間後に迎えにくると言って戻っていった。 昼過ぎになって釣り船が迎えにきたとき、江尻の竿に当たりがあり、海の中に引き込まれていく。慌てて井田が江尻の側に駆け寄ると…。

防波堤釣りにきたコナンたち少年探偵団は、そこで３人の釣り客と知り合う。だが、そのうちの1人、江尻が倒れてしまい病院に運ばれる。まもなく、病院の阿笠博士から連絡が入る。江尻の左手首に引っかかれた傷跡のようなものがあり、さらに服の袖口にノリのようなものがついていたと聞いたコナンは犯人の手口に気づき…。

コナンと蘭は園子に連れられ"お菓子の家フェアー"へやってきた。目当ては前田剛、藤野泰男、森本友美ら"お菓子の鉄人３人組"がいる洋菓子店『エクリール』。コナンは偶然、森本と店長の橋垣幸子が言い争っているのを聞いてしまう。午後の部に入ったとき、厨房で頭部を強打された橋垣の遺体が発見される。

商店街の福引会場で三等のデジカメを当てている男性がいた。米花中央病院の医師、大和田誠だ。しかしその後、大和田の当選はインチキだったということが分かった。まもなく、大和田の家の庭から小判が出てきたり、１億円を拾ったという噂話が街中に広まり始める。コナンたちはついに噂を広めている女性を発見するのだが…。

人気ゲームソフト『ギャドリン２』の発売が迫っていた。 発売元であるシャイニング社の社長の道場が最終チェックのため、『ギャドリン２』のディスクをゲーム機の中に入れると、そこには一昨日の社長室の様子が映し出されていた。何とギャドリンのシナリオは小林という男が学生時代に書いたもので盗作だったというのだ。

プロ野球チーム・ジャガーズの守護神、能勢利三とスポーツタレントの本山正治と対談することになった小五郎はコナンと蘭を連れて沖縄を訪れた。しばらくして本山の乗る飛行機が到着し、車で移動するコナンたち。すると、行く手の路上に倒れている人影を見つける。コナンが人影に駆け寄り抱き抱えると、何と能勢選手だった。

テレビの企画で訪れた沖縄でプロ野球選手の能勢利三が刺殺された。コナンは一緒に車に乗っていたスポーツタレントの本山を疑うが、彼には完璧なアリバイがあった。ところが、なぜか蘭のバッグからテニスボール缶を盗み出そうとする本山。いっぽう、コナンは蘭の持っていた時刻表からついに本山のアリバイトリックを解く。

コナンたち少年探偵団は、廃屋の庭に怪しい３人の人影を発見する。彼らは生物雑誌に載せる"毒蜘蛛"特集のための撮影をしていたのだ。しばらくして次に取材する大学教授の新野豊に会うため、クモマニアの浦崎が電話をかけると、電話口から新野の悲鳴が聞こえてきた。クロゴケグモに刺されてしまったというのだ。

天体観測をするため山奥のペンションにやってきたコナンたち少年探偵団は、そこで１年前に失踪した河埜麻雄から招待状をもらったという野之宮悦子、御上平八、二川肇と出合う。間もなく、近くの丘へ星を見にいったコナンたちは白骨化した遺体を発見。コナンは遺体の周りに石灰がまいてあったことから殺人事件だと断定する。

天体観測をするため山奥のペンションにやってきたコナンたちは、そこで１年前に失踪した河埜麻雄の白骨化した遺体を発見する。近くにはダイイング・メッセージとなる６本のタバコが残されていた。その後、河埜から招待状が届きペンションに来ていた二川の遺体が発見される。しかも、手に７本のタバコを握っていた…。

阿笠博士に連れられてキャンプにやってきたコナン、蘭と少年探偵団。しかし、サングラスで顔を隠した男が蘭の眠るテントの中に侵入し、蘭を連れ去ってしまう。その頃、近くの山道で崖から転落した事故車が発見され、蘭を誘拐した犯人であることが判明。だが、車の中に蘭の姿はない。しかも男の持っていた携帯電話には…。

倉敷・吉備路をめぐる歴史の勉強を兼ねた週末旅行に来ていたコナンたち少年探偵団は、倉敷川沿いに観光していると、桃の形をしたケースを見つける。中には暗号が書かれた紙が入っていた。鬼ケ島のお宝が見つかるかもしれない…と盛り上がる元太、光彦、歩美たち。あきれるコナンを尻目に元太たちは宝探しを開始した。

コナンたち少年探偵団は、暗号に書かれた場所を探すうち、女性の他殺死体を発見する。地面に残されたダイイング・メッセージからコナンは、犯人は被害者と一緒にいた４人の中の一人だと推理する。だが、それを特定するためには残りの２つの暗号を解き、埋められたタイムカプセルを掘り返さなくてはならない…。

雪が降り積もる琴屋旅館へ静養にきたコナン、蘭、小五郎。すると恋愛小説家の明智恵理が取材の打ち合わせをしていた。取材対象者はシンガーソングライターの深津はるみ、ファッションモデルの柴崎明日香、新進油絵画家の安西絵麻の３人だ。しかしその夜、コナンたちは胸を一突きされた明日香と絵麻の他殺死体を発見し…。

コナンたちが静養にきた琴屋旅館でモデルの柴崎明日香と油絵画家の安西絵麻が相次いで殺された。しかも現場は村に伝わる振袖般若の伝説とそっくりであった。２つの殺人とも密室で行われたが、警察はその謎を解くことはできない。そんな中、ソリ大会の模様が映っているテレビを何気なく見たコナンは、ある推理に思い至る。

コナンが探偵事務所へ行くと、そこに平次と和葉が待っていた。２人はコナンたちを"甲子園"と"宝塚"、どちらへ誘うかでもめてしまう。そこで小五郎が依頼されていた殺人事件の推理勝負で決着をつけることに。被害者は辻谷玩具製作所の社長・辻谷賢仁。現場にはダイイング・メッセージと思われる積み木が残されていた。

平次と和葉は、小五郎が依頼されていた殺人事件の推理勝負をすることになった。コナンと平次はお互いに、殺された辻谷玩具製作所の社長・辻谷賢仁の部屋で違和感を感じると明かすが、なぜそう思うのか、まだはっきりとしない。いっぽう、和葉が平次のヒントを基にして、ついにダイイング・メッセージの謎を解く。

甲子園に高校野球決勝戦を見に来た平次とコナンたち。試合が始まると足下で携帯電話が鳴った。電話に出ると、楽しいゲームをしないかと男の声がささやく。男は「３回、６回、９回が終了した時点で、この球場のどこかに置いた電話を鳴らす」という。そのとき電話を取らなければ、誰かを道連れにして自分が死ぬというのだ。

ある夜、酔っぱらった小五郎が事務所へ帰る途中、小五郎の頭上へ数本の鉄パイプが落ちてきた。偶然にも直撃をまぬがれた小五郎だったが、事務所へ戻ると携帯電話に「次は失敗しない、今度こそお前を殺す…」というメールが送られてくる。小五郎には全く心当たりがない。その時、蘭が小五郎の携帯と上着が違うことに気づく。

小五郎はコナンと蘭を連れて音楽一家の当主・調一朗の孫娘である設楽蓮希の依頼を聞く為に設楽家の屋敷を訪れた。この日は調一朗の誕生日。だが、この誕生日に２年連続で人が死んでいるというのだ。どうやら弟の弾二朗が30年前に兄の調一朗に贈ったバイオリンが関係しているようだ。そして今年は蓮希が弾くことになった。

音楽一家の当主・調一朗の孫娘である設楽蓮希の依頼で訪れた屋敷の別館で火災が起こり、調一郎の弟（三男）で指揮者の弦三朗が焼死した。コナンは、30年前に殺された弾二朗（次男）、２年続けて亡くなった弦三朗の妻・詠美、調一朗の息子・降人のイニシャルを続けて読むとアルファベットの順になっていることに気づく。

設楽家で起こった一連の死亡事件。一見事故に見えるが、コナンは巧みに仕組まれた殺人事件だと推理。しかも２年前死亡した詠美と、昨年死亡した降人から続く連続殺人事件だと…。コナンはいつものように小五郎に麻酔針を発射し、関係者を集めさせた。そこでコナンはストラディバリウスを小五郎に弾かせようとする。

小五郎に連れられて鹿児島にきたコナンと蘭は、幻の焼酎"高隈"を造っている蔵元・高隈酒造を訪れた。迎えてくれたのは当主の白石覚志と妻の扶美子だ。翌日、扶美子の案内で鹿児島観光をしたコナンたちは専務の辰村慎介の家を訪れる。だが、家の中は血で染まり、同じく真っ赤な血がついたブロンズ象が転がっていた…。

蔵元・高隈酒造を訪れたコナンたち。翌日、専務の辰村慎介の家を訪れると、居間で血痕のついた置物を発見。その２日後、辰村の遺体が他殺死体で見つかる。コナンはなぜ犯人が辰村を殺した後、わざわざ家の中から運び出したのか。また、どうして２日たってから、遺体を発見させたのか。この２つの謎に推理をめぐらす。

目暮警部は松本管理官から、鳥取県警からの要請で全国を中心に荒し回っている窃盗団の合同捜査に誰かを派遣してくれと頼まれる。そこで松本管理官が高木を推薦。高木刑事もこれを聞き、ぼう然となる。佐藤刑事と別れたくないからだ。まもなく高層マンションの23階で男性の刺殺死体が発見されたとの通報を受ける。

高層マンションの23階で会社員の仲本広俊が刺殺された。コナンたちが目撃した不審な男は、被害者の同僚・加藤彰だと判明。しかし、加藤は千葉刑事のマンションに居候しており、犯行時刻に千葉と一緒にテレビを観ていたという。しかし、寝室、台所、そして玄関の掛け時計を見たコナンは、やはり犯人は加藤だと確信する。

コナンは町工場で捜査中の高木刑事と遭遇。どうやら殺人事件のようで、被害者はこの工場の社長、北村勝五郎。被疑者と目される人物はすでに逮捕されていた。しかし、ひとつ問題があった。北村の胸に刺さっていたナイフの角度は斜め下。北村より20cmも背が高い被疑者・南田の犯行ではあり得ないのだ。

金属加工会社の経営者の堂本正三郎が誘拐された。彼は腎臓に疾患があり、6時間ごとに薬を投与しなければ命にかかわるという。しかも犯人は事故死したことを知る。正三郎が最後に薬を投与したのは朝の9時。すぐ容態が急変するわけではないが、8時間以上間をあけると絶望的だという。タイムリミットまであと1時間30分。

コナンは少年探偵団と哀、阿笠博士とキャンプにやってきた。テント脇でコナンと阿笠が黒の組織のボスのメールアドレスを分析していると、薪を拾っていた歩美たちが現れ、森の辺りで文字が刻んである四角い石の箱を見つけたという。早速、皆で石の箱を見つけた場所へ行ってみると、そこには朽ち果てた屋敷が建っていた。

阿笠博士が警察を呼んで戻るまで、からくり屋敷で宝探しをすることになったコナンたち。コナンは灯籠の暗号を解読しようとするが、元太は我慢できずに屋敷内へ入り、罠に引っ掛かってしまう。そんな元太を救う人物がいた。トレジャーハンターの須藤雲造だ。コナンたちは警戒しつつも仕掛けに詳しい須藤と行動を共にする。

文字の刻まれた勾玉、石鏡を手に入れたコナンたちと須藤雲造、推沙利奈、千住りえ。三種の神器の残り１つ、草薙の剣を見つければ宝の場所がわかると推理し、地下から脱出を図る。そんな折、哀は絞殺され沼に沈められた玉井照尚の手帳が乾いて読めるようになった事に気付く。手帳を読むと玉井は相棒に殺された事が判明する。

コナンと小五郎は、散歩中に警官の木下と和菓子屋「夕月」の相川悦子、検死官の辻村が揉み合う場面に遭遇し、３人から事情を聞く事に。話によると、2時間前の午前９時、悦子はマンションの105号室から出てくる怪しい男を目撃。通報を受けた木下らが部屋に入ると女性の遺体を発見したという。女性は自殺と思われたが…。

「家族連れで」という条件付きの仕事依頼を受けた小五郎は、コナンと蘭とともに依頼人の家へ向かう。依頼人の狩谷伴子は携帯電話を探してほしいと依頼。その後、伴子に携帯が見つかったといわれ調査は終了するが…。帰り道、阿笠博士の家に立ち寄ったコナンは、伴子の遺体が発見されたというニュースを目にする。

小五郎の依頼人、狩谷伴子が殺害され、コナン、目暮警部らは狩谷家の人に話を聞き、犯人は伴子の携帯のロックを解除した人物と推理する。１万通りの暗証番号を試せるのは部屋にこもる大策、滋英、嗣貴と考える。それぞれに動機があると判断した目暮たちは、３人に犯行時刻となる午後７時半のアリバイを再度確認する。

最近、蘭はコナンの正体は新一だと疑っている。動かぬ証拠を得るため、蘭はコナンが落とした携帯電話のロックを解除しようと、１万通りある暗証番号を順番に入力するも途中で諦める。その後、外で車のクラクションが鳴り、蘭は車を確認。「46-49」（ヨロシク）という車のナンバーを見て蘭は半年前の事を思い出す…。

下校中、宝石店に入る高木刑事を見かけたコナンらは、そこで強盗犯に遭遇。男は宝石を入れたバッグを持って逃亡。しかし高木らにビル屋上へ追い詰められた男はフェンスを越え、トラックの屋根に落下する。コナンは男が飛び降りたこと、ヘルメットを被っていたのに頭から大量の血が流れたことなど、不可解な点に疑問を抱く。

佐藤刑事らは後村が飛び降り自殺したと考え、署に戻ろうとする。高木は自分が刑事という事や子供も事件に関わっている事を事前に知っていた猫田を宝石強盗犯と疑い始める。猫田は動揺するが、自分が犯人なら飛び降りた後、どこに消えたのかと反論。コナンはロープを使い、犯人が投身後に消えたトリックを暴く…。

少年探偵団に隣のクラスの松中ユリコが協力を依頼する。聞くと、曾祖父で荒ぶる牛と畏れられた相場師、伊勢川剛三が亡くなる前に秘書の時計に遺言を残したという。それは謎を解いた者に宝を与えるというもの。謎解きの猶予は24時間。相続権の高い者から挑戦でき、ユリコに17番目の挑戦者として順番が回ってきたらしい。

少年探偵団と灰原は、ユリコの曾祖父、伊勢川剛三が残した財宝を見つけるため、「天使の館」へ。秘書兼遺言執行人の時計から聞いた剛三の言葉をヒントに一行は謎解きを進める。そしてコナンは北の天使の塔で黒水晶を発見。次の手掛かりは南の天使の塔にあると推理する。一行は南の天使の塔の扉を開ける方法を思案するが…。

午前５時、ジョギング中の広松広は頭から血を流して倒れている男性を発見し、119番通報する。しかし救急車が遅い為、広松は消防署へ迎えに行く。しばらく後、現場で桜田警部補が姿を消した第一発見者を捜していると、救急車に乗って広松が現れる。桜田は被害者が即死の状態にもかかわらず救急車を呼んだ広松を疑うが…。

コナンは蘭、平次、和葉と一緒に「星河童吾超奇術ショー」を観に行く。閉演後、楽屋にマジシャンの範田力、姫宮展子が現れる。星河、範田、姫宮は10年前に姿を消した謎のマジシャン、Mr.正影の弟子で、姫宮は誰が正統な後継者かをはっきりさせようと言い出す。そして、範田に誘われてコナンらも正影の家へ行くことに。

星河、蘭、和葉は２階の廊下で姫宮の遺体を発見。星河は正影の部屋から警察に電話を入れ、コナンはその部屋の窓が開いている事に気付く。そして遺体の横の資料倉庫が何者かに荒らされていた。資料庫には正影のネタ帳、正影ノートがあるという。犯人はネタ帳を盗んだ後、姿を見られたため姫宮を殺害した、と平次は推理する。

コナンと平次は、若い頃の範田、星河、姫宮が一緒に写る写真を見て、何かに気付く。この後、蘭と和葉は停電の前と後で花瓶の影が違っていた事を思い出す。そして目暮は千葉刑事に聞き込み捜査の指示を出す。その直後、コナンと平次は窓ガラスに映った自分たちの顔を見てハッとした表情になり、しばらく窓ガラスを見つめる。

伊東玉之助が座長を務める旅芝居の一座の公演に出演することになったコナンと少年探偵団。稽古中にかぐや姫役を演じる片岡れんげの父親、片岡半四郎が現れ、れんげを連れ帰ってしまう。公演初日を迎え、れんげを迎えに片岡邸へ。そこには目暮警部や小五郎らが待機していた。昨夜かられんげの消息がつかめないという。

コナンは、れんげの誘拐が狂言と気付くが監禁場所に姿はない。れんげは本当に誘拐されてしまったのだ。舞台のクライマックスまでに主役のれんげを見つけ出そうとするコナンらと玉之助。玉之助は、狂言を手伝った人物が本物の誘拐犯になったと推理し、コナンも同意する。そしてコナンは窓から外を眺め、ある事に気付く…。

コナン、少年探偵団、哀は阿笠博士と森へ昆虫採集に出掛ける。阿笠はお宝を用意していると言って「マルムシニテント」という暗号が書かれた紙を取り出す。コナンが暗号を解こうと考え込んでいると、コナンの携帯に蘭から連絡が入り、同じホテルに宿泊する見山という男性が殺害され、自分たちも襲われたと助けを求めてくる。

コナンは歩美の言葉からヒントを得て、阿笠の暗号を解読。その後、ついに元太らは自分たちの力で暗号の答えに辿り着き、早速、お宝のある神社の鳥居へ向かう。阿笠は暗号を考えた時の状況を回想。阿笠の話を聞いていたコナンは、見山の宿泊した部屋に残された暗号の本当の意味に気付き、蘭の携帯に連絡を入れるが…。

小五郎は自らの体験を「名探偵マグレ」の脚本家３人に話す事になり、コナンと共に日売テレビへ。そこで脚本家の八神譲二が毒殺されてしまう。コーヒーを入れた新人脚本家の香田杜夫が八神を憎んでいたことから、警察は香田に疑いの眼を向ける。コナンは香田が八神に毒入りコーヒーを選ばせたトリックを解こうとするが…。

コナン、少年探偵団、灰原はC組の紺野由香の家へインコを見に行く事に。だが、誰もいないはずの自宅から由香の母親の友人、坂口慎也が出てくる。由香は、インコが小さくなっている上、何も言葉を発さないという。坂口が薬品の研究をしていると聞き、歩美、元太、光彦は３人で真相を解明しようと研究所を訪れるが…。

小五郎は国友家の執事、赤塚賢造から悪霊の呪いを解いて欲しいと依頼され、コナン、蘭と屋敷へ。謎のカードが届いた後、何度か奇妙な事があり、全て4日に起きているという。夜、コナンらはこれまで起きた５つの事件について話し合い、4日は全て仏滅だった事に気付く。しかも明日の10月4日は仏滅だった。

13年前、国友淳大の船が沈む海難事故で、屋敷で働く全員が家族を亡くしていた事が明らかになる。犯人に怯える淳大は4日が終わるまで誰にも会わないと部屋に籠ってしまう。その直後に淳大の苦しむ声が聞こえる。部屋の中には左手を伸ばしたまま息絶えている淳大の姿。足元には薬の瓶と薬を踏み潰した後が残っていた。

13年前の9月26日に関口が働く会社の社長が失踪した事が明らかに。それを機に関口は社長の後釜に入ったという。そして、その3日後の29日に淳大の船が沈んだ事実に驚く一同。捜査が一段落すると、蘭はペアルックのパジャマを購入した事をコナンに告げる。蘭の言葉にコナンはハッとした表情になり犯人の目星をつける。

コナンらは歩美が見つけたかわいい新築の家を見に行った。2日後、家が売れた事を聞かされ、再び家に足を運ぶと、おばあさんが家にあがるように促す。夜、コナンが小五郎、蘭と共に事務所の3階で夕食をとる様子を望遠カメラで撮影する人物がいた。それはグルニエ（屋根裏部屋）の家に住むおばあさんとおじいさんだった…。

小五郎、コナン、蘭は出雲大社を参拝中に旅館の娘、江角栄子と知り合う。栄子は自分に縁談話があると告白し、相手は鰐淵耕司という男性で、好きではないが、断れない事情があるという。翌日、小五郎らがパトカーの後を追うと、八雲滝の脇には、背中に短刀の突き刺さった男性の遺体が転がっていた。被害者は、鰐淵だった。

警察は鰐淵を殺害した容疑者として、石飛一也、藤江竹彦、江角栄子、福間良介の４人をリストアップ。犯人は石飛と藤江の２人に絞られた。コナンは栄子に石飛か藤江に会ったか訊ねると、数日前に藤江が旅館に来た事を思い出す。だが、藤江には松江城にいたアリバイがあった。そして、コナンは芳名簿を見てある事に気付き…。

コナンら少年探偵団は、阿笠博士の自宅で子供が書いた葉書を見つける。それは阿笠が40年前に女の子からもらった手紙だった。葉書には10年後の11月24日、思い出の場所で会おうという内容が書かれていた。会えなかった時は10年毎に、その場所で待っているという。そして、偶然にも今日は40年後の約束の日だった。

阿笠博士の初恋の女性を探すため葉書に書かれた暗号に挑む。皆が２人の再会を諦めかけた時、阿笠は40年前のある事を思い出す。コナンは彼女が動物を飼っていたかと訊ねる。阿笠は小さい頃に犬を飼っていたが、噛まれてからは何も飼っていないと説明。それを聞いたコナンは暗号を解読し、思い出の場所を確信する。

コナンらはパトカーが集まっていると聞き、現場へ向かう。犯行時刻に現場を通りかかったタクシー運転手は、犯人らしき男の前で尻餅をついた少年に気を取られ、男の顔を覚えていなかった。その少年は白い野球帽を被っていたという。歩美らは、隣のクラスの三井圭一のことを教えるが、圭一は犯人を見ていないと全面否定する。

小五郎はコナンを連れて貸衣装の店へ行くと、モデルの中村洋子たちが仮装して出てきた。この時、洋子にパーティを主催する編集者、梅田香からメールが届く。しかし、梅田の部屋で事件が起きていた。その後、梅田の宝石を持った白川が確保される。だが、白川は殺害を否認。そして、コナンはキッチンの不可解な点に気付き…。

小五郎らはアナウンサーの水無怜奈を紹介される。怜奈はピンポンダッシュに困っていると小五郎に相談。怜奈の自宅マンションへ向かう。コナンはチャイムが鳴った時の音を拾うため、玄関に盗聴器を仕掛ける。コナンが盗聴器の回収に向かう途中、集音器から黒の組織のボスが使う「七つの子」のメロディーが聞こえてくる。

放課後、蘭と園子は下校中のコナンに出会う。この後、コナンたちは遠野ゆり子の相談に乗る事に。留守中に誰かが家の中に侵入した形跡があったという。ゆり子は高校時代にラブレターを貰った事も告白。卒業アルバムを見せてもらった蘭と園子は、ラブレターを送った相手を見て驚く。その男は体育館の入口で目撃した男だった。

光彦が小さい頃に遊んでいた雨宮祥子という4年の女の子が蒸発したという。祥子は元々休む予定だったと同時に、一昨日から平山という新しい担任になったと小林先生から教えられる。鍵の隠し場所を知っている光彦はコナンらと共に祥子の家に入るが誰もいない。その時、玄関のチャイムが鳴る。やってきたのは平山先生だった。

光彦の知り合いの4年生、雨宮祥子が登校途中に行方不明になった。コナンは祥子の居場所がわかったと明かし、宮本由美に古い倉庫へ案内してもらう。だが、祥子はどこにもいない。コナンらは道路の電柱付近に散らばる車のウィンカーの破片を発見する。そして、電柱から倉庫に続く地面に点々と血の跡がついていた…。

三角篤が、いなくなった恋人の安美を捜して欲しいと小五郎に依頼。コナンらは2人が出会った場所へ向かう。一行は雪に被われた三角の車を発見し、運転席には安美の姿。だが、窓ガラスはガムテープで目張りされ、助手席の下には七輪が置かれていた。三角はドアを開けて安美を助け出すが、すでに彼女は息をしていなかった…。

三角の恋人、安美は密閉された車内で一酸化炭素中毒死していた。山村刑事は安美の死を自殺と考える。車内にあったバッグの中身は、車に付属するシガーライターと本日発売の小説。安美は三角にタバコを吸わせないようにシガーライターをよく隠したというのだ。タバコと聞いて何かを閃いたコナンは三角の車の灰皿を確認する。

小五郎、コナン、蘭はレストランへ行き、千葉刑事、高木刑事と偶然会う。千葉と高木は合コンに参加するらしく、主催者の江本将史と合流する。この後、合コンに参加している江本の姉、彩が家で待つ5歳の従弟、浩太が心配なので帰ると言い出す。彩が心配するには理由があった。コナンらは急いで彩と将史の自宅へ向かうが…。

浩太が誘拐され、犯人は100万円を要求。コナンは合コンを欠席した六田卓児、引屋門成、佐塚良兼の誰かが犯人と推理する。警察は誘拐事件として捜査を開始。その後、浩太が帰ってきた。将史は浩太が無事に帰ってきたため、誘拐事件をイタズラで片付けようとする。高木は帰宅した浩太の靴下が濡れている事に気付く…。

小五郎とコナンはサインを貰うため、小説家、梅津修のマンションを訪ねると、修の息子、隆が金をせびりに来て揉めていた。帰り道、秘書の三上透が一方から急ぎ足でやってくる。隆が心配でマンションに戻るという。そして、小五郎らが管理人のスペアキーで部屋に入ると、仰向けの隆が笏を上下逆に持って死んでいた…。

コナンと蘭はドッグランができたと聞いて米花公園へ。そこでムサシの飼い主、堤英輔、美里夫妻とクールを飼う八木沢浩、まなみ夫妻と仲良くなる。コナンらが帰宅すると中谷頼子が隣の家の犬が怖いと小五郎に相談していた。数日後、堤と美里が帰宅すると、庭からムサシが狂ったように吠える声と頼子の叫び声が聞こえてくる。

小林先生はフリーライターの杉森政人から少年探偵団を取材したいと申し込まれるが、間違って杉森のアパートへコナンらを連れて行ってしまう。元太が勝手にドアを開けると、部屋の中では杉森が殺されていた。犯人を推理する目暮警部らに対し、コナンは怪しいのは4人と伝える。電話機の留守電には4つの用件が残されていた。

コナンらは取材を受けるために訪れた杉森政人の自室で杉森の遺体を発見。目暮警部らは留守電に録音された4件の用件を確認する。そして、高木はメッセージを入れた3人に連絡を入れる。高木らは3人にアリバイがあると考えるが、一応のため、3人を呼んで話を聞く事に。だが、コナンはアリバイがあるのは2人だけと考える。

コナン、蘭と工藤邸の書庫を掃除する園子は、優作と有希子、新一と蘭、そして上戸彩の姿が写った写真に気付く。この後、若い女性が工藤邸にやってくる。サングラスをかけ、帽子を被ったその女性は、なんと上戸彩だった。彩は幸田文江というおばあちゃんを追って米花町へ。その時、新一の事を思い出して訪ねたのだ。

小五郎、コナン、蘭は喫茶店「ポアロ」で、店のウェイトレス、榎本梓から相談を受ける。梓の悩みは、長部満という5歳からのメール。コナンは満が釣りに出掛けたと推理。父親がその場を離れてしまい、満は長時間、車の中で待っているのだ。すると、満から新しいメールが届く。コナンはそのメールを見て何かに気付き…。

笹本安太郎の前に大きなコンクリートブロックが落下。砕けたブロックに書かれた文字を見た笹本は神尾俊之と合流して小五郎の事務所へ。2人は殺されかけたと小五郎に相談し、犯人は大学時代のミステリー研究会の仲間、日影呈一だと説明。半月前に日影から神尾の元に昔の仲間を次々に殺す殺人予告の小説が届いたという。

コナン、少年探偵団は「仮面ヤイバー」のロケを見学。スタントマンの力石健吾とディレクターの深町真二が口論を始める。すると突然、力石が車に乗って急発進。そして、車は落下。潰れた車内には即死状態の力石がそのまま乗っていた。モニターで映像を確認したコナンは何かに気付き、コナンは事故ではなく殺人だと伝える。

小五郎、コナンは鈴木由美と新田秀子に案内され、とあるマンションの一室へ。中では山本信男が絶命していた。2人は山本の部屋から中西三郎が出てくる姿を目撃。目暮警部は遺体の近くにあった遺書を確認。小五郎は自殺に見せかけた中西の犯行だと疑う。この後、コナンらは由美の部屋へ。そこでコナンは微かな疑問を持つ…。

建設現場から鉄骨が落下する事故が起きる。真下にいた男は咄嗟に鉄骨をかわすが、地面に頭を打って気絶。近くにいたコナンら少年探偵団は救急車を手配する。高木刑事が身元を調べると、男のバッグの中からロープや軍手、遺書が見つかる。男は真中大二郎。この後、真中から事情を聞く事に。だが真中は記憶喪失になっていた。

コナン、少年探偵団たちは潮干狩りに来ている。牛込嗣夫は浮かない顔で、右手の人差し指を口にくわえて考え事をしていた。元太らは牛込に声をかける。そんな折、サークル仲間の三瀬隆、八島光枝、久津梢子が牛込の元にやってくる。突然、八島は帰ろうと提案。元太らは4人の後を追いかけると牛込は車の座席で死んでいた…。

牛込の死因は青酸カリによる毒死だった。参悟の弟で神奈川県警の横溝警部は自殺と断定する。だが、コナンは捜査結果に疑問を持つ。3人の中の1人が言った一言が引っ掛かっているのだ。コナンは砂浜の4人がいた場所へ向かい、歩美が熊手を使って緑茶のフタを発見する。それを見たコナンは誰が牛込を殺したのかに気付き…。

コナンと蘭がゴロという妃英理の猫を世話していた。蘭が小五郎にゴロの世話を頼んだ後、桐下という男性が事務所にやってくる。桐下の依頼は娘が間違えて携帯電話に送ってきたメールの解読。だが、小五郎はなかなか暗号を解く事ができない。その後、小五郎はゴロのイタズラからヒントを得て、メールの文を解読していくが…。

コナンは蘭、園子、本堂瑛祐と山道を登り園子の別荘に向かうが、別荘の手前にある吊り橋は崩れ落ちていた。近くの別荘で電話を借りて迎えを呼ぶ事に。コナンらは開かずの窓を見せてもらう。窓には無数の釘が打たれていた。コナンが裏庭の巣箱の中を覗いていると、瑛祐が驚きの声を上げる。窓から誰かが覗いていたという。

バンド「ドルクス」のメンバー、保波倫子が密室で亡くなっていた。山村刑事は自殺に見せかけた密室殺人として捜査し、事情聴取を始める。コナンは裏庭へ行き、ハシゴを登りきって屋敷を見るが、木の枝が邪魔になって2階の窓しか見る事ができない。さらにコナンは巣箱を調べ、倫子を殺害した犯人が誰かに気付き…。

小五郎は素人演芸大会に出場する事になり、コナン、目暮警部と会場へ向かう。途中、防犯グッズ店から上島長郎が出てくる。今度は定食屋「目黒」の前に大会のゲスト、落語家の満楽亭市松の姿。大会の閉幕後、目暮の携帯電話に市松が刺されたという連絡が入る。市松は「メグロノ」というダイイングメッセージを残していた…。

小五郎、コナン、蘭は東都迎賓館で挙げられた結婚式に出席した後、式場の廊下で花婿姿の高木刑事とバッタリ会う。高木の後ろには花嫁姿の婦警、由美もいる。状況が掴めない蘭たち。実は、ある花嫁、花婿から強盗犯に命を狙われていると警察に通報があり、高木と由美は本物の2人の代わりに立てられた替え玉だという。

小五郎らはマジシャンの冬城幻陽から連絡を受け米花ホールへ向かう。冬城は団員の誰かが自分を殺そうとしていると告白。団員は上原美佐と中川千明、石田一馬、庄司真吾、長谷川実の5人。マジックショーが始まりコナンらは客席から見学する。そして冬城は「水中脱出」に挑戦。しかし、頭から水槽に入れられた冬城は…。

水中脱出のマジックに挑戦した冬城幻陽は、水槽で逆さまになったままグッタリしてしまう。小五郎、コナンは目暮警部らと事件当時のビデオ映像を確認する。ビデオには肝心な所が映っていなかった。コナンは1人、会場に戻って事件当時の状況を振り返る。犯人の目星をつけたコナンは再び映像を確認し、証拠も見つけ出す…。

小五郎、コナン、蘭、園子は伊東玉之助一座の芝居を見るため金丸座へ。一座が上演するのは「こんぴら座の怪人」という時代劇。玉之助が怪人、女優の軽部ロミがヒロインの歌姫を演じる。稽古が再開されると、その直後にロミの頭上の大提灯が落下。玉之助は実在の怪人からヒロインを替えろと要求されている事を告白する。

コナンら少年探偵団はSF映画「スターブレイドVI」の試写会へ。開場前、フリーカメラマンの建井文吾という男性が声をかけてくる。そして昨夜、スターブレイド仲間の鴨川から試写会のチケットをよこせとしつこく電話された事を明かす。その直後、鴨川に呼び出された建井はバッグを置いて待ち合わせ場所へ向かうが…。

小説家の萬田年久は原稿執筆のため、猫のノベルと共に部屋にカンヅメにされていた。萬田はホテルを抜け出し、弟子の原本高平の家に急ぐ。原本は原稿が入ったディスクを差し出す。萬田は編集者の島木に原稿を渡し、萬田の家に帰宅すると、ガラスが割れる音が響く。コナンたちの野球の球が原本の家の中に入ってしまったのだ。

コナンらは原本高平が家の中で殺害されているのを発見。哀はもう1つの部屋に不可解な点があると目暮らに伝え、その部屋へと移動。部屋では、ミニカーなどのコレクションが逆さまにひっくり返っていた。ハウスキーパーの市村の話に萬田は動揺し、話題を変える。コナンは誰が犯人かに気付き、物がひっくり返った謎も解く。

小五郎とコナンは目暮警部が乗るパトカーに同乗し、殺人現場へ向かう。マンションの一室には小説家、斉川村子の遺体。第一発見者は迷宮出版の担当編集、遠野舜一とマンション管理人の村田啓三。手がかりを捜す中、コナンは流しの三角コーナーでガリを発見。遠野は昨夜、寿司を出前した事を明かすが、コナンは違和感を持つ。

コナンと蘭は園子に誘われ、森へ紅葉狩りに出掛ける。この森はドラマのロケ地で、ＡＤを名乗るホヅミが現れる。話が一段落すると、ホヅミは園子らに言伝を頼む。コナンらは言われた通り、旅館の伝言ノートに言伝を書き込み、食事をとる。再び森へ入ると、胸にナイフが突き刺さったまま絶命したホヅミを発見する…。

森の中でホヅミの遺体が発見され、山村刑事が捜査を行う。山村は血の跡が残るホヅミの手帳に目をつける。その頃、別の刑事は森の中で無人のテントを発見する。コナンはドラマの制作会社の名簿を見て何かに気付き、森へと戻る。そしてある木を見つけ、根本の土を掘り起こすと、そこから白骨化した頭蓋骨が現れ、コナンは…。

コナンら少年探偵団は同級生の千春からアパートにゴミの出し方に物凄く厳しい岩田巌という人がいると教えられ、彼を見学する事に。元太は岩田が周りに恨まれないかと心配する。そして、3日後に殺人事件が起きてしまう。岩田が以前住んでいたマンションの管理人の話を聞いたコナンは、偶発的な事件ではないと推理し…。

担任の小林澄子は昼休みに人と会うので教室を空けて欲しいとお願いする。コナンらは、小林が何かを企んでいると推測する。教室に戻ると、黒板に一枚の貼り紙。これは小林が生徒に仕掛けた推理ゲームだと判断したコナンが皆に暗号の謎を語ろうとした時、職員室に呼ばれてしまう。残された元太らは暗号を解こうとするが…。

少年探偵団は読書感想文を書くため、本を図書室で選ぶ。歩美が選んだ本は最後のページが破られていた。図書カードを確認し、最後に借りた内藤司に話を聞く事に。コナンと歩美は司の家へ向かう。そこでコナンらは司の母親の遺影を発見する。遺影の横の写真立てには司と母親の写真。コナンはこの写真を見て全ての謎を解く…。

コナンが読んでいた漫画誌の話から、ミュージシャン、板垣ロクの話題に。すると、事務所に柱谷と息子の巧が現れる。巧はロクが橋から落とされるところを目撃し、ロクを落とした男の腕には釘の絵が描かれていたと証言。小五郎は巧の言っている事を疑ってかかる。その時、堤無津川からロクの遺体が発見されたと報じられ…。

堤無津川からミュージシャン、板垣ロクの遺体が発見される。ロクを川に落とした男の腕に描かれた釘の絵は、ロクがインディーズ時代のバンドのマークのタトゥーだったのだ。コナンらはタトゥーショップへ。ショップのマークを見た巧は、自分が見た絵ではないと証言。すると、コナンはマークが別のものに替わったと推理する。

遊びに来た本堂瑛祐はインターネットで面白い事件を見つけたと報告する。その事件はホームズの小説「赤毛連盟」に似ているという。事件を見つけたのは、とあるHPの日記コーナー。日記には高い報酬のバイトについて書かれているという。「赤毛連盟」と似ているのは報酬が高い点。しかし、そのバイトには不審な点も…。

ゴミ置き場付近で銃殺事件が起こり、目暮警部と高木刑事が捜査をしていた。被害者は船本兼世。貴金属が盗まれ、物盗り目的の犯行と判断される。だが、息子の透司は交通事故の事を母親に話したため口封じに殺されたと訴える。透司は水無怜奈の事故の目撃者だった。だが、コナンは事故の事を知られないように話をすり替える。

阿笠博士に連れられ、群馬のスキー場にやってきたコナン達。コナンはスノーボードを楽しみ、歩美達は雪ダルマ作りに夢中になる。そして、滑り終えたコナンに哀、阿笠は黒の組織、水無怜奈が関わる一連の事件について質問。コナンは怜奈の交通事故を目撃した透司との再会は偶然ではなく、本堂瑛祐の仕業だと告げる。

コナンらは崖下にある池で溺死した小倉朔子を発見。遺体の足にはスノーボードのブーツ、池にはスノーボードが浮いていた。群馬県警の山村刑事は事件と事故、両方の可能性を探りながら捜査を進める。そして、ロッジ前にある雪ダルマに気付く。板橋一八は崖の近くで雪ダルマを作っていたが、朔子の悲鳴は聞いていないという。

コナンらが公園に行くと、米花署員たちが池に潜むパックリガメを捕獲しようと悪戦苦闘していた。元太は無責任に捨てた飼い主を捜し出そうと提案。その矢先、見物人の中に不審な人物、木俣泉を見つける。声をかけると、泉はカメが邪魔になり、昨日の朝捨てたと告白。だが、自分が飼い主だと主張する二本松二郎が現れる。

画家、及川武頼の別荘に怪盗キッドから犯行の予告状が届く。狙われているのは及川の新作「青嵐」で、予告された犯行時刻は明日20時。及川の義父、神原晴仁は「青嵐」の事を心配するが、及川は警察に通報し、小五郎にも仕事を依頼して万全の備えをしていた。翌日、及川の別荘にたくさんの報道陣が集まる。

画家、及川武頼の新作「青嵐」が盗まれ、同時に及川の義父、神原晴仁がナイフで刺殺される。捜査にあたる目暮警部は怪盗キッドの犯行の可能性が高いと判断。及川は「青嵐」を描く事は永遠にないと発言。コナンは怪盗キッドが目暮、佐藤刑事、高木刑事、千葉刑事の中の１人に変装していると気付き、報道陣に聞き込みを行う。

コナン達はレンタカーで温泉へ向かう。そこに目暮警部から携帯に連絡が入る。目暮は車に爆弾が仕掛けられている事を明かす。車は時速20キロ以下になると同時に爆破する装置がセットされているという。窓もドアも仕掛けが施され、開ける事ができない。コナンは車を時速20キロ以上で走らせながら停める方法を考えるが…。

コナンは歩美らと図書室で読書をする。元太は椅子の上に重ねた本の上に乗りバランスを崩し落下。散乱した本を元の場所に戻そうとして古い革の財布を発見する。コナンはこの財布に見覚えがあり、紙に記された文章を見る前に言い当てる。コナンは10年前に起きた財布にまつわる不思議な思い出を光彦、歩美らに話し始める…。

コナンは図書館にあった財布にまつわる思い出話を続ける。10年前、謎の男の挑戦を受けた新一は蘭、阿笠に協力してもらいながら第１、第２の暗号を解読し、第３の暗号を手に入れる。新一は郵便局に向かってほしいと車を運転する阿笠に頼む。赤い物に次の暗号が隠されていたため、新一は赤いポストに何かあると推理する。

妃英理が法律事務所で仕事をしていると、花束を持った蘭とコナンの姿。蘭は記念日を祝福しようとするが、英理は何の記念日か忘れている。事務所の電話が鳴り、英理は急いで出掛けてしまう。蘭が誰に呼び出されたか気にしていると、猫のゴロが本棚横の花瓶をひっくり返し、中から英理と男性が写った１枚の写真が出てくる。

夕方、米花公園裏で立松新三郎と小此木清隆が車に跳ねられ、近くにいた小五郎とコナンが救急車を手配する。コナンは立松に見覚えがあった。半月前、立松が日本一運の悪い人として紹介される番組が放送されたのだ。小五郎は立松らが運悪く事故に遭ったと考えるが、目撃者は車が２人を狙って突っ込んだと証言する。

元太が蹴ったサッカーボールは駐車中の車の屋根に落下。車の主、児島に怒られてしまう。この後、ボールで車にキズと泥がついたというルトガーが現れる。元太はふて腐れて駐車場に残ってボールを蹴って練習。元太は頭から血を流して倒れるルトガーを発見する。すると、ルトガーは「はんにん」と言って元太の方を指さし…。

地下駐車場でルトガーが殴打される。元太は自分が蹴ったボールでケガしたと思い込んで呆然とする。ルトガーは元太を指さして「犯人」と呟き、気絶する前に「エル」と言い残したため、元太と何らかの共通点を持ちエルという言葉に関係する人物と推理する。コナンはそれを足掛かりに変声機を使って推理した事を語り始める…。

時間内に５人を捕まえると賞金が貰える30分番組の生放送がスタート。コナンと蘭はこの番組が流れる家電店のＴＶの前を過ぎて商店街にある30分計れる砂時計の前に。小五郎は8時に砂時計の前に集合と告げる。8時まで30分あるため、時間を潰す事に。コナンが階段を登り始めた時、２階から女性の悲鳴が聞こえてくる。

コナンは小五郎が運転するレンタカーで、蘭、服部平次、遠山和葉と共に桜の名所に来ていた。コナンが水無怜奈の事を探る本堂瑛祐について平次に説明していると、傅久（でんきゅう）という若い修行僧が声をかけてくる。 傅久は謎を解いて欲しいと小五郎に依頼。小五郎らは近くにある寺に行って和尚からも話を聞く事に。

マンションの一室で強盗殺人が起き、血相を変えた小五郎とコナンがやってくる。被害者は井上弘子。遺体の前では同居中だった恋人の高岡明がうな垂れている。小五郎は弘子が営むバー「ヒマワリ」の常連。高岡の才能を信じて生活を支えていた弘子の苦労が報われた時に起きた事件。小五郎は犯人への怒りを露わにする。

コナン達は阿笠の車でキャンプ場に向かうが、途中の森の中でタイヤがパンクしてしまう。運良く近くに茅葺き屋根の農家を発見。コナンらは一晩泊めてもらう事に。深夜、光彦は１階のトイレに行った後、物音に気付いて台所へ向かう。そこで驚きの光景を目撃し、２階の部屋に戻ってコナンに台所で見た事を伝えようとする。

金融会社の社長令嬢、茜が何者かに殺害され山村刑事らが捜査を開始する。続いて、山村は部屋の中に泥の足跡が残っている理由をコナンらに訊ねる。コナンは茜を部屋に運んだ時についたと答える。しかし、コナンは何かが引っかかり、状況を回想。そして、コナンは茜を発見した時、１人靴を履いていた人物がいた事を思い出す。

元太は警官が登場するドラマが米花公園で撮影されたと気付き、コナンらを現場へ案内する。帰り道、秋本靖代と偶然会う。靖代はお巡りさんにお菓子を届けに行くところだという。２人は深夜に路上であいさつを交わすだけの間柄。コナンらは靖代と交番を訪ねるが、そんな巡査はいないと主張。つまり、その巡査はニセ者なのだ。

平次は小さい頃の本堂瑛祐を知る人物を見つけたとコナンに報告。その人物とはお好み焼き屋の店長。本堂は父親に連れられ、よくお店に来ていたという。父親と仲が良かった前の店長はすでに他界。だが、店長がかわいがっていた孫なら他の情報も知っているかもしれないという。阿笠とコナン、哀は孫のマンションを訪ねる。

孫の西郡宗兵の部屋に何者かが侵入し、本堂の父親と思われる男性の写真が消えてしまう。犯人の可能性が高いのは、元彼女の早織、モデラー仲間の多湖と古庄。３人は部屋の合鍵を持っているのだ。西郡は怪しい人物はいなかったと証言。コナンは３人の体型を西郡に確認。話を聞いたコナンは３人の中に犯人がいると断言する…。

コナンと哀は木の上から助けた子猫の飼い主を捜す。そこに喫茶「チャチャ」の石上保が現れ、飼い主だと名乗り出る。子猫を捜していたという石上は、お礼をすると言って２人を店内に案内。その時、向かいのビルから血相を変えた今岡文枝が石上を呼びに来る。コナンらが事務室に行くと、男性が頭から血を流して倒れていた。

高木刑事は、白鳥警部に佐藤刑事がはめた指輪の事を質問される。高木は電話中の佐藤に視線を向け、左手薬指にはめられた指輪に初めて気付く。高木は左手薬指の指輪に動揺。佐藤の電話の相手は蘭。蘭は人が死んでいると連絡してきたのだ。佐藤は高木に声をかけて現場へ向かう。だが、高木は指輪の事が気になって仕方がない。

コナンらは阿笠博士と共に日売テレビにやってくる。沖野ヨーコに招待され、仮面ヤイバーの撮影を見学するのだ。だが、撮影の遅れで見学は中止になり、コナンらは代わりにテレビ局の中を見て回る事に。皆で話していると、今度は奇抜な扮装とメイクをしたサタン鬼塚が通り掛かり、元太は仮面ヤイバーの怪人だと騒ぎ出す。

東京拘置所の接見室で、妃英理は竹内浩明と面会する。竹内は酒を飲んだ後、車で被害者を跳ね、逃走したのだ。担当検事の九条は竹内を10日も拘留。妃は釈放を請求するが、九条はそれを断る。小五郎、コナン、蘭は妃を手助けするため警察署にある事故車両を調べる。保釈後、竹内が死んだという信じられない連絡が入る。

工藤新一としてコナンは服部平次と携帯電話で会話をする。互いに今月解決した事件の数を報告しあい、解決数の多いコナンは１番だと勝ち誇る。すると、平次は２番だと発言し、新一よりも頭が切れる探偵がいた事を明かす。平次は３年前の山形県のスキー場での事件を回想する。こうして平次と新一の推理合戦は始まったのだ…。

コナンは子供の頃の本堂瑛祐と父親が写っている写真を入手したと平次に電話で報告する。さらに西郡宗兵の友人から聞いた本堂の父親らの会話の内容も伝え、本堂の父親が黒の組織と何らかの関わりがあると睨む。平次は深入りしようとするコナンを心配する。電話後、お見舞いに行くという蘭と園子と共に西米花病院へ向かう。

コナンと蘭、園子、本堂は庵野に本堂の姉の写真を見せる。すると、庵野は怜奈の若い頃にしか見えないと断言。庵野が所有する古いビデオも確認する事に。そのビデオは怜奈が工場の爆発事故を報じる報道番組。そこには輸血のため、AB型の人を探す看護師にAB型だと申し出る怜奈の姿が映っていた。

小五郎への依頼は丁度１年前に息子の鍛吾が亡くなった事件を調べ直す事。父親の奥平角蔵は家の誰かが犯人と考えていた。事件当日、角蔵と妻の詠子、家政婦の田端菊代、執事の瀬川旗郎は夜７時から12時まで居間でビデオを観賞。鍛吾はその最中に家のプールで溺死。話を聞いた小五郎は家の者の犯行は不可能と考える。

角蔵の首吊り死体が発見され、目暮警部、高木刑事が捜査にあたる。足元には「黄泉からの殺人者」という本が置かれていた。表紙の「黄泉」という文字にはかなりの血が付着し、その下には平仮名の「こ」のような文字が血を垂らして書かれていた。これをダイイングメッセージと判断し、殺害した犯人は家にいる誰かと推理する。

コナンは本堂瑛祐の姉と水無怜奈が別人だった事を灰原に報告するが、本堂と怜奈が兄姉ではないという確信を持てずにいた。帰宅後、コナンは冬休みに入ってから本堂と連絡が取れなくなった事を蘭に教えてもらう。冬休み前、本堂は杯戸中央病院で手掛かりを見つけたと話していたらしく、怜奈の入院先が本堂にバレたと考える。

杯戸中央病院の看護師、塩田まさ江の話から黒の組織の仲間が患者として病院に潜伏している事が判明。さらに、まさ江は本堂瑛祐を別の病院で手術した事を思い出してコナンに教える。本堂は白血病だったらしく、大阪に引っ越す前に手術したという。話を聞いたコナンは本堂の胸の丸い傷跡を思い出す。

楠田はナースステーションに侵入し、怜奈の事を探るために写真撮影を行う。その時、拳銃を持ったジョディと捜査官が姿を現す。ジョディらは、楠田を捕まえようとする。だが、楠田は小型プラスチック爆弾を取り出し、爆破すると脅しながら逃走。楠田は駐車場の車に乗って逃げ去るが、それに気付いた赤井が車で追跡する。

赤井は捜査のために組織に潜り込んだ過去があり灰原の姉の宮野明美と恋人同士だった事が判明。病院の近辺では、ほぼ同時刻にファミレスの集団食中毒、駅の異臭騒ぎ、映画館の火事という３つの事件が起きる。その頃、病院にジェイムズ宛の荷物が届く。中身はコロンバインという花。黒の組織はFBIに宣戦布告してきたのだ。

杯戸中央病院の患者たちに見舞い品を装った爆弾が送られてくる。爆発時刻まではあと４時間。爆薬本体に刺さった信管を取り外せば爆発は解除できる。黒の組織が病院を人で溢れさせたのは、パニックに紛れて複数の宅配業者に大量の荷物を届けさせるためだったのだ。ジェイムズらは捜査官を総動員して爆弾の回収を行う。

FBIは赤井が思いついた作戦を実行。組織に怜奈を奪還させたのも作戦の内。赤井はコナンと相談して組織がFBIを出し抜いたと錯覚させる作戦を考えたのだ。赤井は怜奈とある契約を結んだ事を告白。昨夜、コナンと赤井は病院に隠れていた本堂を怜奈の病室に誘い出していた。本堂が呼びかけると、怜奈は目を覚まして…。

コナンらはニュー米花ホテルのバイキングに向かう。コナンらがホテルに到着後、高木刑事がパトカーでやってくる。殺害されたのは外国人タレントプロダクションの社長、須内廉治。社長はタレントの卵と会う約束をしていたようだが、秘書は相手の顔も名前もわからないという。コナンは犯人がまだホテルの中にいると推理する。

ニュー米花ホテルで外国人タレントプロダクションの社長、須内が殺害される。容疑者はモデルのトビー・ケインズ、英語教師のハル・バックナー、そして階段を降りていたFBIのキャメルの３人に絞られる。この後、コナンから連絡を受けたジョディが到着。ジョディは任務の事が明かせないため、ウソをつき、誤魔化す。

キールはジンに脅され、赤井に２人きりで会おうという連絡を入れる。赤井はキールと会う覚悟を決める。その頃、須内の殺害事件でコナンは犯人がメモを持ち去った理由に気付き、コナンは新一に聞いた呪文と言い訳しながら、犯人を見抜く方法を目暮に説明。容疑者の人数分イスを用意し、ある呪文を言えば犯人がわかるという。

コナン、少年探偵団らと別れた後、ジョディは、不吉な予感を抱く。病院に戻ったジョディは赤井がキールに会いに行った事をジェイムズから教えられる。この後、来葉峠で車が炎上し、遺体が発見されたニュースがテレビで流れる。事実を受け入れられないジョディは、遺体が赤井なのかを確認するため、警視庁へ向かうが…。

蘭はお母さんを迎えに行こうと小五郎に声をかける。蘭と小五郎は午後10時に妃英理と食事する約束をしているのだ。英理は美容室にいるという。小五郎らが美容室付近の坂道を登った時、ガツン、ドサッという音が鳴り響く。外に出たコナンはガードレール越しに崖下を覗き込み、ゴミ置き場に倒れている男性を発見する。

格闘家、永作司朗の遺体がゴミ置き場で発見され、元恋人の美容師、葉坂皆代に疑惑の目が向けられる。だが、妃英理が皆代のアリバイを証言。それでもコナンは皆代が犯人だと疑い、コナンは急ブレーキした時の事を思い出して何かに気付く。するとコナンはガードレールを調べ、永作の遺体を移動させたトリックを見破る…。

書店へ寄り道した少年探偵団は、病み上がりの本堂瑛祐、参考書を見に来た蘭、園子と偶然会う。店を出たコナンらを謎の男が尾行。コナンは本堂を監視するFBI捜査官が男の正体と推理する。この後、本堂の復帰祝いをカラオケBOXで行う事に。カラオケBOXの３号室に入ると、謎の男も後を追うように同じ店へ入店する。

カラオケBOXの５号室で絶命した茂庭が発見される。被害者が入店後、誰も退店していないため、目暮警部、高木刑事は客の部屋を回り、事情聴取しながら凶器を探す。１号室の玉井は釣り竿を流してしまい、クーラーBOXの魚はスーパーで購入。早く帰ると家族に怪しまれるため、カラオケで時間を潰していたという。

コナンが少年探偵団、灰原と学校の下駄箱の所にいると、ジョディから携帯に連絡が入る。ジョディは水無怜奈から連絡があったとコナンに報告。組織のバーボンという切れ者がシェリー（灰原）の事を探っているという。この後、光彦は元太の下駄箱に仕事依頼の手紙を入れる少年に気付く。

杉浦開人の父親が大家をしている木馬荘が全焼し、放火の容疑者は住人の細井竜平、沖矢昴、真壁吟也に絞られる。そんな中、コナンは開人の日記を解読。アパートの植物にホースで水をまいていた人物は消防車を連想して赤い人、よくケガをしてバンソウコウを携帯している人物は救急車を連想して白い人とあだ名をつけていた。

新一と沖矢の推理対決が始まり、２人とも紙飛行機はSOSを意味すると解読する。紙飛行機にはモールス信号の符号でSOSと書かれていたのだ。コナンは新一として、他の紙飛行機の画像が欲しいというメールを蘭に返信。蘭は自分の事は話すなと頼まれ、沖矢にメールの相手は金一というクラスメイトだとウソをつく。

小五郎は雑誌の企画で人気占い師、紫條麗華と対談。場所は麗華の屋敷で行われ、編集者の田村雅生、星空出版社長の葛城健輔も対談に立ち会う。コナンと蘭もその様子を見学する。途中、家政婦兼内弟子の白石優華はテレビ局から電話がかかってきた事を伝えるが、麗華は仕事中だと電話に出ない。

番組制作会社社長、染井彰吾と社員の久住舞子は小五郎に番組出演を依頼。後日、東都TVのプロデューサー、中目頼策の自宅で打ち合わせをする事に。染井は呼び鈴を鳴らすが返事はなし。テーブルには倒れたコーヒーカップと手付かずのケーキ、床にはこぼれたコーヒーの染みができていた。中目は絶命しているのだ。

東都TVのプロデューサー、中目が密室の自宅で毒殺される。目暮警部は染井を犯人と疑い、話を聞くため、染井の制作会社に連絡する。社員によれば、ここ２、３日体調が悪かった染井は仕事を休んでいたらしく、さらにその社員はこの日の夕方６時半に会社近くの薬局で染井を目撃。その時刻は中目が殺害された時刻だった。

園子の叔父で鈴木財閥相談役の次郎吉は伝説のミュール、紫紅の爪（パープルネイル）を餌にキッドを捕まえようと考えていた。上空にはヘリコプター２機が上昇し、交差点の真ん中にはミュールを置いた展示台と警備員４人の姿。その周囲を大観衆が取り巻いている。この日、次郎吉は朝刊にキッドへの挑戦状を掲載していた…。

小五郎らは長野県にある虎田家の屋敷を訪ね、当主の虎田直信から転落死した跡取り息子の義郎の話を聞く。遺体写真には死んだムカデの姿。ムカデは血が乾く前に置かれたらしく、誰かが瀕死の義郎を見殺しにしたというのだ。犯人の心当たりを聞くと直信の妻、達栄は虎田家と長年いがみ合う龍尾家の中に犯人はいると訴える。

「火」をイメージさせる繁次の感電死により、「風林火山」になぞらえた連続殺人事件は完成。この後、線路脇で埋蔵金探しの経過を記した手帳が見つかる。６年前に甲斐を誤って殺害したという記述があった。敢助は６年前の事件を闇に葬るため、関与した仲間３人を殺害し、最後に自ら命を絶った繁次が犯人だと推理するが…。

祖父が遺した日記帳が狙われているという小早川公子は、理由を調べて欲しいと小五郎に依頼する。コナンは日記帳に隠された「11月30日、夕暮れにのみ宝の真実は照らし出される。狐の謎を解け」という暗号を見つける。偶然にも11月30日は翌日。コナンらは暗号解読のため、公子の実家がある島根の津和野へ向かうが…。

公子の祖父が遺した日記帳の暗号を解読し、宝探しをするコナン一行。公子と光彦、哀が覆面男たちに誘拐され、一刻も早く宝を探し出せと圧力をかけられる。コナンは宝が入っていると思われる木箱に辿り着く。その時、光彦らを人質にした覆面男たちが現れ、木箱を渡せと要求。コナンは麻酔銃を放ち、推理ショーが始まる…。

コナンは小五郎らと日本ワイン協会会長、広瀬の古稀をお祝いするため、会社社長、本城の山荘へ。コナンは外で本城と翻訳家の赤丸が言い争う姿を見かける。そしてコナンは山頂へ向かうゴンドラから本城が赤丸の頭にブロックを振り下ろす瞬間を目撃。この後、コナンは山荘と周辺を調べるが遺体を発見できず…。

服部平次に屋田誠人という人物から手紙が届く。１年前に工藤新一が解いた殺人事件の推理ミスについて会って話したいという。真相を暴くと意気込む平次は、小五郎の車に乗り事件が起きた東奥穂村へ向かう。風邪を引いて咳き込むコナンを皆は心配するが、阿笠博士にもらった風邪薬を飲んだので心配ないと伝える。

記憶喪失の新一のために森に入った蘭は、死羅神を見つけた直後崖下に滑り落ちて意識を失う。平次らは行方がわからなくなった蘭を山小屋で発見。カツラ用の白髪を見つけ、小屋の主が死羅神だと睨む。さらにズタズタに切り裂かれた新一の写真と散乱した鏡の破片を見つけた平次は真相に辿り着き、皆を家に集めるように伝える。

高速道路で運転中の古城郡平が絞殺される。容疑者は溝端理子、忠田篤男、下鳥太志の３人。理子は古城の彼女で、忠田は古城率いる走り屋チームに対抗する別チームのリーダー。下鳥は交通事故死した古城のチームのメンバー、彰の父親だった。新一は平次と共に犯人とトリックを見破るが、戻る前兆である発作に襲われ…。

コナンは歩美、光彦、元太、灰原と共に阿笠博士が運転する車でキャンプ場へ向かうが、途中でガス欠になってしまう。その時、クラシックカーが通りかかり、その車を停車させる。事情を説明してガソリンスタンドまで乗せて欲しいと頼むが、運転する男性は「一生、ここで待ってなよ。クソジジイ」と毒づいて走り去ってしまう。

弓長警部は別荘にいた恵奈らに事情聴取を行い、豪貴が別荘に来た時、何をしていたかを確認。皆は王様ゲームをしていたと口を揃え、部屋に全員集まっていたと証言する。話を聞いた弓長は仮に発火装置があったとしても誰も操作できなかったと考える。続いて弓長はガソリン入りのポリタンクが運悪く倒れた理由を質問する。

蘭は喫茶店のポアロに変装した高木がいる事に気付く。証券マンの鳥平貴文がこの付近の自宅で殺害され、高木はウェイトレスの榎本梓の兄、杉人に容疑がかかっている事を明かす。杉人が行方をくらませたため、梓は監視されていたのだ。鳥平は杉人の上司で、凶器の狩猟用ライフルから杉人の指紋が検出されたという。

コナンは小五郎、蘭と仮面劇のゲネプロ（最後のリハーサル）を観る。劇団マネージャーの志水絹子は本物のレイピア（片手剣）を借りて練習した事を明かす。舞台では王子が大臣に刺され、大臣も落雷によってベランダから奈落へ転落。王は邪魔者２人が死んで祝杯をあげるが、大臣が酒に毒を盛っていたために毒殺されてしまう。

英理は柔道の元全日本王者、有沢悠子から相談を受けている事を蘭とコナンに明かす。悠子の夫、嗣郎はストーカーに狙われているとビクついているという。だが、嗣郎の勘違いの可能性が高く、英理が家へ行って盗聴器や隠しカメラの有無を調べる事に。英理は悠子、コナン、蘭とホテルで食事した後、悠子の自宅へ。到着して間もなく、コナンは納戸で絶命した嗣郎を発見する…。

柔道の元全日本王者、有沢悠子の夫、嗣郎が絞殺される。英理は悠子が嗣郎にかけた電話の事が引っ掛かり、悠子が犯人と推理する。だが、死亡推定時刻の午後９時前後は一緒にホテルで食事をしていた。悠子が席を立ったのはトイレに行った10分のみ。英理、そしてコナンはどのような方法で嗣郎を殺害したか、推理を巡らせる。

米花公園で女性がハンマーで殴られる事件が発生。身長180センチ以上もあるという犯人はハンマー男と呼ばれ、髪の長い女性ばかり４人が被害者に。蘭と園子がハンマー男の話題を話していると、一緒にいたコナンが高木刑事と佐藤刑事を発見。２人はマンション３階の一室にいると思われるハンマー男を張り込み中だった。

証拠を掴むため、ハンマー男の部屋を調べる事に。ハンマー男が180センチ以上あるという噂を聞いていた蘭は実際の身長が低かった事に驚くと、高木は噂が一人歩きした都市伝説だと説明。コナンは都市伝説という言葉が引っ掛かり、部屋の状況を思い出す。コナンは園子に麻酔銃を発射。園子の声を借りた推理劇が始まる…。

蘭は名家のお嬢様が宝くじで1億円当選したTVニュースの事を話す。お嬢様は子供の頃に旅先で事故の時、庇って大ケガした少年にお礼として宝くじをあげたいと話していて、少年には傷跡があるらしい。その時、噂のお嬢様が現れる。その少年だという２人が名乗り出てきたため、小五郎にどちらが本物か見極めて欲しいという。

コナンは少年に関する情報を整理する。少年は海や魚に詳しく、真っ正直な性格。好きな物はジンジャーエールと寿司、焼きそば。あだ名はガリ。そして、子供の頃の楠本は痩せていて、伴場は勉強の虫だったという。情報を整理したコナンは誰が思い出の少年だったかに気付く。そして、コナンは庄堂にある相談を持ちかける。

連続殺人犯の時効まで後３日。TVに生出演した犯罪心理学者の平棟堂次は時効まで身を潜める犯人に対し、自分の所に来いと挑発する。平棟は歩美と同じマンションの住人で、歩美と哀がマンション入口で口笛を吹く男を目撃。コナンはその事を高木刑事に電話で伝えた後、平棟の部屋を訪ね、絶命した平棟を発見する。

コナンは被害者３人の遺族の話を聞き、共通するのは麻雀用語と土曜の夜に外出していた事と気付く。平棟がTV出演した時のコメントにも麻雀用語が使われていたため、コナンは土曜の夜に４人がどこかの麻雀荘で一緒に麻雀をしていたと推理。コナンは高木刑事、少年探偵団、哀と共に４人が立ち寄りそうな麻雀荘を探しに行く。

元太は荒れ放題の洋館に変なおじさんが住み始めたとコナン、光彦、歩美に報告。偵察に行く事に。コナンらは住人の和田六郎と不動産屋の獅子倉安夫が言い争いながら屋敷から出てくる場面に遭遇する。翌日、元太は和田が亡くなった事をコナンらに伝える。コナンらは和田が屋敷に越してきた理由が気になり、屋敷を訪ねる。

怪盗キッドが鈴木次郎吉に予告状を送りつける。キッドの狙いはカラクリ師、三水吉右衛門の鉄狸と呼ばれる大金庫。だが、予告状の絵がいつもと違うため、次郎吉はキッドの偽者と考え、中森警部にも協力を強く求めない。園子は次郎吉が落ち着いている事に違和感を覚える。コナンもこの事件の裏には何かあると確信する…。

コナンは次郎吉の一連の不可解な行動を振り返り、予告状の行の最後に書かれた７つの文字から何かに気付く。そこへやってきた瑞紀は部屋のクローゼットに眠った次郎吉が縛られていると報告。中森は部下と共に次郎吉に変装したと思われるキッドを追って外へ。そして皆がいなくなった金庫室前。そこにキッドが姿を現して…。

鎌倉へと旅行に来ていたコナンと蘭、小五郎はお寺を探して坂を上ると、そこにはお屋敷が。地図を見ていると、銃声が轟き、屋敷の裏手から男が逃走。コナンは屋敷の書斎で絶命した老人を発見する。被害者の資産家、矢口久衛門は猟銃で至近距離から胸を撃たれ、部屋にある金庫のダイヤルには無数の傷跡が残されていた。

古美術商の衣笠栄が殺害された事件の犯人として警察に疑われる消費者金融オーナーの蒲生良造。蒲生は曙町でのアリバイ証人探しを小五郎に依頼する。だが捜査は難航し、小五郎は催促の電話を毎晩もらう。小五郎は蒲生に進展がないと報告。蒲生は「絶望だ」と落胆して電話を切る。翌朝、郊外で蒲生の首吊り死体が発見される。

小五郎は衣笠殺害事件で無実の新井を犯人と疑い、自殺に追い込んだ責任を取り、看板を下ろす事に。蒲生が自殺した日、隣の住人が新井の声を聞いたのは午後８時頃。コナンはその時間が８時半以降なら新井の犯行が可能だと訴える。自分自身で事件を解決すれば小五郎が立ち直ると考えるコナンは事件を振り返り何かに気付く。

神奈川の島の防波堤で江尻太志と海釣りを楽しんだ少年探偵団。沖矢昴が漁師、井田の漁船に乗ってコナンらを迎えに来る。船上から夕日を眺めている時、歩美が一角岩に気付く。すると井田は一角岩の伝説について語る。コナンらは漁船から降りて一角岩に立ち寄る事に。そして脱水死したウエットスーツ姿の女性を見つけ出す。

ダイビング中に行方不明になった赤峰